Validation of ICDPIC software injury severity scores using a large regional trauma registry.

BACKGROUND: Administrative or quality improvement registries may or may not contain the elements needed for investigations by trauma researchers. International Classification of Diseases Program for Injury Categorisation (ICDPIC), a statistical program available through Stata, is a powerful tool that can extract injury severity scores from ICD-9-CM codes. We conducted a validation study for use of the ICDPIC in trauma research. METHODS: We conducted a retrospective cohort validation study of 40,418 patients with injury using a large regional trauma registry. ICDPIC-generated AIS scores for each body region were compared with trauma registry AIS scores (gold standard) in adult and paediatric populations. A separate analysis was conducted among patients with traumatic brain injury (TBI) comparing the ICDPIC tool with ICD-9-CM embedded severity codes. Performance in characterising overall injury severity, by the ISS, was also assessed. RESULTS: The ICDPIC tool generated substantial correlations in thoracic and abdominal trauma (weighted κ 0.87-0.92), and in head and neck trauma (weighted κ 0.76-0.83). The ICDPIC tool captured TBI severity better than ICD-9-CM code embedded severity and offered the advantage of generating a severity value for every patient (rather than having missing data). Its ability to produce an accurate severity score was consistent within each body region as well as overall. CONCLUSIONS: The ICDPIC tool performs well in classifying injury severity and is superior to ICD-9-CM embedded severity for TBI. Use of ICDPIC demonstrates substantial efficiency and may be a preferred tool in determining injury severity for large trauma datasets, provided researchers understand its limitations and take caution when examining smaller trauma datasets.

Coordinated activation of candidate proto-oncogenes and cancer testes antigens via promoter demethylation in head and neck cancer and lung cancer.

BACKGROUND: Epigenetic alterations have been implicated in the pathogenesis of solid tumors, however, proto-oncogenes activated by promoter demethylation have been sporadically reported. We used an integrative method to analyze expression in primary head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) and pharmacologically demethylated cell lines to identify aberrantly demethylated and expressed candidate proto-oncogenes and cancer testes antigens in HNSCC. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We noted coordinated promoter demethylation and simultaneous transcriptional upregulation of proto-oncogene candidates with promoter homology, and phylogenetic footprinting of these promoters demonstrated potential recognition sites for the transcription factor BORIS. Aberrant BORIS expression correlated with upregulation of candidate proto-oncogenes in multiple human malignancies including primary non-small cell lung cancers and HNSCC, induced coordinated proto-oncogene specific promoter demethylation and expression in non-tumorigenic cells, and transformed NIH3T3 cells. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: Coordinated, epigenetic unmasking of multiple genes with growth promoting activity occurs in aerodigestive cancers, and BORIS is implicated in the coordinated promoter demethylation and reactivation of epigenetically silenced genes in human cancers.

Automatic verification of linear controller software

© 2015 IEEE.We consider the problem of verification of software implementations of linear time-invariant controllers. Commonly, different implementations use different representations of the controller's state, for example due to optimizations in a third-party code generator. To accommodate this variation, we exploit input-output controller specification captured by the controller's transfer function and show how to automatically verify correctness of C code controller implementations using a Frama-C/Why3/Z3 toolchain. Scalability of the approach is evaluated using randomly generated controller specifications of realistic size.

CPAG: software for leveraging pleiotropy in GWAS to reveal similarity between human traits links plasma fatty acids and intestinal inflammation.

Meta-analyses of genome-wide association studies (GWAS) have demonstrated that the same genetic variants can be associated with multiple diseases and other complex traits. We present software called CPAG (Cross-Phenotype Analysis of GWAS) to look for similarities between 700 traits, build trees with informative clusters, and highlight underlying pathways. Clusters are consistent with pre-defined groups and literature-based validation but also reveal novel connections. We report similarity between plasma palmitoleic acid and Crohn's disease and find that specific fatty acids exacerbate enterocolitis in zebrafish. CPAG will become increasingly powerful as more genetic variants are uncovered, leading to a deeper understanding of complex traits. CPAG is freely available at www.sourceforge.net/projects/CPAG/.

Transformaciones en el plano utilizando software de geometría dinámica

Se presenta una experiencia sobre el estudio de las isometrías en el plano en la educación secundaria, utilizando software de geometría dinámica. Se construye y estudia las propiedades de los distintos movimientos (traslaciones, giros y simetrías). La actividad se desarrolla en la clase de informática con apoyo de programas como geogebra y applets de cabriweb. Se tratan elementos invariantes, composición de movimientos y motivos que teselan el plano.

Problemas geométricos de variación y el uso de software dinámico

En este artículo se presentan dos problemas geométricos que involucran la noción de variación, analizados desde la perspectiva de la resolución de problemas y la incorporación del software dinámico como un medio que puede potenciar el aprendizaje de los estudiantes. Los objetivos al presentar un análisis desde diferentes procedimientos de solución a estos problemas son: exhibir distintos acercamientos a situaciones, los cuales puede ir desarrollando el estudiante y el grupo al abordarlas, proporcionar al profesor elementos que le permitan proponer trayectorias hipotéticas del aprendizaje vinculadas con los conceptos y habilidades matemáticas que se requieren para abordar el problema y para comprenderlo, así como proveer de elementos al docente para identificar los momentos en los cuales puede intervenir en el proceso de solución para encauzar o enfatizar conceptos o habilidades matemáticas.

