Cheminformatic studies of molecular properties and their influence on bioactivity in the context of drug discovery

Molecular shape has long been known to be an important property for the process of molecular recognition. Previous studies postulated the existence of a drug-like shape space that could be used to artificially bias the composition of screening libraries, with the aim to increase the chance of success in Hit Identification. In this work, it was analysed to which extend this assumption holds true. Normalized Principal Moments of Inertia Ratios (NPRs) have been used to describe the molecular shape of small molecules. It was investigated, whether active molecules of diverse targets are located in preferred subspaces of the NPR shape space. Results illustrated a significantly stronger clustering than could be expected by chance, with parts of the space unlikely to be occupied by active compounds. Furthermore, a strong enrichment of elongated, rather flat shapes could be observed, while globular compounds were highly underrepresented. This was confirmed for a wide range of small molecule datasets from different origins. Active compounds exhibited a high overlap in their shape distributions across different targets, making a purely shape­ based discrimination very difficult. An additional perspective was provided by comparing the shapes of protein binding pockets with those of their respective ligands. Although more globular than their ligands, it was observed that binding sites shapes exhibited a similarly skewed distribution in shape space: spherical shapes were highly underrepresented. This was different for unoccupied binding pockets of smaller size. These were on the contrary identified to possess a more globular shape. The relation between shape complementarity and exhibited bioactivity was analysed; a moderate correlation between bioactivity and parameters including pocket coverage, distance in shape space, and others could be identified, which reflects the importance of shape complementarity. However, this also suggests that other aspects are of relevance for molecular recognition. A subsequent analysis assessed if and how shape and volume information retrieved from pocket or respective reference ligands could be used as a pre-filter in a virtual screening approach. ln Lead Optimization compounds need to get optimized with respect to a variety of pararneters. Here, the availability of past success stories is very valuable, as they can guide medicinal chemists during their analogue synthesis plans. However, although of tremendous interest for the public domain, so far only large corporations had the ability to mine historical knowledge in their proprietary databases. With the aim to provide such information, the SwissBioisostere database was developed and released during this thesis. This database contains information on 21,293,355 performed substructural exchanges, corresponding to 5,586,462 unique replacements that have been measured in 35,039 assays against 1,948 molecular targets representing 30 target classes, and on their impact on bioactivity . A user-friendly interface was developed that provides facile access to these data and is accessible at http//www.swissbioisostere.ch. The ChEMBL database was used as primary data source of bioactivity information. Matched molecular pairs have been identified in the extracted and cleaned data. Success-based scores were developed and integrated into the database to allow re-ranking of proposed replacements by their past outcomes. It was analysed to which degree these scores correlate with chemical similarity of the underlying fragments. An unexpectedly weak relationship was detected and further investigated. Use cases of this database were envisioned, and functionalities implemented accordingly: replacement outcomes are aggregatable at the assay level, and it was shawn that an aggregation at the target or target class level could also be performed, but should be accompanied by a careful case-by-case assessment. It was furthermore observed that replacement success depends on the activity of the starting compound A within a matched molecular pair A-B. With increasing potency the probability to lose bioactivity through any substructural exchange was significantly higher than in low affine binders. A potential existence of a publication bias could be refuted. Furthermore, often performed medicinal chemistry strategies for structure-activity-relationship exploration were analysed using the acquired data. Finally, data originating from pharmaceutical companies were compared with those reported in the literature. It could be seen that industrial medicinal chemistry can access replacement information not available in the public domain. In contrast, a large amount of often-performed replacements within companies could also be identified in literature data. Preferences for particular replacements differed between these two sources. The value of combining different endpoints in an evaluation of molecular replacements was investigated. The performed studies highlighted furthermore that there seem to exist no universal substructural replacement that always retains bioactivity irrespective of the biological environment. A generalization of bioisosteric replacements seems therefore not possible. - La forme tridimensionnelle des molécules a depuis longtemps été reconnue comme une propriété importante pour le processus de reconnaissance moléculaire. Des études antérieures ont postulé que les médicaments occupent préférentiellement un sous-ensemble de l'espace des formes des molécules. Ce sous-ensemble pourrait être utilisé pour biaiser la composition de chimiothèques à cribler, dans le but d'augmenter