Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height

Background: Birth weight (BW) is an economically important trait in beef cattle, and is associated with growth- and stature-related traits and calving difficulty. One region of the cattle genome, located on Bos primigenius taurus chromosome 14 (BTA14), has been previously shown to be associated with stature by multiple independent studies, and contains orthologous genes affecting human height. A genome-wide association study (GWAS) for BW in Brazilian Nellore cattle (Bos primigenius indicus) was performed using estimated breeding values (EBVs) of 654 progeny-tested bulls genotyped for over 777,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs).Results: The most significant SNP (rs133012258, PGC = 1.34 × 10-9), located at BTA14:25376827, explained 4.62% of the variance in BW EBVs. The surrounding 1 Mb region presented high identity with human, pig and mouse autosomes 8, 4 and 4, respectively, and contains the orthologous height genes PLAG1, CHCHD7, MOS, RPS20, LYN, RDHE2 (SDR16C5) and PENK. The region also overlapped 28 quantitative trait loci (QTLs) previously reported in literature by linkage mapping studies in cattle, including QTLs for birth weight, mature height, carcass weight, stature, pre-weaning average daily gain, calving ease, and gestation length.Conclusions: This study presents the first GWAS applying a high-density SNP panel to identify putative chromosome regions affecting birth weight in Nellore cattle. These results suggest that the QTLs on BTA14 associated with body size in taurine cattle (Bos primigenius taurus) also affect birth weight and size in zebu cattle (Bos primigenius indicus). © 2013 Utsunomiya et al.; licensee BioMed Central Ltd.

Identification of polymorphisms in the osteopontin gene and their associations with certain semen production traits of water buffaloes in the Brazilian Amazon

Contents: The osteopontin gene may influence the fertility of water buffaloes because it is a protein present in sperm. The aim of this work was to identify polymorphisms in this gene and associate them with fertility parameters of animals kept under extensive grazing. A total of 306 male buffaloes older than 18 months, from two farms, one in the state of Amapá and the other in the state of Pará, Brazil were used in the study. Seven SNPs were identified in the regions studied. The polymorphisms were in gene positions 1478, 1513 and 1611 in the region 5′upstrem and positions 6690, 6737, 6925 and 6952 in the region amplified in intron 5. The SNPs were associated with the traits, namely scrotal circumference, scrotal volume, sperm motility, sperm concentration and sperm pathology. There were significant SNPs (p < 0.05) for all the traits. The SNP 6690 was significant for scrotal circumference, sperm concentration, sperm motility and sperm pathology and the SNP 6737 for scrotal volume. The genotype AA of SNP 6690 presented the highest averages for scrotal circumference, sperm concentration and motility and the lowest total number of sperm pathologies. For the scrotal volume trait, the animals with the largest volume were correlated with the presence of the genotype GG of SNP 6737. These results indicate a significance of the osteopontin gene as it seems to exert a substantial influence on the semen production traits of male buffaloes. © 2013 Blackwell Verlag GmbH.

Efeito da alimentação e densidade de estocagem no desempenho zootécnico e perfil celular do hepatopâncreas do camarão-da-amazônia Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862) (Crustacea, Palaemonidae)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Controle social do crescimento do camarão-da-amazônia Macrobrachium amazonicum

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Metabolismo energético do camarão da amazonia, Macrobrachium amazonicum

Pós-graduação em Biologia Geral e Aplicada - IBB

Caracterização molecular da estrutura genética de populações e espécies camarões palemonídeos Macrobrachium do gênero Macrobrachium

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Identificação de assinaturas de seleção e anotação do genoma em bovinos da raça Nelore

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Polimorfismos no gene do hormônio da grelina (GHRL) e suas associações com características de interesse econômico em bovinos da raça Nelore

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo da qualidade dos efluentes gerados em diferentes fases do cultivo do camarão-da-amazônia Macrobrachium amazonicum

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Ciclo de muda e metabolismo durante o desenvolvimento larval do camarão-da-amazônia Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862)

Pós-graduação em Aquicultura - FCAV

Polimorfismo no gene do hormônio Grelina em búfalas (Bubalus bubalis) e sua associação com produção e qualidade do leite

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estruturas do olho do Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862) (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae): estudo utilizando microscopia óptica e de varredura.

