TMAX – a Database System Integrating Tissue Biomarker & Genomic Data

Background: Popular approaches in human tissue-based biomarker discovery include tissue microarrays (TMAs) and DNA Microarrays (DMAs) for protein and gene expression profiling respectively. The data generated by these analytic platforms, together with associated image, clinical and pathological data currently reside on widely different information platforms, making searching and cross-platform analysis difficult. Consequently, there is a strong need to develop a single coherent database capable of correlating all available data types.

Method: This study presents TMAX, a database system to facilitate biomarker discovery tasks. TMAX organises a variety of biomarker discovery-related data into the database. Both TMA and DMA experimental data are integrated in TMAX and connected through common DNA/protein biomarkers. Patient clinical data (including tissue pathological data), computer assisted tissue image and associated analytic data are also included in TMAX to enable the truly high throughput processing of ultra-large digital slides for both TMAs and whole slide tissue digital slides. A comprehensive web front-end was built with embedded XML parser software and predefined SQL queries to enable rapid data exchange in the form of standard XML files.

Results & Conclusion: TMAX represents one of the first attempts to integrate TMA data with public gene expression experiment data. Experiments suggest that TMAX is robust in managing large quantities of data from different sources (clinical, TMA, DMA and image analysis). Its web front-end is user friendly, easy to use, and most importantly allows the rapid and easy data exchange of biomarker discovery related data. In conclusion, TMAX is a robust biomarker discovery data repository and research tool, which opens up the opportunities for biomarker discovery and further integromics research.

L'accord sujet-verbe en français contemporain: une étude de variation grammaticale et sociale

Dans cet article, nous évaluons le rôle du cotexte (les facteurs internes ou linguistiques) et du contexte (les facteurs externes ou sociaux, et la situation de l’interaction) dans l’accord sujet-verbe induit par les expressions de quantité en français contemporain. Dans l’emploi de ces expressions, par exemple la majorité, le reste etc., il existe une variation entre l’accord singulier et le pluriel, qui est liée à une discordance entre le nombre syntaxique et le nombre sémantique de l’expression. Dans un premier temps, nous présentons la méthodologie d’une première enquête dont le but était d’identifier les principaux facteurs internes et externes qui ont une influence sur les accords de ce type. Dans un deuxième temps, nous présentons les résultats pour les facteurs sociaux avant d’en tirer quelques conclusions pour l’étude principale.

Arquitectura e plataforma de Middleware para suporte de bibliotecas digitais distribuídas e ecléticas

O trabalho apresentado nesta dissertação teve por objectivo principal a concepção, modelação e desenvolvimento de uma plataforma de middleware que permitisse a integração de sistemas de informação, em todos os seus níveis (dados, lógico e apresentação), perfazendo uma federação de bibliotecas digitais distribuídas e ecléticas. Para este fim, foram estudadas as várias abordagens de modelação e organização das bibliotecas digitais, assim como os diversos sistemas e tecnologias de suporte existentes no momento inicial do trabalho. Compreendendo a existência de muitas lacunas ainda neste domínio, nomeadamente ao nível da interoperabilidade de sistemas heterogéneos e integração da semântica de metadados, decidiu-se proceder a um trabalho de investigação e desenvolvimento que pudesse apresentar eventuais soluções para o preenchimento de tais lacunas. Desta forma, surgem neste trabalho duas tecnologias, o XML e o Dublin Core, que servem de base a todas as restantes tecnologias usadas para a interoperabilidade e para a integração. Ainda utilizando estas tecnologias base, foram estudados e desenvolvidos meios simples, mas eficientes, de salvaguarda, indexação e pesquisa de informação, tentando manter a independência face aos grandes produtores de bases de dados, que só por si não resolvem alguns dos problemas mais críticos da investigação no domínio das bibliotecas digitais. ABSTRACT: The main objective of the work presented in this dissertation is the design, modulation and development of a middleware framework to allow information systems interoperability, in all their scope (data, logic and presentation), to accomplish a distributed and eclectic digital libraries federation. Several modulations and organizations were approached, and several support systems and technologies were studied. Understanding the existence of many gaps in this domain, namely in heterogeneous information systems interoperation and metadata semantic integration, it was decided to conduct a research and development work, which, eventually, could present some solutions to fill in these gaps. In this way, two technologies, XML and Dublin Core, appear to serve as the basis of all remaining technologies, to interoperate and to achieve semantic integration. Using yet these technologies, it was also studied and developed simple means, but efficient ones, to save, index and query information, preserving the independence from major data base producers, which by their selves don’t solve critical problems in the digital libraries research domain.