les chances d'identifier des Hits. L'analyse et la validation de cette assertion fait l'objet de cette première partie. Les Ratios de Moments Principaux d'Inertie Normalisés (RPN) ont été utilisés pour décrire la forme tridimensionnelle de petites molécules de type médicament. Il a été étudié si les molécules actives sur des cibles différentes se co-localisaient dans des sous-espaces privilégiés de l'espace des formes. Les résultats montrent des regroupements de molécules incompatibles avec une répartition aléatoire, avec certaines parties de l'espace peu susceptibles d'être occupées par des composés actifs. Par ailleurs, un fort enrichissement en formes allongées et plutôt plates a pu être observé, tandis que les composés globulaires étaient fortement sous-représentés. Cela a été confirmé pour un large ensemble de compilations de molécules d'origines différentes. Les distributions de forme des molécules actives sur des cibles différentes se recoupent largement, rendant une discrimination fondée uniquement sur la forme très difficile. Une perspective supplémentaire a été ajoutée par la comparaison des formes des ligands avec celles de leurs sites de liaison (poches) dans leurs protéines respectives. Bien que plus globulaires que leurs ligands, il a été observé que les formes des poches présentent une distribution dans l'espace des formes avec le même type d'asymétrie que celle observée pour les ligands: les formes sphériques sont fortement sous­ représentées. Un résultat différent a été obtenu pour les poches de plus petite taille et cristallisées sans ligand: elles possédaient une forme plus globulaire. La relation entre complémentarité de forme et bioactivité a été également analysée; une corrélation modérée entre bioactivité et des paramètres tels que remplissage de poche, distance dans l'espace des formes, ainsi que d'autres, a pu être identifiée. Ceci reflète l'importance de la complémentarité des formes, mais aussi l'implication d'autres facteurs. Une analyse ultérieure a évalué si et comment la forme et le volume d'une poche ou de ses ligands de référence pouvaient être utilisés comme un pré-filtre dans une approche de criblage virtuel. Durant l'optimisation d'un Lead, de nombreux paramètres doivent être optimisés simultanément. Dans ce contexte, la disponibilité d'exemples d'optimisations réussies est précieuse, car ils peuvent orienter les chimistes médicinaux dans leurs plans de synthèse par analogie. Cependant, bien que d'un extrême intérêt pour les chercheurs dans le domaine public, seules les grandes sociétés pharmaceutiques avaient jusqu'à présent la capacité d'exploiter de telles connaissances au sein de leurs bases de données internes. Dans le but de remédier à cette limitation, la base de données SwissBioisostere a été élaborée et publiée dans le domaine public au cours de cette thèse. Cette base de données contient des informations sur 21 293 355 échanges sous-structuraux observés, correspondant à 5 586 462 remplacements uniques mesurés dans 35 039 tests contre 1948 cibles représentant 30 familles, ainsi que sur leur impact sur la bioactivité. Une interface a été développée pour permettre un accès facile à ces données, accessible à http:/ /www.swissbioisostere.ch. La base de données ChEMBL a été utilisée comme source de données de bioactivité. Une version modifiée de l'algorithme de Hussain et Rea a été implémentée pour identifier les Matched Molecular Pairs (MMP) dans les données préparées au préalable. Des scores de succès ont été développés et intégrés dans la base de données pour permettre un reclassement des remplacements proposés selon leurs résultats précédemment observés. La corrélation entre ces scores et la similarité chimique des fragments correspondants a été étudiée. Une corrélation plus faible qu'attendue a été détectée et analysée. Différents cas d'utilisation de cette base de données ont été envisagés, et les fonctionnalités correspondantes implémentées: l'agrégation des résultats de remplacement est effectuée au niveau de chaque test, et il a été montré qu'elle pourrait également être effectuée au niveau de la cible ou de la classe de cible, sous réserve d'une analyse au cas par cas. Il a en outre été constaté que le succès d'un remplacement dépend de l'activité du composé A au sein d'une paire A-B. Il a été montré que la probabilité de perdre la bioactivité à la suite d'un remplacement moléculaire quelconque est plus importante au sein des molécules les plus actives que chez les molécules de plus faible activité. L'existence potentielle d'un biais lié au processus de publication par articles a pu être réfutée. En outre, les stratégies fréquentes de chimie médicinale pour l'exploration des relations structure-activité ont été analysées à l'aide des données acquises. Enfin, les données provenant des compagnies pharmaceutiques ont été comparées à celles reportées dans la littérature. Il a pu être constaté que les chimistes médicinaux dans l'industrie peuvent accéder à des remplacements qui ne sont pas disponibles dans le domaine public. Par contre, un grand nombre de remplacements fréquemment observés dans les données de l'industrie ont également pu être identifiés dans les données de la littérature. Les préférences pour certains remplacements particuliers diffèrent entre ces deux sources. L'intérêt d'évaluer les remplacements moléculaires simultanément selon plusieurs paramètres (bioactivité et stabilité métabolique par ex.) a aussi été étudié. Les études réalisées ont souligné qu'il semble n'exister aucun remplacement sous-structural universel qui conserve toujours la bioactivité quel que soit le contexte biologique. Une généralisation des remplacements bioisostériques ne semble donc pas possible.

