Proceedings of the 1st Seminar on Higher Education Rankings and E-learning

First International Seminar on Higher EducationRankings and e-Learning. Proceedings

Comparative genomics of emerging pathogens in the Candida glabrata clade

BACKGROUND: Candida glabrata follows C. albicans as the second or third most prevalent cause of candidemia worldwide. These two pathogenic yeasts are distantly related, C. glabrata being part of the Nakaseomyces, a group more closely related to Saccharomyces cerevisiae. Although C. glabrata was thought to be the only pathogenic Nakaseomyces, two new pathogens have recently been described within this group: C. nivariensis and C. bracarensis. To gain insight into the genomic changes underlying the emergence of virulence, we sequenced the genomes of these two, and three other non-pathogenic Nakaseomyces, and compared them to other sequenced yeasts. RESULTS: Our results indicate that the two new pathogens are more closely related to the non-pathogenic N. delphensis than to C. glabrata. We uncover duplications and accelerated evolution that specifically affected genes in the lineage preceding the group containing N. delphensis and the three pathogens, which may provide clues to the higher propensity of this group to infect humans. Finally, the number of Epa-like adhesins is specifically enriched in the pathogens, particularly in C. glabrata. CONCLUSIONS: Remarkably, some features thought to be the result of adaptation of C. glabrata to a pathogenic lifestyle, are present throughout the Nakaseomyces, indicating these are rather ancient adaptations to other environments. Phylogeny suggests that human pathogenesis evolved several times, independently within the clade. The expansion of the EPA gene family in pathogens establishes an evolutionary link between adhesion and virulence phenotypes. Our analyses thus shed light onto the relationships between virulence and the recent genomic changes that occurred within the Nakaseomyces.

Using tools to help cost estimating and pricing: examination of costing model's and cost breakdown's workability and their capability to cooperative work

Tämä diplomityö käsittelee työkaluja, jotka on suunniteltu kustannusten ennakointiin ja hinnan asetantaan. Aluksi on käyty läpi perinteisen ja toimintoperusteisen kustannuslaskennan perusteita. Näiden menetelmien välisiä eroja on tarkasteltu ja toimintoperusteisen kustannuslaskennan paremmin sopivuus nykypäivän yrityksille on perusteltu. Toisena käsitellään hinnoittelu. Hinnan merkitys, hinnoittelumenetelmät ja päätös lopullisesta hinnasta on käyty läpi. Hinnoittelun jälkeen esitellään kustannusjärjestelmät ja kustannusten arviointi. Nämä asiat todistavat, että tarkat kustannusarviot ovat elintärkeitä yritykselle. Tuotteen kustannusarviointi, hinnan asetanta ja tarjoaminen ovat erittäin merkityksellisiä asioita ottaen huomioon koko projektin elinkaaren ja tulevat tuotot. Nykyään on yleistä käyttää työkaluja kustannusarvioinnissa ja joskus myös hinnoittelussa. Työkalujen luotettavuus on tiedettävä, ennenkuin työkalut otetaan käyttöön. Myös työkalujen käyttäjät täytyy perehdyttää hyvin. Muuten yritys todennäköisesti kohtaa odottamattomia ja epämiellyttäviä yllätyksiä.

Raportointitietokannan suorituskyvyn parantaminen

Tietokoneiden tallennuskapasiteetin ja sekä tietokoneiden että verkkojen nopeuden kasvaessa myös käyttäjien odotukset kasvavat. Tietoa talletetaan yhä enemmän ja näistä tiedoista laaditaan yhä monimutkaisempia raportteja. Raporttien monimutkaisuuden kasvaessa niiden tarvitseman tiedon keräämiseen kuluva aika ei kuitenkaan saisi oleellisesti kasvaa. Tämän työn tarkoituksena on tutkia ja parantaa kansainvälisen metsäteollisuusyrityksen myynnin ja logistiikan järjestelmän raportointitietokannan tehokkuutta etenkin raporttien tietojen keräämiseen kuluvalla ajalla mitattuna. Työssä keskitytään kartoittamaan nykyisen järjestelmän pullonkauloja ja pyritään parantamaan järjestelmän suorituskykyä. Tulevaisuudessa suorituskykyä tarvitaan kuitenkin lisää, joten työssä tarkastellaan myös nykyisen, yleiskäyttöisen tietokannan, korvaamista erityisesti raportointia varten suunnitellulla tietokannalla. Työn tuloksena järjestelmän raporttien tietojen keräämiseen kuluvaa aikaa pystyttiin pienentämään ja pahimmat pullonkaulat selvittämään. Käyttäjämäärän kasvaessa tietokannan suorituskyvyn rajat tulevat kuitenkin pian vastaan. Tietokanta joudutaan tulevaisuudessa vaihtamaan erityisesti raportointitietokannaksi suunniteltuun.

