Analisi de compostos orgànics persistents i estudi de la procedència d'hidrocarburs en sediments del mar Mediterrani català

Els sediments del fons marí són molt importants en els ecosistemes aquàtics. Aquests sediments són considerats absorbents naturals, ja que s’hi acumulen moltes substàncies nocives, com ara metalls pesants i contaminants orgànics persistents (COPs). En aquest estudi s’han analitzat mostres de sediments del mar Mediterrani amb la finalitat d’examinar els COPs i la possible procedència d’hidrocarburs derivats del petroli. Les mostres han estat extretes davant de la desembocadura del riu Besòs (se n’ha fet una extracció a 8 km i una altra a 54 km de distància respecte la costa) i davant del municipi català anomenat Vilanova i la Geltrú (se n’ha fet, també, una extracció a 8-10 km i una altra a 30-40 km de distància respecte la costa). D’aquestes mostres, obtingudes per perforació, se n’han analitzat el primer i segon centímetres. S’han quantificat els hidrocarburs aromàtics policíclics (PAHs), els bifenils policlorats (PCBs) i els compostos organoclorats (OCPs) utilitzats antigament com a pesticides. S’ha posat de manifest que en les zones més properes a la costa, les concertacions COPs són més elevades a la regió més meridional, tot i estar davant de la desembocadura del riu Besòs. Segurament això és degut a la influència de la deriva litoral (corrent costaner marí en direcció NE-SW). Finalment, l’índex Phytane/Pristane, l’índex de preferència de carboni o, en anglès Carbon Preference Index (CPI) i la barreja complexa sense resoldre o, en anglès, Unresolved Complex Mixture (UCM) apunten a la conclusió que l’origen dels hidrocarburs analitzats (n-alcans) podria ser petrogènic.

Detecció i localització d'impactes a estructures aeroespacials

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Universidad Politécnica de Madrid, Espanya, entre setembre i o desembre del 2007. Actualment la indústria aeroespacial i aeronàutica té com prioritat millorar la fiabilitat de las seves estructures a través del desenvolupament de nous sistemes per a la monitorització i detecció d’impactes. Hi ha diverses tècniques potencialment útils, i la seva aplicabilitat en una situació particular depèn críticament de la mida del defecte que permet l’estructura. Qualsevol defecte canviarà la resposta vibratòria de l’element estructural, així com el transitori de l’ona que es propaga per l’estructura elàstica. Correlacionar aquests canvis, que poden ser detectats experimentalment amb l’ocurrència del defecte, la seva localització i quantificació, és un problema molt complex. Aquest treball explora l’ús de l'Anàlisis de Components Principals (Principal Component Analysis - PCA-) basat en la formulació dels estadístics T2 i Q per tal de detectar i distingir els defectes a l'estructura, tot correlacionant els seus canvis a la resposta vibratòria. L’estructura utilitzada per l’estudi és l’ala d’una turbina d’un avió comercial. Aquesta ala s’excita en un extrem utilitzant un vibrador, i a la qual s'han adherit set sensors PZT a la superfície. S'aplica un senyal conegut i s'analitzen les respostes. Es construeix un model PCA utilitzant dades de l’estructura sense defecte. Per tal de provar el model, s'adhereix un tros d’alumini en quatre posicions diferents. Les dades dels assajos de l'estructura amb defecte es projecten sobre el model. Les components principals i les distàncies de Q-residual i T2-Hotelling s'utilitzaran per a l'anàlisi de les incidències. Q-residual indica com de bé s'adiu cadascuna de les mostres al model PCA, ja que és una mesura de la diferència, o residu, entre la mostra i la seva projecció sobre les components principals retingudes en el model. La distància T2-Hotelling és una mesura de la variació de cada mostra dins del model PCA, o el que vindria a ser el mateix, la distància al centre del model PCA.

