Génomique des populations et association génotype-phénotype des écotypes de touladi du Lac Supérieur

L’apparition et le maintien d’écotypes adaptés à différentes niches écologiques, en situation de sympatrie, est régit par une multitude de facteurs. Ceux-ci sont essentiels pour la compréhension des processus évolutifs impliqués mais aussi pour la gestion et la conservation des populations en question. Le touladi (Salvelinus namaycush) est un salmonidé reconnu pour la présence d’écotypes liée à l’utilisation des ressources et de l’habitat à travers l’Amérique du Nord. Un total de quatre écotypes a été décrit vivant dans le lac Supérieur, se différenciant par l’habitat utilisé, l’alimentation, la morphologie ainsi que l’ostéologie. L’objectif principal de la présente étude était de quantifier l’étendue de la différentiation génétique entre les différents sites d’échantillonnage ainsi qu’entre les différents écotypes. Un second objectif était d’identifier des marqueurs potentiellement sous sélection entre les différents écotypes reflétant de possibles adaptations locales. Pour ce faire, un total de 486 individus, représentant les quatre écotypes pour chacun des quatre sites d’échantillonnages, a été génotypé à 6822 SNPs (polymorphisme de nucléotide simple). De plus, des analyses morphométriques ont été effectuées afin de caractériser l’ampleur de la divergence morphologique entre les écotypes à chacun des sites. Les résultats ont montré une différentiation génétique, bien que faible, plus prononcée entre les sites d’échantillonnage qu’entre les écotypes à chacun de ces sites. Des indices indiquant la présence de sélection divergente ont aussi été décelés entre les écotypes ou en association avec des variations morphologiques, dont certains marqueurs représentant des traits importants dans la divergence des différents écotypes. Les résultats de cette étude permettront une meilleure gestion et conservation des populations de touladi du lac Supérieur en plus d’éclairer le choix possible de populations sources pour l’ensemencement des autres Grands Lacs.

La modification chimique en surface de la cellulose microcristalline et son application dans les composites de polyéthylène

Dans le contexte de la production d’éthanol cellulosique, la cellulose doit être hydrolysée par voie chimique ou enzymatique. Dans ce procédé d’hydrolyse, la partie cristalline de la cellulose est plus difficilement fragmentable, ce qui entraîne des coûts supplémentaires dues au temps de traitement plus élevé ou à la quantité supplémentaire de produits chimiques nécessaires. Dans l’optique de réduire les coûts de l’hydrolyse tout en recherchant une voie pour valoriser la cellulose cristalline, l’idée de fabriquer des composites polymères/cellulose est attrayante. L’objectif du présent travail a donc été de valider si la cellulose microcristalline tirée d’un processus d’hydrolyse acide pourrait mener à de nouveaux matériaux composites à valeur ajoutée. Un obstacle anticipé dans le projet a été la faible adhésion de la cellulose, hydrophile et polaire, aux polymères généralement beaucoup moins polaires. Le développement de composites performants et l’atteinte de teneurs élevés en cellulose microcristalline a donc inclus, sur le plan chimique, l’objectif de comparer divers traitements de surface de la cellulose qui permettrait de pallier aux défis anticipés. La méthodologie utilisée dans ce projet a consisté à développer et optimiser un protocole de modification chimique sur de la cellulose microcristalline commerciale à l’échelle laboratoire. Les celluloses modifiées ont été soumises à une caractérisation par analyse de l’angle de contact pour caractériser l’hydrophobicité des fibres, par spectrométrie photoélectronique X pour l’analyse de la composition chimique des fibres, par granulométrie laser pour mesurer la longueur des différentes fibres et microscopie optique pour l’observation de la longueur des fibres. Toutes les techniques ont été utilisées afin de comparer les propriétés des celluloses modifiées à celles de la cellulose de référence. La cellulose de référence et les celluloses modifiées chimiquement ont ensuite été mélangées à des concentrations de 0 à 50% avec du polyéthylène de basse densité à l’état fondu en utilisant un mélangeur interne de type Brabender®. Les composites ont été caractérisés par microscopie électronique à balayage pour analyser la morphologie de mélange sur les surfaces de rupture et l’homogénéité du mélange, par des analyses rhéologiques afin d’obtenir la viscosité en fonction du cisaillement et par des essais de traction afin de déterminer leur Module de Young, leur résistance à la traction et leur élongation à la rupture. Ces caractéristiques permettent de prévoir la performance des composites dans des applications structurales.

