Establishing a Robust In Vitro Embryonic Stem Cell Differentiation Assay to Monitor the Hematopoietic Potential of DELES Clones

Afin d’effectuer des études fonctionnelles sur le génome de la souris, notre laboratoire a généré une bibliothèque de clones de cellules souches embryonnaires (ESC) présentant des suppressions chromosomiques chevauchantes aléatoires – la bibliothèque DELES. Cette bibliothèque contient des délétions couvrant environ 25% du génome murin. Dans le laboratoire, nous comptons identifier de nouveaux déterminants du destin des cellules hématopoïétiques en utilisant cet outil. Un crible primaire utilisant la benzidine pour démontrer la présence d'hémoglobine dans des corps embryoïdes (EBS) a permis d’identifier plusieurs clones délétés présentant un phénotype hématopoïétique anormal. Comme cet essai ne vérifie que la présence d'hémoglobine, le but de mon projet est d'établir un essai in vitro de différenciation des ESC permettant de mesurer le potentiel hématopoïétique de clones DELES. Mon hypothèse est que l’essai de différenciation hématopoïétique publié par le Dr Keller peut être importé dans notre laboratoire et utilisé pour étudier l'engagement hématopoïétique des clones DELES. À l’aide d’essais de RT-QPCR et de FACS, j’ai pu contrôler la cinétique de différenciation hématopoïétique en suivant l’expression des gènes hématopoïétiques et des marqueurs de surface comme CD41, c-kit, RUNX1, GATA2, CD45, β-globine 1 et TER-119. Cet essai sera utilisé pour valider le potentiel hématopoïétique des clones DELES candidats identifiés dans le crible principal. Mon projet secondaire vise à utiliser la même stratégie rétro-virale a base de Cre-loxP utilisée pour générer la bibliothèque DELES pour générer une bibliothèque de cellules KBM-7 contenant des suppressions chromosomiques chevauchantes. Mon but ici est de tester si la lignée cellulaire leuémique humaine presque haploïde KBM-7 peut être exploitée en utilisant l'approche DELES pour créer cette bibliothèque. La bibliothèque de clones KBM-7 servira à définir les activités moléculaires de drogues anti-leucémiques potentielless que nous avons identifiées dans le laboratoire parce qu’elles inhibent la croissance cellulaire dans plusieurs échantillons de leucémie myéloïde aiguë dérivés de patients. Elle me permettra également d'identifier les voies de signalisation moléculaires qui, lorsque génétiquement perturbées, peuvent conférer une résistance à ces drogues.

A Rapid FACS-Based Strategy to Isolate Human Gene Knockin and Knockout Clones

Gene targeting protocols for mammalian cells remain inefficient and labor intensive. Here we describe FASTarget, a rapid, fluorescent cell sorting based strategy to isolate rare gene targeting events in human somatic cells. A fluorescent protein is used as a means for direct selection of targeted clones obviating the need for selection and outgrowth of drug resistant clones. Importantly, the use of a promoter-less, ATG-less construct greatly facilitates the recovery of correctly targeted cells. Using this method we report successful gene targeting in up to 94% of recovered human somatic cell clones. We create functional EYFP-tagged knockin clones in both transformed and non-transformed human somatic cell lines providing a valuable tool for mammalian cell biology. We further demonstrate the use of this technology to create gene knockouts. Using this generally applicable strategy we can recover gene targeted clones within approximately one month from DNA construct delivery to obtaining targeted monoclonal cell lines.

Descriptive catalog of Hemerocallis clones, 1893-1948,

"Sponsored by the American Plant Life Society and the Hemerocallis Society."

Gingerol content of diploid and tetraploid clones of ginger (Zingiber officinale Roscoe)

Ginger (Zingiber officinale, Roscoe), a monocotyledonous, sterile cultigen, is widely used as a spice, flavoring agent, and herbal medicine. The pungency of fresh ginger is due to a series of homologous phenolic ketones of which [6]-gingerol is the major one. The gingerols are thermally unstable and can be converted to their corresponding shogaols, which are present in dried ginger, Fresh rhizomes of 17 clones of Australian ginger, including commercial cultivars and experimental tetraploid clones, were assayed by HPLC for gingerols and shogaols. [6]-Gingerol was identified as the major pungent phenolic compound in all samples, while [8]- and [10]-gingerol occurred in lower concentrations. One cultivar known as Jamaican contained the highest concentrations of all three gingerols and was the most pungent of the clones analyzed. Gingerols were stable in ethanolic solution over a 5-month period when stored at 4 degrees C. Shogaols were not identified in the extracts prepared from fresh rhizomes at ambient temperature, confirming that these compounds are not native constituents of fresh ginger, In contrast to previous findings, this study did not find significant differences in gingerol concentrations between the tetraploid clones and their parent diploid cultivar.

