Searching for Novel Cellular Targets of the Hepatitis C Virus NS3-4A Protease

Background: The hepatitis C virus (HCV) NS3-4A protease isnot only an essential component of the viral replication complexand a prime target for antiviral intervention but also a key playerin the persistence and pathogenesis of HCV. It cleaves andthereby inactivates two crucial adaptor proteins in viral RNAsensing and innate immunity (MAVS and TRIF) as well as aphosphatase involved in growth factor signaling (TC-PTP). Theaim of this ongoing study is to identify novel cellular targets ofthe NS3-4A protease.Methods: Cell lines inducibly expressing the NS3-4A proteasewere established using a tetracycline-regulated geneexpression system. Cells were analyzed in basal as well asinterferon-α-stimulated states. Two-dimensional difference gelelectrophoresis (2D-DIGE) and stable isotopic labeling usingamino acids in cell culture (SILAC) proteomics analysescoupled with mass spectrometry were employed to search forcellular substrates of NS3-4A.Results: A number of candidate cellular targets have beenidentified by these proteomics approaches. These are currentlybeing validated by different experimental techniques. In parallel,we are in the process of further defining the determinants forsubstrate specificity of the NS3-4A protease.Conclusions: The identification of novel cellular targets of theHCV NS3-4A protase should yield new insights into thepathogenesis of hepatitis C and may reveal novel targets forantiviral intervention.

Anthracene-tethered ruthenium(II) arene complexes as tools to visualize the cellular localization of putative organometallic anticancer compounds.

Anthracene derivatives of ruthenium(II) arene compounds with 1,3,5-triaza-7-phosphatricyclo[3.3.1.1]decane (pta) or a sugar phosphite ligand, viz., 3,5,6-bicyclophosphite-1,2-O-isopropylidene-α-d-glucofuranoside, were prepared in order to evaluate their anticancer properties compared to the parent compounds and to use them as models for intracellular visualization by fluorescence microscopy. Similar IC(50) values were obtained in cell proliferation assays, and similar levels of uptake and accumulation were also established. The X-ray structure of [{Ru(η(6)-C(6)H(5)CH(2)NHCO-anthracene)Cl(2)(pta)] is also reported.

Compilation française d'histoire ancienne, depuis la création du monde jusqu'à la mort de Jules César.

A la fin (fol. 345), signatures de « Loys de Luxembourg » et de « Philippe de Clèves », avec les armes ajoutées de ce dernier et sa devise : A jamais (fol. 20). Belles miniatures, dont la première (fol. 13) avec encadrements tricolores. N° 61 du catalogue de la vente Didot (1881).

Prise en charge de la mort in utero: quel bilan proposer ?

RÉSUMÉ Objectifs : Evaluer l'intérêt des examens paracliniques prescrits dans les morts du foetus in utéro pour aboutir à l'établissement d'un nouvel algorithme de prise en charge du bilan des morts in utero. Matériel et méthodes : Analyse rétrospective d'une série de 106 morts in utero recensées entre septembre 1989 et décembre 1998 dans le département de gynécologie - obstétrique du CHUV (maternité de type 3) à Lausanne. Nous avons défini la mort in utero à partir de la date limite de viabilité foetale. Seules les grossesses de 24 semaines ou plus ont été inclues dans cette série. Nous avons exclu les morts in utero survenues en cours d'interruption thérapeutique de grossesse ainsi que les cas présentant un dossier incomplet. La classification étiologique utilisée est celle décrite par Fretts. L'analyse a porté sur les différents examens demandés, ainsi que sur l'évaluation de leur pertinence dans l'établissement du diagnostic étiologique de chaque cas. La recherche de facteurs de risque significatifs a également été prise en considération. Nous avons comparé notre prise en charge aux données de la littérature, afin de proposer un nouvel algorithme. Résultats : L'étiologie de la mort foetale a pu être définie dans 90% des cas. Les causes principales en étaient les retards de croissance in utero (19,8 %), les anomalies congénitales et chromosomiques foetales (18,9%), les infections (15,1%), le décollement placentaire (7,5%), la prééclampsie (5,6%), le diabète maternel (3,8%). Le 18,9% restant se répartissant par petits nombres entre diverses autres causes. Dans 10,4% des cas nous n'avons pas trouvé d'explication à la mort in utero. Les examens les plus profitables dans le bilan de la mort in utero était l'autopsie foetale, qui était anormale dans 92,7% des cas examinés, l'anatomopathologie placentaire, anormale dans 93% des cas et le babygramme (radiographie du squelette foetal), pathologique dans 53% des cas. La sérologie maternelle infectieuse était informative dans 6,6% des cas. Conclusion : Nous présentons un protocole de prise en charge du bilan de la mort in utero différencié en fonction des circonstances entourant l'événement, afin de limiter les examens superflus.

