Caracterização parcial de um fragmento e detecção por RT-PCR de Rice Stripe Necrosis Virus

O enrolamento do arroz é uma doença viral emergente no Brasil causada pelo Rice stripe necrosis virus (RSNV) que é transmitido pelo protozoário Polymyxa graminis. RSNV é um membro do gênero Benyvirus com genoma dividido em 4 RNAs de fita simples no sentido positivo (ssRNA +). Em função da falta de conhecimento sobre a seqüência de nucleotídeos do seu genoma, a detecção de RSNV através de métodos moleculares não é utilizada. O objetivo deste trabalho foi identificar seqüências do genoma de RSNV que possibilitassem sua detecção em plantas de arroz através da técnica de transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase (RT-PCR). As seqüências do genoma foram identificadas a partir de clones de uma biblioteca de cDNAs obtidos de uma amostra do vírus parcialmente purificado. Os clones que hibridizaram com sondas sintetizadas a partir de RNA de plantas infectadas com RSNV foram seqüenciados e comparados às seqüências do GenBank. Um fragmento de 957 nt da extremidade 3’ da fita de um dos 4 RNAs genômicos de RSNV foi obtido. A análise da seqüência nucleotídeos desse fragmento não revelou qualquer similaridade com seqüências conhecidas, tampouco indicou uma possível função. Um par de oligonucleotídeos iniciadores foi desenhado a partir de um clone que potencialmente contém uma seqüência de RSNV. A especificidade e a sensibilidade da RT-PCR utilizando esse par de oligonucleotídeos iniciadores, bem como sua eficiência na detecção do vírus em diferentes partes da planta de arroz, foram avaliadas. Os resultados indicam que a RT-PCR é específica para RSNV e pode detectar o vírus em tecido oriundo das raízes, do colo e de folhas com distorção. Comparada ao diagnóstico da doença através da observação de sintomas e de estruturas do vetor, a RT-PCR é uma ferramenta confiável para a diagnose do enrolamento do arroz.

O tamanho tumoral como desfecho substituto na detecção precoce do câncer de mama: três décadas de experiência do serviço de mastologia do Hospital de Clínicas de Porto Alegre, RS

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Detecção de dano estrutural por algoritmos genéticos e sensibilidade modal

A área de pesquisa de testes não-destrutivos é muito importante, trabalhando com o diagnóstico e o monitoramento das condições dos componentes estruturais prevenindo falhas catastróficas. O uso de algoritmos genéticos para identificar mudanças na integridade estrutural através de mudanças nas respostas de vibração da estrutura é um método não-destrutivo que vem sendo pesquisado. Isto se deve ao fato de que são vantajosos em achar o mínimo global em situações difíceis de problemas de otimização, particularmente onde existem muitos mínimos locais como no caso de detecção de dano. Neste trabalho é proposto um algoritmo genético para localizar e avaliar os danos em membros estruturais usando o conceito de mudanças nas freqüências naturais da estrutura. Primeiramente foi realizada uma revisão das técnicas de detecção de dano das últimas décadas. A origem, os fundamentos, principais aspectos, principais características, operações e função objetivo dos algoritmos genéticos também são demonstrados. Uma investigação experimental em estruturas de materiais diferentes foi realizada a fim de se obter uma estrutura capaz de validar o método. Finalmente, se avalia o método com quatro exemplos de estruturas com danos simulados experimentalmente e numericamente. Quando comparados com técnicas clássicas de detecção dano, como sensibilidade modal, os algoritmos genéticos se mostraram mais eficientes. Foram obtidos melhores resultados na localização do que na avaliação das intensidades dos danos nos casos de danos propostos.

Detecção de cinco novas mutações em pacientes brasileiros com gangliosidose GM1

A Gangliosidose GM1 é um Erro Inato do Metabolismo (EIM) causado pela deficiência da enzima B-galactosidase ácida. Essa doença é caracterizada pelo acúmulo de metabólitos não degradados, principalmente gangliosídeo GM1, nos lisossomos de vários tipos celulares. Baseado na idade de início e na atividade residual da enzima, a Gangliosidose GM1 é classificada em três diferentes tipos: infantil, juvenil e adulto. O gene da B-galactosidase ácida (GLB1, GeneBank M27507) está situado no cromossomo 3 e possui mais de 60 kb, contendo 16 exons. Cerca de 50 mutações associadas à doença estão descritas na literatura. No sul do Brasil, há uma alta freqüência dessa doença (1:17.000 nascidos vivos). Neste trabalho, vinte pacientes diagnosticados no Hospital de Clínicas de Porto Alegre (Brasil) tiveram o gene GLB1 investigado por SSCP (Single Strand Conformational Polymorphism) usando DNA extraído de sangue periférico. Através desta triagem foram encontradas 52 alterações de mobilidade do DNA, indicando a presença de mutações. As amostras relativas aos exons 2 e 15 foram submetidas a sequenciamento direto com seqüenciador ABI31O(Applied Biosystens) utilizado kit BigDye 3.1. Cinco novas mutações no gene GLB1 (F63Y, R38G, Y36S, Y64F e R59C) e duas mutações já descritas (R59H e 1622-1627insG) foram encontradas. Este trabalho possibilitou a genotipagem completa de 6 pacientes e parcial de 5, e direcionou a investigação de mutações, contribuindo diretamente no diagnóstico da enfermidade e permitindo a realização de estudos de correlação genótipo/fenótipo destes pacientes.

