Patrimoni Digital de Catalunya, a year and a half experience

E-repositories are part of the e-science, and they are based on the e-infrastructure. The Centre de Supercomputació de Catalunya (CESCA) together with the Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC) started in 1999 a cooperative repository, named TDR, to file, in digital format, the full-text of the read thesis at the universities of our country in order to spread them worldwide in open access, while at the same time, preserving the intellectual copyright of the authors. Since then, four additional cooperative repositories have been created: RECERCAT for research papers; RACO for scientific, cultural and erudite Catalan magazines; MDC for Catalan digital collections of pictures, maps, posters and old magazines; and PADICAT for archiving Catalan digital web content; The main objective of the latter is to archive Catalan web sites. That is, PADICAT collects, processes and provides permanent access to the entire cultural, scientific and general output of Catalonia in digital format. The repository manager is the Biblioteca de Catalunya, as the institution responsible for compiling, processing and distributing the bibliographic heritage of Catalonia, while CESCA is the technology partner. On September 11th, 2006 the repository went into operation for the general public, with some thirty websites archived. After one year and a half, it has 2.720 captures of more than 1.000 websites. This includes 34 million files (HTML, images...) and two terabytes of data. The objective of this paper is to present PADICAT and our experience developing and managing it.We describe the repository briefly, we explain the technology used to implement it and we comment our experiences during its first year and a half.

Globalization and international relations: the Olympic Movement and European Integration

Essay elaborated by Shaelyne Johnson, undergraduate student of Global Studies at the University of California-Santa Barbara, during her internship at CEO-UAB for the academic course 2008/2009. She compares the organisational structure, goals and objectives of the institutions in the Olympic Movement and the European Integration, in order to find connections between both movements which were caused by globalization. The paper begins with an introduction of the changing world nowadays, followed by an overview on the structural similarities in the historical unfolding between these two parallel movements and, before concluding, new means for international relations are considered. This document is available in English through the digital library at the CEO-UAB Portal of Olympic Studies and the digital repository RECERCAT.

Nuclear Factor I genomic binding associates with chromatin boundaries.

BACKGROUND: The Nuclear Factor I (NFI) family of DNA binding proteins (also called CCAAT box transcription factors or CTF) is involved in both DNA replication and gene expression regulation. Using chromatin immuno-precipitation and high throughput sequencing (ChIP-Seq), we performed a genome-wide mapping of NFI DNA binding sites in primary mouse embryonic fibroblasts. RESULTS: We found that in vivo and in vitro NFI DNA binding specificities are indistinguishable, as in vivo ChIP-Seq NFI binding sites matched predictions based on previously established position weight matrix models of its in vitro binding specificity. Combining ChIP-Seq with mRNA profiling data, we found that NFI preferentially associates with highly expressed genes that it up-regulates, while binding sites were under-represented at expressed but unregulated genes. Genomic binding also correlated with markers of transcribed genes such as histone modifications H3K4me3 and H3K36me3, even outside of annotated transcribed loci, implying NFI in the control of the deposition of these modifications. Positional correlation between + and - strand ChIP-Seq tags revealed that, in contrast to other transcription factors, NFI associates with a nucleosomal length of cleavage-resistant DNA, suggesting an interaction with positioned nucleosomes. In addition, NFI binding prominently occurred at boundaries displaying discontinuities in histone modifications specific of expressed and silent chromatin, such as loci submitted to parental allele-specific imprinted expression. CONCLUSIONS: Our data thus suggest that NFI nucleosomal interaction may contribute to the partitioning of distinct chromatin domains and to epigenetic gene expression regulation.NFI ChIP-Seq and input control DNA data were deposited at Gene Expression Omnibus (GEO) repository under accession number GSE15844. Gene expression microarray data for mouse embryonic fibroblasts are on GEO accession number GSE15871.

SWORD : utilitat per a la integració de repositoris amb aplicacions de gestió docent

A la Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) el procés de gestió de les memòries dels projectes de final de carrera i màster està en funció del model organitzatiu de cada escola o facultat. Aquest escenari implica diferents fluxos de treball i de temps per al dipòsit d'aquestes memòries en el repositori del portal d'accés obert al coneixement UPCommons (www.upcommons.edu) Amb la voluntat de no incidir en aquests processos de cada escola o facultat, s'ha desenvolupat amb la Facultat d'Informàtica de Barcelona (FIB) un sistema d'integració de les memòries i les seves dades associats de forma transparent durant el procés administratiu per mitjà d'uns connectors desenvolupats conjuntament pel servei de Biblioteques de la UPC i el laboratori de càlcul de la FIB. Aquests connectors es basen en la tecnologia SWORD (Simple Web-services Offering Repository Deposit) que per mitjà de XML codifiquen les dades introduïdes i els pre-bolquen en el dipòsit de treballs acadèmics abans de la lectura de la memòria.

