The relationship between classification of multi-domain proteins using an alignment-free approach and their functions: a case study with immunoglobulins

Establishing functional relationships between multi-domain protein sequences is a non-trivial task. Traditionally, delineating functional assignment and relationships of proteins requires domain assignments as a prerequisite. This process is sensitive to alignment quality and domain definitions. In multi-domain proteins due to multiple reasons, the quality of alignments is poor. We report the correspondence between the classification of proteins represented as full-length gene products and their functions. Our approach differs fundamentally from traditional methods in not performing the classification at the level of domains. Our method is based on an alignment free local matching scores (LMS) computation at the amino-acid sequence level followed by hierarchical clustering. As there are no gold standards for full-length protein sequence classification, we resorted to Gene Ontology and domain-architecture based similarity measures to assess our classification. The final clusters obtained using LMS show high functional and domain architectural similarities. Comparison of the current method with alignment based approaches at both domain and full-length protein showed superiority of the LMS scores. Using this method we have recreated objective relationships among different protein kinase sub-families and also classified immunoglobulin containing proteins where sub-family definitions do not exist currently. This method can be applied to any set of protein sequences and hence will be instrumental in analysis of large numbers of full-length protein sequences.

Recent Seismicity in India and Adjoining Regions

In the present work, historical and instrumental seismicity data of India and its adjoining areas (within 300km from Indian political boundary) are compiled to form the earthquake catalog for the country covering the period from 1505 to 2009. The initial catalogue consisted of about 139563 earthquake events and after declustering,the total number of events obtained was 61315. Region specific earthquake magnitude scaling relations correlating different magnitude scales were achieved and a homogenous earthquake catalogue in moment magnitude (MW) scale was developed for the region. This paper also presents the results of the use of Geographic Information Systems (GIS) to prepare a digitized seismic source map of India. The latest earthquake data were superimposed on the digitized source map to get a final Seismotectonic map of India. The study area has been divided into 1225 grid points (approximately 110km×110km) and the seismicity analysis has been done to get the spatial variation of seismicity parameters ‘a’ and ‘b’ across the country. The homogenized earthquake catalogue with the event details is listed in the website http://civil.iisc.ernet.in/~sreevals/resource.htm

Spatial variation of seismicity parameters across India and adjoining areas

An attempt has been made to quantify the variability in the seismic activity rate across the whole of India and adjoining areas (0–45°N and 60–105°E) using earthquake database compiled from various sources. Both historical and instrumental data were compiled and the complete catalog of Indian earthquakes till 2010 has been prepared. Region-specific earthquake magnitude scaling relations correlating different magnitude scales were achieved to develop a homogenous earthquake catalog for the region in unified moment magnitude scale. The dependent events (75.3%) in the raw catalog have been removed and the effect of aftershocks on the variation of b value has been quantified. The study area was divided into 2,025 grid points (1°91°) and the spatial variation of the seismicity across the region have been analyzed considering all the events within 300 km radius from each grid point. A significant decrease in seismic b value was seen when declustered catalog was used which illustrates that a larger proportion of dependent events in the earthquake catalog are related to lower magnitude events. A list of 203,448 earth- quakes (including aftershocks and foreshocks) occurred in the region covering the period from 250 B.C. to 2010 A.D. with all available details is uploaded in the website http://www.civil.iisc.ernet.in/*sreevals/resource.htm.

Experimental signatures of a nonequilibrium phase transition governing the yielding of a soft glass

We present direct experimental signatures of a nonequilibrium phase transition associated with the yield point of a prototypical soft solid-a binary colloidal glass. By simultaneously quantifying single-particle dynamics and bulk mechanical response, we identified the threshold for the onset of irreversibility with the yield strain. We extracted the relaxation time from the transient behavior of the loss modulus and found that it diverges in the vicinity of the yield strain. This critical slowing down is accompanied by a growing correlation length associated with the size of regions of high Debye-Waller factor, which are precursors to yield events in glasses. Our results affirm that the paradigm of nonequilibrium critical phenomena is instrumental in achieving a holistic understanding of yielding in soft solids.

What Drives Venture Capital Fundraising in India: An Empirical Analysis of Systematic and Non-Systematic Factors

In this paper, we develop a consolidated Supply-Demand framework of the Venture Capital (VC) ecosystem for India. Further, we empirically analyze the supply side of this ecosystem to ascertain the influence of systematic (macro) and non-systematic (micro) factors on VC fundraising. At the macro level, our results indicate that relatively strong fundamentals of the Indian economy in the past decade as compared with the severe recessionary tendencies in the developed economies have been critical in determining the aggregate volume of VC fundraising. Among the micro factors, past performance and reputation of the individual fund managers have been instrumental in determining their fund raising potential.

