Vulnerability of stream biota to climate change in mediterranean climate regions: a synthesis of ecological responses and conservation challenges

Freshwater species worldwide are experiencing dramatic declines partly attributable to ongoing climate change. It is expected that the future effects of climate change could be particularly severe in mediterranean climate (med-) regions, which host many endemic species already under great stress from the high level of human development. In this article, we review the climate and climate-induced changes in streams of med-regions and the responses of stream biota, focusing on both observed and anticipated ecological responses. We also discuss current knowledge gaps and conservation challenges. Expected climate alterations have already been observed in the last decades, and include: increased annual average air temperatures; decreased annual average precipitation; hydrologic alterations; and an increase in frequency, intensity and duration of extreme events, such as floods, droughts and fires. Recent observations, which are concordant with forecasts built, show stream biota of med-regions when facing climate changes tend to be displaced towards higher elevations and upper latitudes, communities tend to change their composition and homogenize, while some life-history traits seem to provide biota with resilience and resistance to adapt to the new conditions (as being short-lived, small, and resistant to low streamflow and desiccation). Nevertheless, such responses may be insufficient to cope with current and future environmental changes. Accurate forecasts of biotic changes and possible adaptations are difficult to obtain in med-regions mainly because of the difficulty of distinguishing disturbances due to natural variability from the effects of climate change, particularly regarding hydrology. Long-term studies are needed to disentangle such variability and improve knowledge regarding the ecological responses and the detection of early warning signals to climate change. Investments should focus on taxa beyond fish and macroinvertebrates, and in covering the less studied regions of Chile and South Africa. Scientists, policy makers and water managers must be involved in the climate change dialogue because the freshwater conservation concerns are huge.

Gene expression profile of ABC transporters and cytotoxic effect of ibuprofen and acetaminophen in an epithelial ovarian cancer cell line in vitro

PURPOSES: To determine the basic expression of ABC transporters in an epithelial ovarian cancer cell line, and to investigate whether low concentrations of acetaminophen and ibuprofen inhibited the growth of this cell line in vitro. METHODS: TOV-21 G cells were exposed to different concentrations of acetaminophen (1.5 to 15 μg/mL) and ibuprofen (2.0 to 20 μg/mL) for 24 to 48 hours. The cellular growth was assessed using a cell viability assay. Cellular morphology was determined by fluorescence microscopy. The gene expression profile of ABC transporters was determined by assessing a panel including 42 genes of the ABC transporter superfamily. RESULTS: We observed a significant decrease in TOV-21 G cell growth after exposure to 15 μg/mL of acetaminophen for 24 (p=0.02) and 48 hours (p=0.01), or to 20 μg/mL of ibuprofen for 48 hours (p=0.04). Assessing the morphology of TOV-21 G cells did not reveal evidence of extensive apoptosis. TOV-21 G cells had a reduced expression of the genes ABCA1, ABCC3, ABCC4, ABCD3, ABCD4 and ABCE1 within the ABC transporter superfamily. CONCLUSIONS: This study provides in vitro evidence of inhibitory effects of growth in therapeutic concentrations of acetaminophen and ibuprofen on TOV-21 G cells. Additionally, TOV-21 G cells presented a reduced expression of the ABCA1, ABCC3, ABCC4, ABCD3, ABCD4 and ABCE1 transporters.

