Taxonomy and phylogeny of white-rot polypores : case studies in Hymenochaetales and Polyporales (Basidiomycota)

Tutkimus käsittelee kääpien sukulaisuussuhteita. Käävät ovat kantasienten (Basidiomycota) muotoryhmä, joiden itiöemien alapinta muodostuu yhteensulautuneista pilleistä. Muotoryhmänä kääpiä voi verrata vaikka puihin siinä mielessä, että käävät kuten puutkaan eivät ole samankaltaisuudestaan huolimatta kaikki sukua toisilleen. DNA:n käyttö sukulaisuussuhteiden selvittämisessä on aloittanut mullistuksen kääpien luokittelussa. Aiemmin käytetty, itiöemien ominaisuuksiin perustunut luokittelu on osoittautunut keinotekoiseksi sukulaisuussuhteiden kannalta. Tutkimuksessani syvennyttiin useamman kääpäsuvun polveutumishistoriaan hyödyntäen DNA:ta ja perinteisiä menetelmiä. Tutkimuksen keskeisimmät tulokset liittyvät sitkokääpien sukuun (Antrodiella). Tämä noin 70 lajia sisältävä suku osoittautui rikkonaiseksi - sitkokääpiin luetut lajit kuuluvat kahteen sienilahkoon ja oikesti vähintään 13 sukuun. Tutkimuksessa löytyi kaksi Suomelle uutta sitkokääpää, leppikääpä (A. ichnusana) ja nipukkakääpä (A. leucoxantha). Uudet suvut kuvattiin Suomessa esiintyville sirppikääville (Sidera) ja talikääville (Obba). Uusi kääpäsuku ja -laji kuvattiin myös Indonesiasta (Sebipora aquosa). Valtaosa sitkokääpiin luetuista lajeista kuuluu orakarakoiden heimoon (Steccherinaceae), joka rajattiin tässä tutkimuksessa uudelleen. Heimoon kuuluvat mm. karakäävät (Junghuhnia) ja orakasmaiset orakarakat (Steccherinum). Sen sisällä selvitettiin kääpien ja orakkaiden sukulaisuussuhteita. Perinteisesti käävät ja orakkaat on viety eri sukuihin riippumatta niiden mikroskooppisesta samankaltaisuudesta. Tulosten valossa orakarakoiden heimossa käävät ja orakkaat pysyvät pääosin erillisissä suvuissa, mutta tästä on myös poikkeuksia (Antrodiella, Metuloidea ja Steccherinum). Lähes kaikki DNA:n perusteella määriteltävissä olevat suvut ovat tunnistettavissa itiöemien ominaisuuksiensa perusteella. Tulokset antavat eväitä kääpien luokitteluun laajemminkin osoittamalla, mitkä ominaisuudet ovat luokittelun kannalta merkityksellisiä. Tarkentunut tieto lajimäärästä ja lajien sukulaisuussuhteista hyödyttää ekologista tutkimusta sekä arvioita lajien uhanalaisuudesta. Tutkimuksen aikana luotua DNA-kirjastoa käytetään lajien tunnistamiseen. Tuloksia voidaan hyödyntää myös etsittäessä bioteknologisia sovelluksia käävistä, sillä sovellusten kannalta kiinnostavat ominaisuudet seuraavat usein sienten sukupuuta.

