Rôle des protéoglycanes à héparane sulfate dans le transfert de gène des cellules CHO et HEK293

La possibilité de programmer une cellule dans le but de produire une protéine d’intérêt est apparue au début des années 1970 avec l’essor du génie génétique. Environ dix années plus tard, l’insuline issue de la plateforme de production microbienne Escherichia coli, fut la première protéine recombinante (r-protéine) humaine commercialisée. Les défis associés à la production de r-protéines plus complexes et glycosylées ont amené l’industrie biopharmaceutique à développer des systèmes d’expression en cellules de mammifères. Ces derniers permettent d’obtenir des protéines humaines correctement repliées et de ce fait, biologiquement actives. Afin de transférer le gène d’intérêt dans les cellules de mammifères, le polyéthylènimine (PEI) est certainement un des vecteurs synthétiques le plus utilisé en raison de son efficacité, mais aussi sa simplicité d’élaboration, son faible coût et sa stabilité en solution qui facilite son utilisation. Il est donc largement employé dans le contexte de la production de r-protéines à grande échelle et fait l’objet d’intenses recherches dans le domaine de la thérapie génique non virale. Le PEI est capable de condenser efficacement l’ADN plasmidique (vecteur d’expression contenant le gène d’intérêt) pour former des complexes de petites tailles appelés polyplexes. Ces derniers doivent contourner plusieurs étapes limitantes afin de délivrer le gène d’intérêt au noyau de la cellule hôte. Dans les conditions optimales du transfert de gène par le PEI, les polyplexes arborent une charge positive nette interagissant de manière électrostatique avec les protéoglycanes à héparane sulfate (HSPG) qui décorent la surface cellulaire. On observe deux familles d’HSPG exprimés en abondance à la surface des cellules de mammifères : les syndécanes (4 membres, SDC1-4) et les glypicanes (6 membres, GPC1-6). Si l’implication des HSPG dans l’attachement cellulaire des polyplexes est aujourd’hui largement acceptée, leur rôle individuel vis-à-vis de cet attachement et des étapes subséquentes du transfert de gène reste à confirmer. Après avoir optimisées les conditions de transfection des cellules de mammifères CHO et HEK293 dans le but de produire des r-protéines secrétées, nous avons entrepris des cinétiques de capture, d’internalisation des polyplexes et aussi d’expression du transgène afin de mieux comprendre le processus de transfert de gène. Nous avons pu observer des différences au niveau de ces paramètres de transfection dépendamment du système d’expression et des caractéristiques structurelles du PEI utilisé. Ces résultats présentés sous forme d’articles scientifiques constituent une base solide de l’enchaînement dans le temps des évènements essentiels à une transfection efficace des cellules CHO et HEK293 par le PEI. Chaque type cellulaire possède un profil d’expression des HSPG qui lui est propre, ces derniers étant plus ou moins permissifs au transfert de gène. En effet, une étude menée dans notre laboratoire montre que les SDC1 et SDC2 ont des rôles opposés vis-à-vis du transfert de gène. Alors que tous deux sont capables de lier les polyplexes, l’expression de SDC1 permet leur internalisation contrairement à l’expression de SDC2 qui l’inhibe. De plus, lorsque le SDC1 est exprimé à la surface des cellules HEK293, l’efficacité de transfection est augmentée de douze pourcents. En utilisant la capacité de SDC1 à induire l’internalisation des polyplexes, nous avons étudié le trafic intracellulaire des complexes SDC1 / polyplexes dans les cellules HEK293. De plus, nos observations suggèrent une nouvelle voie par laquelle les polyplexes pourraient atteindre efficacement le noyau cellulaire. Dans le contexte du transfert de gène, les HSPG sont essentiellement étudiés dans leur globalité. S’il est vrai que le rôle des syndécanes dans ce contexte est le sujet de quelques études, celui des glypicanes est inexploré. Grâce à une série de traitements chimiques et enzymatiques visant une approche « perte de fonction », l’importance de la sulfatation comme modification post-traductionnelle, l’effet des chaînes d’héparanes sulfates mais aussi des glypicanes sur l’attachement, l’internalisation des polyplexes, et l’expression du transgène ont été étudiés dans les cellules CHO et HEK293. L’ensemble de nos observations indique clairement que le rôle des HSPG dans le transfert de gène devrait être investigué individuellement plutôt que collectivement. En effet, le rôle spécifique de chaque membre des HSPG sur la capture des polyplexes et leur permissivité à l’expression génique demeure encore inconnu. En exprimant de manière transitoire chaque membre des syndécanes et glypicanes à la surface des cellules CHO, nous avons déterminé leur effet inhibiteur ou activateur sur la capture des polyplexes sans pouvoir conclure quant à l’effet de cette surexpression sur l’efficacité de transfection. Par contre, lorsqu’ils sont présents dans le milieu de culture, le domaine extracellulaire des HSPG réduit l’efficacité de transfection des cellules CHO sans induire la dissociation des polyplexes. Curieusement, lorsque chaque HSPG est exprimé de manière stable dans les cellules CHO, seulement une légère modulation de l’expression du transgène a pu être observée. Ces travaux ont contribué à la compréhension des mécanismes d'action du vecteur polycationique polyéthylènimine et à préciser le rôle des protéoglycanes à héparane sulfate dans le transfert de gène des cellules CHO et HEK293.

