Distributed conditional computation

L'objectif de cette thèse est de présenter différentes applications du programme de recherche de calcul conditionnel distribué. On espère que ces applications, ainsi que la théorie présentée ici, mènera à une solution générale du problème d'intelligence artificielle, en particulier en ce qui a trait à la nécessité d'efficience. La vision du calcul conditionnel distribué consiste à accélérer l'évaluation et l'entraînement de modèles profonds, ce qui est très différent de l'objectif usuel d'améliorer sa capacité de généralisation et d'optimisation. Le travail présenté ici a des liens étroits avec les modèles de type mélange d'experts. Dans le chapitre 2, nous présentons un nouvel algorithme d'apprentissage profond qui utilise une forme simple d'apprentissage par renforcement sur un modèle d'arbre de décisions à base de réseau de neurones. Nous démontrons la nécessité d'une contrainte d'équilibre pour maintenir la distribution d'exemples aux experts uniforme et empêcher les monopoles. Pour rendre le calcul efficient, l'entrainement et l'évaluation sont contraints à être éparse en utilisant un routeur échantillonnant des experts d'une distribution multinomiale étant donné un exemple. Dans le chapitre 3, nous présentons un nouveau modèle profond constitué d'une représentation éparse divisée en segments d'experts. Un modèle de langue à base de réseau de neurones est construit à partir des transformations éparses entre ces segments. L'opération éparse par bloc est implémentée pour utilisation sur des cartes graphiques. Sa vitesse est comparée à deux opérations denses du même calibre pour démontrer le gain réel de calcul qui peut être obtenu. Un modèle profond utilisant des opérations éparses contrôlées par un routeur distinct des experts est entraîné sur un ensemble de données d'un milliard de mots. Un nouvel algorithme de partitionnement de données est appliqué sur un ensemble de mots pour hiérarchiser la couche de sortie d'un modèle de langage, la rendant ainsi beaucoup plus efficiente. Le travail présenté dans cette thèse est au centre de la vision de calcul conditionnel distribué émis par Yoshua Bengio. Elle tente d'appliquer la recherche dans le domaine des mélanges d'experts aux modèles profonds pour améliorer leur vitesse ainsi que leur capacité d'optimisation. Nous croyons que la théorie et les expériences de cette thèse sont une étape importante sur la voie du calcul conditionnel distribué car elle cadre bien le problème, surtout en ce qui concerne la compétitivité des systèmes d'experts.

Étude de cas sur l’ajout de vecteurs d’enregistrements typés dans Gambit Scheme

Dans le but d’optimiser la représentation en mémoire des enregistrements Scheme dans le compilateur Gambit, nous avons introduit dans celui-ci un système d’annotations de type et des vecteurs contenant une représentation abrégée des enregistrements. Ces derniers omettent la référence vers le descripteur de type et l’entête habituellement présents sur chaque enregistrement et utilisent plutôt un arbre de typage couvrant toute la mémoire pour retrouver le vecteur contenant une référence. L’implémentation de ces nouvelles fonctionnalités se fait par le biais de changements au runtime de Gambit. Nous introduisons de nouvelles primitives au langage et modifions l’architecture existante pour gérer correctement les nouveaux types de données. On doit modifier le garbage collector pour prendre en compte des enregistrements contenants des valeurs hétérogènes à alignements irréguliers, et l’existence de références contenues dans d’autres objets. La gestion de l’arbre de typage doit aussi être faite automatiquement. Nous conduisons ensuite une série de tests de performance visant à déterminer si des gains sont possibles avec ces nouvelles primitives. On constate une amélioration majeure de performance au niveau de l’allocation et du comportement du gc pour les enregistrements typés de grande taille et des vecteurs d’enregistrements typés ou non. De légers surcoûts sont toutefois encourus lors des accès aux champs et, dans le cas des vecteurs d’enregistrements, au descripteur de type.

