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PURPOSE: To report the first case of choroidal schwannoma in a patient affected by PTEN hamartoma tumor syndrome (PHTS) and investigate the molecular involvement of the phosphatase and tensin homolog (PTEN) and neurofibromin 2 (NF2) genes in this rare intraocular tumor. DESIGN: Observational case report. PARTICIPANT: A 10-year-old girl diagnosed with PHTS. METHODS: The enucleated specimen underwent histologic, immunohistochemical, and transmission electronic microscopy. The expression of PTEN and NF2 and their protein products were evaluated by reverse transcription-polymerase chain reaction and immunohistochemistry. Somatic mutations of PTEN and NF2, as well as allelic loss, were investigated by direct sequencing of DNA extracted from the tumor. PTEN epigenetic silencing was investigated by pyrosequencing. MAIN OUTCOME MEASURES: Histopathologic and molecular characterization of a choroidal pigmented schwannoma. RESULTS: Histopathologic, immunohistochemical, and electron microscopic analysis demonstrated features consistent with a pigmented cellular schwannoma of the choroid. We found no loss of heterozygosity at the genomic level for the PTEN germline mutation and no promoter hypermethylation or other somatic intragenic mutations. However, we observed an approximate 40% reduction of PTEN expression at both the mRNA and the protein level, indicating that the tumor was nonetheless functionally deficient for PTEN. Although DNA sequencing of NF2 failed to identify any pathologic variants, its expression was abolished within the tumor. CONCLUSIONS: We report the first description of a pigmented choroidal schwannoma in the context of a PHTS. This rare tumor showed a unique combination of reduction of PTEN and absence of NF2 expression.
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Situados en el contexto catalán, el artículo estudia la influencia de la L1 (rumano) en algunos aspectos morfosintácticos de la adquisición de las L2s. Para ello se analizan las competencias lingüísticas en catalán y castellano de un grupo de escolares cuya L1 es el rumano y que cursan 2.º y 4.º de ESO. Los datos muestran que los alumnos cuya L1 es el rumano, a pesar de dominar una lengua románica cercana a las lenguas de aprendizaje (L2/L3), presentan dificultades comparables a otros colectivos con otras lenguasde origen. Por otra parte, nuestra investigación confirma que la L1 de este alumnado juega un importante papel en la adquisición de ambas lenguas, concluyendo que parte de los errores hallados son aquellos que se basan en estructuras de la lengua propia
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Ce travail porte sur l'étude des processus et fonctions psychiques de la création littéraire et de l'écriture dans une perspective psychanalytique, à partir d'une méthodologie de recherche qualitative exploratoire. Un premier volet de la recherche s'attache à étudier les processus et fonctions psychiques dans la création littéraire à partir de six entretiens semi-structurés avec des écrivains romands publiés. Les entretiens sont analysés en profondeur à partir de la méthodologie qualitative Interpretative Phenomenological Analysis (Smith, Flowers & Larkin, 2009). Un second volet de la recherche étudie les processus et fonctions psychiques de l'écriture dans un atelier de groupe à médiation écriture prenant place dans un Centre de Jour pour adultes, à partir de l'élaboration de deux cas. L'articulation des analyses de ces expériences d'écriture dans les deux contextes étudiés permet de mettre en évidence des enjeux de continuité/discontinuité dans le passage du premier mouvement créateur de l'écriture - le « miroir-papier » - vers le mouvement de la publication/lecture - le « miroir-lecteur ». Ces enjeux de partage invitent à penser le travail créateur de l'écriture à partir de la notion de « Moi- peau » (Anzieu, 1995) et à préciser cinq fonctions psychiques de l'écriture : transformation ; protection ; échange ; réassurance narcissique ; partage. Un accent particulier est porté sur la fonction de protection, dans la tension qu'elle entretient avec celle de transformation, au travers de la mise en évidence de six formes d'enveloppes d'écriture protectrice. Finalement, les analyses mettent en évidence la manière dont cette tension entre un investissement défensif de l'écriture et un investissement de transformation se déploie par des voies singulières en vue d'une tentative de résolution du conflit subjectif interne entre les exigences du « public intérieur » (De M'Uzan, 1964) et la rencontre avec l'objet réel. Ces pistes d'analyses permettent de préciser les modalités de contribution de l'écriture aux processus de symbolisation et d'enrichir la pratique du champ des médiations thérapeutiques de repères d'appréciation clinique. - Based on an exploratory qualitative research