Bayesian and survival model for tumor relapse status and disease-specific survival, with applications to breast cancer

Breast cancer is the most common non-skin cancer and the second leading cause of cancer-related death in women in the United States. Studies on ipsilateral breast tumor relapse (IBTR) status and disease-specific survival will help guide clinic treatment and predict patient prognosis.^ After breast conservation therapy, patients with breast cancer may experience breast tumor relapse. This relapse is classified into two distinct types: true local recurrence (TR) and new ipsilateral primary tumor (NP). However, the methods used to classify the relapse types are imperfect and are prone to misclassification. In addition, some observed survival data (e.g., time to relapse and time from relapse to death)are strongly correlated with relapse types. The first part of this dissertation presents a Bayesian approach to (1) modeling the potentially misclassified relapse status and the correlated survival information, (2) estimating the sensitivity and specificity of the diagnostic methods, and (3) quantify the covariate effects on event probabilities. A shared frailty was used to account for the within-subject correlation between survival times. The inference was conducted using a Bayesian framework via Markov Chain Monte Carlo simulation implemented in softwareWinBUGS. Simulation was used to validate the Bayesian method and assess its frequentist properties. The new model has two important innovations: (1) it utilizes the additional survival times correlated with the relapse status to improve the parameter estimation, and (2) it provides tools to address the correlation between the two diagnostic methods conditional to the true relapse types.^ Prediction of patients at highest risk for IBTR after local excision of ductal carcinoma in situ (DCIS) remains a clinical concern. The goals of the second part of this dissertation were to evaluate a published nomogram from Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, to determine the risk of IBTR in patients with DCIS treated with local excision, and to determine whether there is a subset of patients at low risk of IBTR. Patients who had undergone local excision from 1990 through 2007 at MD Anderson Cancer Center with a final diagnosis of DCIS (n=794) were included in this part. Clinicopathologic factors and the performance of the Memorial Sloan-Kettering Cancer Center nomogram for prediction of IBTR were assessed for 734 patients with complete data. Nomogram for prediction of 5- and 10-year IBTR probabilities were found to demonstrate imperfect calibration and discrimination, with an area under the receiver operating characteristic curve of .63 and a concordance index of .63. In conclusion, predictive models for IBTR in DCIS patients treated with local excision are imperfect. Our current ability to accurately predict recurrence based on clinical parameters is limited.^ The American Joint Committee on Cancer (AJCC) staging of breast cancer is widely used to determine prognosis, yet survival within each AJCC stage shows wide variation and remains unpredictable. For the third part of this dissertation, biologic markers were hypothesized to be responsible for some of this variation, and the addition of biologic markers to current AJCC staging were examined for possibly provide improved prognostication. The initial cohort included patients treated with surgery as first intervention at MDACC from 1997 to 2006. Cox proportional hazards models were used to create prognostic scoring systems. AJCC pathologic staging parameters and biologic tumor markers were investigated to devise the scoring systems. Surveillance Epidemiology and End Results (SEER) data was used as the external cohort to validate the scoring systems. Binary indicators for pathologic stage (PS), estrogen receptor status (E), and tumor grade (G) were summed to create PS+EG scoring systems devised to predict 5-year patient outcomes. These scoring systems facilitated separation of the study population into more refined subgroups than the current AJCC staging system. The ability of the PS+EG score to stratify outcomes was confirmed in both internal and external validation cohorts. The current study proposes and validates a new staging system by incorporating tumor grade and ER status into current AJCC staging. We recommend that biologic markers be incorporating into revised versions of the AJCC staging system for patients receiving surgery as the first intervention.^ Chapter 1 focuses on developing a Bayesian method to solve misclassified relapse status and application to breast cancer data. Chapter 2 focuses on evaluation of a breast cancer nomogram for predicting risk of IBTR in patients with DCIS after local excision gives the statement of the problem in the clinical research. Chapter 3 focuses on validation of a novel staging system for disease-specific survival in patients with breast cancer treated with surgery as the first intervention. ^

