Molecular genetics of charcot-marie-tooth disease: from genes to genomes.

Charcot-Marie-Tooth disease (CMT) is a heterogeneous group of disorders of the peripheral nervous system, mainly characterized by distal muscle weakness and atrophy leading to motor handicap. With an estimated prevalence of 1 in 2,500, this condition is one of the most commonly inherited neurological disorders. Mutations in more than 30 genes affecting glial and/or neuronal functions have been associated with different forms of CMT leading to a substantial improvement in diagnostics of the disease and in the understanding of implicated pathophysiological mechanisms. However, recent data from systematic genetic screening performed in large cohorts of CMT patients indicated that molecular diagnosis could be established only in ∼50-70% of them, suggesting that additional genes are involved in this disease. In addition to providing an overview of genetic and functional data concerning various CMT forms, this review focuses on recent data generated through the use of highly parallel genetic technologies (SNP chips, sequence capture and next-generation DNA sequencing) in CMT families, and the current and future impact of these technologies on gene discovery and diagnostics of CMTs.

Fried potatoes and human cancer.

A considerable public concern about cancer risk from acrylamide-rich foods followed the announcement that high concentrations of acrylamide are found in fried potatoes and potato chips and, more generally, in starch-containing foods cooked at high temperatures. From a series of hospital-based case-control studies conducted in Italy and Switzerland between 1991 and 2000, we have analyzed the relation between intake of fried/baked potatoes and cancer risk. The cancer sites considered were oral cavity and pharynx (749 cases, 1772 controls), esophagus (395 cases, 1066 controls), larynx (527 cases, 1297 controls), large bowel (1225 colon and 728 rectum cases, 4154 controls), breast (2569 cases, 2588 controls) and ovary (1031 cases, 2411 controls). All cancer cases were incident and histologically confirmed. Controls were subjects admitted to the same network of hospitals of cases for acute, non-neoplastic conditions. All the odds ratios (OR) for the highest vs. the lowest tertile of intake ranged between 0.8-1.1. We found no evidence of interaction with age, gender, alcohol and tobacco use. Our data provide reassuring evidence for the lack of an important association between consumption of fried/baked potatoes and cancer risk.

