Assessing the use of very high resolution data to predict species distribution in a mountain environment

Nowadays, Species Distribution Models (SDMs) are a widely used tool. Using different statistical approaches these models reconstruct the realized niche of a species using presence data and a set of variables, often topoclimatic. There utilization range is quite large from understanding single species requirements, to the creation of nature reserve based on species hotspots, or modeling of climate change impact, etc... Most of the time these models are using variables at a resolution of 50km x 50km or 1 km x 1 km. However in some cases these models are used with resolutions below the kilometer scale and thus called high resolution models (100 m x 100 m or 25 m x 25 m). Quite recently a new kind of data has emerged enabling precision up to lm x lm and thus allowing very high resolution modeling. However these new variables are very costly and need an important amount of time to be processed. This is especially the case when these variables are used in complex calculation like models projections over large areas. Moreover the importance of very high resolution data in SDMs has not been assessed yet and is not well understood. Some basic knowledge on what drive species presence-absences is still missing. Indeed, it is not clear whether in mountain areas like the Alps coarse topoclimatic gradients are driving species distributions or if fine scale temperature or topography are more important or if their importance can be neglected when balance to competition or stochasticity. In this thesis I investigated the importance of very high resolution data (2-5m) in species distribution models using either very high resolution topographic, climatic or edaphic variables over a 2000m elevation gradient in the Western Swiss Alps. I also investigated more local responses of these variables for a subset of species living in this area at two precise elvation belts. During this thesis I showed that high resolution data necessitates very good datasets (species and variables for the models) to produce satisfactory results. Indeed, in mountain areas, temperature is the most important factor driving species distribution and needs to be modeled at very fine resolution instead of being interpolated over large surface to produce satisfactory results. Despite the instinctive idea that topographic should be very important at high resolution, results are mitigated. However looking at the importance of variables over a large gradient buffers the importance of the variables. Indeed topographic factors have been shown to be highly important at the subalpine level but their importance decrease at lower elevations. Wether at the mountane level edaphic and land use factors are more important high resolution topographic data is more imporatant at the subalpine level. Finally the biggest improvement in the models happens when edaphic variables are added. Indeed, adding soil variables is of high importance and variables like pH are overpassing the usual topographic variables in SDMs in term of importance in the models. To conclude high resolution is very important in modeling but necessitate very good datasets. Only increasing the resolution of the usual topoclimatic predictors is not sufficient and the use of edaphic predictors has been highlighted as fundamental to produce significantly better models. This is of primary importance, especially if these models are used to reconstruct communities or as basis for biodiversity assessments. -- Ces dernières années, l'utilisation des modèles de distribution d'espèces (SDMs) a continuellement augmenté. Ces modèles utilisent différents outils statistiques afin de reconstruire la niche réalisée d'une espèce à l'aide de variables, notamment climatiques ou topographiques, et de données de présence récoltées sur le terrain. Leur utilisation couvre de nombreux domaines allant de l'étude de l'écologie d'une espèce à la reconstruction de communautés ou à l'impact du réchauffement climatique. La plupart du temps, ces modèles utilisent des occur-rences issues des bases de données mondiales à une résolution plutôt large (1 km ou même 50 km). Certaines bases de données permettent cependant de travailler à haute résolution, par conséquent de descendre en dessous de l'échelle du kilomètre et de travailler avec des résolutions de 100 m x 100 m ou de 25 m x 25 m. Récemment, une nouvelle génération de données à très haute résolution est apparue et permet de travailler à l'échelle du mètre. Les variables qui peuvent être générées sur la base de ces nouvelles données sont cependant très coûteuses et nécessitent un temps conséquent quant à leur traitement. En effet, tout calcul statistique complexe, comme des projections de distribution d'espèces sur de larges surfaces, demande des calculateurs puissants et beaucoup de temps. De plus, les facteurs régissant la distribution des espèces à fine échelle sont encore mal connus et l'importance de variables à haute résolution comme la microtopographie ou la température dans les modèles n'est pas certaine. D'autres facteurs comme la compétition ou la stochasticité naturelle pourraient avoir une influence toute aussi forte. C'est dans ce contexte que se situe mon travail de thèse. J'ai cherché à comprendre l'importance de la haute résolution dans les modèles de distribution d'espèces, que ce soit pour la température, la microtopographie ou les variables édaphiques le long d'un important gradient d'altitude dans les Préalpes vaudoises. J'ai également cherché à comprendre l'impact local de certaines variables potentiellement négligées en raison d'effets confondants le long du gradient altitudinal. Durant cette thèse, j'ai pu monter que les variables à haute résolution, qu'elles soient liées à la température ou à la microtopographie, ne permettent qu'une amélioration substantielle des modèles. Afin de distinguer une amélioration conséquente, il est nécessaire de travailler avec des jeux de données plus importants, tant au niveau des espèces que des variables utilisées. Par exemple, les couches climatiques habituellement interpolées doivent être remplacées par des couches de température modélisées à haute résolution sur la base de données de terrain. Le fait de travailler le long d'un gradient de température de 2000m rend naturellement la température très importante au niveau des modèles. L'importance de la microtopographie est négligeable par rapport à la topographie à une résolution de 25m. Cependant, lorsque l'on regarde à une échelle plus locale, la haute résolution est une variable extrêmement importante dans le milieu subalpin. À l'étage montagnard par contre, les variables liées aux sols et à l'utilisation du sol sont très importantes. Finalement, les modèles de distribution d'espèces ont été particulièrement améliorés par l'addition de variables édaphiques, principalement le pH, dont l'importance supplante ou égale les variables topographique lors de leur ajout aux modèles de distribution d'espèces habituels.