Detection of Pneumocystis in lungs of bats from Brazil by PCR amplification

Pneumocystis has been isolated from a wide range of unrelated mammalian hosts, including humans, domestic and wild animals. It has been demonstrated that the genome of Pneumocystis of one host differs markedly from that of other hosts. Also, variation in the chromosome and DNA sequence of Pneumocystis within a single host species has been observed. Since information about the occurrence and nature of infections in wild animals is still limited, the objective of this work was to detect the presence of Pneumocystis sp. in lungs of bats from two states from Brazil by Nested-PCR amplification. The bats, captured in caves and in urban areas, were obtained from the Program of Rabies Control of two States in Brazil, Mato Grosso and Rio Grande do Sul, located in the Mid-Western and Southern regions of the country, respectively. DNAs were extracted from 102 lung tissues and screened for Pneumocystis by nested PCR at the mtLSU rRNA gene and small subunit of mitochondrial ribosomal RNA (mtSSU rRNA). Gene amplification was performed using the mtLSU rRNA, the primer set pAZ102H - pAZ102E and pAZ102X - pAZY, and the mtSSU rRNA primer set pAZ102 10FRI - pAZ102 10R-RI and pAZ102 13RI - pAZ102 14RI. The most frequent bats were Tadarida brasiliensis (25), Desmodus rotundus (20), and Nyctinomops laticaudatus (19). Pneumocystis was more prevalent in the species Nyctinomops laticaudatus (26.3% = 5/19), Tadarida brasiliensis (24% = 6/25), and Desmodus rotundus (20% = 4/20). Besides these species, Pneumocystis also was detected in lungs from Molossus molossus (1/11, 9.1%), Artibeus fimbriatus (1/1, 100%), Sturnira lilium (1/3, 33.3%), Myotis levis (2/3, 66.7%)and Diphylla ecaudata (1/2, 50%). PCR products which could indicate the presence of Pneumocystis (21.56%) were identified in DNA samples obtained from 8 out of 16 classified species from both states (5 bats were not identified). This is the first report of detection of Pneumocystis in bats from Brazil.

Distribution of small proteoglycans and glycosaminoglycans in humerus-related articular cartilage of chickens

The expression of components present in the cartilaginous extracellular matrix is related to development, gender, and genotype, as well as to the biomechanical properties of each type of cartilage. In the present study, we analyzed small proteoglycans and glycosaminoglycans present in different cartilages of the chicken wing after extraction with guanidine hydrochloride or papain. Quantitative analysis of glycosaminoglycans showed a larger amount in humeral cartilage (around 200 mg/g tissue) than in articular cartilage of the radius and ulna, with 138 and 80 mg/g tissue, respectively. Non-collagenous proteins isolated were predominantly from cartilage in the proximal regions of the humerus and radius. D4 fractions obtained by ultracentrifugation were separated by DEAE-Sephacel and Octyl-Sepharose chromatography and analyzed by SDS-PAGE. Two bands of 57 and 70-90 kDa were observed for all samples treated with ß-mercaptoethanol. Immunoblotting of these proteins was positive for the small proteoglycans fibromodulin and decorin, respectively. Apparently, the 57-kDa protein is present in macromolecular complexes of 160 and 200 kDa. Chondroitin sulfate was detected in all regions. HPLC analysis of the products formed by chondroitinase AC and ABC digestion mainly revealed ß-D-glucuronic acid and N-acetyl ß-D-galactosamine residues. The 4-sulfation/6-sulfation ratio was close to 3, except for the proximal cartilage of the radius (2.5). These results suggest functional differences between the scapula-humerus, humerus-ulna, and humerus-radius joints of the chicken wing. This study contributes to the understanding of the physiology of cartilage and joints of birds under different types of mechanical stress.