Interesses da habitação social : políticas e processos no Rio Grande do Norte

En 2003, le gouvernement brésilien (gestion Lula) a initié une nouvelle phase dans son histoire de l habitation, en intensifiant les constructions de logements sociaux au Brésil. Un tel accroissement a eut des répercussions tant en ville comme à la campagne, et fût marqué dans le Rio Grande do Norte, par la production a grande échelle d ensembles d habitations, dans les programmes de Gouvernement. Afin de viabiliser ces transformations, des instruments politiques, financiers et de gestion ont étés articulés conjointement, utilisant la répétition d une typologie d édification, comme modèle, accompagnée de la reproduction d une morphologie dans les constructions de logements sociaux. Afin de comprendre ce processus nous introduisons une recherche urbanistique et socio-économique du problème du logement social au Brésil, en cherchant à mettre en relation les aspects techniques avec les questions historique, professionnelles et culturelles, éléments complémentaires. Notre analyse cherche a identifier comment les politiques de gestion et financement officielles (administrées dans sa grande majorité par la Caisse Économique Fédérale -CEF-), influencent le processus de conception de projets, en provoquant les répétitions de type/morphologiques, déjà citées. Basée sur l observation directe au cour de deux expériences différenciées pour du logement social en milieu rural, au Rio Grande do Norte, nous montrerons aussi certaines limitations et possibilités des acteurs sociaux, face aux agents et politiques officielles pour le logement social au Brésil, proposant des solutions alternatives standardisées qui caractérisent le résultat des projets financées et gérés par la CEF. Nos principales références théoriques et méthodologiques sont Nabil Bonduki (1998), David Harvey (2009,1982), Henry Lefèbvre (1970), Ermínia Maricato (2010, 2009, 2000, 1987) et Raquel Rolnik (2010, 2009, 2008, 1997)

Évolution pléistocène de la Seine fluviatile préservée en Baie de Seine

New high-resolution seismic data complemented with bedrock samples allowed us to propose a revised geological map of the Bay of Seine and to better define the control by the geological substrate on the morphogenesis and evolution of the Seine River during Pleistocene times. The new data confirm previous works. The Bay of Seine can be divided into two geological parts: a Mesozoic monocline domain occupying most of the bay and a syncline domain, mostly Tertiary, in the north, at the transition with the Central English Channel area. The highlighting of Eocene synsedimentary deformations, marked by sliding blocks in the syncline domain, is one of the most original inputs of this new study in the Bay of Seine that underlines the significant role of the substrate on the formation of the Seine paleo-valley. In the monocline domain, three terraces, pre-Saalian, Saalian and Weischelian in age respectively, constitute the infill of the paleovalley, preferentially incised into the middle to upper Jurassic marl-dominated formations, and bounded to the north by the seaward extension of the Oxfordian cuesta. The three terraces are preserved only along the northern bank of the paleovalley, evidencing a NE-to-SW migration of the successive valleys during the Pleistocene. We assume this displacement results from the tectonic tilt of the Paris Basin western margin. In the North, the paleo-Seine is incised into the axis of the tertiary syncline, and comprises three fill terraces that are assumed to have similar ages than those of the terraces. The fill terrace pattern is associated to the subsiding character of this northern domain of the Bay of Seine.