Le rôle de CRTC1 dans la prise de poids induite par les antipsychotiques

Les antipsychotiques atypiques, de deuxième génération, ont largement contribué à améliorer le traitement des patients souffrant de schizophrénie. Cependant, leur mécanisme d'action reste mal compris et leurs effets secondaires sont importants, notamment la prise de poids. CRTC1 (CREB-regulated transcription coactivator 1), aussi appelé TORC1 (transducers of regulated CREB activity 1), est un coactivateur de CREB. Il régule la transcription de Bdnf1 qui joue un rôle essentiel dans le contrôle de la balance énergétique dépendant du VMH 2, 3, 4. Nous pensons que CRTC1 est impliqué dans la prise de poids induite par certains antipsychotiques. En effet, il a été démontré que les souris Crtc1-/- devenaient hyperphagiques et obèses 5, 6, que la régulation de l'activité de CRTC1 se faisait par l'AMPK et que les antipsychotiques atypiques activaient cette kinase dans l'hypothalamus.7 L'AMPK de l'hypothalamus est liée à la régulation de la prise alimentaire, elle inverse l'action de la leptine, hormone anorexigène. Suite à ces constatations, nous proposons de suivre l'hypothèse de travail suivante : l'activation de l'AMPK par les antipsychotiques atypiques dans l'hypothalamus peut maintenir la phosphorylation de CRTC1 et le bloquer dans le cytoplasme, l'empêchant ainsi d'activer les gènes anorexigènes, comme Bdnf par exemple. En effet, la forme phosphorylée inactive de CRTC1 est séquestrée dans le cytoplasme et sa migration dans le noyau nécessite en même temps l'activation de la phosphatase calcineurine et l'inactivation des kinases de la famille de l'AMPK. Dans le travail que nous avons entamé, nous cherchons donc, par western blot et par immunohistochimie, à comprendre si les antipsychotiques atypiques inactivent CRTC1 en induisant sa phosphorylation par l'AMPK et sa rétention dans le cytoplasme.

Le raisonnement clinique de l'infirmier (ère) expert(e) lors de l'évaluation de la douleur chez les patients ventilés, sédatés et non communicants aux soins intensifs

Problématique : La douleur aux soins intensifs adultes est un problème majeur auquel l'équipe soignante est confrontée quotidiennement. Elle nécessite un traitement adéquat et, pour ce faire, une évaluation systématique et précise est requise. Les patients hospitalisés aux soins intensifs sont vulnérables de par leurs pathologies et les multiples stimulations douloureuses auxquelles ils sont exposés. L'évaluation de la douleur est rendue complexe par le fait qu'ils ne peuvent pas la communiquer verbalement. L'utilisation d'échelles d'évaluation de la douleur est recommandée, mais les scores obtenus doivent être interprétés et contextualisés. Evaluer la douleur chez ce type de patient demande aux infirmières des connaissances et compétences élevées, à même d'être mobilisées lors d'un processus complexe lié au raisonnement clinique. But : l'objectif de cette étude descriptive observationnelle est de décrire les indicateurs influençant le raisonnement clinique de l'infirmière1 experte lors de l'évaluation de la douleur chez les patients ventilés, sédatés et non communicants aux soins intensifs. Les résultats produisent une meilleure compréhension de l'évaluation et de la gestion de la douleur en pratique et, finalement, participent à l'amélioration de la qualité de son évaluation et de sa gestion. Méthode : un échantillon de convenance de sept infirmières expertes travaillant dans une unité de soins intensifs d'un hôpital universitaire de Suisse Romande a été constitué pour cette étude. Les données ont été récoltées en situation réelle lors de l'évaluation de la douleur de sept patients en utilisant la méthode du think aloud, par une observation non participative et par un entretien semistructuré. Les données ont été analysées en utilisant une méthode d'analyse de contenu déductive sur la base d'un modèle de raisonnement clinique, comprenant les suivantes: le contexte, la situation du patient, la génération d'hypothèses, les actions infirmières et l'évaluation de l'action. Résultats : la moyenne d'expérience des infirmières participantes est de 15 ans (ÉT 4.5) en soins et de 7.85 ans (ÉT 3.1) en soins intensifs. Sept patients étaient ventilés, sédatés et non communicants ayant une moyenne de score APACHE II2 de 19. Les résultats montrent que les infirmières se basent principalement sur des indicateurs physiologiques pour évaluer la douleur. Elles cherchent à prévenir la douleur pour le patient. Elles se réfèrent régulièrement à des situations déjà vécues (pattern). Elles mobilisent leurs connaissances pour pondérer l'agitation liée à la douleur ou à d'autres causes en générant des hypothèses, puis réalisent un test antalgique pour confirmer ou infirmer l'hypothèse retenue. Conclusion : le contexte clinique joue un rôle important dans le raisonnement clinique de l'infirmière et la gestion de la douleur. Pour faciliter cette tâche, l'évaluation de la douleur doit être combinée avec l'évaluation de la situation clinique du patient et du niveau de sédation des patients de soins intensifs.

Stability of nanoparticle agglomerates under mechanical stress and its effects on their release into the air