Pragmatismi poliittisena filosofiana. Yksilö ja yhteisö John Deweyn ajttelussa

John Dewey (1859-1952) oli yhdysvaltalainen filosofi, pedagogi ja julkinen keskustelija, jonka ajattelu on merkittävästi vaikuttanut pragmatismina tunnetun filosofisen suuntauksen kehittymiseen. Tässä Pro gradu -tutkielmassa tarkastellaan Devveyn poliittista filosofiaa ja ajattelua. Tarkoituksena on selvitellä, millaista on Devveyn poliittinen filosofia ja voiko hänen pragmatistinen poliittinen filosofiansa tarjota jotain mielenkiintoista myös tämän päivän poliittisen filosofian kentälle. Tutkielmassa tarkastellaan Devveyn esittämää kritiikkiä klassista liberalismia ja individualismia kohtaan, Devveyn omaa poliittisen filosofian projektia sekä sen kohtaama kritiikkiä ja arvioidaan Devveyn poliittista filosofiaa yleisesti. Tarkastelun kohteena ovat muun muassa Devveyn käsitykset yksilöstä, valtiosta, demokratiasta, vallasta ja tiedosta. Ensisijaisena lähteenä tutkielmassa on Devveyn koottujen teosten sarja vuosilta 1882-1953, ennen kaikkea 1920-30-lukujen tuotanto. Lisäksi lähteenä on useita tuoreita artikkeleita sekä kommentaareja. Keskeisin löytö tutkielmassa on, että Devveyn poliittisen filosofian oleellinen piirre on "anti-essentialismi", eli huomion siirtäminen pois jostain oletetuista yksilöiden ja ryhmien olemuksista tai sisäisestä luonnosta niiden välisiin suhteisiin ja näiden ilmauksiin. Tähän liittyen Devveyn poliittisen filosofian keskeiseksi lähtökohdaksi osoittautuu perinteisen yksilö-yhteisö jaottelun kyseenalaistaminen. Tutkielma tarjoaa laajan katsauksen Devveyn poliittiseen ajatteluun sekä pragmatistiseen poliittiseen filosofiaan.

A monoclonal antibody recognizing the C-terminal region of chicken egg white riboflavin carrier protein terminates early pregnancy in mice

In order to identify the functionally relevant epitopes on chicken riboflavin carrier protein, we have raised monoclonal antibodies to the vitamin carrier. One of these, 6B2C12, was found to interact specifically with a synthetic oligopeptide corresponding to the C-terminal 17 amino acid residues of the chicken egg white riboflavin carrier protein, which is missing in part in the egg yolk riboflavin carrier protein. This epitope is conserved through evolution in mammals including humans. Administration of the ascites fluid of 6B2C12 to pregnant mice intraperitoneally, resulted in the termination of pregnancy indicating that this epitope is involved in or closely associated with the transplacental transport of the vitamin from the maternal circulation to the growing fetus.

Isolation and characterization of thiamin-binding protein from chicken egg white

A thiamin-binding protein was isolated and characterized from chicken egg white by affinity chromatography on thiamin pyrophosphate coupled to aminoethyl-Sepharose. The high specificity of interaction between the thiamin-binding protein and the riboflavin-binding protein of the egg white, with a protein/protein molar ratio of 1.0, led to the development of an alternative procedure that used the riboflavin-binding protein immobilized on CNBr-activated Sepharose as the affinity matrix. The thiamin-binding protein thus isolated was homogeneous by the criteria of polyacrylamide-gel disc electrophoresis, double immunodiffusion and sodium dodecyl sulphate/polyacrylamide-gel electrophoresis, had a mol.wt. of 38,000 +/- 2000 and was not a glycoprotein. The protein bound [14C]thiamin was a molar ratio of 1.0, with dissociation constant (Kd) 0.3 micrometer.

Victims of the White War or Rebellions of the Green Revolution? Bolivian Indigenous Women Prisoners' Position in the "War on Drugs" Explored through a Criminological Gaze

