Adopting the Vaadin Java framework to rebuild VTT’s Web Interfaces and Database Applications

With the growth in new technologies, using online tools have become an everyday lifestyle. It has a greater impact on researchers as the data obtained from various experiments needs to be analyzed and knowledge of programming has become mandatory even for pure biologists. Hence, VTT came up with a new tool, R Executables (REX) which is a web application designed to provide a graphical interface for biological data functions like Image analysis, Gene expression data analysis, plotting, disease and control studies etc., which employs R functions to provide results. REX provides a user interactive application for the biologists to directly enter the values and run the required analysis with a single click. The program processes the given data in the background and prints results rapidly. Due to growth of data and load on server, the interface has gained problems concerning time consumption, poor GUI, data storage issues, security, minimal user interactive experience and crashes with large amount of data. This thesis handles the methods by which these problems were resolved and made REX a better application for the future. The old REX was developed using Python Django and now, a new programming language, Vaadin has been implemented. Vaadin is a Java framework for developing web applications and the programming language is extremely similar to Java with new rich components. Vaadin provides better security, better speed, good and interactive interface. In this thesis, subset functionalities of REX was selected which includes IST bulk plotting and image segmentation and implemented those using Vaadin. A code of 662 lines was programmed by me which included Vaadin as the front-end handler while R language was used for back-end data retrieval, computing and plotting. The application is optimized to allow further functionalities to be migrated with ease from old REX. Future development is focused on including Hight throughput screening functions along with gene expression database handling

Searching for music archives and composition manuscripts from the Viola database

Music archives and composition manuscripts from the Viola database.

The 19th Century Tombstone Database Project Records, 1790-1890 (non-inclusive)

The 19th Century Tombstone Database project was funded by the program Federal Summer Youth Employment scheme in the summer of 1982 and led by Dr. David W. Rupp, a Professor at the Classics Department, Brock University. The main goal of the project was to collect information related to various cemeteries in Niagara region and burials that took place from 1790-1890. Data was collected and presented in the form of data summary forms of persons, tombstone sketches, photographs of tombstones, maps, and computer printouts. The materials created as a result of a research completed for the 19th Century Tombstone Database project are important as a number of the tombstones have been damaged or gone missing since the research was finished. Before Dr. Rupp retired from Brock University, he donated project materials to the Brock University Special Collections and Archives.

Is Library Database Searching a Language Learning Activity?

A qualitative research study that asked international students how they thought of words to enter into a library database to see if language learning was also involved.

Analysis of multiple change-points in normally distributed series.

Tesis (Maestría en Ciencias con Orientación en Matemáticas) UANL, 2013.

Psychiatric services utilization in completed suicides of a youth centres population

Affiliation: Johanne Renaud & Claude Marquette : CHU Ste-Justine, Université de Montréal

AnaBench: a Web/CORBA-based workbench for biomolecular sequence analysis

Affiliation: Département de biochimie, Faculté de médecine, Université de Montréal

Les déterminants de la présence du programme d'aide aux employés dans les entreprises du secteur privé au Canada

L’objectif de la présente étude vise à déterminer les caractéristiques des entreprises et de leur main-d’œuvre qui adoptent un PAE. Cette pratique serait en effet distribuée inégalement entre les différentes entreprises du secteur privé au Canada. Les facteurs identifiés dans la littérature en lien avec la présence du PAE sont regroupés sous les caractéristiques de la main-d’œuvre, les caractéristiques organisationnelles ou les caractéristiques du marché du travail, de manière à faire ressortir leur valeur respective pour voir celle qui a le plus d’influence sur la présence du PAE. Pour chacun des facteurs, une hypothèse ou une proposition de recherche est formulée. Pour vérifier les hypothèses et les propositions de recherche, nous avons utilisé des données secondaires issues de l’Enquête sur le milieu de travail et les employés (EMTE), réalisée en 2005 par Statistique Canada. Nous avons principalement eu recours à la base de données des employeurs, mais à défaut d’y avoir toutes les variables importantes, celle des employés a aussi été utilisée en agrégeant les données à la moyenne échantillonnale par entreprise, et en les imputant à la composante des employeurs. Notre échantillon final se compose de 5630 établissements du secteur privé au Canada. Les résultats nous ont appris que les caractéristiques organisationnelles sont de meilleurs déterminants de la présence du PAE que les caractéristiques de la main-d’œuvre. Les PAE sont répartis de façon inégale entre les différentes entreprises au Canada. En effet, les entreprises qui adoptent un PAE ont souvent moins d’immigrants. Elles ont aussi plus de probabilité d’avoir une grande proportion d’employés ayant complété des études secondaires, et qui travaillent à temps plein. Les PAE sont de plus beaucoup plus présents dans les grandes entreprises qui sont syndiquées, et dont l’organisation du travail est plus flexible. Enfin, ce sont les entreprises du secteur primaire qui adoptent le plus de PAE. Les PAE ne couvrent alors qu’un secteur limité et privilégié de la main-d’œuvre puisque certains groupes, tels que les immigrants, y ont moins accès. Ainsi, les PAE bénéficient aux employés les plus avantagés financièrement, indiquant que ce sont surtout les plus « riches » qui accèdent aux meilleurs services de santé mentale et sociale. Mots clés : Programmes d’aide aux employés Caractéristiques de la main-d’œuvre Caractéristiques organisationnelles

