Complex, 3D strain patterns in a synkinematic tonalite batholith from the Aracuai Neoproterozoic orogen (Eastern Brazil): Evidence from combined magnetic and isotopic chronology studies

This work combines structural and geochronological data to improve our understanding of the mechanical behaviour of continental crust involving large amount of magma or partially melted material in an abnormally hot collisional belt. We performed a magnetic and geochronological (U/Pb) study on a huge tonalitic batholith from the Neoproterozoic Aracual belt of East Brazil to determine the strain distribution through space and time. Anisotropy of magnetic susceptibility, combined with rock magnetism investigations, supports that the magnetic fabric is a good proxy of the structural fabric. Field measurements together with the magnetic fabrics highlight the presence in the batholith of four domains characterized by contrasted magmatic flow patterns. The western part is characterized by a gently dipping, orogen-parallel (similar to NS) magmatic foliation that bears down-dip lineations, in agreement with westward thrusting onto the Sao Francisco craton. Eastward, the magmatic foliation progressively turns sub-vertical with a lineation that flips from sub-horizontal to sub-vertical over short distances. This latter domain involves an elongated corridor in which the magmatic foliation is sub-horizontal and bears an orogen-parallel lineation. Finally the fourth, narrow domain displays sub-horizontal lineations on a sub-vertical magmatic foliation oblique (similar to N150 degrees E) to the trend of the belt. U/Pb dating of zircons from the various domains revealed homogeneity in age for all samples. This, together with the lack of solid-state deformation suggests that: 1) the whole batholith emplaced during a magmatic event at similar to 580 Ma, 2) the deformation occurred before complete solidification. and 3) the various fabrics are roughly contemporaneous. The complex structural pattern mapped in the studied tonalitic batholith suggests a 3D deformation of a slowly cooling, large magmatic body and its country rock. We suggest that the development of the observed 3D flow field was promoted by the low viscosity of the middle crust that turned gravitational force as an active tectonic force combining with the East-West convergence between the Sao Francisco and Congo cratons. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Semi-supervised dimensionality reduction based on partial least squares for visual analysis of high dimensional data

Dimensionality reduction is employed for visual data analysis as a way to obtaining reduced spaces for high dimensional data or to mapping data directly into 2D or 3D spaces. Although techniques have evolved to improve data segregation on reduced or visual spaces, they have limited capabilities for adjusting the results according to user's knowledge. In this paper, we propose a novel approach to handling both dimensionality reduction and visualization of high dimensional data, taking into account user's input. It employs Partial Least Squares (PLS), a statistical tool to perform retrieval of latent spaces focusing on the discriminability of the data. The method employs a training set for building a highly precise model that can then be applied to a much larger data set very effectively. The reduced data set can be exhibited using various existing visualization techniques. The training data is important to code user's knowledge into the loop. However, this work also devises a strategy for calculating PLS reduced spaces when no training data is available. The approach produces increasingly precise visual mappings as the user feeds back his or her knowledge and is capable of working with small and unbalanced training sets.

An in vitro comparison of subjective image quality of panoramic views acquired via 2D or 3D imaging

Objectives: The objective of this study is to compare subjective image quality and diagnostic validity of cone-beam CT (CBCT) panoramic reformatting with digital panoramic radiographs. Materials and methods: Four dry human skulls and two formalin-fixed human heads were scanned using nine different CBCTs, one multi-slice CT (MSCT) and one standard digital panoramic device. Panoramic views were generated from CBCTs in four slice thicknesses. Seven observers scored image quality and visibility of 14 anatomical structures. Four observers repeated the observation after 4 weeks. Results: Digital panoramic radiographs showed significantly better visualization of anatomical structures except for the condyle. Statistical analysis of image quality showed that the 3D imaging modalities (CBCTs and MSCT) were 7.3 times more likely to receive poor scores than the 2D modality. Yet, image quality from NewTom VGi® and 3D Accuitomo 170® was almost equivalent to that of digital panoramic radiographs with respective odds ratio estimates of 1.2 and 1.6 at 95% Wald confidence limits. A substantial overall agreement amongst observers was found. Intra-observer agreement was moderate to substantial. Conclusions: While 2D-panoramic images are significantly better for subjective diagnosis, 2/3 of the 3D-reformatted panoramic images are moderate or good for diagnostic purposes. Clinical relevance: Panoramic reformattings from particular CBCTs are comparable to digital panoramic images concerning the overall image quality and visualization of anatomical structures. This clinically implies that a 3D-derived panoramic view can be generated for diagnosis with a recommended 20-mm slice thickness, if CBCT data is a priori available for other purposes.

