Reconstruction of the regulatory network for Bacillus subtilis and reconciliation with gene expression data

The Supplementary Material for this article can be found online at: http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb. 2016.00275

RECERCAT. El Dipòsit de la Recerca de Catalunya

Seguint la tendència mundial de crear dipòsits institucionals d'accés lliure per recopilar i preservar els documents d'investigació generats en les institucions acadèmiques, el CESCA i el CBUC han posat en funcionament RECERCAT. RECERCAT és un dipòsit cooperatiu de documents digitals que inclou la literatura de recerca de les universitats i dels centres d'investigació de Catalunya, com ara articles encara no publicats (preprints), comunicacions a congressos, informes de recerca, working papers, projectes de final de carrera, memòries tècniques, etc. La comunicació pretén explicar els processos que s'han seguit per posar en marxa aquest projecte: des de la selecció i adaptació del programari amb el que funciona (DSpace), fins als treballs duts a terme per establir les polítiques d'accés, d’introducció de dades, de metadades Dublin Core necessàries per descriure els documents, el tipus de llicència de les Creative Commons sota la qual es troben subjectes els documents, etc.

Processos participatius, governança ambiental i desenvolupament territorial sostenible

Estudio realizado a partir de una estancia en el Centro de Filosofia e Ciências Humanas de la Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil, durant entre septiembre y noviembre del 2005. El intercambio con los grupos de trabajo del Programa de Pós-Graduçao Interdisciplinar em Ciências Humanas (UFSCE-Brasil), se ha llevado a cabo con el objetivo de profundizar en las diferentes perspectivas teóricas y analíticas que orientan la reflexión sobre el papel crítico de los investigadores en el área de sociología del conocimiento ambiental científico. Esto ha permitido conocer experiencias-laboratorios de procesos participativos para planear intervenciones en áreas protegidas. Estas orientaciones conceptuales, epistemológicas y metodológicas ayudaran a la candidata a reforzar la aproximación de investigación participativa del proyecto “Avaluació social multicriteri per a la presa de decisions orientades a una gestió conservativa de sistemes agropecuaris i el desenvolupament sostenible de la zona seca i semi-seca del paisatge terrestre protegit de Miraflor-Moropotente (Nicaragua)” que es la línea del trabajo de PhD de la candidata. En especial, las reflexiones teóricas y metodológicas se han centrado en los siguientes temas: aproximación sistemática y basada en los actores para el análisis de sistemas complejos y incertezas, métodos participativos para las evaluaciones integradas de sustentabilidad que apoyan los procesos de toma de decisiones, o el nuevo papel de los investigadores sobre una perspectiva compleja de análisis y diálogo entre los conocimientos científicos y locales.

How collaboration could contribute to make Catalan journals visible on the Internet?

Cooperation between libraries is a universal language spoken in different dialects. In 1996 the libraries of the state-funded universities and the National Library of Catalonia (Spain) formed the Consortium of Academic Libraries of Catalonia (CBUC) to act as a channel for cooperation. The organization and activities of CBUC are an example of how this universal language has been adapted to the specific characteristics of the Libraries of Catalonia. Catalonia is an autonomous region of Spain with 7 million inhabitants with its own language, history and traditions and with a strong feeling of own identity that facilitates the cooperation. Thanks to this (and also to the hard work of the member libraries), since then, CBUC has created a union catalogue, an interlibrary lending program, the Digital Library of Catalonia, a cooperative store, different cooperatives repositories and other cooperation programs. One of these cooperatives repositories is RACO (Catalan Journals in Open Access, www.raco.cat) where can be consulted, in open access, the full-text articles of scientific, cultural and scholar Catalan journals. The main purpose of RACO is to increase the visibility and searches of the journals included and to spread the scientific and academic production published in Catalonia. This purpose makes specific in three aims: encourage the electronic edition of Catalan journals; be the interface that allows the whole search of all the journals and provide the instruments for its preservation. There are currently 244 journals in RACO, that includes more than 85.000 articles (80% in OA) from 50 publishing institutions. Since it got into operation it has had more than 4 millions of queries. These 244 journals offer the full-text of all the published issues. Nevertheless, some journal can have a delay between the introduction of the table of contents and the full-text for the recent issues. From 2005 we have a plan of retrospective digitization that has allowed to digitize more than 350.000 pages of back issues. The RACO repository works with the open source program OJS (Open Journal Systems, http://pkp.sfu.ca/ojs/) and uses Dublin Core Metadata and the interoperability protocol created by Open Archives Initiative (OAI) which allows to increase the visibility of the articles published in journals offering oneself together with other international repositories.