Implication du domaine intracellulaire du précurseur de la protéine amyloïde dans la modulation de la plasticité synaptique

Alzheimer's disease is the most common type of dementia in the elderly; it is characterized by early deficits in learning and memory formation and ultimately leads to a generalised loss of higher cognitive functions. While amyloid beta (Aβ) and tau are traditionally associated with the development of Alzheimer disease, recent studies suggest that other factors, like the intracellular domain (APP-ICD) of the amyloid precursor protein (APP), could play a role. In this study, we investigated whether APP-ICD could affect synaptic transmission and synaptic plasticity in the hippocampus, which is involved in learning and memory processes. Our results indicated that overexpression of APP-ICD in hippocampal CA1 neurons leads to a decrease in evoked AMPA-receptor and NMDA-receptor dependent synaptic transmission. Our study demonstrated that this effect is specific for APP-ICD since its closest homologue APLP2-ICD did not reproduce this effect. In addition, APP-ICD blocks the induction of long term potentiation (LTP) and leads to increased of expression and facilitated induction of long term depression (LTD), while APLP2-ICD shows neither of these effects. Our study showed that this difference observed in synaptic transmission and plasticity between the two intracellular domains resides in the difference of one alanine in the APP-ICD versus a proline in the APLP2-ICD. Exchanging this critical amino-acid through point-mutation, we observed that APP(PAV)-ICD had no longer an effect on synaptic plasticity. We also demonstrated that APLP2(AAV)-ICD mimic the effect of APP-ICD in regards of facilitated LTD. Next we showed that the full length APP-APLP2-APP (APP with a substitution of the Aβ component for its homologous APLP2 part) had no effect on synaptic transmission or synaptic plasticity when compared to the APP-ICD. However, by activating caspase cleavage prior to induction of LTD or LTP, we observed an LTD facilitation and a block of LTP with APP-APLP2-APP, effects that were not seen with the full length APLP2 protein. APP is phosphorylated at threonine 668 (Thr668), which is localized directly after the aforementioned critical alanine and the caspase cleavage site in APP-APLP2-APP. Mutating this Thr668 for an alanine abolishes the effects on LTD and restores LTP induction. Finally, we showed that the facilitation of LTD with APP-APLP2-APP involves ryanodine receptor dependent calcium release from intracellular stores. Taken together, we propose the emergence of a new APP intracellular domain, which plays a critical role in the regulation of synaptic plasticity and by extension, could play a role in the development of memory loss in Alzheimer’s disease.

Étude de la reconstitution de l’immunité spécifique au cytomégalovirus et au virus de la varicelle suite à la transplantation de sang de cordon ombilical

La transplantation de sang de cordon ombilical (TSCO) constitue un traitement de choix pour une multitude de pathologies hématologiques malignes et non malignes chez l’enfant et dans certains cas l’adulte. La TSCO est associée à certaines complications, dont une reconstitution immunitaire plus lente et une incidence élevée d’infections opportunistes, notamment celles reliées au cytomégalovirus (CMV) et au virus varicella-zoster (VZV). Dans le cadre de ce travail, nous nous sommes intéressés dans un premier temps à la caractérisation de la reconstitution immunitaire spécifique au CMV et au VZV. Nos résultats ont démontré que la reconstitution de l’immunité cellulaire ne requiert ni un statut séropositif pré-transplantation ni le développement de la maladie. De plus, des reconstitutions spontanées ont été détectées chez certains patients séronégatifs vis-à-vis du CMV ou du VZV. Outre le fait qu’elle se manifeste surtout à partir de 6 mois post-transplantation, ladite reconstitution mérite le qualificatif de « protectrice » en termes de réactivations virales et du développement de signes cliniques lorsqu’une fréquence de 150 cellules produisant l’IFN-γ/million est dépassée. Toutefois, moins de 5% des patients développent une réponse T anti-VZV et anti-CMV au cours 100 premiers jours suivant la TSCO. Il est donc possible que les lymphocytes CD8+ T provenant du SCO, comparativement à leurs homologues provenant de la moelle osseuse (MO), présentent un défaut de fonctionnalité, communément appelé « épuisement clonal ». La caractérisation du répertoire de récepteurs inhibiteurs exprimés par les cellules T CD8+ suivant la TSCO ou la transplantation de moelle osseuse (TMO) a révélé une augmentation significative de la fréquence des cellules exprimant PD-1 tôt suivant la transplantation. Cette population, caractérisée majoritairement par un phénotype effecteur-mémoire (EM), démontre une perte significative de la capacité proliférative et exprime moins d'IFN-γ, d'IL-2, de TNF-α et de CD107a. Une meilleure caractérisation de la reconstitution immunitaire après TSCO permettrait, d'une part de sélectionner des biomarqueurs en vue d’une meilleure gestion des patients à risques de développer des infections virales et/ou de rechuter, et d'autre part d'améliorer leur pronostic.

L’implantation des SI verts approchée comme processus de changement organisationnel - les compétences fondamentales vertes

Nous vivons ces dernières années une prise de conscience généralisée des problématiques de développement durable. Le fait de ne pas en tenir compte peut induire une perte de revenus et avoir des effets néfastes sur l’image de l’entreprise et sa réputation. À cet égard, plusieurs mesures ont été proposées. En particulier, l’implantation des SI verts (systèmes d’information verts) (Green Information Systems [Green IS]) afin de promouvoir le développement durable. Cette émergence des SI verts engendre un ensemble de changements organisationnels qui mènent l’organisation à affronter d’importants défis. Par conséquent, l’objectif principal de notre étude est d’analyser ces défis à partir des perceptions des personnes ayant participé à la réalisation du projet d’implantation de SI verts. Il s’agit en fait d’étudier l’implantation des SI verts approchée comme processus de changement organisationnel (les technochanges verts). Autrement dit, nous essayons de comprendre le changement organisationnel accompagnant ce type de projets technologiques environnementaux. Nous allons aussi nous intéresser aux compétences fondamentales vertes nécessaires à l’implantation des SI verts. C’est en collaborant avec quatre organisations canadiennes du secteur financier que nous avons réalisé une étude qualitative permettant d’explorer un nouveau cadre théorique en application des solutions aux problèmes environnementaux. Ce travail ouvrira une nouvelle perspective pour la recherche et la pratique. Mots clés SI verts, technochanges verts, changement organisationnel, compétences fondamentales vertes.