L'exposition professionnelle aux nanomatériaux manufacturés dans l'air présente des risques potentiels pour la santé des travailleurs dans les secteurs de la nanotechnologie. Il est important de comprendre les scénarios de libération des aérosols de nanoparticules dans les processus et les activités associées à l'exposition humaine. Les mécanismes de libération, y compris les taux de libération et les propriétés physico-chimiques des nanoparticules, déterminent leurs comportements de transport ainsi que les effets biologiques néfastes. La distribution de taille des particules d'aérosols est l'un des paramètres les plus importants dans ces processus. La stabilité mécanique d'agglomérats de nanoparticules affecte leurs distributions de tailles. Les potentiels de désagglomération de ces agglomérats déterminent les possibilités de leur déformation sous énergies externes. Cela rend les changements possibles dans leur distribution de taille et de la concentration en nombre qui vont finalement modifier leurs risques d'exposition. Les conditions environnementales, telles que l'humidité relative, peuvent influencer les processus de désagglomération par l'adhérence de condensation capillaire de l'humidité. L'objectif général de cette thèse était d'évaluer les scénarios de libération des nanomatériaux manufacturés des processus et activités sur le lieu de travail. Les sous-objectifs étaient les suivants: 1. Etudier les potentiels de désagglomération des nanoparticules dans des conditions environnementales variées. 2. Etudier la libération des nano-objets à partir de nanocomposites polymères; 3. Evaluer la libération de nanoparticules sur le lieu de travail dans des situations concrètes. Nous avons comparé différents systèmes de laboratoire qui présentaient différents niveau d'énergie dans l'aérosolisation des poudres. Des nanopoudres de TiO2 avec des hydrophilicités de surface distinctes ont été testées. Un spectromètre à mobilité électrique (SMPS), un spectromètre à mobilité aérodynamique (APS) et un spectromètre optique (OPC) ont été utilisés pour mesurer la concentration de particules et la distribution de taille des particules. La microscopie électronique à transmission (TEM) a été utilisée pour l'analyse morphologique d'échantillons de particules dans l'air. Les propriétés des aérosols (distribution de taille et concentration en nombre) étaient différentes suivant la méthode employée. Les vitesses des flux d'air d'aérosolisation ont été utilisées pour estimer le niveau d'énergie dans ces systèmes, et il a été montré que les tailles modales des particules étaient inversement proportionnelles à la vitesse appliquée. En général, les particules hydrophiles ont des diamètres plus grands et des nombres inférieurs à ceux des particules hydrophobes. Toutefois, cela dépend aussi des méthodes utilisées. La vitesse de l'air peut donc être un paramètre efficace pour le classement de l'énergie des procédés pour des systèmes d'aérosolisation similaires. Nous avons développé un système laboratoire pour tester les potentiels de désagglomération des nanoparticules dans l'air en utilisant des orifices critiques et un humidificateur. Sa performance a été comparée à un système similaire dans un institut partenaire. Une variété de nanopoudres différentes a été testée. Le niveau d'énergie appliquée et l'humidité ont été modifiés. Le SMPS et l'OPC ont été utilisés pour mesurer la concentration de particules et la distribution de la taille. Un TEM a été utilisé pour l'analyse morphologique d'échantillons de particules dans l'air. Le diamètre moyen des particules a diminué et la concentration en nombre s'est accrue lorsque des énergies externes ont été appliquées. Le nombre de particules inférieures à 100 nm a été augmenté, et celui au-dessus de 350 nm réduits. Les conditions humides ont faits exactement le contraire, en particulier pour les petites particules. En outre, ils ont réduits les effets de la différence de pression due à l'orifice. Les résultats suggèrent que la désagglomération d'agglomérats de nanoparticules dans l'air est possible dans la gamme d'énergie appliquée. Cependant, l'atmosphère humide peut favoriser leur agglomération et améliorer leurs stabilités en réduisant la libération de nanoparticules dans l'environnement. Nous proposons d'utiliser notre système pour le test de routine des potentiels de désagglomération des nanomatériaux manufacturés et de les classer. Un tel classement faciliterait la priorisation de l'exposition et du risque encouru en fonction du niveau d'ENM. Un système de perçage automatique et un système de sciage manuel ont été développés pour étudier la libération de nanoparticules à partir de différents types de nanocomposites. La vitesse de perçage et taille de la mèche ont été modifiées dans les expériences. La distribution de taille des particules et leur concentration en nombre ont été mesurées par un SMPS et un miniature diffusion size classifier (DISCmini). Les distributions de nanoparticules dans les composites et les particules libérées ont été analysés par un TEM et un microscope électronique à balayage (SEM). Les tests de perçage ont libérés un plus grand nombre de particules que le sciage. Des vitesses de perçage plus rapide et les mèches plus grandes ont augmentés la génération de particules. Les charges de nanoparticules manufacturées dans les composites ne modifient pas leurs comportements de libération dans les expériences de perçage. Toutefois, le sciage différencie les niveaux de libération entre les composites et les échantillons blancs. De plus, les vapeurs de polymères ont été générées par la chaleur de sciage. La plupart des particules libérées sont des polymères contenant des nanoparticules ou sur leurs surface. Les résultats ont souligné l'importance du type de processus et paramètres pour déterminer la libération de nanoparticules de composites. Les émissions secondaires telles que les fumées polymères appellent à la nécessité d'évaluations de l'exposition et de risque pour de tels scénarios. Une revue systématique de la littérature sur le sujet de libérations de nanoparticules dans l'air dans les secteurs industriels et laboratoires de recherche a été effectuée. Des stratégies de recherche des informations pertinentes et de stockage ont été développées. Les mécanismes de libération, tels que la taille de particules d'aérosol et de leur concentration en nombre, ont été comparés pour différentes activités. La disponibilité de l'information contextuelle qui est pertinente pour l'estimation de l'exposition humaine a été évaluée. Il a été constaté que les données relatives à l'exposition ne sont pas toujours disponibles dans la littérature actuelle. Les propriétés des aérosols libérés semblent dépendre de la nature des activités. Des procédés à haute énergie ont tendance à générer des plus hauts niveaux de concentrations de particules dans les gammes de plus petite taille. Les résultats peuvent être utiles pour déterminer la priorité des procédés industriels pour l'évaluation les risques associés dans une approche à plusieurs niveaux. Pour l'évaluation de l'exposition, la disponibilité de l'information peut être améliorée par le développement d'une meilleure méthode de communication des données.