Essential oil composition of diploid and tetraploid clones of ginger (Zingiber officinale roscoe) grown in Australia

Ginger oil, obtained by steam distillation of the rhizome of Zingiber officinale Roscoe, is used in the beverage and fragrance industries. Ginger oil displays considerable compositional diversity, but is typically characterized by a high content of sesquiterpene hydrocarbons, including zingiberene, arcurcumene, beta-bisabolene, and beta-sesquiphellandrene. Australian ginger oil has a reputation for possessing a particular lemony aroma, due to its high content of the isomers neral and geranial, often collectively referred to as citral. Fresh rhizomes of 17 clones of Australian ginger, including commercial cultivars and experimental tetraploid clones, were steam distilled 7 weeks post-harvest, and the resulting oils were analyzed by GC-MS. The essential oils of 16 of the 17 clones, including the tetraploid clones and their parent cultivar, were found to be of substantially similar composition. These oils were characterized by very high citral levels (51-71%) and relatively low levels of the sesquiterpene hydrocarbons typical of ginger oil. The citral levels of most of these oils exceeded those previously reported for ginger oils. The neral-to-geranial ratio was shown to be remarkably constant (0.61 +/- 0.01) across all 17 clones. One clone, the cultivar Jamaican, yielded oil with a substantially different composition, lower citral content and higher levels of sesquiterpene hydrocarbons. Because this cultivar also contains significantly higher concentrations of pungent gingerols, it possesses unique aroma and flavor characteristics, which should be of commercial interest.

An outbreak of Serratia marcescens on the neonatal unit:a tale of two clones

Serratia spp. are an important cause of hospital-acquired infections and outbreaks in high-risk settings. Twenty-one patients were infected or colonized over a nine-month period during 2001-2002 on a neonatal unit. Twenty-two isolates collected were examined for antibiotic susceptibility, β-lactamase production and genotype. Random-amplified polymorphic DNA polymerase chain reaction and pulsed-field gel electrophoresis revealed that two clones were present. The first clone caused invasive clinical infection in four babies, and was subsequently replaced by a non-invasive clone that affected 14 babies. Phenotypically, the two strains also differed in their prodigiosin production; the first strain was non-pigmented whereas the second strain displayed pink-red pigmentation. Clinical features suggested a difference in their pathogenicity. No environmental source was found. The outbreak terminated following enhanced compliance with infection control measures and a change of antibiotic policy. Although S. marcescens continued to be isolated occasionally for another five months of follow-up, these were sporadic isolates with distinct molecular typing patterns. © 2005 The Hospital Infection Society.

CRESCIMENTO INICIAL E CONCENTRAÇÃO DE NUTRIENTES EM CLONES DE Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis SOB INTERFERÊNCIA DE PLANTAS DANINHAS

A presença de plantas daninhas em plantios de eucalipto, especialmente nos dois primeiros anos, pode acarretar grandes prejuízos à produtividade, pois reduz a eficiência de aproveitamento dos recursos de crescimento pela cultura. Assim, objetivou-se com este trabalho avaliar os efeitos da interferência de plantas daninhas sobre o crescimento inicial de dois clones de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis e a concentração foliar de nutrientes na cultura e nas plantas daninhas. O experimento foi instalado em esquema fatorial 2 x 5 + 7, sendo dois clones de híbridos de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis, identificados como CNB001 e CNB016, em competição com cinco plantas daninhas Urochloa decumbens (capim-braquiária), Ipomoea nil (corda-de-viola), Commelina diffusa (trapoeraba), Spermacoce latifolia (erva-quente) e Panicum maximum (capim-colonião). Adicionalmente, foram cultivados os dois clones de eucalipto e as cinco plantas daninhas em monocultivo como padrão de comparação, no delineamento inteiramente casualizado, com quatro repetições. Foram avaliados eucalipto através da altura de plantas, o diâmetro do coleto, o número de ramos, a área foliar, a matéria seca e, o teor foliar de nutrientes do eucalipto, bem como o teor de nutrientes nas folhas das plantas daninhas. O clone CNB001 apresentou crescimento inicial superior ao clone CNB016, no entanto, livre da interferência de plantas daninhas, verificaram-se teores foliares semelhantes para a maioria dos nutrientes em ambos os genótipos. O clone CNB016 mostrou maior sensibilidade à interferência negativa das plantas daninhas que o clone CNB001, sendo seu crescimento inicial mais afetado por Ipomoea nil e a concentração de nutrientes reduzida pelas espécies Panicum maximum, Urochloa decumbens e Commelina diffusa. Panicum maximum apresentou maior interferência com o clone CNB001, enquanto Ipomoea nil pouco influenciou o crescimento e o teor de nutrientes deste híbrido. As plantas daninhas apresentaram elevada capacidade de extrair nutrientes do solo, mesmo em convivência com os clones de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis. A interferência imposta à cultura é dependente da espécie infestante e do genótipo de eucalipto.