Dendritic cells and T lymphocytes interactions in a novel 3D system

We describe the interactions between monocyte-derived DCs, in different stages of maturation, with allogeneic T lymphocytes in a 3D system. Maturation of DCs increased their interaction time with T lymphocytes from 43 to 138 minutes. The average motility of T lymphocytes interacting or not with DCs was also affected, varying from 0.21μm-0.37μm/minute to 0.36μm- 0.52μm/minute. These data indicate that this 3D BiotekTM scaffold enables interactions between lymphocytes and DCs at different stages of maturation and may be useful for the characterization of these interactions, the cellular subtypes and patterns of response induced.

Epigraphia 3D. Un proyecto de innovación científica en la divulgación del patrimonio epigráfico de Hispania

Los avances experimentados en los últimos años en las tecnologías basadas en el procesamiento de las fotografías digitales, permite abordar proyectos de modelización 3D de inscripciones romanas, como el realizado en el Museo Arqueológico Nacional (Madrid). La utilización de esta tecnología innovadora aporta a los especialistas mejores reproducciones que la fotografía convencional, que supondrán un enriquecimiento de las bases de datos epigráficas, pero su utilidad se extiende también a la propia enseñanza de la Epigrafía.

Kernel Methods for Tree Structured Data

Machine learning comprises a series of techniques for automatic extraction of meaningful information from large collections of noisy data. In many real world applications, data is naturally represented in structured form. Since traditional methods in machine learning deal with vectorial information, they require an a priori form of preprocessing. Among all the learning techniques for dealing with structured data, kernel methods are recognized to have a strong theoretical background and to be effective approaches. They do not require an explicit vectorial representation of the data in terms of features, but rely on a measure of similarity between any pair of objects of a domain, the kernel function. Designing fast and good kernel functions is a challenging problem. In the case of tree structured data two issues become relevant: kernel for trees should not be sparse and should be fast to compute. The sparsity problem arises when, given a dataset and a kernel function, most structures of the dataset are completely dissimilar to one another. In those cases the classifier has too few information for making correct predictions on unseen data. In fact, it tends to produce a discriminating function behaving as the nearest neighbour rule. Sparsity is likely to arise for some standard tree kernel functions, such as the subtree and subset tree kernel, when they are applied to datasets with node labels belonging to a large domain. A second drawback of using tree kernels is the time complexity required both in learning and classification phases. Such a complexity can sometimes prevents the kernel application in scenarios involving large amount of data. This thesis proposes three contributions for resolving the above issues of kernel for trees. A first contribution aims at creating kernel functions which adapt to the statistical properties of the dataset, thus reducing its sparsity with respect to traditional tree kernel functions. Specifically, we propose to encode the input trees by an algorithm able to project the data onto a lower dimensional space with the property that similar structures are mapped similarly. By building kernel functions on the lower dimensional representation, we are able to perform inexact matchings between different inputs in the original space. A second contribution is the proposal of a novel kernel function based on the convolution kernel framework. Convolution kernel measures the similarity of two objects in terms of the similarities of their subparts. Most convolution kernels are based on counting the number of shared substructures, partially discarding information about their position in the original structure. The kernel function we propose is, instead, especially focused on this aspect. A third contribution is devoted at reducing the computational burden related to the calculation of a kernel function between a tree and a forest of trees, which is a typical operation in the classification phase and, for some algorithms, also in the learning phase. We propose a general methodology applicable to convolution kernels. Moreover, we show an instantiation of our technique when kernels such as the subtree and subset tree kernels are employed. In those cases, Direct Acyclic Graphs can be used to compactly represent shared substructures in different trees, thus reducing the computational burden and storage requirements.