Caractérisation du rôle signalétique de la protéine de polarité CRB3 dans le cancer

Les épithéliums recouvrent l’ensemble des surfaces et des cavités internes du corps humain. Le fonctionnement des cellules épithéliales repose sur la répartition des constituants cellulaires au sein de compartiments distincts : un compartiment apical, un compartiment latéral, et un compartiment basal : c’est ce que l’on appelle la polarité apico-basale. Plus de 80 % des cancers proviennent d’un dérèglement des cellules épithéliales. De plus, la polarité épithéliale est perdue lors des stades avancés du cancer, suggérant qu’elle contribue activement à la progression tumorale. C’est pourquoi il apparaît crucial de mieux comprendre les mécanismes qui régulent la polarité épithéliale. La polarité est assurée par un ensemble de protéines réparties au sein des différents compartiments et agissant sous forme de modules très dynamiques. Un de ces modules est articulé autour de la protéine CRB3, qui agit comme un déterminant apical essentiel des cellules épithéliales. L’expression de CRB3 est perdue dans de nombreuses lignées cellulaires cancéreuses en culture, suggérant que CRB3 pourrait détenir des fonctions inhibitrices de certains processus liés à l’avancement tumoral. Cependant, l’impact fonctionnel de la perte de CRB3 dans ces lignées cancéreuses reste encore peu connu, tout comme les mécanismes signalétiques agissant en aval de CRB3. Les travaux présentés dans cette thèse mettent en lumière de nouvelles évidences concernant le rôle fonctionnel de la perte de CRB3 dans différentes lignées cellulaires cancéreuses. Plus précisément, nous montrons que CRB3 détient un rôle signalétique important lui conférant une fonction à la fois dans la morphogenèse épithéliale, mais également dans le maintien de l’intégrité épithéliale. Dans un premier temps, nous montrons que la ré-expression de CRB3 dans des cellules cancéreuses d’origine épithéliale permet le rétablissement d’une morphologie de type épithéliale, en lien avec l’organisation d’un réseau circonférentiel d’acto-myosine. Nous identifions également le sentier signalétique activé en aval de CRB3 et menant à l’activation de la petite GTPase RhoA, nécessaire au remodelage de la morphologie et du réseau d’acto-myosine des cellules cancéreuses. Ce sentier semble notamment jouer un rôle important en aval de CRB3 pour limiter la migration cellulaire. Ensuite, nous montrons que CRB3 contrôle différents sentiers signalétiques, et notamment la voie ERK MAP Kinase, une voie de signalisation fortement dérégulée dans le cancer. Bien que le rôle fonctionnel de cette régulation soit encore inconnu, elle pourrait contribuer à limiter la progression tumorale en aval de CRB3. Enfin, nous montrons que la perte d’expression de Crb3 chez la souris induit une mortalité périnatale associée à des défauts de morphogenèse épithéliale, indiquant que Crb3 est requise pour la viabilité des souris et le développement des structures épithéliales. L’ensemble de ces travaux contribue à une meilleure compréhension des mécanismes liant la perte de la polarité épithéliale à l’avancement du processus tumoral, et vise à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour lutter contre le développement de.cancers.

Développement d’un système d’actionnement utilisant la combustion d’une source d’énergie chimique pour la robotique mobile

Les systèmes d’actionnement couramment utilisés sur les systèmes de robotiques mobiles tels que les exosquelettes ou les robots marcheurs sont majoritairement électriques. Les batteries couplées à des moteurs électriques souffrent toutefois d’une faible densité de stockage énergétique et une faible densité de puissance, ce qui limite l’autonomie de ces dispositifs pour une masse de système donnée. Une étude comparative des systèmes d’actionnement potentiels a permis de déterminer que l’utilisation d’une source d’énergie chimique permettait d’obtenir une densité de stockage énergétique supérieure aux batteries. De plus, il a été déterminé que l’utilisation de la combustion directement dans un actionneur pneumatique souple permettrait d’obtenir une densité de puissance beaucoup plus élevée que celle des moteurs électriques. La conception, la fabrication et la caractérisation de plusieurs types d’actionneurs pneumatiques pressurisés directement par la combustion d’une source d’énergie chimique ont permis d’évaluer la faisabilité de l’approche, dans un contexte de robotique mobile, plus précisément pour des tâches de locomotion. Les paramètres permettant d’obtenir une efficacité énergétique élevée ont été étudiés. Il a été démontré que le ratio de compression et le ratio d’expansion doivent être optimisés. De plus, comme les pertes thermiques sont le mécanisme de perte dominant, le ratio d’équivalence devrait être réduit au minimum. Parmi les carburants usuels, l’hydrogène permet d’atteindre les valeurs de ratio d’équivalence les plus faibles, ce qui en fait un choix de carburant idéal. Les résultats expérimentaux ont été utilisés pour corréler un modèle analytique d’un actionneur pneumatique à combustion. Ce modèle analytique est par la suite utilisé pour vérifier la faisabilité théorique de l’utilisation de l’approche d’actionnement pour fournir la puissance à un dispositif d’assistance à la locomotion.