MULTIPLICAÇÃO E ALONGAMENTO IN VITRO DE CLONES HÍBRIDOS DE Eucalyptus globulus

Os híbridos de Eucalyptus globulus representam uma excelente alternativa para o setor de celulose e papel, em razão dos ganhos em qualidade da madeira para a fabricação de celulose. Entretanto, estes híbridos têm apresentado recalcitrância ao enraizamento adventício. Assim, a micropropagação é apontada como a técnica para o rejuvenescimento desses híbridos adultos, viabilizando a propagação clonal dos mesmos. O presente trabalho avaliou o cultivo in vitro de três clones de Eucalyptus grandis x Eucalyptus globulus e de três clones de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus globulus, em relação à multiplicação in vitro, no meio MS suplementado com 0,5 mg L-1 de BAP e 0,01 mg L-1 de ANA, bem como o efeito das concentrações de 0,25; 0,50; 0,75 e 1,0 mg L-1 de AIB e dos meios de cultura MS e JADS no alongamento in vitro das brotações. Os clones diferiram quanto à multiplicação in vitro das brotações e apresentaram uma taxa de multiplicação média dos clones de 3,0 tufos de brotações em cada subcultivo, ao longo dos 25 subcultivos realizados. No alongamento in vitro, os clones diferiram quanto às concentrações de AIB adequadas para provocar o alongamento, bem como em relação aos meios de cultura MS e JADS. O intervalo médio entre 0,40 e 0,80 mg L-1 de AIB proporcionou o maior número e comprimento das brotações alongadas in vitro e com maior vigor.

Pesquisa de clones de hemoglobinúria paroxística noturna em medula óssea de síndromes mielodisplásicas

A Hemoglobinúria paroxística noturna (HPN) é uma doença clonal da célula mãe hematopoiética pluripotente, que origina um clone de células que adquirem uma mutação somática no gene PIG-A, condicionando assim a expressão de proteínas ancoradas à membrana através do GPI (Glicosil- Fosfatidil-Inositol). A presença de clones de HPN em síndromes mielodisplásicas (SMD) demonstrou ter implicações no prognóstico e terapêutica. Com o presente trabalho pretendeu-se contribuir para o melhor conhecimento da frequência de casos HPN em amostras de medula óssea com suspeita de SMD e que a frequência encontrada nas células de linha a neutrófilo, monocítica e eritróide no último estádio da maturação na medula óssea (MO) é similar à observada nas células da mesma linha no sangue periférico (SP). O estudo fenotípico foi realizado em 826 amostras de MO com suspeita de SMD e com rasgos fenotípicos sugestivos desta entidade por citometria de fluxo, de acordo com o painel EUROFLOW para diagnóstico de SMD, para estudo da maturação da linha a Neutrófilo, linha a Monócito, e Eritróide. Nas 826 amostras de MO detetaram-se 7 casos com presença de clones HPN, o que corresponde a uma frequência de 0.8%. A percentagem de células HPN, determinada simultaneamente no SP e na MO, foi idêntica nas 3 linhas hematopoiéticas estudadas. Verificou-se, ainda, que a expressão de IREM-2 no clone maduro normal e no clone HPN nos monócitos, em SP e MO, encontrava-se estatisticamente diminuída no clone HPN. Os resultados do presente estudo indicam uma menor incidência de clones HPN em SMD comparativamente com outros estudos prévios e que é válida a sua determinação em amostras de aspirados de medula óssea. Verificaram-se diferenças claras na expressão de IREM-2 entre clone HPN e células normais da linha monocítica, o que sugere que este possa ser uma proteína ancorada por GPI.

Potencial produtivo de dois clones com aptidão à fritura.

2015

Caracteres de produção, peso específico e aparência de tubérculos de clones avançados de batata.

2015

Potencial produtivo e peso específico de clones de batata coloridos.