Le retour des villes : les phénomènes de déprise et de reprise démographiques dans les villes suisses

Partant de la littérature sur le déclin des villes d'une part et sur le regain d'attractivité des centres urbains d'autre part, cet article analyse l'évolution démographique des villes suisses au cours des dernières décennies. Dès les années 1960/1970, la majorité d'entre elles enregistrent une diminution de leur population, une déprise interprétée comme le signe d'une attractivité déficiente et que beaucoup d'observateurs jugent inéluctable. Et pourtant, depuis les années 2000, une nouvelle phase de croissance (réurbanisation) est constatée. En prenant en compte les différentes composantes de l'évolution de la population, cet article identifie les mécanismes et facteurs économiques, démographiques, socio-culturels et politiques à l'origine de ce « retour des villes ». Drawing on the literature on urban decline on the one hand and on the renewed attractiveness of urban centres on the other, this paper addresses the demographic evolution of Swiss cities during the last decades. In the years 1960/1970 most of them experience a decrease of their population, a loss interpreted as the sign of a deficient attractiveness and that many observers assess as ineluctable. Nonetheless, since 2000 a new period of growth (reurbanisation) has been noted. Taking into account the various components of the population evolution, this paper identifies the mechanisms and the economic, demographic, socio-cultural and political factors at the origin of this « returns of cities ».