Unlicensed Mobile Access Concept from Testing Point of View

Viime vuosikymmenien aikana kommunikaatioteknologiat ovat kehittyneet erittäin paljon. Uusia verkkoja, liityntätekniikoita, protokollia ja päätelaitteita on luotu alati kehittyvällä vauhdilla, eikä hidastumisen merkkejä ole näkyvissä. Varsinkin mobiilisovellukset ovat kasvattaneet markkinaosuuksiaan viime aikoina. Unlicensed MobileAccess (UMA) on uusi liityntätekniikka mobiilipäätelaitteille, joka mahdollistaa liitynnän GSM- runkoverkkoon WLAN- tai Bluetooth - tekniikoiden avulla. Tämä diplomityö keskittyy UMAan liittyviin teknologioihin, joita tarkastellaan lähemmin ensimmäisissä kappaleissa. Tavoitteena on esitellä, mitä UMA merkitsee, ja kuinka eri tekniikoita voidaan soveltaa sen toteutuksissa. Ennenkuin uusia teknologioita voidaan soveltaa kaupallisesti, täytyy niiden olla kokonaisvaltaisesti testattuja. Erilaisia testausmenetelmiä sovelletaan laitteistonja ohjelmiston testaukseen, mutta tavoite on kuitenkin sama, eli vähentää testattavan tuotteen epäluotettavuutta ja lisätä sen laatua. Vaikka UMA käsittääkin pääasiassa jo olemassa olevia tekniikoita, tuo se silti mukanaan uuden verkkoelementin ja kaksi uutta kommunikaatioprotokollaa. Ennen kuin mitään UMAa tukevia ratkaisuja voidaan tuoda markkinoille, monia erilaisia testausmenetelmiä on suoritettava, jotta varmistutaan uuden tuotteen oikeasta toiminnallisuudesta. Koska tämä diplomityö käsittelee uutta tekniikkaa, on myös testausmenetelmien yleisen testausteorian käsittelemiselle varattu oma kappale. Kappale esittelee erilaisia testauksen näkökulmia ja niihin perustuen rakennetaan myös testausohjelmisto. Tavoitteena on luoda ohjelmisto, jota voidaan käyttää UMA-RR protokollan toiminnan varmentamiseen kohdeympäristössä.

Intraperikaryal neurofilamentous accumulations in a subset of retinal ganglion cells in aged mice that express a human neurofilament gene.

Neurofilamentous changes in select groups of neurons are associated with the degenerative changes of many human age-related neurodegenerative diseases. To examine the possible effects of aging on the neuronal cytoskeleton containing human proteins, the retinas of transgenic mice expressing the gene for the human middle-sized neurofilament triplet were investigated at 3 or 12 months of age. Transgenic mice developed tangle-like neurofilamentous accumulations in a subset of retinal ganglion cells at 12 months of age. These neurofilamentous accumulations, which also involved endogenous neurofilament proteins, were present in the perikarya and proximal processes of large ganglion cells and were predominantly located in peripheral retina. The presence of the human protein may thus confer vulnerability of the cytoskeleton to age-related alterations in this specific retinal cell type and may serve as a model for similar cellular changes associated with Alzheimer's disease and glaucoma.