Diversité et structure du zooplancton : importance pour la conservation de la biodiversité aquatique en zone urbaine

L'écologie urbaine est un nouveau champ de recherche qui cherche à comprendre les structures et les patrons des communautés et des écosystèmes situés dans des paysages urbains. Les petits plans d’eau sont connus comme des écosystèmes aquatiques qui peuvent contenir une biodiversité considérable pour plusieurs groupes taxonomiques (oiseaux, amphibiens, macroinvertébrés), ce qui en fait des écosystèmes intéressants pour les études de conservation. Cependant, la biodiversité du zooplancton, un élément central des réseaux trophiques aquatiques, n’est pas entièrement connue pour les plans d’eaux urbains et devrait être mieux décrite et comprise. Cette étude a évalué les patrons de biodiversité des communautés zooplanctoniques dans des plans d’eau urbains sur l’Ile de Montréal et leurs sources de variation. Des suggestions pour l’évaluation et la conservation de la biodiversité sont aussi discutées. La biodiversité zooplanctonique des plans d’eaux urbains s’est avérée être assez élevée, avec les cladocères et les rotifères montrant les contributions à la diversité gamma et bêta les plus élevées. Sur l’ensemble des plans d’eau, il y avait une corrélation négative entre les contributions à la bêta diversité des cladocères et des rotifères. Au niveau de chaque plan d'eau, la zone littorale colonisée par des macrophytes s'est avérée être un habitat important pour la biodiversité zooplactonique, contribuant considérablement à la richesse en taxons, souvent avec une différente composition en espèces. Les communautés zooplanctoniques répondaient aux facteurs ascendants et descendants, mais aussi aux pratiques d’entretien, car le fait de vider les plans d’eau en hiver affecte la composition des communautés zooplanctoniques. Les communautés de cladocères dans ces plans d’eau possédaient des quantités variables de diversité phylogénétique, ce qui permet de les classer afin de prioriser les sites à préserver par rapport à la diversité phylogénétique. Le choix des sites à préserver afin de maximiser la diversité phylogénétique devrait être correctement établi, afin d’eviter de faire des choix sous-optimaux. Cependant, pour des taxons tels que les cladocères, pour lesquels les relations phylogénétiques demeurent difficiles à établir, placer une confiance absolue dans un seul arbre est une procédure dangereuse. L’incorporation de l’incertitude phylogénétique a démontré que, lorsqu’elle est prise en compte, plusieurs différences potentielles entre la diversité phylogenétique ne sont plus supportées. Les patrons de composition des communautés différaient entre les plans d’eau, les mois et les zones d’échantillonnage. Etant donné les intéractions sont significatives entres ces facters; ceci indique que tous ces facteurs devraient êtres considérés. L’urbanisation ne semblait pas sélectionner pour un type unique de composition des groupes alimentaires, étant donné que les communautés pouvaient changer entres des assemblages de types alimentaires différents. Les variables environnementales, surtout la couverture du plan d’eau en macrophytes, étaient des facteurs importants pour la biodiversité zooplanctonique, affectant la richesse spécifique de divers groupes taxonomiques et alimentaires. Ces variables affectaient aussi la composition des communautés, mais dans une moindre mesure, étant des variables explicatives modestes, ce qui indiquerait le besoin de considérer d’autres processus.

Études fonctionnelles de deux nouvelles protéines centrosomales, NPHP5 et Cep76, et leurs implications dans les maladies humaines