Characterization of local and systemic immune-modulation in melanoma patients

Le mélanome cutané est un des cancers les plus agressifs et dont l'incidence augmente le plus en Suisse. Une fois métastatique, le pronostic de survie moyenne avec les thérapies actuelles est d'environ huit mois, avec moins de 5% de survie à cinq ans. Les récents progrès effectués dans la compréhension de la biologie de la cellule tumorale mais surtout dans l'importance du système immunitaire dans le contrôle de ce cancer ont permis le développement de nouveaux traitements novateurs et prometteurs. Ces thérapies, appelées immunothérapies, reposent sur la stimulation et l'augmentation de la réponse immunitaire à la tumeur. Alors que les derniers essais cliniques ont démontré l'efficacité de ces traitements chez les patients avec des stades avancés de la maladie, le contrôle de la maladie à long- terme est seulement atteint chez une minorité des patients. La suppression locale et systémique de la réponse immunitaire spécifique anti-tumorale apparaitrait comme une des raisons expliquant la persistance d'un mauvais pronostic clinique chez ces patients. Des études sur les souris ont montré que les vaisseaux lymphatiques joueraient un rôle primordial dans ce processus en induisant une tolérance immune, ce qui permettrait à la tumeur d'échapper au contrôle du système immunitaire et métastatiser plus facilement. Ces excitantes découvertes n'ont pas encore été établi et prouvé chez l'homme. Dans cette thèse, nous montrons pour la première fois que les vaisseaux lymphatiques sont directement impliqués dans la modulation de la réponse immunitaire au niveau local et systémique dans le mélanome chez l'homme. Ces récentes découvertes montrent le potentiel de combiner des thérapies visant le système lymphatique avec les immunothérapies actuellement utilisées afin d'améliorer le pronostic des patients atteint du mélanome. -- Cutaneous melanoma is one of the most invasive and metastatic human cancers and causes 75% of skin cancer mortality. Current therapies such as surgery and chemotherapy fail to control metastatic disease, and relapse occurs frequently due to microscopic residual lesions. It is, thus, essential to develop and optimize novel therapeutic strategies to improve curative responses in these patients. In recent decades, tumor immunologists have revealed the development of spontaneous adaptive immune responses in melanoma patients, leading to the accumulation of highly differentiated tumor-specific T cells at the tumor site. This remains one of the most powerful prognostic markers to date. Immunotherapies that augment the natural function of these tumor-specific T cells have since emerged as highly attractive therapeutic approaches to eliminate melanoma cells. While recent clinical trials have demonstrated great progress in the treatment of advanced stage melanoma, long-term disease control is still only achieved in a minority of patients. Local and systemic immune suppression by the tumor appears to be responsible, in part, for this poor clinical evolution. These facts underscore the need for a better analysis and characterization of immune- related pathways within the tumor microenvironment (TME), as well as at the systemic level. The overall goal of this thesis is, thus, to obtain greater insight into the complexity and heterogeneity of the TME in human melanoma, as well as to investigate immune modulation beyond the TME, which ultimately influences the immune system throughout the whole body. To achieve this, we established two main objectives: to precisely characterize local and systemic immune modulation (i) in untreated melanoma patients and (ii) in patients undergoing peptide vaccination or checkpoint blockade therapy with anti-cytotoxic T- lymphocyte-asisctaed protein-4 (CTLA-4) antibody. In the first and main part of this thesis, we analyzed lymphatic vessels in relation to anti-tumor immune responses in tissues from vaccinated patients using a combination of immunohistochemistry (IHC) techniques, whole slide scanning/analysis, and an automatic quantification system. Strikingly, we found that increased lymphatic vessel density was associated with high expression of immune suppressive molecules, low functionality of tumor-infiltrating CD8+ T cells and decreased cytokine production by tumor-antigen specific CD8+ T cells in the blood. These data revealed a previously unappreciated local and systemic role of lymphangiogenesis in modulating T cell responses in human cancer and support the use of therapies that target lymphatic vessels combined with existing and future T cell based therapies. In the second objective, we describe a metastatic melanoma patient who developed pulmonary sarcoid-like granulomatosis following repetitive vaccination with peptides and CpG. We demonstrated that the onset of this pulmonary autoimmune adverse event was related to the development of a strong and long-lasting tumor-specific CD8+ T cell response. This constitutes the first demonstration that a new generation tumor vaccine can induce the development of autoimmune adverse events. In the third objective, we assessed the use of Fourier Transform Infrared (FTIR) imaging to identify melanoma cells and lymphocyte subpopulations in lymph node (LN) metastasis tissues, thanks to a fruitful collaboration with researchers in Brussels. We demonstrated that the different cell types in metastatic LNs have different infrared spectral features allowing automated identification of these cells. This technic is therefore capable of distinguishing known and novel biological features in human tissues and has, therefore, significant potential as a tool for histopathological diagnosis and biomarker assessment. Finally, in the fourth objective, we investigated the role of colony- stimulating factor-1 (CSF-1) in modulating the anti-tumor response in ipilimumab-treated patients using IHC and in vitro co-cultures, revealing that melanoma cells produce CSF-1 via CTL-derived cytokines when attacked by cytotoxic T lymphocytes (CTLs), resulting in the recruitment of immunosuppressive monocytes. These findings support the combined use of CSF-1R blockade with T cell based immunotherapy for melanoma patients. Taken together, our results reveal the existence of novel mechanisms of immune modulation and thus promote the optimization of combination immunotherapies against melanoma. -- Le mélanome cutané est un des cancers humains les plus invasifs et métastatiques et est responsable de 75% de la mortalité liée aux cancers de la peau. Les thérapies comme la chirurgie et la chimiothérapie ont échoué à contrôler le mélanome métastatique, par ailleurs les rechutes sous ces traitements ont été montrées fréquentes. Il est donc essentiel de développer et d'optimiser de nouvelles stratégies thérapeutiques pour améliorer les réponses thérapeutiques de ces patients. Durant les dernières décennies, les immunologistes spécialisés dans les tumeurs ont démontré qu'un patient atteint du mélanome pouvait développer spontanément une réponse immune adaptative à sa tumeur et que l'accumulation de cellules T spécifiques tumorales au sein même de la tumeur était un des plus puissants facteurs pronostiques. Les immunothérapies qui ont pour but d'augmenter les fonctions naturelles de ces cellules T spécifiques tumorales ont donc émergé comme des approches thérapeutiques très attractives pour éliminer les cellules du mélanome. Alors que les derniers essais cliniques ont démontré un progrès important dans le traitement des formes avancées du mélanome, le contrôle de la maladie à long-terme est seulement atteint chez une minorité des patients. La suppression immune locale et systémique apparaitrait comme une des raisons expliquant la persistance d'un mauvais pronostic clinique chez ces patients. Ces considérations soulignent la nécessité de mieux analyser et caractériser les voies immunitaires non seulement au niveau local dans le microenvironement tumoral mais aussi au niveau systémique dans le sang des patients. Le but de cette thèse est d'obtenir une plus grande connaissance de la complexité et de l'hétérogénéité du microenvironement tumoral dans les mélanomes mais aussi d'investiguer la modulation immunitaire au delà du microenvironement tumoral au niveau systémique. Afin d'atteindre ce but, nous avons établi deux objectifs principaux : caractériser précisément la modulation locale et systémique du système immunitaire (i) chez les patients atteints du mélanome qui n'ont pas reçu de traitement et (ii) chez les patients qui ont été traités soit par des vaccins soit par des thérapies qui bloquent les points de contrôles. Dans la première et majeure partie de cette thèse, nous avons analysé les vaisseaux lymphatiques en relation avec la réponse immunitaire anti-tumorale dans les tissus des patients vaccinés grâce à des techniques d'immunohistochimie et de quantification informatisé et automatique des marquages. Nous avons trouvé qu'une densité élevée de vaisseaux lymphatiques dans la tumeur était associée à une plus grande expression de molécules immunosuppressives ainsi qu'à une diminution de la fonctionnalité des cellules T spécifiques tumoral dans la tumeur et dans le sang des patients. Ces résultats révèlent un rôle jusqu'à là inconnu des vaisseaux lymphatiques dans la modulation directe du système immunitaire au niveau local et systémique dans les cancers de l'homme. Cette recherche apporte finalement des preuves du potentiel de combiner des thérapies visant le système lymphatique avec des autres immunothérapies déjà utilisées en clinique. Dans le second objectif, nous rapportons le cas d'un patient atteint d'un mélanome avec de multiples métastases qui a développé à la suite de plusieurs vaccinations répétées et consécutives avec des peptides et du CpG, un évènement indésirable sous la forme d'une granulomatose pulmonaire sarcoid-like. Nous avons démontré que l'apparition de cet évènement était intimement liée au développement d'une réponse immunitaire durable et spécifique contre les antigènes de la tumeur. Par là- même, nous prouvons pour la première fois que la nouvelle génération de vaccins est aussi capable d'induire des effets indésirables auto-immuns. Pour le troisième objectif, nous avons voulu savoir si l'utilisation de la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) était capable d'identifier les cellules du mélanome ainsi que les différents sous-types cellulaires dans les ganglions métastatiques. Grâce à nos collaborateurs de Bruxelles, nous avons pu établir que les diverses composantes cellulaires des ganglions atteints par des métastases du mélanome présentaient des spectres infrarouges différents et qu'elles pouvaient être identifiées d'une façon automatique. Cette nouvelle technique permettrait donc de distinguer des caractéristiques biologiques connues ou nouvelles dans les tissus humains qui auraient des retombées pratiques importantes dans le diagnostic histopathologique et dans l'évaluation des biomarqueurs. Finalement dans le dernier objectif, nous avons investigué le rôle du facteur de stimulation des colonies (CSF-1) dans la modulation de la réponse immunitaire anti-tumorale chez les patients qui ont été traités par l'Ipilimumab. Nos expériences in vivo au niveau des tissus tumoraux et nos co-cultures in vitro nous ont permis de démontrer que les cytokines secrétées par les cellules T spécifiques anti-tumorales induisaient la sécrétion de CSF-1 dans les cellules du mélanome ce qui résultait en un recrutement de monocytes immunosuppresseurs. Dans son ensemble, cette thèse révèle donc l'existence de nouveaux mécanismes de modulation de la réponse immunitaire anti-tumorale et propose de nouvelles optimisations de combinaison d'immunothérapies contre le mélanome.

