Biana: a software framework for compiling biological interactions and analyzing networks

Background: The analysis and usage of biological data is hindered by the spread of information across multiple repositories and the difficulties posed by different nomenclature systems and storage formats. In particular, there is an important need for data unification in the study and use of protein-protein interactions. Without good integration strategies, it is difficult to analyze the whole set of available data and its properties.Results: We introduce BIANA (Biologic Interactions and Network Analysis), a tool for biological information integration and network management. BIANA is a Python framework designed to achieve two major goals: i) the integration of multiple sources of biological information, including biological entities and their relationships, and ii) the management of biological information as a network where entities are nodes and relationships are edges. Moreover, BIANA uses properties of proteins and genes to infer latent biomolecular relationships by transferring edges to entities sharing similar properties. BIANA is also provided as a plugin for Cytoscape, which allows users to visualize and interactively manage the data. A web interface to BIANA providing basic functionalities is also available. The software can be downloaded under GNU GPL license from http://sbi.imim.es/web/BIANA.php.Conclusions: BIANA's approach to data unification solves many of the nomenclature issues common to systems dealing with biological data. BIANA can easily be extended to handle new specific data repositories and new specific data types. The unification protocol allows BIANA to be a flexible tool suitable for different user requirements: non-expert users can use a suggested unification protocol while expert users can define their own specific unification rules.

Análise de riscos e dificuldades no desenvolvimento de software

O trabalho que ora apresentamos tem como tema “ O Ensino da Expressão e Educação Físico-Motora nas Escolas do Ensino Básico de São Lourenço dos Órgãos – Pós – Reforma.” O mesmo tem como horizonte temporal o ano lectivo 2006/07 e abarca as Escolas Básicas do novel Município de São Lourenço dos Órgãos. O ensino da Expressão e Educação Físico – Motora (E.E.F.M.) reveste-se de enorme importância e, nos últimos anos, tem-se emprestado muita atenção a esta área, quer seja a nível planetário, quer seja a nível nacional. Hoje, muitos estudiosos preocupam-se com o ensino desta área e, em consequência procuram fazer algo que permita a promoção da mesma e seja vista como as outras ditas académicas, isto porque todos estão cientes da sua importância e pertinência dentro do sistema escolar. Diante de tudo o que já foi dito e na possibilidade de poder dar um contributo a bem da educação no nosso pais, em geral, e no Município de São Lourenço dos Órgãos, em particular, pretendemos compreender, entretanto, porque é que muitos professores não leccionam ou raras vezes leccionam a área da Expressão e Educação Físico – Motora.

Entorn de programació pel robot Stäubli mitjantçant MatLab, aplicació a un sistema de recol·lecció de peces basat en visió artificial

Els objectius del projecte són: realitzar un intèrpret de comandes en VAL3 que rebi les ordres a través d’una connexió TCP/IP; realitzar una toolbox de Matlab per enviar diferents ordres mitjançant una connexió TCP/IP; adquirir i processar mitjançant Matlab imatges de la càmera en temps real i detectar la posició d’objectes artificials mitjançant la segmentació per color i dissenyar i realitzar una aplicació amb Matlab que reculli peces detectades amb la càmera. L’abast del projecte inclou: l’estudi del llenguatge de programació VAL3 i disseny de l’ intèrpret de comandes, l’estudi de les llibreries de Matlab per comunicació mitjançant TCP/IP, per l’adquisició d’imatges, pel processament d’imatges i per la programació en C; el disseny de la aplicació recol·lectora de peces i la implementació de: un intèrpret de comandes en VAL3, la toolbox pel control del robot STAUBLI en Matlab i la aplicació recol·lectora de peces mitjançant el processament d’imatges en temps real també en Matlab

Aplicación de software de interpolación en las evaluaciones hidroacústicas de la biomasa y distribución de recursos pelágicos

Propone una alternativa para el procesamiento de datos de ecointegración acústica cuando se pretende obtener la distribución y el nivel de biomasa de recursos marinos, mediante la aplicación de un software de interpolación de datos.

KemapMobile: una adaptación de la herramienta software KeMap a la plataforma Android

Este trabajo describe el proceso de creación de la herramienta de software KemapMobile para la plataforma Android. El artefacto es una adaptación del software de escritorio KeMap que se integra en la plataforma educativa VerilUOC y permite a los estudiantes conectarse a ella para descargar, en la aplicación, ejercicios con los que poner a prueba y afianzar sus conocimientos sobre la simplificación de funciones lógicas booleanas con mapas de Karnaugh y tablas de verdad. La arquitectura cliente-servidor de la aplicación permite a los estudiantes disponer de ejercicios personalizados y al profesorado obtener datos sobre el uso de la herramienta y sobre la progresión del alumnado.

