An integrated modeling approach to assess the impact on road freight transport demand of allowing longer and heavier vehicles (LHVs) in Spain

The assessment on introducing Longer and Heavier Vehicles (LHVs) on the road freight transport demand is performed in this paper by applying an integrated modeling approach composed of a Random Utility-Based Multiregional Input-Output model (RUBMRIO) and a road transport network model. The approach strongly supports the concept that changes in transport costs derived from the LHVs allowance as well as the economic structure of regions have both direct and indirect effects on the road freight transport system. In addition, we estimate the magnitude and extent of demand changes in the road freight transportation system by using the commodity-based structure of the approach to identify the effect on traffic flows and on pollutant emissions over the whole network of Spain by considering a sensitivity analysis of the main parameters which determine the share of Heavy-Goods Vehicles (HGVs) and LHVs. The results show that the introduction of LHVs will strengthen the competitiveness of the road haulage sector by reducing costs, emissions, and the total freight vehicles required.

New agri-environmental policies for the sustainability of mountainous olive farming. Evidences from Andalusia, Spain

La sostenibilidad de los sistemas olivareros situados en zonas de pendiente y montaña (SMOPS) en Andalucía se encuentra actualmente amenazada por las elevadas tasas de abandono que afectan a estos sistemas productivos. Así, la consumación de este proceso de abandono, no sólo pondría en peligro a las propias explotaciones, sino a todo el conjunto de bienes y servicios no productivos y al patrimonio cultural generado por este sistema productivo. En este contexto, la búsqueda de alternativas políticas enfocadas a revertir este proceso se erige como una necesidad categórica en aras de garantizar en el largo plazo la sostenibilidad de los olivares de montaña. Esta tesis pretende hacer frente a esta necesidad a través de la construcción de un marco político alternativo para los SMOPS, que permita la integración simultánea de todas las dimensiones que pueden influir en su desarrollo; esto es: el marco político actual, principalmente determinado por la Política Agraria Común (PAC) de la Unión Europea (UE); las preferencias de la sociedad hacia la oferta de bienes y servicios públicos generados por los SMOPS; y las preferencias y voluntad de innovación hacia nuevos manejos y sistemas de gestión de los agricultores y propietarios de las explotaciones. Para ello, se emplea una metodología de investigación mixta, que abarca la realización de cuatro encuestas (personales y online) llevadas a cabo a los agentes o grupos de interés involucrados directa o indirectamente en la gestión de los SMOPS –ciudadanos, agricultores y propietarios y expertos-; una profunda revisión de las herramientas de política agroambiental actuales y posibles alternativas a las mismas; y el desarrollo de nuevas estrategias metodológicas para dotar de mayor precisión y fiabilidad las estimaciones obtenidas a partir del Método del Experimento de Elección (MEE) en el campo de la valoración medioambiental. En general, los resultados muestran que una estrategia de política agroambiental basada en la combinación de los Contratos Territoriales de Zona Rural (CTZR) y el manejo ecológico supondría una mejora en la sostenibilidad de los sistemas olivareros de montaña andaluces, que, al mismo tiempo, propiciaría una mejor consideración de las necesidades y demandas de los agentes implicados en su gestión. Asimismo, los hallazgos obtenidos en esta investigación demandan un cambio de paradigma en los actuales pagos agroambientales, que han de pasar de una estrategia basada en la implementación de acciones, a otra enfocada al logro de objetivos, la cual, en el caso del olivar, se podría centrar en el aumento del secuestro de carbono en el suelo. Desde un punto de vista metodológico, los resultados han contribuido notablemente a mejorar la fiabilidad y precisión de las conclusiones estimadas a partir del MEE, mediante el diseño de un novedoso proceso iterativo para detectar posibles comportamientos inconsistentes por parte de los entrevistados con respecto a su máxima Disposición al Pago (DAP) para lograr la situación considerada como “óptima” en los olivares ecológicos de montaña andaluces. En líneas generales, el actual marco institucional favorece la puesta en práctica de la mayoría de las estrategias propuestas en esta tesis; sin embargo son necesarios mayores esfuerzos para reconducir los actuales Pagos Agroambientales y Climáticos de la PAC, hacia una estrategia de política agroambiental adaptada a las necesidades y requisitos del territorio en el que se aplica, enfocada al logro de objetivos y que sea capaz de integrar y coordinar al conjunto de agentes y grupos de interés involucrados -directa o indirectamente- en la gestión de los olivares de montaña. En este contexto, se espera que la puesta en práctica de nuevas estructuras y acuerdos de gobernanza territorial juegue un importante papel en el desarrollo de una política agroambiental realmente adaptada a las necesidades de los sistemas olivareros de montaña andaluces. ABSTRACT The long-term sustainability of Andalusian sloping and mountainous olive production systems (SMOPS) is currently threatened by the high abandonment rates that affect these production systems. The effective occurrence of this abandonment process is indeed menacing not only farms themselves, but also the wide array of public goods and services provided by SMOPS and the cultural heritage held by this production system. The search of policy alternatives aimed at tackling this process is thus a central necessity. This thesis aims to undertake this necessity by building an alternative policy framework for SMOPS that simultaneously integrates the several dimensions that are susceptible to influence it, namely: the current policy framework, mainly determined by the European Union’s (EU) Common Agricultural Policy (CAP); the social preferences toward the supply of SMOPS’ public goods and services; and farmers’ preferences and willingness to innovate toward new management practices in their farms. For this purpose, we put into practice a mixed-method strategy that combines four face-to-face and online surveys carried out with SMOPS’ stakeholders -including citizens, farmers and experts-; in-depth analysis of current and alternative agrienvironmental policy (AEP) instruments; and the development of novel methodological approaches to advance toward more reliable Discrete Choice Experiment’s (DCE) outcomes in the field of environmental valuation. Overall, results show that a policy strategy based on the combination of Territorial Management Contracts (TMC) and organic management would further enhance Andalusian SMOPS’ sustainability by simultaneously taking into account stakeholders’ demands and needs. Findings also call for paradigm shift of the current action-oriented design of Agri-Environmental-Climate Schemes (AECS), toward a result-based approach, that in the case of olive orchards should particularly be focused on enhancing soil carbon sequestration. From a methodological perspective, results have contributed to improve the accuracy and feasibility of DCE outcomes by designing a novel and iterative procedure focused in ascertaining respondents’ inconsistent behaviour with respect to their stated maximum WTP for the attainment of an ideal situation to be achieved in organic Andalusian SMOPS. Generally, the present institutional framework favours the implementation of the main policy strategies proposed in this thesis, albeit further efforts are required to better conduct current CAP’s agri-environmental instruments toward a territorially targeted result-oriented strategy capable to integrate and coordinate the whole set of stakeholders involved in the management of SMOPS. In this regard, alternative governance structures and arrangements are expected to play a major role on the process of tackling SMOPS’ agri-environmental policy challenge.