Problèmes d’acquisition du langage chez des adolescents déficients auditifs profonds oralistes, anglophones et francophones

[…] Cette étude débute par l'exposé des conditions spécifiques aux déficients auditifs pour l'acquisition du langage et par la présentation de nos hypothèses (Chapitre 1). Nous faisons ensuite un rappel des études antérieures et nous envisageons les implications méthodologiques de nos hypothèses (Chapitre 2). Nous présentons ensuite notre méthodologie pour le recueil et l'analyse des données (Chapitre 3). Étant données toutes les variables pouvant intervenir (émotivité des sujets, intelligence, facilité d'élocution, milieu familial...) nous vérifions l'homogénéité des corpus. Nous débutons par une analyse statistique permettant de donner les «mesures» des corpus : quantité de discours produit, complexité de ce discours, homogénéité entre les deux groupes linguistiques concernés... (Chapitre 4) Ensuite, nous observons la construction progressive des énoncés, ce qui est l'apanage de l'oral; cela implique donc l'étude de la construction du sens et de la forme grâce à des hésitations, des répétitions et des reprises; là aussi, il faut établir s'il y a homogénéité entre les sujets (Chapitre 5). Pour l'analyse «théorique» des corpus, nous privilégions la théorie des opérations énonciatives élaborée par Antoine Culioli, car elle présente l'avantage de lier un bon nombre de fonctionnements et de manifestations linguistiques, tels que la syntaxe, la sémantique et la morphologie. Nous présentons les grandes lignes de cette théorie dans le Chapitre 6. Nous nous intéressons alors à la façon dont nos sujets procèdent pour mettre en place le thème de leur énoncé. Cet aspect de l'étude concerne donc une dimension sémantique dans les corpus. Nous nous intéressons plus particulièrement aux structures utilisées pour la thématisation, ce qui nous amène à faire le lien avec la syntaxe (Chapitre 7). Enfin, nous nous intéressons au caractère homogène des «erreurs» et aux fonctionnements de la langue utilisée dans les corpus. Nous nous concentrons alors plus précisément sur les repérages effectués par les locuteurs afin de rendre leur discours référentiel (Chapitre 8) […]

Sistematic, population genetics, propagation and conservation of Prunus azorica (Rosaceae)

Tese de Doutoramento, Biologia (Ecologia Vegetal), 25 de Junho de 2013, Universidade dos Açores.

Caractérisation et délimitation des sous-espèces de Gesneria viridiflora (Gesneriaceae) dans les Antilles

Une taxonomie révisée et une connaissance des limites d’espèces demeurent toujours importantes dans les points chauds en biodiversité comme les Antilles où de nombreuses espèces endémiques sont retrouvées. Des limites d’espèces divergentes impliquent un différent nombre d’espèces retrouvées dans un écosystème, ce qui peut exercer une influence sur les décisions prises face aux enjeux de conservation. Les genres Gesneria et Rhytidophyllum qui forment les principaux représentants de la famille des Gesneriaceae dans les Antilles comprennent plusieurs taxons aux limites d’espèces ambigües et quelques espèces qui ont des sous-espèces reconnues. C’est le cas de Gesneria viridiflora (Decne.) Kuntze qui comprend quatre sous-espèces géographiquement isolées et qui présentent des caractères végétatifs et reproducteurs similaires et variables. Une délimitation d’espèces approfondie de ce complexe d’espèce est effectuée ici à partir d’une approche de taxonomie intégrative considérant des données morphologiques, génétiques et bioclimatiques. Les données morphologiques quantitatives et qualitatives obtenues à partir de spécimens d’herbier sont utilisées pour délimiter des groupes morphologiques à l’aide d’une analyse en coordonnées principales. Ces groupes sont ensuite testés à l’aide de séquences d’ADN de quatre régions nucléaires en utilisant une méthode bayesienne basée sur la théorie de la coalescence. Finalement, les occurrences et les valeurs de variables de température et de précipitation qui y prévalent sont utilisées dans une analyse en composantes principales bioclimatique pour comparer les groupes délimités morphologiquement et génétiquement. Les résultats de l’analyse morphologique multivariée supportent la distinction entre les groupes formés par les sous-espèces actuellement reconnues de G. viridiflora. Les résultats, incluant des données génétiques, suggèrent une distinction jusqu’ici insoupçonnée des populations du Massif de la Hotte au sud-ouest d’Haïti qui sont génétiquement plus rapprochées des populations de Cuba que de celles d’Hispaniola. Bioclimatiquement, les groupes délimités par les analyses morphologiques et génétiques sont distincts. L’approche de taxonomie intégrative a permis de distinguer cinq espèces distinctes plutôt que les quatre sous-espèces acceptées jusqu’à aujourd’hui. Ces espèces sont : G. acrochordonanthe, G. quisqueyana, G. sintenisii, G. sylvicola et G. viridiflora. Une carte de distribution géographique, un tableau de la nouvelle taxonomie applicable et une clé d’identification des espèces sont présentés. La nouvelle taxonomie déterminée dans cette étude démontre un endémisme insoupçonné dans plusieurs régions du point chaud en biodiversité des Antilles et souligne l’importance d’investiguer les limites d’espèces dans les groupes diversifiés comprenant des taxons aux limites d’espèces incomprises.