Banc electrònic d'objectes i recursos d'aprenentatge dels estudis de comunicació audiovisual

OdACAV és un banc electrònic d’objectes d’aprenentatge (OdA) que te com a finalitat principal servir als docents de les assignatures troncals dels Estudis de Comunicació Audiovisual (CAV) de la UB (obert també a altres universitats catalanes) implicats o que es vulguin implicar en la innovació docent i pretén facilitar i potenciar la documentació per a la investigació i la recerca a l’entorn del paper innovador dels OdA digitals; així com la patrimonialització dels mateixos. Què és i que no és un OdA de CAV? És tot allò que serveix en un procés d'ensinistrament, d'aprenentatge, de formació - que en els cas que ens ocupa, es tradueix en una col·lecció d'imatges fixes, en un hipertext, en una hipermèdia, un vídeo, etc.-, i la missió dels quals és suscitar l’interès i l'aprofitament en el transvasament dels continguts de les assignatures dels estudis actuals (de la Llicenciatura) i futurs (del Grau) de Comunicació Audiovisual. El projecte sorgeix com a necessitat orgànica de la mateixa naturalesa de l'ensenyament de Comunicació Audiovisual, on en el pla dels continguts els exemples, els referents, els models no són encara prou desenvolupats i costa molt disposar d'OdAs suficientment competents. Les fonts documentals del cinema, de la televisió i dels mitjans en general són la base sobre la que s’han bastit els OdA de la base de dades del web http://www.lmi.ub.es/repositori/ amb l’esperança que resultin adequats a la innovació en els Estudis de Comunicació Audiovisual. És, doncs, un repositori de condició cooperativa, dinàmic i flexible; amb esperit blog/wiki, els objectius del qual són: la creació d'un sistema de dipositació dels OdA; l'establiment d'un sistema de recuperació dels mateixos; la implantació de fluxos d'entrada i sortida; la consolidació d'un observatori d'investigació i de recerca sobre la innovació dels OdA en els entorns i els sistemes educatius actuals; l’articulació de possibles accions patrimonials al voltant de la creació i preservació d’aquests.

Creació de materials per a l'aprenentatge autònom i guiat de la interpretació de conferències a nivell inicial i intermedi

El desenvolupament del projecte ens ha permès de crear materials per a l´aprenentatge autònom de la interpretació de conferències així com d´un material d´acompanyament i suport del procés d´aprenentatge no presencial. Aquests materials s´integren en les assignatures d´interpretació del Grau en Traducció i Interpretació i serveixen perquè els estudiants continuïn fent un treball guiat fora de l´aula. Es pot considerar també un material de suport a les classes presencials. Els materials desenvolupats cobreixen les cinc llengües dels nostres estudis (català, castellà, anglès, alemany i francès) i estan organitzats en dos blocs diferenciats: itineraris d´aprenentatge i banc de discursos. Aquesta divisió permet a l´estudiant treballar seguint dues opcions diferenciades: a) a partir d´una seqüenciació guiada de tasques; b) abordant directament la interpretació d´un discurs oral. El projecte s'ha dut a terme entre les universitats Pompeu Fabra i Autònoma de Barcelona, durant el període 2007- 2009.

Entorno gráfico de configuración para el soft-core OpenRISC

Aquest projecte consisteix en la realització d'un entorn gràfic que serveixi per generar SoCs basats en el processador soft-core OpenRISC. Aquest entorn permetrà afegir diferents components de manera dinàmica a un repositori d’IPs, mostrar i sel·leccionar qualsevol component disponible dins d’aquest repositori, amb la finalitat d’unir-los al bus del sistema i fer-los accessibles al processador OpenRISC. L’entorn també mostrarà en tot moment com va evolucionant el nostre SoC, guardarà cadascún dels projectes que es realitzen amb aquest entorn i finalment permetrà generar el SoC dissenyat.

Preserving Electronic Theses through the MetaArchive network

In the recent years most libraries have focused on mass digitization programs and keeping electronic born documents, showing and organizing them in a repository. While those repositories have evolved to a much more manageable systems focusing on the user expectations and introducing web 2.0 tools, digital preservation is still in the to-do list of most of them. There is quite a lot of studies focused on preservation and some complex models exist, unfortunately, very few practical systems are running and its quite difficult for a library to get involved in a solution already tested by others. The CBUC (Consortium of University Catalan Libraries) runs TDX, an ETD repository now keeping more than 10.000 full text thesis from any of the 12 university members. After 10 years running TDX a solid preservation system was needed to ensure every thesis would be kept as it was regardless what happens to the repository. The perfect solution was found in the MetaArchive cooperative, this is the effort of many insitutions to keep a copy of each other content through a newtwork using the LOCKSS software as a mechanism to keep track of any change. The presentation will shortly introduce what TDX and MetaArchive is but will, in a practical way, show how the LOCKSS network for presrervation works. Finally a summary of the benefits of the overall experience will be shown.