Pulmonary-artery pressure and exhaled nitric oxide in bolivian and caucasian high altitude dwellers

Rapport de synthèse : Plusieurs études suggèrent que les populations vivant en haute altitude sont mieux protégées contre l'hypertension pulmonaire hypoxique que celles originaires de la plaine. Cependant, les mécanismes sous jacents ne sont pas bien compris. Chez les Tibétains, la synthèse augmentée par le système respiratoire de monoxyde d'azote (NO) atténue l'hypertension pulmonaire hypoxique. Il a été spéculé que ce mécanisme pourrait représenter un mode généralisé d'adaptation à la haute altitude, mais il n'existe pas de preuve directe qui consume cette hypothèse. Nous avons donc mesuré la pression artérielle pulmonaire (par échocardiographie Doppler) ainsi que la concentration du NO dans l'air exhalé chez 34 Boliviens en bonne santé, nés et ayant toujours vécus en haute altitude (3600 m) et chez 34 Caucasiens apparentés pour l'âge et le sexe, nés en basse altitude mais vivant depuis de nombreuses années à cette même haute altitude (3600 mètres). La pression artérielle pulmonaire (24.3±5.9 vs. 24.7±4.9 mm Hg) et le NO exhalé (19.2±7.2 vs. 22.5±9.5 ppb) étaient similaires chez les Boliviens et les Caucasiens. Il n'y avait aucune corrélation entre la pression artérielle pulmonaire et le NO respiratoire dans les deux groupes. Ces résultats ne fournissent donc aucune évidence que les Boliviens nés en haute altitude sont mieux protégés contre l'hypertension pulmonaire hypoxique que les Caucasiens nés à basse altitude. Cela suggère que l'atténuation de l'hypertension pulmonaire par une synthèse accrue de NO respiratoire ne représente pas un mode universel d'adaptation des populations à la haute altitude. Abstract : There is evidence that high altitude populations may be better protected from hypoxic pulmonary hypertension than low altitude natives, but the underlying mechanism is incompletely understood. In Tibetans, increased pulmonary respiratory NO synthesis attenuates hypoxic pulmonary hypertension. It has been speculated that this mechanism may represent a generalized high altitude adaptation pattern, but direct evidence for this speculation is lacking. We therefore measured systolic pulmonary-artery pressure (Doppler echocardiography) and exhaled nitric oxide (NO) in 34 healthy, middle-aged Bolivian high altitude natives and in 34 age- and sex-matched, well-acclimatized Caucasian low altitude natives living at high altitude (3600 m). The mean ± SD systolic right ventricular to right arterial pressure gradient (24.3 ± 5.9 vs. 24.7 ± 4.9 mmHg) and exhaled NO (19.2 ± 7.2 vs. 22.5 ± 9.5 ppb) were similar in Bolivians and Caucasians. There was no relationship between ,pulmonary-artery pressure and respiratory NO in the two groups. These findings provide no evidence that Bolivian high altitude natives are better protected from hypoxic pulmonary hypertension than Caucasian low altitude natives and suggest that attenuation of pulmonary hypertension by increased respiratory NO synthesis may not represent a universal adaptation pattern in highaltitude populations.

Naître et grandir au sein de la triade : le développement de l'alliance familiale

INTRODUCTION : L'alliance familiale : une jonction entre les approches développementale, familiale et systémique / Nicolas Pavez, France Frascarolo-Moutinot et Hervé Tissot - LA TRIADE PARENTS-BEBE : THEORIE ET EVALUATION DES INTERACTIONS : Le modèle de l'alliance familiale et le Jeu Trilogique de Lausanne (LTP) / Nicolas Favez - Observation des interactions triadiques en périnatalité : le Jeu du Change / Jérôme Rime et Werner Stadlmayr - Observation des interactions dans les familles avec plusieurs enfants : le Jeu du Pique-Nique / France Frascarolo-Moutinot et Nicolas Favez - L'observation du coparentage dans les familles biparentales : influence du contexte et de l'âge de l'enfant / Regina Kuersten-Hogan et James P. McHale - LE DEVELOPPEMENT NORMATIF DE LA GROSSESSE A L'ECOLE : La capacité triangulaire du bébé : une illustration à l'aide de deux cas contrastés / Elisabeth Fivaz-Depeursinge et Nicolas Favez - L'alliance coparentale prénatale comme prédicteur des perceptions du coparentage au post-partum / Sarah J. Schappe-Sullivan, Claire M. Kamp Dush et Daniel J. Bower - L'évolution de l'alliance familiale et son impact sur l'enfant à l'âge de 5 ans : une étude longitudinale en Suisse / Nicolas Favez, France Frascarolo-Moutinot et Chloé Lavanchy Scaiola - L'évolution de l'alliance familiale et son impact sur l'enfant à l'âge de 4 ans : une étude longitudinale en Italie / Alessandra Simonelli, Mara Bighin et Francesca De Palo - LA THÉRAPIE AVEC LES TRIADES : Alliance familiale dans les troubles fonctionnels et du comportement du nourrisson : évaluation avant et après une intervention thérapeutique. Une étude exploratoire / Marie-Joëlle Hervé... et al. - Le Jeu Trilogique de Lausanne (LTP) en clinique : application dans le contexte d'interventions de soutien à la relation parents-enfants / Silvia Mazzoni et Anna Lubrano Lavadera - Les comportements relationnels de l'enfant comme porte d'entrée pour intervenir sur le système familial / Chloé Lavanchy Scaiola et Kaija Puura - Le Reflective Family Play : un traitement de la famille entière centré sur l'attachement et le système familial / Diane Philipp et Christie Hayos - APPLICATIONS SPECIFIQUES : Le coparentage comme construit universel caractérisant diverses formes familiales : avancées et perspectives / James McHale et Rahael Kurrien - Les alliances coparentales dans les familles lesboparentales / Salvatore D'Amore, Alessandra Simonelli et Marina Miscioscia - Alliance familiale entre père, mère et leur bébé conçu par fécondation in vitro / Joëlle Darwiche... et al. - CONCLUSION : Le bébé dans la triade précoce / Nicolas Pavez, France Frascarolo-Moutinot et Hervé Tissot