Histórias em Intercompreensão: a voz dos autores

Este relatório foi elaborado no âmbito do lote 7 (Inserção Curricular da Intercompreensão) do projeto MIRIADI. Trata-se de um lote cujo objetivo é desenvolver processos de integração curricular da Intercompreensão (IC) à distância em grupos plurilingues, a partir de trabalhos experimentais levados a cabo no terreno e realizados numa lógica de investigação-ação, tendo em vista compreender as “condições de exequibilidade” desta abordagem didática nos curricula de aprendizagem de línguas e de formação. Procura-se, em particular, identificar empiricamente permeabilidades e resistências dos contextos e dos atores educativos face à IC como conceito prático com relevância profissional, bem como vantagens e limites do ponto de vista da aprendizagem linguística que possam justificar o seu valor educativo. A Intercompreensão tem vindo, nas últimas décadas, a percorrer um percurso de destaque em Didática de Línguas (sobretudo Estrangeiras) na Europa e fora dela, em particular no âmbito das atuais abordagens plurais, ocupando um lugar de visibilidade nos discursos e práticas de investigação e formação desta disciplina e contribuindo para a tonalidade da sua voz mais propriamente politico-ideológica (Alarcão, Andrade, Araújo e Sá, Melo-Pfeifer & Santos, 2009). Contudo, a presença do conceito nos espaços concretos de educação em línguas (tais como escolas, liceus, universidades e outras instituições) é extremamente débil, limitando-se a algumas experiências pontuais, sob o impulso (e mesmo a condução), na maior parte dos casos, dos investigadores e tendo como finalidade principal a produção de conhecimento didático (Degache & Tavares, 2011). Assim, pouco se sabe ainda do que pode ser efetivamente o contributo da IC para o projeto educativo das instituições, e muito menos do modo como o conceito pode ser integrado em práticas curriculares continuadas e sistemáticas de educação em línguas, sabendo-se que estas mesmas práticas são reguladas por múltiplas instâncias, internas e externas, objetivas e subjetivas, que atuam a vários níveis (macro, meso, micro) e que não podem deixar de ser consideradas. O lote 7 de Miriadi propõe abordar estas questões, relativas à integração curricular da IC, a partir de uma outra lógica epistemológica, uma lógica que não busca propostas desenhadas a partir dos resultados da investigação e orientadas para a transferência do conhecimento, ou seja, que não reflete uma perspetiva aplicacionista do saber didático. Ao invés, o trabalho realizado por este lote entende o currículo como uma construção dinâmica que se (re)define e se (re)negocia em função dos contextos específicos em que ocorre, atribuindo-lhe por conseguinte uma natureza contingente, situada, intersubjetiva e local. Nesta perspetiva sócio-construtivista, em que o currículo é uma co-construção que ocorre entre sujeitos precisos nas suas ações educativas quotidianas, a integração curricular da IC produz-se no âmbito destas ações, ou, dito de outra forma, através de práticas situadas nas especificidades e possibilidades que oferecem os contextos concretos, em particular os sujeitos que deles fazem parte. Esta perspetiva de trabalho do lote 7 parece-nos ser a mais coerente com o posicionamento teórico relativamente à IC enquanto conceito didático do projeto MIRIADI. Com efeito, está amplamente estudado que a IC tem vindo a ser tratada segundo diferentes pontos de vista, de acordo com as escolas epistemológicas e as proveniências e ancoragens disciplinares dos seus autores (para uma revisão recente, ver Araújo e Sá, 2013; Olliver, 2013). No âmbito do percurso específico de investigação/formação/intervenção do grupo e-Gala (www.e-gala.eu), no seio do qual emergiu MIRIADI, em particular das suas mais disseminadas realizações – as plataformas Galanet (www.galanet.eu) e Galapro (www-galapro.eu/sessions) -, a IC é abordada numa perspetiva socio-construtivista do saber e da relação comunicativa. Dito de outra forma, MIRIADI define a IC como um processo e uma prática interacional que ocorre entre sujeitos, atores sociais que vivem em diferentes línguas e que se implicam coletivamente num quadro dialógico “où le grand enjeu devient la construction