Influence des conditions climatiques sur la croissance du sapin baumier et de l'épinette noire

L’effet du climat sur la croissance de la végétation est depuis longtemps un fait acquis. Les changements climatiques globaux ont entrainé une augmentation des efforts de recherche sur l’impact de ces changements en milieux naturels, à la fois en termes de distribution et d’abondance des espèces, mais également à travers l’étude des rendements des espèces commerciales. La présente étude vise à déterminer, à travers l’utilisation de relevés dendrochronologiques, les effets de variables climatiques sur la croissance de l’épinette noire et du sapin baumier à l’échelle de la forêt boréale du Québec. Le but est d’identifier les principaux modificateurs climatiques responsables de la croissance des peuplements boréaux en fonction de leur âge et de leur localisation. Se focalisant sur un modèle non-linéaire des moindres carrés incorporant les modificateurs climatiques et un modificateur d’âge, la modélisation de la croissance en surface terrière en fonction de ces critères a permis de détecter des différences entre le sapin baumier et l’épinette noire. Les résultats montrent que les deux espèces réagissent surtout à la longueur de la saison de croissance et aux températures estivales maximales. L’épinette noire semble également plus sensible aux conditions de sécheresse. Les modèles basés sur l’âge ainsi que sur la localisation le long d’un gradient nord-sud révèlent quelques différences, notamment concernant la réaction plus prononcée des jeunes peuplements au climat, en particulier aux températures, tandis que les vieux peuplements sont sensibles au rayonnement solaire. L’étude démontre tout de même une relative indépendance de l’épinette vis-à-vis du gradient latitudinal, à l’inverse du sapin. Les résultats permettent de discuter des modifications de productivité de ces espèces liées à l’allongement de la saison de croissance (gain pour les deux essences) et aux températures croissantes en conjonction avec les précipitations (perte due à la sécheresse pour l’épinette), dans un contexte de changements climatiques.

Conception, caractérisation et optimisation de SPAD en technologie Dalsa HV CMOS 0.8 μm pour intégration dans un 3D-SiPM

Résumé : Les photodiodes à avalanche monophotonique (SPAD) sont d'intérêts pour les applications requérant la détection de photons uniques avec une grande résolution temporelle, comme en physique des hautes énergies et en imagerie médicale. En fait, les matrices de SPAD, souvent appelés photomultiplicateurs sur silicium (SiPM), remplacent graduellement les tubes photomultiplicateurs (PMT) et les photodiodes à avalanche (APD). De plus, il y a une tendance à utiliser les matrices de SPAD en technologie CMOS afin d'obtenir des pixels intelligents optimisés pour la résolution temporelle. La fabrication de SPAD en technologie CMOS commerciale apporte plusieurs avantages par rapport aux procédés optoélectroniques comme le faible coût, la capacité de production, l'intégration d'électronique et la miniaturisation des systèmes. Cependant, le défaut principal du CMOS est le manque de flexibilité de conception au niveau de l'architecture du SPAD, causé par le caractère fixe et standardisé des étapes de fabrication en technologie CMOS. Un autre inconvénient des matrices de SPAD CMOS est la perte de surface photosensible amenée par la présence de circuits CMOS. Ce document présente la conception, la caractérisation et l'optimisation de SPAD fabriqués dans une technologie CMOS commerciale (Teledyne DALSA 0.8µm HV CMOS - TDSI CMOSP8G). Des modifications de procédé sur mesure ont été introduites en collaboration avec l'entreprise CMOS pour optimiser les SPAD tout en gardant la compatibilité CMOS. Les matrices de SPAD produites sont dédiées à être intégrées en 3D avec de l'électronique CMOS économique (TDSI) ou avec de l'électronique CMOS submicronique avancée, produisant ainsi un SiPM 3D numérique. Ce SiPM 3D innovateur vise à remplacer les PMT, les APD et les SiPM commerciaux dans les applications à haute résolution temporelle. L'objectif principal du groupe de recherche est de développer un SiPM 3D avec une résolution temporelle de 10 ps pour usage en physique des hautes énergies et en imagerie médicale. Ces applications demandent des procédés fiables avec une capacité de production certifiée, ce qui justifie la volonté de produire le SiPM 3D avec des technologies CMOS commerciales. Ce mémoire étudie la conception, la caractérisation et l'optimisation de SPAD fabriqués en technologie TDSI-CMOSP8G.

Integrating functional connectivity and climate change in the design of protected area networks

