Identification and removal of low-complexity sites in allele-specific analysis of ChIP-seq data.

MOTIVATION: High-throughput sequencing technologies enable the genome-wide analysis of the impact of genetic variation on molecular phenotypes at unprecedented resolution. However, although powerful, these technologies can also introduce unexpected artifacts. Results: We investigated the impact of library amplification bias on the identification of allele-specific (AS) molecular events from high-throughput sequencing data derived from chromatin immunoprecipitation assays (ChIP-seq). Putative AS DNA binding activity for RNA polymerase II was determined using ChIP-seq data derived from lymphoblastoid cell lines of two parent-daughter trios. We found that, at high-sequencing depth, many significant AS binding sites suffered from an amplification bias, as evidenced by a larger number of clonal reads representing one of the two alleles. To alleviate this bias, we devised an amplification bias detection strategy, which filters out sites with low read complexity and sites featuring a significant excess of clonal reads. This method will be useful for AS analyses involving ChIP-seq and other functional sequencing assays.

Gestió d'un portal web d'intercanvi de coneixement

En aquest món on ens ha tocat viure i patir canvis tan durs amb la crisi econòmica que patim, que ens ha fet passar de lligar els gossos amb llonganisses a vigilar en les despeses del dia a dia per poder arribar just a final de mes, és el moment de reinventar-se. És per aquest motiu que presento aquesta idea, on el seu objectiu és desenvolupar una pàgina web que esdevingui un punt de trobada entre usuaris que volen transmetre o ampliar el seu coneixement i oferir-los la possibilitat que entre ells puguin compartir les seves habilitats i destreses. El web consistirà en un panell d’activitats on els usuaris un cop s’hagin registrat puguin crear les activitats que vulguin aprendre o bé ensenyar, tot demanant, si ho desitgen, quelcom a canvi. Aleshores la resta d’usuaris si els interessa l’activitat, poden acceptar la demanda o bé fer una proposta pròpia. A partir d’aquí els usuaris s’han de posar d’acord a l’hora de dur a terme l’activitat. El web disposarà d’una part pels usuaris amb permisos d’administrador perquè puguin gestionar el portal. Aquest projecte s’ha desenvolupat amb el framework de PHP Codeigniter, el qual utilitza la programació per capes MVC, la qual separa la programació en tres parts: el Model, la Vista i el Controlador. També s’han utilitzat els llenguatges HTML5 i CSS3, i jQuery, que és una llibreria de JavaScript. Com a sistema gestor de base de dades s’ha utilitzat el MySQL.

Acceso a los recursos web gratuitos desde las bibliotecas

Se describen y analizan los sistemas que utilizan actualmente las bibliotecas para facilitar a sus usuarios el acceso a los recursos web gratuitos. En primer lugar se acota el ámbito de estudio a este tipo concreto de recursos y se ponen de relieve los principales problemas que tienen los localizadores para su identificación y recuperación. Los modelos que siguen las bibliotecas para organizar los recursos web son básicamente tres: la elaboración de listas, la creación de bases de datos de recursos y la integración de éstos en el catálogo. Este estudio se centra en la descripción, identificación y caracterización de los dos últimos modelos; se destacan las principales experiencias y se comentan los criterios de selección, el tipo de descripción, los sistemas de indización y clasificación, el sistema de recuperación de la información y la política de mantenimiento utilizados en cada uno de ellos. Finalmente, se indican las tendencias actuales en ese ámbito y se presentan unas consideraciones sobre cómo pueden abordar las bibliotecas españolas la organización de estos recursos.

Qualités des sites internet anglophones traitant du trouble obsessionnel complusif