Proceedings of the Sixteenth Annual Biochemical Engineering Symposium

This volume represents the proceedings of the Sixteenth Annual Biochemical Engineering Symposium held at Kansas State University on April 26, 1986. Some of the papers describe the progress of ongoing projects, and others contain the results of completed projects. Only brief summaries are given of many of the papers that will be published in full elsewhere. ContentsEnd-Product Inhibition of the Acetone-Butanol Fermentation—Bob Kuhn, Colorado State University Effect of Multiple Substrates in Ethanal Fermentations from Cheese Whey—C.J. Wang, University of Missouri Extraction and Fermentation of Ensiled Sweet Sorghum—Karl Noah, Colorado State University Removal of Nucleic Acids from Bakers' Yeast—Richard M. Cordes, Iowa State University Modeling the Effects of Plasmid Replication and Product Repression on the Growth Rate of Recombinant Bacteria—William E. Bentley, University of Colorado Indirect Estimates of Cell Concentrations in Mass Cultivation of Bacterial Cells—Andrew Fisher, University of Missouri A Mathematical Model for Liquid Recirculation in Airlift Columns—C.H.Lee, Kansas State University Characterization of Imperfect Mixing of Batch Reactors by Two Compartment Model—Peter Sohn, University of Missouri First Order Breakage Model for the Degradation of Pullalan in the Batch Fermentor—Stephen A. Milligan, Kansas State University Synthesis and Nuclear Magnetic Resonance of 13C-Labeled Amylopectin and Maltooligosaccharides—Bernard Y. Tao, Iowa State University Preparation of Fungal Starter Culture in Gas Fluidized Bed Reactor—Pal Mihaltz, Colorado State University Yeast Flocculation and Sedimentation—David Szlag, University of Colorado Protein Enrichment of Extrusion Cooked Corn by Solid Substrate Fermentation—Lucas Alvarez-Martinez, Colorado State University Optimum Design of a Hollow Fiber Mammalian Cell Reactor—Thomas Chresand, Colorado State University Gas Chromatography and Nuclear Magnetic Resonance of Trifluoroacetylated Carbohydrates—Steven T. Summerfelt, Iowa State University Kinetic and Bioenergetic Considerations for Modeling Photosynthetic Microbial P~ocesses in Producing Biomass and Treating Wastewater—H. Y. Lee, Kansas State University Mathematical Modeling and Simulation of Bicarbonate-Limited Photsynthetic Growth in Continuous Culture—Craig Curless, Kansas State University Data Acquisition and Control of a Rotary Drum Solid State Fermentor—Mnasria A. Habib, Colorado State University Biodegradation of 2,4-Dichlorophenoxyacetic Acid (2,4-D)—Greg Sinton, Kansas State University

Contribución al estudio de la biología floral de la vid en Mendoza

Como contribución al estudio de la biología floral de la vid en Mendoza, se han efectuado observaciones morfológicas y fisiológicas. En base a los resultados obtenidos se ha hecho una clasificación práctica agrupando las variedades estudiadas en 6 tipos florales. Se propone el mejoramiento de las variedades de fecundación imperfecta por medio de la selección clonal. Los seis tipos florales son los siguientes: 1º) Flores estaminadas, funcionalmente masculinas, con pistilos atrofiados. 2º) Flores pistiladas, funcionalmente femeninas, con estambres cortos y espiralados. 3º) Flores funcionalmente femeninas, pero ocasionalmente hermafroditas funcionales. 4º) Flores hermafroditas funcionales, imperfectas con estambres finos, más cortos que los normales y en algunos casos ligeramente espiralados. 5º) Flores hermafroditas funcionalmente perfectas, con estambres y pistilos normales. 6º) Flores hermafroditas con pistilo y óvulo defectuosos, dan origen a frutos partenocárpicos o estenospermocárpicos.

Del haereticus como enemigo externo al haereticus como cristiano imperfecto en el corpus de Cromacio de Aquileya

El objetivo de este trabajo es reflexionar acerca del significado que el término haereticus adquiere en el discurso de Cromacio de Aquileya. Se procurará demostrar que haereticus contiene en su corpus una doble dimensión semántica: por un lado, en su acepción más inmediata, designa al cristiano abiertamente disidente respecto de la ortodoxia local; por otro, la lectura atenta de los Sermones y del Tractatus in Mathaeum permite apreciar que Cromacio empleaba el concepto para referir a algunos miembros de la propia comunidad cristiana cuyas conductas y creencias acaso no se adecuaban a las exigencias de la nueva fe. Al mismo tiempo, pues, el término haereticus resultaba un útil instrumento para la catequesis, puesto que pretendía instruir a estos cristianos imperfectos en la especificidad de la identidad cristiana, y un instrumento coercitivo, ya que aspiraba a que el temor a merecer en vida y tras la muerte las sanciones destinadas al haereticus externo y arquetípico contribuyera a la completa asunción de las consecuencias del acto de conversión