Le rapide déclin actuel de la biodiversité est inquiétant et les activités humaines en sont la cause directe. De nombreuses aires protégées ont été mises en place pour contrer cette perte de biodiversité. Afin de maximiser leur efficacité, l’amélioration de la connectivité fonctionnelle entre elles est requise. Les changements climatiques perturbent actuellement les conditions environnementales de façon globale. C’est une menace pour la biodiversité qui n’a pas souvent été intégrée lors de la mise en place des aires protégées, jusqu’à récemment. Le mouvement des espèces, et donc la connectivité fonctionnelle du paysage, est impacté par les changements climatiques et des études ont montré qu’améliorer la connectivité fonctionnelle entre les aires protégées aiderait les espèces à faire face aux impacts des changements climatiques. Ma thèse présente une méthode pour concevoir des réseaux d’aires protégées tout en tenant compte des changements climatiques et de la connectivité fonctionnelle. Mon aire d’étude est la région de la Gaspésie au Québec (Canada). La population en voie de disparition de caribou de la Gaspésie-Atlantique (Rangifer tarandus caribou) a été utilisée comme espèce focale pour définir la connectivité fonctionnelle. Cette petite population subit un déclin continu dû à la prédation et la modification de son habitat, et les changements climatiques pourraient devenir une menace supplémentaire. J’ai d’abord construit un modèle individu-centré spatialement explicite pour expliquer et simuler le mouvement du caribou. J’ai utilisé les données VHF éparses de la population de caribou et une stratégie de modélisation patron-orienté pour paramétrer et sélectionner la meilleure hypothèse de mouvement. Mon meilleur modèle a reproduit la plupart des patrons de mouvement définis avec les données observées. Ce modèle fournit une meilleure compréhension des moteurs du mouvement du caribou de la Gaspésie-Atlantique, ainsi qu’une estimation spatiale de son utilisation du paysage dans la région. J’ai conclu que les données éparses étaient suffisantes pour ajuster un modèle individu-centré lorsqu’utilisé avec une modélisation patron-orienté. Ensuite, j’ai estimé l’impact des changements climatiques et de différentes actions de conservation sur le potentiel de mouvement du caribou. J’ai utilisé le modèle individu-centré pour simuler le mouvement du caribou dans des paysages hypothétiques représentant différents scénarios de changements climatiques et d’actions de conservation. Les actions de conservation représentaient la mise en place de nouvelles aires protégées en Gaspésie, comme définies par le scénario proposé par le gouvernement du Québec, ainsi que la restauration de routes secondaires à l’intérieur des aires protégées. Les impacts des changements climatiques sur la végétation, comme définis dans mes scénarios, ont réduit le potentiel de mouvement du caribou. La restauration des routes était capable d’atténuer ces effets négatifs, contrairement à la mise en place des nouvelles aires protégées. Enfin, j’ai présenté une méthode pour concevoir des réseaux d’aires protégées efficaces et j’ai proposé des nouvelles aires protégées à mettre en place en Gaspésie afin de protéger la biodiversité sur le long terme. J’ai créé de nombreux scénarios de réseaux d’aires protégées en étendant le réseau actuel pour protéger 12% du territoire. J’ai calculé la représentativité écologique et deux mesures de connectivité fonctionnelle sur le long terme pour chaque réseau. Les mesures de connectivité fonctionnelle représentaient l’accès général aux aires protégées pour le caribou de la Gaspésie-Atlantique ainsi que son potentiel de mouvement à l’intérieur. J’ai utilisé les estimations de potentiel de mouvement pour la période de temps actuelle ainsi que pour le futur sous différents scénarios de changements climatiques pour représenter la connectivité fonctionnelle sur le long terme. Le réseau d’aires protégées que j’ai proposé était le scénario qui maximisait le compromis entre les trois caractéristiques de réseau calculées. Dans cette thèse, j’ai expliqué et prédit le mouvement du caribou de la Gaspésie-Atlantique sous différentes conditions environnementales, notamment des paysages impactés par les changements climatiques. Ces résultats m’ont aidée à définir un réseau d’aires protégées à mettre en place en Gaspésie pour protéger le caribou au cours du temps. Je crois que cette thèse apporte de nouvelles connaissances sur le comportement de mouvement du caribou de la Gaspésie-Atlantique, ainsi que sur les actions de conservation qui peuvent être prises en Gaspésie afin d’améliorer la protection du caribou et de celle d’autres espèces. Je crois que la méthode présentée peut être applicable à d’autres écosystèmes aux caractéristiques et besoins similaires.

Impacts d’une variabilité climatique changeante sur la morphologie de berges des chenaux du delta du Gange-Bramapoutre-Meghna et leurs conséquences en zones densément peuplées

Les changements climatiques, au niveau de la variabilité du climat, se font ressentir un peu partout à travers le globe que ce soit par le décalage des saisons, une variation des précipitations ou l’augmentation des températures. Certaines régions telles que le delta du Gange-Brahmapoutre-Meghna subissent au quotidien les impacts de ces variations. Quatre grandes perturbations environnementales chamboulent cette dynamique dans cette grande région du delta du GANGE-BRAHMAPOUTRE-MEGHNA : le changement du régime des précipitations, la fonte des glaciers causée par la hausse des températures moyennes annuelles, l’augmentation du niveau marin moyen et les perturbations climatiques extrêmes ponctuelles. Ces perturbations transforment le trait de côte, d’une manière directe ou indirecte. Cette fragilité des berges devient problématique dans un environnement urbain à forte densité. Nos résultats mettent en évidence que, dans un contexte de variabilité climatique changeant et de densité de population croissante, la région du delta du GANGE-BRAHMAPOUTRE-MEGHNA souffre d’une perte de terre viable entraînant des déplacements de populations. Certaines villes ont connu une augmentation de leur population allant au-delà de 1000% sur la période de 1921-2011. L’analyse de photographies aériennes sur la période 2001- 2013 montre un accroissement de l’étendue des zones urbaines, mais aussi du mouvement des berges. Sur une période plus récente, on constate même que de nouveaux quartiers ont été construits dans les zones inondées de 2004.