Observational learning of motor skills : Looking for optimal models

L’observation d’un modèle pratiquant une habileté motrice promeut l’apprentissage de l’habileté en question. Toutefois, peu de chercheurs se sont attardés à étudier les caractéristiques d’un bon modèle et à mettre en évidence les conditions d’observation pouvant optimiser l’apprentissage. Dans les trois études composant cette thèse, nous avons examiné les effets du niveau d’habileté du modèle, de la latéralité du modèle, du point de vue auquel l’observateur est placé, et du mode de présentation de l’information sur l’apprentissage d’une tâche de timing séquentielle composée de quatre segments. Dans la première expérience de la première étude, les participants observaient soit un novice, soit un expert, soit un novice et un expert. Les résultats des tests de rétention et de transfert ont révélé que l’observation d’un novice était moins bénéfique pour l’apprentissage que le fait d’observer un expert ou une combinaison des deux (condition mixte). Par ailleurs, il semblerait que l’observation combinée de modèles novice et expert induise un mouvement plus stable et une meilleure généralisation du timing relatif imposé comparativement aux deux autres conditions. Dans la seconde expérience, nous voulions déterminer si un certain type de performance chez un novice (très variable, avec ou sans amélioration de la performance) dans l’observation d’une condition mixte amenait un meilleur apprentissage de la tâche. Aucune différence significative n’a été observée entre les différents types de modèle novices employés dans l’observation de la condition mixte. Ces résultats suggèrent qu’une observation mixte fournit une représentation précise de ce qu’il faut faire (modèle expert) et que l’apprentissage est d’autant plus amélioré lorsque l’apprenant peut contraster cela avec la performance de modèles ayant moins de succès. Dans notre seconde étude, des participants droitiers devaient observer un modèle à la première ou à la troisième personne. L’observation d’un modèle utilisant la même main préférentielle que soi induit un meilleur apprentissage de la tâche que l’observation d’un modèle dont la dominance latérale est opposée à la sienne, et ce, quel que soit l’angle d’observation. Ce résultat suggère que le réseau d’observation de l’action (AON) est plus sensible à la latéralité du modèle qu’à l’angle de vue de l’observateur. Ainsi, le réseau d’observation de l’action semble lié à des régions sensorimotrices du cerveau qui simulent la programmation motrice comme si le mouvement observé était réalisé par sa propre main dominante. Pour finir, dans la troisième étude, nous nous sommes intéressés à déterminer si le mode de présentation (en direct ou en vidéo) influait sur l’apprentissage par observation et si cet effet est modulé par le point de vue de l’observateur (première ou troisième personne). Pour cela, les participants observaient soit un modèle en direct soit une présentation vidéo du modèle et ceci avec une vue soit à la première soit à la troisième personne. Nos résultats ont révélé que l’observation ne diffère pas significativement selon le type de présentation utilisée ou le point de vue auquel l’observateur est placé. Ces résultats sont contraires aux prédictions découlant des études d’imagerie cérébrale ayant montré une activation plus importante du cortex sensorimoteur lors d’une observation en direct comparée à une observation vidéo et de la première personne comparée à la troisième personne. Dans l’ensemble, nos résultats indiquent que le niveau d’habileté du modèle et sa latéralité sont des déterminants importants de l’apprentissage par observation alors que le point de vue de l’observateur et le moyen de présentation n’ont pas d’effets significatifs sur l’apprentissage d’une tâche motrice. De plus, nos résultats suggèrent que la plus grande activation du réseau d’observation de l’action révélée par les études en imagerie mentale durant l’observation d’une action n’induit pas nécessairement un meilleur apprentissage de la tâche.

The Development, Validation and Implementation of a Broad-Based ADME Genotyping Assay into Research and Clinical Trials

Afin d’adresser la variabilité interindividuelle observée dans la réponse pharmacocinétique à de nombreux médicaments, nous avons créé un panel de génotypage personnalisée en utilisant des méthodes de conception et d’élaboration d’essais uniques. Celles-ci ont pour but premier de capturer les variations génétiques présentent dans les gènes clés impliqués dans les processus d'absorption, de distribution, de métabolisme et d’excrétion (ADME) de nombreux agents thérapeutiques. Bien que ces gènes et voies de signalement sont impliqués dans plusieurs mécanismes pharmacocinétiques qui sont bien connues, il y a eu jusqu’à présent peu d'efforts envers l’évaluation simultanée d’un grand nombre de ces gènes moyennant un seul outil expérimental. La recherche pharmacogénomique peut être réalisée en utilisant deux approches: 1) les marqueurs fonctionnels peuvent être utilisés pour présélectionner ou stratifier les populations de patients en se basant sur des états métaboliques connus; 2) les marqueurs Tag peuvent être utilisés pour découvrir de nouvelles corrélations génotype-phénotype. Présentement, il existe un besoin pour un outil de recherche qui englobe un grand nombre de gènes ADME et variantes et dont le contenu est applicable à ces deux modèles d'étude. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé un panel d’essais de génotypage de 3,000 marqueurs génétiques ADME qui peuvent satisfaire ce besoin. Dans le cadre de ce projet, les gènes et marqueurs associés avec la famille ADME ont été sélectionnés en collaboration avec plusieurs groupes du milieu universitaire et de l'industrie pharmaceutique. Pendant trois phases de développement de cet essai de génotypage, le taux de conversion pour 3,000 marqueurs a été amélioré de 83% à 97,4% grâce à l'incorporation de nouvelles stratégies ayant pour but de surmonter les zones d'interférence génomiques comprenant entre autres les régions homologues et les polymorphismes sous-jacent les régions d’intérêt. La précision du panel de génotypage a été validée par l’évaluation de plus de 200 échantillons pour lesquelles les génotypes sont connus pour lesquels nous avons obtenu une concordance > 98%. De plus, une comparaison croisée entre nos données provenant de cet essai et des données obtenues par différentes plateformes technologiques déjà disponibles sur le marché a révélé une concordance globale de > 99,5%. L'efficacité de notre stratégie de conception ont été démontrées par l'utilisation réussie de cet essai dans le cadre de plusieurs projets de recherche où plus de 1,000 échantillons ont été testés. Nous avons entre autre évalué avec succès 150 échantillons hépatiques qui ont été largement caractérisés pour plusieurs phénotypes. Dans ces échantillons, nous avons pu valider 13 gènes ADME avec cis-eQTL précédemment rapportés et de découvrir et de 13 autres gènes ADME avec cis eQTLs qui n'avaient pas été observés en utilisant des méthodes standard. Enfin, à l'appui de ce travail, un outil logiciel a été développé, Opitimus Primer, pour aider pour aider au développement du test. Le logiciel a également été utilisé pour aider à l'enrichissement de cibles génomiques pour d'expériences séquençage. Le contenu ainsi que la conception, l’optimisation et la validation de notre panel le distingue largement de l’ensemble des essais commerciaux couramment disponibles sur le marché qui comprennent soit des marqueurs fonctionnels pour seulement un petit nombre de gènes, ou alors n’offre pas une couverture adéquate pour les gènes connus d’ADME. Nous pouvons ainsi conclure que l’essai que nous avons développé est et continuera certainement d’être un outil d’une grande utilité pour les futures études et essais cliniques dans le domaine de la pharmacocinétique, qui bénéficieraient de l'évaluation d'une longue liste complète de gènes d’ADME.

