Comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle basée sur la dépendance des niveaux d'expression

La technologie des microarrays demeure à ce jour un outil important pour la mesure de l'expression génique. Au-delà de la technologie elle-même, l'analyse des données provenant des microarrays constitue un problème statistique complexe, ce qui explique la myriade de méthodes proposées pour le pré-traitement et en particulier, l'analyse de l'expression différentielle. Toutefois, l'absence de données de calibration ou de méthodologie de comparaison appropriée a empêché l'émergence d'un consensus quant aux méthodes d'analyse optimales. En conséquence, la décision de l'analyste de choisir telle méthode plutôt qu'une autre se fera la plupart du temps de façon subjective, en se basant par exemple sur la facilité d'utilisation, l'accès au logiciel ou la popularité. Ce mémoire présente une approche nouvelle au problème de la comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle. Plus de 800 pipelines d'analyse sont appliqués à plus d'une centaine d'expériences sur deux plateformes Affymetrix différentes. La performance de chacun des pipelines est évaluée en calculant le niveau moyen de co-régulation par l'entremise de scores d'enrichissements pour différentes collections de signatures moléculaires. L'approche comparative proposée repose donc sur un ensemble varié de données biologiques pertinentes, ne confond pas la reproductibilité avec l'exactitude et peut facilement être appliquée à de nouvelles méthodes. Parmi les méthodes testées, la supériorité de la sommarisation FARMS et de la statistique de l'expression différentielle TREAT est sans équivoque. De plus, les résultats obtenus quant à la statistique d'expression différentielle corroborent les conclusions d'autres études récentes à propos de l'importance de prendre en compte la grandeur du changement en plus de sa significativité statistique.

Comment comprendre les transformations du mouvement des femmes au Québec? : analyse des répercussions de l’antiféminisme

Le mouvement des femmes québécois a connu des transformations importantes au cours des dernières décennies. Plusieurs causes ont été mises de l’avant pour expliquer ces changements, telles que la mondialisation, le néolibéralisme ou des causes internes. Dans les années 1980, nous observons une montée de l’antiféminisme au Québec et l’émergence de sa forme masculiniste. Ce phénomène a modifié le contexte dans lequel évolue le mouvement des femmes. L’objectif de ce mémoire est d’analyser les répercussions de l’antiféminisme sur les transformations du mouvement des femmes. Afin d’analyser les interactions entre le mouvement des femmes et le masculinisme, nous étudions les discours antiféministes dans les médias de 1985 à 2009. Plus précisément, nous analysons les thématiques masculinistes contenues dans La Presse et Le Soleil durant cette période. Par la suite, nous analysons diverses publications (rapports d’activités, la Petite Presse et le Féminisme en bref) de la Fédération des femmes du Québec dans le but de voir si le mouvement des femmes a modifié ses analyses, ses stratégies et ses actions en réaction à cette montée de l’antiféminisme. Finalement, à l’aide de la théorie de la mobilisation des ressources et de l’approche des contre-mouvements, nous étudions les interactions entre le mouvement des femmes et son contre-mouvement, soit l’antiféminisme. Nous arrivons à la conclusion qu’il existe véritablement des interactions entre ceux-ci et que la montée de l’antiféminisme a eu des répercussions sur le mouvement des femmes, qui ont modifié ses analyses, ses stratégies et ses actions.

Les migrations pendulaires à Montréal : analyse de l'offre de service des transports collectifs

Les temps changent, et de nouvelles temporalités sont venues modifier l’organisation du temps des individus. Les nouvelles technologies de l’information combinées à l’usage grandissant du véhicule en mode solo ont contribué à l’étalement urbain et à l’accroissement des distances qu’ont à franchir les migrants pendulaires. Les déplacements quotidiens de milliers de personnes sur un territoire urbain à des fins de travail, d’étude et de loisir ne se font pas sans heurts. Il va sans dire qu’un usage accru des moyens de transport collectif réduirait considérablement les méfaits occasionnés par les migrations pendulaires. Encore faut-il que l’offre de transport en commun réponde à la demande des migrants pendulaires. Puisqu’il y a différents types de migrants pendulaires, l’offre de transport doit s’adapter à tous si l’on veut rejoindre une masse importante d’utilisateurs. Les nouvelles temporalités ont redéfini l’usage du temps pour une majorité d’individus. Cette recherche vise donc à vérifier si l’offre de transport en commun, faite par la Société de Transport de Montréal et la Ville de Montréal, répond adéquatement aux besoins des navetteurs d’aujourd’hui.