A cis-Regulatory Mutation in Troponin-I of Drosophila Reveals the Importance of Proper Stoichiometry of Structural Proteins During Muscle Assembly

Rapid and high wing-beat frequencies achieved during insect flight are powered by the indirect flight muscles, the largest group of muscles present in the thorax. Any anomaly during the assembly and/or structural impairment of the indirect flight muscles gives rise to a flightless phenotype. Multiple mutagenesis screens in Drosophila melanogaster for defective flight behavior have led to the isolation and characterization of mutations that have been instrumental in the identification of many proteins and residues that are important for muscle assembly, function, and disease. In this article, we present a molecular-genetic characterization of a flightless mutation, flightless-H (fliH), originally designated as heldup-a (hdp-a). We show that fliH is a cis-regulatory mutation of the wings up A (wupA) gene, which codes for the troponin-I protein, one of the troponin complex proteins, involved in regulation of muscle contraction. The mutation leads to reduced levels of troponin-I transcript and protein. In addition to this, there is also coordinated reduction in transcript and protein levels of other structural protein isoforms that are part of the troponin complex. The altered transcript and protein stoichiometry ultimately culminates in unregulated acto-myosin interactions and a hypercontraction muscle phenotype. Our results shed new insights into the importance of maintaining the stoichiometry of structural proteins during muscle assembly for proper function with implications for the identification of mutations and disease phenotypes in other species, including humans.

Raman and infra-red microspectroscopy: towards quantitative evaluation for clinical research by ratiometric analysis

Biomolecular structure elucidation is one of the major techniques for studying the basic processes of life. These processes get modulated, hindered or altered due to various causes like diseases, which is why biomolecular analysis and imaging play an important role in diagnosis, treatment prognosis and monitoring. Vibrational spectroscopy (IR and Raman), which is a molecular bond specific technique, can assist the researcher in chemical structure interpretation. Based on the combination with microscopy, vibrational microspectroscopy is currently emerging as an important tool for biomedical research, with a spatial resolution at the cellular and sub-cellular level. These techniques offer various advantages, enabling label-free, biomolecular fingerprinting in the native state. However, the complexity involved in deciphering the required information from a spectrum hampered their entry into the clinic. Today with the advent of automated algorithms, vibrational microspectroscopy excels in the field of spectropathology. However, researchers should be aware of how quantification based on absolute band intensities may be affected by instrumental parameters, sample thickness, water content, substrate backgrounds and other possible artefacts. In this review these practical issues and their effects on the quantification of biomolecules will be discussed in detail. In many cases ratiometric analysis can help to circumvent these problems and enable the quantitative study of biological samples, including ratiometric imaging in 1D, 2D and 3D. We provide an extensive overview from the recent scientific literature on IR and Raman band ratios used for studying biological systems and for disease diagnosis and treatment prognosis.

La Teoría Crítica de la Tecnología y el diseño asistido por valores

Objetivo y metodología: Dentro del perfil buscado por la Universidad Católica Argentina para sus Ingenieros Industriales se encuentran, entre otras, las siguientes cualidades distintivas: “Entenderá que la Ingeniería es una profesión creativa e innovadora que, combinando la ciencia y la tecnología, junto con la economía, la administración y la sociología, se propone tratar y resolver problemas integrando todos los elementos involucrados y buscando, dentro de un marco ético, la mejor solución en beneficio de la calidad de vida del hombre y de la sociedad.”/.../ El análisis de este caso se enmarcara dentro de la Teoría Crítica de la Tecnología y el concepto de “código técnico”, observando cómo estos códigos actúan de manera oculta o invisible, estratificando valores e intereses en normas, reglas, criterios y procedimientos. En cuanto a este último punto, se presentará el Value Sensitive Design (VSD) o Diseño por Valores, una metodología de diseño que actualmente asoma como una luz de esperanza para la integración de los valores a los desarrollos tecnológicos e ingenieriles...

La función social de la propiedad en la Doctrina Social de la Iglesia

La Doctrina Social de la Iglesia ha sostenido desde sus inicios la legitimidad de la propiedad privada como garantía de autonomía de la persona, señalando como camino para la justicia social su difusión, sobre todo a través del salario justo. Con el tiempo ha logrado equilibrar mejor su función individual y su función social, profundizando en su carácter instrumental, ordenado a hacer efectivo un derecho anterior y más fundamental de todos los seres humanos al uso de los bienes de la tierra. Hoy insiste en que toda forma de dominio privado o público puede ser legítima mientras esté al servicio del trabajo, lo que en la economía industrial moderna implica la necesidad de crear estímulos para canalizar la renta al ahorro y la inversión. Facilitar el paso de la posesión precaria a la propiedad legítima sigue siendo un objetivo central en la lucha contra la pobreza.