d’un territoire de parole partagé” (Araújo e Sá, Degache & Spita, 2010: 26). Esta aceção interacionista (e plurilingue e intercultural) é complementada pelo recurso a meios de comunicação tecnológicos. Definido o enquadramento conceptual e metodológico do lote7, importa agora explicitar como se desenvolveu o trabalho ao longo dos seus 36 meses de execução. O lote organizou-se em 3 grandes etapas, que envolveram toda a equipa: Etapa 1. Identificação e caracterização de contextos de ensino e formação linguística suscetíveis de poderem beneficiar de uma integração curricular da IC (plurilingue e à distância) (os resultados desta etapa encontram-se na Prestation 7.1. do projeto, referida na nota anterior). Etapa 2. Planificação e desenvolvimento de múltiplas e diversificadas iniciativas de divulgação da IC nesses mesmos contextos, destinadas à comunidade educativa na generalidade (públicos, professores/formadores, órgãos de gestão, funcionários, etc.), tendo em vista a sua familiarização com a IC enquanto conceito didático e prática de educação em línguas, de modo a criar condições (e aberturas) para a sua integração curricular; uma atenção especial foi dada à formação dos agentes educativos. Etapa 3. Planificação, experimentação e avaliação, numa lógica de investigação-ação e em rede (aproveitando-se as potencialidades das plataformas Galapro e Galanet), de propostas de integração curricular da IC; pretendia-se, em especial, com estas propostas, identificar contributos da IC para a qualidade dos projetos educativos dos contextos de integração caracterizados (na etapa 1), mas também constrangimentos, fragilidades, obstáculos e resistências, numa abordagem crítica do conceito que fosse sensível às propriedades dos espaços-alvo de educação em línguas. Neste sentido, foram recolhidos, analisados e discutidos, em função das suas características contextuais (definidas na etapa 1), dados empíricos de natureza diversa (produções dos alunos, transcrições de excertos de aulas, testemunhos espontâneos de alunos e professores, respostas a questionários, entre outros). Este Rapport é um produto da Etapa 3. Trata-se de um documento multimédia, que pretende dar acesso sistematizado e crítico aos discursos e vozes de sujeitos reais que experienciaram propostas didáticas concretas de IC elaboradas durante esta etapa do lote. Mais concretamente, este relatório oferece 6 narrativas de estudos de caso (3 em contexto de ensino secundário e outros 3 no ensino superior), realizados em vários países (Brasil, França, Itália Portugal e República da Maurícia), contendo uma descrição detalhada das situações educativas experimentadas e uma análise dos dados recolhidos, com apresentação dos recursos e materiais utilizados e testemunhos dos sujeitos concretos (professores e alunos). Incluem-se igualmente os instrumentos de recolha de dados e alguns exemplos dos mesmos. Cada narrativa obedece a uma mesma estrutura discursiva, de forma a mais facilmente poderem ser comparáveis, permitindo a extração de conclusões transversais aos vários estudos: introdução; descrição do contexto de intervenção; descrição da intervenção (objetivos, atividades, com acesso aos recursos utilizados, e avaliação); resultados obtidos; conclusões e implicações A secção final, “Témoignages”, apresenta-se sob a forma de um conjunto de vídeos e podcasts, identificados de acordo com a instituição parceira do projeto que os recolheu e organizados segundo três critérios: • as línguas dos locutores (espanhol, francês, italiano e português); • os contextos de formação onde decorreram as experiências de IC (ensino secundário e ensino universitário); • o tipo de intervenientes nas experiências de IC (alunos ou professores). Assume-se mais uma vez, neste Rapport, as dinâmicas de trabalho plurilingue da equipa Miriadi, cuja rentabilidade para a produção do conhecimento didático foi analisada e evidenciada no âmbito de projetos anteriores (ver Melo-Pfeifer, 2014) e se encontra ilustrada, numa outra linguagem, nos nossos postais (disponíveis no Facebook). Assim, com exceção desta introdução, que foi traduzida para francês (ver acima), o documento encontra-se nas línguas de trabalho dos membros da equipa que o redigiram.