Multi-scale systems analysis of plant development : beyond cellular signaling and tissue morphodynamics

Les plantes sont essentielles pour les sociétés humaines. Notre alimentation quotidienne, les matériaux de constructions et les sources énergétiques dérivent de la biomasse végétale. En revanche, la compréhension des multiples aspects développementaux des plantes est encore peu exploitée et représente un sujet de recherche majeur pour la science. L'émergence des technologies à haut débit pour le séquençage de génome à grande échelle ou l'imagerie de haute résolution permet à présent de produire des quantités énormes d'information. L'analyse informatique est une façon d'intégrer ces données et de réduire la complexité apparente vers une échelle d'abstraction appropriée, dont la finalité est de fournir des perspectives de recherches ciblées. Ceci représente la raison première de cette thèse. En d'autres termes, nous appliquons des méthodes descriptives et prédictives combinées à des simulations numériques afin d'apporter des solutions originales à des problèmes relatifs à la morphogénèse à l'échelle de la cellule et de l'organe. Nous nous sommes fixés parmi les objectifs principaux de cette thèse d'élucider de quelle manière l'interaction croisée des phytohormones auxine et brassinosteroïdes (BRs) détermine la croissance de la cellule dans la racine du méristème apical d'Arabidopsis thaliana, l'organisme modèle de référence pour les études moléculaires en plantes. Pour reconstruire le réseau de signalement cellulaire, nous avons extrait de la littérature les informations pertinentes concernant les relations entre les protéines impliquées dans la transduction des signaux hormonaux. Le réseau a ensuite été modélisé en utilisant un formalisme logique et qualitatif pour pallier l'absence de données quantitatives. Tout d'abord, Les résultats ont permis de confirmer que l'auxine et les BRs agissent en synergie pour contrôler la croissance de la cellule, puis, d'expliquer des observations phénotypiques paradoxales et au final, de mettre à jour une interaction clef entre deux protéines dans la maintenance du méristème de la racine. Une étude ultérieure chez la plante modèle Brachypodium dystachion (Brachypo- dium) a révélé l'ajustement du réseau d'interaction croisée entre auxine et éthylène par rapport à Arabidopsis. Chez ce dernier, interférer avec la biosynthèse de l'auxine mène à la formation d'une racine courte. Néanmoins, nous avons isolé chez Brachypodium un mutant hypomorphique dans la biosynthèse de l'auxine qui affiche une racine plus longue. Nous avons alors conduit une analyse morphométrique qui a confirmé que des cellules plus anisotropique (plus fines et longues) sont à l'origine de ce phénotype racinaire. Des analyses plus approfondies ont démontré que la différence phénotypique entre Brachypodium et Arabidopsis s'explique par une inversion de la fonction régulatrice dans la relation entre le réseau de signalisation par l'éthylène et la biosynthèse de l'auxine. L'analyse morphométrique utilisée dans l'étude précédente exploite le pipeline de traitement d'image de notre méthode d'histologie quantitative. Pendant la croissance secondaire, la symétrie bilatérale de l'hypocotyle est remplacée par une symétrie radiale et une organisation concentrique des tissus constitutifs. Ces tissus sont initialement composés d'une douzaine de cellules mais peuvent aisément atteindre des dizaines de milliers dans les derniers stades du développement. Cette échelle dépasse largement le seuil d'investigation par les moyens dits 'traditionnels' comme l'imagerie directe de tissus en profondeur. L'étude de ce système pendant cette phase de développement ne peut se faire qu'en réalisant des coupes fines de l'organe, ce qui empêche une compréhension des phénomènes cellulaires dynamiques sous-jacents. Nous y avons remédié en proposant une stratégie originale nommée, histologie quantitative. De fait, nous avons extrait l'information contenue dans des images de très haute résolution de sections transverses d'hypocotyles en utilisant un pipeline d'analyse et de segmentation d'image à grande échelle. Nous l'avons ensuite combiné avec un algorithme de reconnaissance automatique des cellules. Cet outil nous a permis de réaliser une description quantitative de la progression de la croissance secondaire révélant des schémas développementales non-apparents avec une inspection visuelle classique. La formation de pôle de phloèmes en structure répétée et espacée entre eux d'une longueur constante illustre les bénéfices de notre approche. Par ailleurs, l'exploitation approfondie de ces résultats a montré un changement de croissance anisotropique des cellules du cambium et du phloème qui semble en phase avec l'expansion du xylème. Combinant des outils génétiques et de la modélisation biomécanique, nous avons démontré que seule la croissance plus rapide des tissus internes peut produire une réorientation de l'axe de croissance anisotropique des tissus