Computational differentiation of N-terminal signal peptides and transmembrane helices

Signal peptides and transmembrane helices both contain a stretch of hydrophobic amino acids. This common feature makes it difficult for signal peptide and transmembrane helix predictors to correctly assign identity to stretches of hydrophobic residues near the N-terminal methionine of a protein sequence. The inability to reliably distinguish between N-terminal transmembrane helix and signal peptide is an error with serious consequences for the prediction of protein secretory status or transmembrane topology. In this study, we report a new method for differentiating protein N-terminal signal peptides and transmembrane helices. Based on the sequence features extracted from hydrophobic regions (amino acid frequency, hydrophobicity, and the start position), we set up discriminant functions and examined them on non-redundant datasets with jackknife tests. This method can incorporate other signal peptide prediction methods and achieve higher prediction accuracy. For Gram-negative bacterial proteins, 95.7% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted (coefficient 0.90). Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 99% (coefficient 0.92). For eukaryotic proteins, 94.2% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted with coefficient 0.83. Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 87% (coefficient 0.85). The method can be used to complement current transmembrane protein prediction and signal peptide prediction methods to improve their prediction accuracies. (C) 2003 Elsevier Inc. All rights reserved.

Pasture grazing by black-striped wallabies (Macropus dorsalis) in central Queensland

Black-striped wallabies (Macropus dorsalis) are uncommon to rare in most of their former range, yet in parts of central Queensland where they are still locally common they are regarded as a serious pasture pest. There is considerable pressure from cattle graziers to reduce their density because of the putative damage that they cause to cattle pasture. Here we examined the effects of this species and other herbivores on pasture by monitoring vegetation cover between 1993 and 1998 in exclosures in brigalow, and poplar box communities on three grazing properties in the Maranoa region. The exclosures selectively allowed access to either: all vertebrate grazers including cattle; rabbits, bettongs, and wallabies; rabbits and bettongs; no vertebrate grazers. The greatest effects on the structure and species composition of pasture were caused by cattle, but wallabies did consume commercially important quantities of grass at some times of the year. This conflicts with local opinion that sees wallabies as the major cause of pasture degradation. Herein lies the management problem that sees continued reduction in wallaby habitat, and fragmentation of the species.

Feline aortic thromboembolism

Aortic thromboembolism is one of the most serious and difficult-to-manage complications. of feline cardiac disease. Most, but not all, cats presenting with signs of aortic thromboembolism are found to have underlying cardiac disease at the time of presentation. In most cases no underlying disease has been diagnosed prior to presentation with paresis/paralysis and profound anxiety. This article will review commonly used treatments for thromboembolism and agents proposed for prophylaxis. Many of the proposed treatments are themselves associated with a high morbidity rate and long term clinical trials are required to make comparative risk-to-benefit ratio assessments of these different options. In cats which do survive the initial treatment, clinicians are still faced with the perplexing problem of long term thrombus prevention, as a majority of cats have been shown to re-embolise despite prophylaxis.

Everyday incivility: towards a benchmark

Commonplace incivility is a topic of longstanding interest within social theory, perhaps best exemplified by Goffman's studies of the interaction order. Nevertheless we know very little about its distribution and expression in everyday life. Current empirical work is dominated by criminological agendas. These tend to focus on more serious and illegal activities rather than minor deviant acts that are simply inconsiderate or rude. The paper reports findings from a focus group study conducted in Melbourne, Australia that set out to benchmark everyday incivilities. The results suggest that perpetrators of incivility have a surprisingly broad social distribution as does the range of locales that might be characterised as 'high risk'. Turning to the work of Putnam and Wolfe, we call for a research focus on low-level incivilities as key symptoms of the state of civic virtue and the strength of moral ties within civil society. Drawing on Virilio, Bauman and Durkheim, it is suggested that the experience of incivility is underpinned by the growth of freedom and movement in contemporary urban settings, and has ambivalent implications that not only invoke boundary maintenance and retreatism, but also offer the possibility for boundary expansion and tolerance of difference.