Isolation and identification of native microalgae for biodiesel production

La demande croissante en carburants, ainsi que les changements climatiques dus au réchauffement planétaire poussent le monde entier à chercher des sources d’énergie capables de produire des combustibles alternatifs aux combustibles fossiles. Durant les dernières années, plusieurs sources potentielles ont été identifiées, les premières à être considérées sont les plantes oléagineuses comme source de biocarburant, cependant l’utilisation de végétaux ou d’huiles végétales ayant un lien avec l’alimentation humaine peut engendrer une hausse des prix des denrées alimentaires, sans oublier les questions éthiques qui s’imposent. De plus, l'usage des huiles non comestibles comme sources de biocarburants, comme l’huile de jatropha, de graines de tabac ou de jojoba, révèle un problème de manque de terre arable ce qui oblige à réduire les terres cultivables de l'industrie agricole et alimentaire au profit des cultures non comestibles. Dans ce contexte, l'utilisation de microorganismes aquatiques, tels que les microalgues comme substrats pour la production de biocarburant semble être une meilleure solution. Les microalgues sont faciles à cultiver et peuvent croitre avec peu ou pas d'entretien. Elles peuvent ainsi se développer dans des eaux douces, saumâtres ou salées de même que dans les terres non cultivables. Le rendement en lipide peut être largement supérieur aux autres sources de biocarburant potentiel, sans oublier qu’elles ne sont pas comestibles et sans aucun impact sur l'industrie alimentaire. De plus, la culture intensive de microalgues pour la production de biodiesel pourrait également jouer un rôle important dans l'atténuation des émissions de CO2. Dans le cache de ce travail, nous avons isolé et identifié morphologiquement des espèces de microalgues natives du Québec, pour ensuite examiner et mesurer leur potentiel de production de lipides (biodiesel). L’échantillonnage fut réalisé dans trois régions différentes du Québec: la région de Montréal, la gaspésie et le nord du Québec, et dans des eaux douces, saumâtres ou salées. Cent souches ont été isolées à partir de la région de Montréal, caractérisées et sélectionnées selon la teneur en lipides et leur élimination des nutriments dans les eaux usées à des températures différentes (10 ± 2°C et 22 ± 2°C). Les espèces ayant une production potentiellement élevée en lipides ont été sélectionnées. L’utilisation des eaux usées, comme milieu de culture, diminue le coût de production du biocarburant et sert en même temps d'outil pour le traitement des eaux usées. Nous avons comparé la biomasse et le rendement en lipides des souches cultivées dans une eau usée par apport à ceux dans un milieu synthétique, pour finalement identifié un certain nombre d'isolats ayant montré une bonne croissance à 10°C, voir une teneur élevée en lipides (allant de 20% à 45% du poids sec) ou une grande capacité d'élimination de nutriment (>97% d'élimination). De plus, nous avons caractérisé l'une des souches intéressantes ayant montré une production en lipides et une biomasse élevée, soit la microalgue Chlorella sp. PCH90. Isolée au Québec, sa phylogénie moléculaire a été établie et les études sur la production de lipides en fonction de la concentration initiale de nitrate, phosphate et chlorure de sodium ont été réalisées en utilisant de la méthodologie des surfaces de réponse. Dans les conditions appropriées, cette microalgue pourrait produire jusqu'à 36% de lipides et croitre à la fois dans un milieu synthétique et un milieu issu d'un flux secondaire de traitement des eaux usées, et cela à 22°C ou 10°C. Ainsi, on peut conclure que cette souche est prometteuse pour poursuivre le développement en tant que productrice potentielle de biocarburants dans des conditions climatiques locales.