Desarrollo de un prototipo para el Geoportal del Centro Temático Europeo de Usos del Suelo e Información Espacial de la Agencia Europea del Medio Ambiente

El projecte ha estat elaborat amb la col•laboració del LIGIT i del ETC LUSI. Serveix per a gestionar les Metadades i visualitzar-les a través del Web. El programari utilitzat és Geonetwork opensource, gestiona Metadades conformes als estàndards OGC i ISO. S'han implementat, a través de local o a través de connexions a servidors Web com Dav, CSW o OAI-PMH, en MckoiDB. Es visualitzen en el seu visor, a través de connexions a servidors de mapes WMS i ArcIMS i en visors externs com GoogleEarth. S'ha millorat l'aspecte gràfic i implementat amb noves funcionalitats editant el codi dels fitxers interns com Javascript, XML, XSL, Java

Desarrollo de una aplicación web para representación de datos de posicionamiento

En aquesta memòria s’explica el desenvolupament d’una eina útil que permet a l’usuari visualitzar en l’aplicació Google Maps les dades de posicionament captats en una sessió GPS. En aquest projecte, hem dissenyat una aplicació Web en la qual recollim les dades ingressades per l’usuari mitjançant un formulari. Un cop emmagatzemades aquestes dades en el servidor, la nostra eina hi executa l’aplicació encarregada del càlcul de les posicions. Aquesta és un script desenvolupat en MATLAB, que s’encarrega d’interpretar les dades subministrades per l’usuari, amb les quals es poden calcular les coordenades captades pel receptor GPS. Una vegada calculades, el software les emmagatzema en el servidor, en un arxiu .xml, que serà el que posteriorment interpretarà Google Maps gràcies al seu API. D’aquesta manera, l’usuari obtindrà el resultat visual de la sessió GPS que hagi decidit carregar sense necessitat des disposar de cap software específic per a la interpretació i el càlcul de les dades que hi ha capturat.

Desarrollo de un sistema de e-Learning para Nintendo DS

El proyecto trata de crear un software que dinámicamente nos proporcione exámenes o pruebas dependiendo de nuestro nivel de conocimientos actual. Estos exámenes se cargarán a través de un fichero XML configurable, lo que nos permitirá poner a prueba nuestros conocimientos en el tema que deseemos. El software se desarrollará en Nintendo DS, para aprovechar las prestaciones que nos ofrece de serie: doble pantalla, pantalla táctil, portabilidad.

SWORD : utilitat per a la integració de repositoris amb aplicacions de gestió docent

A la Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) el procés de gestió de les memòries dels projectes de final de carrera i màster està en funció del model organitzatiu de cada escola o facultat. Aquest escenari implica diferents fluxos de treball i de temps per al dipòsit d'aquestes memòries en el repositori del portal d'accés obert al coneixement UPCommons (www.upcommons.edu) Amb la voluntat de no incidir en aquests processos de cada escola o facultat, s'ha desenvolupat amb la Facultat d'Informàtica de Barcelona (FIB) un sistema d'integració de les memòries i les seves dades associats de forma transparent durant el procés administratiu per mitjà d'uns connectors desenvolupats conjuntament pel servei de Biblioteques de la UPC i el laboratori de càlcul de la FIB. Aquests connectors es basen en la tecnologia SWORD (Simple Web-services Offering Repository Deposit) que per mitjà de XML codifiquen les dades introduïdes i els pre-bolquen en el dipòsit de treballs acadèmics abans de la lectura de la memòria.