De la pédagogie dans les manuels de traduction : analyse comparative des manuels anglais-français publiés en Amérique du Nord et en Europe depuis 1992

Ce mémoire vise à mettre en parallèle les recherches réalisées par les traductologues spécialisés en pédagogie et le contenu des manuels conçus pour l’enseignement professionnel de la traduction. Il a pour objet l’analyse des manuels de formation à la traduction pragmatique (générale ou spécialisée) de l’anglais vers le français publiés en Amérique du Nord et en Europe depuis 1992. Dans cette recherche, l’examen des principales approches en enseignement de la traduction a d’abord permis de dégager un ensemble de propositions pédagogiques. Celles-ci ont été regroupées pour former un noyau conceptuel dont certaines composantes sont à la base d’une définition du contenu pédagogique des ouvrages et ont servi de critères d’analyse pour les manuels recensés. Le noyau conceptuel employé pour l’analyse des ouvrages pourra éventuellement être utile dans le cadre de recherches portant sur les manuels conçus pour l’enseignement de la traduction dans d’autres paires de langues. L’analyse comparative des ouvrages recensés a permis de son côté de brosser un portrait actuel du manuel de traduction professionnelle tout en mettant en évidence les aspects du contenu pédagogique qui pourraient être exploités davantage dans la prochaine génération de manuels de traduction. L’étude donne également une idée du nombre de manuels offerts sur les marchés nord-américain et européen qui sont destinés aux apprenants de la traduction professionnelle. En plus de préciser la place qu’occupent les manuels de traduction au sein de la traductologie, les observations fournies dans cette étude constituent des pistes de réflexion pour la confection de nouveaux outils pédagogiques adaptés à la formation universitaire des futurs traducteurs de métier.

Relevé et analyse spectroscopiques d'étoiles naines blanches brillantes et riches en hydrogène

Nous présentons un relevé et une analyse spectroscopiques de plus de 1300 naines blanches brillantes (V < 17.5) et riches en hydrogène. Des spectres dans le domaine du visible avec un rapport signal-sur-bruit élevé ont été obtenus et les données ont ensuite été analysées avec notre méthode spectroscopique habituelle qui compare les profils observés des raies de Balmer à des spectres synthétiques calculés à partir de la dernière génération de modèles d’atmosphère. D’abord, nous présentons une analyse détaillée de 29 naines blanches de type DAO utilisant une nouvelle grille de modèles qui inclut du carbone, de l’azote et de l’oxygène aux abondances solaires. Nous démontrons que l’ajout de ces métaux dans les modèles d’atmosphère est essentiel pour surmonter le problème des raies de Balmer qui empêche un ajustement simultané de toutes les raies de Balmer avec des paramètres atmosphériques cohérents. Nous identifions également 18 naines blanches chaudes de type DA qui souffrent aussi du problème des raies de Balmer. Des spectres dans l’ultraviolet lointain obtenus des archives du satellite FUSE sont ensuite examinés pour démontrer qu’il existe une corrélation entre les abondances métalliques élevées et les cas du problème des raies de Balmer. Les conséquences de ces résultats pour toutes les naines blanches chaudes et riches en hydrogène sont discutées. En particulier, le scénario évolutif pour les naines blanches DAO est révisé et nous n’avons plus besoin d’évoquer l’évolution post-EHB pour expliquer la majorité des étoiles DAO. Finalement, nous élaborons un scénario dans lequel les métaux engendrent un faible vent stellaire qui expliquerait la présence d’hélium dans les étoiles DAO. Ensuite, nous présentons les résultats globaux de notre relevé, ce qui inclut une analyse spectroscopique de plus de 1200 naines blanches de type DA. En premier lieu, nous présentons le contenu spectroscopique de notre échantillon qui contient de nombreuses classifications erronées ainsi que plusieurs naines blanches de type DAB, DAZ et magnétiques. Nous discutons ensuite des nouveaux modèles d'atmosphère utilisés dans notre analyse. De plus, nous utilisons des modèles de naines M pour obtenir de meilleures valeurs des paramètres atmosphériques pour les naines blanches qui sont membres de systèmes binaires DA+dM. Certaines naines blanches uniques et quelques systèmes binaires double-dégénérées sont également analysés de manière plus détaillée. Nous examinons ensuite les propriétés globales de notre échantillon incluant la distribution de masse et la distribution de masse en fonction de la température. Nous étudions également la façon dont les nouveaux profils de raies de Balmer affectent la détermination des paramètres atmosphériques. Nous testons la précision et la robustesse de nos méthodes en comparant nos résultats avec ceux du projet SPY, dans le cadre duquel plus de 300 des mêmes naines blanches ont été analysées d'une manière complètement indépendante. Finalement, nous faisons un retour sur la bande d'instabilité des naines blanches pulsantes de type ZZ Ceti pour voir quels effets ont les nouveaux profils de raies sur la détermination de ses frontières empiriques.

