Toxicity screenings of nanomaterials: challenges due to interference with assay processes and components of classic in vitro tests.

Given the multiplicity of nanoparticles (NPs), there is a requirement to develop screening strategies to evaluate their toxicity. Within the EU-funded FP7 NanoTEST project, a panel of medically relevant NPs has been used to develop alternative testing strategies of NPs used in medical diagnostics. As conventional toxicity tests cannot necessarily be directly applied to NPs in the same manner as for soluble chemicals and drugs, we determined the extent of interference of NPs with each assay process and components. In this study, we fully characterized the panel of NP suspensions used in this project (poly(lactic-co-glycolic acid)-polyethylene oxide [PLGA-PEO], TiO2, SiO2, and uncoated and oleic-acid coated Fe3O4) and showed that many NP characteristics (composition, size, coatings, and agglomeration) interfere with a range of in vitro cytotoxicity assays (WST-1, MTT, lactate dehydrogenase, neutral red, propidium iodide, (3)H-thymidine incorporation, and cell counting), pro-inflammatory response evaluation (ELISA for GM-CSF, IL-6, and IL-8), and oxidative stress detection (monoBromoBimane, dichlorofluorescein, and NO assays). Interferences were assay specific as well as NP specific. We propose how to integrate and avoid interference with testing systems as a first step of a screening strategy for biomedical NPs.

Cross-validation of methods used for analysis of MTBE and other gasoline components in groundwater.

Head space gas chromatography with flame-ionization detection (HS-GC-FID), ancl purge and trap gas chromatography-mass spectrometry (P&T-GC-MS) have been used to determine methyl-tert-butyl ether (MTBE) and benzene, toluene, and the ylenes (BTEX) in groundwater. In the work discussed in this paper measures of quality, e.g. recovery (94-111%), precision (4.6 - 12.2%), limits of detection (0.3 - 5.7 I~g L 1 for HS and 0.001 I~g L 1 for PT), and robust-ness, for both methods were compared. In addition, for purposes of comparison, groundwater samples from areas suffering from odor problems because of fuel spillage and tank leakage were analyzed by use of both techniques. For high concentration levels there was good correlation between results from both methods.

Ramp-up Predictability - Designing and Prototyping Ramp-up Predictability concept for new product creation

Diplomityön tavoitteena on tutkia ja kehittää menetelmä tuotekehitysprojektin ajalliselle ennustamiselle tuotteen siirtyessä tuotekehityksestä massatuotantoon. Ajallisen ennustamisen merkitys korostuu mitä lähemmäksi uuden tuotteen massatuotannon aloittaminen (ramp-up) tulee, koska strategiset päätökset koskien mm. uusia tuotantolinjoja, materiaalien- ja komponenttien tilaamisia sekä vahvistus asiakastoimitusten aloittamista täytyy tehdä jo paljon aikaisemmin.Työ aloitetaan tutkimalla rinnakkaista insinöörityötä (concurrent engineering) sekä suoritusten mittaamista (performance measurement), joiden sisältämistä ajattelumalleista, työkaluista ja tekniikoista hahmottuivat ajallisen ennustettavuuden onnistumisen edellytykset. Näitä olivat suunnitellun tuotteen ja tuotekehitysprosessin laatu sekä resurssien ja tiimien kompetenssit. Toisaalta ajalliseen ennustettavuuteen vaikuttavat myös projektien riippuvuudet ulkoisista toimittajista ja heidän aikatauluistaan.Teoreettisena viitekehyksenä käytetään Bradford L. Goldense:n luomaa mallia tuotekehityksen proaktiiviseksi mittaamiseksi sekä sovelletaan W. Edward Deming:in jatkuvan parantamisen silmukkaa. Työssä kehitetään Ramp-up Predictability konsepti, joka koostuu keskipitkän ja pitkän aikavälin ennustamisesta. Työhön ei kuulunut mallin käyttöönotto ja seuranta.Toimenpide ehdotuksena esitetään lisätutkimusta mittareiden keskinäisestä korrelaatioista ja niiden luotettavuudesta sekä mallien tarjoamista mahdollisuuksista muille tulosyksiköille.