Accés i Recuperació de Continguts en Líni@ (ARC@) : la gestió dels materials docents a la UOC

Arc@ té per objectiu millorar el procés d'aprenentatge de l'estudiant i facilitar l'eficiència en els processos de gestió docent i de continguts. Amb independència de la ubicació del material docent, s'han establert mecanismes en XML que permeten importar/exportar la informació des dels diferents aplicatius existents, indexar i organitzar aquesta informació per a la seva transformació i tractament posterior.

Intercanvi d'energia intel·ligent

El projecte d’intercanvi d’energia intel·ligent defensa la idea que és possible un nou model energètic. Aquest nou model pretén aprofitar al màxim possible els recursos energètics que provenen de fonts d’energies renovables i consisteix en la integració de xarxa elèctrica i telecomunicacions en la que usuaris són consumidors i a l’hora productors d’energia elèctrica mitjançant els seus propis sistemes de generació basats en energies renovables, amb la finalitat d’adaptar la demanda a l’oferta. El projecte desenvolupa la part que s’encarrega de fer aquesta gestió de repartiment i intercanvi d’electricitat entre els usuaris, utilitzant les politiques de gestió de processos per una CPU. Per això s’ha fet una adaptació dels algorismes que utilitzen els sistemes operatius a l’àmbit de la xarxa d’intercanvi. Per comprovar els resultats d’aquest estudi, s’han fet les simulacions del model proposat en un entorn web (www.energiainteligent.com) per tal de poder fer una anàlisi dels resultats.

Generación de interfaces para aplicaciones por línea de comandos

Generación dinámica de interfaces web basadas en ficheros descriptivos XML para el control de la parametrización compleja y ejecución de programas por línea de comandos. La necesidad surge con la aplicación mlcoalsim, utilizada por investigadores de la UAB, cuya parametrización requiere la edición manual de un fichero de texto la sintaxis del cual es complicada y pesada. Con la generación de interfaces web se pretende ayudar a los usuarios en la correcta parametrización y ejecución de aplicaciones como mlcoalsim.

Desenvolupament d'un memetracker - rastrejador de notícies

El projecte es centra en el desenvolupament d'un recol·lector de notícies publicades a una llarga llista de blocs ampliada contínuament pel desenvolupador i pels usuaris, afegint els seus blocs preferits. L'aplicació desenvolupada realitza una recol·lecció contínua de notícies consultant les possibles novetats que apareguin en cada un dels blocs inscrits a l'aplicació. Se'ls hi aplica un classificador per idioma i per temàtica i es relaciona amb les altres notícies existents si aquestes parlen sobre el mateix tema. En l'aplicació desenvolupada hi ha la possibilitat d'escollir entre les temàtiques ofertes i en l'idioma que ha estat publicada la notícia. Pel desenvolupament del projecte s'ha desitjat que la plataforma sigui el més compatible possible amb la tecnologia actual fent servir diversos llenguatges de programació que han permès desenvolupar cada un dels algorismes necessaris pel desenvolupament global de l'aplicació; en ordre d'ús he fet servir Php, Matlab, Html, MySql, CSS3, Javascript i XML. s'ha de destacar que el projecte aporta una comoditat per tots aquells lectors de blocs que es troben tantes vegades amb notícies ja llegides en els diferents blocs que consulten.

Aplicación para la transformación y estudio de archivos log

La aplicación Log2XML tiene como objeto principal la transformación de archivos log en formato texto con separador de campos a un formato XML estandarizado. Para permitir que la aplicación pueda trabajar con logs de diferentes sistemas o aplicaciones, dispone de un sistema de plantillas (indicación de orden de campos y carácter separador) que permite definir la estructura mínima para poder extraer la información de cualquier tipo de log que se base en separadores de campo. Por último, la aplicación permite el procesamiento de la información extraída para la generación de informes y estadísticas.Por otro lado, en el proyecto se profundiza en la tecnología Grails.

Aplicaciones Web para trabajo colaborativo: Diseño y prototipo de un sofware para la replicación de ficheros en sistemas de trabajo en grupo P2P

Aplicación para trabajar en un entorno colaborativo con el fin de compartir ficheros xml. Dicho entorno colaborativo se basa en una red peer to peer.