Prévention et dépistage du cancer en Suisse : fréquence et déterminants

Contexte : Après les maladies cardiovasculaires, le cancer est la deuxième cause de mortalité en Suisse. Les cancers de la prostate, du sein, du côlon-rectum, du col utérin et le mélanome cutané représentent, en termes d'incidence et de mortalité, la moitié du fardeau du cancer en Suisse. Des moyens de prévention primaire et/ou secondaire contribuent à réduire la fréquence et la mortalité due à ces cinq cancers. Cependant, l'attitude face à la prévention diffère selon les individus et dépend de multiples facteurs socio-économiques, environnementaux, culturels et comportementaux. Objectif : Évaluer la fréquence et identifier les déterminants des pratiques de dépistage des cancers de la prostate, du sein, du côlon-rectum, du col utérin et du mélanome cutané en Suisse. Matériel et méthode : Les données utilisées sont issues de l'Enquête suisse sur la santé 2007. Une pondération statistique permet d'extrapoler les résultats à la population générale. Des modèles de régression logistique multivariée ont été construits afin de décrire l'association entre pratique du dépistage et facteurs sociodémographiques, style de vie, état de santé, recours aux prestations de santé et soutien social. Résultats : En 2007, selon les méthodes et fréquences recommandées en Suisse et dans les tranches d'âge concernées, 49% des hommes ont effectué un dépistage du cancer prostatique, 13% du cancer colorectal et 33,7% du mélanome cutané. Chez les femmes, 17,9% ont réalisé un dépistage du cancer du sein, 8,7% du cancer colorectal, 36,8% du mélanome cutané et 50,2% du cancer du col utérin. Globalement et pour les deux sexes, l'âge, le lieu de résidence, le niveau de formation, la classe socioprofessionnelle, le revenu d'équivalence du ménage, la pratique d'autres dépistages des cancers, le nombre de visites médicales et de jours d'hospitalisation au cours des 12 mois précédents déterminent le recours au dépistage des cancers d'intérêt. Chez les hommes, la présence d'un médecin de famille et, chez les femmes, la franchise annuelle, influencent aussi la pratique du dépistage. Conclusion : Les prévalences du dépistage varient notablement selon le type de cancer. Le recours aux dépistages des cancers dépend de facteurs sociodémographiques, de l'utilisation des services de santé et de la pratique d'autres dépistages, mais peu, voire pas, du style de vie, de l'état de santé et de la sécurité et du soutien sociaux. Les facteurs identifiés sont souvent communs aux différents types de cancer et rendent possible l'établissement d'un profil général d'utilisateurs du dépistage des cancers. Les stratégies visant à améliorer la compliance aux examens de dépistage devraient considérer les facteurs qui en déterminent le recours et mieux cibler les segments de la population qui les sous-utilisent.

Enseigner l'interculturel dans le supérieur: quels discours et approches d'un concept ambigu à l'heure de l'internationalisation? Le cas de la Finlande

L‘interculturel est un concept souvent partagé mais rarement défini dans la recherche alors que ses compréhensions, interprétations et applications sont variées, ce qui mène à des malentendus et des positionnements épistémologiques et méthodologiques ambigus. En parallèle, de nombreuses critiques et propositions de réorientations de la notion voient le jour. Nous entendons faire le point sur la notion et son intégration potentielle dans l‘enseignement de la communication interculturelle (ECI). Notre étude se base sur l‘analyse de six groupes focalisés d‘enseignants (-chercheurs) impliqués dans l‘enseignement de l‘interculturel du niveau supérieur en Finlande, pays du nord de l‘Europe. Nous avons recours aux paradigmes postmodernes et aux sciences du langage (analyse du discours inspirée d‘auteurs français, et plus particulièrement de l‘école française de la deuxième génération (les théories de l‘énonciation (Kerbrat-Orecchioni, 2002 ; Marnette, 2005) et une approche du dialogisme inspirée par Bakhtine (1977))). Ces méthodes permettent de mettre en avant la complexité identitaire en posant l‘hétérogénéité du discours comme principe, c‘est-à-dire qu‘elles considèrent que tout discours inclut la « voix » de l‘autre. Repérer la présence de ces voix dans les discours des enseignants/chercheurs nous a permis de démontrer comment celles-ci participaient à la construction de leur identité pendant l‘interaction. Nous avons pu observer comment les relations entre ces interactions verbales donnaient lieu à des instabilités (contradictions, omissions), dont l‘étude nous a aidée à déduire leur(s) façon(s) de concevoir l‘interculturel. Les discours analysés révèlent a) que la définition de l‘interculturel est partagée sans être perçue de la même manière et b) que les différentes représentations du concept peuvent varier dans le discours d‘un même enseignant, mettant en évidences des contradictions qui posent problème s‘il s‘agit de communiquer un savoir-être aux apprenants. Nous nous sommes efforcée de trouver la place d‘un interculturel renouvelé parmi ces discours et de dissocier l‘image de l‘éducation interculturelle qui est promue en Finlande de ce qui est proposé en réalité : les changements actuels semblent avoir un minimum d‘impact sur la façon dont les enseignants traitent l‘interculturel. Nous nous demandons alors comment l‘Etat finlandais peut promouvoir un enseignement interculturel cohérent sans proposer aux enseignants/chercheurs une formation qui leur permettrait de reconnaitre les diverses diversités impliquées par l‘interculturel. Mots clés : Communication interculturelle, diversité, culture, enseignement supérieur finlandais.

Suitability of LiDAR technology for forest inventory in Russia

LiDAR is an advanced remote sensing technology with many applications, including forest inventory. The most common type is ALS (airborne laser scanning). The method is successfully utilized in many developed markets, where it is replacing traditional forest inventory methods. However, it is innovative for Russian market, where traditional field inventory dominates. ArboLiDAR is a forest inventory solution that engages LiDAR, color infrared imagery, GPS ground control plots and field sample plots, developed by Arbonaut Ltd. This study is an industrial market research for LiDAR technology in Russia focused on customer needs. Russian forestry market is very attractive, because of large growing stock volumes. It underwent drastic changes in 2006, but it is still in transitional stage. There are several types of forest inventory, both with public and private funding. Private forestry enterprises basically need forest inventory in two cases – while making coupe demarcation before timber harvesting and as a part of forest management planning, that is supposed to be done every ten years on the whole leased territory. The study covered 14 companies in total that include private forestry companies with timber harvesting activities, private forest inventory providers, state subordinate companies and forestry software developer. The research strategy is multiple case studies with semi-structured interviews as the main data collection technique. The study focuses on North-West Russia, as it is the most developed Russian region in forestry. The research applies the Voice of the Customer (VOC) concept to elicit customer needs of Russian forestry actors and discovers how these needs are met. It studies forest inventory methods currently applied in Russia and proposes the model of method comparison, based on Multi-criteria decision making (MCDM) approach, mainly on Analytical Hierarchy Process (AHP). Required product attributes are classified in accordance with Kano model. The answer about suitability of LiDAR technology is ambiguous, since many details should be taken into account.