Tässä tutkielmassa tarkastellaan Bolivialaisten naisvankien (alkuperäisväestön) ja globaalin huumesodan ("War on Drugs") välistä yhteyttä. Keskustelu sijoitetaan laajemmin kokan viljelyn politiikkaan ja alkuperäisväestön kulttuuriin. Kokaa viljeleviä köyhiä maalaisia, joista huomattava osa on naisia, on vangittu Boliviassa kiihtyvää tahtia viime vuosikymmeninä. Moni naisista on kokan tuotannossa ja kaupassa mukana, sillä se on monesti ainoa keino taloudelliseen selviämiseen. Yleisesti ottaen naisvangit ja naisrikolliset ovat marginaalinen ilmiö. Kansainvälisesti tarkasteltuna naisvankien suhteellinen osuus koko vankilaväestöstä on noin 5,2 % (keskiarvo). Boliviassa osuus on vaihdellut 6,1 %:n ja 17,1 %:n välillä vuosina 2000-2008. Naisvankien määrä yleisesti ottaen on ollut rajussa kasvussa, suurin syy naisten vangitsemiseen on huumausaineisiin liittyvät rikokset. Näyttää myös siltä että vähemmistöt ja etnisen taustan omaavat henkilöt ovat yliedustettuina vankilaväestössä. Bolivia seuraa tätä kansainvälistä trendiä. Tämä tutkielma on rajattu kysymyksiin Bolivian intiaaniperäisten naisten osuudesta maan huumerikollisuudessa, sekä heidän suhteellisen korkeaa vangitsemisastetta selittäviin yhteiskunnallisiin tekijöihin. Kysymykset sukupuolesta, etnisyydestä ja kokan viljelyn politiikasta ovat keskiössä. Yleisiä kriminologisia teorioita peilataan kriittisesti suhteessa aineistoon ja Bolivian kontekstiin. Huumesodan ja Bolivian ankaran huumelainsäädännön seurauksista keskustellaan kriittisesti, sekä pohditaan köyhän alkuperäisväestön massavangitsemisen tarpeellisuutta. Tutkimuskysymykseni ovat: mitkä tekijät selittävät kohtuullisen korkean intiaaniperäisten naisvankien määrän Boliviassa, ja mikä on heidän asemansa globaalissa huumesodassa? Tutkielmassa on analysoitu kvantitatiivista ja kvalitatiivista aineistoa. Päälähteenä on ollut Bolivian tilastokeskuksen tuottamat rikostilastot. Tutkielman tärkeimpänä löydöksenä voidaan pitää havaintoa, että vastoin tiettyjä olettamuksia, intiaaniperäiset naiset ovat hyvinkin aktiivisia perinteisesti miehisiksi käsitetyillä aloilla kuten rikollisuudessa ja politiikassa. Tutkielmassa osoitetaan myös, että pidätysten määrät ovat moninkertaistuneet muutamassa vuosikymmenessä. Koska kokan viljelyssä on kyse pääasiallisesti taloudellisesta toimeentulosta, tämä tutkielma kysyy, onko hengissä pysyminen rikos?

Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources Database 1 August 2010-30 September 2010

This article documents the addition of 229 microsatellite marker loci to the Molecular Ecology Resources Database. Loci were developed for the following species: Acacia auriculiformis x Acacia mangium hybrid, Alabama argillacea, Anoplopoma fimbria, Aplochiton zebra, Brevicoryne brassicae, Bruguiera gymnorhiza, Bucorvus leadbeateri, Delphacodes detecta, Tumidagena minuta, Dictyostelium giganteum, Echinogammarus berilloni, Epimedium sagittatum, Fraxinus excelsior, Labeo chrysophekadion, Oncorhynchus clarki lewisi, Paratrechina longicornis, Phaeocystis antarctica, Pinus roxburghii and Potamilus capax. These loci were cross-tested on the following species: Acacia peregrinalis, Acacia crassicarpa, Bruguiera cylindrica, Delphacodes detecta, Tumidagena minuta, Dictyostelium macrocephalum, Dictyostelium discoideum, Dictyostelium purpureum, Dictyostelium mucoroides, Dictyostelium rosarium, Polysphondylium pallidum, Epimedium brevicornum, Epimedium koreanum, Epimedium pubescens, Epimedium wushanese and Fraxinus angustifolia.