Cutaneous leishmaniasis caused by members of Leishmania braziliensis complex in Nayarit, State of Mexico

An epidemiological study was carried out in the northern Mexican state, Nayarit. Fourteen patients with possible cutaneous leishmaniasis skin lesions gave positive Montenegro skin tests. Biopsies were taken from the skin ulcer and analyzed by polymerase chain reaction (PCR) with specific primers for the Leishmania mexicana complex; however all biopsies were not amplified. PCR carried out with specific primers for the L. braziliensis complex resulted in the amplification of all patient DNA. DNA from 12 out of 14 biopsies gave positive amplification with primers species specific for L. (Viannia) braziliensis and hybridized with a species specific L. (V.) braziliensis probe. These results demonstrate the presence in Nayarit of at least two members of the L. braziliensis complex. Most of the cutaneous lesions were caused by L. (V.) braziliensis and two by another species belonging to the L. braziliensis complex. As far as we are aware, this is the first report of L. (V.) braziliensis in Nayarit. The main risk factor associated with the contraction of this disease in Nayarit is attributed to working on coffee plantations.

L’impacte de les institucions internacionals sobre la Unió Europea: presa de decisions, integració i europeïtzació

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Center for European Integration de la Freie Universität Berlin, Alemania, entre 2007 i 2009. El tema central del projecte consisteix en la descripció matemàtica de processos espai-temporals mitjançant la teoria dels Continuous-Time Random Walks. L'aportació més significativa del nostre treball en aquest camp consisteix en considerar per primera vegada la interacció entre diversos processos actuant de manera acoblada, ja que fins ara els models existents es limitaven a l'estudi de processos individuals o independents. Aquesta idea fa possible, per exemple, plantejar un sistema de transport en l'espai i a la vegada un procés de reacció (una reacció química, per exemple), i estudiar estadísticament com cada un pot alterar el comportament de l'altre. Això suposa un salt qualitatiu important en la descripció de processos de reacció-dispersió, ja que els nostres models permeten incorporar patrons de dispersió i comportaments temporals (cicles de vida) força realistes en comparació amb els models convencionals. Per tal de completar aquest treball teòric ha estat necessari també desenvolupar algunes eines numèriques (models de xarxa) per facilitar la implementació dels models. En la vessant pràctica, hem aplicat aquestes idees al cas de la dinàmica entre virus i el sistema immunològic que té lloc quan es produeix una infecció a l'organisme. Diferents estudis experimentals portats a terme els últims anys mostren com la resposta immunològica dels organismes superiors presenta una dinàmica temporal força complexa (per exemple, en el cas de la resposta programada). Per aquest motiu, les nostres tècniques matemàtiques són d'especial utilitat per a l'anàlisi d'aquests sistemes. Finalment, altres possibles aplicacions dels models, com ara l'estudi d'invasions biològiques, també han estat considerades.

Comparison between computational alanine scanning and per-residue binding free energy decomposition for protein-protein association using MM-GBSA: application to the TCR-p-MHC complex.

Recognition by the T-cell receptor (TCR) of immunogenic peptides (p) presented by Class I major histocompatibility complexes (MHC) is the key event in the immune response against virus-infected cells or tumor cells. A study of the 2C TCR/SIYR/H-2K(b) system using a computational alanine scanning and a much faster binding free energy decomposition based on the Molecular Mechanics-Generalized Born Surface Area (MM-GBSA) method is presented. The results show that the TCR-p-MHC binding free energy decomposition using this approach and including entropic terms provides a detailed and reliable description of the interactions between the molecules at an atomistic level. Comparison of the decomposition results with experimentally determined activity differences for alanine mutants yields a correlation of 0.67 when the entropy is neglected and 0.72 when the entropy is taken into account. Similarly, comparison of experimental activities with variations in binding free energies determined by computational alanine scanning yields correlations of 0.72 and 0.74 when the entropy is neglected or taken into account, respectively. Some key interactions for the TCR-p-MHC binding are analyzed and some possible side chains replacements are proposed in the context of TCR protein engineering. In addition, a comparison of the two theoretical approaches for estimating the role of each side chain in the complexation is given, and a new ad hoc approach to decompose the vibrational entropy term into atomic contributions, the linear decomposition of the vibrational entropy (LDVE), is introduced. The latter allows the rapid calculation of the entropic contribution of interesting side chains to the binding. This new method is based on the idea that the most important contributions to the vibrational entropy of a molecule originate from residues that contribute most to the vibrational amplitude of the normal modes. The LDVE approach is shown to provide results very similar to those of the exact but highly computationally demanding method.