Internet -palvelunhallinta

Internet -palvelunhallinnan rooli kasvaa tulevaisuudessa ja sen kehittäminen on yhä tärkeämpää. Palvelut kehittyvät monipuolisemmiksi, niiden laatu paranee ja käyttömäärät kasvavat. Erityisesti palveluiden sisällönhallinnan rooli kasvaa ja palveluiden laadusta tulee merkittävä kilpailutekijä. Kokonaisvaltaisen palvelunhallinnan on pystyttävä vastaamaan joustavasti palveluntarjoajien uusiin tarpeisiin, jolloin sen on kehityttävä samaan suuntaan kuin palvelunhallinnan perinteisen telemaailman puolella. Palvelunhallinnan on tuettava kaikkia OSS -järjestelmien (Operating Support System) osa-alueita, jolloin sen laajamittaiseen toteuttamiseen tarvitaan siihen liittyvien erilaisten hallintarajapintojen standardointia. Palvelunhallintajärjestelmät on toteutettava mahdollisimman joustaviksi, jotta niiden piiriin saadaan uusien komponenttien lisäksi jo olemassa olevat komponentit. Mahdollinen palvelunhallinnan toteutustapa voi olla Javan ja CORBA:n (Common Object Request Broker Architecture) yhteiskäyttö, sillä ne takaavat järjestelmään tarvittavan joustavuuden muuttuvissa olosuhteissa kuten Internetissä.

Commentary on "The Cognitive-Emotional Brain: From Interactions to Integration" by Luiz Pessoa - "On theory integration: Toward developing affective components within cognitive architectures"

In The Cognitive-Emotional Brain, Pessoa (2013) suggests that cognition and emotion should not be considered separately. We agree with this and argue that cognitive architectures can provide steady ground for this kind of theory integration and for investigating interactions among underlying cognitive processes. We briefly explore how affective components can be implemented and how neuroimaging measures can help validate models and influence theory development.

Verkkokäyttöliittymäohjelmiston toteuttaminen TradeXpress-tietojärjestelmään.

Työssä perehdytään verkkokäyttöliittymien suunnitteluun ja toteutukseen. Erityisen huomion kohteena ovat Java-ohjelmointikieli ja ohjelmistosuunnittelussa suurta huomiota herättäneet suunnittelumallit. Java on kehittynyt lyhyen elinikänsä aikana huomattavasti, ja viimeaikaiset vakioluokkakirjastot ovat mahdollistaneet monipuolisten ja siirrettävien ohjelmistojen toteuttamisen. Vaikka Java ei sovellukaan kaikkiin tarkoituksiin, on se luotettavuutensa, siirrettävyytensä ja luokkakirjastojensa ilmaisuvoiman ansiosta hyvin houkutteleva kieli käyttöliittymien tekemiseen. Suunnittelumallit ovat merkittävä osa ammattimaista oliosuunnittelua. Ne tarjoavat valmiita ratkaisuja yleisiin suunnitteluongelmiin ja säästävät siten aikaa suunnittelu- ja toteutusvaiheissa. Suunnittelumallit voidaan jakaa kolmeen ryhmään: luontimallit, rakennemallit ja toiminnalliset mallit. Käytännön osuudessa tarkastellaan Java-käyttöliittymän toteutusta olemassa olevaan Soneran TradeXpress-tietojärjestelmään. Tässä tehtävässä Java ja suunnittelumallit ovat olleet keskeisellä sijalla. Java-käyttöliittymä, JavaGUI, koostuu kahdesta osasta: asiakasappletista ja Jrls-palvelimesta. Näiden kahden väliseen tiedonsiirtoon käytetään pääasiassa Javan RMI-yhteyskäytäntöä. Jrls-palvelin toimii asiakkaana RLS-palvelimelle erityisen RLS-yhteyskäytännön avulla.

Porting a Java library to different platforms

Viime aikoina matkapuhelimet ovat alkaneet tukea Javaa matkapuhelinsovellusten ohjelmointikielenä. Javan perusajatus on, että kerran käännetty sovellus voidaan suorittaa useilla laitealustoilla ilman uudelleenkääntämisen tarvetta. Jotta sovellukset voisivat toimia uudella alustalla, niiden käyttämät kirjastot tulee siirtää uudelle alustalle. Tämä diplomityö tutkii tämänkaltaiseen siirtoprojektiin liittyviä asioita. Diplomityön aikana käyttöliittymäkirjasto siirrettiin olemassa olleelta alustalta kahdelle uudelle alustalle. Toinen uusista alustoista oli vanhan alustan uusi versio, ja toinen oli kokonaan uusi alusta. Ohjelmiston siirtämistä helpottaa jos alkuperäinen ohjelmisto on suunniteltu siirrettävyyttä silmälläpitäen. Varsinaiset ohjelmaan tehtävät muutokset ovat tällöin helppoja tehdä. Hyvälaatuisen lopputuloksen saaminen vaatii kuitenkin aina että ohjelmisto myös testataan huolellisesti.