périphériques. Cette prédiction a été confirmée par le calcul du ratio des taux de croissance du xylème et du phloème au cours de développement secondaire ; des ratios élevés sont effectivement observés et concomitant à l'établissement progressif et tangentiel du cambium. Ces résultats suggèrent un mécanisme d'auto-organisation établi par un gradient de division méristématique qui génèrent une distribution de contraintes mécaniques. Ceci réoriente la croissance anisotropique des tissus périphériques pour supporter la croissance secondaire. - Plants are essential for human society, because our daily food, construction materials and sustainable energy are derived from plant biomass. Yet, despite this importance, the multiple developmental aspects of plants are still poorly understood and represent a major challenge for science. With the emergence of high throughput devices for genome sequencing and high-resolution imaging, data has never been so easy to collect, generating huge amounts of information. Computational analysis is one way to integrate those data and to decrease the apparent complexity towards an appropriate scale of abstraction with the aim to eventually provide new answers and direct further research perspectives. This is the motivation behind this thesis work, i.e. the application of descriptive and predictive analytics combined with computational modeling to answer problems that revolve around morphogenesis at the subcellular and organ scale. One of the goals of this thesis is to elucidate how the auxin-brassinosteroid phytohormone interaction determines the cell growth in the root apical meristem of Arabidopsis thaliana (Arabidopsis), the plant model of reference for molecular studies. The pertinent information about signaling protein relationships was obtained through the literature to reconstruct the entire hormonal crosstalk. Due to a lack of quantitative information, we employed a qualitative modeling formalism. This work permitted to confirm the synergistic effect of the hormonal crosstalk on cell elongation, to explain some of our paradoxical mutant phenotypes and to predict a novel interaction between the BREVIS RADIX (BRX) protein and the transcription factor MONOPTEROS (MP),which turned out to be critical for the maintenance of the root meristem. On the same subcellular scale, another study in the monocot model Brachypodium dystachion (Brachypodium) revealed an alternative wiring of auxin-ethylene crosstalk as compared to Arabidopsis. In the latter, increasing interference with auxin biosynthesis results in progressively shorter roots. By contrast, a hypomorphic Brachypodium mutant isolated in this study in an enzyme of the auxin biosynthesis pathway displayed a dramatically longer seminal root. Our morphometric analysis confirmed that more anisotropic cells (thinner and longer) are principally responsible for the mutant root phenotype. Further characterization pointed towards an inverted regulatory logic in the relation between ethylene signaling and auxin biosynthesis in Brachypodium as compared to Arabidopsis, which explains the phenotypic discrepancy. Finally, the morphometric analysis of hypocotyl secondary growth that we applied in this study was performed with the image-processing pipeline of our quantitative histology method. During its secondary growth, the hypocotyl reorganizes its primary bilateral symmetry to a radial symmetry of highly specialized tissues comprising several thousand cells, starting with a few dozens. However, such a scale only permits observations in thin cross-sections, severely hampering a comprehensive analysis of the morphodynamics involved. Our quantitative histology strategy overcomes this limitation. We acquired hypocotyl cross-sections from tiled high-resolution images and extracted their information content using custom high-throughput image processing and segmentation. Coupled with an automated cell type recognition algorithm, it allows precise quantitative characterization of vascular development and reveals developmental patterns that were not evident from visual inspection, for example the steady interspace distance of the phloem poles. Further analyses indicated a change in growth anisotropy of cambial and phloem cells, which appeared in phase with the expansion of xylem. Combining genetic tools and computational modeling, we showed that the reorientation of growth anisotropy axis of peripheral tissue layers only occurs when the growth rate of central tissue is higher than the peripheral one. This was confirmed by the calculation of the ratio of the growth rate xylem to phloem throughout secondary growth. High ratios are indeed observed and concomitant with the homogenization of cambium anisotropy. These results suggest a self-organization mechanism, promoted by a gradient of division in the cambium that generates a pattern of mechanical constraints. This, in turn, reorients the growth anisotropy of peripheral tissues to sustain the secondary growth.