Du « window dressing » en matière de bonus ? Analyse de l’attitude des régulateurs face aux rémunérations des professionnels de la finance

Si le dogme libéral a longtemps mis en avant la nécessité d’un interventionnisme restreint de l’autorité publique définissant post hoc le droit idéal comme un droit absent, cette idéologie semble être amenée à évoluer. Alors que le marché a longtemps été placé comme matrice de la civilisation et que ce phénomène a donné une place essentielle à la finance, différentes initiatives réglementaires françaises, européennes et mondiales remettent en cause ce paradigme et tentent d’encadrer les dérives du capitalisme contemporain axé sur un court- termisme à outrance et une irresponsabilité grandissante. La rémunération variable des opérateurs de marché (les fameux « bonus ») illustre ce phénomène de reflux du droit, un droit qui témoigne d’une collaboration entre acteurs publics et acteurs privés. Toutefois, ce nouveau paysage juridique n’est pas sans critiques. En effet, cette intervention se révèle trop limitée en l’état pour atteindre les ambitions que l’Etat français et ses homologues ne cessent de clamer : l’institution d’un pacte mondial à long terme.

Élaboration d'une grille permettant l'analyse de la qualité de situations d'apprentissage et d'évaluation en lecture auprès d'élèves du parcours de formation axée sur l'emploi

Ce mémoire s’inscrit dans le cadre d’une recherche de développement pédagogique d’objet, destinée à des enseignants du secondaire. L’objectif porte sur la conception, et la validation auprès d’un groupe d’experts, d’une grille visant l’analyse de la qualité de situations d’apprentissage et d’évaluation en lecture (GASAEL) conçues pour des élèves de niveau secondaire en difficulté d’apprentissage, notamment ceux du parcours de formation axée sur l’emploi (PFAE). La problématique expose la nécessité chez les enseignants de trouver des réponses ajustées aux besoins d’apprentissage des élèves ciblés, dans un contexte de programmes élaborés par compétences. La situation d’apprentissage et d’évaluation (SAE) est une instrumentation pertinente, mais demeure sous-utilisée. Le cadre conceptuel, guidé par le modèle de la situation pédagogique de Legendre (2005), assure l’analyse du contexte de la SAE et permet d’identifier ses caractéristiques. Ce cadre est suivi par la méthodologie de l’Analyse de la valeur pédagogique de Roque, Langevin et Riopel (1998) exposant la procédure d’analyse des fonctions du produit, au regard des besoins des utilisateurs. L’innovation de ce produit pédagogique tient en son caractère pragmatique; il propose à la fois l’analyse de la qualité des SAE, et une référence rapide à propos des concepts porteurs d’une SAE, fournis par des exemples ou des explications.

Analyse de l'influence des paramètres esthétiques sur l’attrait du sourire tel que perçu par des non-experts : étude transversale exploratoire

Malgré l’abondance d’information concernant la dentisterie esthétique, les évidences scientifiques à son sujet sont rarissimes. Ainsi, cette recherche a pour premier but d’accroître ces évidences en faisant la lumière sur les paramètres esthétiques et leur influence auprès de l’appréciation générale du sourire, tel que perçu par des sujets non-experts. Une invitation à répondre à un questionnaire autoadministré anonyme a été envoyée à la communauté de l’Université de Montréal par courrier électronique. 467 personnes ont accepté de répondre au questionnaire, toutefois seulement 263 ont terminé l'opération. L’analyse des données démontre que le seul critère esthétique objectif ayant une influence statistiquement significative sur l’appréciation générale est « l’arrangement des dents » (p = .028). Les dents versées diminuent significativement l’attrait général par rapport à des dents droites (p = .012) ou chevauchées (p = .009). Par contre, en corrélant ces données avec les convictions des sujets, « l’angulation de la médiane dentaire supérieure » ainsi que « l’inclinaison du plan incisif » présentent aussi des différences statistiquement significatives. « L’état d’usure des dents » et leur « position » sont les éléments, parmi le vocabulaire suggéré, les plus importants pour l’attrait du sourire aux yeux des patients. Avec les limitations de cette étude, on peut conclure que (1) « l’arrangement des dents », « l’angulation de la médiane dentaire supérieure » et « l’inclinaison du plan incisif » influencent de manière statistiquement significative l’appréciation générale du sourire. (2) Parmi les critères objectifs étudiés, « l'arrangement des dents » a la plus forte influence sur l’appréciation générale d’un sourire. (3) Une corrélation statistiquement significative entre les deux séquences d’évaluation et la faible variance intrasujet indiquent que l’appréciation générale d’un sourire est une action réflexe basée, entre autres, sur des paramètres morphologiques. Application pratique : Les résultats de cette étude insinuent que les traitements visant à corriger l’alignement, l’usure des dents et ceux visant à blanchir les dents d’un individu sont susceptibles d’augmenter l’attrait de son sourire tel que perçu par des sujets non-experts.