Ovary colonization by Claviceps africana is related to ergot resistance in male-sterile sorghum lines

Ergot, caused by Claviceps africana, has emerged as a serious threat to sorghum hybrid seed production worldwide. In the absence of gene-for-gene-based qualitative resistance in commercial cultivars, varieties with high pollen production that can escape ergot infection are preferred. Recent demonstration of differences in ergot susceptibility among male-sterile lines has indicated the presence of partial resistance. Using chitin-specific fluorescin-isothiocyanate-conjugated wheat germ agglutin and callose-specific aniline blue, this study investigated the process of sorghum ovary colonization by C. africana. Conidia germinated within 24 h after inoculation (a.i.); the pathogen was established in the ovary by 79 h a.i., and at least half of the ovary was converted into sphacelial tissue by 120 h a.i. Changes in fungal cell wall chitin content and strategic callose deposition in the host tissue were associated with penetration and invasion of the ovary. The rate of ovary colonization differed in three male-sterile lines that also differed in ergot susceptibility. This work demonstrates a possible histological basis for partial resistance in male-sterile sorghum lines that could lay the foundation for variety improvement through further breeding and selection.

Influence of magnetically-induced E-fields on cardiac electric activity during MRI: A modeling study

In modern magnetic resonance imaging (MRI), patients are exposed to strong, time-varying gradient magnetic fields that may be able to induce electric fields (E-fields)/currents in tissues approaching the level of physiological significance. In this work we present theoretical investigations into induced E-fields in the thorax, and evaluate their potential influence on cardiac electric activity under the assumption that the sites of maximum E-field correspond to the myocardial stimulation threshold (an abnormal circumstance). Whole-body cylindrical and planar gradient coils were included in the model. The calculations of the induced fields are based on an efficient, quasi-static, finite-difference scheme and an anatomically realistic, whole-body model. The potential for cardiac stimulation was evaluated using an electrical model of the heart. Twelve-lead electrocardiogram (ECG) signals were simulated and inspected for arrhythmias caused by the applied fields for both healthy and diseased hearts. The simulations show that the shape of the thorax and the conductive paths significantly influence induced E-fields. In healthy patients, these fields are not sufficient to elicit serious arrhythmias with the use of contemporary gradient sets. However, raising the strength and number of repeated switching episodes of gradients, as is certainly possible in local chest gradient sets, could expose patients to increased risk. For patients with cardiac disease, the risk factors are elevated. By the use of this model, the sensitivity of cardiac pathologies, such as abnormal conductive pathways, to the induced fields generated by an MRI sequence can be investigated. (C) 2003 Wiley-Liss, Inc.

Sexual dysfunction in the Australian population

AIM: To describe the prevalence and forms of sexual dysfunction experienced by Australians, and compare these with people in the United States. METHODS: A cross sectional, telephone interview survey of a randomly selected sample of men (n = 876) and women (n = 908) aged between 18 and 59 years on the electoral roll in all states and territories of Australia (response rate = 61%) was conducted between November 1999 and April 2000. RESULTS: Large proportions of Australian men (55.0%) and women (60.5%) reported at least one sexual problem within the preceding year. More serious sexual dysfunction (> 3 symptoms) was observed in 13.2% of men and 19.7% of women. DISCUSSION: Australia and the USA are similar with regard to the high rate of symptoms of sexual dysfunction observed in the population. The low rate of treatment points to both patient and doctor reluctance to discuss sexual performance and practices.

Influência da idade na resistência natural da madeira de Eucalyptus grandis W. Hill ex. Maiden ao ataque de cupim de madeira seca (Cryptotermes brevis)

Este trabalho objetivou testar a resistência natural da madeira de Eucalyptus grandis de quatro diferentes idades (10, 14, 20 e 25 anos) ao ataque de cupins de madeira seca. As amostras foram retiradas da prancha diametral, na região próxima ao cerne mais externo, em número de seis unidades por tora, de cada uma das 16 árvores (quatro de cada idade). Cada par de amostras foi colocado em contato com 40 indivíduos, da espécie Cryptotermes brevis (cupim de madeira seca), avaliando-se cada par comparativamente com corpos-de-prova de madeira altamente suscetível ao ataque de cupins, no caso a madeira de Pinus elliottii, sob idênticas condições laboratoriais, mediante observações em intervalos periódicos. Ao término do ensaio foram registrados a porcentagem de cupins mortos e o número de furos, além do desgaste produzido por esses insetos. Verificou-se que a madeira de 10 anos foi a mais severamente atacada, com desgaste semelhante ao da testemunha. As madeiras de 14, 20 e 25 anos não diferiram estatisticamente entre si, quanto à resistência natural ao ataque de cupim de madeira seca, todas classificadas como de desgaste acentuado. A madeira de todas as idades mostrou-se altamente suscetível ao ataque de cupins, revelando a baixa resistência natural da espécie.