A quantitative analysis of L-glutamate-regulated Na+ dynamics in mouse cortical astrocytes: implications for cellular bioenergetics.

The mode of Na+ entry and the dynamics of intracellular Na+ concentration ([Na+]i) changes consecutive to the application of the neurotransmitter glutamate were investigated in mouse cortical astrocytes in primary culture by video fluorescence microscopy. An elevation of [Na+]i was evoked by glutamate, whose amplitude and initial rate were concentration dependent. The glutamate-evoked Na+ increase was primarily due to Na+-glutamate cotransport, as inhibition of non-NMDA ionotropic receptors by 6-cyano-7-nitroquinoxiline-2,3-dione (CNQX) only weakly diminished the response and D-aspartate, a substrate of the glutamate transporter, produced [Na+]i elevations similar to those evoked by glutamate. Non-NMDA receptor activation could nevertheless be demonstrated by preventing receptor desensitization using cyclothiazide. Thus, in normal conditions non-NMDA receptors do not contribute significantly to the glutamate-evoked Na+ response. The rate of Na+ influx decreased during glutamate application, with kinetics that correlate well with the increase in [Na+]i and which depend on the extracellular concentration of glutamate. A tight coupling between Na+ entry and Na+/K+ ATPase activity was revealed by the massive [Na+]i increase evoked by glutamate when pump activity was inhibited by ouabain. During prolonged glutamate application, [Na+]i remains elevated at a new steady-state where Na+ influx through the transporter matches Na+ extrusion through the Na+/K+ ATPase. A mathematical model of the dynamics of [Na+]i homeostasis is presented which precisely defines the critical role of Na+ influx kinetics in the establishment of the elevated steady state and its consequences on the cellular bioenergetics. Indeed, extracellular glutamate concentrations of 10 microM already markedly increase the energetic demands of the astrocytes.