Evaluación de las Consecuencias de la Nueva Regulación de la OMI sobre Combustibles Marinos

El 10 de octubre de 2008 la Organización Marítima Internacional (OMI) firmó una modificación al Anexo VI del convenio MARPOL 73/78, por la que estableció una reducción progresiva de las emisiones de óxidos de azufre (SOx) procedentes de los buques, una reducción adicional de las emisiones de óxidos de nitrógeno (NOx), así como límites en las emisiones de dióxido de Carbono (CO2) procedentes de los motores marinos y causantes de problemas medioambientales como la lluvia ácida y efecto invernadero. Centrándonos en los límites sobre las emisiones de azufre, a partir del 1 de enero de 2015 esta normativa obliga a todos los buques que naveguen por zonas controladas, llamadas Emission Control Area (ECA), a consumir combustibles con un contenido de azufre menor al 0,1%. A partir del 1 de enero del año 2020, o bien del año 2025, si la OMI decide retrasar su inicio, los buques deberán consumir combustibles con un contenido de azufre menor al 0,5%. De igual forma que antes, el contenido deberá ser rebajado al 0,1%S, si navegan por el interior de zonas ECA. Por su parte, la Unión Europea ha ido más allá que la OMI, adelantando al año 2020 la aplicación de los límites más estrictos de la ley MARPOL sobre las aguas de su zona económica exclusiva. Para ello, el 21 de noviembre de 2013 firmó la Directiva 2012 / 33 / EU como adenda a la Directiva de 1999. Tengamos presente que la finalidad de estas nuevas leyes es la mejora de la salud pública y el medioambiente, produciendo beneficios sociales, en forma de reducción de enfermedades, sobre todo de tipo respiratorio, a la vez que se reduce la lluvia ácida y sus nefastas consecuencias. La primera pregunta que surge es ¿cuál es el combustible actual de los buques y cuál será el que tengan que consumir para cumplir con esta Regulación? Pues bien, los grandes buques de navegación internacional consumen hoy en día fuel oil con un nivel de azufre de 3,5%. ¿Existen fueles con un nivel de azufre de 0,5%S? Como hemos concluido en el capítulo 4, para las empresas petroleras, la producción de fuel oil como combustible marino es tratada como un subproducto en su cesta de productos refinados por cada barril de Brent, ya que la demanda de fuel respecto a otros productos está bajando y además, el margen de beneficio que obtienen por la venta de otros productos petrolíferos es mayor que con el fuel. Así, podemos decir que las empresas petroleras no están interesadas en invertir en sus refinerías para producir estos fueles con menor contenido de azufre. Es más, en el caso de que alguna compañía decidiese invertir en producir un fuel de 0,5%S, su precio debería ser muy similar al del gasóleo para poder recuperar las inversiones empleadas. Por lo tanto, el único combustible que actualmente cumple con los nuevos niveles impuestos por la OMI es el gasóleo, con un precio que durante el año 2014 estuvo a una media de 307 USD/ton más alto que el actual fuel oil. Este mayor precio de compra de combustible impactará directamente sobre el coste del trasporte marítimo. La entrada en vigor de las anteriores normativas está suponiendo un reto para todo el sector marítimo. Ante esta realidad, se plantean diferentes alternativas con diferentes implicaciones técnicas, operativas y financieras. En la actualidad, son tres las alternativas con mayor aceptación en el sector. La primera alternativa consiste en “no hacer nada” y simplemente cambiar el tipo de combustible de los grandes buques de fuel oil a gasóleo. Las segunda alternativa es la instalación de un equipo scrubber, que permitiría continuar con el consumo de fuel oil, limpiando sus gases de combustión antes de salir a la atmósfera. Y, por último, la tercera alternativa consiste en el uso de Gas Natural Licuado (GNL) como combustible, con un precio inferior al del gasóleo. Sin embargo, aún existen importantes incertidumbres sobre la evolución futura de precios, operación y mantenimiento de las nuevas tecnologías, inversiones necesarias, disponibilidad de infraestructura portuaria e incluso el desarrollo futuro de la propia normativa internacional. Estas dudas hacen que ninguna de estas tres alternativas sea unánime en el sector. En esta tesis, tras exponer en el capítulo 3 la regulación aplicable al sector, hemos investigado sus consecuencias. Para ello, hemos examinado en el capítulo 4 si existen en la actualidad combustibles marinos que cumplan con los nuevos límites de azufre o en su defecto, cuál sería el precio de los nuevos combustibles. Partimos en el capítulo 5 de la hipótesis de que todos los buques cambian su consumo de fuel oil a gasóleo para cumplir con dicha normativa, calculamos el incremento de demanda de gasóleo que se produciría y analizamos las consecuencias que este hecho tendría sobre la producción de gasóleos en el Mediterráneo. Adicionalmente, calculamos el impacto económico que dicho incremento de coste producirá sobre sector exterior de España. Para ello, empleamos como base de datos el sistema de control de tráfico marítimo Authomatic Identification System (AIS) para luego analizar los datos de todos los buques que han hecho escala en algún puerto español, para así calcular el extra coste anual por el consumo de gasóleo que sufrirá el transporte marítimo para mover todas las importaciones y exportaciones de España. Por último, en el capítulo 6, examinamos y comparamos las otras dos alternativas al consumo de gasóleo -scrubbers y propulsión con GNL como combustible- y, finalmente, analizamos en el capítulo 7, la viabilidad de las inversiones en estas dos tecnologías para cumplir con la regulación. En el capítulo 5 explicamos los numerosos métodos que existen para calcular la demanda de combustible de un buque. La metodología seguida para su cálculo será del tipo bottom-up, que está basada en la agregación de la actividad y las características de cada tipo de buque. El resultado está basado en la potencia instalada de cada buque, porcentaje de carga del motor y su consumo específico. Para ello, analizamos el número de buques que navegan por el Mediterráneo a lo largo de un año mediante el sistema AIS, realizando “fotos” del tráfico marítimo en el Mediterráneo y reportando todos los buques en navegación en días aleatorios a lo largo de todo el año 2014. Por último, y con los datos anteriores, calculamos la demanda potencial de gasóleo en el Mediterráneo. Si no se hace nada y los buques comienzan a consumir gasóleo como combustible principal, en vez del actual fuel oil para cumplir con la regulación, la demanda de gasoil en el Mediterráneo aumentará en 12,12 MTA (Millones de Toneladas Anuales) a partir del año 2020. Esto supone alrededor de 3.720 millones de dólares anuales por el incremento del gasto de combustible tomando como referencia el precio medio de los combustibles marinos durante el año 2014. El anterior incremento de demanda en el Mediterráneo supondría el 43% del total de la demanda de gasóleos en España en el año 2013, incluyendo gasóleos de automoción, biodiesel y gasóleos marinos y el 3,2% del consumo europeo de destilados medios durante el año 2014. ¿Podrá la oferta del mercado europeo asumir este incremento de demanda de gasóleos? Europa siempre ha sido excedentaria en gasolina y deficitaria en destilados medios. En el año 2009, Europa tuvo que importar 4,8 MTA de Norte América y 22,1 MTA de Asia. Por lo que, este aumento de demanda sobre la ya limitada capacidad de refino de destilados medios en Europa incrementará las importaciones y producirá también aumentos en los precios, sobre todo del mercado del gasóleo. El sector sobre el que más impactará el incremento de demanda de gasóleo será el de los cruceros que navegan por el Mediterráneo, pues consumirán un 30,4% de la demanda de combustible de toda flota mundial de cruceros, lo que supone un aumento en su gasto de combustible de 386 millones de USD anuales. En el caso de los RoRos, consumirían un 23,6% de la demanda de la flota mundial de este tipo de