Relatório de Estimativa da Produção Agro - Pecuário - 2013

Este relatório apresenta a estimativa da produção agropecuária relativamente ao ano 2013. São apresentadas as estimativas de produção de (i) Hortícolas; (ii) Raízes e Tubérculos; (iii) Frutas; (iv) Culturas de Renda; (v) Culturas de Sequeiro; (vi) Produtos Pecuários; e (vii) Produtos Silvícolas. Tem havido grande aumento na produção de hortícolas ao longo dos últimos anos graças às tecnologias mais produtivas, introduzidas na horticultura, nomeadamente: a adopção massiva de novas tecnologias de rega, a ampla utilização de sementes híbridas, o aumento do número de estufas e sistemas hidropónicos instalados, entre outras. Estas tecnologias, conjuntamente com o aumento na disponibilidade de água, têm contribuído para o aumento da produção e para o abastecimento do mercado de forma mais regular, com produtos mais diversificados e de maior qualidade. As estimativas de produção referentes aos últimos 5 anos apontam para uma média à volta de 47.000 toneladas de hortícolas produzidas anualmente, sendo a produção de 2013 estimada em 51.265 toneladas, correspondendo a um aumento de 5% relativamente à produção estimada para 2012. A produção de raízes e tubérculos tem também aumentado consideravelmente. A produção de 2013 é estimada em 27.163 toneladas, equivalente a um aumento de cerca de 25% relativamente ao ano anterior. Refira-se que a importação de raízes e tubérculos nos últimos 5 anos, que se restringe quase que exclusivamente à batata comum, tem registado uma tendência decrescente. Segundo os dados divulgados pelo INE, de 2009 a 2013 a importação de batata comum (fresca) desceu de 9.032 toneladas, em 2009, para 5.238 toneladas, em 2013, ou seja uma diminuição de 42%. Outro dado digno de destaque é a descida contínua no preço médio anual tanto da mandioca como da batata-doce, no mercado nacional, nos últimos 5 anos, embora este último tenha aumentado ligeiramente em 2013.A produção de frutas em 2013 foi estimada à volta de 17.000 toneladas, correspondendo a um aumento de cerca de 4% em relação ao ano precedente. A introdução das culturas de banana “in vitro” a partir de 2009, a introdução de novas tecnologias de rega, novas variedades de papaia e manga bem como o aumento da área cultivada destas frutas em pomar, e o número de plantas fixadas de outras espécies fruteiras, apontam para um acréscimo significativo da produção frutícola nos últimos anos. As intervenções levadas a cabo neste subsector ao longo dos anos têm sido refletidas claramente nas quantidades disponíveis no mercado bem como na baixa dos preços que se tem verificado, principalmente no que diz respeito à banana e à papaia, embora esta última tenha registado uma ligeira subida no preço médio em 2013 (1,27%). Não se faz importação de banana desde 2009, inclusive; a importação de papaia, embora apresentando algumas oscilações, baixou consideravelmente no período 2009 a 2011, voltando porém a subir em 2012 e novamente em 2013, de forma acentuada; a importação de manga também apresenta flutuações, tendo aumentado em 2012 e em 2013. Contudo, as quantidades importadas de papaia e manga são muito reduzidas (48 toneladas e 44 toneladas, respetivamente, em 2013), representando apenas uma ínfima percentagem da oferta total destas frutas ao nível nacional (apenas 1,4% e 2%, respectivamente). Dos contactos que a DSEGI fez as empresas importadoras de manga e papaia obtivemos informação que as mesmas, estão localizadas nas ilhas do Sal e da Boa Vista e, que a quantidade importada se justifica pelo facto, de não existir uma rede de transportes permanente, capaz de dar resposta as necessidades das ilhas turísticas, no que respeita ao escoamento dos produtos, das ilhas de maior produção para as de fraca produção. Entretanto, graças às melhorias registadas na produção hortofrutícola, tem-se verificado que a produção nacional vem conquistando paulatinamente o mercado turístico, tendo as vendas aos hotéis aumentado cerca de dez vezes mais, no período de 2010 a 2013, passando de 57 toneladas para 608 toneladas. Outros produtos como ovos e queijos vêm igualmente conquistando esse mercado, não obstante os problemas de transporte inter-ilhas que continuam constituindo um entrave no escoamento dos produtos agrícolas entre as ilhas. No que toca às culturas de renda, as estimativas da produção anual de uvas apontam para sucessivos aumentos, tendo atingido 346 toneladas em 2013, na maioria destinada à produção de vinhos. A produção de café sofreu uma diminuição em 2013, à volta de 30%, relacionada com a problemática da safra/contrassafra. A produção estimada de cana-de-açúcar manteve-se estável em 28.375 toneladas. Os produtos tradicionais de sequeiro, milho e feijões, dependentes da aleatoriedade das chuvas, sofreram um ligeiro decréscimo em 3013, respetivamente 3,6% e 0,1%. Os produtos pecuários cujas estimativas de produção baseiam-se em dados que carecem de atualização (dados sobre o número de efectivos que remontam ao RGA 2004, e coeficientes zootécnicos provenientes do Plano Director da Pecuária), apresentam ligeiros aumentos na produção estimada para 2013, com excepção da produção de ovos em que os dados fornecidos pelos produtores indicam uma ligeira diminuição à volta de 3% (alguns produtores justificam a diminuição da produção pela falta de transportes inter-ilhas). A seguir se apresenta um resumo dos resultados da estimativa de produção 2013.

Chronic wound healing by fetal cell therapy may be explained by differential gene profiling observed in fetal versus old skin cells.

Engineering of fetal tissue has a high potential for the treatment of acute and chronic wounds of the skin in humans as these cells have high expansion capacity under simple culture conditions and one organ donation can produce Master Cell Banks which can fabricate over 900 million biological bandages (9 x 12cm). In a Phase 1 clinical safety study, cases are presented for the treatment of therapy resistant leg ulcers. All eight patients, representing 13 ulcers, tolerated multiple treatments with fetal biological bandages showing no negative secondary effects and repair processes similar to that seen in 3rd degree burns. Differential gene profiling using Affymetrix gene chips (analyzing 12,500 genes) were accomplished on these banked fetal dermal skin cells compared to banked dermal skin cells of an aged donor in order to point to potential indicators of wound healing. Families of genes involved in cell adhesion and extracellular matrix, cell cycle, cellular signaling, development and immune response show significant differences in regulation between banked fetal and those from banked old skin cells: with approximately 47.0% of genes over-expressed in fetal fibroblasts. It is perhaps these differences which contribute to efficient tissue repair seen in the clinic with fetal cell therapy.