Evidence-Based Practice in PubMed: Are Shared Filters Useful to Health Sciences Academic Users?

Objectives In April 2010, the Université de Montréal’s Health Sciences Library has implemented shared filters in its institutional PubMed account. Most of these filters are designed to highlight resources for evidence-based practice, such as Clinical Queries, Systematic Reviews and Evidence-based Synopsis. We now want to measure how those filters are perceived and used by our users. Methods For one month, data was gathered through an online questionnaire proposed to users of Université de Montréal’s PubMed account. A print version was also distributed to participants in information literacy workshops given by the health sciences librarians. Respondents were restricted to users affiliated to Université de Montréal’s faculties of Medicine, Dentistry, Veterinary Sciences, Nursing and Pharmacy. Basic user information such as year/program of study or department affiliation was also collected. The questionnaire allowed users to identify the filters they use, assess the relevance of filters, and also suggest new ones. Results Survey results showed that the shared filters of Université de Montreal’s PubMed account were found useful by the majority of respondents. Filters allowing rapid access to secondary resources ranked among the most relevant (Reviews, Systematic Reviews, Cochrane Database of Systematic Reviews, Practice Guidelines and Clinical Evidence). For Clinical Study Queries, Randomized Controlled Trial (Therapy/Narrow) was considered the most useful. Some new shared filters have been suggested by respondents. Finally, 18% of the respondents indicated that they did not quite understand the relevance of filters. Conclusion Based on the survey results, shared filters considered most useful will be kept, some will be enhanced and others removed so that suggested ones could be added. The fact that some respondents did not understand well the relevance of filters could potentially be addressed through our PubMed workshops, online library guides or by renaming some filters in a more meaningful way.

Building a Canadian Virtual Health Library Database / Création de la Bibliothèque virtuelle canadienne de santé

Introduction: Avec l’abondance d’information gratuite disponible en ligne, la tâche de trouver, de trier et d’acheminer de l’information pertinente à l’auditoire approprié peut s’avérer laborieuse. En décembre 2010, la Bibliothèque virtuelle canadienne de santé / Canadian Virtual Health Library (BVCS) a formé un comité d’experts afin d’identifier, d’évaluer, de sélectionner et d’organiser des ressources d’intérêt pour les professionnels de la santé. Méthodes: Cette affiche identifiera les décisions techniques du comité d’experts, incluant le système de gestion de contenus retenu, l’utilisation des éléments Dublin Core et des descripteurs Medical Subject Headings pour la description des ressources, et le développement et l’adaptation de taxonomies à partir de la classification MeSH. La traduction française des descripteurs MeSH à l’aide du portail CISMeF sera également abordée. Résultats: Au mois de mai 2011, le comité a lancé la base de données BVCS de ressources en ligne gratuites sur la santé, regroupant plus de 1600 sites web et ressources. Une variété de types de contenus sont représentés, incluant des articles et rapports, des bases de données interactives et des outils de pratique clinique. Discussion: Les bénéfices et défis d’une collaboration pancanadienne virtuelle seront présentés, ainsi que l’inclusion cruciale d’un membre francophone pour composer avec la nature bilingue de la base de données. En lien avec cet aspect du projet, l’affiche sera présentée en français et en anglais. Introduction: With the abundance of freely available online information, the task of finding, filtering and fitting relevant information to the appropriate audience, is daunting. In December 2010 the Canadian Virtual Health Library / Bibliothèque virtuelle canadienne de santé (CVHL) formed an expert committee to identify, evaluate, select and organize resources relevant to health professionals. Methods: This poster will identify the key technical decisions of the expert committee including the content management system used to manage the data, the use of Dublin Core elements and Medical Subject Headings to describe the resources, and the development and adaptation of taxonomies from MeSH classification to catalog resources. The translation of MeSH terms to French using the CiSMeF portal will also be discussed. Results: In May 2010, the committee launched the CVHL database of free web-based health resources. Content ranged from online articles and reports to videos, interactive databases and clinical practice tools, and included more than 1,600 websites and resources. Discussion: The benefits and challenges of a virtual, pan-Canadian collaboration, and the critical inclusion of a Francophone member to address the bilingual nature of the database, will be presented. In keeping with the nature of the project, the poster will be presented in French and English.