Analyse carbone de deux régimes et recommandations pour réduire l'impact environnemental de l'alimentation

L’impact environnemental global relié à l’alimentation présente un bilan sombre. L’agriculture industrielle est l’un des secteurs les plus polluants. Y sont associés, entre autres, la déplétion des ressources hydriques, la perte et l’érosion des sols, la dérive et la contamination par les pesticides, la perte de biodiversité, la déforestation, les déséquilibres des cycles de nutriments, la consommation de carburants fossiles, d’importantes émissions de gaz à effet de serre et la pollution des cours d’eau. Les choix alimentaires des Québécois sont directement reliés à ces impacts, puisque notre nourriture est en grande partie produite par l’agriculture industrielle. L’objectif de cet essai est de comparer les régimes locavores et végétaliens qui se présentent comme alternative pour réduire l’impact environnemental associé à l’alimentation. Le contexte de l’étude est au mois de janvier, au Québec. En regard aux impacts environnementaux des choix alimentaires et des modes de production, des recommandations visant la réduction de l’impact de l’alimentation sur l’environnement seront effectuées. L’exploration des régimes végétaliens et locavores dans un contexte hivernal québécois permet de déterminer quels sont les bénéfices et désavantages qui y sont associés sur le plan des gaz à effet de serre. Le transport sur des milliers de kilomètres de la plupart des aliments d’un régime végétalien en janvier génère un impact. Le régime locavore, quant à lui, inclut la consommation de viande, aliment pointé du doigt pour la forte pollution qu’elle engendre. Les conclusions de l’essai montrent que le régime végétalien présente un plus faible impact en termes de gaz à effet de serre que le régime locavore, lorsqu’il est pratiqué au mois de janvier au Québec. Les résultats indiquent que la consommation de viande et de produits animaux dans le régime locavore contribue à l’augmentation de l’impact de ce dernier. De plus, les aliments provenant de serres chauffées aux énergies fossiles présentaient aussi un bilan très négatif, par exemple la laitue. Les quantités de gaz à effet de serre émis pour une semaine de régime, en fonction des recommandations du Guide alimentaire canadien, étaient de 13,8 % supérieures pour le régime locavore. Au regard des résultats obtenus et du bilan environnemental de l’agriculture industrielle, plusieurs recommandations ont été proposées. La transition du système alimentaire vers des solutions locales et avec des circuits courts est à privilégier. Un changement dans les modes culturaux de la production conventionnelle à grande échelle vers des productions plus petites, biologiques et pratiquées selon des méthodes respectueuses de l’environnement est aussi souhaitable. Le changement des habitudes des consommateurs est essentiel, tant sur le plan du choix des aliments que sur le choix des marchands et de la façon de consommer. Finalement, toutes les parties prenantes impliquées dans la chaîne alimentaire sont invitées à dialoguer et à mettre en place des actions afin de réduire l’impact dévastateur de l’alimentation sur l’environnement.

Impact des changements climatiques sur certaines espèces à statut précaire au Québec et analyse des mesures de protection actuelles

Le climat planétaire évolue à une vitesse alarmante. Selon le Groupe d’experts intergouvernemental sur l’évolution du climat, les températures globales pourraient grimper de 3 à 7°C d’ici 2100. Les zones tempérées, comme le Québec, ne seront pas épargnées. Au sein de la province, le climat typique en forêt boréale pourrait se déplacer de 750 km vers le nord pour atteindre le Haut-Arctique dans quelques décennies. D’autres modifications notables du climat se traduisent dans les précipitations, les glaces, les océans, etc. Tous ces changements climatiques constituent une menace grandissante pour la biodiversité. D’ailleurs, ils pourraient devenir la principale cause d’extinction d’espèces dans le futur, surpassant même la dégradation d’habitats et la pollution. Afin de témoigner de la portée des changements climatiques sur la biodiversité, 6 espèces fauniques à statut précaire au Québec sont étudiées dans le cadre de l’essai. Par leurs fortes réponses aux stress, elles agissent à titre de bioindicateurs des changements climatiques. Ces espèces, de classes taxonomiques différentes, sont : le chevalier cuivré (Moxostoma hubbsi), l’ours blanc (Ursus maritimus), la grive de Bicknell (Catharus Bicknelli), la rainette faux-grillon de l’Ouest (Pseudacris triseriata), la tortue luth (Dermochelys coriacea) et le satyre fauve des Maritimes (Coenonympha nipisiquit). L’étude approfondie de ces espèces a permis de relever un total de 47 impacts potentiels des changements climatiques. En majorité, ces impacts concernent la perte d’habitats, l’augmentation de la compétition, la diminution du succès reproducteur et l’entrave à la survie. L’objectif de cet essai est d’évaluer les mesures de protection actuelles permettant de faire face à ces impacts. Bien qu’elles varient grandement d’une espèce à l’autre, elles peuvent être regroupées en quatre grandes thématiques, soit la recherche et le suivi, la gestion des aires protégées, l’adaptation du cadre législatif et l’aménagement écosystémique. L’évaluation de ces mesures a permis de soulever certains constats. En premier lieu, la recherche et le suivi constituent la principale mesure de protection adoptée. En second lieu, il appert que les mesures de protection actuelles manquent de spécificité. En effet, dans la majorité des cas, elles protègent l’espèce de manière indirecte seulement. Au final, dans le but d’améliorer ou de combler les lacunes des mesures de protection actuelles, des recommandations ont été formulées. D’une part, celles-ci présentent des actions concrètes comme la translocation ou l’aménagement écosystémique. D’autre part, elles suggèrent des modifications quant aux méthodes de suivi, à la gestion des aires protégées et aux cadres législatifs.