Analyse de dépendance des programmes à objet en utilisant les modèles probabilistes des entrées

La tâche de maintenance ainsi que la compréhension des programmes orientés objet (OO) deviennent de plus en plus coûteuses. L’analyse des liens de dépendance peut être une solution pour faciliter ces tâches d’ingénierie. Cependant, analyser les liens de dépendance est une tâche à la fois importante et difficile. Nous proposons une approche pour l'étude des liens de dépendance internes pour des programmes OO, dans un cadre probabiliste, où les entrées du programme peuvent être modélisées comme un vecteur aléatoire, ou comme une chaîne de Markov. Dans ce cadre, les métriques de couplage deviennent des variables aléatoires dont les distributions de probabilité peuvent être étudiées en utilisant les techniques de simulation Monte-Carlo. Les distributions obtenues constituent un point d’entrée pour comprendre les liens de dépendance internes entre les éléments du programme, ainsi que leur comportement général. Ce travail est valable dans le cas où les valeurs prises par la métrique dépendent des entrées du programme et que ces entrées ne sont pas fixées à priori. Nous illustrons notre approche par deux études de cas.

La consommation d’alcool et de drogue chez les étudiants suite à la fusillade de Dawson en 2006 : une analyse différenciée selon le sexe

Objectifs : Étudier l’incidence de la dépendance à l’alcool ou aux drogues chez les étudiants exposés à la fusillade du Collège Dawson dans les 18 mois suivant celle-ci. Identifier les précurseurs au développement d’une dépendance à une substance psychoactive en tenant compte de la sévérité d’exposition à l’événement. Examiner si la consommation d’alcool 18 mois après les événements est en lien avec les différents groupes de symptômes d’état de stress post-traumatique. Méthode : La population à l’étude est composée de l’ensemble des étudiants du Collège Dawson au moment de l’événement. Les analyses ont été faites auprès de 854 étudiants inscrits au Collège au moment de la fusillade. Résultats : Cinq pourcent des femmes et 7 % des hommes présentent pour la première fois de leur vie un problème de dépendance à une substance suite à la fusillade. Pour les hommes, leur jeune âge, la présence de pensées suicidaires au cours de leur vie, ainsi que le fait d’avoir vu le tireur au moment de la fusillade sont les principaux précurseurs de cas incidents de dépendance. Aucun des précurseurs étudiés n’est significatif pour les femmes. Les hommes et les femmes se distinguent également quant aux symptômes d’état de stress post-traumatique qui prédisent la consommation d’alcool 18 mois après la fusillade. Conclusion : La principale retombée de l’étude est de souligner l’importance de considérer le sexe des individus pour étudier leur consommation de substances psychoactives suite à un traumatisme.

Le jeu littéraire : appropriation et transformation discursive et textuelle dans Certainement Pas de Chloé Delaume ; suivi de Jouer le je

Dans Certainement Pas, je m’intéresserai à la problématique du jeu littéraire dans son rapport à la contrainte. Comment Chloé Delaume réussit-elle dans un premier temps à s’approprier un certain nombre de discours culturels et de formes a priori extralittéraires pour ensuite les transformer? Dans un second temps, comment s’y prend-elle pour « phagocyter » dans son écriture une pléthore de références littéraires? Conséquemment, quelle conception de la littérature livre-t-elle? Veut-elle, par l’aspect ludique de son roman, rendre un hommage filial aux auteurs d’hier et ainsi adopter une position empreinte de dévotion? Essaye-t-elle, au contraire, de « déchiqueter-dégurgiter » ces textes paternels et agir en iconoclaste? En procédant de cette façon, détruit-elle ou non le mythe de l’originalité en littérature? Finalement, comment s’effectue la réception de son texte ? Jouer le je est un projet d’écriture prolongeant les réflexions sur la place du jeu et de la contrainte dans la littérature. Prenant la forme d’une pièce de théâtre, il cherche à travailler la problématique de l’automatisme langagier actuel et devient une tentative de destruction de celui-ci. Ce texte met en scène deux personnages. La protagoniste principale, une jeune femme de vingt-cinq ans nommée Plume Liddell, étudiante en immunologie souffrant de dyslexie linguistique, participera à six séances de psychothérapie au cours desquelles elle parlera d’elle-même. L’autre personnage: la psychologue, restera muette ou presque tout au long des séances.