Jacobus de Voragine. Ogerius Locediensis. Guillelmus de Malliaco.

F. 13-142v [Jacobus de Voragine, Sermones excerpti e collectione sermonum festivalium per anni circulum]; cf. Schneyer, Repert. lat. Serm., III, 246-268. [In Nativitate]; cf. ibid., n° 319, incomplet du début, et n° 324 (13-18v); — « In circumcissione [sic] Domini »; cf. ibid., n° 346 et 347 (18v-24); — « In Epiphania Domini »; cf. ibid., n° 351 et 354 (24-28v); — « In Purificatione sancte Marie »; cf. ibid., n° 374 et 376 (28v-34); — « In Adnunciatione beate Marie.; cf. ibid., n° 396 (34-36v) et n° 397, incomplet du début par lacune matérielle (38-39); — « De s. Johanne Baptista »; cf. ibid., n° 465 et 467 (39-44); — « De apostolis Petro et Paulo »; cf. ibid., n° 471 et 473 (44-49v); — « De b. Paulo apostolo »; cf. ibid., n° 474 (49v-53); — « De s. Maria Magdalena »; cf. ibid., n° 479 et 480 (53-59v); — « De b. Laurentio martyre »; cf. ibid., n° 497 et 499 (59v-65); — « In Assumpcione b. Marie »; cf. ibid., n° 504 et 509 (65-72v); — « De s. Augustino »; cf. ibid., n° 521 et 523 (72v-79v); — « In Nativitate b. Marie »; cf. ibid., n° 528 et 530, incomplet de la fin, en réclame « virginis » (79v-84v); — [De s. Michaele]; cf. ibid., n° 544, incomplet du début par lacune matérielle, et n° 550 (86-90v); — « In festo omnium sanctorum »; cf. ibid., n° 568 et 570 (90v-96v); — « De mortuis »; cf. ibid., n° 574-577 (96v-107v); — « De s. Martino »; cf. ibid., n° 582, incomplet de la fin (107v-109v) et n° 583 incomplet du début par lacune matérielle (111-113v); — « De b. Katerina »; cf. ibid., n° 591 et 592 (113v-119v); — « De dedicacione ecclesie »; cf. ibid., n° 594 et 595 (119v-127); — « De consecracione altaris »; cf. ibid., n° 597 (127-130); — « De vestibus sacris sacerdotis quid significant »; cf. ibid., n° 598 (130-134); — « De exposicione misse »; cf. ibid., n° 599 et 600 (134-142v). F. 142v-146 « Sermo ad religiosos. Quia existis indesertum... (Mt. XI, 7). Istam questionem quam fecit Dominus... ». F. 146-150v [Guillelmus de Malliaco, Sermo excerptus e collectione sermonum de Tempore dicta « Abjiciamus »]; cf. Schneyer, op. cit., II, 483-489. « De visitacione et officio visitacionis »; cf. ibid., n° 72. F. 150v-158 Sermones. « In concilio magnatum. Quoniam ecce reges terre... (Ps. XLVII, 5). Hic duo tanguntur scilicet magnorum conveniencia temporalis... » (150v-151v); — « In synodo clericorum. Pro patribus tui nati sunt tibi filii... (Ps. XLIV, 17). Adtendant ecclesiarum prelati tria... » (151v-155); — « Sermo ad religiosos. Deus qui habit are facit unanimes in domo secundum hebraicam veritatem et secundum Johannem. Deus qui habitare racit monachos... » (155-158). F. 158-160v [Jacobus de Voragine, Sermo de s. Mathia] « Sermo in electione », incomplet par lacune matérielle, en réclame « vir perfectus »; cr. Schneyer, loc. cit., n° 382, moins développé. F. 161-169v [Ogerius Locediensis] « Planctus b. Bernardi de dolore Marie virginis propter filium » (en titre-courant). « Quis dabit capiti meo aquam et oculis meis imbrem sicut presens dies demostrat [sic] cunctis aperte. Inclita regina celica rosa flos sine spina// ...memento mei »; extrait du De Laudibus b. Virginis, rédaction B; cf. H. Barré, dans Revue d'ascétique et de mystique, XXVIII (1952), 243-266, mss. et éditions. Le texte est incomplet par lacune matérielle, un f. ayant été coupé entre les fr. 163 et 164. F. 169v-184 Sermones. « Sermo in Assumptione b. Marie. Surrexit rex in occursum... (III Reg. II, 19). Quam multiplici figura Salomon ille... », incomplet de la fin (169v-171v); — sermon incomplet du début par lacune matérielle (174); — « Sermo in capite jejunii. Convertimini ad Dominum Deum vestrum... (Joel II, 13). Agreditur hodie Spiritus sanctus multitudinem peccatorum... » (174-175v); — « Sermo in Paraceve. Cum egressus fuero de urbe... (Ex. lX, 29). Verba ista sunt Moysi qui gerit typum Salvatoris... » (175v-180v); — « Alius sermo in Paraceve. O vos omnes qui transitis per viam... (Thren. I, 12). Consideranti michi piam et superpiam materiam... » (180v-183v); — « Domine, bonum est nos hic esse... (Lc. lX, 33). Ubi? Petro. Isti enim tria tanguntur in mentis sublimitate... » (183v-184). F. 184v Table des ff. 1 à 193. — Addition fin XIVe s. F. 185-193 Sermones. « Sermo in Nativitate. Sicut lux aurore oriente sole... (II Reg. XXIII, 4, 2). Verba sunt David cui Dominus... » (185-186); — « Sermo in Paraceve. Deducant oculi nostri lacrimas... (Jer. lX, 18). ...ut gloriosa Virgo septies flevisse.. » (186-191); — « Quod Corpus Christi vere sit in altari. Cenantibus autem eis, accepit Jesus panem... Item Joh. (VI, 51): Ego sum panis vivus... Credebant enim quod manducaretur sicut alie carnes. ..) (191-193). F. 193v Table des ff. 194 à 285. — Addition fin XIVe s. La suite de la table a été coupée. F. 194-335v Sermones de Tempore, excerpti praesertim e collectione « Abjiciamus » Guillelmi de Malliaco et e collectionibus De Tempore et De Sanctis et festis Jacobi de Voragine; cf. Schneyer, op. cit., II, 483-489 et III, 221-233 et 246-268. F. 194-208. [Guillelmus de Malliaco] « Dom. 1a in Adventu Domini »; cf. Schneyer, II, loc. cit., n° 1 et 2 (194-203); Dom. 2a »; cf. ibid., n° 3 (203-208). F. 208-213 [Jacobus de Voragine] « Dom. 2a in Adventu Domini »; cf. Schneyer, III, loc. cit., n° 5. F. 213-218 [Guillelmus de Malliaco] « Dom. 3a »; cf. Schneyer, II, n° 6. F. 218-222 [Jacobus de Voragine] « Dom. 3a »; cf. Schneyer, III, n° 8. F. 222v-228 [Guillelmus de Malliaco] « Dom. 4a »; cf. Schneyer, II, n° 7. F. 228-232 [Jacobus de Voragine] « Dom. eadem »; cf. Schneyer, III, n° 11. F. 232-236. « Feria 4a in capite jejunii. Cum jejunatis nolite fieri... (Mt. VI, 16). Hodie incipit tempus penitentie... ». F. 236-240 « De eadem feria. Convertimini ad me in toto corde... (Joel II, 12). Homo per peccatum tria mala incurrit... ». F. 240-246 [Guillelmus de Malliaco] « Dom. 1a in quadragesima »; cf. Schneyer, II, n° 25. F. 246-319 [Jacobus de Voragine] « Dom. eadem »; cf. Schneyer, 111, n° 41 (246-251v); — « Dom. 2a in quadragesima »; cf. ibid. n° 44 et 45 (251v-259v); — « Dom. 3a in quadragesima »; cf. ibid., n° 47 et 48 (259v-270); — « Dom. 4a in quadragesima »; cf. ibid., n° 50 et 51 (270-279v); — « Dom. de passione »; cf. ibid., n° 53 et 54 (279v-290); — « Dom. de Ramis »; cf. ibid., n° 56 et 57 (290-302); — « In Cena Domini »; cf. ibid., n° 401 et 402 (302-307v); — « In Parasceve »; cf. ibid., n° 405 et 411 (307v-312); — « In die Pasce »; cf. ibid., n° 414 et 415 (312-316v); — « Feria 2a post Pasca »; cf. ibid., n° 419 (316v-319). F. 319-325v « De eadem feria. Duo ex discipulis Jhesu ibant... (Lc. XXIV, 13). Introduxit nos Dominus in terram fluentem lac... » F. 326-334 [Jacobus de Voragine] « In adscensione Domini »; cf. ibid., n° 446 et 445 (326-329v); — [In Pentecoste]; cf. ibid., n° 452 et 457 (329v-334). F. 334-335v « De eodem. Ad Deum [sic pro: eum] veniemus et mansionem... (Job. XIV, 23). Super illo verbo dicit b. Eusebius... ». F. 335v-337v Extraits patristiques. « Incipiunt quedam problemata. Lingua mea calamus ego sum. » Sont cités s. Grégoire, s. Paul, s. Augustin, s. Isidore, Boèce, Bède, Josèphe, s. Hilaire, etc.