buque, con un aumento anual de 171 millones de USD sobre su gasto de combustible anterior. El mayor incremento de coste lo sufrirán los portacontenedores, con 1.168 millones de USD anuales sobre su gasto actual. Sin embargo, su consumo en el Mediterráneo representa sólo el 5,3% del consumo mundial de combustible de este tipo de buques. Estos números plantean la incertidumbre de si semejante aumento de gasto en buques RoRo hará que el transporte marítimo de corta distancia en general pierda competitividad sobre otros medios de transporte alternativos en determinadas rutas. De manera que, parte del volumen de mercancías que actualmente transportan los buques se podría trasladar a la carretera, con los inconvenientes medioambientales y operativos, que esto produciría. En el caso particular de España, el extra coste por el consumo de gasóleo de todos los buques con escala en algún puerto español en el año 2013 se cifra en 1.717 millones de EUR anuales, según demostramos en la última parte del capítulo 5. Para realizar este cálculo hemos analizado con el sistema AIS a todos los buques que han tenido escala en algún puerto español y los hemos clasificado por distancia navegada, tipo de buque y potencia. Este encarecimiento del transporte marítimo será trasladado al sector exterior español, lo cual producirá un aumento del coste de las importaciones y exportaciones por mar en un país muy expuesto, pues el 75,61% del total de las importaciones y el 53,64% del total de las exportaciones se han hecho por vía marítima. Las tres industrias que se verán más afectadas son aquellas cuyo valor de mercancía es inferior respecto a su coste de transporte. Para ellas los aumentos del coste sobre el total del valor de cada mercancía serán de un 2,94% para la madera y corcho, un 2,14% para los productos minerales y un 1,93% para las manufacturas de piedra, cemento, cerámica y vidrio. Las mercancías que entren o salgan por los dos archipiélagos españoles de Canarias y Baleares serán las que se verán más impactadas por el extra coste del transporte marítimo, ya que son los puertos más alejados de otros puertos principales y, por tanto, con más distancia de navegación. Sin embargo, esta no es la única alternativa al cumplimiento de la nueva regulación. De la lectura del capítulo 6 concluimos que las tecnologías de equipos scrubbers y de propulsión con GNL permitirán al buque consumir combustibles más baratos al gasoil, a cambio de una inversión en estas tecnologías. ¿Serán los ahorros producidos por estas nuevas tecnologías suficientes para justificar su inversión? Para contestar la anterior pregunta, en el capítulo 7 hemos comparado las tres alternativas y hemos calculado tanto los costes de inversión como los gastos operativos correspondientes a equipos scrubbers o propulsión con GNL para una selección de 53 categorías de buques. La inversión en equipos scrubbers es más conveniente para buques grandes, con navegación no regular. Sin embargo, para buques de tamaño menor y navegación regular por puertos con buena infraestructura de suministro de GNL, la inversión en una propulsión con GNL como combustible será la más adecuada. En el caso de un tiempo de navegación del 100% dentro de zonas ECA y bajo el escenario de precios visto durante el año 2014, los proyectos con mejor plazo de recuperación de la inversión en equipos scrubbers son para los cruceros de gran tamaño (100.000 tons. GT), para los que se recupera la inversión en 0,62 años, los grandes portacontenedores de más de 8.000 TEUs con 0,64 años de recuperación y entre 5.000-8.000 TEUs con 0,71 años de recuperación y, por último, los grandes petroleros de más de 200.000 tons. de peso muerto donde tenemos un plazo de recuperación de 0,82 años. La inversión en scrubbers para buques pequeños, por el contrario, tarda más tiempo en recuperarse llegando a más de 5 años en petroleros y quimiqueros de menos de 5.000 toneladas de peso muerto. En el caso de una posible inversión en propulsión con GNL, las categorías de buques donde la inversión en GNL es más favorable y recuperable en menor tiempo son las más pequeñas, como ferris, cruceros o RoRos. Tomamos ahora el caso particular de un buque de productos limpios de 38.500 toneladas de peso muerto ya construido y nos planteamos la viabilidad de la inversión en la instalación de un equipo scrubber o bien, el cambio a una propulsión por GNL a partir del año 2015. Se comprueba que las dos variables que más impactan sobre la conveniencia de la inversión son el tiempo de navegación del buque dentro de zonas de emisiones controladas (ECA) y el escenario futuro de precios del MGO, HSFO y GNL. Para realizar este análisis hemos estudiado cada inversión, calculando una batería de condiciones de mérito como el payback, TIR, VAN y la evolución de la tesorería del inversor. Posteriormente, hemos calculado las condiciones de contorno mínimas de este buque en concreto para asegurar una inversión no sólo aceptable, sino además conveniente para el naviero inversor. En el entorno de precios del 2014 -con un diferencial entre fuel y gasóleo de 264,35 USD/ton- si el buque pasa más de un 56% de su tiempo de navegación en zonas ECA, conseguirá una rentabilidad de la inversión para inversores (TIR) en el equipo scrubber que será igual o superior al 9,6%, valor tomado como coste de oportunidad. Para el caso de inversión en GNL, en el entorno de precios del año 2014 -con un diferencial entre GNL y gasóleo de 353,8 USD/ton FOE- si el buque pasa más de un 64,8 % de su tiempo de navegación en zonas ECA, conseguirá una rentabilidad de la inversión para inversores (TIR) que será igual o superior al 9,6%, valor del coste de oportunidad. Para un tiempo en zona ECA estimado de un 60%, la rentabilidad de la inversión (TIR) en scrubbers para los inversores será igual o superior al 9,6%, el coste de oportunidad requerido por el inversor, para valores del diferencial de precio entre los dos combustibles alternativos, gasóleo (MGO) y fuel oil (HSFO) a partir de 244,73 USD/ton. En el caso de una inversión en propulsión GNL se requeriría un diferencial de precio entre MGO y GNL de 382,3 USD/ton FOE o superior. Así, para un buque de productos limpios de 38.500 DWT, la inversión en una reconversión para instalar un equipo scrubber es más conveniente que la de GNL, pues alcanza rentabilidades de la inversión (TIR) para inversores del 12,77%, frente a un 6,81% en el caso de invertir en GNL. Para ambos cálculos se ha tomado un buque que navegue un 60% de su tiempo por zona ECA y un escenario de precios medios del año 2014 para el combustible. Po otro lado, las inversiones en estas tecnologías a partir del año 2025 para nuevas construcciones son en ambos casos convenientes. El naviero deberá prestar especial atención aquí a las características propias de su buque y tipo de navegación, así como a la infraestructura de suministros y vertidos en los puertos donde vaya a operar usualmente. Si bien, no se ha estudiado en profundidad en esta tesis, no olvidemos que el sector marítimo debe cumplir además con las otras dos limitaciones que la regulación de la OMI establece sobre las emisiones de óxidos de Nitrógeno (NOx) y Carbono (CO2) y que sin duda, requerirán adicionales inversiones en diversos equipos. De manera que, si bien las consecuencias del consumo de gasóleo como alternativa al cumplimiento de la Regulación MARPOL son ciertamente preocupantes, existen alternativas al uso del gasóleo, con un aumento sobre el coste del transporte marítimo menor y manteniendo los beneficios sociales que pretende dicha ley. En efecto, como hemos demostrado, las opciones que se plantean como más rentables desde el punto de vista financiero son el consumo de GNL en los buques pequeños y de línea regular (cruceros, ferries, RoRos), y la instalación de scrubbers para el resto de buques de grandes dimensiones. Pero, por desgracia, estas inversiones no llegan a hacerse realidad por el elevado grado de incertidumbre asociado a estos dos mercados, que aumenta el riesgo empresarial, tanto