Dificultats de convivència entre els grups d'estrangers i d'autòctons als barris del nord de l'Hospitalet de Llobregat i afectació en la seguretat

Per a realitzar aquest estudi he triat la ciutat de l’Hospitalet de Llobregat perquè, té els principals condicionants necessaris per a aquest treball de recerca: en primer lloc aquesta ciutat és una de les ciutats de Catalunya que, en termes absoluts i relatius, ha acollit d’una forma més accelerada, un flux migratori en la darrera dècada. Generalment em referiré als barris del nord de la ciutat, que són els que han hagut de suportar una major pressió migratòria i on, segons les dades oficials, actualment l’índex d’immigració es situa prop del 40 per cent. En segon lloc aquesta ciutat ha viscut uns processos de transformació urbanístic econòmic i social en aquest període que, lògicament han influït en la seguretat, tan en les seves vessants objectives com en les subjectives. En tercer lloc perquè des de les administracions s’han desenvolupat des de fa anys diferents projectes de seguretat i convivència (desplegament dels Mossos d’Esquadra, policia de proximitat, programes de mediadors, educadors de carrer, etc.) que, amb tota seguretat, han pogut tenir impacte sobre la percepció general de la seguretat. El problema de seguretat objecte d’aquesta recerca està ubicat doncs, com ja he exposat, en els barris nord de l’Hospitalet de Llobregat , concretament els barris de Collblanc, La Torrassa, La Florida, Les Planes i Pubilla Casas. En relació a aquest espai analitzaré minuciosament cinc aspectes: Els principals conflictes socials, les relacions d’aquests conflictes amb la seguretat, els principals riscos potencials o amenaces socials, la percepció del risc i la seguretat que té la població autòctona i immigrada en relació al seu entorn, les dificultats de convivència entre grups d’estrangers i d’autòctons de la ciutat. En aquest treball s’estudiaran tots els fenòmens que envolten a la seguretat d’una forma integral, intentant transgredir els límits de les simples estadístiques per a aprofundir en un nivell d’estudi més qualitatiu basat en les enquestes. Malgrat no passaré per alt les dades objectives, en aquest treball ultrapassaré l’estadi dels simples riscos objectius per analitzar en profunditat l’essència de les pors individuals i col·lectives. Sense oblidar que la ciutat és un espai viu i variable, on de manera permanent es produeixen transformacions que afecten d’una forma més o menys directa, però en definitiva indiscutible a la seguretat. L’objecte d’aquesta recerca serà situar al fenomen de la immigració dins el complex procés de la (in)seguretat, per això un element clau del meu treball serà el de l’estudi de les dificultats de convivència entre grups d’estrangers i autòctons de la ciutat, ja que entenc que aquest és un dels factors més crítics del complex procés de la (in)seguretat, si entenem aquest fet com una evolució multi direccional en el qual tots els actors formen part activa i passiva del propi fenomen.

[R74W;R1070W;D1270N]: a new complex allele responsible for cystic fibrosis.

Since the beginning of population screening for CF carriers, it has become apparent that complex CFTR alleles are not uncommon. Deciphering their impact in disease pathogenesis remains a challenge for both clinicians and researchers. We report the observation of a new complex allele p.[R74W+R1070W+D1270N] found in trans with a type 1 mutation and associated with clinical diagnosis of cystic fibrosis in a one year-old Moroccan patient. This case underlines the difficulties in counseling patients with uncommon mutations and the necessity of functional studies to evaluate the structure-function relationships, since the association of several variations in cis can dramatically alter CFTR function.

Non-tuberculous mycobacteria I: one year clinical isolates identification in Tertiary Hospital Aids Reference Center, Rio de Janeiro, Brazil, in pre highly active antiretroviral therapy era