methodology, this work focuses on the psychical processes and functions of literary creation and writing from a psychoanalytic perspective. The first part of the research investigates psychical processes and functions in creative writing through the analysis of six semi-structured interviews with published Swiss writers. The interviews are analyzed according to the exploratory qualitative methodology Interpretative Phenomenological Analysis (Smith, Flowers & Larkin, 2009). The second area of research examines the processes of writing in the context of an art-therapy writing group that took place in an adult day center. The observations lead to the elaboration of two case studies. The joint analysis of these writing experiences highlights issues of continuity/discontinuity in passing from the first creative writing movement - the « mirror-paper » - to the final publication/reading of the work - the «mirror-reader». These issues enable us to understand the creative writing processes from the concept of the « skin-ego » (Anzieu, 1995). Five functions of writing are proposed: transformation, protection, exchange, narcissistic reassurance, and sharing. An emphasis on the tension between the protection and the transformation functions is highlighted through the identification of six forms of protective writing psychical envelopes. Finally, the analysis shows how this tension between a defensive and a transformative investment in writing takes place in an attempt to resolve the internal conflict between the « inner audience » (De M'Uzan, 1964) and the encounter with the real object. This study clarifies the way creative writing can contribute to symbolization and can enrich clinical assessment in the field of art-therapy.
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SUMMARY: We present a tool designed for visualization of large-scale genetic and genomic data exemplified by results from genome-wide association studies. This software provides an integrated framework to facilitate the interpretation of SNP association studies in genomic context. Gene annotations can be retrieved from Ensembl, linkage disequilibrium data downloaded from HapMap and custom data imported in BED or WIG format. AssociationViewer integrates functionalities that enable the aggregation or intersection of data tracks. It implements an efficient cache system and allows the display of several, very large-scale genomic datasets. AVAILABILITY: The Java code for AssociationViewer is distributed under the GNU General Public Licence and has been tested on Microsoft Windows XP, MacOSX and GNU/Linux operating systems. It is available from the SourceForge repository. This also includes Java webstart, documentation and example datafiles.
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La mort i el procés de morir són fets quotidians en les persones grans i, conseqüentment, en els centres sociosanitaris, on bona part de les persones usuàries són d’edat avançada. Tot i que es tracta d’un fenomen natural que s’inclou dins del cicle vital de les persones, en la nostra societat la mort encara provoca rebuig, por, ansietat, tristesa i inquietud. En aquest marc, les estudiants1 d’infermeria són un col·lectiu que poden patir especialment l’impacte de la mort. Primer, perquè com a membres de la societat tenen interioritzat el codi social preestablert envers aquest tema i, segon, perquè durant la seva formació estan en contacte amb persones que estan al final de la vida i poden presenciar vivències de mort. En el primer període de pràctiques dels estudis d’infermeria, les estudiants han de fer front a diverses situacions del dia a dia fins aleshores desconegudes. Els conflictes interpersonals amb l'equip de treball i la inseguretat sobre les habilitats i les competències professionals són alguns dels aspectes que acostumen a viure amb més tensió. Tot i això, el que més impacte els provoca és la cura de les persones al final de la vida. Davant d'una situació de tensió, la persona viu un component estressor, que suposa el punt d’inflexió. A partir d’aquí s’activen els components adaptatius, que és el que emocionalment fa que la persona pugui fer front a aquesta situació estressant. A més, hi ha un component de suport, que són les ajudes que té. Segons com es treballi el component adaptatiu farà que la persona reaccioni en un futur de forma més automàtica i inconscient o, al contrari, que la persona respongui de forma més conscient i intencionada. El present treball està concebut per comprendre quins elements psicosocials – components estressors i components de suport– poden afectar a les estudiants que presencien la vivència de la mort de malalts geriàtrics terminals en el primer període de pràctiques en un centre sociosanitari. S’ha dissenyat un estudi descriptiu transversal quantitatiu, de caràcter exploratori, per tal de descriure la freqüència i algunes característiques