Antigenic determinants at the carboxy terminus of chicken egg white riboflavin carrier protein (RCP): Epitope mapping and antibody-mediated pregnancy curtailment in rodents

The epitopic core sequences recognized by three monoclonal antibodies raised to chicken riboflavin carrier protein (RCP) were mapped to the C-terminal tail-end of the protein using the pepscan method A 21-residue synthetic peptide corresponding to residues 200-219 of the protein and comprising the regions corresponding to the antibodies was synthesized. Administration of polyclonal antibodies specific to this peptide led to termination of early pregnancy in mice. Also, active immunization of rats with the peptide-purified protein derivative conjugate inhibited establishment of pregnancy. These results demonstrate the functional importance of the C-terminal 200-219 region of chicken RCP. Copyright (C) 1996 Elsevier Science Ltd.

Magnetic and spin evolution of pulsars

We explore the consequences of the model of spin-down-induced flux expulsion for the magnetic field evolution in solitary as well as in binary neutron stars. The spin evolution of pulsars, allowing for their field evolution according to this model, is shown to be consistent with the existing observational constraints in both low- and high-mass X-ray binary systems. The contribution from pulsars recycled in massive binaries to the observed excess in the number of low-field (10(11)-10(12) G) solitary pulsars is argued to be negligible in comparison with that of normal pulsars undergoing a 'restricted' field decay predicted by the adopted field decay model. Magnetic fields of neutron stars born in close binaries with intermediate- or high-mass main-sequence companions are predicted to decay down to values as low as similar to 10(6) G, which would leave them unobservable as pulsars during most of their lifetimes. The post-recycling evolution of some of these systems can, however, account for the observed binary pulsars having neutron star or massive white dwarf companions. Pulsars recycled in the disc population low-mass binaries are expected to have residual fields greater than or similar to 10(8) G, while for those processed in globular clusters larger residual fields are predicted because of the lower field strength of the neutron star at the epoch of binary formation. A value of tau similar to 1-2 x 10(7) yr for the mean value of the Ohmic decay time-scale in the crusts of neutron stars is suggested, based on the consistency of the model predictions with the observed distribution of periods and magnetic fields in the single and binary pulsars.

BSSB: BLAST Server for Structural Biologists

The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) is one of the most widely used sequence alignment programs with which similarity searches, for both protein and nucleic acid sequences, can be performed against large databases at high speed. A large number of tools exist for processing BLAST output, but none of them provide three-dimensional structure visualization. This shortcoming has been addressed in the proposed tool BLAST Server for Structural Biologists (BSSB), which maps a BLAST output onto the three-dimensional structure of the subject protein. The three-dimensional structure of the subject protein is represented using a three-color coding scheme (identical: red; similar: yellow; and mismatch: white) based on the pairwise alignment obtained. Thus, the user will be able to visualize a possible three-dimensional structure for the query protein sequence. This information can be used to gain a deeper insight into the sequence-structure correlation. Furthermore, the additional structure-level information enables the user to make coherent and logical decisions regarding the type of input model structure or fragment that can be used for molecular replacement calculations. This tool is freely available to all users at http://bioserver1.physics.iisc.ernet.in/bssb/.

Amorphous, Monoclinic, and Tetragonal Porous Zirconia Through a Controlled Self-Sustained Combustion Route

Porous, large surface area, metastable zirconias, are of importance to catalytic, electrochemical, biological, and thermal insulation applications. Combustion synthesis is a very commonly used method for producing such zirconias. However, its rapid nature makes control difficult. A simple modification has been made to traditional solution combustion synthesis to address this problem. It involves the addition of starch to yield a starting mixture with a ``dough-like'' consistency. Just 5 wt% starch is seen to significantly alter the combustion characteristics of the ``dough.'' In particular, it helps to achieve better control over reaction zone temperature that is significantly lower than the one calculated by the adiabatic approximation typically used in self-propagating high-temperature synthesis. The effect of such control is demonstrated by the ability to tune dough composition to yield zirconias with different phase compositions from the relatively elusive ``amorphous'' to monoclinic (> 30 nm grain size) and tetragonal pure zirconia (< 30 nm grain size). The nature of this amorphous phase has been investigated using infrared spectroscopy. Starch content also helps tailor porosity in the final product. Zirconias with an average pore size of about 50 mu m and specific surface area as large as 110 m2/g have been obtained.