Projecto de Software Utilizando a UML Caso Prático: Modelação do Subsistema de Secretaria Digital – Universidade Jean Piaget

O presente trabalho demonstra a utilização da linguagem UML na modelação (também se aplica à projecção e desenvolvimento) de sistemas. Incorpora um estudo de caso que consiste na modelação (também, propostas de implementação, sobretudo ao nível do modelo de dados) de um subsistema que faz parte do Sistema de Gestão Académico (SIAC) na Universidade Jean Piaget de Cabo Verde (Unipiaget).O trabalho surge após a percepção das dificuldades em que os alunos e não só, se enfrentam para terem acessos aos dados académicos, principalmente nos períodos em que estes se encontram de férias, daí a necessidade de implementação da Universidade Digital. Assim, aproveitando as boas práticas do desenvolvimento de sistemas, iniciou-se o processo da subdivisão do problema maior (Universidade Digital) em subproblemas (vários subsistemas), cujo projecto se concentra na análise e modelação do subsistema de secretaria digital. A metodologia adoptada foi a do diálogo directo programado e não programado, aplicação de questionários e entrevistas, assim como a da proposta de melhorias.Sendo assim, o trabalho iniciou-se com o levantamento de requisitos e avaliado face ao comportamento de subsistema no seu modo presencial (estado actual). E, por fim foram efectuadas propostas de melhorias, as quais permitirão alcançar a satisfação dos potênciais actores (utilizador do sistema).

Laboratorio virtual de química en software libre para la preparación de disoluciones

Con este TFM se muestra un laboratorio virtual de química a través de diversos experimentos para la preparación de disoluciones en función de sus expresiones de concentración.

Análise do Sistema de Tratamento de Efluentes Gasosos de uma Central de Valorização Energética de Resíduos Sólidos Urbanos

O sistema de tratamento dos gases formados durante a combustão de Resíduos Sólidos Urbanos, (RSU), é um dos componentes mais importantes de uma instalação de incineração. O seu controlo e optimização asseguram a redução dos gases nocivos formados para valores que não representam quaisquer perigos para a saúde pública e ambiental, o que leva a incineração a ser considerada uma das técnicas mais seguras e eficientes para o tratamento dos RSU. A combinação desta técnica com produção de energia eléctrica, por recuperação de calor da combustão dos resíduos, tem contribuído gradualmente para o desenvolvimento socioeconómico. Este trabalho surgiu da necessidade de optimização do sistema de controlo dos gases ácidos, (HCl, NOx, SO2 e HF), da Central de Tratamento de Resíduos Sólidos Urbanos, (CTRSU), da Empresa Valorsul e dos respectivos consumos dos reagentes utilizados no tratamento dos referidos gases, nomeadamente o leite de cal e a amónia. No entanto, procedeu-se apenas com uma análise detalhada do referido sistema de controlo, de modo a identificar as principais dificuldades e possíveis soluções teóricas para as mesmas. Os conhecimentos adquiridos poderão contribuir futuramente para a optimização do sistema de controlo em questão, de modo a garantir a dosagem óptima dos referidos reagentes, diminuindo assim o custo dos mesmos. O presente trabalho também tem como objectivos, a compreensão da tecnologia de valorização energética de resíduos no contexto do tratamento de RSU em Portugal e a análise do processo de formação dos gases durante a combustão dos RSU, principalmente a dos gases ácidos. Em Portugal o tratamento dos RSU é sobretudo por eliminação, deposição directa em aterro sanitário, tendo ocupado em 2012, uma percentagem de 54% do total dos RSU produzidos, no entanto a valorização tem vindo a desenvolver-se e actualmente cerca de 21% dos resíduos produzidos é valorizado energeticamente. Do mesmo modo, a Reciclagem e a valorização orgânica têm progredido nos últimos anos, embora lentamente. A formação dos gases ácidos é influenciada sobretudo pela composição física dos RSU, que contêm na sua matriz materiais constituídos por átomos de azoto, enxofre, cloro e fluor e por certas condições operatórias de incineração, nomeadamente temperatura elevadas, humidade e excesso de ar. A composição física dos resíduos é um parâmetro não controlável pelo operador do sistema de tratamento dos gases, pelo que as condições de incineração devem ser adequadamente controladas, no âmbito de prevenir ou reduzir a formação destes gases. A CTRSU da Valorsul apresenta, em geral, um sistema de tratamento dos gases eficiente, garantido assim que os valores limites de emissão dos gases se encontrem em conformidade com a lei. No entanto, para cumprir este requisito é necessário um consumo excessivo da amónia e leite de cal utilizados no tratamento destes gases. O elevado consumo destes reagentes deve-se sobretudo à dificuldade de optimização da dosagem dos mesmos, como VI consequência de um atraso verificado no sistema de controlo dos gases implementado na Central, “Sample and Hold PID”. Este atraso é de aproximadamente dois minutos e é causado pelo tempo em que os gases levam a percorrer o ponto onde é feita a injecção dos reagentes até ao ponto de extracção dos gases na chaminé, mais o tempo de atraso imposto pelo sistema de monitorização em contínuo das emissões. Através do software simulink do MATLAB realizou-se uma simples simulação do sistema de controlo de emissão dos gases NOx e caudal de amónia, em malha aberta com controlador proporcional, com o objectivo de reproduzir os resultados obtidos através de um controlo real em malha aberta realizada na CTRSU. Verificou-se que estes estão de acordo com o esperado, ou seja as saídas dos controladores do caudal de amónia e concentração do NOx, correspondem às variações efectuadas na válvula de regulação de amónia. Como possíveis soluções teóricas para a redução do atraso do sistema, sugeriu-se a introdução de um compensador de atraso baseado na técnica de Predição de Smith, no sistema de controlo já implementado, ou a implementação de um novo sistema de controlo baseado em sistemas de inteligências artificiais, nomeadamente as Redes Neuronais.