La abstracción formal y la validación del razonamiento inductivo

Resumen: Suele admitirse que uno de los problemas pendientes, al menos desde Hume, en la teoría de la ciencia es la justificación crítica de los procesos inductivos, que son los que siguen las ciencias experimentales, como son las ciencias naturales. Frente a las ineficaces explicaciones aportadas por el empirismo o neopositivismo, así como por los racionalismos o idealismos, que son radicalmente incapaces para resolver el problema, nosotros presentamos la respuesta del realismo aristotélico, basada en el correcto concepto de abstracción formal, ignorado o malentendido incluso por muchos aristotélicos tanto antiguos como modernos. La respuesta consiste, en suma, en ver que el término del proceso inductivo, en cuanto llega a conclusiones universales a partir de lo particular, debe estar mediado por un proceso previo de abstracción de la forma, bien entendida, en lo mismo concreto y particular. Ello permite ver que la conclusión universal no desborda las premisas, que es el problema clásico de la epagogé aristotélica.

Los sistemas de cognición distribuida en la enseñanza universitaria en función del tipo de ciencia

Desde el enfoque psicológico denominado “Cognición Distribuida” es posible postular tres formas de distribución de la cognición en el interior de los sistemas de actividad: física, sociocomunicacional y simbólico-instrumental. Esta comunicación aborda la configuración de dichos sistemas, en función de las prácticas institucionales prevalecientes en la Universidad Nacional de Rosario (UNR), Argentina. Se postula que dichas prácticas institucionales varían según el tipo de conocimiento que se vehiculiza en la acción enseñante: social y no social. La investigación consistió en la observación naturalista de 28 clases universitarias pertenecientes a tres carreras sociales y tres carreras exactas-naturales (14 clases por tipo epistémico de carrera). La observación estuvo focalizada en los tres sistemas de distribución de la cognición. Los resultados obtenidos sugieren una relación de sentido entre los mencionados tipos epistémico-institucionales y la configuración de los sistemas físico y simbólico.

Le sens un peu oublié de la première entrée de Ricoeur en herméneutique

Resumen: Dans les textes rétrospectifs où il s’est expliqué sur son «tournant herméneutique », Paul Ricoeur a fait valoir qu’il avait été dicté par l’impossibilité de se connaître directement soi-même et la nécessité d’emprunter le détour de l’interprétation dans la connaissance de soi. En se penchant sur la première apparition de l’herméneutique chez Ricoeur en 1960, dans Finitude et culpabilité, ce texte aimerait rappeler que d’autres motifs, oubliés plus tard, ont aussi été opérants, voire plus déterminants, notamment le souci de surmonter la modernité et de la guérir de son oubli du sacré.

Estado e imaginario tecnológico : un análisis de las reconfiguraciones en las políticas educativas nacionales de incorporación de TIC

Este artículo presenta los primeros resultados de una investigación mayor que se ubica en la articulación entre las políticas educativas de incorporación de TIC y el discurso docente de nivel medio, considerando dicha articulación en el marco del imaginario tecno-comunicacional contemporáneo. Ante los procesos de internacionalización de la toma de decisiones, la hegemonía neoliberal como paradigma socio-económico y los discursos de la Sociedad de la Información, Argentina, y en general los Estados nacionales, han sido permeables a los discursos sociales que promueven la incorporación de TIC. Este trabajo, desde una perspectiva socio-discursiva, se focaliza en el nivel de las políticas educativas definidas por el Estado argentino en la última década. A partir del rastreo de líneas de sentido que atraviesan los discursos analizados, se observa una búsqueda de distanciamiento del abordaje instrumental y el desplazamiento hacia otros núcleos significantes como formación ciudadana e inclusión social.

En las raíces ideológicas de Montoneros : John William Cooke lee a Gramsci en Cuba

Desde 1945 la izquierda argentina no pudo resolver el enigma planteado por el hecho de que la clase obrera era peronista. Varios intentos teóricos fracasaron antes de que John William Cooke hiciera el suyo a mediados de los años sesenta. Influenciado por Gramsci, consideró que la clase obrera es una categoría histórica, por lo que el peronismo era la experiencia histórica de la clase obrera argentina y, como tal, revolucionario. Neutralizó el papel político de Perón convirtiéndolo en el símbolo de la identidad peronista. Por esto, la teoría de Cooke fue clave para que guerrilleros de izquierda se declararan peronistas sin que les importaran las opiniones e intenciones políticas de Perón. Las limitaciones de esa teoría quedaron expuestas cuando el general regresó a la Argentina y fue electo presidente por tercera vez.

Ensaios sobre consórcios intermunicipais de saúde : financiamento, comportamento estratégico, incentivos e economia política

Traça o perfil dos Consórcios Intermunicipais de Saúde (CIS) no Brasil, principalmente quanto aos aspectos econômico-financeiros, e analisa sua formação e sustentabilidade político-financeira, utilizando o instrumental oferecido pela teoria dos jogos.