Aménagement agroécologique intégrant les pollinisateurs : une contribution à la production agricole du café en Mésoamérique

Les services écologiques sont essentiels au maintien de la vie humaine sur terre, puisqu’entre autres, ils participent à la production d’oxygène, de nourriture et de matériaux divers, régulent les cycles de l’eau et des nutriments et contribuent au bien-être humain ; ces services nous sont fournis depuis toujours, gratuitement et continuellement. Toutefois, les activités humaines compromettent de plus en plus ces services écologiques en déréglant les processus écologiques qui en sont à l’origine. Dans les paysages agricoles, les perturbations anthropiques sont connues pour affecter grandement la biodiversité et les services écologiques. L’intensification agricole ainsi que la perte et la fragmentation des habitats naturels menacent notamment les services de pollinisation, lesquels permettent la production de fruits et de graines, pour la reproduction des plantes et la consommation humaine. Cet essai évalue la perspective du service de pollinisation dans le cas précis du café en Mésoamérique. Le premier objectif de cet essai est de déterminer les enjeux écologiques, économiques et sociaux auxquels sont liés les pollinisateurs et la production durable et rentable de café. Le deuxième objectif de cet essai est d’identifier les mécanismes expliquant comment certains facteurs clés de la biodiversité et de l’aménagement peuvent augmenter les rendements du café à travers sa pollinisation par les abeilles. Le troisième objectif de cet essai est de proposer des mesures d’aménagement qui permettent d’intégrer davantage les pollinisateurs aux exploitations de café. Le quatrième et dernier objectif consiste à développer et prioriser des stratégies locales et régionales, qui puissent concilier l’application de ces mesures d’aménagement avec les réalités économiques et sociales. La revue de la littérature a permis de constater qu’en Mésoamérique, ce sont à la fois les populations d’abeilles sauvages et domestiques qui assurent la pollinisation du café. Ces insectes sont sensibles à la perturbation de leurs habitats, bien que certains soient plus tolérants que d’autres. De fait, l’aménagement local et l’aménagement régional peuvent soit bénéficier, soit nuire à la biodiversité d’abeilles et au service de pollinisation du café. Au niveau local, les systèmes agroforestiers de café, malgré de plus faibles rendements en comparaison à des monocultures intensives, sont plus résilients et maintiennent un service de pollinisation de qualité. Ils doivent donc être encouragés pour ne pas accentuer la dépendance des exploitations agricoles à des intrants externes (engrais, pesticides, herbicides, main d’œuvre supplémentaire ou mécanisation de l’agriculture) qui deviennent nécessaires pour compenser la perte des services écologiques et maintenir de hauts rendements. Au niveau régional, la forêt est essentielle au maintien de communautés de pollinisateurs abondants et riches en espèces. À l’échelle du paysage, des efforts doivent donc être investis pour préserver des habitats naturels de qualité et limiter l’isolement des exploitations de café. Cela est particulièrement vrai dans les paysages tropicaux où, contrairement aux paysages tempérés, il reste une proportion importante d’habitats naturels encore préservés. Ces habitats naturels et les terres destinées à d’autres usages (agriculture, élevage, etc.) forment une mosaïque complexe, si bien que l’aménagement du territoire soulève des enjeux majeurs aux niveaux politiques et institutionnels. Des efforts diversifiés sont donc nécessaires pour développer des solutions efficaces qui bénéficient durablement aux petits producteurs de café. Pour cela, il est essentiel que tous les membres de la chaîne de valeur du café soient des parties prenantes actives dans ces efforts. De l’échelle locale à l’échelle régionale, les producteurs, les coopératives, les gouvernements et les consommateurs ont tous une influence sur l’aménagement des paysages agricoles de café et sur les modes de vie ruraux. Bien que le rôle des insectes pollinisateurs dans l’augmentation des rendements soit reconnu, leur conservation requiert de meilleurs prix pour le café quand il est cultivé de façon respectueuse de la biodiversité, ainsi que des subventions directes pour préserver les forêts aux abords des exploitations et empêcher leur conversion en terres agricoles. À condition d’être ciblée et concertée, l’application de ces stratégies d’aménagement devrait permettre de maintenir le service de pollinisation du café en Mésoamérique.

Mobilisation des dépôts ectopiques de tissu adipeux : ses implications dans la résolution des comorbidités associées à l'obésité sévère suivant une chirurgie bariatrique