Barreiras para o acesso ao teste de detecção do virus da imunodeficiência humana em gestantes de Porto Alegre, Brasil

Resumo não disponível.

Detecção de cartéis por marcadores de colusão

Modelos teóricos de colusão tácita podem fornecer predições sobre preços ou outras variáveis estratégicas que permitam a detecção de conduta anticompetitiva. Esses marcadores de colusão geram hipóteses testáveis sobre o comportamento cíclico dos preços, sua dispersão entre concorrentes e sua variabilidade temporal. Utilizando dados municipais mensais para preços e custos da gasolina, regressões de painel dinâmico em forma reduzida são realizadas para averiguar a aderência empírica desses marcadores. Os efeitos são identificados comparando com 10 municípios que tiveram cartéis operando no varejo de combustíveis. Os resultados corroboraram as predições de preços anticíclicos e redução da dispersão dos preços, ainda que com ressalvas. Porém, não se encontrou evidências de aumento de volatilidade nos preços induzidos por choques adversos de demanda, que pretende capturar uma maior frequência de guerras de preços. A redução da volatilidade dos preços é parcialmente confirmada.

Qualidade bacteriológica de leite bovino de mistura, in natura e beneficiado, e detecção sorológica de Brucelose em rebanhos da Região Metropolitana de Porto Alegre

O leite é uma fonte excelente de nutrientes tornando-se um meio de cultura ideal para o crescimento de microrganismos potencialmente patogênicos. Estes microrganismos podem comprometer a qualidade e segurança do leite e seus derivados e podem contaminar o homem através da ingestão do leite in natura ou beneficiado contaminados. Para estimar a qualidade microbiológica do leite in natura, foram coletadas 116 amostras em 42 propriedades leiteiras nos municípios de Esteio, Glorinha, Gravataí, Sapucaia do Sul e Viamão, no Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. A presença de coliformes fecais e E. coli foi confirmada em 24 isolados, referentes a oito propriedades. Neste trabalho não foi possível detectar a presença de Salmonella sp. As amostras testadas estavam dentro dos padrões exigidos pela legislação para microrganismos mesófilos e psicrotróficos, porém alguns autores citam que contagens acima de 3 log.ufc.ml-1 podem ser prejudiciais ao processamento do produto. Para detecção de anticorpos específicos de Brucella sp. foi utilizado o Teste de Anel de Leite, em 181 amostras (116 amostras coletadas acrescidas de 65 fornecidas pela indústria de beneficiamento), sendo encontradas dez amostras positivas em três propriedades. A qualidade higiênico-sanitária nas propriedades analisadas demostrou ser adequada, porém foi evidenciada a presença microrganismos patogênicos em algumas amostras representando um risco à saúde pública.

Estudo de uma anomalia do mercado: a queda dos negócios a termo de algodão na bolsa de mercadorias de São Paulo

Neste trabalho pretende-se estudar a queda dos negócios a termo de algodõo na Bolss de Mercadorias da são Paulo. No estudo procure-se identificar as causes de queda dos negócios, as tentativas de recuperação e levantar alternativas que possam contribuir pare a reativação das operações a termo em volume compatível com a produção nacional do algodão.

Detecção de Bordetella bronchiseptica a partir de suabes nasais de suínos pela bacteriologia clássica e pela reação em cadeia pela polimerase

A Bordetella bronchiseptica é um dos agentes etiológicos da rinite atrófica e de pneumonia em suínos. Embora os prejuízos econômicos gerados por esses distúrbios respiratórios sejam amplamente reconhecidos, o impacto desse patógeno na sanidade dos rebanhos é freqüentemente subestimado. Isso se deve, em parte, à dificuldade de isolar a Bordetella bronchiseptica a partir dos espécimes clínicos que em muitos casos está presente em pequeno número na cavidade nasal. Este trabalho descreve a determinação do meio de transporte mais adequado, às nossas condições, que favoreçam sua detecção da Bordetella bronchiseptica e a comparação de três meios seletivos para o seu isolamento. Também foram comparadas as sensibilidades dos meios de isolamento e da técnica de reação em cadeia pela polimerase. O meio de transporte que apresentou melhor desempenho, avaliando as temperaturas testadas (10ºC e 27ºC) em conjunto, foi o meio Amies com carvão. De acordo com os resultados obtidos e a praticidade de seu uso na rotina clínica, a temperatura de 27ºC foi a eleita para o transporte dos espécimes. Os três meios seletivos empregados para o isolamento primário de Bordetella bronchiseptica a partir de suabes nasais mostraram semelhantes capacidades de recuperação da bactéria, mas o ágar MacConkey selecionou melhor os espécimes colhidos, recuperando um número maior de colônias. Mesmo usando o meio e a temperatura de transporte mais favoráveis para o transporte de suabes nasais e o meio seletivo mais sensível determinado neste estudo, a reação em cadeia pela polimerase apresentou uma capacidade de detecção da Bordetella bronchiseptica superior a do cultivo.