Ultrafast Raman loss spectroscopy (URLS): instrumentation and principle

In this paper, we report on the concept and the design principle of ultrafast Raman loss spectroscopy (URLS) as a structure-elucidating tool. URLS is an analogue of stimulated Raman scattering (SRS) but more sensitive than SRS with better signal-to-noise ratio. It involves the interaction of two laser sources, namely, a picosecond (ps) Raman pump pulse and a white-light (WL) continuum, with a sample, leading to the generation of loss signals on the higher energy (blue) side with respect to the wavelength of the Raman pump unlike the gain signal observed on the lower energy (red) side in SRS. These loss signals are at least 1.5 times more intense than the SRS signals. An experimental study providing an insight into the origin of this extra intensity in URLS as compared to SRS is reported. Furthermore, the very requirement of the experimental protocol for the signal detection to be on the higher energy side by design eliminates the interference from fluorescence, which appears on the red side. Unlike CARS, URLS signals are not precluded by the non-resonant background and, being a self-phase-matched process, URLS is experimentally easier. Copyright (C) 2011 John Wiley & Sons, Ltd.

Mass of highly magnetized white dwarfs exceeding the Chandrasekhar limit: An analytical view

In recent years a number of white dwarfs have been observed with very high surface magnetic fields. We can expect that the magnetic field in the core of these stars would be much higher (similar to 10(14) G). In this paper, we analytically study the effect of high magnetic field on relativistic cold electron, and hence its effect on the stability and the mass-radius relation of a magnetic white dwarf. In strong magnetic fields, the equation of state of the Fermi gas is modified and Landau quantization comes into play. For relatively very high magnetic fields (with respect to the average energy density of matter) the number of Landau levels is restricted to one or two. We analyze the equation of states for magnetized electron degenerate gas analytically and attempt to understand the conditions in which transitions from the zeroth Landau level to first Landau level occurs. We also find the effect of the strong magnetic field on the star collapsing to a white dwarf, and the mass-radius relation of the resulting star. We obtain an interesting theoretical result that it is possible to have white dwarfs with mass more than the mass set by Chandrasekhar limit.

Strongly magnetized cold degenerate electron gas: Mass-radius relation of the magnetized white dwarf

We consider a relativistic, degenerate electron gas at zero temperature under the influence of a strong, uniform, static magnetic field, neglecting any form of interactions. Since the density of states for the electrons changes due to the presence of the magnetic field (which gives rise to Landau quantization), the corresponding equation of state also gets modified. In order to investigate the effect of very strong magnetic field, we focus only on systems in which a maximum of either one, two, or three Landau level(s) is/are occupied. This is important since, if a very large number of Landau levels are filled, it implies a very low magnetic field strength which yields back Chandrasekhar's celebrated nonmagnetic results. The maximum number of occupied Landau levels is fixed by the correct choice of two parameters, namely, the magnetic field strength and the maximum Fermi energy of the system. We study the equations of state of these one-level, two-level, and three-level systems and compare them by taking three different maximum Fermi energies. We also find the effect of the strong magnetic field on the mass-radius relation of the underlying star composed of the gas stated above. We obtain an exciting result that it is possible to have an electron-degenerate static star, namely, magnetized white dwarfs, with a mass significantly greater than the Chandrasekhar limit in the range 2.3-2.6M(circle dot), provided it has an appropriate magnetic field strength and central density. In fact, recent observations of peculiar type Ia supernovae-SN 2006gz, SN 2007if, SN 2009dc, SN 2003fg-seem to suggest super-Chandrasekhar-mass white dwarfs with masses up to 2.4-2.8M(circle dot) as their most likely progenitors. Interestingly, our results seem to lie within these observational limits.