psicosocials al voltant de la mort en estudiants d'infermeria en el seu primer període de pràctiques, tant a nivell personal com a nivell professional. La mostra de l'estudi són 65 estudiants, la majoria són dones d'entre els 18 i els 29 anys –més d’un 90%–. Els resultats indiquen que un 80% dels futurs professionals estudiats han patit la mort d’alguna persona significativa al llarg de la seva vida; d'aquests, gairebé un de cada quatre presenta dol complicat. Quant a la vivència de mort en les pràctiques, el 83% l'ha experimentat. Tot i aquest elevat percentatge, no totes les experiències tenen una connotació negativa. En prop de la meitat dels casos, les morts són percebudes com una experiència enriquidora i natural. Els components estressors més impactants que les estudiants han viscut durant les pràctiques per la mort d’alguna persona malalta són: la reacció de la família del finat, el patiment que es genera al seu voltant, algun signe o símptoma físic experimentat pel malalt al final del procés, i la pròpia reacció emocional. Els components de suport expressats són: saber gestionar les pròpies emocions, tenir més formació sobre relació d’ ajuda i empatia, tenir més formació en control de símptomes i comunicació, per atendre usuaris –tant malalts com familiars- i que algú els informés i orientés en el procés. Altres resultats a tenir en compte són que la població estudiada té més preocupació o inquietud per la mort i el procés de morir de la persona estimada i menys per la pròpia mort. A més, tot i que la meitat no hagués escollit geriatria com opció a les primeres pràctiques clíniques, gairebé tot el grup estudiat ho recomanaria després d'haver viscut l'experiència. Les implicacions pràctiques d'aquest estudi porten a pensar que es pot reorientar la informació i preparació que es dóna a les estudiants d’infermeria abans del primer contacte amb la realitat dels centres sociosanitaris, així com també el paper de formació i suport que pot fer tant la persona tutora de pràctiques com les infermeres de referència dels diferents centres. En conclusió, caldria dissenyar estratègies formatives i de suport entorn a la preparació psicològica personal de l’estudiant; entorn a l’acompanyament, les cures pal·liatives i el dol; i valorar la seva eficiència en el futur.
'Toxic' and 'Nontoxic': confirming critical terminology concepts and context for clear communication
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If 'the dose makes the poison', and if the context of an exposure to a hazard shapes the risk as much as the innate character of the hazard itself, then what is 'toxic' and what is 'nontoxic'? This article is intended to help readers and communicators: anticipate that concepts such as 'toxic' and 'nontoxic' may have different meanings to different stakeholders in different contexts of general use, commerce, science, and the law; recognize specific situations in which terms and related information could potentially be misperceived or misinterpreted; evaluate the relevance, reliability, and other attributes of information for a given situation; control actions, assumptions, interpretations, conclusions, and decisions to avoid flaws and achieve a desired outcome; and confirm that the desired outcome has been achieved. To meet those objectives, we provide some examples of differing toxicology terminology concepts and contexts; a comprehensive decision-making framework for understanding and managing risk; along with a communication and education message and audience-planning matrix to support the involvement of all relevant stakeholders; a set of CLEAR-communication assessment criteria for use by both readers and communicators; example flaws in decision-making; a suite of three tools to assign relevance vs reliability, align know vs show, and refine perception vs reality aspects of information; and four steps to foster effective community involvement and support. The framework and supporting process are generally applicable to meeting any objective.
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Entrevista a Marcia J. Bates a la University od California at Los Angeles i experta en sistemes de recuperació de la Informació orientats a l'usuari i en representació del contingut i accés per matèries. Es parla de l'evolució de les tecnologies i l'automatització de tasques que requereixen la capacitat de raonament de la persona, del comportament de l'usuari quan cerca per matèries, de la formació en competències en el maneig de la informació, de la necessitat del context en la indexació i la recuperació per matèries, i l'empatia en les relacions entre bibliotecaris i usuaris.
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Proves de conversió de fòrmules matemàtiques des d'editors de text ofimàtics i des de Làtex. Visionat en HTML i MathML. El millor resultat s'aconsegueix amb MSWord+MathType i IE+MathPlayer.