Manual de uso del software Ocean Data View (ODV)

El presente manual de uso del software de visualización de datos “Ocean Data View” (ODV) describe la exploración, análisis y visualización de datos oceanográficos según el formato de la colección mundial de base de datos del océano “World Ocean Database” (WOD). El manual comprende 6 ejercicios prácticos donde se describe paso a paso la creación de las metavariables, la importación de los datos y su visualización mediante mapas de latitud, longitud y gráficos de dispersión, secciones verticales y series de tiempo. Se sugiere el uso extensivo del ODV para la visualización de datos oceanográficos por el personal científico del IMARPE.

Software lliure aplicat a un institut

Aquest projecte intenta donar una alternativa al software privatiu, fent servir el software lliure, i per aconseguir aquest objectiu es crea una distribució GNU/Linux adaptada a les necessitats del institut IES Sabadell. També es realitza un petit estudi dels dos tipus de software, lliure i privatiu, en que es mostrà la historia, tipus de llicències, models de negoci i les avantatges que tenen.

Estudi de software lliure en diferents entorns

El software lliure està tenint últimament un pes cada cop més important en les empreses, però encara és el gran desconegut per a molta gent. Des de la seva creació als anys 80 fins ara, hi ha hagut un creixement exponencial de software lliure de gran qualitat, oferint eines per a tot tipus de necessitats, eines ofimàtiques, gestors de correu, sistemes de fitxer, sistemes operatius…. Tot aquest moviment no ha passat desapercebut per a molts usuaris i empreses, que s’han aprofitat d’ell per cobrir les seves necessitats. Pel que fa a les empreses, cada cop n’hi ha més que en petita o gran mesura, utilitzen el software lliure, ja sigui per el seu menor cost d’adquisició, o bé per la seva gran fiabilitat o per que és fàcilment adaptable o per no establir cap lligam tecnològic, en definitiva per tenir més llibertat. En el moment de la creació d’una nova empresa, on es parteix de zero en tota la tecnologia informàtica, és el moment menys costòs d’implementar l’arquitectura informàtica amb software lliure, és quan l’impacte que té sobre l’empresa, usuaris i clients és menor. En les empreses que ja tenen un sistema informàtic, caldrà establir un pla de migració, ja sigui total o parcial. La finalitat d’aquest projecte no és la de dir quin software és millor que l’altre o de dir quin s’ha d’instal•lar, sinó el de donar a conèixer el món del software lliure, mostrar part d’aquest software, fer alguna comparativa de software lliure amb software propietari, donant idees i un conjunt de solucions per a empreses, per què una empresa pugui agafar idees d’implementació d’algunes de les solucions informàtiques exposades o seguir algun dels consells proposats. Actualment ja hi ha moltes empreses que utilitzen software lliure. Algunes només n’utilitzen una petita part en les seves instal•lacions, ja que el fet de que una empresa funcioni al 100% amb software lliure, tot i que n’hi comença ha haver, de moment ho considero una mica arriscat, però que en poc temps, aquest fet serà cada cop més habitual.