Alunos com paralisia cerebral na escola : linguagem, comunicação alternativa e processos de comunicativos

O estudo assume como problema de investigação analisar as contribuições da Comunicação Alternativa e Ampliada (CAA) aos processos comunicativos de alunos sem fala articulada no contexto da escola, destacando nesses processos o papel potencializador dos interlocutores. Fundamenta-se na abordagem de linguagem e na noção de enunciado discutidas por Bakhtin e nas contribuições de Vigotski sobre a relação entre desenvolvimento e aprendizagem, postulando que a aquisição e o desenvolvimento da linguagem ocorrem no curso das aprendizagens, ao longo da vida. As análises e reflexões empreendidas evidenciam uma discussão acerca da linguagem que se desloca da dimensão orgânica para a dimensão da constituição do sujeito como humano. Sob essa visão, outros conceitos, como os de língua, fala, interação verbal, dialogia, enunciação, aprendizagem e desenvolvimento são problematizados e também considerados como elementos fundantes e presentes nas relações comunicativas entre os sujeitos sem fala articulada e seus interlocutores. Na primeira etapa, o estudo busca conhecer as formas organizativo-pedagógicas de cinco Secretarias Municipais de Educação da Região Metropolitana de Vitória e da Secretaria de Estado da Educação no que diz respeito à identificação dos alunos com Paralisia Cerebral, sem fala articulada, ao acompanhamento técnico-pedagógico e à formação de professores que atuam na Educação Especial. Na segunda etapa, objetiva conhecer a processualidade da organização do trabalho pedagógico instituída nos contextos escolares e investiga os processos comunicativos em/com dois alunos com severos comprometimentos motores e de fala em duas escolas de Ensino Fundamental, localizadas no município de Serra e de Vitória. Nesta etapa, opta pela pesquisa- ação colaborativo-crítica por contribuir, teórica e metodologicamente, para sustentar os fazeres individuais e coletivos nos lócus de investigação. Os resultados revelam que, institucionalmente, ainda não se conhece quem são e quantos são os alunos com Paralisia Cerebral sem fala articulada no contexto de suas reais necessidades. Esse desconhecimento é atribuído pelas gestoras das Secretarias Municipais de Educação investigadas ao considerarem que, via de regra, são tomadas apenas as informações do Educacenso-INEP. As identificações pontuais, quando ocorrem, são decorrentes de estratégias internas adotadas, sendo uma delas o assessoramento pedagógico das equipes às escolas. No que tange ao ensino, à aprendizagem e à avaliação, o estudo constata que são atravessados por concepções equivocadas sobre os sujeitos com Paralisia Cerebral sustentadas, sobretudo, pela baixa expectativa e pelo pouco “esforço” quanto à sua escolarização. Constata também que o uso dos recursos de CAA potencializa os processos comunicativos dos alunos investigados e, movimentados pela linguagem, possibilita-lhes enunciar e fixar posições, opiniões e decisões, assegurando-lhes mais autonomia e fluidez do processo comunicacional. As formas de mediação dos interlocutores assim como as dinâmicas dialógicas por eles utilizadas com os alunos se constituem como elementos importantes nos processos de comunicação e interação. A espera do outro, o apoio e o incentivo à reformulação daquilo que se quer expressar, as modificações e alterações no jogo dialógico são exemplos dessa mediação. Quanto às ações de reorganização do trabalho pedagógico, o estudo registra maior articulação e colaboração entre professores da classe, professora da Educação Especial e estagiária no planejamento das aulas, dos conteúdos, com a inserção no notebook para um dos alunos; o uso das pranchas de comunicação, por ambos os alunos e seus interlocutores, como ação inovadora nos contextos escolares; a realização de atividades pelos alunos, com gradativa autonomia, a partir da disponibilização de recursos de TA/CAA (pasta de conteúdos temáticos, figuras imantadas, quadro metálico, ponteira, plano inclinado, notebook); a proposição de ações intencionais de alfabetização, a partir da reorganização de espaços-tempos no cotidiano da escola. Conclui que as discussões teóricas e práticas das questões relacionadas com a linguagem, com os processos cognitivos e com o uso de recursos de TA/CAA alavancam mudanças na concepção dos profissionais das escolas pesquisadas que, ainda, sob uma visão reducionista quanto às formas de comunicação e de interação verbal, “impõem” limites à escolarização dos alunos com deficiência.