Seismic behavior of capacity designed masonry walls in low seismicity regions

Eurocode 8 representing a new generation of structural design codes in Europe defines ‎requirements for the design of buildings against earthquake action. In Central and ‎Western Europe, the newly defined earthquake zones and corresponding design ground ‎acceleration values, will lead in many cases to earthquake actions which are remarkably ‎higher than those defined so far by the design codes used until now in Central Europe. ‎ In many cases, the weak points of masonry structures during an earthquake are the corner ‎regions of the walls. Loading of masonry walls by earthquake action leads in most cases ‎to high shear forces. The corresponding bending moment in such a wall typically causes a ‎significant increase of the eccentricity of the normal force in the critical wall cross ‎section. This in turn leads ultimately to a reduction of the size of the compression zone in ‎unreinforced walls and a high concentration of normal stresses and shear stresses in the ‎corner regions. ‎ Corner-Gap-Elements, consisting of a bearing beam located underneath the wall and ‎made of a sufficiently strong material (such as reinforced concrete), reduce the effect of ‎the eccentricity of the normal force and thus restricts the pinching effect of the ‎compression zone. In fact, the deformation can be concentrated in the joint below the ‎bearing beam. According to the principles of the Capacity Design philosophy, the ‎masonry itself is protected from high stresses as a potential cause of brittle failure. ‎ Shaking table tests at the NTU Athens Earthquake Engineering Laboratory have proven ‎the effectiveness of the Corner-Gap-Element. The following presentation will cover the ‎evaluation of various experimental results as well as a numerical modeling of the ‎observed phenomena.‎

Selection of candidate coding DNA barcoding regions for use on land plants

An in silico screen of 41 of the 81 coding regions of the Nicotiana plastid genome generated a shortlist of 12 candidates as DNA barcoding loci for land plants. These loci were evaluated for amplification and sequence variation against a reference set of 98 land plant taxa. The deployment of multiple primers and a modified multiplexed tandem polymerase chain reaction yielded 85–94% amplification across taxa, and mean sequence differences between sister taxa of 6.1 from 156 bases of accD to 22 from 493 bases of matK. We conclude that loci should be combined for effective diagnosis, and recommend further investigation of the following six loci: matK, rpoB, rpoC1, ndhJ, ycf5 and accD.

Modelling the formation of necrotic regions in avascular tumours

The mechanisms underlying the formation of necrotic regions within avascular tumours are not well understood. In this paper, we examine the relative roles of nutrient deprivation and of cell death, from both the proliferating phase of the cell cycle via apoptosis and from the quiescent phase via necrosis, in changing the structure within multicellular tumour spheroids and particularly the accumulation of dead cell material in the centre. A mathematical model is presented and studied that accounts for nutrient diffusion, changes in cell cycling rates, the two different routes to cell death as well as active motion of cells and passive motion of the dead cell material. In studying the accumulation of dead cell matter we do not distinguish between the route by which each was formed. The resulting mathematical model is examined for a number of scenarios. Results show that in many cases the size of the necrotic core is closely correlated with low levels in nutrient concentration. However, in certain cases, particularly where the rate of necrosis is large, the resulting necrotic core can lead to regions of non-negligible nutrient concentration-dependent upon the mode of cell death.

Molecular archaeology of Flaviviridae untranslated regions: duplicated RNA structures in the replication enhancer of flaviviruses and pestiviruses emerged via convergent evolution.