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The Mont-Mort metapelites are one of the best preserved relies of the Variscan unit in the Brianconnais basement. These micaschists crystallized during a poly-phase metamorphic cycle, under amphibolite facies conditions. Mineral parageneses and geothermobarometric calculations indicate a two-stage evolution. Stage (1) (550-600 degrees C and 5-8 kbar) is documented by assemblages of zoned garnet, staurolite, kyanite(?), biotite, muscovite, quartz and pla gioclase. Stage (2) (550-600 degrees C and 2 kbar) is illustrated by assemblages of andalusite, sillimanite, muscovite, biotite. This metamorphic evolution is characterized by a nearly isothermal decompression path, terminating with the formation of andalusite-bearing veins. U-Pb monazite dates at 330 Ma and Ar-40/Ar-39 muscovite dates at 290-310 Ma (without substantial evidence of argon resetting) point to Variscan metamorphism and yield an estimate of the time interval between the thermal peak and the retrogression stage within this part of the Brianconnais basement. Restoring the Brianconnais and other Alpine basement units within an existing geodynamic model of Cordillera construction and destruction, it is possible to understand better the transition from a medium pressure/high temperature regime (collision with a peak metamorphism around 330 Ma) to low-P/high-T conditions (decompression in an extensional regime) with high geothermal gradient, as recorded by the successive Variscan parageneses within the Mont-Mort metapelites.
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The development of language proficiency extends late into childhood and includes not only producing or comprehending sounds, words and sentences, but likewise larger utterances spanning beyond sentence borders like dialogs. Dialogs consist of information units whose value constantly varies within a verbal exchange. While information is focused when introduced for the first time or corrected in order to alter the knowledge state of communication partners, the same information turns into shared knowledge during the further course of a verbal exchange. In many languages, prosodic means are used by speakers to highlight the informational value of information foci. Our study investigated the developmental pattern of event-related potentials (ERPs) in three age groups (12, 8 and 5 years) when perceiving two information focus types (news and corrections) embedded in short question-answer dialogs. The information foci contained in the answer sentences were either adequately marked by prosodic means or not. In so doing, we questioned to what extent children depend on prosodic means to recognize information foci or whether contextual means as provided by dialog questions are sufficient to guide focus processing.Only 12-year-olds yield prosody-independent ERPs when encountering new and corrective information foci, resembling previous findings in adults. Focus processing in the 8-year-olds relied upon prosodic highlighting, and differing ERP responses as a function of focus type were observed. In the 5-year-olds, merely prosody-driven ERP responses were apparent, but no distinctive ERP indicating information focus recognition. Our findings reveal substantial alterations in information focus perception throughout childhood that are likely related to long-lasting maturational changes during brain development.
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In this paper we describe the results of a simulation study performed to elucidate the robustness of the Lindstrom and Bates (1990) approximation method under non-normality of the residuals, under different situations. Concerning the fixed effects, the observed coverage probabilities and the true bias and mean square error values, show that some aspects of this inferential approach are not completely reliable. When the true distribution of the residuals is asymmetrical, the true coverage is markedly lower than the nominal one. The best results are obtained for the skew normal distribution, and not for the normal distribution. On the other hand, the results are partially reversed concerning the random effects. Soybean genotypes data are used to illustrate the methods and to motivate the simulation scenarios
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Molecular shape has long been known to be an important property for the process of molecular recognition. Previous studies postulated the existence of a drug-like shape space that could be used to artificially bias the composition of screening libraries, with the aim to increase the chance of success in Hit Identification. In this work, it was analysed to which extend this assumption holds true. Normalized Principal Moments of Inertia Ratios (NPRs) have been used to describe the molecular shape of small molecules. It was investigated, whether active molecules of diverse targets are located in preferred subspaces of the NPR shape space. Results illustrated a significantly stronger clustering than could be expected by chance, with parts of the space unlikely to be occupied by active compounds. Furthermore, a strong enrichment of elongated, rather flat shapes could be