The mzTab Data Exchange Format: Communicating Mass-spectrometry-based Proteomics and Metabolomics Experimental Results to a Wider Audience.

The HUPO Proteomics Standards Initiative has developed several standardized data formats to facilitate data sharing in mass spectrometry (MS)-based proteomics. These allow researchers to report their complete results in a unified way. However, at present, there is no format to describe the final qualitative and quantitative results for proteomics and metabolomics experiments in a simple tabular format. Many downstream analysis use cases are only concerned with the final results of an experiment and require an easily accessible format, compatible with tools such as Microsoft Excel or R. We developed the mzTab file format for MS-based proteomics and metabolomics results to meet this need. mzTab is intended as a lightweight supplement to the existing standard XML-based file formats (mzML, mzIdentML, mzQuantML), providing a comprehensive summary, similar in concept to the supplemental material of a scientific publication. mzTab files can contain protein, peptide, and small molecule identifications together with experimental metadata and basic quantitative information. The format is not intended to store the complete experimental evidence but provides mechanisms to report results at different levels of detail. These range from a simple summary of the final results to a representation of the results including the experimental design. This format is ideally suited to make MS-based proteomics and metabolomics results available to a wider biological community outside the field of MS. Several software tools for proteomics and metabolomics have already adapted the format as an output format. The comprehensive mzTab specification document and extensive additional documentation can be found online.

MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.

BACKGROUND: DNA sequence integrity, mRNA concentrations and protein-DNA interactions have been subject to genome-wide analyses based on microarrays with ever increasing efficiency and reliability over the past fifteen years. However, very recently novel technologies for Ultra High-Throughput DNA Sequencing (UHTS) have been harnessed to study these phenomena with unprecedented precision. As a consequence, the extensive bioinformatics environment available for array data management, analysis, interpretation and publication must be extended to include these novel sequencing data types. DESCRIPTION: MIMAS was originally conceived as a simple, convenient and local Microarray Information Management and Annotation System focused on GeneChips for expression profiling studies. MIMAS 3.0 enables users to manage data from high-density oligonucleotide SNP Chips, expression arrays (both 3'UTR and tiling) and promoter arrays, BeadArrays as well as UHTS data using MIAME-compliant standardized vocabulary. Importantly, researchers can export data in MAGE-TAB format and upload them to the EBI's ArrayExpress certified data repository using a one-step procedure. CONCLUSION: We have vastly extended the capability of the system such that it processes the data output of six types of GeneChips (Affymetrix), two different BeadArrays for mRNA and miRNA (Illumina) and the Genome Analyzer (a popular Ultra-High Throughput DNA Sequencer, Illumina), without compromising on its flexibility and user-friendliness. MIMAS, appropriately renamed into Multiomics Information Management and Annotation System, is currently used by scientists working in approximately 50 academic laboratories and genomics platforms in Switzerland and France. MIMAS 3.0 is freely available via http://multiomics.sourceforge.net/.

Repositori de Treballs Final de Carrera

Aquest projecte és el desenvolupament d'una aplicació web per la gestió de treball finals de carrera. Aquest desenvolupament inclou l'anàlisi, disseny i implementació.

UOC Algorithms

Aplicació per a iPad a mode de repositori de continguts relacionats amb l'ensenyament d'assignatures d'informàtica.

Edrepo

Repositori de continguts creat amb php, amb un excel·lent control d'accés d'usuaris. Cada tipus d'usuari té unes opcions predeterminades.

Anàlisi d'accessibilitat WCAG 2.0 del repositori institucional de la UOC (O2)

Estudi sobre repositoris institucionals de documents digitals i anàlisi de 5 pàgines web del repositori institucional de la UOC (O2) en base a la guia d'accessibilitat per a continguts web (WCAG 2.0), que consta de 4 principis, 12 pautes i 61 criteris de conformitat.

Web semántica: RDF y SGBD que lo soportan

En aquest treball es fa una breu introducció a la web semàntica i el seu estat actual. S'analitzen els llenguatges que hi ha a la base del munt de recomanacions del World Wide Web Consortium (XML, XML Schema, RDF i RDF Schema) i s'examinen diferents sistemes de gestió de bases de dades que donen suport a les metadades, que són la base de la web semàntica.