RNA secondary structures in the 3'untranslated regions (3'UTR) of the viruses of the family Flaviviridae, previously identified as essential (promoters) or beneficial (enhancers) for replication, have been analysed. Duplicated enhancer elements are revealed as a global feature in the evolution of the 3'UTR of distantly related viruses within the genera Flavivirus and Pestivirus. For the flaviviruses, duplicated structures occur in the 3'UTR of all four distantly related ecological virus subgroups (tick-borne, mosquito-borne, no known vector and insect-specific flaviviruses (ISFV). RNA structural differences distinguish tick-borne flaviviruses with discrete pathogenetic characteristics. For Aedes- and Culex-associated ISFV, secondary RNA structures with different conformations display numerous short ssRNA direct repeats, exposed as loops and bulges. Long quadruplicate regions comprise almost the entire 3'UTR of Culex-associated ISFV. Extended duplicated sequence and associated RNA structures were also discovered in the 3'UTR of pestiviruses. In both the Flavivirus and Pestivirus genera, duplicated RNA structures were localized to the enhancer regions of the 3'UTR suggesting an adaptive role predominantly in wild-type viruses. We propose sequence reiteration might act as a scaffold for dimerization of proteins involved in assembly of viral replicase complexes. Numerous nucleotide repeats exposed as loops/bulges might also interfere with host immune responses acting as a molecular sponge to sequester key host proteins or microRNAs.

Climatology and variability of trace gases in extratropical double-tropopause regions from MLS, HIRDLS, and ACE-FTS measurements

Upper tropospheric and lower stratospheric measurements from the Aura Microwave Limb Sounder (MLS), the Aura High Resolution Dynamics Limb Sounder (HIRDLS), and the Atmospheric Chemistry Experiment-Fourier transform spectrometer (ACE-FTS) are used to present the first global climatological comparison of extratropical, nonpolar trace gas distributions in double-tropopause (DT) and single-tropopause (ST) regions. Stratospheric tracers, O3, HNO3, and HCl, have lower mixing ratios ∼2–8 km above the primary (lowermost) tropopause in DT than in ST regions in all seasons, with maximum Northern Hemisphere (NH) differences near 50% in winter and 30% in summer. Southern Hemisphere winter differences are somewhat smaller, but summer differences are similar in the two hemispheres. H2O in DT regions of both hemispheres shows strong negative anomalies in November through February and positive anomalies in July through October, reflecting the strong seasonal cycle in H2O near the tropical tropopause. CO and other tropospheric tracers examined have higher DT than ST values 2–7 km above the primary tropopause, with the largest differences in winter. Large DT-ST differences extend to high NH latitudes in fall and winter, with longitudinal maxima in regions associated with enhanced wave activity and subtropical jet variations. Results for O3 and HNO3 agree closely between MLS and HIRDLS, and differences from ACE-FTS are consistent with its sparse and irregular midlatitude sampling. Consistent signatures in climatological trace gas fields provide strong evidence that transport from the tropical upper troposphere into the layer between double tropopauses is an important pathway for stratosphere-troposphere exchange.

Effect of the anti-neoplastic drug doxorubicin on XPD-mutated DNA repair-deficient human cells

Doxorubicin (DOX), a member of the anthracycline group, is a widely used drug in cancer therapy. The mechanisms of DOX action include topoisomerase II-poisoning, free radical release, DNA adducts and interstrand cross-link (ICL) formation. Nucleotide excision repair(NER) is involved in the removal of helix-distorting lesions and chemical adducts, however, little is known about the response of NER-deficient cell lines to anti-tumoral drugs like DOX. Wild type and XPD-mutated cells, harbouring mutations in different regions of this gene and leading to XP-D, XP/CS or TTD diseases, were treated with this drug and analyzed for cell cycle arrest and DNA damage by comet assay. The formation of DSBs was also investigated by determination of gamma H2AX foci. Our results indicate that all three NER-deficient cell lines tested are more sensitive to DOX treatment, when compared to wild type cells or XP cells complemented by the wild type XPD cDNA, suggesting that NER is involved in the removal of DOX-induced lesions. The cell cycle analysis showed the characteristic G2 arrest in repair-proficient MRC5 cell line after DOX treatment, whereas the repair-deficient cell lines presented significant increase in sub-G1 fraction. The NER-deficient cell lines do not show different patterns of DNA damage formation as assayed by comet assay and phosphorylated H2AX foci formation. Knock-down of topoisomerase II alpha with siRNA leads to increased survival in both MRC5 and XP cells, however, XP cell line still remained significantly more sensitive to the treatment by DOX. Our study suggests that the enhanced sensitivity is due to DOX-induced DNA damage that is subject to NER, as we observed decreased unscheduled DNA synthesis in XP-deficient cells upon DOX treatment. Furthermore, the complementation of the XPD-function abolished the observed sensitivity at lower DOX concentrations, suggesting that the XPD helicase activity is involved in the repair of DOX-induced lesions. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