Puunkäsittelykoneen simulointi ja mekaaniset häviöt

Diplomityö on osa Savonia-amk:n koneosaston TOVI-projektia, jossa metsä-konevalmistaja Ponsse Oyj on mukana. Työssä tutkittiin Ponsse Oyj:n metsäkoneen harvesteripäätä. Tavoitteena oli harvesteripään puun syöttöliikkeessä syntyvien mekaanisten häviöiden selvittäminen. Mekaanisilla häviöillä tarkoitamme karsintaterien kitkavoimia ja syöttörullien vierintävastusta.Edellisten lisäksi tavoitteena oli tutkia puun syöttöliikkeen simuloitavuutta monikappaledynamiikkaan perustuvalla simu-lointiohjelmistolla. Työ toteutettiin mittaamalla harvesteripään hydraulisten toimilaitteiden paineita, puun syötön aikana. Mittasimme myös puun ja harvesteripään välistä liikematkaa, nopeutta, kiihtyvyyttä, sekä puun paksuutta. Mittausten lisäksi harvesteripäästä rakennettiin simulointimalli. Mitattujen paineiden avulla laskettiin vastaavien toimilaitteiden synnyttämät voimat ja momentit. Simulointimallilla toistettiin mittaustapahtumat, käyttäen mittausten avulla laskettuja voimia ja momentteja. Mallin kitkakertoimien ja vierintävastusten avulla simuloidut ja mitatut liikematkat haettiin yhteneviksi. Toisin sanoen, simulointimalli verifioitiin todellisuutta vastaavaksi, jolloin simulointimallista voitiin lukea syntyneet häviöt.

Alterations in neurofilament protein immunoreactivity in human hippocampal neurons related to normal aging and Alzheimer's disease.

The distribution of immunoreactivity for the neurofilament triplet class of intermediate filament proteins was examined in the hippocampus of young, adult and elderly control cases and compared to that of Alzheimer's disease cases. In a similar fashion to non-human mammalian species, pyramidal neurons in the CA1 region showed a very low degree of neurofilament triplet immunoreactivity in the three younger control cases examined. However, in the other control cases of 49 years of age and older, many CA1 pyramidal neurons showed elevated neurofilament immunoreactivity. In the Alzheimer's disease cases, most of the surviving CA1 neurons showed intense labeling for the neurofilament triplet proteins, with many of these neurons giving off abnormal "sprouting" processes. Double labeling demonstrated that many of these neurons contained tangle-like or granular material that was immunoreactive for abnormal forms of tau and stained with thioflavine S, indicating that these neurons are in a transitional degenerative stage. An antibody to phosphorylated neurofilament proteins labeled a subset of neurofibrillary tangles in the Alzheimer's disease cases. However, following formic acid pre-treatment, the number of neurofibrillary tangles showing phosphorylated neurofilament protein immunoreactivity increased, with double labeling confirming that all of the tau-immunoreactive neurofibrillary tangles were also immunoreactive for phosphorylated neurofilament proteins. Immunoblotting demonstrated that there was a proportionately greater amount of the neurofilament triplet subunit proteins in hippocampal tissue from Alzheimer's disease cases as compared to controls. These results indicate that there are changes in the cytoskeleton of CA1 neurons associated with age which are likely to involve an increase in the level of neurofilament proteins and may be a predisposing factor contributing towards their high degree of vulnerability in degenerative conditions such as Alzheimer's disease. The cellular factors affecting hippocampal neurons during aging may be potentiated in Alzheimer's disease to result in even higher levels of intracellular neurofilament proteins and the progressive alterations of neurofilaments and other cytoskeletal proteins that finally results in neurofibrillary tangle formation and cellular degeneration.

Langaton työympäristö yrityskäyttäjille: Kokonaisratkaisut ja niiden tuotteistus

Langattomuus ja erilaiset mobiilit ratkaisut ovat tulleet jäädäkseen.Langattomiin laitteisiin törmää nykyään päivittäin mitä erilaisimmissa yhteyksissä ja myös yrityksissä on huomattu langattomuuden mukanaan tuoma potentiaali mahdollisuutena tehostaa työntekoa, parantaa tuottavuutta sekä luoda kokonaan uusia toimintamalleja. Tämän työn teettäjänä toimii Datainfo Solutions Lappeenranta.Tarkoituksena oli luoda yrityksen käyttöön langattomia mobiilityöympäristöjä, joita yritys voi hyödyntää tarjotessaan uudentyyppisiä langattomia kokonaisratkaisuja asiakkailleen. Työ käsittelee ensin perusteknologioita, joilla langaton työympäristö voidaan toteuttaa. Tietoturvaosiossa käsitellään ensimmäisessä luvussa esiteltyjen teknologioiden tietoturvaa sekä langattomuuden mukanaan tuomia erityisiä uhkakuvia sekä ratkaisuja näihin tietoturvauhkiin. Langattomuus ja liikkuminen lisäävät luonnollisesti erilaisten etäkäyttöratkaisujen käyttöä, joten työssä esitellään myös etäkäytön teoriapuolta. Diplomityön tuloksena saatiin langaton kokonaisratkaisu, joka sisältää kolme eri asiakassegmenttiäja kuusi erilaista ja -tyyppistä tuotteistusta.