El cooperativismo y la financiación agrícola en Baja California, México (1930-1950) : Una aproximación inicial

Para la teoría neoclásica convencional el funcionamiento de los mercados de crédito soporta dos dificultades básicas: la información imperfecta o asimétrica y la selección adversa del prestatario aunada al riesgo del no pago. En el otro extremo, más heterodoxo, el colectivismo, el capital social y la formación de redes informales y sociedades de crédito suelen reducir los costes de transacción ligados al problema de la financiación. Este tipo de organización facilita el desenvolvimiento del cooperativismo en la economía. En México, después de la Revolución y la conformación de un régimen político autoritario y vertical, el cooperativismo se constituyó en uno de los referentes de la organización campesina para conseguir crédito de la banca pública y privada. En el noroeste del país y la península de Baja California, la existencia de cooperativas pesqueras, ganaderas, agrícolas y de transporte significó un despunte de la actividad económica y uno de los canales del desarrollo de la región. El propósito del artículo es perfilar qué tipo de cooperativismo se articuló en el Distrito Norte de la península de Baja California y qué tipo de relación guardó con el movimiento cooperativista nacional entre 1930 y 1950

Volatilidad del capital y las nuevas concepciones del valor del suelo urbano en las ciudades intermedias

Las lógicas tradicionales que influyen en la fijación del valor del suelo urbano se han visto modificadas, en los últimos tiempos, por las múltiples dinámicas que ocurren en las ciudades intermedias. El crecimiento de la población y la expansión territorial de estas ciudades, y los cambios en las concepciones del sector inmobiliario, las propuestas de los desarrolladores y los componentes perceptivos de la demanda conforman un mercado heterogéneo e imperfecto. A la teoría tradicional de valor del suelo se suman aquellas vinculadas con aspectos hedónicos que otorgan valor simbólico de acuerdo a un entramadocomplejo de aspectos psicosociales y económicos. En la fijación de precios se conjugan la disposición a pagar por parte de los consumidores y la valoración que se hace de las características particulares del inmueble, así como el estatus socioeconómico y las bondades del entorno geográfico-paisajístico en el que se ubica.

Del haereticus como enemigo externo al haereticus como cristiano imperfecto en el corpus de Cromacio de Aquileya

El objetivo de este trabajo es reflexionar acerca del significado que el término haereticus adquiere en el discurso de Cromacio de Aquileya. Se procurará demostrar que haereticus contiene en su corpus una doble dimensión semántica: por un lado, en su acepción más inmediata, designa al cristiano abiertamente disidente respecto de la ortodoxia local; por otro, la lectura atenta de los Sermones y del Tractatus in Mathaeum permite apreciar que Cromacio empleaba el concepto para referir a algunos miembros de la propia comunidad cristiana cuyas conductas y creencias acaso no se adecuaban a las exigencias de la nueva fe. Al mismo tiempo, pues, el término haereticus resultaba un útil instrumento para la catequesis, puesto que pretendía instruir a estos cristianos imperfectos en la especificidad de la identidad cristiana, y un instrumento coercitivo, ya que aspiraba a que el temor a merecer en vida y tras la muerte las sanciones destinadas al haereticus externo y arquetípico contribuyera a la completa asunción de las consecuencias del acto de conversión

El cooperativismo y la financiación agrícola en Baja California, México (1930-1950) : Una aproximación inicial

Para la teoría neoclásica convencional el funcionamiento de los mercados de crédito soporta dos dificultades básicas: la información imperfecta o asimétrica y la selección adversa del prestatario aunada al riesgo del no pago. En el otro extremo, más heterodoxo, el colectivismo, el capital social y la formación de redes informales y sociedades de crédito suelen reducir los costes de transacción ligados al problema de la financiación. Este tipo de organización facilita el desenvolvimiento del cooperativismo en la economía. En México, después de la Revolución y la conformación de un régimen político autoritario y vertical, el cooperativismo se constituyó en uno de los referentes de la organización campesina para conseguir crédito de la banca pública y privada. En el noroeste del país y la península de Baja California, la existencia de cooperativas pesqueras, ganaderas, agrícolas y de transporte significó un despunte de la actividad económica y uno de los canales del desarrollo de la región. El propósito del artículo es perfilar qué tipo de cooperativismo se articuló en el Distrito Norte de la península de Baja California y qué tipo de relación guardó con el movimiento cooperativista nacional entre 1930 y 1950