Kryoelektronenmikroskopie von Proteinen: 3D-Struktur (12 A) des Hämocyanins der Schnecke Haliotis

Zusammenfassung:Die Quartärstruktur des respiratorischen Proteins Hämocyanin (Isoform HtH1) aus der marinen Schnecke Haliotis tuberculata wurde vermittels Kryoelektronen-mikroskopie und 3D-Rekonstruktion untersucht. Das Molekül ist zylinderförmig, hat einen Durchmesser von ca. 35 nm und besteht aus einer Zylinderwand und einem internen Kragenkomplex. Dieser wiederum besteht aus einem Collar und einem Arc.Die kryoelektronenmikroskopischen Aufnahmen von in glasartigem Eis fixierten HtH1-Molekülen brachte eine enorme Verbesserung der Anzahl der zur Verfügung stehenden Ansichtswinkel gegenüber den negativkontrastierten Molekülen, die auf Karbonfilm präpariert waren.Die 3D-Rekonstruktion des HtH1 mittels Aufnahmen bei drei verschiedenen Defo-kuswerten verbesserte die Auflösung noch einmal deutlich gegenüber den Rekon-struktionen, die aus Aufnahmen bei einem festen Defokuswert gemacht wurden, und zwar auf 12 Å. Das Molekül besitzt eine D5-Symmetrie.Aus dieser bisher genausten Rekonstruktion eines Molluskenhämocyanins aus EM-Bildern ließen sich folgende neue Strukturdetails ableiten:· Ein Untereinheitendimer konnte als Repeating Unit im Dekamer des HtH1 beschrieben werden.· Das Untereinheitendimer konnte aus der 3D-Dichtekarte isoliert werden. Es be-steht eindeutig aus 16 Massen, die funktionellen Domänen entsprechen. Zwei dieser Massen bilden den Collar, zwei den Arc und 12 das Wandsegment.· Die gegenläufige Anordnung der beiden Untereinheiten innerhalb dieses Unte-reinheitendimers konnten bestätigt und auf zwei Möglichkeiten eingeschränkt werden.· Die Zahl der alternativen Anordnungen der 16 funktionellen Domänen (HtH1-a bis HtH1-h) im Untereinheitendimer konnten von 80 auf 2 eingeengt werden.· Es konnte über molekulares Modellieren mithilfe einer publizierten Kristallstruk-tur eine 3D-Struktur fastatomarer Auflösung der funktionellen Domäne HtH1-g berechnet werden.· Die funktionelle Domäne HtH1-g konnte als Domänenpaar plausibel in die 3D?Dichtekarte des Untereinheitendimers eingepasst werden, und zwar in die beiden Massen des Arc.Aus der elektronenmikroskopisch gewonnenen Dichtekarte wurde mit Hilfe des

Slope stability analysis by multi-temporal DEMs and 3D modelling: The 2002 and 2007 Stromboli landslide events

Natural hazard related to the volcanic activity represents a potential risk factor, particularly in the vicinity of human settlements. Besides to the risk related to the explosive and effusive activity, the instability of volcanic edifices may develop into large landslides often catastrophically destructive, as shown by the collapse of the northern flank of Mount St. Helens in 1980. A combined approach was applied to analyse slope failures that occurred at Stromboli volcano. SdF slope stability was evaluated by using high-resolution multi-temporal DTMMs and performing limit equilibrium stability analyses. High-resolution topographical data collected with remote sensing techniques and three-dimensional slope stability analysis play a key role in understanding instability mechanism and the related risks. Analyses carried out on the 2002–2003 and 2007 Stromboli eruptions, starting from high-resolution data acquired through airborne remote sensing surveys, permitted the estimation of the lava volumes emplaced on the SdF slope and contributed to the investigation of the link between magma emission and slope instabilities. Limit Equilibrium analyses were performed on the 2001 and 2007 3D models, in order to simulate the slope behavior before 2002-2003 landslide event and after the 2007 eruption. Stability analyses were conducted to understand the mechanisms that controlled the slope deformations which occurred shortly after the 2007 eruption onset, involving the upper part of slope. Limit equilibrium analyses applied to both cases yielded results which are congruent with observations and monitoring data. The results presented in this work undoubtedly indicate that hazard assessment for the island of Stromboli should take into account the fact that a new magma intrusion could lead to further destabilisation of the slope, which may be more significant than the one recently observed because it will affect an already disarranged deposit and fractured and loosened crater area. The two-pronged approach based on the analysis of 3D multi-temporal mapping datasets and on the application of LE methods contributed to better understanding volcano flank behaviour and to be prepared to undertake actions aimed at risk mitigation.