TTCN testing of WCDMA base station operation and maintenance software

TTCN-kieltä käytetään testitapausten määrittelemiseen tietoliikennejärjestelmissä. Nykyään TTCN:stä on tullut yhä suositumpi tapa toteuttaa testitapauksia. TTCN tarjoaa hyvän ja yksinkertaisen tavan muuntaa käsin testattavat testitapaukset automatisoiduiksi. Tämän diplomityön yhteydessä toteutettiin TTCN testitapaukset WCDMA -tukiaseman käyttö- ja kunnossapito- (O&M) ohjelmistolle. Ohjelmistoa on käytetty myös toisen sukupolven tukiasemissa, mutta kolmannen sukupolven tukiasemissa sillä on huomattavasti isompi rooli. WCDMA -tukiasemassa O&M käsittelee muun muassa tukiaseman käynnistyksen, virhetilanteet ja valvoo tukiaseman komponentteja. Ensimmäisiä tehtäviä diplomityötä tehdessä oli valita ne testitapaukset, jotka olisivat mahdollisia ja hyödyllisiä toteuttaa TTCN:n avulla. Testitapaukset valittiin valmiina olleista testitapausten kuvauksista. Valitut testitapaukset toteutettiin käyttäen rinnakkaista ja modulaarista TTCN-kieltä ja testattiin WCDMA -tukiasemaa vasten käyttäen TTCN Tester ohjelmistoa. Tämän diplomityön yhteydessä toteutettuja testitapauksia käytetään varmistamaan, että tukiasema voi toipua erilaisista virhetilanteista O&M ohjelmiston avulla. Testitapauksia WCDMA -tukiasemaa vasten ajettaessa varmistetaan myös, että O&M ohjelmisto toimii määrittelyn mukaisesti eri tilanteissa. Toteutetut testi tapaukset korvaavat nykyään käsin testatut O&M testi tapaukset tukiaseman O&M ohjelmistoa testatessa. Automatisoidut testi tapaukset tekevät O&M ohjelmiston testaamisen merkittävästi nopeammaksi ja helpommaksi.

Behavior of propagating and evanescent components in azimuthally polarized non-paraxial fields

The contribution of the propagating and the evanescent waves associated with freely propagating non-paraxial light fields whose transverse component is azimuthally polarized at some plane is investigated. Analytic expressions are derived for describing both the spatial shape and the relative weight of the propagating and the evanescent components integrated over the transverse plane. The analysis is carried out within the framework of the plane-wave angular spectrum approach. These results are used to illustrate the behavior of a kind of donut-like beams with transverse azimuthal polarization at some plane.

Self-Organising Maps and Correlation Analysis as a Tool to Explore Patterns in Excitation-Emission Matrix Data Sets and to Discriminate Dissolved Organic Matter Fluorescence Components

Dissolved organic matter (DOM) is a complex mixture of organic compounds, ubiquitous in marine and freshwater systems. Fluorescence spectroscopy, by means of Excitation-Emission Matrices (EEM), has become an indispensable tool to study DOM sources, transport and fate in aquatic ecosystems. However the statistical treatment of large and heterogeneous EEM data sets still represents an important challenge for biogeochemists. Recently, Self-Organising Maps (SOM) has been proposed as a tool to explore patterns in large EEM data sets. SOM is a pattern recognition method which clusterizes and reduces the dimensionality of input EEMs without relying on any assumption about the data structure. In this paper, we show how SOM, coupled with a correlation analysis of the component planes, can be used both to explore patterns among samples, as well as to identify individual fluorescence components. We analysed a large and heterogeneous EEM data set, including samples from a river catchment collected under a range of hydrological conditions, along a 60-km downstream gradient, and under the influence of different degrees of anthropogenic impact. According to our results, chemical industry effluents appeared to have unique and distinctive spectral characteristics. On the other hand, river samples collected under flash flood conditions showed homogeneous EEM shapes. The correlation analysis of the component planes suggested the presence of four fluorescence components, consistent with DOM components previously described in the literature. A remarkable strength of this methodology was that outlier samples appeared naturally integrated in the analysis. We conclude that SOM coupled with a correlation analysis procedure is a promising tool for studying large and heterogeneous EEM data sets.

Java Mobile Media API porting in Symbian Operating System

Työssä tutkitaan, kuinka Symbian käyttöjärjestelmälle voidaan tehdä siirrettäviä ohjelmia. Työssä käydään läpi menetelmiä, jotka helpottavat ohjelmistojen siirrettävyyttä uudelle alustalle. Uuteen älypuhelimeen voi tulla monia uusia komponentteja. Laite voi muuttua piiritasolla, käyttöjärjestelmästä voi tulla uusi versio sekä siirrettävästä ohjelmasta voi tulla uusi versio. Kaikki nämä vaikuttavat ohjelman siirrettävyyteen. Työssä tehtiin Java-rajapinnan siirto uudelle alustalle. Prosessin aikana löydettiin tärkeitä tekijöitä, jotka vaikuttavat ohjelmiston siirrettävyyteen. Siirrettävyys sinänsä pitäisi ottaa huomioon ohjelmistoprosessin jokaisessa vaiheessa. Älypuhelimista tulee jatkuvasti uusia versioita. Tämä tekee ohjelmien siirrettävyydestä hyvin tärkeän tekijän ohjelmistojen suunnittelussa. Hyvin suunniteltu ohjelma on helpompi ylläpitää, päivättää ja siirtää myöhemmin.