Volatilidad del capital y las nuevas concepciones del valor del suelo urbano en las ciudades intermedias

Las lógicas tradicionales que influyen en la fijación del valor del suelo urbano se han visto modificadas, en los últimos tiempos, por las múltiples dinámicas que ocurren en las ciudades intermedias. El crecimiento de la población y la expansión territorial de estas ciudades, y los cambios en las concepciones del sector inmobiliario, las propuestas de los desarrolladores y los componentes perceptivos de la demanda conforman un mercado heterogéneo e imperfecto. A la teoría tradicional de valor del suelo se suman aquellas vinculadas con aspectos hedónicos que otorgan valor simbólico de acuerdo a un entramadocomplejo de aspectos psicosociales y económicos. En la fijación de precios se conjugan la disposición a pagar por parte de los consumidores y la valoración que se hace de las características particulares del inmueble, así como el estatus socioeconómico y las bondades del entorno geográfico-paisajístico en el que se ubica.

Del haereticus como enemigo externo al haereticus como cristiano imperfecto en el corpus de Cromacio de Aquileya

El objetivo de este trabajo es reflexionar acerca del significado que el término haereticus adquiere en el discurso de Cromacio de Aquileya. Se procurará demostrar que haereticus contiene en su corpus una doble dimensión semántica: por un lado, en su acepción más inmediata, designa al cristiano abiertamente disidente respecto de la ortodoxia local; por otro, la lectura atenta de los Sermones y del Tractatus in Mathaeum permite apreciar que Cromacio empleaba el concepto para referir a algunos miembros de la propia comunidad cristiana cuyas conductas y creencias acaso no se adecuaban a las exigencias de la nueva fe. Al mismo tiempo, pues, el término haereticus resultaba un útil instrumento para la catequesis, puesto que pretendía instruir a estos cristianos imperfectos en la especificidad de la identidad cristiana, y un instrumento coercitivo, ya que aspiraba a que el temor a merecer en vida y tras la muerte las sanciones destinadas al haereticus externo y arquetípico contribuyera a la completa asunción de las consecuencias del acto de conversión

El cooperativismo y la financiación agrícola en Baja California, México (1930-1950) : Una aproximación inicial

Para la teoría neoclásica convencional el funcionamiento de los mercados de crédito soporta dos dificultades básicas: la información imperfecta o asimétrica y la selección adversa del prestatario aunada al riesgo del no pago. En el otro extremo, más heterodoxo, el colectivismo, el capital social y la formación de redes informales y sociedades de crédito suelen reducir los costes de transacción ligados al problema de la financiación. Este tipo de organización facilita el desenvolvimiento del cooperativismo en la economía. En México, después de la Revolución y la conformación de un régimen político autoritario y vertical, el cooperativismo se constituyó en uno de los referentes de la organización campesina para conseguir crédito de la banca pública y privada. En el noroeste del país y la península de Baja California, la existencia de cooperativas pesqueras, ganaderas, agrícolas y de transporte significó un despunte de la actividad económica y uno de los canales del desarrollo de la región. El propósito del artículo es perfilar qué tipo de cooperativismo se articuló en el Distrito Norte de la península de Baja California y qué tipo de relación guardó con el movimiento cooperativista nacional entre 1930 y 1950

Volatilidad del capital y las nuevas concepciones del valor del suelo urbano en las ciudades intermedias

Las lógicas tradicionales que influyen en la fijación del valor del suelo urbano se han visto modificadas, en los últimos tiempos, por las múltiples dinámicas que ocurren en las ciudades intermedias. El crecimiento de la población y la expansión territorial de estas ciudades, y los cambios en las concepciones del sector inmobiliario, las propuestas de los desarrolladores y los componentes perceptivos de la demanda conforman un mercado heterogéneo e imperfecto. A la teoría tradicional de valor del suelo se suman aquellas vinculadas con aspectos hedónicos que otorgan valor simbólico de acuerdo a un entramadocomplejo de aspectos psicosociales y económicos. En la fijación de precios se conjugan la disposición a pagar por parte de los consumidores y la valoración que se hace de las características particulares del inmueble, así como el estatus socioeconómico y las bondades del entorno geográfico-paisajístico en el que se ubica.