observed, while globular compounds were highly underrepresented. This was confirmed for a wide range of small molecule datasets from different origins. Active compounds exhibited a high overlap in their shape distributions across different targets, making a purely shape based discrimination very difficult. An additional perspective was provided by comparing the shapes of protein binding pockets with those of their respective ligands. Although more globular than their ligands, it was observed that binding sites shapes exhibited a similarly skewed distribution in shape space: spherical shapes were highly underrepresented. This was different for unoccupied binding pockets of smaller size. These were on the contrary identified to possess a more globular shape. The relation between shape complementarity and exhibited bioactivity was analysed; a moderate correlation between bioactivity and parameters including pocket coverage, distance in shape space, and others could be identified, which reflects the importance of shape complementarity. However, this also suggests that other aspects are of relevance for molecular recognition. A subsequent analysis assessed if and how shape and volume information retrieved from pocket or respective reference ligands could be used as a pre-filter in a virtual screening approach. ln Lead Optimization compounds need to get optimized with respect to a variety of pararneters. Here, the availability of past success stories is very valuable, as they can guide medicinal chemists during their analogue synthesis plans. However, although of tremendous interest for the public domain, so far only large corporations had the ability to mine historical knowledge in their proprietary databases. With the aim to provide such information, the SwissBioisostere database was developed and released during this thesis. This database contains information on 21,293,355 performed substructural exchanges, corresponding to 5,586,462 unique replacements that have been measured in 35,039 assays against 1,948 molecular targets representing 30 target classes, and on their impact on bioactivity . A user-friendly interface was developed that provides facile access to these data and is accessible at http//www.swissbioisostere.ch. The ChEMBL database was used as primary data source of bioactivity information. Matched molecular pairs have been identified in the extracted and cleaned data. Success-based scores were developed and integrated into the database to allow re-ranking of proposed replacements by their past outcomes. It was analysed to which degree these scores correlate with chemical similarity of the underlying fragments. An unexpectedly weak relationship was detected and further investigated. Use cases of this database were envisioned, and functionalities implemented accordingly: replacement outcomes are aggregatable at the assay level, and it was shawn that an aggregation at the target or target class level could also be performed, but should be accompanied by a careful case-by-case assessment. It was furthermore observed that replacement success depends on the activity of the starting compound A within a matched molecular pair A-B. With increasing potency the probability to lose bioactivity through any substructural exchange was significantly higher than in low affine binders. A potential existence of a publication bias could be refuted. Furthermore, often performed medicinal chemistry strategies for structure-activity-relationship exploration were analysed using the acquired data. Finally, data originating from pharmaceutical companies were compared with those reported in the literature. It could be seen that industrial medicinal chemistry can access replacement information not available in the public domain. In contrast, a large amount of often-performed replacements within companies could also be identified in literature data. Preferences for particular replacements differed between these two sources. The value of combining different endpoints in an evaluation of molecular replacements was investigated. The performed studies highlighted furthermore that there seem to exist no universal substructural replacement that always retains bioactivity irrespective of the biological environment. A generalization of bioisosteric replacements seems therefore not possible. - La forme tridimensionnelle des molécules a depuis longtemps été reconnue comme une propriété importante pour le processus de reconnaissance moléculaire. Des études antérieures ont postulé que les médicaments occupent préférentiellement un sous-ensemble de l'espace des formes des molécules. Ce sous-ensemble pourrait être utilisé pour biaiser la composition de chimiothèques à cribler, dans le but d'augmenter les chances d'identifier des Hits. L'analyse et la validation de cette assertion fait l'objet de cette première partie. Les Ratios de Moments Principaux d'Inertie Normalisés (RPN) ont été utilisés pour décrire la forme tridimensionnelle de petites molécules de type médicament. Il a été étudié si les molécules actives sur des cibles différentes se co-localisaient dans des sous-espaces privilégiés de l'espace des formes. Les résultats montrent des regroupements de molécules incompatibles