The aim of this study was to determine the prevalence of non-tuberculous mycobacteria (NTM) isolates at University Hospital, Reference Center for Aids in Rio de Janeiro, Brazil, during one year. We used standard biochemical tests for species identification and IS1245 PCR amplification was applied as a Mycobacterium avium specific identification marker. Four hundred and four specimens from 233 patients yielded acid-fast bacilli growth. M. tuberculosis was identified in 85% of the patients and NTM in 15%. NTM disseminated infection was a common event correlated with human immunodeficiency virus (HIV) infected patients and only in HIV negative patients the source of NTM was non sterile site. M. avium complex (MAC) was biochemically identified in 57.8% (49/83) of NTM isolates, most of them from sterile sites (75.5%), and in 94% (46/49) the IS 1245 marker specific for M. avium was present. Twenty NTM strains showed a MAC biochemical pattern with the exception of a urease-positive (99% of MAC are urease-negative), however IS1245 was detected in 96% of the strains leading to their identification as M. avium. In this group differences in NTM source was not significant. The second most frequently isolated NTM was identified as M. scrofulaceum (7.2%), followed by M. terrae (3.6%), M. gordonae (2.4%), M. chelonae (1.2%), M. fortuitum (1.2%) and one strain which could not be identified. All were IS1245 negative except for one strain identified as M. scrofulaceum. It is interesting to note that non-sterile sites were the major source of these isolates (92.8%). Our finding indicated that M. avium is still the major atypical species among in the MAC isolates recovered from Brazilian Aids patients without highty active antiretroviral therapy schema. Some discrepancies were seen between the identification methods and further investigations must be done to better characterize NTM isolates using other phenotypic and genotypic methods.

Supervisió i control de la lectura: anàlisi de procediments, judicis metacognitius i resultats de comprensió en estudiants d'Educació Secundària Obligatòria

Els processos de comprensió lectora són complexes, i requereixen de l’ús autorregulat, conscient i deliberat de la metacognició en les seves dues vessants: supervisió i control. L’objectiu d’aquest projecte és analitzar les relacions entre aquests dos components, i la seva repercussió en la comprensió lectora que finalment s’assoleix. Per tal de tractar aquesta qüestió s’han analitzat els processos de lectura seguits per 60 alumnes d’Educació Secundària Obligatòria. La presència i el tipus de relectura ha estat considerada com a mesura de control (estratègia emprada per millorar la pròpia comprensió), mentre que els judicis metacognitius són considerats com a mesura de supervisió. També es va elaborar una prova de comprensió lectora incloent preguntes que requerissin diferents nivells de processament cognitiu, de més superficial a més profund. Els nostres resultats preliminars mostren una relació entre l’ajust dels judicis metacognitius i la comprensió lectora assolida; els lectors que millor entenen el text tendeixen a ser els que millor supervisen la seva comprensió. La relectura també s’ha mostrat útil per millorar la comprensió, ja que els participants obtenen millors resultats després de rellegir. Per últim, s’ha trobat una relació significativa entre l’ajust dels judicis metacognitius i la relectura. D’una banda, aquests resultats subratllen la importància de la supervisió i el control en la comprensió lectora, i ofereixen evidències per explicar les complexes relacions entre supervisió, control, i resultats de comprensió. A més, els processos de lectura i els objectius amb què hom rellegeix apareixen com a temes rellevants que requereixen ser investigats per comprendre millor la interacció entre els processos de supervisió i control en la comprensió lectora. D’altra banda, els resultats tenen valuoses implicacions educatives, ja que proporcionen evidències de la importància d’ensenyar processos metacognitius des d’un punt de vista estratègic, en contraposició a les “tècniques”, per tal de millorar la comprensió lectora.

Identification of snails within the Bulinus africanus group from East Africa by multiplex SNaPshotTManalysis of single nucleotide polymorphisms within the cytochrome oxidase subunit I

Identification of populations of Bulinus nasutus and B. globosus from East Africa is unreliable using characters of the shell. In this paper, a molecular method of identification is presented for each species based on DNA sequence variation within the mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (COI) as detected by a novel multiplexed SNaPshotTM assay. In total, snails from 7 localities from coastal Kenya were typed using this assay and variation within shell morphology was compared to reference material from Zanzibar. Four locations were found to contain B. nasutus and 2 locations were found to contain B. globosus. A mixed population containing both B. nasutus and B. globosus was found at Kinango. Morphometric variation between samples was considerable and UPGMA cluster analysis failed to differentiate species. The multiplex SNaPshotTM assay is an important development for more precise methods of identification of B. africanus group snails. The assay could be further broadened for identification of other snail intermediate host species.

Polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism of cytocrome oxidase subunit I used for differentiation of Brazilian Biomphalaria species intermediate host of Schistosoma mansoni

The intermediate hosts of Schistosoma mansoni, in Brazil, Biomphalaria glabrata, B. tenagophila and B. straminea, were identified by restriction fragment length polymorphism analysis of the mitochondrial gene cytochrome oxidase I (COI). We performed digestions with two enzymes (AluI and RsaI), previously selected, based on sequences available in Genbank. The profiles obtained with RsaI showed to be the most informative once they were polymorphic patterns, corroborating with much morphological data. In addition, we performed COI digestion of B. straminea snails from Uruguay and Argentina.

Should Trypanosoma cruzi be called "cruzi" complex? A review of the parasite diversity and the potential of selecting population after in Vitro culturing and mice infection

Morpho-biological diversity of Trypanosoma cruzi has been known since Chagas' first works in 1909. Several further studies confirmed the morphological differences among the parasite strains, which were isolated from different reservoirs and vectors, as well as from human beings. In the early sixties, antigenic differences were found in the parasite strains from various sources. These differences, coupled to the observation of regional variations of the disease, led to the proposal of the term cruzi complex to designate the taxon T. cruzi. Since then this protozoan has been typed in distinct biodemes, zymodemes and lineages which were consensually grouped into T. cruzi I, T. cruzi II and into non-grouped strains. T. cruzi genotypic characterization, initially carried out by schizodeme analysis and more recently by various other techniques, has shown a great diversity of the parasite strains. In fact, T. cruzi is formed by groups of heterogeneous sub-population, which present specific characteristics, including distinct histotropism. The interaction of the different infecting clones of the cruzi complex and the human host will determine the morbidity of the disease.

Optimització d'una aplicacio bioinformàtica d'alineament de seqüències executada en processadors multi-core i many-core (GPUs)

Las aplicaciones de alineamiento de secuencias son una herramienta importante para la comunidad científica. Estas aplicaciones bioinformáticas son usadas en muchos campos distintos como pueden ser la medicina, la biología, la farmacología, la genética, etc. A día de hoy los algoritmos de alineamiento de secuencias tienen una complejidad elevada y cada día tienen que manejar un volumen de datos más grande. Por esta razón se deben buscar alternativas para que estas aplicaciones sean capaces de manejar el aumento de tamaño que los bancos de secuencias están sufriendo día a día. En este proyecto se estudian y se investigan mejoras en este tipo de aplicaciones como puede ser el uso de sistemas paralelos que pueden mejorar el rendimiento notablemente.

Anàlisi i disseny de una aplicació per la gestió de reserva d'un complexe d'apartaments

Aquest treball consisteix en l'anàlisi i disseny d'una aplicació per la gestió de reserves d'un complex de 39 apartaments, anomenat AIDA

Mycobacterium tuberculosis complex differentiation using gyrB-restriction fragment length polymorphism analysis

Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) members are causative agents of human and animal tuberculosis. Differentiation of MTBC members is required for appropriate treatment of individual patients and for epidemiological purposes. Strains from six MTBC species - M. tuberculosis, M. bovis subsp. bovis, M. bovis BCG, M. africanum, M. pinnipedii, and "M. canetti" - were studied using gyrB-restriction fragment length polymorphism (gyrB-RFLP) analysis. A table was elaborated, based on observed restriction patterns and published gyrB sequences. To evaluate applicability of gyrB-RFLP at Instituto Adolfo Lutz, São Paulo, Mycobacterial Reference Laboratory, 311 MTBC clinical isolates, previously identified using traditional methods as M. tuberculosis (306), M. bovis (3), and M. bovis BCG (2), were analyzed by gyrB-RFLP. All isolates were correctly identified by the molecular method, but no distinction between M. bovis and M. bovis BCG was obtained. Differentiation of M. tuberculosis and M. bovis is of utmost importance, because they require different treatment schedules. In conclusion, gyrB-RFLP is accurate and easy-to-perform, with potential to reduce time needed for conventional differentiation methods. However, application for epidemiological studies remains limited, because it cannot differentiate M. tuberculosis from M. africanum subtype II, and "M. canetti", M. africanum subtype I from M. pinnipedii, and. M. bovis from M. bovis BCG.