Enriching Reverse Engineering with Annotations

Much of the knowledge about software systems is implicit, and therefore difficult to recover by purely automated techniques. Architectural layers and the externally visible features of software systems are two examples of information that can be difficult to detect from source code alone, and that would benefit from additional human knowledge. Typical approaches to reasoning about data involve encoding an explicit meta-model and expressing analyses at that level. Due to its informal nature, however, human knowledge can be difficult to characterize up-front and integrate into such a meta-model. We propose a generic, annotation-based approach to capture such knowledge during the reverse engineering process. Annotation types can be iteratively defined, refined and transformed, without requiring a fixed meta-model to be defined in advance. We show how our approach supports reverse engineering by implementing it in a tool called Metanool and by applying it to (i) analyzing architectural layering, (ii) tracking reengineering tasks, (iii) detecting design flaws, and (iv) analyzing features.

An inter-laboratory comparative study of serological tools employed in the diagnosis of Besnoitia besnoiti infection in bovines

Bovine besnoitiosis is considered an emerging chronic and debilitating disease in Europe. Many infections remain subclinical, and the only sign of disease is the presence of parasitic cysts in the sclera and conjunctiva. Serological tests are useful for detecting asymptomatic cattle/sub-clinical infections for control purposes, as there are no effective drugs or vaccines. For this purpose, diagnostic tools need to be further standardized. Thus, the aim of this study was to compare the serological tests available in Europe in a multi-centred study. A coded panel of 241 well-characterized sera from infected and non-infected bovines was provided by all participants (SALUVET-Madrid, FLI-Wusterhausen, ENV-Toulouse, IPB-Berne). The tests evaluated were as follows: an in-house ELISA, three commercial ELISAs (INGEZIM BES 12.BES.K1 INGENASA, PrioCHECK Besnoitia Ab V2.0, ID Screen Besnoitia indirect IDVET), two IFATs and seven Western blot tests (tachyzoite and bradyzoite extracts under reducing and non-reducing conditions). Two different definitions of a gold standard were used: (i) the result of the majority of tests ('Majority of tests') and (ii) the majority of test results plus pre-test information based on clinical signs ('Majority of tests plus pre-test info'). Relative to the gold standard 'Majority of tests', almost 100% sensitivity (Se) and specificity (Sp) were obtained with SALUVET-Madrid and FLI-Wusterhausen tachyzoite- and bradyzoite-based Western blot tests under non-reducing conditions. On the ELISAs, PrioCHECK Besnoitia Ab V2.0 showed 100% Se and 98.8% Sp, whereas ID Screen Besnoitia indirect IDVET showed 97.2% Se and 100% Sp. The in-house ELISA and INGEZIM BES 12.BES.K1 INGENASA showed 97.3% and 97.2% Se; and 94.6% and 93.0% Sp, respectively. IFAT FLI-Wusterhausen performed better than IFAT SALUVET-Madrid, with 100% Se and 95.4% Sp. Relative to the gold standard 'Majority of test plus pre-test info', Sp significantly decreased; this result was expected because of the existence of seronegative animals with clinical signs. All ELISAs performed very well and could be used in epidemiological studies; however, Western blot tests performed better and could be employed as a posteriori tests for control purposes in the case of uncertain results from valuable samples.

Invitation à la topologie algébrique. Tome II. Cohomologie, variétés

Ce Tome II introduit la cohomologie, qui est une théorie duale de l'homologie, et examine les liens avec cette dernière ainsi que les divers produits construits sur les modules d'homologie et de cohomologie. Nous étudions en détail les variétés topologiques avec ou sans bord, définissons sur celles-ci au moyen de l'homologie une notion d'orientation et la comparons avec les définitions classiques d'orientation pour les variétés différentiables ou triangulables. Nous exposons les théorèmes de dualité de Poincaré, Alexander et Lefschetz et en déduisons les propriétés des formes d'intersection et de la signature des variétés. Le dernier chapitre du livre présente les résultats fondamentaux concernant la différentiabilité et la triangulabilité des variétés, obtenus depuis les années soixante du siècle dernier, tant en grandes dimensions qu'en dimension quatre. Nous discutons également la conjecture de Poincaré classique et ses généralisations. Bien que des démonstrations complètes de ces résultats soient hors de portée d'un ouvrage tel que le nôtre, nous nous sommes attachés à rendre leurs énoncés compréhensibles. Cette vue d'ensemble, et les références à la littérature qui l'accompagnent, fournissent une introduction aux développements récents dans ce riche domaine de la topologie.

Invitation à la topologie algébrique. Tome I. Homologie

Ce livre, en deux tomes, est une introduction à la topologie algébrique et plus particulièrement à la théorie de l'homologie. Celle-ci associe à chaque espace topologique un module dont les propriétés algébriques reflètent celles de l'espace considéré. Nous l'appliquons principalement à l'étude des variétés, qui interviennent de manière fondamentale tant en mathématiques qu'en physique. Nous discutons de manière détaillée les divers concepts de dimension et d'orientation des variétés et établissons les résultats fondamentaux que sont les dualités de Poincaré et de Lefschetz.