Évolution à fine échelle des sites d'épissage des introns dans les gènes des oomycètes

Les introns sont des portions de gènes transcrites dans l’ARN messager, mais retirées pendant l’épissage avant la synthèse des produits du gène. Chez les eucaryotes, on rencontre les introns splicéosomaux, qui sont retirés de l’ARN messager par des splicéosomes. Les introns permettent plusieurs processus importants, tels que l'épissage alternatif, la dégradation des ARNs messagers non-sens, et l'encodage d'ARNs fonctionnels. Leurs rôles nous interrogent sur l'influence de la sélection naturelle sur leur évolution. Nous nous intéressons aux mutations qui peuvent modifier les produits d'un gène en changeant les sites d'épissage des introns. Ces mutations peuvent influencer le fonctionnement d'un organisme, et constituent donc un sujet d'étude intéressant, mais il n'existe actuellement pas de logiciels permettant de les étudier convenablement. Le but de notre projet était donc de concevoir une méthode pour détecter et analyser les changements des sites d'épissage des introns splicéosomaux. Nous avons finalement développé une méthode qui repère les évènements évolutifs qui affectent les introns splicéosomaux dans un jeu d'espèces données. La méthode a été exécutée sur un ensemble d'espèces d'oomycètes. Plusieurs évènements détectés ont changé les sites d’épissage et les protéines, mais de nombreux évènements trouvés ont modifié les introns sans affecter les produits des gènes. Il manque à notre méthode une étape finale d'analyse approfondie des données récoltées. Cependant, la méthode actuelle est facilement reproductible et automatise l'analyse des génomes pour la détection des évènements. Les fichiers produits peuvent ensuite être analysés dans chaque étude pour répondre à des questions spécifiques.

Molekulare Mechanismen der cAMP-vermittelten Signaltransduktion

Zusammenfassung - Der sekundäre Botenstoff zyklisches Adenosinmonophosphat (cAMP) reguliert viele fundamentale zelluläre Prozesse wie Zellproliferation, Differenzierung, Energiemetabolismus und Genexpression. In eukaryotischen Zellen vermittelt die cAMP-abhängige Proteinkinase (PKA) die meisten biologischen Funktionen von cAMP. Die PKA besteht aus jeweils zwei regulatorischen (R) und katalytischen (C) Untereinheiten, die zusammen einen inaktiven Holoenzymkomplex bilden, der durch cAMP aktiviert wird. In dieser Arbeit wurde die Bindung von cAMP und cAMP-Analoga an die R Untereinheit der PKA unter funktionellen und mechanistischen Aspekten untersucht. Eine neue, auf Fluoreszenzpolarisation basierende Methode wurde entwickelt, um die Affinität von cAMP-Analoga in einem homogenen Ansatz schnell, reproduzierbar und nicht radioaktiv zu quantifizieren. Zur detaillierten Untersuchung des Bindungsmechanismus von cAMP und cAMP Analoga (Agonisten und Antagonisten) wurden thermodynamische Studien im direkten Vergleich mittels isothermaler Titrationskalorimetrie und kinetischen Analysen (Oberflächenplasmonresonanz, SPR) durchgeführt, wodurch thermodynamische Signaturen für das Bindungsverhalten der Nukleotide an die R Untereinheit der PKA erhalten werden konnten. Durch Interaktionsstudien an mutagenisierten R Untereinheiten wurde der intramolekulare Aktivierungsmechanismus der PKA in Bezug auf cAMP-Bindung, Holoenzymkomplex-Formierung und -Aktivierung untersucht. Die dabei erhaltenen Ergebnisse wurden mit zwei Modellen der cAMP-induzierten Konformationsänderung verglichen, und ein Aktivierungsmechanismus postuliert, der auf konservierten hydrophoben Aminosäuren basiert. Für in vivo Untersuchungen wurden zusammen mit Kooperationspartnern membranpermeable, fluoreszierende cAMP Analoga entwickelt, die Einblicke in die Dynamik der cAMP-Verteilung in Zellen erlauben. Neu entwickelte, Festphasen gebundene cAMP-Analoga (Agonisten und Antagonisten) wurden in einem (sub)proteomischen Ansatz dazu genutzt, natürliche Komplexe der R Untereinheit und des PKA-Holoenzyms aus Zelllysaten zu isolieren und zu identifizieren. Diese Untersuchungen fließen letztlich in einem systembiologischen Ansatz zusammen, der neue Einblicke in die vielschichtigen cAMP gesteuerten Netzwerke und Regulationsprozesse erlaubt.

Biomolekulare Interaktionsanalyse

Dieser populärwissenschaftliche Übersichtsartikel beschreibt eine Auswahl von Biomolekularen Interaktionsanalysen und ihre Anwendung in der funktionellen Proteomforschung. Die verschiedenen Meßprinzipien sowie die generierten Daten und deren Aussagekraft werden kurz und prägnant vorgestellt.

Biomolecular interaction analysis in functional proteomics

In der funktionellen Proteomforschung werden bekannte Interaktionen eines zellulären Netzwerkes qualitativ untersucht. Diese Veröffentlichung beschreibt verschiedene biomolekulare Interaktionsanalysen, anhand des Modellsystems PKA, die zur detaillierten Charakterisierung von Bindungen herangezogen werden können. Neben den Gleichgewichtsbindungsdaten (generiert aus AlphaScreen, FP, SPR und ITC Messungen) wurden aus ITC Messungen die thermodynamischen Parameter G, H und S ermittelt. Durch Anwendung der BRET2 (Bioluminescence resonance energy transfer) Methode konnten in lebenden Zellen Aussagen über Bindungsereignisse und deren Lokalisation getroffen werden.