Eficiência simbiótica de fungos micorrízicos arbusculares em solo não fumigado, para mamoeiro

Para que os fungos micorrízicos arbusculares (FMA) possam ser utilizados em um programa de inoculação, é necessário que sejam capazes de apresentar eficiência simbiótica em solo que contenha populações indígenas de FMA. Com o objetivo de avaliar a eficiência simbiótica e o potencial de inoculação de fungos MA em solo não fumigado, para o mamoeiro, foi desenvolvido um experimento em condições de casa de vegetação da Embrapa Mandioca e Fruticultura, Cruz das Almas (BA), utilizando a variedade de mamoeiro Tainung nº 1. Utilizou-se amostra de um Latossolo Amarelo álico que continha 3 mg dm-3 de P disponível e que recebeu doses crescentes de P (0, 20, 40, 80 e 140 mg dm-3), combinadas com inoculação de três espécies previamente selecionadas e três isolados nativos de FMA, obtidos de agrossistema de mamoeiro. As plantas foram inoculadas com solo-inóculo no ato da repicagem e cultivadas por 50 dias, quando se determinaram a colonização, matéria seca da parte aérea e teores de nutrientes nas plantas. Todos os fungos inoculados apresentaram eficiência simbiótica em solo não fumigado, destacando-se Glomus clarum, Gigaspora margarita e isolado 29 (Gigaspora sp.), que apresentaram eficiência alta. Os isolados nativos foram mais eficientes em doses mais elevadas de fósforo no solo; a eficiência esteve relacionada com a absorção de fósforo e potássio. Os fungos previamente selecionados em solo fumigado foram também eficientes em solo que continha população indígena de FMA, portanto, validando este procedimento.

Developmental and Environmental Regulation of Aquaporin Gene Expression across Populus Species: Divergence or Redundancy?

Aquaporins (AQPs) are membrane channels belonging to the major intrinsic proteins family and are known for their ability to facilitate water movement. While in Populus trichocarpa, AQP proteins form a large family encompassing fifty-five genes, most of the experimental work focused on a few genes or subfamilies. The current work was undertaken to develop a comprehensive picture of the whole AQP gene family in Populus species by delineating gene expression domain and distinguishing responsiveness to developmental and environmental cues. Since duplication events amplified the poplar AQP family, we addressed the question of expression redundancy between gene duplicates. On these purposes, we carried a meta-analysis of all publicly available Affymetrix experiments. Our in-silico strategy controlled for previously identified biases in cross-species transcriptomics, a necessary step for any comparative transcriptomics based on multispecies design chips. Three poplar AQPs were not supported by any expression data, even in a large collection of situations (abiotic and biotic constraints, temporal oscillations and mutants). The expression of 11 AQPs was never or poorly regulated whatever the wideness of their expression domain and their expression level. Our work highlighted that PtTIP1;4 was the most responsive gene of the AQP family. A high functional divergence between gene duplicates was detected across species and in response to tested cues, except for the root-expressed PtTIP2;3/PtTIP2;4 pair exhibiting 80% convergent responses. Our meta-analysis assessed key features of aquaporin expression which had remained hidden in single experiments, such as expression wideness, response specificity and genotype and environment interactions. By consolidating expression profiles using independent experimental series, we showed that the large expansion of AQP family in poplar was accompanied with a strong divergence of gene expression, even if some cases of functional redundancy could be suspected.