Enjeux et contexte : Dans les questions de santé mentale, internet constitue de plus en plus une source d'information pour les personnes souffrant de troubles psychiatriques ainsi que de leurs proches. D'autre part, le trouble obsessionnel compulsif revêt une importance grandissante et bénéficie d'un intérêt croissant en raison de sa fréquence et de la charge qu'il représente pour le patient et pour la société. Les patients souffrant de trouble obsessionnel compulsif, qu'ils soient diagnostiqués ou non, ainsi que leurs proches peuvent être amenés à rechercher une information de bonne qualité sur net sur le sujet. Cette étude vise à évaluer la qualité de l'information issue de l'internet concernant les sites anglophones traitant du trouble obsessionnel compulsif et de comparer les résultats des requêtes en utilisant un moteur de recherche général (Google) à celles obtenues avec un moteur de recherche spécialisé (Omni Medical Search). Des mots-clés relatifs au trouble obsessionnel compulsif ont été introduits dans Google et Omni Medical Search. Les sites retenus ont été évalués selon leur responsabilité, interactivité, lisibilité et la qualité de leur contenu. Le Label HON et la version brève de l'échelle DISCERN ont été utilisés comme indicateurs possibles de la qualité du contenu. Sur les 235 adresses retrouvées, 53 sites retenus ont été analysés. Résultats : La qualité du contenu des sites examinés est relativement bonne. L'utilisation d'un moteur de recherche spécialisé ne constitue pas un avantage par comparaison au moteur général utilisé par la grande majorité des internautes. Un score > 16 de la version brève du DISCERN est associé à une meilleure qualité du contenu. En conclusion : cette étude montre que le contenu des sites web concernant le trouble obsessionnel compulsif est acceptable. L'utilisation d'un moteur de recherche spécialisé n'offre pas d'avantage par rapport à Google. Comme implications pratiques : internet renferme des sites de haute qualité sur le trouble obsessionnel compulsif. L'accès à ces sites ne nécessite pas l'utilisation d'un moteur de recherche spécialisé. En revanche, une discussion entre le patient et le soignant à propos de l'information disponible sur internet demeure indispensable Perspectives : en dépit des limitations de notre étude, on peut dire que l'information contenue dans le web concernant le trouble obsessionnel compulsif est acceptable. Le contenu et la présentation de cette information pourraient être améliorés. Quant à l'internaute qui cherche une information de qualité, il pourrait être guidé par deux éléments : le HON et la version brève du DISCERN.

Recursos web per a la classificació

En el número (BiD, núm. 5, desembre 2000) vàrem començar un repàs acurat i per temes de les eines bàsiques de treball per al bibliotecari. Aquest segon recull pretén, selectivament, donar a conèixer alguns treballs (associacions, publicacions, guies, recursos temàtics) lligats amb la classificació i, per extensió, a la indexació. Parlem de classificacions numèriques i alfanumèriques, deixant de banda les llistes d'encapçalament i tesaurus que formaran part d'una nova selecció posterior. Insisteixo que es tracta d'un recull selectiu i no pas exhaustiu (al marge de la selecció de recursos per a les classificacions clàssiques, és a dir, CDU, LCC, Bliss o DDC, les classificacionsgenerades per a especialitats concretes han trobat a Internet una magnífica via de distribució, molt especialment relacionades amb les disciplines cientificotècniques, les ciències de la salut, la literatura grisa i la informàtica i les noves tecnologies del coneixement). Es tracta, en la majoria dels casos, i pel que fa a les classificacions generalistes clàssiques, de guies elaborades per les mateixes biblioteques, de manera més o menys detallada, gairebé com a eines de formació d'usuaris. Un altre grup inclou les classificacions completes, pensades per al maneig del bibliotecari o l'usuari interessat en el món de la classificació i la indexació. Un capítol a part i que per raons òbvies s'ha desenvolupat notòriament aquests darrers anys, són les classificacions com a eina de disposició lògica (generalment jeràrquica)dels recursos localitzables a Internet (sovint adaptacions de la Dewey i molt especialment l'LLC), i, en alguns casos, classificacions pròpies i molt simplificades que parteixen dels principis bàsics de tota classificació: àmbits temàtics i de procedència, i, per als recursos electrònics, tipologia i accessibilitat. La selecció inclou, quan s'ha considerat oportú, uns petits comentaris de contingut i, entre cometes, la traducció d'algunes parts de la presentació del recurs o de comentaris realitzats sobre aquell pels mateixos autors. Per una qüestió simplement d'utilitat, no s'han inclòs referències d'algunes de les classificacions anomenades històriques, és a dir: Classification de Brunet (1810), Baconian Classification (1605), etc. (tot i que es troba informació disponible en xarxa). No s'ha inclòs un apartat exclusiu per a la classificació expansiva perquè es considera que el sistema inventat per Charles A. Cutter (1891) va ser la base i encara ho és de la Library of Congress Classification (especialment pel que fa als "Cutter Numbers").