GENETIC DIVERSITY AMONG SORGHUM LANDRACES OF SOUTHWESTERN HIGHLANDS OF UGANDA

Sorghum ( Sorghum bicolor L. Moench) is an economic and staple crop in sub-Saharan Africa. The genetic diversity in its germplasm is an invaluable aid for its crop improvement. The objective of this study was to assess the existing genetic diversity among sorghum landraces in the southwestern highlands of Uganda. A total of 47 sorghum landraces, collected from southwestern highlands of Uganda, were characterised using 12 qualitative and 13 quantitative traits. The study was conducted at Kachwekano Research Farm in Kabale District, at an altitude of 2,223 m above sea level, during growing season of December 2014 to August 2015. Panicle shape and compactness were the most varied qualitative traits. Grain yield (1.23 to 11.31 t ha-1) and plant height (144.7 to 351.6 cm) were among quantitative traits that showed high variability. Days to 50% flowering (115 to 130 days) showed the least variability. Results of UPGMA cluster analysis generated a dendrogram with three clusters. Panicle weight, leaf width, stem girth, exertion length, peduncle length, panicle shape and compactness, glume colour and threshability were major traits responsible for the observed clustering (P<0.001). Principal Component Analysis revealed the largest variation contributors.

Fabrication et caractérisation de cellules solaires organiques nanostructurées par la méthode de nanoimpression thermique

La morphologie des couches actives des cellules solaires organiques joue un rôle important sur l’efficacité de conversion de l’énergie solaire en énergie électrique de ces dispositifs. Les hétérojonctions planaires et les hétérojonctions en volume sont les plus communément utilisées. Cependant, la morphologie idéale pour l’efficacité se situerait à mis chemin entre celles-ci. Il s’agit de l’hétérojonction nanostructurée qui augmenterait la surface entre les couches actives de matériaux tout en favorisant le transport des porteurs de charge. L’objectif de ce projet de maîtrise est d’étudier l’impact de l’implantation de nanostructures dans les cellules solaires organiques sur leurs performances photovoltaïques. Pour ce faire, on utilise la méthode de nanoimpression thermique sur le matériau donneur, le P3HT, afin que celui-ci forme une interface nanostructurée avec le matériau accepteur, le PCBM. Pour effectuer les nanoimpressions, des moules en alumine nanoporeuse ont été fabriqués à l’aide du procédé d’anodisation en deux temps développé par Masuda et al. Ces moules ont subi un traitement afin de faciliter leur séparation du P3HT. Les agents antiadhésifs PDMS et FTDS ont été utilisés à cette fin. Les résultats obtenus témoignent de la complexité d’exécution du procédé de nanoimpression. Il a été démontré que la pression appliquée durant le procédé, la tension superficielle des éléments en contact et les dimensions des nanopores des moules sont des paramètres critiques pour le succès des nanoimpressions. Ceux-ci ont donc dû être optimisés de manière à réussir cette opération. Ainsi, des cellules à interface nanostructurée à 25% avec des nanobâtonnets de 35 nm de hauteur ont pu être fabriquées. Les cellules nanostructurées ont démontré une efficacité 2,3 ± 0,6 fois supérieure aux cellules sans nanostructures, dites planaires. D’autre part, un solvant a été proposé pour diminuer l’interdiffusion entre les couches de P3HT et de PCBM pouvant altérer les nanostructures. Ce phénomène bien connu survient lors du dépot de la couche de PCBM avec le dichlorométhane, un solvant orthogonal avec ces matériaux. Des mesures au TOF-SIMS ont démontré que le limonène permet de diminuer l’interdiffusion entre les couches de P3HT et de PCBM, ce qui en fait un meilleur solvant orthogonal que le dichlorométhane.