Estimativa da precipitação através de técnicas de sensoriamento remoto : estudo de caso para o estado do Rio Grande do Sul

A quantificação da precipitação é dificultada pela extrema aleatoriedade do fenômeno na natureza. Os métodos convencionais para mensuração da precipitação atuam no sentido de espacializar a precipitação mensurada pontualmente em postos pluviométricos para toda a área de interesse e, desta forma, uma rede com elevado número de postos bem distribuídos em toda a área de interesse é necessária para um resultado satisfatório. No entanto, é notória a escassez de postos pluviométricos e a má distribuição espacial dos poucos existentes, não somente no Brasil, mas em vastas áreas do globo. Neste contexto, as estimativas da precipitação com técnicas de sensoriamento remoto e geoprocessamento pretendem potencializar a utilização dos postos pluviométricos existentes através de uma espacialização baseada em critérios físicos. Além disto, o sensoriamento remoto é a ferramenta mais capaz para gerar estimativas de precipitação nos oceanos e nas vastas áreas continentais desprovidas de qualquer tipo de informação pluviométrica. Neste trabalho investigou-se o emprego de técnicas de sensoriamento remoto e geoprocessamento para estimativas de precipitação no sul do Brasil. Três algoritmos computadorizados foram testados, sendo utilizadas as imagens dos canais 1, 3 e 4 (visível, vapor d’água e infravermelho) do satélite GOES 8 (Geostacionary Operational Environmental Satellite – 8) fornecidas pelo Centro de Previsão de Tempo e Estudos Climáticos do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais. A área de estudo compreendeu todo o estado do Rio Grande do Sul, onde se utilizaram os dados pluviométricos diários derivados de 142 postos no ano de 1998. Os algoritmos citados buscam identificar as nuvens precipitáveis para construir modelos estatísticos que correlacionem as precipitações diária e decendial observadas em solo com determinadas características físicas das nuvens acumuladas durante o mesmo período de tempo e na mesma posição geográfica de cada pluviômetro considerado. Os critérios de decisão que norteiam os algoritmos foram baseados na temperatura do topo das nuvens (através do infravermelho termal), reflectância no canal visível, características de vizinhança e no plano de temperatura x gradiente de temperatura Os resultados obtidos pelos modelos estatísticos são expressos na forma de mapas de precipitação por intervalo de tempo que podem ser comparados com mapas de precipitação obtidas por meios convencionais.

Estimativa do número de casos, distribuição regional e sobrevida de pacientes com diagnóstico de leucemia mielóide aguda no estado do Rio Grande do Sul - Brasil

A leucemia mielóide aguda (LMA) acomete pacientes de todas as faixas etárias com freqüência aumentada em idosos. Nosso estado não apresenta registros sistemáticos da patologia, justificando-se desta forma o levantamento através dos centros de diagnóstico e tratamento, os quais concentram a maioria dos casos. Foram incluídos todos os pacientes com diagnóstico de LMA “de novo” levantados a partir dos registros dos centros de diagnóstico e tratamento da patologia no estado no período entre 1996 e 2000. Foram computados no período 532 pacientes (taxa estimada de 1,04 casos / 100.000 habitantes / ano). A idade média ao diagnóstico foi 41,0 anos e 46,6 % dos casos eram do sexo masculino. Houve distribuição semelhante nas 7 mesorregiões geográficas do estado. Em relação ao número de casos por faixa etária, observou-se uma taxa estimada em 0,5 – 1 caso / 100.000 habitantes até a faixa etária dos 45 anos, atingindo 3,5 casos / 100.000 habitantes na faixa etária igual ou superior a 70 anos. A sobrevida média considerando todos os casos foi de 17%, aumentando para 25% considerando a população abaixo de 60 anos e alcançando 40% na população entre 10 e 20 anos. Tais dados evidenciam uma distribuição semelhante por região, estimativa de incidência na faixa infantil semelhante a países desenvolvidos e bastante menor na população idosa. A mortalidade geral foi semelhante àquela relatada na literatura.