Detecção de Escherichia coli, Listeria monocytogenes e Brucella sp. em queijos produzidos artesanalmente na Região Litorânea do Rio Grande do Sul

O queijo é o produto de maior importância entre os derivados do leite, pelo seu grande valor nutritivo e pelas suas características organolépticas. Na região litorânea do Rio Grande do Sul, Brasil, existe uma concentração elevada de comércio artesanal de queijo. Para a estimativa da qualidade microbiológica destes produtos, foram coletadas 80 amostras referentes a 29 bancas de estabelecimentos comerciais localizados nas rodovias RS 30 (Osório-Tramandai), RS 40 (Viamão-Pinhal) e RS 389 (Osório-Torres). Em 26% das amostras, a contagem de coliformes fecais estava acima da estabelecida pela legislação e em 32% das amostras foi possível o isolamento de E.coli., sugerindo considerável contaminação e a necessidade de orientar estes produtores para normas básicas de higiene. Foi confirmada a presença de Listeria sp. em 16% das amostras, sendo 4% L. monocytogenes. Não foram isoladas cepas de Brucella sp. As características do produto analisado como pH, atividade da água, estocagem, presença de altas contagens de microrganismos competidores, provavelmente, contribuíram significativamente para controle de Listeria sp. e Brucella sp. O presente estudo demonstra que este tipo de alimento pode tornar-se um problema de saúde pública, principalmente para os grupos de risco.

Métodos para detecção de outliers em séries de preços do índice de preços ao consumidor

Outliers são observações que parecem ser inconsistentes com as demais. Também chamadas de valores atípicos, extremos ou aberrantes, estas inconsistências podem ser causadas por mudanças de política ou crises econômicas, ondas inesperadas de frio ou calor, erros de medida ou digitação, entre outras. Outliers não são necessariamente valores incorretos, mas, quando provenientes de erros de medida ou digitação, podem distorcer os resultados de uma análise e levar o pesquisador à conclusões equivocadas. O objetivo deste trabalho é estudar e comparar diferentes métodos para detecção de anormalidades em séries de preços do Índice de Preços ao Consumidor (IPC), calculado pelo Instituto Brasileiro de Economia (IBRE) da Fundação Getulio Vargas (FGV). O IPC mede a variação dos preços de um conjunto fixo de bens e serviços componentes de despesas habituais das famílias com nível de renda situado entre 1 e 33 salários mínimos mensais e é usado principalmente como um índice de referência para avaliação do poder de compra do consumidor. Além do método utilizado atualmente no IBRE pelos analistas de preços, os métodos considerados neste estudo são: variações do Método do IBRE, Método do Boxplot, Método do Boxplot SIQR, Método do Boxplot Ajustado, Método de Cercas Resistentes, Método do Quartil, do Quartil Modificado, Método do Desvio Mediano Absoluto e Algoritmo de Tukey. Tais métodos foram aplicados em dados pertencentes aos municípios Rio de Janeiro e São Paulo. Para que se possa analisar o desempenho de cada método, é necessário conhecer os verdadeiros valores extremos antecipadamente. Portanto, neste trabalho, tal análise foi feita assumindo que os preços descartados ou alterados pelos analistas no processo de crítica são os verdadeiros outliers. O Método do IBRE é bastante correlacionado com os preços alterados ou descartados pelos analistas. Sendo assim, a suposição de que os preços alterados ou descartados pelos analistas são os verdadeiros valores extremos pode influenciar os resultados, fazendo com que o mesmo seja favorecido em comparação com os demais métodos. No entanto, desta forma, é possível computar duas medidas através das quais os métodos são avaliados. A primeira é a porcentagem de acerto do método, que informa a proporção de verdadeiros outliers detectados. A segunda é o número de falsos positivos produzidos pelo método, que informa quantos valores precisaram ser sinalizados para um verdadeiro outlier ser detectado. Quanto maior for a proporção de acerto gerada pelo método e menor for a quantidade de falsos positivos produzidos pelo mesmo, melhor é o desempenho do método. Sendo assim, foi possível construir um ranking referente ao desempenho dos métodos, identificando o melhor dentre os analisados. Para o município do Rio de Janeiro, algumas das variações do Método do IBRE apresentaram desempenhos iguais ou superiores ao do método original. Já para o município de São Paulo, o Método do IBRE apresentou o melhor desempenho. Em trabalhos futuros, espera-se testar os métodos em dados obtidos por simulação ou que constituam bases largamente utilizadas na literatura, de forma que a suposição de que os preços descartados ou alterados pelos analistas no processo de crítica são os verdadeiros outliers não interfira nos resultados.