Remoção do herbicida 2,4-D por meio do tratamento convencional da água e adsorção em carvão ativado granular em instalação piloto

O crescimento populacional empurra a produção agrícola em direção ao uso intensivo dos agrotóxicos que aumentam a produtividade. Porém, seu uso incorreto pode resultar em grave problema para as estações de tratamento da água e impactar negativamente na saúde pública. Segundo estudos em escala laboratorial, o tratamento convencional, um dos mais utilizados no Brasil, apresenta remoção insignificante do 2,4-D. A adsorção em carvão ativado tem se demonstrado como tecnologia eficiente na remoção de diversos contaminantes, dentre eles os agrotóxicos. Assim, foi avaliada a remoção dos herbicidas 2,4-D e 2,4,5-T e metabólito 2,4-DCP, utilizando o tratamento convencional e a adsorção em coluna de carvão ativado granular em instalação piloto. O carvão ativado granular empregado foi o derivado da casca de coco. A concentração dos herbicidas foi analisada por cromatografia líquida de alta eficiência com detector por arranjo de diodos e extração em fase sólida. A associação do tratamento convencional com a adsorção em carvão ativado granular apresentou elevada remoção do 2,4-D (99%) atingindo concentrações finais abaixo do limite da Portaria MS n° 2914/2011. O tratamento convencional, no entanto, também apresentou remoção do 2,4-D (35 a 59%), sendo o maior percentual obtido na decantação (30 a 52%), indicando que houve interação entre a matéria orgânica natural e o 2,4-D, contribuindo para sua remoção nessa etapa. O 2,4-DCP e 2,4,5-T apresentaram concentrações abaixo do limite de detecção.

As políticas da insegurança : da Scuderie Detetive Le Cocq às masmorras do novo Espírito Santo

A presente dissertação tem como objetivo a análise das políticas de segurança pública e justiça criminal no Espírito Santo entre 1989 e 2013, utilizando metodologia historiográfica e observando a distância entre os objetivos oficiais e as consequências práticas. No primeiro capítulo, me concentro na contextualização histórica das políticas criminais, analisando a formação organizacional do sistema punitivo brasileiro. Coloco ênfase, de um lado, no processo de militarização, isto é, a adoção de hierarquia, disciplina e formação militares nas agências de segurança pública, e de outro lado, e nas sucessivas legislações penais aprovadas pelo Congresso Nacional. Tais processos nacionais se refletem no Espírito Santo, onde se difundiram “grupos de extermínio” como a Scuderie Le Cocq, mas não havia política de segurança pública. A primeira surge em meio a grave crise política, entre 1999 e 2002. Mas os seus propósitos são mais avançados com o processo de reforma administrativa após 2003, quando o governo se esforça por impôr modelos de gestão empresariais e parcerias público privadas à administração estadual, incluindo a segurança pública e sistema penitenciário. Com isto, ocorre uma rápida expansão do encarceramento seletivo em condições extremas de superlotação e violência, desenvolvendo uma indústria carcerária. No segundo capítulo, realizo uma análise na qual relaciono informações criminais, penitenciárias, econômicas e demográficas, tanto no contexto do Brasil quanto do Espírito Santo. Constato que a repressão estatal tem “preferência” por homens, negros, jovens e de baixa escolaridade; por crimes de drogas e contra o patrimônio, com a utilização cada vez maior da prisão provisória. No Espírito Santo o encarceramento seletivo cresce em maior velocidade que na média nacional, o que se reflete no perfil da população carcerária, sendo esta ainda mais negra, jovem, de baixa escolaridade e presa por tráfico e drogas e em regime provisório, com frequentes denúncias fundamentadas de torturas, mortes e desaparecimentos forçados entre as populações criminalizadas.