Contenidos transversales y aprendizaje de la matemática: haciendo uso de la tecnología (software libre)

El trabajo trata de mostrar los logros en el aprendizaje de la matemática –área de Geometría– a través del contenido transversal Educación para la gestión de riesgos y la conciencia ambiental, usando recursos tecnológicos como Google Maps y Google Earth. El tema desarrollado para tal fin fue el problema sismológico en el Perú. Finalmente, se señalan temas de geometría involucrados, así como temas anexos a través del uso de contenidos de Estadística, Geografía y Ciencias Naturales. La experiencia se hizo con un grupo de 50 alumnas del Tercer año de Educación Secundaria de una escuela pública del Perú.

Uso de software en la enseñanza de la matemática

Las clases de matemáticas no debieran tener como objetivo fundamental el aprendizaje de contenidos (definiciones, teoremas, axiomas…) que posteriormente serán aplicados a la resolución de un gran listado de ejercicios y problemas propuestos por el profesor y que justificará el aprendizaje de dichos contenidos, sino que, por el contrario, debieran partir con un problema concreto y familiar para el alumno. Una vez planteado éste y discutido por todos, estudiantes y profesor, traerá como consecuencia la obligación de resolverlo y por tanto la necesidad del aprendizaje de las técnicas que son necesarias para ello y recurrir al uso de tecnología disponible. Es muy importante destacar que durante todo el proceso el alumno hace conjeturas que irá verificando en cada paso. Se dará cuenta que algunas de las conjeturas que hizo son correctas y que otras no lo son, es decir, cometerá errores y aciertos, en función de los cuales irá cimentando su aprendizaje. Pero, por sobre todo, debe aprender que “va al colegio a equivocarse”, pero que no debe quedarse en el error, que en la discusión con sus compañeros y el profesorado encontrará la(s) solucione(s), que es probable que más de una sirva, pero que también unas son mejores que otras, que en algunos casos hay una solución óptima, en definitiva irá “aprendiendo a aprender”. Se ilustra lo anterior planteando resolver un clásico problema de construcción de cajas utilizando como herramienta de aprendizaje el software DERIVE 5.

El software matemático y los lenguajes de programación

Se lleva a cabo un análisis de los lenguajes de programación desde el punto de vista de sus relaciones con el software matemático. Para ello se comienza con una definición bastante flexible de software matemático, para continuar con un análisis metodológico de los lenguajes de programación, estudiando los paradigmas imperativo, funcional, la programación lógica y la orientación a objetos. Por último se realiza un estudio histórico de los lenguajes de programación, así como de los lenguajes de programación más adecuados para la implementación de algoritmos matemáticos.

Software educativo en línea para la enseñanza y el aprendizaje de temas de Cálculo Numérico

En un proyecto de investigación finalizado, se diseñó un software de escritorio para la enseñanza y el aprendizaje del tema Resolución Numérica de Ecuaciones no Lineales, usando el paquete MatLab.

Implementación del análisis en componentes principales con el software estadístico R

El Análisis en Componentes Principales (ACP) constituye la técnica base para el Análisis Multivariado de Datos. Su objetivo principal es reducir la cantidad de variables, manteniendo la máxima cantidad de información, presente en una tabla de datos de variables cuantitativas. En el presente artículo se expone un panorama general sobre la estructura que fundamenta un ACP y se implementa un caso concreto en el software estadístico R. Para ello es necesario un conocimiento básico de este software.

PHYSICA - A software environment for the modelling of multi-physics phenomena

A brief description of a software environment in FORTRAN77 for the modelling of multi-physics phenomena is given. The numerical approach is based on finite volume methods but extended to unstructured meshes (ie. FV-UM). A range of interacting solution procedures for turbulent fluid flow, heat transfer with solidification/melting and elasto-visco-plastic solid mechanics are implemented in the first version of PHYSICA, which will be released in source code form to the academic community in late 1995.

Bulk synchronous parallelization of industrial electromagentic software

The parallelization of existing/industrial electromagnetic software using the bulk synchronous parallel (BSP) computation model is presented. The software employs the finite element method with a preconditioned conjugate gradient-type solution for the resulting linear systems of equations. A geometric mesh-partitioning approach is applied within the BSP framework for the assembly and solution phases of the finite element computation. This is combined with a nongeometric, data-driven parallel quadrature procedure for the evaluation of right-hand-side terms in applications involving coil fields. A similar parallel decomposition is applied to the parallel calculation of electron beam trajectories required for the design of tube devices. The BSP parallelization approach adopted is fully portable, conceptually simple, and cost-effective, and it can be applied to a wide range of finite element applications not necessarily related to electromagnetics.

The integration of an intelligent knowledge-based system into engineering software using the blackboard structure

Over recent years there has been an increase in the use of generic Computational Fluid Dynamics (CFD) software packages spread across various application fields. This has created the need for the integration of expertise into CFD software. Expertise can be integrated into CFD software in the form of an Intelligent Knowledge-Based System (IKBS). The advantages of integrating intelligence into generic engineering software are discussed with a special view to software engineering considerations. The software modelling cycle of a typical engineering problem is identified and the respective expertise and user control needed for each modelling phase is shown. The requirements of an IKBS for CFD software are discussed and compared to current practice. The blackboard software architecture is presented. This is shown to be appropriate for the integration of an IKBS into an engineering software package. This is demonstrated through the presentation of the prototype CFD software package FLOWES.

Flo/Stress: an integrated software module to predict stress in electronic products

Software technology that predicts stress in electronic systems and packages, developed as part of TCS Programme, is described. The software is closely integrated within a thermal design tool providing the ability to simulate the coupled effects of airflow, temperature and stress on product performance. This integrated approach to analysis will help decrease the number of design cycles.