Expertise sur 3 masses d’eau de la Réunion (étangs de Saint-Paul et du Gol) et de Martinique (étang des Salines) : typologie et surveillance DCE

Trois masses d’eau situées sur le littoral de l’île de la Réunion et de la Martinique présentent des fonctionnements et des caractéristiques atypiques, ce qui pose actuellement des difficultés dans le cadre de l’application de la DCE. Les deux masses d’eau réunionnaises, l’étang du Gol et l’étang de Saint-Paul, sont actuellement identifiées en tant que plans d’eau au titre de la DCE. La masse d’eau martiniquaise, l’étang des Salines, est quant à elle identifiée en tant que masse d’eau de transition. L’objectif de cette étude est d’apporter une expertise, sur la base des données disponibles et des échanges avec les experts locaux et nationaux, concernant : · la typologie des masses d’eau, · les paramètres chimiques, physico-chimiques et biologiques pertinents à suivre dans le cadre de la surveillance DCE, · des pistes de travail pour consolider des grilles de diagnostic sur les masses d’eau. Cette expertise s’appuie également sur les retours d’expériences et les études réalisées dans le cadre de la mise en oeuvre de la DCE sur les lagunes des bassins Rhône Méditerranée et Corse, dont la morphologie et le fonctionnement se rapprochent des trois masses d’eau étudiées. L’analyse des données et études fournies sur les étangs réunionnais du Gol et de Saint-Paul conduit à poser la question de la pertinence de leur maintien dans le référentiel des masses d’eau au titre de la DCE. Si le choix est cependant fait de conserver ces étangs en tant que masses d’eau DCE, leurs caractéristiques correspondraient à la typologie des eaux de transition et à la gamme de salinité oligohaline. Des recommandations sont formulées en termes d’études complémentaires visant à préciser le fonctionnement hydrologique de ces étangs et de priorisation des suivis de leur qualité physico-chimique et biologique, pour aboutir à une surveillance DCE pérenne. Les recommandations formulées à partir des données fournies sur l’étang martiniquais des Salines concernent l’évaluation des pressions anthropiques pesant sur cette masse d’eau, la priorisation des suivis de sa qualité chimique, physico-chimique et biologique dans le cadre de la surveillance DCE. Des pistes sont également données pour l’élaboration et la consolidation de grilles de diagnostic adaptées à cet étang.