2015

Leaf anatomy of rubber-tree clones

A seringueira é uma planta de fácil reconhecimento por ser lenhosa, de porte mediano a grande, que apresenta um padrão característico de desfolha e reenfolhamento e, sobretudo, pela produção de látex. O objetivo do trabalho foi efetuar um estudo anatômico e morfológico foliar, comparando os clones RRIM 600 e GT 1 de seringueira &91;Hevea brasiliensis (Wild. ex Adr. de Juss.) Muell.- Arg&93;, desenvolvidos sob as mesmas condições edáficas e climáticas, para obtenção de informações que possam fornecer subsídios para correlações com dados fisiológicos e também diferenciar os clones em relação ao conteúdo de fibras, espessamento de tecidos do parênquima paliçádico e do parênquima lacunoso, caracterização anatômica do pecíolo, número e tamanho de estômatos e fornecer dados referentes a morfologia foliolar. Foram realizadas secções transversais na região do mesófilo, nervura central e pecíolo, seguindo-se os métodos usuais de preparação de lâminas permanentes. Foram realizadas análises biométricas de extensões de tecidos dos parênquimas paliçádico e lacunoso e contagem do número de células do parênquima lacunoso. Paralelamente foram realizadas análises biométricas para aferições de estômatos. Não houve diferenças para a altura das células epidérmicas, altura e número de camadas do parênquima lacunoso e para o comprimento e para a maior largura do limbo foliolar. Porém houve variação para a espessura das células do parênquima paliçádico, sendo que GT 1 apresentou maior espessura em relação a RRIM 600. GT1 apresentou maior número de estômatos em relação a RRIM 600, porém com menor tamanho. GT1 apresentou maior diâmetro da nervura central da folha e do pecíolo e maior quantidade de fibras de esclerênquima que RRIM 600.

Juvenile-mature genetic correlations in Pinus taeda clones propagated via somatic embryogenesis.

Objetivou-se com o presente trabalho, estimar a correlação genética entre idades de seleção (juvenil-adulta) e eficiência da seleção precoce para as características altura, diâmetro e volume de indivíduos de famílias de Pinus taeda propagados via embriogênese somática. O estudo foi realizado por meio de análise genético-estatística pelo procedimento de estimação de componentes de variância (Reml) e de predição de valores genéticos (Blup), usando-se o software Selegen-Reml/Blup. As correlações genéticas entre idades juvenis e idade de rotação foram realizadas aplicando o modelo linear desenvolvido por Lambeth (1980). Segundo os resultados do modelo estabelecido, a seleção precoce pode ser realizada em clones de Pinus taeda com alta eficiência de seleção. As idades de 4 a 6 anos são suficientes para selecionar clones de Pinus taeda propagados via embriogênese somática para colheita aos 8 e 12 anos e, as idades de 6 a 10 anos são suficientes para selecionar para colheita aos 20 anos. De acordo com as estimativas de correlação genotípicaa partir dos ambientes, a seleção de clones de Pinus taeda propagados via embriogênese somática deve ser praticada de forma específica para cada ambiente. Pode-se realizar a seleção de clones considerando o diâmetro, visto a alta correlação observada entre volume e diâmetro.

Seven Ulmus minor clones tolerant to Ophiostoma novo-ulmi registered as forest reproductive material in Spain

The Spanish elm programme began in 1986 in response to the devastating impact of Dutch elm disease on natural elm stands and urban trees. Its main objectives were to conserve remaining genetic resources and select and breed tolerant native elm genotypes. After 27 years of work conducting susceptibility trials on thousands of elm genotypes, the first seven tolerant Ulmus minor trees are now being registered by the Spanish Environmental Administration. This paper presents the results of the susceptibility tests on these clones and their distinctive genetic, morphological and phenological features. In all susceptibility trials the commercial ?Sapporo Autumn Gold? clone, which is highly tolerant to O. novo-ulmi, was used as a control. The registered clones were named ?Ademuz?, ?Dehesa de la Villa?, ?Majadahonda?, ?Toledo?, ?Dehesa de Amaniel?, ?Retiro? and ?Fuente Umbría?. The most tolerant clone was ?Dehesa de Amaniel?, as its wilting values were below 5% during the two consecutive inoculation trials performed in Madrid. ?Fuente Umbría?, tested over four consecutive years in Guadalajara and Palencia, was the Spanish clone with the most reliable tolerance level to O. novo-ulmi. The ?Ademuz? and ?Majadahonda? clones had the highest ornamental scores and are promising trees for use in urban environments and tree breeding for ornamental quality. These two genotypes showed a later bud burst phenology than the other U. minor clones, demonstrating suitability to areas with late frost events. The Spanish programme aims to substantially increase the range of tolerant native elms through new selections and crossings to gain a better understanding of the genetic basis of resistance.