Mélanges scientifiques.

Contient : Traité sur l'onguent de « Manus Dei » et sur diverses drogues, onguents, emplâtres, etc ; Recueil de recettes et règles pour l'emploi des couleurs en peinture, etc ; Mémoire « sur le livre de Wanhelmont [Jean-Baptiste van Helmont] intitulé : La Naissance de la médecine, ou bien les principes inoüis de la physique » [Ortus medicinae, id est initia physicae inaudita], suivi d'une « Explication de quelques termes que Vanhelmont donne » (fol. 128 v°), — des « Difficultez du livre de Vanhelmont, tant sur la théorie que sur la pratique » (fol. 129 v°), etc ; « Opérations que monsieur de Bertheville vit faire à Orléans, par Charles Daveau, sieur de La Roche, en 1649 » ; Traité sur les propriétés thérapeutiques de certains végétaux, animaux, minéraux et métaux, et recettes dans la composition desquelles ils entrent

Formulaire de chancellerie, formé d'actes du règne de LOUIS XI, parmi lesquels sont à signaler les suivants, qui tous, sauf indication contraire, émanent de ce prince.

Contient : 1° D'une table des pièces, qui commence au feuillet 134, se continue aux feuillets 135 et 136, et s'achève aux feuillets 131 v° et 132 r° ; 2° D'une ballade, dont le refrain est : « Faulte d'argent la douleur non pareille » (fol. 137 r°) ; 3° D'un petit glossaire latin (fol. 138 r°) ; 4° D'une ballade, dont le refrain est : « Tost est deffait qui autrui veult deffaire » (fol. 138 v°) ; 5° D'un petit glossaire latin-latin et latin-français (fol. 139 r°) ; 6° De deux lettres ; l'une de BONIFACE VIII à Philippe-le-Bel, l'autre de PHILIPPE-LE-BEL à Boniface VIII (fol. 139 v°)

使費帳Shi fei zhang.Livre de dépenses.

Comptes de ménage pour un Européen nommé en Chinois M. Sha, datés de 1739, probablement de Pékin.