Genetica molecolare dell'autismo: studi di associazione ed analisi di geni candidati

Autism is a neurodevelpmental disorder characterized by impaired verbal communication, limited reciprocal social interaction, restricted interests and repetitive behaviours. Twin and family studies indicate a large genetic contribution to ASDs (Autism Spectrum Disorders). During my Ph.D. I have been involved in several projects in which I used different genetic approaches in order to identify susceptibility genes in autism on chromosomes 2, 7 and X: 1)High-density SNP association and CNV analysis of two Autism Susceptibility Loci. The International Molecular Genetic Study of Autism Consortium (IMGSAC) previously identified linkage loci on chromosomes 7 and 2, termed AUTS1 and AUTS5, respectively. In this study, we evaluated the patterns of linkage disequilibrium (LD) and the distribution of haplotype blocks, utilising data from the HapMap project, across the two strongest peaks of linkage on chromosome 2 and 7. More than 3000 SNPs have been selected in each locus in all known genes, as well as SNPs in non-genic highly conserved sequences. All markers have been genotyped to perform a high-density association analysis and to explore copy number variation within these regions. The study sample consisted of 127 and 126 multiplex families, showing linkage to the AUTS1 and AUTS5 regions, respectively, and 188 gender-matched controls. Association and CNV analysis implicated several new genes, including IMMP2L and DOCK4 on chromosome 7 and ZNF533 and NOSTRIN on the chromosome 2. Particularly, my contribution to this project focused on the characterization of the best candidate gene in each locus: On the AUTS5 locus I carried out a transcript study of ZNF533 in different human tissues to verify which isoforms and start exons were expressed. High transcript variability and a new exon, never described before, has been identified in this analysis. Furthermore, I selected 31 probands for the risk haplotype and performed a mutation screen of all known exons in order to identify novel coding variants associated to autism. On the AUTS1 locus a duplication was detected in one multiplex family that was transmitted from father to an affected son. This duplication interrupts two genes: IMMP2L and DOCK4 and warranted further analysis. Thus, I performed a screening of the cohort of IMGSAC collection (285 multiplex families), using a QMPSF assay (Quantitative Multiplex PCR of Short fluorescent Fragments) to analyse if CNVs in this genic region segregate with autism phenotype and compare their frequency with a sample of 475 UK controls. Evidence for a role of DOCK4 in autism susceptibility was supported by independent replication of association at rs2217262 and the finding of a deletion segregating in a sib-pair family. 2)Analysis of X chromosome inactivation. Skewed X chromosome inactivation (XCI) is observed in females carrying gene mutations involved in several X-linked syndromes. We aimed to estimate the role of X-linked genes in ASD susceptibility by ascertaining the XCI pattern in a sample of 543 informative mothers of children with ASD and in a sample of 164 affected girls. The study sample included families from different european consortia. I analysed the XCI inactivation pattern in a sample of italian mothers from singletons families with ASD and also a control groups (144 adult females and 40 young females). We observed no significant excess of skewed XCI in families with ASD. Interestingly, two mothers and one girl carrying known mutations in X-linked genes (NLGN3, ATRX, MECP2) showed highly skewed XCI, suggesting that ascertainment of XCI could reveal families with X-linked mutations. Linkage analysis was carried out in the subgroup of multiplex families with skewed XCI (≥80:20) and a modest increased allele sharing was obtained in the Xq27-Xq28 region, with a peak Z score of 1.75 close to rs719489. In this region FMR1 and MECP2 have been associated in some cases with austim and therefore represent candidates for the disorder. I performed a mutation screen of MECP2 in 33 unrelated probands from IMGSAC and italian families, showing XCI skewness. Recently, Xq28 duplications including MECP2, have been identified in families with MR, with asymptomatic carrier females showing extreme (>85%) skewing of XCI. For these reason I used the sample of probands from X-skewed families to perform CNV analysis by Real-time quantitative PCR. No duplications have been found in our sample. I have also confirmed all data using as alternative method the MLPA assay (Multiplex Ligation dependent Probe Amplification). 3)ASMT as functional candidate gene for autism. Recently, a possible involvement of the acetylserotonin O-methyltransferase (ASMT) gene in susceptibility to ASDs has been reported: mutation screening of the ASMT gene in 250 individuals from the PARIS collection revealed several rare variants with a likely functional role; Moreover, significant association was reported for two SNPs (rs4446909 and rs5989681) located in one of the two alternative promoters of the gene. To further investigate these findings, I carried out a replication study using a sample of 263 affected individuals from the IMGSAC collection and 390 control individuals. Several rare mutations were identified, including the splice site mutation IVS5+2T>C and the L326F substitution previously reported by Melke et al (2007), but the same rare variants have been found also in control individuals in our study. Interestingly, a new R319X stop mutation was found in a single autism proband of Italian origin and is absent from the entire control sample. Furthermore, no replication has been found in our case-control study typing the SNPs on the ASMT promoter B.