O gênero Macrobrachium contém mais de 120 espécies e ocorre nas regiões tropicais e subtropicais de todo o mundo (VALENTI, 1987). São camarões de água doce da família Palaemonidae e da ordem Decapoda (RAFINESQUE, 1815; LATREILLER, 1802). No Brasil existem 18 espécies, até agora classificadas, distribuídas ao longo da bacia amazônica (MELO 2003). Entre estas, o Macrobrachium amazonicum (HELLER, 1862) conhecido popularmente como camarão-sossego ou camarão-canela, amplamente empregados na carcinicultura. Os crustáceos dispõem de estruturas sensitivas localizadas no cefalotórax, que permitem receber estímulos do meio para localizar e capturar o alimento (BARNES, 1998). Os olhos compostos estão presentes em todas as classes de crustáceo. Assim, a hipótese levantada nessa pesquisa foi que no Macrobrachium amazonicum, estes olhos são do tipo de superposição reflexiva, onde o aparelho dióptrico e o rabdômero se estendem em camadas e está separado por uma zona clara não pigmentada. Neste trabalho temos como objetivos: Avaliar os aspectos morfológicos do olho do Macrobrachium amazonicum em microscopia eletrônica de varredura; Caracterizar a morfologia das células fotorreceptoras; Descrever as estruturas morfológicas do olho do M. amazonicum; Caracterizar as relações morfométricas entre o olho e as demais estruturas do M. amazonicum. Os animais foram adquiridos no distrito de Mosqueiro nos períodos de chuvas, março de 2009 e março de 2010, com pescadores no município de Santa Bárbara, área metropolitana de Belém, e transportados para o laboratório em caixas de isopor, sendo mantidos em quarentena em um recipiente contendo uma solução de permanganato de potássio a 1,3 mg/L (CARNEIRO et al., 005). Os animais foram fixados em Davidson e Karnovisky, em seguida os olhos de cada animal foram cuidadosamente seccionados e colocados em frascos plásticos. Nas relações biométricas foram realizadas a análise de variância com α = 0,05, foi realizada com Bio Estat 5.0 para os comprimentos do olho látero-lateral e ântero-posterior dos quatro morfotipos, e SigmaPlot 11.0 e regressão linear simples, para as variáveis olho total e cefalotórax. Observou-se que o tamanho médio do cefalotórax, do corpo, do olho é respectivamente: 21,03 mm; 70,62 mm e 4,52 mm, sendo que, o peso médio do camarão foi de 7,97 g. Os valores máximos registrados dessas estruturas foram de 31,95 mm para o cefalotórax; 100,10 mm para o tamanho do corpo; 6,80 mm para o tamanho do olho e de 20,54 g para o peso do camarão. Após análise histológica foram identificadas as seguintes estruturas (Figs. 13 e 14 A-B): córnea, cone cristalino, pigmento distal, haste do cone, zona clara, cutícula, retina, rabdoma, fibras do nervo óptico e lamina. Com relação à microscopia eletrônica de varredura, foram selecionadas para observação as principais estruturas e especialmente o arranjo em seção transversal quadrada dos omatídeos (Figs. 16 A-B). As análises morfométrica e morfológica (por histologia e microscopia eletrônica de varredura) apontaram características próprias de Macrobrachium amazonicum adultos oriundos da região metropolitana de Belém. Estes achados incluem uma óptica de superposição reflexiva com olhos adaptados a percepção de estímulos luminosos.

Ecologia, pesca e dinâmica populacional do camarão-da-Amazônia - Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862) (Decapoda:Palaemonidae) – capturado na região das ilhas de Belém - Pará - Brasil

A partir de coletas biológicas mensais na Baía do Guajará e Ilha do Mosqueiro, foram obtidas amostragens de Macrobrachium amazonicum para estudos de reprodução, densidade, relações morfométricas e dinâmica de populações. Adicionalmente, dois outros desenhos amostrais foram utilizados para estudo da capturabilidade da espécie sobre influência de dois tipos de iscas e três tamanhos de armadilhas e de sua distribuição espacial em dois canais perenes do mesmo estuário. Os resultados apontam para diferença na captura de M. amazonicum quando se utiliza isca de farelo de babaçu, porém a diferença é unicamente na abundância sendo que a estrutura populacional não é modificada. A espécie é mais abundante no período seco, corroborando a idéia de maior capturabilidade dos recursos pesqueiros. A ilha do Combu é o local onde os espécimes são mais encontrados e ainda com maiores tamanhos. As fêmeas são significativamente maiores e mais pesadas que os machos, denotando a diferenciação no metabolismo devido à reprodução. A proporção de machos é maior nas menores classes de comprimento, o que pode indicar um aumento na predação de machos de menores tamanhos devido ao seu comportamento mais agressivo que o das fêmeas ou simplesmente por que os machos que atingem comprimentos maiores que as fêmeas sejam mais intensamente predados pela pesca, havendo o recrutamento apenas dos machos menores. O tamanho de primeira maturação (comprimento da carapaça) para ambos os sexos resultou em 11,5mm (11,5 mm nos machos e 11,2mm nas fêmeas). A reprodução em M. amazonicum é do tipo contínua ou periódica com um aumento gradativo entre os meses de outubro a março. Os locais mais abrigados, como regiões mais internas de canais de maré ou furos (comuns no estuário amazônico) são locais preferencialmente procurados por fêmeas maduras para a desova e crescimento dos juvenis. Os parâmetros de crescimento da curva de von Bertalanffy obtidos, foram bastante similares entre os sexos, sendo L∞ = 44,8mm e K = 0,35 para os machos e L∞ = 46,5 e K = 0,31 para as fêmeas. As taxas de mortalidade e explotação obtidas apontam para um estado limítrofe de explotação do recurso, neste sentido, o manejo deverá ser tratado com bastante cuidado. A taxa atual de explotação encontra-se no seu limite máximo de sustentabilidade. Nesta situação, qualquer aumento do esforço poderá ocasionar um estado de sobre-explotação de crescimento. Aliado ao estado de quase comprometimento dos estoques de M. amazonicum, a situação sócio econômica dos pescadores também não é diferente dos demais sistemas pesqueiros do litoral do Pará: baixa escolaridade, atuação deficiente das entidades de classe, cadeia produtiva complexa e que desprivilegia os seus principais atores. Sugere-se o monitoramento estatístico da produção; a delimitação do tamanho mínimo de captura em 4,5cm de comprimeto total; a proibição da pesca com matapis em áreas de cabeceira de furos e canais de maré; um censo de usuários e a utilização de modelos bioeconômicos que contemplem os principais aspectos de sua cadeia biológica e produtiva.