Les centrosomes sont de petits organites qui régulent divers processus cellulaires comme la polarité ou la mitose dans les cellules de mammifères. Ils sont composés de deux centrioles entourés par une matrice péricentriolaire. Ces centrosomes sont les principaux centres organisateurs de microtubules. De plus, ils favorisent la formation de cils, des protubérances sur la surface des cellules quiescentes qui sont critiques pour la transduction du signal. Une grande variété de maladies humaines telles que les cancers ou les ciliopathies sont liées à un mauvais fonctionnement des centrosomes et des cils. C’est pourquoi le but de mes projets de recherche est de comprendre les mécanismes nécessaires à la biogénèse et au fonctionnement des centrosomes et des cils. Tout d'abord, j’ai caractérisé une nouvelle protéine centrosomale nommée nephrocystine - 5 (NPHP5). Cette protéine est localisée dans les cellules en interphase au niveau de la région distale des centrioles. Sa déplétion inhibe la migration des centrosomes à la surface cellulaire lors de l’étape précoce de la formation des cils. NPHP5 interagit avec la protéine CEP290 via sa région C-terminale qui est essentielle pour la ciliogenèse. Elle interagit également avec la calmoduline ce qui empêche son auto-agrégation. J’ai démontré que les domaines de liaison de NHPH5 à CEP290 et à la calmoduline, ainsi que son domaine de localisation centrosomale sont séparables. De plus, j’ai démontré que les protéines NPHP5 présentant des mutations pathogènes ne peuvent plus interagir avec CEP290 et ne sont plus localisées aux centrosomes, rendant ainsi ces protéines non fonctionnelles. Enfin, en utilisant une approche pharmacologique pour moduler les événements en aval dans la voie ciliogénique, j’ai montré que la formation des cils peut être restaurée même en absence de NPHP5. D’autre part, j’ai étudié le rôle de NPHP5 dans l'assemblage et le trafic du complexe BBSome dans le cil. Le BBSome est composé de huit sous-unités différentes qui s’assemblent en un complexe fonctionnel dont on sait peu de chose sur la régulation spatiotemporelle de son processus d'assemblage. J’ai précédemment montré que NPHP5 favorisait la formation des cils et que son dysfonctionnement contribuait au développement de néphronophtise (NPHP). Bien que la NPHP et le syndrome de Bardet-Biedl (BBS) soient des ciliopathies qui partagent des caractéristiques cliniques communes, la base moléculaire de ces ressemblances phénotypiques n’est pas comprise. J’ai constaté que NPHP5, localisé à la base du cil, contient deux sites de liaison distincts pour le BBSome. De plus, j’ai démontré que NPHP5 et son partenaire CEP290 interagissent de façon dynamique avec le BBSome pendant la transition de la prolifération à la quiescence. La déplétion de NPHP5 ou CEP290 conduit à la dissociation d’au moins deux sous-unités du BBSome formant alors un sous-complexe dont la capacité de migration dans le cil n’est pas compromise. J’ai montré que le transport des cargos vers le compartiment ciliaire par ce sous-complexe n’est que partiellement altéré. Enfin, j’ai également concentré mes recherches sur une autre protéine centrosomale peu caractérisée. La protéine centrosomale de 76 kDa (Cep76) a été précédemment impliquée dans le maintien d’une duplication unique des centrioles par cycle cellulaire, et dans une interaction avec la kinase cycline-dépendante 2 (CDK2). Cep76 est préférentiellement phosphorylée par le complexe cycline A/CDK2 sur le site unique S83. Cet événement est essentiel pour supprimer l'amplification des centrioles en phase S. J’ai démontré que Cep76 inhibe cette amplification en bloquant la phosphorylation de Plk1 au niveau des centrosomes. D’autre part, Cep76 peut être acétylée au site K279 en phase G2, ce qui régule négativement son activité et sa phosphorylation sur le site S83. Ces études permettent d'améliorer notre compréhension de la biologie des centrosomes et des cils et pourraient conduire au développement de nouvelles applications diagnostiques et thérapeutiques.

Évaluation des besoins d’informations des intervenants en protection de la jeunesse