Sviluppo di algoritmi avanzati di analisi e diagnosi combustione in tempo reale per motori endotermici alternativi

Increasingly stringent exhaust emission limits and higher fuel economy are the main drivers of the engine development process. As a consequence, the complexity of the propulsion units and its subsystems increase, due to the extensive use of sensors and actuators needed to obtain a precise control over the combustion phase. Since engine calibration process consumes most of the development time, new tools and methodologies are needed to shorten the development time and increase the performance attainable. Real time combustion analysis, based on the in-cylinder pressure signal, can significantly improve the calibration of the engine control strategies and the development of new algorithms, giving instantaneous feedback on the engine behavior. A complete combustion analysis and diagnosis system has been developed, capable of evaluating the most important indicators about the combustion process, such as indicated mean effective pressure, heat release, mass fraction burned and knock indexes. Such a tool is built on top of a flexible, modular and affordable hardware platform, capable of satisfying the requirements needed for accuracy and precision, but also enabling the use directly on-board the vehicle, due to its small form factor.

Analisi dinamica del ciclo integrato dell'acciaio: un approccio basato sulla simulazione

Nella presente tesi viene analizzato in modo approfondito il ciclo integrato dell'acciaio che è uno dei metodi più consolidati e affermati per la produzione sia di semilavorati, sia di prodotti finiti di acciaio. L'approccio all'analisi del ciclo integrato dell'acciaio è di tipo dinamico e basato sulla simulazione, vale a dire che si cerca di capire come e in che modo i vari fattori del ciclo integrato interagiscono e si influenzano fra di loro per cercare in seguto di esplicitare tali dinamiche in un unico modello di simulazione. Sino ad ora infatti nella letteratura si possono trovare modelli che analizzano separatamente solo alcuni aspetti del ciclo integrato dell'acciaio. L'intenzione ultima di questa tesi è quella di fornire uno strumento in più che possa far capire, date determinate caratteristiche e obiettivi dell'azienda, quale sia la direzione più plausibile e giustificabile da seguire.

Tecniche, metodologie e strumenti per la Web Analytics, con particolare attenzione sulla Video Analytics

In questa tesi viene affrontato il tema del tracciamento video, analizzando le principali tecniche, metodologie e strumenti per la video analytics. L'intero lavoro, è stato svolto interamente presso l'azienda BitBang, dal reperimento di informazioni e materiale utile, fino alla stesura dell'elaborato. Nella stessa azienda ho avuto modo di svolgere il tirocinio, durante il quale ho approfondito gli aspetti pratici della web e video analytics, osservando il lavoro sul campo degli specialisti del settore e acquisendo familiarità con gli strumenti di analisi dati tramite l'utilizzo delle principali piattaforme di web analytics. Per comprendere a pieno questo argomento, è stato necessario innanzitutto conoscere la web analytics di base. Saranno illustrate quindi, le metodologie classiche della web analytics, ovvero come analizzare il comportamento dei visitatori nelle pagine web con le metriche più adatte in base alle diverse tipologie di business, fino ad arrivare alla nuova tecnica di tracciamento eventi. Questa nasce subito dopo la diffusione nelle pagine dei contenuti multimediali, i quali hanno portato a un cambiamento nelle modalità di navigazione degli utenti e, di conseguenza, all'esigenza di tracciare le nuove azioni generate su essi, per avere un quadro completo dell'esperienza dei visitatori sul sito. Non sono più sufficienti i dati ottenuti con i tradizionali metodi della web analytics, ma è necessario integrarla con tecniche nuove, indispensabili se si vuole ottenere una panoramica a 360 gradi di tutto ciò che succede sul sito. Da qui viene introdotto il tracciamento video, chiamato video analytics. Verranno illustrate le principali metriche per l'analisi, e come sfruttarle al meglio in base alla tipologia di sito web e allo scopo di business per cui il video viene utilizzato. Per capire in quali modi sfruttare il video come strumento di marketing e analizzare il comportamento dei visitatori su di esso, è necessario fare prima un passo indietro, facendo una panoramica sui principali aspetti legati ad esso: dalla sua produzione, all'inserimento sulle pagine web, i player per farlo, e la diffusione attraverso i siti di social netwok e su tutti i nuovi dispositivi e le piattaforme connessi nella rete. A questo proposito viene affrontata la panoramica generale di approfondimento sugli aspetti più tecnici, dove vengono mostrate le differenze tra i formati di file e i formati video, le tecniche di trasmissione sul web, come ottimizzare l'inserimento dei contenuti sulle pagine, la descrizione dei più famosi player per l'upload, infine un breve sguardo sulla situazione attuale riguardo alla guerra tra formati video open source e proprietari sul web. La sezione finale è relativa alla parte più pratica e sperimentale del lavoro. Nel capitolo 7 verranno descritte le principali funzionalità di due piattaforme di web analytics tra le più utilizzate, una gratuita, Google Analytics e una a pagamento, Omniture SyteCatalyst, con particolare attenzione alle metriche per il tracciamento video, e le differenze tra i due prodotti. Inoltre, mi è sembrato interessante illustrare le caratteristiche di alcune piattaforme specifiche per la video analytics, analizzando le più interessanti funzionalità offerte, anche se non ho avuto modo di testare il loro funzionamento nella pratica. Nell'ultimo capitolo vengono illustrate alcune applicazioni pratiche della video analytics, che ho avuto modo di osservare durante il periodo di tirocinio e tesi in azienda. Vengono descritte in particolare le problematiche riscontrate con i prodotti utilizzati per il tracciamento, le soluzioni proposte e le questioni che ancora restano irrisolte in questo campo.