Algoritmos interactivos para la separación de fuentes y deconvolución de canal mediante Java

El objetivo de estos programas es crear una herramienta que nos permita, de una manera fácil, entender mejor la separación de fuentes y la deconvolución de canal . Por eso se presenta el diseño, mediante Java, de una página web [1]: http//www.uvic.es/projectes/SeparationSources con carácter marcadamente didáctico para el estudio y evaluación de diferentes algoritmos propuestos en la bibliografía.

TFG Java EE : Sistema TPV con módulo de fidelización de clientes

Proyecto en Java EE consistente en un sistema de fidelización de clientes con impresión de cheques descuento desde web y utilización posterior en comercio físico.

Primavistan Java-koodin obfuskointiprosessi

Tässä insinöörityössä suunniteltiin ja toteutettiin Gordion-talousohjaus Oy:n Primavista-ohjelmiston koodin suojaaminen. Yrityksellä oli jo pitkään ollut tarve Java-kielisen ohjelmakoodinsa suojaamiselle, etenkin Primavistan käytön tullessa laajentumaan useisiin eri maihin. Koodin suojaamisella hankaloitetaan mahdollista takaisinkääntämistä, jossa valmiin ohjelman ajettavat tiedostot käännetään takaisin niiden lähdekoodiksi. Tällöin lähdekoodia pystytään tarkastelemaan tai jopa muokkaamaan. Suomen tekijänoikeuslain mukaan takaisinkääntäminen ei ole sallittua. Työ aloitettiin tutkimalla erilaisia Java-koodin suojausmenetelmiä. Primavistan koodin suo-jausmenetelmäksi valittiin obfuskointi, joka on suosituin Java-koodin suojausmenetelmä. Erilaisia tekniikoita käyttäen tämä menetelmä sotkee Javan tavukoodia tehden takaisinkäännetystä koodista erittäin vaikeasti ymmärrettävää. Työssä vertailtiin nykyisiä obfuskointityökaluja itse tehdyn testisovelluksen avulla. Vertai-un parhaaksi työkaluksi osoittautui kaupallinen tuote Zelix KlassMaster. Ohjelma todettiin toimivaksi myös Primavistan suhteen, minkä jälkeen se päätettiin hankkia yritykselle. Koko Primavistan koodin obfuskointi toteutettiin Zelix KlassMasteria ja sen useita eri ob-fuskointitekniikoita käyttäen. Tämän jälkeen obfuskointi liitettiin Primavistan Ant-buildiin kiinteäksi osaksi koodin rakennusprosessia. Koska obfuskointi tekee huomattavia muu-toksia tavukoodiin, obfuskoidun Primavistan toiminta oli testattava huolellisesti. Testauk-sessa huomattiin pieniä virhetilanteita, jotka korjaamalla ohjelman toiminta lopulta todettiin normaaliksi. Viimeisessä työvaiheessa kaikki obfuskoinnissa tarvittavat tiedostot siirrettiin versionhallintaan kaikkien yrityksen kehitystiimin jäsenten käytettäviksi. Työn tuloksena saatiin onnistuneesti obfuskoiduksi koko Primavistan koodi. Obfuskointi-prosessista kehitettiin pysyvä käytäntö, jonka mukaisesti obfuskointi tehdään aina Prima-vistan rakennusvaiheessa. Jatkossa kaikki asiakkaille toimitettavat Primavistan versiot tulevat olemaan obfuskoituja sovelluksia.

Optimizing Mobile Java Location-Based Services in Symbian OS

This thesis evaluates methods for obtaining high performance in applications running on the mobile Java platform. Based on the evaluated methods, an optimization was done to a Java extension API running on top the Symbian operating system. The API provides location-based services for mobile Java applications. As a part of this thesis, the JNI implementation in Symbian OS was also benchmarked. A benchmarking tool was implemented in the analysis phase in order to implement extensive performance test set. Based on the benchmark results, it was noted that the landmarks implementation of the API was performing very slowly with large amounts of data. The existing implementation proved to be very inconvenient for optimization because the early implementers did not take performance and design issues into consideration. A completely new architecture was implemented for the API in order to provide scalable landmark initialization and data extraction by using lazy initialization methods. Additionally, runtime memory consumption was also an important part of the optimization. The improvement proved to be very efficient based on the measurements after the optimization. Most of the common API use cases performed extremely well compared to the old implementation. Performance optimization is an important quality attribute of any piece of software especially in embedded mobile devices. Typically, projects get into trouble with performance because there are no clear performance targets and knowledge how to achieve them. Well-known guidelines and performance models help to achieve good overall performance in Java applications and programming interfaces.