de navieros como de suministradores de estas nuevas tecnologías. Observamos así una gran reticencia del sector privado a decidirse por estas dos alternativas. Este elevado nivel de riesgo sólo puede reducirse fomentando el esfuerzo conjunto del sector público y privado para superar estas barreras de entrada del mercado de scrubbers y GNL, que lograrían reducir las externalidades medioambientales de las emisiones sin restar competitividad al transporte marítimo. Creemos así, que los mismos organismos que aprobaron dicha ley deben ayudar al sector naviero a afrontar las inversiones en dichas tecnologías, así como a impulsar su investigación y promover la creación de una infraestructura portuaria adaptada a suministros de GNL y a descargas de vertidos procedentes de los equipos scrubber. Deberían además, prestar especial atención sobre las ayudas al sector de corta distancia para evitar que pierda competitividad frente a otros medios de transporte por el cumplimiento de esta normativa. Actualmente existen varios programas europeos de incentivos, como TEN-T o Marco Polo, pero no los consideramos suficientes. Por otro lado, la Organización Marítima Internacional debe confirmar cuanto antes si retrasa o no al 2025 la nueva bajada del nivel de azufre en combustibles. De esta manera, se eliminaría la gran incertidumbre temporal que actualmente tienen tanto navieros, como empresas petroleras y puertos para iniciar sus futuras inversiones y poder estudiar la viabilidad de cada alternativa de forma individual. ABSTRACT On 10 October 2008 the International Maritime Organization (IMO) signed an amendment to Annex VI of the MARPOL 73/78 convention establishing a gradual reduction in sulphur oxide (SOx) emissions from ships, and an additional reduction in nitrogen oxide (NOx) emissions and carbon dioxide (CO2) emissions from marine engines which cause environmental problems such as acid rain and the greenhouse effect. According to this regulation, from 1 January 2015, ships travelling in an Emission Control Area (ECA) must use fuels with a sulphur content of less than 0.1%. From 1 January 2020, or alternatively from 2025 if the IMO should decide to delay its introduction, all ships must use fuels with a sulphur content of less than 0.5%. As before, this content will be 0.1%S for voyages within ECAs. Meanwhile, the European Union has gone further than the IMO, and will apply the strictest limits of the MARPOL directives in the waters of its exclusive economic zone from 2020. To this end, Directive 2012/33/EU was issued on 21 November 2013 as an addendum to the 1999 Directive. These laws are intended to improve public health and the environment, benefiting society by reducing disease, particularly respiratory problems. The first question which arises is: what fuel do ships currently use, and what fuel will they have to use to comply with the Convention? Today, large international shipping vessels consume fuel oil with a sulphur level of 3.5%. Do fuel oils exist with a sulphur level of 0.5%S? As we conclude in Chapter 4, oil companies regard marine fuel oil as a by-product of refining Brent to produce their basket of products, as the demand for fuel oil is declining in comparison to other products, and the profit margin on the sale of other petroleum products is higher. Thus, oil companies are not interested in investing in their refineries to produce low-sulphur fuel oils, and if a company should decide to invest in producing a 0.5%S fuel oil, its price would have to be very similar to that of marine gas oil in order to recoup the investment. Therefore, the only fuel which presently complies with the new levels required by the IMO is marine gas oil, which was priced on average 307 USD/tonne higher than current fuel oils during 2014. This higher purchasing price for fuel will have a direct impact on the cost of maritime transport. The entry into force of the above directive presents a challenge for the entire maritime sector. There are various alternative approaches to this situation, with different technical, operational and financial implications. At present three options are the most widespread in the sector. The first option consists of “doing nothing” and simply switching from fuel oil to marine gas oil in large ships. The second option is installing a scrubber system, which would enable ships to continue consuming fuel oil, cleaning the combustion gases before they are released to the atmosphere. And finally, the third option is using Liquefied Natural Gas (LNG), which is priced lower than marine gas oil, as a fuel. However, there is still significant uncertainty on future variations in prices, the operation and maintenance of the new technologies, the investments required, the availability of port infrastructure and even future developments in the international regulations themselves. These uncertainties mean that none of these three alternatives has been unanimously accepted by the sector. In this Thesis, after discussing all the regulations applicable to the sector in Chapter 3, we investigate their consequences. In Chapter 4 we examine whether there are currently any marine fuels on the market which meet the new sulphur limits, and if not, how much new fuels would cost. In Chapter 5, based on the hypothesis that all ships will switch from fuel oil to marine gas oil to comply with the regulations, we calculate the increase in demand for marine gas oil this would lead to, and analyse the consequences this would have on marine gas oil production in the Mediterranean. We also calculate the economic impact such a cost increase would have on Spain's external sector. To do this, we also use the Automatic Identification System (AIS) system to analyse the data of every ship stopping in any Spanish port, in order to calculate the extra cost of using marine gas oil in maritime transport for all Spain's imports and exports. Finally, in Chapter 6, we examine and compare the other two alternatives to marine gas oil, scrubbers and LNG, and in Chapter 7 we analyse the viability of investing in these two technologies in order to comply with the regulations. In Chapter 5 we explain the many existing methods for calculating a ship's fuel consumption. We use a bottom-up calculation method, based on aggregating the activity and characteristics of each type of vessel. The result is based on the installed engine power of each ship, the engine load percentage and its specific consumption. To do this, we analyse the number of ships travelling in the Mediterranean in the course of one year, using the AIS, a marine traffic monitoring system, to take “snapshots” of marine traffic in the Mediterranean and report all ships at sea on random days throughout 2014. Finally, with the above data, we calculate the potential demand for marine gas oil in the Mediterranean. If nothing else is done and ships begin to use marine gas oil instead of fuel oil in order to comply with the regulation, the demand for marine gas oil in the Mediterranean will increase by 12.12 MTA (Millions Tonnes per Annum) from 2020. This means an increase of around 3.72 billion dollars a year in fuel costs, taking as reference the average price of marine fuels in 2014. Such an increase in demand in the Mediterranean would be equivalent to 43% of the total demand for diesel in Spain in 2013, including automotive diesel fuels, biodiesel and marine gas oils, and 3.2% of European consumption of middle distillates in 2014. Would the European market be able to supply enough to meet this greater demand for diesel? Europe has always had a surplus of gasoline and a deficit of middle distillates. In 2009, Europe had to import 4.8 MTA from North America and 22.1 MTA from Asia. Therefore, this increased demand on Europe's already limited capacity for refining middle distillates would lead to increased imports and higher prices, especially in the diesel market. The sector which would suffer the greatest impact of increased demand for marine gas oil would be Mediterranean