Domaine en plein développement, le transfert des connaissances (TC) se définit, comme l’ensemble des activités, des mécanismes et des processus favorisant l’utilisation de connaissances pertinentes (tacites et empiriques) par un public cible tel que les intervenants psychosociaux. Cette recherche vise à améliorer l’efficacité des méthodes linéaires écrites de TC en identifiant mieux les besoins d’information des intervenants en protection de la jeunesse. Notons que les méthodes linéaires écrites de TC désignent des outils d’information écrits unidirectionnels tels que les revues, les publications, les sites Internet, etc. Le premier objectif est de déterminer les catégories de besoins exprimés par les intervenants, c’est-à-dire déterminer si les besoins rapportés par des intervenants se regroupent en types ou sortes de besoins. Le deuxième objectif est d’établir l’importance relative de chacune de ces catégories. Enfin, cette étude vise à déterminer si ces besoins diffèrent selon les caractéristiques des intervenants ou de l’environnement. Deux facteurs sont étudiés, l’expérience de l’intervenant et la direction pour laquelle celui-ci travaille (Direction des services milieu à l’enfance ou Direction des services milieu à l’adolescence et ressources). Un devis mixte séquentiel exploratoire a été développé. Lors de la première étape, une analyse thématique a été effectuée à partir des réponses à une question ouverte posée aux membres de trois équipes et à partir d’un document résumant les requêtes effectuées auprès de l’équipe de la bibliothèque du Centre jeunesse de Montréal. Les résultats permettent de répondre au premier objectif de ce mémoire. En effet, les analyses ont permis de créer un arbre thématique comprenant 42 éléments classés hiérarchiquement. Les besoins se regroupent en deux thèmes généraux, soit les besoins qui concernent les « opérations » (c’est-à-dire l’action de l’intervenant) et les besoins concernant les « systèmes » (c’est-à-dire les éléments sur lesquels peuvent porter l’intervention). Cette dernière catégorie se subdivise entre l’usager, ses environnements et le contexte culturel et sociétal. Lors de la deuxième étape, une analyse de la variance (ANOVA) et une analyse de variance multivariée (MANOVA) ont été effectuées à partir des réponses de 82 intervenants à un questionnaire en ligne structuré selon les catégories de besoins d’informations déterminées à l’étape qualitative précédente. Les résultats permettent de répondre au deuxième objectif de ce mémoire et de mesurer le degré de force ou d’importance de chacune des catégories de besoins, identifiées lors de la première étape, selon les intervenants eux-mêmes. Les besoins ont ainsi pu être classés par ordre décroissant d’importance. Il a été possible de définir un groupe de neuf besoins prioritaires (portant sur l’animation, les caractéristiques personnelles des usagers, les caractéristiques des parents et leurs relations avec l’enfant, ainsi que l’intervention interculturelle et les problématiques sociales) et un autre groupe de sept besoins moins élevés (portant sur les autres « opérations » et les services professionnels dont a bénéficié l’usager). L’interprétation de ces résultats indique que les besoins en TC des intervenants se limitent aux informations qui concernent directement leur mandat, leur pratique ou les problématiques rencontrées. Les résultats de cette étape ont également permis de répondre au troisième objectif de ce mémoire. En effet, les résultats indiquent que l’importance ressentie des besoins (sur une échelle de 1 à 7) ne diffère pas significativement selon la direction pour laquelle travaille l’intervenant, mais elle diffère significativement selon l’expérience de ce dernier (moins de 10 ans ou plus de 10 ans). Cette différence est discutée et plusieurs hypothèses explicatives sont envisagées telles que l’accumulation de connaissances liée à l’expérience ou les changements cognitifs liés à l’expertise. Enfin, dans la discussion, les résultats sont mis en contexte parmi les autres types de besoins existants et les autres caractéristiques des connaissances qui doivent être prises en considération. Cela permet de formuler des recommandations pour améliorer la production de documents écrits ainsi que pour poursuivre la recherche dans le domaine de l’évaluation des besoins de TC. Bien que présentant certaines limites méthodologiques, cette recherche ouvre la voie au développement de meilleurs outils d’évaluation des besoins et à l’amélioration des techniques de transfert linéaires écrites.

A Novel Isoform of the Hepatic Antimicrobial Peptide, Hepcidin (Hepc-CB1), from a Deep-Sea Fish, the Spinyjaw Greeneye Chlorophthalmus bicornis (Norman, 1939): Molecular Characterisation and Phylogeny