Étude comparative d'un journalisme de 1955 avec celui de 2006 dans le quotidien québécois La Presse le cas du journalisme sportif

La recherche porte sur les changements que le journalisme a subis au fil du temps, et particulièrement sur les mutations de toutes sortes que connaît le journalisme sportif entre 1955 et 2006. Elle a pour objectif la mise en évidence des ressemblances et des dissemblances des pages sportives des deux époques étudiées et s'inscrit ainsi dans la lignée des recherches sur les changements paradigmatiques du journalisme, dont les théories ont été proposées par Colette Brin, Jean Charron et Jean de Bonville (1996, 2002, 2004). Le corpus est constitué des pages sportives du quotidien québécois La Presse de 1955 et de 2006. La date des deux journaux a été choisie en fonction d'un événement de référence, le match final de la Coupe Stanley, respectivement le 15 mars 1955 et le 20 juin 2006. Les méthodes retenues, une analyse de contenu et une analyse de textes, visent essentiellement à permettre l'atteinte de notre objectif principal, à savoir une étude comparative des pages sportives de 1955 et de 2006. Trois hypothèses ont été posées. La première, postulant l'existence de différences marquées entre 1955 et 2006, a été confirmée, puisque de nombreuses dissemblances ont été observées, particulièrement en ce qui a trait à l'aspect visuel des deux journaux et à la nature impressionniste du langage. La seconde hypothèse, liée à l'existence présumée d'une relation différente ente le journaliste et le lecteur, a également été largement confirmée. La troisième hypothèse, selon laquelle certains éléments caractéristiques du journalisme de communication allaient jaillir de l'analyse interprétative, a été partiellement confirmée. Les mises en garde de plusieurs chercheurs ainsi que les limites d'une telle recherche ne nous permettent pas d'affirmer l'existence effective du journalisme de communication, mais plutôt de faire ressortir certains points qui montrent que le journalisme contemporain semble aller dans la direction de la communication plutôt que celle de l'information.

L'analyse de la cohérence et de la cohésion dans la restitution orale et dans la restitution écrite par un jeune francophone du premier cycle secondaire diagnostiqué dysphasique

La présente recherche porte sur la cohérence et la cohésion qu'il existe dans l'expression orale d'un jeune dysphasique du premier cycle du secondaire et dans la production écrite effectuée par celui-ci. Compte tenu du problème de langage parlé que présente entre autres la dysphasie, le risque de trouver le même problème est possiblement présent dans la production écrite. Cela a des répercussions au niveau scolaire dans l'expression de ses idées, l'apprentissage de l'écriture, peut-être même dans la compréhension de ce qu'il écoute et lit. Non seulement, cela a-t-il des conséquences dans les résultats académiques, mais aussi dans les relations sociales avec ses pairs et ses enseignants puisqu'il ne saisit pas certains énoncés du langage tels que des jeux de mots ou des métaphores. De plus, il a de la difficulté à exprimer clairement ses idées et ses opinions. Ces obstacles à l'expression orale et celle écrite peuvent éventuellement marginaliser le jeune dysphasique et le démotiver. Des études ont mis en évidence qu'il existe une relation entre le langage parlé et l'apprentissage de l'écriture : si le jeune dysphasique éprouve des difficultés à s'exprimer oralement, il en sera de même dans la production écrite. Toutefois, d'autres études démontrent que l'apprentissage de l'écriture aide à améliorer le langage oral. Toutes ces études ont été effectuées sur de jeunes enfants au niveau préscolaire ou au primaire; elles ont été faites à partir de textes narratifs restitués par des jeunes n'ayant par de problème de langage. Notre recherche, qui est exploratoire et descriptive, concerne des jeunes du premier cycle du secondaire et la collecte de données s'est faite à partir d'un texte courant. Elle visait deux objectifs spécifiques : premièrement, analyser la cohérence et la cohésion dans la restitution orale et celle écrite d'un sujet tout-venant et dans celles d'un jeune dysphasique; et deuxièmement, décrire les relations entre les restitutions des deux sujets. Pour ce faire, la collecte de données s'est déroulée de la manière suivante : nous avons demandé à deux jeunes de deuxième et troisième secondaires, l'un, tout-venant et l'autre, dysphasique, de restituer ce qu'ils se rappelaient de l'écoute d'un texte à dominante descriptive laquelle leur a été faite à tour de rôle. Dans un premier temps, ils devaient rappeler oralement le contenu du texte lu, et dans un deuxième temps, ils devaient écrire ce dont ils se souvenaient du même texte. Une fois les restitutions orales transcrites sous forme de Verbatim, elles ont été, tout comme les restitutions écrites, décrites et comparées entre elles selon les critères suivants : la cohérence (intégration et hiérarchisation et la cohésion (récurrence, coréférence, contiguïté sémantique et connecteurs). Les résultats obtenus montrent d'abord que les restitutions orales et écrites présentent des similitudes quant à la cohérence et la cohésion. Les restitutions écrites sont légèrement plus détaillées, c'est-à-dire quelques idées ont été ajoutées ou précisées. Par exemple, dans la restitution orale, comme dans celle écrite, le sujet tout-venant mentionne que les fourmis d'Argentine pourraient être "dangereuses pour les arbres fruitiers". Dans sa restitution écrite, il ajoute comme informations que ces insectes "aiment le sucre" et qu'elles "vont dans les maisons". Les observations montrent aussi une différence entre les restitutions du jeune toutvenant et celles du jeune dysphasique. Ce dernier rappelle les informations du texte de façon cohérente et presque complète alors que le sujet tout-venant ne restitue que les informations de la première partie, et ce, de la façon la plus simple, soit par l'énumération sans connecteurs autres que ceux de l'énumération. Par contre, le sujet tout-venant maîtrise les procédés cohésifs mieux que le sujet dysphasique. Quant à ce dernier, il semble mieux réussir à l'écrit qu'à l'oral. La compréhension des informations de façon globale et, peut-être, le type de texte influencent les résultats dans le rappel des informations. Le sujet dysphasique peut restituer les idées, et ce, de façon structurée s'il saisit bien l'idée globale du texte qu'il lui a été lu, mais la microstructure est moins maîtrisée, sauf l'utilisation des connecteurs qui a probablement un lien plus étroit - que les autres procédés cohésifs - avec la cohérence et la compréhension des idées. Donc, à partir de l'analyse des restitutions orale et écrite, il semble que le trouble de langage aurait des répercussions au niveau des procédés de la cohésion, sauf dans le cas des connecteurs. L'utilisation de ceux-ci et les procédés de cohérence sont maîtrisés par le jeune dysphasique qui a compris le contenu du texte qui lui a été lu.