Efeitos de sistemas de preparo nas propriedades físicas de um Latossolo Vermelho distrófico

Os sistemas de preparo do solo e o manejo dos resíduos culturais assumem fundamental importância para a sustentabilidade dos sistemas de produção de mandioca nos solos de textura média a arenosa da região Noroeste do Estado do Paraná. O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de diferentes sistemas de preparo utilizados para o plantio da cultura da mandioca, em algumas propriedades físicas de um Latossolo Vermelho distrófico. Os tratamentos utilizados foram: plantio sem revolvimento do solo (PSR), preparo mínimo com escarificação (PM) e preparo convencional com aração e gradagem (PC). Nas camadas de 0-0,15 e 0,15-0,30 m, foram avaliadas as seguintes propriedades físicas: a densidade do solo (Ds), a curva de retenção de água no solo, a curva de resistência do solo à penetração e o intervalo hídrico ótimo (IHO). Nos sistemas de preparo com reduzida mobilização do solo (PSR e PM), foram constatados maiores valores de Ds e de resistência do solo à penetração. A curva de retenção de água foi influenciada apenas pela Ds, a qual incorporou os efeitos dos sistemas de preparo, independentemente da camada amostrada. A modelagem da curva de resistência do solo à penetração foi influenciada pelos sistemas de preparo e camadas amostradas, com maior resistência à penetração em PSR > PM > PC, acentuada na camada subsuperficial. Com o aumento da Ds, verificou-se redução do IHO associada aos efeitos da resistência do solo à penetração e da porosidade de aeração que determinaram, respectivamente, os limites inferior e superior de água disponível. Os valores do IHO seguiram a seqüência PC = PM > PSR na camada de 0-0,15 m, não diferindo significativamente na camada de 0,15-0,30 m. O valor de densidade do solo crítica (Dsc), densidade em que IHO = 0, foi menor no PSR e PM, comparado ao PC, o que contribuiu para a menor freqüência de valores de densidade maiores que a Dsc no PC.

Reversible major histocompatibility complex I-peptide multimers containing Ni(2+)-nitrilotriacetic acid peptides and histidine tags improve analysis and sorting of CD8(+) T cells.

MHC-peptide multimers containing biotinylated MHC-peptide complexes bound to phycoerythrin (PE) streptavidin (SA) are widely used for analyzing and sorting antigen-specific T cells. Here we describe alternative T cell-staining reagents that are superior to conventional reagents. They are built on reversible chelate complexes of Ni(2+)-nitrilotriacetic acid (NTA) with oligohistidines. We synthesized biotinylated linear mono-, di-, and tetra-NTA compounds using conventional solid phase peptide chemistry and studied their interaction with HLA-A*0201-peptide complexes containing a His(6), His(12), or 2×His(6) tag by surface plasmon resonance on SA-coated sensor chips and equilibrium dialysis. The binding avidity increased in the order His(6) < His(12) < 2×His(6) and NTA(1) < NTA(2) < NTA(4), respectively, depending on the configuration of the NTA moieties and increased to picomolar K(D) for the combination of a 2×His(6) tag and a 2×Ni(2+)-NTA(2). We demonstrate that HLA-A2-2×His(6)-peptide multimers containing either Ni(2+)-NTA(4)-biotin and PE-SA- or PE-NTA(4)-stained influenza and Melan A-specific CD8+ T cells equal or better than conventional multimers. Although these complexes were highly stable, they very rapidly dissociated in the presence of imidazole, which allowed sorting of bona fide antigen-specific CD8+ T cells without inducing T cell death as well as assessment of HLA-A2-peptide monomer dissociation kinetics on CD8+ T cells.

Efeito da adubação alternativa do maracujazeiro-amarelo nas características químicas e físicas do solo