cruise ships, which represent 30.4% of the fuel demand of the entire world cruise fleet, meaning their fuel costs would rise by 386 million USD per year. ROROs in the Mediterranean, which represent 23.6% of the demand of the world fleet of this type of ship, would see their fuel costs increase by 171 million USD a year. The greatest cost increase would be among container ships, with an increase on current costs of 1.168 billion USD per year. However, their consumption in the Mediterranean represents only 5.3% of worldwide fuel consumption by container ships. These figures raise the question of whether a cost increase of this size for RORO ships would lead to short-distance marine transport in general becoming less competitive compared to other transport options on certain routes. For example, some of the goods that ships now carry could switch to road transport, with the undesirable effects on the environment and on operations that this would produce. In the particular case of Spain, the extra cost of switching to marine gas oil in all ships stopping at any Spanish port in 2013 would be 1.717 billion EUR per year, as we demonstrate in the last part of Chapter 5. For this calculation, we used the AIS system to analyse all ships which stopped at any Spanish port, classifying them by distance travelled, type of ship and engine power. This rising cost of marine transport would be passed on to the Spanish external sector, increasing the cost of imports and exports by sea in a country which relies heavily on maritime transport, which accounts for 75.61% of Spain's total imports and 53.64% of its total exports. The three industries which would be worst affected are those with goods of lower value relative to transport costs. The increased costs over the total value of each good would be 2.94% for wood and cork, 2.14% for mineral products and 1.93% for manufactured stone, cement, ceramic and glass products. Goods entering via the two Spanish archipelagos, the Canary Islands and the Balearic Islands, would suffer the greatest impact from the extra cost of marine transport, as these ports are further away from other major ports and thus the distance travelled is greater. However, this is not the only option for compliance with the new regulations. From our readings in Chapter 6 we conclude that scrubbers and LNG propulsion would enable ships to use cheaper fuels than marine gas oil, in exchange for investing in these technologies. Would the savings gained by these new technologies be enough to justify the investment? To answer this question, in Chapter 7 we compare the three alternatives and calculate both the cost of investment and the operating costs associated with scrubbers or LNG propulsion for a selection of 53 categories of ships. Investing in scrubbers is more advisable for large ships with no fixed runs. However, for smaller ships with regular runs to ports with good LNG supply infrastructure, investing in LNG propulsion would be the best choice. In the case of total transit time within an ECA and the pricing scenario seen in 2014, the best payback periods on investments in scrubbers are for large cruise ships (100,000 gross tonnage), which would recoup their investment in 0.62 years; large container ships, with a 0.64 year payback period for those over 8,000 TEUs and 0.71 years for the 5,000-8,000 TEU category; and finally, large oil tankers over 200,000 deadweight tonnage, which would recoup their investment in 0.82 years. However, investing in scrubbers would have a longer payback period for smaller ships, up to 5 years or more for oil tankers and chemical tankers under 5,000 deadweight tonnage. In the case of LNG propulsion, a possible investment is more favourable and the payback period is shorter for smaller ship classes, such as ferries, cruise ships and ROROs. We now take the case of a ship transporting clean products, already built, with a deadweight tonnage of 38,500, and consider the viability of investing in installing a scrubber or changing to LNG propulsion, starting in 2015. The two variables with the greatest impact on the advisability of the investment are how long the ship is at sea within emission control areas (ECA) and the future price scenario of MGO, HSFO and LNG. For this analysis, we studied each investment, calculating a battery of merit conditions such as the payback period, IRR, NPV and variations in the investors' liquid assets. We then calculated the minimum boundary conditions to ensure the investment was not only acceptable but advisable for the investor shipowner. Thus, for the average price differential of 264.35 USD/tonne between HSFO and MGO during 2014, investors' return on investment (IRR) in scrubbers would be the same as the required opportunity cost of 9.6%, for values of over 56% ship transit time in ECAs. For the case of investing in LNG and the average price differential between MGO and LNG of 353.8 USD/tonne FOE in 2014, the ship must spend 64.8% of its time in ECAs for the investment to be advisable. For an estimated 60% of time in an ECA, the internal rate of return (IRR) for investors equals the required opportunity cost of 9.6%, based on a price difference of 244.73 USD/tonne between the two alternative fuels, marine gas oil (MGO) and fuel oil (HSFO). An investment in LNG propulsion would require a price differential between MGO and LNG of 382.3 USD/tonne FOE. Thus, for a 38,500 DWT ship carrying clean products, investing in retrofitting to install a scrubber is more advisable than converting to LNG, with an internal rate of return (IRR) for investors of 12.77%, compared to 6.81% for investing in LNG. Both calculations were based on a ship which spends 60% of its time at sea in an ECA and a scenario of average 2014 prices. However, for newly-built ships, investments in either of these technologies from 2025 would be advisable. Here, the shipowner must pay particular attention to the specific characteristics of their ship, the type of operation, and the infrastructure for supplying fuel and handling discharges in the ports where it will usually operate. Thus, while the consequences of switching to marine gas oil in order to comply with the MARPOL regulations are certainly alarming, there are alternatives to marine gas oil, with smaller increases in the costs of maritime transport, while maintaining the benefits to society this law is intended to provide. Indeed, as we have demonstrated, the options which appear most favourable from a financial viewpoint are conversion to LNG for small ships and regular runs (cruise ships, ferries, ROROs), and installing scrubbers for large ships. Unfortunately, however, these investments are not being made, due to the high uncertainty associated with these two markets, which increases business risk, both for shipowners and for the providers of these new technologies. This means we are seeing considerable reluctance regarding these two options among the private sector. This high level of risk can be lowered only by encouraging joint efforts by the public and private sectors to overcome these barriers to entry into the market for scrubbers and LNG, which could reduce the environmental externalities of emissions without affecting the competitiveness of marine transport. Our opinion is that the same bodies which approved this law must help the shipping industry invest in these technologies, drive research on them, and promote the creation of a port infrastructure which is adapted to supply LNG and handle the discharges from scrubber systems. At present there are several European incentive programmes, such as TEN-T and Marco Polo, but we do not consider these to be sufficient. For its part, the International Maritime Organization should confirm as soon as possible whether the new lower sulphur levels in fuels will be postponed until 2025. This would eliminate the great uncertainty among shipowners, oil companies and ports regarding the timeline for beginning their future investments and for studying their viability.