Concentrations of resveratrol and derivatives in foods and estimation of dietary intake in a Spanish population: European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC)-Spain cohort

Resveratrol has been shown to have beneficial effects on diseases related to oxidant and/or inflammatory processes and extends the lifespan of simple organisms including rodents. The objective of the present study was to estimate the dietary intake of resveratrol and piceid (R&P) present in foods, and to identify the principal dietary sources of these compounds in the Spanish adult population. For this purpose, a food composition database (FCDB) of R&P in Spanish foods was compiled. The study included 40 685 subjects aged 3564 years from northern and southern regions of Spain who were included in the European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC)-Spain cohort. Usual food intake was assessed by personal interviews using a computerised version of a validated diet history method. An FCDB with 160 items was compiled. The estimated median and mean of R&P intake were 100 and 933 mg/d respectively. Approximately, 32% of the population did not consume RΠ The most abundant of the four stilbenes studied was trans-piceid (53·6 %), followed by trans-resveratrol (20·9 %), cis-piceid (19·3 %) and cis-resveratrol (6·2 %). The most important source of R&P was wines (98·4 %) and grape and grape juices (1·6 %), whereas peanuts, pistachios and berries contributed to less than 0·01 %. For this reason the pattern of intake of R&P was similar to the wine pattern. This is the first time that R&P intake has been estimated in a Mediterranean country.

Suurien tahtimoottorien tilaustoimitusprosessin kehittäminen

Työn tavoitteena on ideoida keinoja, joilla tehottomasti toimivaa tilaustoimitusprosessia voidaan kehittää. Ideoidut kehittämistoimet pohjautuvat tilaustoimitusprosessin toimivuutta selvittävään tutkimukseen ja niillä tavoitellaan kohdeyrityksessä valmistettavien suurien tahtikoneiden tilaustoimitusprosessin korkeampaa tuottavuutta ja laaduntuottokykyä, lyhyempiä läpäisyaikoja sekä pienempää keskeneräisen tuotannon määrää. Työssä keskitytään kehittämään tilaustoimitusprosessin alkupään vaiheiden eli tilauskohtaisen suunnittelun ja projektinhoidon epästandardeja toimintatapoja sekä puutteellisia työvälineitä. Työn tutkimusvaiheessa selvitetään tilaustoimitusprosessinnykytila prosessiin osallistuvia henkilöitä haastattelemalla, tutkimalla toteutuneita toimitusaika- ja nimikerakenteita sekä esiintyneitä laatupoikkeamia. Näin pyritään löytämään nykyisen toimintamallin ongelmakohdat, joihin kehittämisen painopistealue asetetaan. Tutkimusvaiheeseen kuuluu myös kirjallisuustutkimus, jossa paneudutaan tilaustoimitusprosessin toimintaan yleisellä tasolla sekä kartoitetaan niitä tekijöitä, jotka vaikuttavat tilaustoimitusprosessin tehokkuuteen. Lisäksi kirjallisuustutkimuksessa perehdytään yksittäistuotantoon liittyvään teoriaan ja erilaisiin tapoihin organisoida sen toimintaa. Tutkimusvaiheen jälkeen esitellään tutkimukseen pohjautuvat toimenpide-ehdotukset kohdeyrityksen tilaustoimitusprosessin tehokkuuden parantamiseksi.Ehdotettuja toimintaa tehostavia keinoja ovat simultaanisuunnittelu, erilaistensuunnittelun ja tuotannon yhteistyötä tukevien tietojärjestelmien rakentaminen,DFMA-analyysin käyttöönotto, tuotteiden rakenteiden tehokas modulointi sekä mallirakenne yrityksen heikoimmin vakioidulle tuotteelle. Ennen kehitystoimien aloittamista yrityksen toimistoprosessin toimivuutta ehdotetaan lisäksi tarkasteltavan työntutkimuksen keinoin.