Calculation of radio electrical coverage in Medium-Wave Frequencies

The aim of this project is to accomplish an application software based on Matlab to calculate the radioelectrical coverage by surface wave of broadcast radiostations in the band of Medium Wave (WM) all around the world. Also, given the location of a transmitting and a receiving station, the software should be able to calculate the electric field that the receiver should receive at that specific site. In case of several transmitters, the program should search for the existence of Inter-Symbol Interference, and calculate the field strenght accordingly. The application should ask for the configuration parameters of the transmitter radiostation within a Graphical User Interface (GUI), and bring back the resulting coverage above a map of the area under study. For the development of this project, it has been used several conductivity databases of different countries, and a high-resolution elevation database (GLOBE). Also, to calculate the field strenght due to groundwave propagation, it has been used ITU GRWAVE program, which must be integrated into a Matlab interface to be used by the application developed.

Desenvolupament d'un sistema de transferència de software per una placa entrenadora

El departament d’electrònica i telecomunicacions de la Universitat de Vic ha dissenyat un conjunt de plaques entrenadores amb finalitat educativa. Perquè els alumnes puguin utilitzar aquestes plaques com a eina d’estudi, és necessari disposar d’un sistema de gravació econòmic i còmode. La major part dels programadors, en aquest cas, no compleixen amb aquests requeriments. L’objectiu d’aquest projecte és dissenyar un sistema de programació que utilitzi la comunicació sèrie i que no requereixi d'un hardware ni software específics. D’aquesta manera, obtenim una placa autònoma i un programador gratuït, de muntatge ràpid i simple d’utilitzar. El sistema de gravació dissenyat s’ha dividit en tres blocs. Per una banda, un programa que anomenem “programador” encarregat de transferir codi de programa des de l’ordinador al microcontrolador de la placa entrenadora. Per altra banda, un programa anomenat “bootloader”, situat al microcontrolador, permet rebre aquest codi de programa i emmagatzemar-lo a les direccions de memòria de programa corresponents. Com a tercer bloc, s’implementa un protocol de comunicació i un sistema de control d’errors per tal d’assegurar una correcta comunicació entre el “programador” i el “bootloader”. Els objectius d’aquest projecte s’han complert i per les proves realitzades, el sistema de programació ha funcionat correctament.

Software per al cronometratge de temps mitjançant sensors digitals

L’Slot, conegut per tots amb el nom d’Scalextric, s’ha implantat com a una forma d’oci habitual, la pràctica del qual no queda restringida als més petits, sinó que cada vegada crea més afició entre els grans. El fet que l’Slot s’hagi extès entre els adults n’ha revolucionat la pràctica. L’entrada al mercat de l’Slot de gent adulta, i amb poder adquisitiu molt superior als adolescents, ha provocat que les marques especialitzades vagin evolucionant els seus productes cada vegada més. Totes les marques s’han vist obligades a desenvolupar vehicles més competitius i alhora treure al mercat accessoris que augmentin la realitat del joc. Una de les necessitats que s’ha creat és la de competir entre jugadors. Aquesta competició tan pot ser en forma de carrera entre diversos participants, com de forma individual, cronometrant el temps de cada participant en un circuit. L’objectiu principal del projecte és crear un sistema capaç de realitzar cronometratges en temps real mitjançant sensors digitals ja existents en el mercat de l’Slot i poder controlar i visualitzar la informació des d’un PC. Per a poder captar els senyals dels sensors s’ha utilitzat un sistema microcontrolat, que garanteix gran velocitat d’adquisició, processament de dades i transmissió. La comunicació del Microcontrolador amb el PC s’ha realizat mitjançant el bus USB. El PC serà el controlador del sistema i donarà les ordres al Microcontrolador, podent així tenir control total sobre el funcionament del programa. També serà el PC el que tractarà els crocometratges enregistrats i els mostrarà per pantalla