Fenomeni di diffusione delle notizie in siti di microblogging: modelli di analisi e studio di caso.

L'informazione è alla base della conoscenza umana. Senza, non si potrebbe sapere nulla di ciò che esiste, di ciò che è stato o di quello che potrebbe accadere. Ogni giorno si assimilano moltissime informazioni, che vengono registrate nella propria memoria per essere riutilizzate all'occorrenza. Ne esistono di vari generi, ma il loro insieme va a formare quella che è la cultura, educazione, tradizione e storia dell'individuo. Per questo motivo è importante la loro diffusione e salvaguardia, impedendone la perdita che costerebbe la dipartita di una parte di sé, del proprio passato o del proprio futuro. Al giorno d'oggi le informazioni possono essere acquisite tramite persone, libri, riviste, giornali, la televisione, il Web. I canali di trasmissione sono molti, alcuni più efficaci di altri. Tra questi, internet è diventato un potente strumento di comunicazione, il quale consente l'interazione tra chi naviga nel Web (ossia gli utenti) e una partecipazione attiva alla diffusione di informazioni. Nello specifico, esistono siti (chiamati di microblogging) in cui sono gli stessi utenti a decidere se un'informazione possa essere o meno inserita nella propria pagina personale. In questo caso, si è di fronte a una nuova "gestione dell'informazione", che può variare da utente a utente e può defluire in catene di propagazione (percorsi che compiono i dati e le notizie tra i navigatori del Web) dai risvolti spesso incerti. Ma esiste un modello che possa spiegare l'avanzata delle informazioni tra gli utenti? Se fosse possibile capirne la dinamica, si potrebbe venire a conoscenza di quali sono le informazioni più soggette a propagazione, gli utenti che più ne influenzano i percorsi, quante persone ne vengono a conoscenza o il tempo per cui resta attiva un'informazione, descrivendone una sorta di ciclo di vita. E' possibile nel mondo reale trovare delle caratteristiche ricorrenti in queste propagazioni, in modo da poter sviluppare un metodo universale per acquisirne e analizzarne le dinamiche? I siti di microblogging non seguono regole precise, perciò si va incontro a un insieme apparentemente casuale di informazioni che necessitano una chiave di lettura. Quest'ultima è proprio quella che si è cercata, con la speranza di poter sfruttare i risultati ottenuti nell'ipotesi di una futura gestione dell'informazione più consapevole. L'obiettivo della tesi è quello di identificare un modello che mostri con chiarezza quali sono i passaggi da affrontare nella ricerca di una logica di fondo nella gestione delle informazioni in rete.

Analisi di grafi su architetture a memoria distribuita

Questo lavoro di tesi tratta il tema delle reti complesse, mostrando i principali modelli di rete complessa quali: il modello Random, il modello Small-World ed il modello Scale-free; si introdurranno alcune metriche usate per descrivere le reti complesse quali la Degree centrality, la Closeness centrality e la Betweenness centrality; si descriveranno i problemi da tenere in considerazione durante la definizione e l’implementazione di algoritmi su grafi; i modelli di calcolo su cui progettare gli algoritmi per risolvere i problemi su grafi; un’analisi prestazionale degli algoritmi proposti per calcolare i valori di Beweenness centrality su grafi di medio-grandi dimensioni. Parte di questo lavoro di tesi è consistito nello sviluppo di LANA, LArge-scale Network Analyzer, un software che permette il calcolo e l’analisi di varie metriche di centralità su grafo.