Adubações minerais e orgânicas promovem alterações nas condições físicas e químicas do solo, com conseqüente efeito na produtividade das culturas. Um experimento foi realizado no Município de Campos dos Goytacazes, RJ, de fevereiro de 2005 a julho de 2006, para comparar diferentes adubos orgânicos com a adubação mineral do maracujazeiro-amarelo quanto aos efeitos sobre as características químicas e físicas do solo adubado. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, com quatro repetições e seis tratamentos, correspondentes às seguintes adubações por planta: (AM) adubação mineral = 100 g da fórmula NPK 20-5-20 + cobertura morta (CM); EB = 5 L de esterco bovino + CM; FOC = 500 g de farinha de ossos e carne + CM; RM = 5 L de raspa de mandioca + CM; TF C/CM = 5 L de torta de filtro + CM; TF S/CM = 5 L de torta de filtro - sem CM. A adubação mineral foi feita a cada 30 dias e as adubações orgânicas a cada 60 dias. Foram avaliados os atributos químicos: pH, condutividade elétrica, teores de P, K, Ca, Mg, Na, Al, H + Al, e matéria orgânica; e os físicos: granulometria, densidade do solo e das partículas, porosidade total, macro e microporosidade, capacidade de campo, ponto de murcha e água disponível em três diferentes profundidades (0-5, 5-10, 10-15 cm). Os adubos orgânicos aplicados no maracujazeiro promoveram mudanças significativas nas características químicas do solo, em comparação com a adubação mineral tradicional, em que houve aumento do pH e do H + Al em todas as profundidades, e redução dos teores de Al nas camadas mais profundas. Houve, ainda, aumento nos teores de nutrientes no solo e, por conseqüência, na soma de bases, principalmente na camada superior, sendo a torta de filtro o composto orgânico mais eficiente em promover tais melhorias, inclusive aumentando a CTC do solo. Apenas a torta de filtro promoveu alterações nas características físicas do solo, reduzindo as quantidades de areia grossa e aumentando as quantidades de silte, argila e matéria orgânica. As demais características físicas do solo não foram influenciadas pela adição de adubos orgânicos no maracujazeiro, em comparação com a adubação mineral tradicional.

Residual thermomechanical stresses in thinned-chip assemblies

A new technology for the three-dimensional (3-D) stacking of very thin chips on a substrate is currently under development within the ultrathin chip stacking (UTCS) Esprit Project 24910. In this work, we present the first-level UTCS structure and the analysis of the thermomechanical stresses produced by the manufacturing process. Chips are thinned up to 10 or 15 m. We discuss potentially critical points at the edges of the chips, the suppression of delamination problems of the peripheral dielectric matrix and produce a comparative study of several technological choices for the design of metallic interconnect structures. The purpose of these calculations is to give inputs for the definition of design rules for this technology. We have therefore undertaken a programme that analyzes the influence of sundry design parameters and alternative development options. Numerical analyses are based on the finite element method.

Evaluation of PCC Long-Term Durability Using Intermediate Sized Gravels to Optimize Mix Gradations, April 2010

With the implementation of the 2000 Q-MC specification, an incentive is provided to produce an optimized gradation to improve placement characteristics. Also, specifications for slip-formed barrier rail have changed to require an optimized gradation. Generally, these optimized gradations have been achieved by blending an intermediate aggregate with the coarse and fine aggregate. The demand for this intermediate aggregate has been satisfied by using crushed limestone chips developed from the crushing of the parent concrete stone. The availability, cost, and physical limitations of crushed limestone chips can be a concern. A viable option in addressing these concerns is the use of gravel as the intermediate aggregate. Unfortunately, gravels of Class 3I durability are limited to a small geographic area in Mississippi river sands north of the Rock River. Class 3 or Class 2 durability gravels are more widely available across the state. The durability classification of gravels is based on the amount and quality of the carbonate fraction of the material. At present, no service histories or research exists to assess the impact of using Class 3 or 2 durability gravels would have on the long-term durability of Portland cement concrete (PCC) pavement requiring Class 3I aggregate.

Atributos físicos e carbono orgânico em latossolo vermelho sob diferentes sistemas de uso e manejo

A compreensão e a quantificação do impacto dos sistemas de uso e manejo nos teores de C orgânico do solo (COS) e em propriedades físicas são fundamentais para o desenvolvimento de sistemas agrícolas sustentáveis. O objetivo deste trabalho foi avaliar alterações em alguns atributos físicos e COS de um Latossolo Vermelho da região noroeste do Paraná sob diferentes sistemas de uso e manejo: mata nativa, pastagem e as culturas de mandioca e de cana-de-açúcar. Foram coletadas amostras deformadas para determinação da textura, da densidade de partículas, do ensaio de Proctor normal e dos teores de matéria orgânica; e amostras indeformadas, para determinação da densidade do solo (Ds) e porosidade do solo. Os resultados indicaram que os sistemas de manejo estudados induziram alterações nos atributos físicos do solo em relação à mata nativa, o que foi verificado pelos maiores valores de Ds, densidade relativa do solo e densidade máxima do solo e menores valores de macroposidade, porosidade total, COS e estoque de C do solo, na seguinte ordem crescente: pastagem, mandioca e cana-de-açúcar. Contudo, as áreas não são consideradas fisicamente degradadas. Os valores de densidade máxima do solo foram de 1,91, 1,93, 2,00 e 2,03 Mg m-3, e os de estoque de C do solo, de 17,8, 16,6, 12,8 e 12,1 Mg ha-1, para mata nativa, pastagem, mandioca e cana-de-açúcar, respectivamente.