Arquitectura industrial tabacalera en la España peninsular: secaderos y fábricas

La Arquitectura industrial del tabaco en España está representada por dos tipos de construcciones, que corresponden a las dos fases en las que se divide el proceso de producción del tabaco: los secaderos (arquitectura bioclimática donde se realiza el secado), y las fábricas (centros donde se elabora el tabaco procedente de los secaderos). Las fábricas se repartieron por todo el territorio español, ocupando preferiblemente los lugares costeros, aunque existen casos en los que su localización obedecía a razones políticas. Estos edificios, en su mayoría, incluidos en los centros históricos de las ciudades, han cambiando de uso, y las antiguas fábricas de tabaco se han transformado en su mayoría, en centros de cultura, o centros sociales y representativos. La tesis surge del análisis de las características constructivas de la arquitectura industrial del tabaco: de los secaderos y de las fábricas, por tratarse de una tipología con suficiente entidad y un ejemplo de arquitectura bioclimática de producción en el caso de los secaderos, y por conseguir haberse adaptado a otros usos en el caso de las fábricas. La arquitectura de producción emplea un lenguaje acorde con los avances de la industrialización, anticipando materiales y estructuras, y condensando en una tipología específica las complejas relaciones establecidas entre producto, hombres y espacio. Estos edificios tuvieron una extensa implantación en el territorio, y se caracterizan por una serie de valores tecnológicos, arquitectónicos, sociológicos y paisajísticos, que hacen de ellos un documento de primera magnitud para conocer: la evolución e implantación de las técnicas constructivas (materiales y estructuras), los procesos de innovación tipológica y la estructura económica y procedimientos técnicos utilizados. El territorio en el que se insertan constituye su contexto territorial, por lo que no sería adecuado considerar estos edificios como elementos aislados, sin analizar la relación con el entorno en el que se generaron. Por este motivo, se analizan las condiciones higrotérmicas ambientales de los secaderos para compararlas con las de confort humano y establecer relaciones y parámetros compatibles. Los ejemplos analizados de secaderos son todos de fábrica. El uso del ladrillo como módulo principal para la elaboración de un edificio, supone la consideración de un “grado cero” de todo el aparato constructivo y compositivo de la arquitectura. Dejar el ladrillo visto, supone hacer explícitos todos los procesos acumulativos. Este elemento mínimo, permite unas posibilidades enormemente abiertas, pero no absolutamente aleatorias, que definen su propia lógica combinatoria. La exigencia de sinceridad, característica de la arquitectura industrial, en la exposición de los materiales, exhibiéndolos en su propia naturaleza y en el modo real de ser utilizados, se hace patente en este tipo de construcción. Se realiza un estudio de permeabilidad en las fachadas de los secaderos, para determinar el grado de ventilación y su relación con la orientación, el patrón de celosía empleado y el volumen total. Este sistema de acondicionamiento climático específico, puede servir de recurso a otras construcciones, por lo que se podría trasladar el sistema constructivo y formal de los secaderos a otros usos, desde una doble vertiente: Arquitectura para la adaptación climática al entorno. Arquitectura como generadora de condiciones climáticas específicas, en el interior. La utilidad de los secaderos es fundamentalmente: proporcionar sombra, ventilación y un espacio cubierto, pero permeable en sus fachadas. La arquitectura industrial debe ser reconocida dentro del conjunto patrimonial, debido a sus características propias que permiten su diferenciación del resto de la arquitectura. Conocer la estructura productiva permite analizar correctamente estas construcciones, ya que el programa inicial es básico para entender la organización del espacio interior. Las fábricas no se situaron cerca de las zonas de producción del tabaco, excepto en dos casos: Cádiz y Palazuelo, en los que existen secaderos y campos de cultivo de hoja de tabaco en las áreas cercanas. La principal causa de esta separación es que el proceso de obtención de tabaco es un proceso dividido en dos fases principales: proceso primario y proceso secundario. En el proceso primario la hoja de tabaco se seca en los secaderos, en los que es determinante el clima, pero únicamente en el caso del secado del tabaco al aire. En el proceso secundario sin embargo, el tabaco llega previamente tratado a las fábricas, por lo que no influye el clima en esta parte del proceso. Esta razón determina que en las áreas climáticas donde se centra el estudio, haya zonas en las que existen fábrica y secaderos y otras en las que únicamente existe fábrica, o sólo secaderos. La localización de las fábricas atendía a razones de muy diferente índole, las más importantes fueron: geográficas, estratégicas, y políticas. En la mayoría de las fábricas la elección de la ciudad de emplazamiento estaba ligada a la recepción de la materia prima, que principalmente se hacía por vía marítima, o acuática (el caso de Sevilla), y por vía terrestre, utilizando como medio de transporte el ferrocarril. Sólo dos casos, de las antiguas fábricas, corresponden a razones políticas, son las dos únicas que no están en la costa: Madrid y Logroño. La de Madrid se construyó por centralidad política, y porque geográficamente ocupaba el punto central de todas las comunicaciones terrestres por carretera y ferrocarril. Muchas de las fábricas se situaron cercanas a las estaciones de ferrocarril. La de Logroño atendió, sin embargo, a razones políticas. Para finalizar, se realiza un estudio comparativo de las fábricas de Sevilla, Madrid y San Sebastián. Las razones que justifican esta elección son: - La de Sevilla fue históricamente la primera fábrica y la más importante. - La de Madrid fue la más importante a nivel administrativo, la sede de Tabacalera se instaló en la capital, y después de la de Sevilla, fue la que sirvió de modelo al resto de las fábricas. - La de San Sebastián era la más grande del Norte. Los análisis que se han realizado son de: volumen y superficies de patios, superficies de cubierta, permeabilidad o huecos en fachadas, orientación y soleamiento de patios, distribución espacial interior y organización, y evolución de usos. Podemos observar que en la mayoría de estas fábricas ha habido una transformación en el uso, pasando de ser edificios industriales a edificios culturales. Estas construcciones se pueden considerar como infraestructuras adaptables, por ser útiles, sostenibles y funcionales. ABSTRACT The Spanish industrial architecture of tobacco is represented by two construction types that correspond to the two phases of tobacco production: the drying sheds (bioclimatic constructions where the drying process takes place) and factories (centres where tobacco is processed after the drying process). The factories were distributed throughout the Spanish territory, preferably occupying coastal locations, although some of them were located elsewhere following political reasons. Most of the buildings inside city centres have suffered changes in their use, becoming cultural, social or representative centres. This thesis attempts the analysis of the constructive systems employed in tobacco industrial architecture, from drying sheds to factories. The drying sheds are an example of bioclimatic industrial architecture. The factories are a typology that have successfully adapted to new uses. Industrial architecture uses a language that follows the advances in industrialization, anticipating new materials and structures, and merging the complex relationships established among products, human beings, space and locations. These buildings were promoted extensively in the country. They are characterized by technological architectural sociological and landscaping innovations. They are considered as important examples of the evolution and the implementation of construction techniques (building materials and structures). They are also considered as examples of innovation in the building typology, in their economic structure and in the technologies that they have applied. The settings in which the drying sheds are placed have an important influence in them. They cannot be considered as isolated elements. Instead, there is a close relationship between drying sheds and the surroundings in which they are located. Drying sheds’ hygrotermal and environmental conditions are analyzed in this thesis to compare them with the values of human comfort and find suitable relationships and parameters. All the drying sheds that have been analyzed are constructed with brick. This implies a consideration of “zero degree” for both the construction and the composition of the architectural process. The detailing - entails making all the accumulative processes explicit as the brick walls are left exposed. This minimal component allows a wide range of options that are never random but based on the logic of the way in which it is combined. The “sincerity” in the exposition of material, displaying them in their very nature and showing how they are really used, is a basic characteristic of industrial architecture, and it is even more expressive in these types of buildings. The walls of the drying sheds undergo a permeability assessment in order to determine the degree of ventilation and orientation, the lattice pattern used and the overall volume. This specific conditioning system can serve as a resource for other buildings, and consequently, it could be transferred to other uses within a two-pronged approach: -Climatically adapted architecture that takes into account the surroundings. -Architecture as a generator of specific climatic conditions indoors. Drying sheds’ main purposes / aims deal with how to provide shade, ventilation and a covered space as well as permeability. The industrial architecture must be recognized as historical valuable buildings due to its intrinsic and distinctive characteristics. Knowing the productive structure, allow us to make a proper analysis of these buildings, since the basic aim, is to understand the spatial organization indoors. Factories did not come close to the tobacco production, with the exception of Cádiz and Palazuelo, where there are sheds and tobacco croplands nearby. The main reason for this separation is that the process of obtaining tobacco has two processes: the primary process and the secondary process. In the primary process tobacco leaves are left to dry. In the secondary process, previously manufactured tobacco allocated in the factories where the weather conditions are not important. This fact determines that in the climate areas where this study tales place there are some cases in which we can find both factories and drying sheds, and others where there are either factories or drying sheds only. The location of these factories met various demands, being the most outstanding the ones related to geographic, strategic and political reasons. In most factories the choice of its location was often linked to the incoming of raw goods, mainly delivered through waterways –it is the case of Seville,) and by land, using railways. The location of the factories was linked to political reasons in only two cases Madrid and Logroño, which are the only ones that are not placed near the coast. The one in Madrid was built due to its political centrality and because geographically speaking, it was the reference landmark of means of land and rail transports. Many factories, in fact, were settled nearby rail stations. For the factory in Logroño, only political reasons were taken into consideration. I should like to close by undertaking a comparative study of factories in Seville, Madrid and San Sebastian. There are a number of reasons to substantiate this choice: -The factory in Seville was historically speaking the first that was built and the most important one. -The factory in Madrid was the most important one administratively. This factory was the headquarters as well as being, after Seville, the one which provided a model for other factories. -The factory in San Sebastian is the biggest in the North of Spain. The analysis carried out are related to the volume of the buildings and the surface areas of the courtyards, the surface of the roofs, the permeability of the walls and the openings of the façade, the orientation and the sun exposure, the indoor spatial distribution and organization and evolution of the uses (formerly and currently) I observe that in most of these factories there has been a change in the use of the buildings, from industrial cultural purposes. These buildings can be considered as adaptable infrastructures based on a combination of architectural practicability, sustainability and functionality.