Prevalência e fatores associados à infecção pelo M. tuberculosis entre agentes comunitários de saúde

Introdução: A tuberculose é uma doença milenar e que, ainda hoje, constitui grave problema de saúde pública em todo o mundo. Objetivo: Estimar a prevalência e os fatores associados à infecção latente pelo MTB entre Agentes Comunitários de Saúde atuantes na rede básica de saúde de Municípios prioritários para o controle de TB – Cuiabá/MT, Manaus/AM, Salvador/BA e Vitória/ES. Métodos: Estudo de corte transversal no qual os dados foram coletados através de questionário, composto de questões abertas e fechadas sobre características pessoais; informações a respeito da tuberculose; utilização de medidas preventivas, etc. Aplicou-se prova tuberculínica, com leitura após 48-72h por enfermeiros treinados, considerando como ponte de corte positivo 5 e 10 mm de enduração. A análise múltipla foi feita por meio de regressão logística hierarquica. Foram incluídas no modelo as variáveis que mostraram associação com desfecho com p<0,1. Permaneceram no modelo as variáveis independentes que mantiveram associação com desfecho após ajuste (p<0,05). Este estudo obteve aprovação do Comitê de Ética em Pesquisa com seres humanos do Centro de Ciências da Saúde da Universidade Federal do Espírito Santo, n° de registro CEP-07/2010 e das Secretarias Municipais de Saúde, por meio de uma Carta de Apresentação. Resultados: 322 Agentes Comunitários de Saúde (ACS) aceitaram participar voluntariamente do estudo por meio da assinatura do Termo de Consentimento Livre e Esclarecido. Destes, 10 não compareceram para leitura, sendo estes considerados como perdas, além do que um indivíduo foi excluído pelo fato do teste rápido para HIV ter resultado positivo, perfazendo uma amostra final de 311 participantes. Ainda em relação aos ACS triados, a positividade a Prova Tuberculínica, levando-se em consideração o ponto de corte ao teste de 10 mm e de 5 mm de enduração, foi de 37,30% (IC95%: 0,31-0,42) e de 57,88% (IC95%: 0,52-0,63), respectivamente.Conclusões: Faz-se necessário um programa de realização de Prova Tuberculínica, de rotina, combinado com intervenções para reduzir o risco de transmissão nosocomial, bem como a realização de outros estudos para avaliar a eficácia de novos testes para detecção de tuberculose latente.

Percepção dos agentes comunitários de saúde frente ao risco de infecção da tuberculose

A Tuberculose é um serio problema de saúde, os níveis mundiais no ano 2011 ocorreram 8,7 milhões de casos novos e 1,4 milhões de pessoas morreram de TB. Para horizontalizar as ações no combate da TB na atenção primaria o Agente Comunitário de Saúde assume um papel muito importante, pois eles além de trabalhar na comunidade onde mora ele é um mediador de saberes, espera-se que esse profissional seja capaz de identificar por meio de visitas domiciliares sintomáticos respiratórios. Objetivos: Conhecer a percepção que os ACS têm sobre o risco de infecção à tuberculose no cotidiano de sua prática profissional e analisar como eles se organizam e estruturam sua prática frente a essa percepção. Abordagem Metodológica: O estudo foi dividido em duas fases a primeira responde ao primer objetivo e foi escolhido o Grupo Focal e para a segunda fase que responde ao segundo objetivo foi escolhido a Observação Participante como técnicas de trabalho em campo e Analise de Conteúdo Temático como técnica de análise das informações colhidas que consiste em descobrir os núcleos de sentidos que são temas os quais são unidades de significação que se libertam naturalmente de um texto analisado. Resultados: Na primeira fase do estudo observou-se que o Agente Comunitário de Saúde percebe os riscos que estão expostos, mas muitas vezes eles não sabem como agir em situações, especificas, na segunda fase indicam que o risco não esta presente o tempo todo na vida e no trabalho deles. Conclusão: O PACS é apresentado pelo Ministério da Saúde como uma estratégia de saúde para horizontalizar as ações no controle da TB, neste estudo foi encontrado que o ACS percebe o risco que esta exposto, mas que aquele risco não esta sempre presenta na vida deles, pois eles muitas vezes minimizam os riscos pensando que nada acontece nem acontecera com eles.

Mapping the Obama administration's response to the Arab Spring

When the Arab Spring broke out, the United States was in a quandary over how to handle the crisis in its attempt to balance its moral obligations and ideals without undercutting its strategic interests and those of its close allies. Flaws in US diplomatic approach have contributed to one of the most serious foreign policy crisis for a US administration to date with consequential upheaval and erosion of the US-built balance of power. The reactions and policy responses of the Obama administration highlight the difficulties in grasping with the new reality in the Middle East and in enunciating a policy platform that could combine American interests and values.