Prévalence du désir de mort et facteurs associé : une revue de la littérature

Contexte: Le désir de hâter la survenue de leur mort (DM)¦exprimé par certains patients est souvent vécu difficilement¦par les soignants. Le débat actuel sur le¦suicide assisté et l'euthanasie met en lumière cette¦problématique encore peu explorée. Le but de cette¦revue est d'identifier la prévalence du DM et les¦facteurs associés à ce désir.¦Méthode: Une revue de littérature a été conduite jusqu'en¦septembre 2010 en utilisant les termes : « Wish to¦die/to hasten death - Desire to hasten death/for¦death/for early death - Request for assistance in¦dying - Assisted suicide - Euthanasia » et « Advanced/¦terminal illness - Chronic illness/disease ». Seules les¦études cliniques menées auprès de patients ont été¦sélectionnées.¦Résultats: 55 études ont été identifiées, dont 13 de type qualitatif¦: 63% d'entre elles portaient sur des patients¦atteints de cancer, 22% de maladies de diverses origines,¦9% d'VIH et 6% de sclérose latérale amyotrophique.¦Seulement 9% portaient spécifiquement sur¦des patients gériatriques. La définition du DM était¦très variable d'une étude à l'autre, allant du désir de¦mourir à un souhait de hâter la survenue de la mort,¦voire à une demande explicite d'assistance au suicide¦ou d'euthanasie. La prévalence du DM variait¦de 2 à 22% selon la définition utilisée et la population¦étudiée. Les facteurs les plus fréquemment associés¦au DM étaient la dépression, le désespoir, la perte¦de sens, de dignité et le sentiment d'être une charge.¦Les symptômes physiques et les autres dimensions¦psychosociales ne paraissaient jouer qu'un rôle indirect.¦Une instabilité temporelle du DM était rapportée¦par neuf travaux, notamment lors de dépression.¦Discussion: L'hétérogénéité de ces études ne permet pas de¦conclure sur la prévalence des différentes expressions¦du DM. Par ailleurs, même si certains facteurs¦semblent associés au DM, de nouvelles études sont¦nécessaires pour mieux comprendre la chronologie¦de son développement.¦Perspectives: Des études prospectives, utilisant notamment une¦approche mixte, qualitative et quantitative, sont nécessaires. Elles devraient explorer non seulement les facteurs de risque mais également les facteurs « protecteurs » du DM. Sur cette base, un modèle conceptuel pourrait être défini et utilisé ensuite pour développer des interventions spécifiques dans l'objectif d'améliorer la prise en charge des patients exprimant un tel désir.¦Références: 1. Hudson PL, Kristjanson LJ, Ashby M, et al. Desire for hastened death in patients with advanced disease and the evidence base of clinical¦guidelines : a systematic review. Palliat Med 2006;20:693-701.¦2. Schroepfer TA. Mind frames towards dying and factors motivating their adoption by terminally ill elders. J Gerontol 2006;61:S129-S139.¦3. Rodin G, Lo C, Mikulincer M, Donner A, Gagliese L, Zimmermann C.¦Pathways to distress : the multiple determinants of depression, hopelessness, and the desire for hastened death in metastatic cancer¦patients. Soc Sci Med 2009;68:562-9.

Performance Evaluation of Six-Sectored Configuration in Hexagonal WCDMA (UMTS) Cellular Network Layout

The objective of this master's thesis is to evaluate the optimum performance of sixsectored hexagonal layout of WCDMA (UMTS) network and analyze the performance at the optimum point. The maximum coverage and the maximum capacity are the main concern of service providers and it is always a challenging task for them to achieve economically. Because the optimum configuration of a network corresponds to a configuration which minimizes the number of sites required to provide a target service probability in the planning area which in turn reduces the deployment cost. The optimum performance means the maximum cell area and themaximum cell capacity the network can provide at the maximum antenna height satisfying the target service probability. Hexagon layout has been proven as the best layout for the cell deployment. In this thesis work, two different configurations using six-sectored sites have been considered for the performance comparison. In first configuration, each antenna is directed towards each corner of hexagon, whereas in second configurationeach antenna is directed towards each side of hexagon. The net difference in the configurations is the 30 degree rotation of antenna direction. The only indoor users in a flat and smooth semi-urban environment area have been considered for the simulation purpose where the traffic distribution is 100 Erl/km2 with 12.2 kbps speech service having maximum mobile speed of 3 km/hr. The simulation results indicate that a similar performance can be achieved in both the configurations, that is, a maximum of 947 m cellrange at antenna height of 49.5 m can be achieved when the antennas are directed towards the corner of hexagon, whereas 943.3 m cell range atantenna height of 54 m can be achieved when the antennas are directed towards the side of hexagon. However, from the interference point of view the first configuration provides better results. The simulation results also show that the network is coverage limited in both the uplink and downlink direction at the optimum point.