Planktonic foraminifera distribution during the mid-Piacenzian warm period in the North Atlantic

The mid-Piacenzian (MP) warm period (3.264-3.025 Ma) has been identified as the most recent time in geologic history during which mean global surface temperatures were considerably warmer than today for a sustained period. This interval has therefore been proposed as a potential (albeit imperfect) analog for future climate change and as such, has received much scientific attention over the past two decades. Central to this research effort is the Pliocene Research, Interpretation, and Synoptic Mapping (PRISM) project, an iterative paleoenvironmental reconstruction of the MP focused on increasing our understanding of warm-period climate forcings, dynamics, and feedbacks by providing three-dimensional data sets for general circulation models. A mainstay of the PRISM project has been the development of a global sea surface temperature (SST) data set based primarily upon quantitative analyses of planktic foraminifer assemblages, supplemented with geochemical SST estimates wherever possible. In order to improve spatial coverage of the PRISM faunal data set in the low and mid-latitude North Atlantic, this study provides a description of the MP planktic foraminifer assemblage from five Ocean Drilling Program sites (951, 958, 1006, 1062, and 1063) in the subtropical gyre, a region critical to Atlantic Ocean circulation and tropical heat advection. Assemblages from each core provide evidence for a temperature- and circulation-driven 5-10° northward displacement of MP faunal provinces, as well as regional shifts in planktic foraminifer populations linked to species ecology and interactions. General biogeographic trends also indicate that, relative to modern conditions, gyre circulation was stronger (particularly the Gulf Stream, North Atlantic Current, and North Equatorial Current) and meridionally broader. A comparison of mid-Piacenzian and modern North Atlantic planktic foraminifer assemblages suggests that low latitude western boundary currents were less than 1 °C warmer while eastern boundary currents were ~1-2 °C warmer, supporting the hypothesis of enhanced northward heat advection along western boundary currents and warming of high latitude Northeast Atlantic source regions for the Canary Current. These findings are consistent with a model of reduced meridional SST gradients, with little-to-no low latitude warming, and more vigorous ocean circulation. Results therefore support the theory that enhanced meridional overturn circulation and associated northward heat advection made an important contribution, in conjunction with elevated atmospheric CO2 concentrations, to the 2-3 °C global surface temperature increase (relative to today) and strong polar amplification of SST warmth during the MP warm period.

Oxygen Reduction Reaction on Pt Overlayers Deposited onto a Gold Film: Ligand, Strain, and Ensemble Effect

We study the oxygen reduction reaction (ORR), the catalytic process occurring at the cathode in fuel cells, on Pt layers prepared by electrodeposition onto an Au substrate. Using a nominal Pt layer by layer deposition method previously proposed, imperfect layers of Pt on Au are obtained. The ORR on deposited Pt layers decreases with increasing Pt thickness. In the submonolayer region, however, the ORR activity is superior to that of bulk Pt. Using density functional theory (DFT) calculations, we correlate the observed activity trend to strain, ligand, and ensemble effects. At submonolayer coverage certain atom configurations weaken the binding energies of reaction intermediates due to a ligand and ensemble effect, thus effectively increasing the ORR activity. At higher Pt coverage the activity is governed by a strain effect, which lowers the activity by decreasing the oxidation potential of water. This study is a nice example of how the influence of strain, ligand, and ensemble effects on the ORR can be deconvoluted.

The Degree of Competition in the Thai Banking Industry before and after the East Asian Crisis

This paper analyzes the influence of the East Asian crisis and the subsequent reforms on the oligopolistic nature of the Thai banking industry. Since the crisis, there have been substantial changes in competitive environment, including a decline in the family ownership of banks as well as the arrival of new entrants. How did these changes affect a banking industry in which the six largest local banks accounted for over 70 percent of market share? The estimated Lerner index from Bresnahan's [1989] conjectural variation model indicates the possibility of a decline in the degree of competition.