Enzymkinetik in der Schule

Urease ist ein Enzym, das Harnstoff spaltet und dessen Reaktionsgeschwindigkeit leicht mittels Leitfähigkeitsmessungen bestimmt werden kann. Dieses Experiment kann, als Schüler- oder Demonstrationsversuch, im Biologie- und Chemieunterricht der Oberstufe von qualitativen Betrachtungen bis hin zur Ermittlung komplexer kinetischer Beschreibungen (Michaelis-Menten-Kinetik) ausgewertet werden.

Producers’ motivation for collective action for kola production and marketing in Cameroon

Collective action has been used as a strategy to improve the benefits of smallholder producers of kola nuts in Cameroon. Despite demonstrated benefits, not all producers are involved in the collective action. The presented study used a modified Technology Acceptance Model (TAM) namely the Collective Action Behaviour model (CAB model) to analyse kola producers’ motivation for collective action activities. Five hypotheses are formulated and tested using data obtained from 185 farmers who are involved in kola production and marketing in theWestern highlands of Cameroon. Results which were generated using Partial Least Squares (PLS) approach for Structural Equation Modelling (SEM) showed that farmers’ intrinsic motivators and ease of use influenced their behavioural intent to join a group marketing activities. The perceived usefulness that was mainly related to the economic benefits of group activities did not influence farmers’ behavioural intent. It is therefore concluded that extension messages and promotional activities targeting collective action need to emphasise the perceived ease of use of involvement and social benefits associated with group activities in order to increase farmers’ participation.

The role of institutions as actors influencing Uganda’s cassava sector

We aim at mapping out a detailed framework that reveals the proportionate flow of cassava and its products along the value chain (VC). Furthermore, we aim at establishing the role of institutions and the linkages between institutions and other VC actors that influence the cassava VC in Uganda. We use both primary and secondary data obtained from four regions in Uganda. Results show that farmers, processors, transporters, traders, consumers and institutions are the major actors. There are four categories of institutions, viz, government, non-government, community based organisations and international agencies. Roles performed by institutions include: development and enforcement of policies, Research and Development (R&D), capacity building, and creation of market access linkages for cassava and its products. Findings reveal that there is no clear nexus and no coordination among farmers/producers, processors, traders, transporters and consumers. However, institutions are well coordinated and play various roles along the VC to influence the dynamics of actors. Policy-wise it is important to establish strong private-public partnerships to bridge the impaired linkages between the actors (farmers/producers, processors, traders, transporters, and consumers) and institutions. Strong partnerships are envisaged to reduce the associated transaction costs amongst the actors.

Modeling Robot Dynamic Performance for Endpoint Force Control

This research aims to understand the fundamental dynamic behavior of servo-controlled machinery in response to various types of sensory feedback. As an example of such a system, we study robot force control, a scheme which promises to greatly expand the capabilities of industrial robots by allowing manipulators to interact with uncertain and dynamic tasks. Dynamic models are developed which allow the effects of actuator dynamics, structural flexibility, and workpiece interaction to be explored in the frequency and time domains. The models are used first to explain the causes of robot force control instability, and then to find methods of improving this performance.

Consecuencias de los errores en las referencias bibliogr??ficas : el caso de la revista Psicothema

Resumen tomado de la publicaci??n

Creencias y actitudes hacia la hipnosis de los psic??logos espa??oles

Resumen tomado de la publicaci??n

Utilidad del [99m] Tc TRODAT-1 en el diagnóstico de la Enfermedad de Parkinson: revisión sistemática de la literatura

Propósito de la revisión: la enfermedad de Parkinson (EP) es un trastorno degenerativo caracterizado clínicamente por presentar temblor en reposo, rigidez y bradicinesia. El propósito es determinar la utilidad de la molécula TRODAT-1 en el diagnóstico de la EP. Metodología: se realizó una búsqueda en las bases de datos: PUBMED, COCHRANE, MEDLINE, LILACS y SCIELO en un período de 10 años desde enero de 1998 a enero de 2008. Se obtuvieron 26 artículos, estos se analizaron y se seleccionaron 10 artículos, de los cuales sólo 6 respondían a las necesidades del estudio, de acuerdo a los criterios de inclusión. De los 6 artículos analizados, 4 fueron clasificados como evidencia grado (+) y los 2 restantes evidencia grado (-) de acuerdo con las guías NICE. Todos los artículos revisados reportan una disminución importante en la captación del TRODAT-1 a nivel estriatal, su utilidad en el diagnóstico de EP en estadios tempranos, bajo costo y seguridad. Sólo tres reportan valores de sensibilidad y especificidad, pero su nivel de calidad no permite hacer una comparación de los mismos. Conclusiones: se propone realizar estudios de prueba diagnóstica comparados con el diagnóstico clínico de la enfermedad, que tengan un acuerdo en la forma de plantear las mediciones semicuantitativas de las unidades de captación utilizando las mismas fórmulas para hacerlos comparables.

Elaboraci?? d'un calendari. 'Elaboraci??n de un calendario'

Describe la experiencia de un centro educativo en el que elaboran un calendario con los alumnos de 1?? y 2?? de primaria, para facilitar la comunicaci??n del estilo de trabajo a los padres, dando protagonismo a lo largo del curso a un trabajo hecho en el centro por cada uno de los alumnos i alumnas del ciclo, facilitando tambi??n la programaci??n del ??rea de pl??stica durante el primer trimestre.