Nuclear-cytoplasmic shuttling of C-ABL tyrosine kinase

The ubiquitously expressed nonreceptor tyrosine kinase c-Abl contains three nuclear localization signals, however, it is found in both the nucleus and the cytoplasm of proliferating fibroblasts. A rapid and transient loss of c-Abl from the nucleus is observed upon the initial adhesion of fibroblasts onto a fibronectin matrix, suggesting the possibility of nuclear export [Lewis, J., Baskaran, R., Taagepera, S., Schwartz, M. & Wang, J. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 15174–15179]. Here we show that the C terminus of c-Abl does indeed contain a functional nuclear export signal (NES) with the characteristic leucine-rich motif. The c-Abl NES can functionally complement an NES-defective HIV Rev protein (RevΔ3NI) and can mediate the nuclear export of glutathione-S-transferase. The c-Abl NES function is sensitive to the nuclear export inhibitor leptomycin B. Mutation of a single leucine (L1064A) in the c-Abl NES abrogates export function. The NES-mutated c-Abl, termed c-Abl NES(−), is localized exclusively to the nucleus. Treatment of cells with leptomycin B also leads to the nuclear accumulation of wild-type c-Abl protein. The c-Abl NES(−) is not lost from the nucleus when detached fibroblasts are replated onto fibronectin matrix. Taken together, these results demonstrate that c-Abl shuttles continuously between the nucleus and the cytoplasm and that the rate of nuclear import and export can be modulated by the adherence status of fibroblastic cells.

Selection and nuclear immobilization of exportable RNAs

The intracellular distribution of RNAs depends on interactions of cis-acting nuclear export elements or nuclear retention elements with trans-acting nuclear transport or retention factors. To learn about the relationship between export and retention, we isolated RNAs that are exported from nuclei of Xenopus laevis oocytes even when most RNA export is blocked by an inhibitor of Ran-dependent nucleocytoplasmic transport, the Matrix protein of vesicular stomatitis virus. Export of the selected RNAs is saturable and specific. When present in chimeric RNAs, the selected sequences acted like nuclear export elements in promoting efficient export of RNAs that otherwise are not exported; the pathway used for export of these chimeric RNAs is that used for the selected RNAs alone. However, these chimeric RNAs, unlike the selected RNAs, were not exported in the presence of Matrix protein; thus, the nonselected sequences can cause retention of the selected RNA sequences under conditions of impaired nucleocytoplasmic transport. We propose that most RNAs are transiently immobilized in the nucleus and that release of these RNAs is an essential and early step in export. Release correlates with functional Ran-dependent transport, and the lack of export of chimeric RNAs may result from interference with the Ran system.

An ancient family of human endogenous retroviruses encodes a functional homolog of the HIV-1 Rev protein

The human endogenous retrovirus K (HERV-K) family of endogenous retroviruses consists of ≈50 proviral copies per haploid human genome. Herein, the HERV-Ks are shown to encode a sequence-specific nuclear RNA export factor, termed K-Rev, that is functionally analogous to the HIV-1 Rev protein. Like HIV-1 Rev, K-Rev binds to both the Crm1 nuclear export factor and to a cis-acting viral RNA target to activate nuclear export of unspliced RNAs. Surprisingly, this HERV-K RNA sequence, which is encoded within the HERV-K long terminal repeat, is also recognized by HIV-1 Rev. These data provide surprising evidence for an evolutionary link between HIV-1 and a group of endogenous retroviruses that first entered the human genome ≈30 million years ago.

Anti-idiotype RNA selected with an anti-nuclear export signal antibody is actively transported in oocytes and inhibits Rev- and cap-dependent RNA export

The anti-idiotype approach is based on the assumption that an antibody specific for a receptor-binding domain of a ligand could be structurally related to the receptor. Therefore, a structural mimic of a receptor-binding domain, selected with an anti-ligand antibody, might be a functional substrate for the receptor. This hypothesis was addressed here by generating antibodies recognizing the Rev-nuclear export signal (NES). A functional NES is required for active export, presumably by interacting directly or indirectly with the nuclear pore complex. Anti-NES antibodies were used to isolate RNA mimics of the NES peptide from combinatorial RNA libraries. The RNA-mimics are exported actively, block Rev-dependent export of a reporter RNA, and inhibit cap-dependent U1 snRNA export in Xenopus oocytes, properties previously reported for NES-peptide conjugates.

Splicing is required for rapid and efficient mRNA export in metazoans

Pre-mRNA splicing is among the last known nuclear events before export of mature mRNA to the cytoplasm. At present, it is not known whether splicing and mRNA export are biochemically coupled processes. In this study, we have injected pre-mRNAs containing a single intron or the same mRNAs lacking an intron (Δi-mRNAs) into Xenopus oocyte nuclei. We find that the spliced mRNAs are exported much more rapidly and efficiently than the identical Δi-mRNAs. Moreover, competition studies using excess Δi-mRNA indicate that different factor(s) are involved in the inefficient export of Δi-mRNA vs. the efficient export of spliced mRNA. Consistent with this conclusion, spliced mRNA and Δi-mRNA, though identical in sequence, are assembled into different messenger ribonucleoprotein particles (mRNP) in vitro. Strikingly, the mRNA in the spliced mRNP, but not in the Δi-mRNP, is exported rapidly and efficiently. We conclude that splicing generates a specific nucleoprotein complex that targets mRNA for export. Our results, revealing a link between splicing and efficient mRNA export, may explain the reports that an intron is required for efficient expression of many protein-coding genes in metazoans.