Dinâmica populacional do camarão cascudo Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862) da Ilha de Combú – Belém-PA

Os camarões do gênero Macrobrachium, pertencentes à família Palaemonidae, são muito utilizados tanto na aqüicultura como explorados através da pesca comercial. Dentre as espécies do gênero, M. amazonicum destaca-se por ser largamente consumido, apresentar carne saborosa e possuir larga distribuição geográfica. Considerando a importância sócio-econômica deste recurso para o Estado do Pará, este trabalho tem o objetivo de descrever a dinâmica populacional e avaliar o estoque do camarão cascudo M. amazonicum da Ilha do Combú (Pará). A coleta de dados ocorreu entre os meses de março de 2002 a fevereiro de 2003 (exceto agosto) onde aproximadamente 500 gramas de camarão eram obtidos mensalmente. Em laboratório, os indivíduos eram medidos (comprimento total e comprimento da carapaça) e pesados (peso total). Para a determinação da fecundidade, depois de removida a massa ovígera, os ovos foram transferidos para uma solução com água na qual foram retiradas alíquotas para a contagem dos ovos sob um microscópio estereoscópio. Para a determinação dos parâmetros populacionais foi utilizado o Programa FISAT (Fish Stock Assessment Tools). As fêmeas alcançam comprimento máximo menor que os machos, porém seus comprimentos médios mensais foram superiores ao longo de todo o ano. Ocorreu uma proporção significativa favorável, às fêmeas nos meses de julho, setembro, janeiro e fevereiro e nas classes de comprimento 2,5-2,9 cm e 6,5 a 9,4 cm. A fecundidade mostrou uma relação linear com o comprimento total onde o número de ovos variou de 40 a 3.375 ovos/fêmea. Evidenciou-se 3 coortes para a espécie que nascem entre dezembro-janeiro/02, setembro-outubro/02 e abril-maio/03. Considerando diversas metodologias, os parâmetros de crescimento foram similares entre si, na qual o K para os machos foi maior e variou entre 0,7 a 1,36 cm/mês e nas fêmeas variou entre 0,66 a 0,91 cm/mês. O L∞ (para a maioria das metodologias) também foi superior para os machos (12,37 a 17,66 cm) quando comparado com as fêmeas (12,66 a 14,14 cm). Os valores estimados da mortalidade total Z pela curva de captura foram maiores nos machos (valores entre 3,15 e 6,13) quando comparado com as fêmeas (valores de 3,86 a 6,89) o mesmo ocorreu para o método de Beverton e Holt, para machos (valores entre 5,43 a 9,31) e fêmeas (valores de 4,43 a 4,92). O tamanho de primeira captura (Lc), foi maior nas fêmeas (5,88 cm) quando comparados com os machos (4,25 cm). A E_MSY (taxa de exploração para a obtenção do rendimento máximo sustentável) de machos e fêmeas está abaixo de E (taxa de explotação atual) indicando uma sobrepesca dos estoques de M. amazonicum na Ilha do Combú.

Spatial distribution of the amazon river prawn Macrobrachium Amazonicum (Heller, 1862) (Decapoda, Caridea, Palaemonidae) in two perennial creeks of an estuary on the northern coast of Brazil (Guajará Bay, Belém, Pará)

Macrobrachium amazonicum é o crustáceo dulcícola mais frequentemente consumido pelas populações ribeirinhas da Amazônia. Entretanto, apesar de sua relativa abundância e vasto conhecimento da espécie a partir de dados de cultivo, pouco se conhece sobre sua biologia no ambiente natural, especialmente quanto à forma de utilização de canais fortemente influenciados pelas marés. Amostras desse camarão foram coletadas em setembro/06 (período seco) e março/07 (período chuvoso), em dois canais perenes da Baía do Guajará, Pará, utilizando armadilhas (matapis) como as utilizadas pelos pescadores locais para identificar a distribuição espacial dos organismos. Os canais de maré são utilizados por camarões de todos os tamanhos nas duas estações do ano, inclusive para a reprodução. A maior abundância de indivíduos da espécie foi encontrada no período seco, nas áreas a montante dos canais. Postula-se que a abundante matéria orgânica alóctone e a busca de locais protegidos podem ser os fatores que explicam a concentração da abundância e da atividade reprodutiva nas áreas a montante dos canais.