La prévalence de l’obésité sévère ne cesse d’augmenter. La problématique associée à l’obésité sévère est la présence possible de nombreuses comorbidités qui peuvent coexister et altérer le système cardiovasculaire, pulmonaire, endocrinien, articulaire et même favoriser le développement de certains cancers. L’excès de poids, plus particulièrement l’excès de tissu adipeux, sont tous deux liés au développement de ces comorbidités. Aucune donnée n’est disponible quant au rôle de la déposition ectopique du tissu adipeux. Considérant le caractère morbide de l’obésité sévère, la mortalité de toute cause augmentée et l’espérance de vie réduite, à ce jour le seul traitement dit efficace à long terme pour le traitement de l’obésité sévère est la chirurgie bariatrique. L’efficacité est définie par la perte de poids, le maintien à long terme de cette perte de poids ainsi que par l’amélioration ou la résolution des comorbidités. L’intérêt clinique et scientifique pour la chirurgie bariatrique est grandissant. Un nombre important d’études s’intéresse aux mécanismes sous-jacents de la résolution des comorbidités. Le diabète de type 2 est la comorbidité la plus étudiée et peu d’études se sont intéressées aux déterm meil.inants de la résolution de l’hypertension artérielle et de l’apnée obstructive du som Comme premier objectif, cette thèse visait à caractériser les différences de la composition corporelle et de la distribution du tissu adipeux de patients obèses sévères avec ou sans diagnostic de diabète de type 2, d’hypertension artérielle et d’apnée obstructive du sommeil. Le deuxième objectif de cette thèse visait à comparer l’évolution postopératoire suite à une chirurgie bariatrique sur les changements de la composition corporelle et de la distribution du tissu adipeux selon le statut de résolution du diabète de type 2, de l’hypertension artérielle et de l’apnée obstructive du sommeil. De plus, considérant le peu d’évidences dans la littérature au sujet des déterminants de la résolution de l’hypertension artérielle et de l’apnée obstructive du sommeil, l’évaluation du profil inflammatoire, des adipokines et de l’activité du système nerveux autonome ont aussi été caractérisés. Premièrement, nous avons documenté qu’en présence d’obésité sévère, la déposition ectopique du tissu adipeux était plus importante chez les patients avec un diabète de type 2, une hypertension artérielle et une apnée obstructive du sommeil comparativement à ceux n’ayant pas ces comorbidités. Nous avons par la suite montré que la résolution du diabète de type 2 et de l’hypertension artérielle était caractérisée par une réduction plus importante du tissu adipeux viscéral. Au contraire, la résolution de l’apnée obstructive du sommeil était plutôt caractérisée par une réduction plus importante du tissu adipeux sous-cutané à la mi-cuisse et par une tendance à une perte de poids plus élevée. De plus, nous avons observé que chez les patients qui n’avaient pas résolu leur diabète de type 2, leur hypertension artérielle et leur apnée obstructive du sommeil, la quantité de tissu adipeux viscéral, à 12 mois suivant la chirurgie bariatrique, était plus importante comparativement à celle mesurée chez les patients n’ayant pas résolu ces comorbidités. Spécifiquement à l’évaluation du profil inflammatoire et des adipokines, nous avons observé que chez les patients obèses sévères, la présence de l’hypertension artérielle et de l’apnée obstructive du sommeil n’était pas caractérisée par un profil altéré au niveau des marqueurs inflammatoires et des adipokines. Également, nous n’avons pas observé de changements majeurs qui pouvaient expliquer, en partie, la résolution de l’hypertension artérielle et de l’apnée obstructive du sommeil. Quant à l’activité du système nerveux autonome, nous avons observé une faible activité du système nerveux parasympathique chez les patients obèses sévères avec hypertension artérielle et apnée obstructive du sommeil. Nous avons également documenté que la résolution de l’hypertension artérielle et de l’apnée obstructive du sommeil était associée à une tendance à une augmentation plus importante de l’activité parasympathique du système nerveux autonome. Les résultats obtenus au cours de ce doctorat supportent l’importance de la déposition ectopique du tissu adipeux en situation d’obésité sévère, particulièrement le rôle du tissu adipeux viscéral, dans le développement du diabète de type 2, de l’hypertension artérielle et de l’apnée obstructive du sommeil ainsi que dans la résolution de ces comorbidités suivant une chirurgie bariatrique. D’autres recherches devront davantage s’intéresser à la mobilisation des dépôts ectopiques de tissu adipeux comme un déterminant important dans la résolution à plus long terme de ces comorbidités.

Le verdissement des territoires industriels comme stratégie d'amélioration de la qualité de vie des Montréalais(e)s : étude de cas

L’augmentation des chaleurs estivales jumelée à l’augmentation des fréquences de smog affectera la santé publique. Le phénomène des îlots de chaleur urbain apporte son lot d’impacts environnementaux, sociaux et économiques partout à travers le monde. La perte de biodiversité, les maladies pulmonaires, la pauvreté et contamination des sols, les dépenses astronomiques liées aux traitements des eaux pluviales obligent les acteurs du territoire à trouver des mesures d’atténuation plus durable et impactant. Dans la foulée, le verdissement sous l’approche de l’arbre apparait comme une des stratégies les plus douces et simples à mettre en œuvre. Les bénéfices encourus par ces grands êtres vivants que sont les arbres peuvent aussi jouer à la fois sur l’économie, l’environnement et la santé. D’où l’engouement des métropoles à verdir leur espace urbain : parc, corridor forestier, îlot de verdure, etc. Alors que certaines villes visent à augmenter leur indice de canopée, d’autres espèrent seulement procurer de meilleures conditions de vie à leur masse citoyenne. Dans les grandes villes et les régions occidentales, dont au Québec et à Montréal, le verdissement demeure un terme récent et méconnu. L’objectif du document est de recommander des méthodes d’actions de verdissement à l’échelle des parcs industriels montréalais. Celui de l’arrondissement d’Anjou a été choisi comme étude de cas. Les conclusions de l’analyse permettent de réaliser qu’un projet de plantation d’arbres en milieu industriel se déroule en 2 phases et 10 étapes. En tenant compte du diagnostic territorial réalisé en amont, les acteurs du territoire ciblent des enjeux afin d’établir des situations gagnantes aux projets de verdissement. Cette démarche vise à insuffler un nouveau visage aux parcs industriels montréalais. Les territoires industriels ont trop longtemps été des lieux ingrats, sous-utilisés et dépourvus d’arbres, toutefois ils témoignent d’un immense potentiel de verdissement. D’où la raison d’y accorder une importance. Pour faire face à ce changement de vision, les élus, les énarques et les acteurs du territoire montréalais doivent miser : sur le développement d’une cohérence des politiques sectorielles, sur le renforcement des règlements d’urbanismes, sur une réelle lutte aux ICU et à l’atteinte des objectifs du Plan d’action canopée, sur la création d’incitatifs économiques favorables, sur le développement des capacités et enfin sur le réseautage des citoyens ainsi que sur le réseautage des adeptes de l’aménagement durable.