Circula : revue d'idéologies linguistiques, no 1, La médiatisation des idéologies linguistiques : tradition et continuité dans la presse écrite

Le numéro 1 (printemps 2015) contient : partie 1 : Les idéologies linguistiques dans la tradition de la presse périodique. Partie 2 : Enjeux sociaux et politiques des questions de langue et de norme

Compte rendu: Cyril Trimaille et Jean-Michel Éloy (dir.) (2013), Idéologies linguistiques et discriminations, Paris, L’Harmattan, coll. « Carnets d’atelier de sociolinguistique, 6 », 268 p. [ISBN : 978-2-336-29083-6]

Résumé non disponible

Recensione: Nicoletta Maraschio e Domenico De Martino (ed.) (2013), Fuori l’italiano dall’università? Inglese, internazionalizzazione, politica linguistica, Roma/Bari, Laterza, coll. «Percorsi, 151», 336 p. [ISBN: 978-8-858-10591-7]

Résumé non disponible

Compte rendu: Johann Wolfgang Unger (2013), The Discursive Construction of the Scots Language : Education, Politics and Everyday Life, Amsterdam, John Benjamins, coll. « Discourse Approaches to Politics, Society and Culture, 51 », 178 p. [ISBN : 978-9-027-20642-8]

Résumé non disponible

Compte rendu: Romain Colonna (dir.) (2014), Les locuteurs et les langues : pouvoirs, non-pouvoirs et contre-pouvoirs, Limoges, Lambert-Lucas, coll. « Linguistique », 370 p. [ISBN : 978-2-35935-106-4]

Résumé non disponible

Compte rendu: Romain Colonna (dir.), (2015), Des paroles, des langues et des pouvoirs, Paris, L’Harmattan, coll. « Espaces discursifs », 252 p. [ISBN : 978-2-343-04951-9]

Résumé non disponible

Compte rendu: Jannis Androutsopoulos (dir.) (2014), Mediatization and sociolinguistic change, Berlin/Boston, De Gruyter, coll. « Linguae & litterae. Publications of the School of Language & Literature Freiburg Institute for Advanced Studies, 36 », vii-557 p. [ISBN : 978-3-11-034357-1]

Résumé non disponible

L’harmonie vocalique turque : entre théories et pratique

Dans ce travail, je propose que l’harmonie vocalique turque n’est plus un phénomène phonologique synchroniquement productif en cette langue. Ce qui est jugé harmonique n’est en fait que les traces d’un système harmonique ancien, traces qui se sont morphologisées. La démonstration est faite 1) en critiquant la littérature existante et en montrant les paradoxes auxquels elle mène et 2) en regardant du côté des travaux sur l’acquisition du langage, la perception du langage et le transfert linguistique. Il est montré que la seule raison de postuler l’harmonie vocalique turque tient à nos présupposés sur ce qu’est la morphologie d’une langue. Certains modèles phonologiques ne prenant pas en compte ces présupposés sont ensuite étudiés. Une formalisation utilisant le modèle morphologique Whole Word Morphology est finalement proposée.