Ancient mtDNA sequences in the human nuclear genome: A potential source of errors in identifying pathogenic mutations

Nuclear-localized mtDNA pseudogenes might explain a recent report describing a heteroplasmic mtDNA molecule containing five linked missense mutations dispersed over the contiguous mtDNA CO1 and CO2 genes in Alzheimer’s disease (AD) patients. To test this hypothesis, we have used the PCR primers utilized in the original report to amplify CO1 and CO2 sequences from two independent ρ° (mtDNA-less) cell lines. CO1 and CO2 sequences amplified from both of the ρ° cells, demonstrating that these sequences are also present in the human nuclear DNA. The nuclear pseudogene CO1 and CO2 sequences were then tested for each of the five “AD” missense mutations by restriction endonuclease site variant assays. All five mutations were found in the nuclear CO1 and CO2 PCR products from ρ° cells, but none were found in the PCR products obtained from cells with normal mtDNA. Moreover, when the overlapping nuclear CO1 and CO2 PCR products were cloned and sequenced, all five missense mutations were found, as well as a linked synonymous mutation. Unlike the findings in the original report, an additional 32 base substitutions were found, including two in adjacent tRNAs and a two base pair deletion in the CO2 gene. Phylogenetic analysis of the nuclear CO1 and CO2 sequences revealed that they diverged from modern human mtDNAs early in hominid evolution about 770,000 years before present. These data would be consistent with the interpretation that the missense mutations proposed to cause AD may be the product of ancient mtDNA variants preserved as nuclear pseudogenes.

Complex mtDNA constitutes an approximate 620-kb insertion on Arabidopsis thaliana chromosome 2: Implication of potential sequencing errors caused by large-unit repeats

Previously conducted sequence analysis of Arabidopsis thaliana (ecotype Columbia-0) reported an insertion of 270-kb mtDNA into the pericentric region on the short arm of chromosome 2. DNA fiber-based fluorescence in situ hybridization analyses reveal that the mtDNA insert is 618 ± 42 kb, ≈2.3 times greater than that determined by contig assembly and sequencing analysis. Portions of the mitochondrial genome previously believed to be absent were identified within the insert. Sections of the mtDNA are repeated throughout the insert. The cytological data illustrate that DNA contig assembly by using bacterial artificial chromosomes tends to produce a minimal clone path by skipping over duplicated regions, thereby resulting in sequencing errors. We demonstrate that fiber-fluorescence in situ hybridization is a powerful technique to analyze large repetitive regions in the higher eukaryotic genomes and is a valuable complement to ongoing large genome sequencing projects.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 1: Introducció

Introducció als sistemes d'informació. Concepte d'empresa. Classificació d'empreses. Estructures organitzatives.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 2: Sistemes d'informació

Definició de sistemes d'informació. Components d'un sistema d'informació. El cicle de vida d'un sistema d'informació.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 3: Processos

Gestió per processos.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 4: Procés de producció

Procés de producció. Definició. Elements. Planificació de requeriments.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 5: Procés de comercialització

Procés de comercialització. Model de diagrama de flux de dades.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 6: Procés de cobraments i pagaments

Procés de cobraments i pagaments.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 7: Processos financers

Procés financer. Comptabilitat. Balanços.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 7.1: Processos financers. Continuació

Procés financer. Assentaments comptables especials. Anàlisi d'estats financers.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 8: Procés de recursos humans

Procés de recursos humans. Selecció. Contractació. Nòmines.

Sistemes i Tecnologies d'Informació. Tema 9: Creació empresa

Creació d'empreses. Activitat del negoci. Anàlisi de mercat. Màrqueting i comercialització.

Presentacions de Geologia Aplicada a l'Enginyeria

L'arxiu conté catorze presentacions tipo Power Point, corresponents als temes impartits durant el curs 2010/11 en la assignatura de Geologia Aplicada a l'Enginyeria Civil.

Pràctica 2: Anàlisi comparativa dels sistemes educatius japonès i espanyol

El currículum del segon cicle d’educació infantil a la Comunitat Valenciana queda regulat en el Decret 38/2008, que arrepleguen els diversos continguts i les diferents dimensions que cal treballar, com també el sistema d’avaluació més propici per a aquesta etapa evolutiva. El currículum es basa en els principis maduratius, així com en els aspectes que, com a societat, considerem fonamentals per al desenvolupament integral dels xiquets. No obstant això, aquests valors socials no sempre coincideixen entre cultures o països, la qual cosa pot fer variar sensiblement el currículum final. En aquesta pràctica s’analitzaran les similituds i les diferències que hi ha entre els valors i els procediments del nostre sistema educatiu i el sistema educatiu japonès. A través d’aquesta anàlisi, l’alumne podrà reflexionar sobre els diferents aspectes dels sistemes educatius, posar-los en qüestió i valorar críticament els punts forts i dèbils de cadascun.