Fatores motivadores de uso de site web: um estudo de caso

A partir da adaptação de um conjunto de critérios de avaliação de sites web centrados no usuário, foram identificados fatores motivadores de uso de site de governo eletrônico. O site web selecionado para análise foi o Comprasnet. O objetivo geral da pesquisa foi identificar os critérios determinantes na tomada de decisão pela opção de uso do Comprasnet. Para tanto, foram realizadas entrevistas por telefone, em âmbito nacional, com os usuários do Comprasnet. Concluiu-se com a apresentação e discussão dos fatores motivadores de uso do Comprasnet, e foram apresentadas as limitações e recomendações para estudos posteriores.

Estratégias de produção e organização de informações na web: conceitos para a análise de documentos na internet

Este artigo visa a apresentar e articular conceitos importantes para a compreensão, sob a ótica da ciência da informação, das especificidades e potencialidades do documento eletrônico no ambiente hipertextual da web. Para isso, são resgatados termos como "documento", "cadeia documental" e "unidade de informação", que são aproximados a conceitos característicos do ambiente digital como "hipertextualidade" e "arquitetura da informação". Este trabalho é parte dos estudos realizados na dissertação "Estratégias de produção e organização de informações na web: uma análise de sites turísticos", apresentada em abril de 2005 ao Programa de Pós-graduação em Ciência da Informação da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), que teve como objetivo final (não contemplado neste artigo) a proposição de uma metodologia de análise de sites que privilegie a identificação e compreensão de seus processos de produção e organização de informações.

Swiss EMBnet node web server.

EMBnet is a consortium of collaborating bioinformatics groups located mainly within Europe (http://www.embnet.org). Each member country is represented by a 'node', a group responsible for the maintenance of local services for their users (e.g. education, training, software, database distribution, technical support, helpdesk). Among these services a web portal with links and access to locally developed and maintained software is essential and different for each node. Our web portal targets biomedical scientists in Switzerland and elsewhere, offering them access to a collection of important sequence analysis tools mirrored from other sites or developed locally. We describe here the Swiss EMBnet node web site (http://www.ch.embnet.org), which presents a number of original services not available anywhere else.

ABS: a database of Annotated regulatory Binding Sites from orthologous promoters

Information about the genomic coordinates and the sequence of experimentally identified transcription factor binding sites is found scattered under a variety of diverse formats. The availability of standard collections of such high-quality data is important to design, evaluate and improve novel computational approaches to identify binding motifs on promoter sequences from related genes. ABS (http://genome.imim.es/datasets/abs2005/index.html) is a public database of known binding sites identified in promoters of orthologous vertebrate genes that have been manually curated from bibliography. We have annotated 650 experimental binding sites from 68 transcription factors and 100 orthologous target genes in human, mouse, rat or chicken genome sequences. Computational predictions and promoter alignment information are also provided for each entry. A simple and easy-to-use web interface facilitates data retrieval allowing different views of the information. In addition, the release 1.0 of ABS includes a customizable generator of artificial datasets based on the known sites contained in the collection and an evaluation tool to aid during the training and the assessment of motif-finding programs.

How to redesign a virtual library website: a case study

This abstract presents how we redesigned, with user-centred design methods, the way we organize and present the content on the UOC Virtual Library website. The content is now offered in a way that is more intuitive, usable and easy to understand, based on criteria of customization, transparency and proximity.The techniques used to achieve these objectives included benchmarking, interviews and focus groups during the user requirement capture phase and user tests to assess the process and results.

Informe d'Autors UOC a ISI Web of Knowledge. Gener 2007

UOC

Informe d'Autors UOC a ISI Web of Knowledge. Octubre 2007

Informe sobre les publicacions de recerca de la UOC introduides a ISI Web of Knowledge durant

Informe d'Autors UOC a ISI Web of Knowledge. Novembre 2007

Informe sobre les publicacions de recerca de la UOC introduides a ISI Web of Knowledge durant

Informe d'Autors UOC a ISI Web of Knowledge. Desembre 2007

UOC

Informe d'Autors UOC a ISI Web of Knowledge. Gener-Febrer 2008

UOC