Transmembrane Insertion of the Toxoplasma gondii GRA5 Protein Occurs after Soluble Secretion into the Host Cell

The intracellular parasite Toxoplasma gondii resides within a specialized compartment, the parasitophorous vacuole (PV), that resists fusion with host cell endocytic and lysosomal compartments. The PV is extensively modified by secretion of parasite proteins, including the dense granule protein GRA5 that is specifically targeted to the delimiting membrane of the PV (PVM). We show here that GRA5 is present both in a soluble form and in hydrophobic aggregates. GRA5 is secreted as a soluble form into the PV after which it becomes stably associated with the PVM. Topological studies demonstrated that GRA5 was inserted into the PVM as a transmembrane protein with its N-terminal domain extending into the cytoplasm and its C terminus in the vacuole lumen. Deletion of 8 of the 18 hydrophobic amino acids of the single predicted transmembrane domain resulted in the failure of GRA5 to associate with the PVM; yet it remained correctly packaged in the dense granules and was secreted as a soluble protein into the PV. Collectively, these studies demonstrate that the secretory pathway in Toxoplasma is unusual in two regards; it allows soluble export of proteins containing typical transmembrane domains and provides a mechanism for their insertion into a host cell membrane after secretion from the parasite.

Active Nucleocytoplasmic Shuttling Required for Function and Regulation of Stress-Activated Kinase Spc1/StyI in Fission Yeast

Transcriptional induction of many stress-response genes is dependent on stress-induced nuclear accumulation of stress-activated protein kinases (SAPKs). In the fission yeast Schizosaccharomyces pombe, nuclear accumulation of the SAPK Spc1 (also known as StyI) requires activating phosphorylation catalyzed by the SAPK kinase Wis1; however, it is unknown whether the localization of Spc1 is regulated by nuclear transport factors. Herein are reported studies that show that Spc1 localization is regulated by active transport mechanisms during osmotic stress. Nuclear import of Spc1 requires Pim1, a homologue of the guanine nucleotide exchange factor RCC1 that is essential for nucleocytoplasmic shuttling of proteins. Nuclear export of Spc1 is regulated by the export factor Crm1. An Spc1–Crm1 complex forms as Spc1 is exported from the nucleus. Wis1 and the tyrosine phosphatases Pyp1 and Pyp2 that inactivate Spc1 are excluded from the nucleus by a Crm1-independent mechanism; hence the nuclear import of Spc1 leads to transient isolation from its regulatory proteins. Thus, active nucleocytoplasmic shuttling is required for both the function and regulation of Spc1 during the osmotic shock response.

cag, a pathogenicity island of Helicobacter pylori, encodes type I-specific and disease-associated virulence factors

cagA, a gene that codes for an immunodominant antigen, is present only in Helicobacter pylori strains that are associated with severe forms of gastroduodenal disease (type I strains). We found that the genetic locus that contains cagA (cag) is part of a 40-kb DNA insertion that likely was acquired horizontally and integrated into the chromosomal glutamate racemase gene. This pathogenicity island is flanked by direct repeats of 31 bp. In some strains, cag is split into a right segment (cagI) and a left segment (cagII) by a novel insertion sequence (IS605). In a minority of H. pylori strains, cagI and cagII are separated by an intervening chromosomal sequence. Nucleotide sequencing of the 23,508 base pairs that form the cagI region and the extreme 3′ end of the cagII region reveals the presence of 19 ORFs that code for proteins predicted to be mostly membrane associated with one gene (cagE), which is similar to the toxin-secretion gene of Bordetella pertussis, ptlC, and the transport systems required for plasmid transfer, including the virB4 gene of Agrobacterium tumefaciens. Transposon inactivation of several of the cagI genes abolishes induction of IL-8 expression in gastric epithelial cell lines. Thus, we believe the cag region may encode a novel H. pylori secretion system for the export of virulence determinants.

Integrin regulation of c-Abl tyrosine kinase activity and cytoplasmic–nuclear transport

The product of the c-abl protooncogene is a nonreceptor tyrosine kinase found in both the cytoplasm and the nucleus. We report herein that cell adhesion regulates the kinase activity and subcellular localization of c-Abl. When fibroblastic cells are detached from the extracellular matrix, kinase activity of both cytoplasmic and nuclear c-Abl decreases, but there is no detectable alteration in the subcellular distribution. Upon adhesion to the extracellular matrix protein fibronectin, a transient recruitment of a subset of c-Abl to early focal contacts is observed coincident with the export of c-Abl from the nucleus to the cytoplasm. The cytoplasmic pool of c-Abl is reactivated within 5 min of adhesion, but the nuclear c-Abl is reactivated after 30 min, correlating closely with its return to the nucleus and suggesting that the active nuclear c-Abl originates in the cytoplasm. In quiescent cells where nuclear c-Abl activity is low, the cytoplasmic c-Abl is similarly regulated by adhesion but the nuclear c-Abl is not activated upon cell attachment. These results show that c-Abl activation requires cell adhesion and that this tyrosine kinase can transmit integrin signals to the nucleus where it may function to integrate adhesion and cell cycle signals.

The production of recombinant proteins in transgenic barley grains

The grain of the self-pollinating diploid barley species offers two modes of producing recombinant enzymes or other proteins. One uses the promoters of genes with aleurone-specific expression during germination and the signal peptide code for export of the protein into the endosperm. The other uses promoters of the structural genes for storage proteins deposited in the developing endosperm. Production of a protein-engineered thermotolerant (1, 3–1, 4)-β-glucanase with the D hordein gene (Hor3–1) promoter during endosperm development was analyzed in transgenic plants with four different constructs. High expression of the enzyme and its activity in the endosperm of the mature grain required codon optimization to a C+G content of 63% and synthesis as a precursor with a signal peptide for transport through the endoplasmic reticulum and targeting into the storage vacuoles. Synthesis of the recombinant enzyme in the aleurone of germinating transgenic grain with an α-amylase promoter and the code for the export signal peptide yielded ≈1 μg⋅mg−1 soluble protein, whereas 54 μg⋅mg−1 soluble protein was produced on average in the maturing grain of 10 transgenic lines with the vector containing the gene for the (1, 3–1, 4)-β-glucanase under the control of the Hor3–1 promoter.

Evidence for specific nucleocytoplasmic transport pathways used by leucine-rich nuclear export signals

Various proteins with different biological activities have been observed to be translocated from the nucleus to the cytoplasm in an energy- and signal-dependent manner in eukaryotic cells. This nuclear export is directed by nuclear export signals (NESs), typically characterized by hydrophobic, primarily leucine, amino acid residues. Moreover, it has been shown that CRM1/exportin 1 is an export receptor for leucine-rich NESs. However, additional NES-interacting proteins have been described. In particular, eukaryotic initiation factor 5A (eIF-5A) has been shown to be a critical cellular cofactor for the nuclear export of the HIV type 1 (HIV-1) Rev trans-activator protein. In this study we compared the nuclear export activity of NESs of different origin. Microinjection of export substrates into the nucleus of somatic cells in combination with specific inhibitors indicated that specific nuclear export pathways exist for different NES-containing proteins. In particular, inhibition of eIF-5A blocked the nuclear export of NESs derived from the HIV-1 Rev and human T cell leukemia virus type I Rex trans-activators, whereas nucleocytoplasmic translocation of the protein kinase inhibitor-NES was unaffected. In contrast, however, inhibition of CRM1/exportin 1 blocked the nuclear export of all NES-containing proteins investigated. Our data confirm that CRM1/exportin 1 is a general export receptor for leucine-rich NESs and suggest that eIF-5A acts either upstream of CRM1/exportin 1 or forms a complex with the NES and CRM1/exportin 1 in the nucleocytoplasmic translocation of the HIV-1 Rev and human T cell leukemia virus type I Rex RNA export factors.