Hepcidin is cysteine-rich short peptide of innate immune system of fishes, equipped to perform prevention and proliferation of invading pathogens like bacteria and viruses by limiting iron availability and activating intracellular cascades. Hepcidins are diverse in teleost fishes, due to the varied aquatic environments including exposure to pathogens, oxygenation and iron concentration. In the present study, we report a 87-amino acid (aa) preprohepcidin (Hepc-CB1) with a signal peptide of 24 aa, a prodomain of 39 aa and a bioactive mature peptide of 24 aa from the gill mRNA transcripts of the deep-sea fish spinyjaw greeneye, Chlorophthalmus bicornis. Molecular characterisation and phylogenetic analysis categorised the peptide to HAMP2-like group with a mature peptide of 2.53 kDa; a net positive charge (?3) and capacity to form b-hairpin-like structure configured by 8 conserved cysteines. The present work provides new insight into the mass gene duplication events and adaptive evolution of hepcidin isoforms with respect to environmental influences and positive Darwinian selection. This work reports a novel hepcidin isoform under the group HAMP2 from a nonacanthopterygian deep-sea fish, C. bicornis

On the function of the Dictyostelium Argonaute A protein (AgnA) in epigenetic gene regulation

With molecular biology methods and bioinformatics, the Argonaute proteins in Dictyostelium discoideum were characterized, and the function of the AgnA protein in RNAi and DNA methylation was investigated, as well as cellular features. Also interaction partners of the PAZ-Piwi domain of AgnA (PAZ-PiwiAgnA) were discovered. The Dictyostelium genome encodes five Argonaute proteins, termed AgnA/B/C/D/E. The expression level of Argonaute proteins was AgnB/D/E > AgnA > AgnC. All these proteins contain the characteristic conserved of PAZ and Piwi domains. Fluorescence microscopy revealed that the overexpressed C-terminal GFP-fusion of PAZ-PiwiAgnA (PPWa-GFP) localized to the cytoplasm. Overexpression of PPWa-GFP leaded to an increased gene silencing efficiency mediated by RNAi but not by antisense RNA. This indicated that PAZ-PiwiAgnA is involved in the RNAi pathway, but not in the antisense pathway. An analysis of protein-protein interactions by a yeast-two-hybrid screen on a cDNA library from vegetatively grown Dictyostelium revealed that several proteins, such as EF2, EF1-I, IfdA, SahA, SamS, RANBP1, UAE1, CapA, and GpdA could interact with PAZ-PiwiAgnA. There was no interaction between PAZ-PiwiAgnA and HP1, HelF and DnmA detected by direct yeast-two-hybrid analysis. The fluorescence microscopy images showed that the overexpressed GFP-SahA or IfdA fusion proteins localized to both cytoplasm and nuclei, while the overexpressed GFP-SamS localized to the cytoplasm. The expression of SamS in AgnA knock down mutants was strongly down regulated on cDNA and mRNA level in, while the expression of SahA was only slightly down regulated. AgnA knock down mutants displayed defects in growth and phagocytosis, which suggested that AgnA affects also cell biological features. The inhibition of DNA methylation on DIRS-1 and Skipper retroelements, as well as the endogenous mvpB and telA gene, observed for the same strains, revealed that AgnA is involved in the DNA methylation pathway. Northern blot analysis showed that Skipper and DIRS-1 were rarely expressed in Ax2, but the expression of Skipper was upregulated in AgnA knock down mutants, while the expression of DIRS-1 was not changed. A knock out of the agnA gene failed even though the homologous recombination of the disruption construct occurred at the correct site, which indicated that there was a duplication of the agnA gene in the genome. The same phenomenon was also observed in ifdA knock out experiments.

Maygen: A Symbolic Debugger Generation System

With the development of high-level languages for new computer architectures comes the need for appropriate debugging tools as well. One method for meeting this need would be to develop, from scratch, a symbolic debugger with the introduction of each new language implementation for any given architecture. This, however, seems to require unnecessary duplication of effort among developers. This paper describes Maygen, a "debugger generation system," designed to efficiently provide the desired language-dependent and architecture-dependent debuggers. A prototype of the Maygen system has been implemented and is able to handle the semantically different languages of C and OPAL.