Structures familiales, encadrement communautaire et survie des enfants. Une recherche en milieu rural malien

The influence of the family environment on child survival is difficult to study using retrospective data, especially in contexts where family structures are complex and where children are mobile. Data from a follow-up survey in rural Mali (1976-2009) are used here to address this question. Several indicators are constructed to test the effect of family structures on child mortality: morphology of the domestic group, availability of family resources, the child's place in the family and the presence of his or her parents. Bivariate and multivariate analyses find no difference in child mortality across different family environments. This finding suggests that the family and social networks still play a powerful role in regulating and managing risks of unequal treatment and care of children

Dispositifs optoélectroniques à base de semi-conducteurs organiques en couches minces

Les petites molécules de type p à bandes interdites étroites sont de plus en plus perçues comme des remplaçantes possibles aux polymères semi-conducteurs actuellement utilisés conjointement avec des dérivés de fullerènes de type n, dans les cellules photovoltaïques organiques (OPV). Par contre, ces petites molécules tendent à cristalliser facilement lors de leur application en couches minces et forment difficilement des films homogènes appropriés. Des dispositifs OPV de type hétérojonction de masse ont été réalisés en ajoutant différentes espèces de polymères semi-conducteurs ou isolants, agissant comme matrices permettant de rectifier les inhomogénéités des films actifs et d’augmenter les performances des cellules photovoltaïques. Des polymères aux masses molaires spécifiques ont été synthétisés par réaction de Wittig en contrôlant précisément les ratios molaires des monomères et de la base utilisée. L’effet de la variation des masses molaires en fonction des morphologies de films minces obtenus et des performances des diodes organiques électroluminescentes reliées, a également été étudié. La microscopie électronique en transmission (MET) ou à balayage (MEB) a été employée en complément de la microscopie à force atomique (AFM) pour suivre l’évolution de la morphologie des films organiques minces. Une nouvelle méthode rapide de préparation des films pour l’imagerie MET sur substrats de silicium est également présentée et comparée à d’autres méthodes d’extraction. Motivé par le prix élevé et la rareté des métaux utilisés dans les substrats d’oxyde d’indium dopé à l’étain (ITO), le développement d’une nouvelle méthode de recyclage eco-responsable des substrats utilisés dans ces études est également présenté.

The use of animal models in multiple myeloma

International audience

Multiple myeloma and bone

International audience

Phylogenetic inference's algorithms

Phylogenetic inference consist in the search of an evolutionary tree to explain the best way possible genealogical relationships of a set of species. Phylogenetic analysis has a large number of applications in areas such as biology, ecology, paleontology, etc. There are several criterias which has been defined in order to infer phylogenies, among which are the maximum parsimony and maximum likelihood. The first one tries to find the phylogenetic tree that minimizes the number of evolutionary steps needed to describe the evolutionary history among species, while the second tries to find the tree that has the highest probability of produce the observed data according to an evolutionary model. The search of a phylogenetic tree can be formulated as a multi-objective optimization problem, which aims to find trees which satisfy simultaneously (and as much as possible) both criteria of parsimony and likelihood. Due to the fact that these criteria are different there won't be a single optimal solution (a single tree), but a set of compromise solutions. The solutions of this set are called "Pareto Optimal". To find this solutions, evolutionary algorithms are being used with success nowadays.This algorithms are a family of techniques, which aren’t exact, inspired by the process of natural selection. They usually find great quality solutions in order to resolve convoluted optimization problems. The way this algorithms works is based on the handling of a set of trial solutions (trees in the phylogeny case) using operators, some of them exchanges information between solutions, simulating DNA crossing, and others apply aleatory modifications, simulating a mutation. The result of this algorithms is an approximation to the set of the “Pareto Optimal” which can be shown in a graph with in order that the expert in the problem (the biologist when we talk about inference) can choose the solution of the commitment which produces the higher interest. In the case of optimization multi-objective applied to phylogenetic inference, there is open source software tool, called MO-Phylogenetics, which is designed for the purpose of resolving inference problems with classic evolutionary algorithms and last generation algorithms. REFERENCES [1] C.A. Coello Coello, G.B. Lamont, D.A. van Veldhuizen. Evolutionary algorithms for solving multi-objective problems. Spring. Agosto 2007 [2] C. Zambrano-Vega, A.J. Nebro, J.F Aldana-Montes. MO-Phylogenetics: a phylogenetic inference software tool with multi-objective evolutionary metaheuristics. Methods in Ecology and Evolution. En prensa. Febrero 2016.