Analyse diagrammatique des désintégrations de type B vers PPP sans quarks charmés

Ce mémoire présente l’application de la méthode de décomposition en termes de diagrammes aux désintégrations de mésons B vers trois mésons de type pseudos- calaire ne comportant pas de quarks charmés. La décomposition diagrammatique des désintégrations de types B → Kππ, B → KKK ̄, B → KK ̄π et B → πππ est effectuée de façon systématique. Il est démontré que lorsque l’on néglige les dia- grammes d’échanges et d’annihilations, dont les contributions sont estimées être petites, de nouvelles relations apparaissent entre les amplitudes. Ces relations sont de nouveaux tests du modèle standard qui ne peuvent être obtenus que par la méthode diagrammatique. Lorsque les données nécessaires sont disponibles, nous vérifions ces relations et obtenons un bon accord avec les données expérimentales. Nous démontrons également qu’il est possible d’utiliser le secteur B → Kππ pour mesurer la phase faible γ avec une incertitude théorique que nous estimons être de l’ordre de 5%. Les autres secteurs de désintégrations ne permettent d’extraire des phases faibles que si l’on invoque des approximations de précisions inconnues.

Écrire la théorie littéraire : l'œuvre littéraire de John Cage et la révision du commentaire critique

Toutes les illustrations qui ponctuent cette thèse ont été réalisées par Chantal Poirier. Elles ont été insérées dans le texte selon un ordre méticuleusement aléatoire.

Quitter les siens? : une analyse des trajectoires de sortie chez les juifs hassidiques

Ce mémoire analyse les trajectoires de sortie de communautés juives ultraorthodoxes. Plus précisément, il cherche à mettre en lumière le processus par lequel certains juifs hassidiques parviennent à s’affranchir de leur communauté d’origine. Dans une recherche alliant entrevues, notes de terrain et observation,notre étude montre comment malgré la présence d’un fort contrôle social au sein de ces communautés ultra-religieuses certains de leurs membres le déjouent. Ce mémoire vise à repérer et à analyser les stratégies d’adaptation et les ruses mises en place par les hassidim pour échapper au contrôle et ainsi enclencher le processus de sortie. À la lumière de la théorie goffmanienne nous montrons comment dans un environnement contrôlant,les individus réussissent à s’aménager des marges de manoeuvre. C’est en se créant des espaces de liberté durant le processus de sortie qu’ils parviennent à avoir les coudées franches pour s’en affranchir définitivement.

L'alimentation selon l'âge et la culture : une analyse logico-naturelle des représentations construites par des enfants canadiens/québécois et roumains

Cette recherche s’intéresse à la question des représentations que les enfants construisent au sujet de l’alimentation dans une perspective épistémologique constructiviste, ancrée dans les traditions de la communication et de la psychologie sociale. Notre but a été de déterminer si les représentations de l’alimentation chez les enfants pouvaient être comprises en tant que représentations sociales, et si la construction de ces représentations variait selon l’âge et selon l’appartenance socioculturelle des enfants. Pour ce faire, nous avons analysé les discours sur l’alimentation des enfants de 7 à 12 ans issus de trois contextes culturels différents. Ainsi, nous avons comparé les représentations de l’alimentation construites par des enfants nés, élevés et éduqués en Roumanie et au Québec, ainsi que celles des enfants nés (ou élevés depuis un très bas âge) au Québec, mais provenant de familles d’immigrants roumains. La méthodologie de recherche a reflété une intégration instrumentale des perspectives issues de la psychologie sociale et de la communication, en étant dérivée de la logique naturelle et des théories sur les représentations sociales. Nos résultats suggèrent que les enfants construisent des représentations sociales de l'alimentation et que ces représentations progressent en complexité, tant du point de vue cognitif que moral, suivant l'âge, en subissant des processus de constructions similaires. De plus, il existerait des influences liées à l'appartenance socioculturelle sur le contenu et sur la complexité des représentations, dans ce sens que les différences et les ressemblances entre les groups socioculturels renvoient soit à des influences culturelles, soit à des influences en lien avec l'idéologie. En fonction des résultats obtenus, nous avons proposé des stratégies communicationnelles visant à accroître l’efficacité des programmes d’éducation à la nutrition. De point de vue théorique, notre recherche contribue au raffinement de la théorie des représentations sociales et du développement de l'enfant, ainsi qu'au développement d’un nouveau regard méthodologique sur cette problématique.