Generator of ultrashort optical pulses for time division multiplexing

The performance of a device based on modified injection-locking techniques is studied by means of numerical simulations. The device incorporates master and slave configurations, each one with a DFB laser and an electroabsortion modulator (EAM). This arrangement allows the generation of high peak power, narrow optical pulses according to a periodic or pseudorandom bit stream provided by a current signal generator. The device is able to considerably increase the modulation bandwidth of free-running gain-switched semiconductor lasers using multiplexing in the time domain. Opportunities for integration in small packages or single chips are discussed.

Phosphorus transformation in poultry litter and litter-treated Oxisol of Brazil assessed by 31P-NMR and wet chemical fractionation

Large quantities of poultry litter are being produced in Brazil, which contain appreciable amounts of phosphorus (P) that could be of environmental concern. To assess the immediate environmental threat, five poultry litters composed of diverse bedding material were incubated for 43 days under greenhouse conditions. The litters consisted of: coffee bean husk (CH); wood chips (WC); rice husk (RH); ground corn cobs (CC) and ground napier grass (NG) (Pennisetum purpureum Schum.), in which the change in forms of soluble P was evaluated using 31P NMR spectroscopy. On average, 80.2 and 19.8 % of the total P in the extract, respectively, accounted for the inorganic and organic forms before incubation and 48 % of the organic P was mineralized to inorganic P in 43 days of incubation. Wide variation in the organic P mineralization rate (from 82 % -WC to 4 % - NG) was observed among litters. Inorganic orthophosphate (99.9 %) and pyrophosphate (0.1 %) were the only inorganic P forms, whereas the organic P forms orthophosphate monoesters (76.3 %) and diester (23.7 %) were detected. Diester P compounds were mineralized almost completely in all litters, except in the CH litter, within the incubation period. Pyrophosphates contributed with less than 0.5% and remained unaltered during the incubation period. Wood-chip litter had a higher organic P (40 %) content and a higher diester: monoester ratio; it was therefore mineralized rapidly, within the first 15 days, achieving steady state by the 29th day. Distinct mineralization patterns were observed in the litter when incubated with a clayey Oxisol. The substantial decrease observed in the organic P fraction (Po) of the litter types followed the order: CH (45 %) > CC (25 %) > RH (13 %) ≈ NG (12 %) > WC (5 %), whereas the Pi fraction increased. Incubation of RH litter in soil slowed down the mineralization of organic P.

Variabilidade espacial de atributos físicos em um cambissolo háplico, sob diferentes usos na região sul do Amazonas

Considerando a importância do conhecimento da distribuição espacial dos atributos do solo, o objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade espacial de atributos físicos em um Cambissolo Háplico, sob diferentes usos na região sul do Amazonas. O estudo foi realizado em três propriedades rurais com cultivo de mandioca, cana-de-açúcar e agrofloresta, localizadas na região de Humaitá, sul do Estado do Amazonas. Nessas áreas, foram estabelecidas malhas de 70 x 70 m, com espaçamento regular de 10 x 10 m, totalizando 64 pontos e, em seguida, coletadas amostras de solos na profundidade de 0,0-0,10 m. Determinaram-se a textura (areia, silte e argila), macroporosidade, microporosidade, porosidade total, densidade do solo e estabilidade de agregado. Os dados foram analisados, utilizando-se técnicas de estatística descritiva e geoestatística. Verificou-se que os atributos estudados apresentaram variabilidade espacial, e os alcances foram diferentes entre os usos, evidenciando que o manejo de cana-de-açúcar apresentou maior variabilidade dos dados.