Programari creador i consultor de genealogia familiar

Aquest projecte es centre en el disseny d’ un programari creador i consultor de genealogia familiar. Es tracta d'un programari per a ús individual, no col.lectiu, i sense ànim de lucre, on les dades més importants són les dels familiars. Qualsevol usuari pot crear diverses famílies (en un mateix sistema) i associar-hi familiars. Es poden introduir molts tipus de dades personals, a més de poder vincular-hi els arxius i events que es desitgin. Un event és un aconteixament en la vida d'una o diverses persones. D'aquesta manera l'usuari pot agregar molts tipus d'esdeveniments diferents als familiars i també hi ha la opció, que diferencia l'aplicació de moltes altres ja existents, d'agregar esdeveniments als events. També cal destacar que a cada familiar, arxiu i event pot associar-se un lloc (poblacio, regió i estat) i d'aquesta forma la informació total que es pot generar, encara és encara més completa. La possibilitat de crear llocs nous és força àmplia. Finalment l'usuari podrà associar els diferents familiars segons parentesc i d'aquesta forma obtenir un arbre genealògic de tota la família. Un dels aspectes més treballats a l'aplicació, ha estat que totes les dades anteriorment esmentades, poguessin ser visualitzades fàcil i ràpidament per l'usuari final. La navegació entre pantalles i les diferents opcions, han estat pensades i dissenyades, perquè l'usuari final no tingui cap dificultat, sigui quin sigui el seu nivell. D'aquesta manera, a més de la gestió possible de dades de familiars, arxius, events i llocs; la utilització de le mateixes i la creació de multitud de vistes i cerques diferents, ajuden a que el programari sigui força complet

Digue'm com regues...

Un equip d'investigadors de la UdG ha estudiat el consum d'aigua en diversos conreus d'arbre ornamental. Girona és la primera productora estatal i la segona del sud d'Europa d'aquest tipus de conreu. La conscienciació creixent del valor de l'aigua ha mogut els productors a acostar-se a la Universitat per conèixer si les tècniques que utilitzen són prou eficients i si es poden millorar

Simptomatologia i microorganismes associats a la necrosi bruna apical de la noguera (Juglans regia)

La Necrosi Apical Bruna (BAN, brown apical necrosis, segons les sigles en anglès) Es va detectar per primer cop l’any 1997 a Extremadura degut a la severa caiguda de fruits. Avui dia la malaltia és present a quasi totes les zones productores de la mediterrània. Els símptomes difereixen dels provocats per Xanthomonas arboricola pv. juglandis i Gnomonia leptsostyla.. S’observa que els fruits afectats presenten una taca bruna a la zona apical i necrosi dels teixits interiors. El grup de Patologia Vegetal de la Universitat de Girona participa i dirigeix la tasca sobre l’etiologia de la BAN dins la xarxa europea d’investigació en bacteris patògens de fruiters ,COST873. Hi ha una certa controvèrsia en la definició dels símptomes i agents causals. Tots els grups coincideixen en afirmar que es tracta d’una malaltia complexa amb diferents organismes implicats

Lecture 13 - It runs in the family

Inheritance Code duplication Super classes Constructors Polymorphic collections “Anywhere a super class is, a sub class can go” Casting A great deception

Analisis de los alcances y limitaciones de la estructura policial de Colombia en materia de seguridad nacional

En la Policía Nacional de Colombia, al pasar de los años, se han vislumbrado dificultades de adecuación entre las autoridades de policía y las autoridades militares, que se manifiestan en duplicidad de funciones y organismos. La desarticulación entre las actuaciones policiales y militares ha hecho que esta institución históricamente haya venido adoptando un doble carácter militar y civil, dadas las condiciones de un conflicto permanente en el país. La policia nacional de colombia en su estructura funcional en su interior demuestra una sobredimensión en sus funciones, ya sea por el conflicto interno o la serie de reformas que el estado ha hecho a esta institución, en el cual se opta por un carácter nacional y no ciudadano, haciendo que en algunos casos este sobre empoderamiento genere algunas dificultades a la hora de cumplir sus funciones fundamentales segun su filosofia.

eHandbook-eFolio Module Import code

Code required to perform an import of module information from eFolio and output it into a single page. Within the context of eHandbook: this page is called via an iFrame to display module information as part of the handbook (and to avoid any duplication of content).

Programming Principles: Software Design

In this session we look at some of the basics of good code design, including avoiding duplication and designing for loose coupling and high cohesion.