Les migrations internationales des médecins d'Afrique : entre stratégies d'acteurs, politiques nationales et débats internationaux : les cas du Royaume-Uni, de la France et de la Suisse

Résumé Le débat sur la migration des professionnels de santé issus des pays pauvres, et particulièrement des pays africains, date principalement des années 90. La mise sur agenda international du problème est liée d'une part aux inquiétudes vis-à-vis de la détérioration globale des conditions de santé en Afrique et à la péjoration du ratio personnel qualifié/population et d'autre part aux effets des politiques volontaristes d'appel aux spécialistes des pays en développement de la part de plusieurs pays du nord. Les experts soulignent le contraste entre le recrutement croissant de personnels de santé qualifiés (infirmières, médecins) par les pays riches et le déficit de personnels de santé dans les pays du sud et principalement en Afrique subsaharienne. Le discours dominant s'écrit sous le mode de la dramatisation. L'ampleur de l'exode du personnel de santé et ses conséquences pour l'Afrique suscitent un nouvel intérêt pour la recherche sur le « brain drain » dans le secteur de la santé. Un grand nombre d'analyse cherche à mieux comprendre les rapports entre le « push » (les motifs qui poussent les professionnels de santé à vouloir partir) et le « pull » (la demande des pays développés). Notre travail de recherche, suscité par les interrogations internationales vise également à mesurer et à comprendre les facteurs de la migration des médecins africains. Toutefois, il se distingue de la littérature dominante en accordant une place particulière aux arrangements institutionnels des pays d'accueil et à la manière dont ils régulent l'accueil des médecins africains. Après avoir analysé d'un point de vue statistique les flux migratoires des médecins et avoir approfondi par des entretiens les raisons qui poussent au départ, notre thèse vise à mettre en évidence l'importance considérable de l'héritage et des arrangements institutionnels dans la place accordée aux médecins africains dans la profession médicale des pays d'accueil. Pour approfondir le second aspect, notre thèse a opté pour la comparaison de trois cas de figures nationaux offrant des contrastes importants: le Royaume-Uni, la France et la Suisse. Les trois pays diffèrent de manière flagrante par la place qu'occupent les médecins étrangers dans le secteur de la santé et plus spécifiquement des médecins d'origine africaine. L'analyse des conditions de recrutement et de la place qui est accordé aux médecins africains dans les pays européens révèle que les migrations des professionnels de santé et l'insertion professionnelle des médecins africains sont avant tout déterminées par les arrangements institutionnels instaurés par les différents pays au cours de leur histoire. Chacun des trois pays a construit de manière spécifique sa relation avec les médecins formés à l'étranger et avec les médecins africains. Les trois pays choisis illustrent trois modèles d'emploi des médecins africains : un modèle libéral de recrutement (UK), un modèle corporatiste (France) et un modèle « conservateur » (Suisse). L'européanisation exerce des effets différents dans les trois systèmes. Le recrutement européen devient la règle privilégiée du recrutement qui renforce les tendances à l' « exclusion » en France et en Suisse et conforte un retournement de politiques publiques amorcé depuis plusieurs années au Royaume-Uni. L'analyse des trajectoires globales et des spécificités nationales d'emploi révèle également le caractère fortement réducteur du discours global sur les migrations internationales des médecins et les possibles contradictions entre une éthique dite du développement (« hostile aux migrations des médecins en provenance des pays pauvres ») et une éthique du droit de la personne (« le droit universel de migrer »).