The Hygiene Hypothesis and the risk of Crohn’s disease : a case-control study utilizing prospectively-collected exposure data from an administrative database

La maladie de Crohn (MC) pédiatrique a des conséquences majeures sur la qualité de vie des patients atteints (troubles de croissance, absentéisme scolaire, etc). L’étiologie de la MC est inconnue. La théorie de l’hygiène (TH) stipule que les conditions de vie sanitaires des pays industrialisés préviennent l’exposition antigénique et empêchent le développement de la tolérance immunitaire chez les enfants. Ceci mènerait à une réaction excessive du système immunitaire lors d’expositions subséquentes et engendrerait le développement de maladies inflammatoires chroniques telles la MC. Objectif: Analyser l’association entre la fréquence, la temporalité et le type d’infections infantiles (indicateurs d’environnements pourvus d’antigènes) et le risque de MC pédiatrique. Une étude cas-témoin fût réalisée, les cas de MC provenant d’un centre hospitalier tertiaire montréalais. Les témoins, provenant des registres de la Régie d’assurance maladie du Québec (RAMQ), furent appariés aux cas selon leur âge, sexe et lieu de résidence. L’exposition aux infections fût déterminée grâce aux codes de diagnostic ICD-9 inscrits dans la base de données de la RAMQ. Un modèle de régression logistique conditionnelle fût construit afin d’analyser l’association entre infections et MC. Des ratios de cotes (RC) et intervalles de confiance à 95% (IC 95%) furent calculés. Résultats: 409 cas et 1621 témoins furent recrutés. Les résultats de l’analyse suggèrent un effet protecteur des infections infantiles sur le risque de MC (RC: 0,67 [IC: 0,48-0,93], p=0,018), plus particulièrement au cours des 5 premières années de vie (RC: 0.74 [IC: 0,57-0,96], p=0,025). Les infections rénales et urinaires, ainsi que les infections des voies orales et du système nerveux central (virale), semblent particulièrement associées à l’effet protecteur. Les résultats de l’étude appuient la théorie de l’hygiène: l’exposition aux infections infantiles pourrait réduire le risque de MC pédiatrique.

Utilisation de représentations de mots pour l’étiquetage de rôles sémantiques suivant FrameNet

Dans la sémantique des cadres de Fillmore, les mots prennent leur sens par rapport au contexte événementiel ou situationnel dans lequel ils s’inscrivent. FrameNet, une ressource lexicale pour l’anglais, définit environ 1000 cadres conceptuels, couvrant l’essentiel des contextes possibles. Dans un cadre conceptuel, un prédicat appelle des arguments pour remplir les différents rôles sémantiques associés au cadre (par exemple : Victime, Manière, Receveur, Locuteur). Nous cherchons à annoter automatiquement ces rôles sémantiques, étant donné le cadre sémantique et le prédicat. Pour cela, nous entrainons un algorithme d’apprentissage machine sur des arguments dont le rôle est connu, pour généraliser aux arguments dont le rôle est inconnu. On utilisera notamment des propriétés lexicales de proximité sémantique des mots les plus représentatifs des arguments, en particulier en utilisant des représentations vectorielles des mots du lexique.