avec une répartition aléatoire, avec certaines parties de l'espace peu susceptibles d'être occupées par des composés actifs. Par ailleurs, un fort enrichissement en formes allongées et plutôt plates a pu être observé, tandis que les composés globulaires étaient fortement sous-représentés. Cela a été confirmé pour un large ensemble de compilations de molécules d'origines différentes. Les distributions de forme des molécules actives sur des cibles différentes se recoupent largement, rendant une discrimination fondée uniquement sur la forme très difficile. Une perspective supplémentaire a été ajoutée par la comparaison des formes des ligands avec celles de leurs sites de liaison (poches) dans leurs protéines respectives. Bien que plus globulaires que leurs ligands, il a été observé que les formes des poches présentent une distribution dans l'espace des formes avec le même type d'asymétrie que celle observée pour les ligands: les formes sphériques sont fortement sous représentées. Un résultat différent a été obtenu pour les poches de plus petite taille et cristallisées sans ligand: elles possédaient une forme plus globulaire. La relation entre complémentarité de forme et bioactivité a été également analysée; une corrélation modérée entre bioactivité et des paramètres tels que remplissage de poche, distance dans l'espace des formes, ainsi que d'autres, a pu être identifiée. Ceci reflète l'importance de la complémentarité des formes, mais aussi l'implication d'autres facteurs. Une analyse ultérieure a évalué si et comment la forme et le volume d'une poche ou de ses ligands de référence pouvaient être utilisés comme un pré-filtre dans une approche de criblage virtuel. Durant l'optimisation d'un Lead, de nombreux paramètres doivent être optimisés simultanément. Dans ce contexte, la disponibilité d'exemples d'optimisations réussies est précieuse, car ils peuvent orienter les chimistes médicinaux dans leurs plans de synthèse par analogie. Cependant, bien que d'un extrême intérêt pour les chercheurs dans le domaine public, seules les grandes sociétés pharmaceutiques avaient jusqu'à présent la capacité d'exploiter de telles connaissances au sein de leurs bases de données internes. Dans le but de remédier à cette limitation, la base de données SwissBioisostere a été élaborée et publiée dans le domaine public au cours de cette thèse. Cette base de données contient des informations sur 21 293 355 échanges sous-structuraux observés, correspondant à 5 586 462 remplacements uniques mesurés dans 35 039 tests contre 1948 cibles représentant 30 familles, ainsi que sur leur impact sur la bioactivité. Une interface a été développée pour permettre un accès facile à ces données, accessible à http:/ /www.swissbioisostere.ch. La base de données ChEMBL a été utilisée comme source de données de bioactivité. Une version modifiée de l'algorithme de Hussain et Rea a été implémentée pour identifier les Matched Molecular Pairs (MMP) dans les données préparées au préalable. Des scores de succès ont été développés et intégrés dans la base de données pour permettre un reclassement des remplacements proposés selon leurs résultats précédemment observés. La corrélation entre ces scores et la similarité chimique des fragments correspondants a été étudiée. Une corrélation plus faible qu'attendue a été détectée et analysée. Différents cas d'utilisation de cette base de données ont été envisagés, et les fonctionnalités correspondantes implémentées: l'agrégation des résultats de remplacement est effectuée au niveau de chaque test, et il a été montré qu'elle pourrait également être effectuée au niveau de la cible ou de la classe de cible, sous réserve d'une analyse au cas par cas. Il a en outre été constaté que le succès d'un remplacement dépend de l'activité du composé A au sein d'une paire A-B. Il a été montré que la probabilité de perdre la bioactivité à la suite d'un remplacement moléculaire quelconque est plus importante au sein des molécules les plus actives que chez les molécules de plus faible activité. L'existence potentielle d'un biais lié au processus de publication par articles a pu être réfutée. En outre, les stratégies fréquentes de chimie médicinale pour l'exploration des relations structure-activité ont été analysées à l'aide des données acquises. Enfin, les données provenant des compagnies pharmaceutiques ont été comparées à celles reportées dans la littérature. Il a pu être constaté que les chimistes médicinaux dans l'industrie peuvent accéder à des remplacements qui ne sont pas disponibles dans le domaine public. Par contre, un grand nombre de remplacements fréquemment observés dans les données de l'industrie ont également pu être identifiés dans les données de la littérature. Les préférences pour certains remplacements particuliers diffèrent entre ces deux sources. L'intérêt d'évaluer les remplacements moléculaires simultanément selon plusieurs paramètres (bioactivité et stabilité métabolique par ex.) a aussi été étudié. Les études réalisées ont souligné qu'il semble n'exister aucun remplacement sous-structural universel qui conserve toujours la bioactivité quel que soit le contexte biologique. Une généralisation des remplacements bioisostériques ne semble donc pas possible.