Realisierung einer 3D-Kreuzkorrelationsanlage zur Untersuchung von Struktur und Dynamik hochkonzentrierter Kolloide

Realisierung einer 3D-Kreuzkorrelationsanlage zur Untersuchung von Struktur und Dynamik hochkonzentrierter Kolloide Im Rahmen dieser Arbeit wird eine neuartige 3D-Kreuzkorrelationsanlage zur mehrfachstreufreien Untersuchung des diffusiven Verhaltens hochkonzentrierter kolloidaler Suspensionen vorgestellt. Hierzu werden zwei Lichtstreuexperimente gleichzeitig am gleichen Streuvolumen und mit dem gleichen Streuvektor durchgeführt. Aus der so gewonnenen Kreuzkorrelationsfunktion kann das dynamische Verhalten der Kolloide bestimmt werden. Für die Diffusion der Partikel spielen neben der direkten Wechselwirkung elektroviskoser Effekt und die hydrodynamische Wechselwirkung eine entscheidende Rolle. Insbesondere bei hohen Konzentrationen kann keiner der drei Effekte vernachlässigt werden. Die zu messenden Unterschiede in den Diffusionskoeffizienten sind sehr klein. Daher wurde der experimentelle Aufbau detailliert charakterisiert. Hierbei konnten theoretische Überlegungen hinsichtlich des Nachpulsens und der Totzeit der verwendeten Si-Avalanche-Photodioden überprüft werden. Der Kurzzeitselbstdiffusionskoeffizient hochkonzentrierter geladener kolloidaler Suspensionen wurde gemessen. Um die Daten bei hohen Konzentrationen korrekt zu normieren, wurde der elektroviskose Effekt bei geringen Konzentrationen ausführlich untersucht. Hierbei zeigte sich, dass der elektroviskose Einzelteilcheneffekt zu einer monotonen Abnahme des Diffusionskoeffizienten bei abnehmender Ionenstärke führt. Anhand der volumenbruchabhängigen Daten des Kurzzeitselbstdiffusionskoeffizienten konnte zum ersten Mal gezeigt werden, dass die hydrodynamische Wechselwirkung einen geringeren Einfluss auf die Diffusion hat, falls das direkte Wechselwirkungspotential ein Coulomb-Potential anstelle eines Harte-Kugel-Potentials ist.

Spectral-Element and Adjoint 3D Full-Wave Tomography for the Lithosphere of Central Italy

The primary objective of this thesis is to obtain a better understanding of the 3D velocity structure of the lithosphere in central Italy. To this end, I adopted the Spectral-Element Method to perform accurate numerical simulations of the complex wavefields generated by the 2009 Mw 6.3 L’Aquila event and by its foreshocks and aftershocks together with some additional events within our target region. For the mainshock, the source was represented by a finite fault and different models for central Italy, both 1D and 3D, were tested. Surface topography, attenuation and Moho discontinuity were also accounted for. Three-component synthetic waveforms were compared to the corresponding recorded data. The results of these analyses show that 3D models, including all the known structural heterogeneities in the region, are essential to accurately reproduce waveform propagation. They allow to capture features of the seismograms, mainly related to topography or to low wavespeed areas, and, combined with a finite fault model, result into a favorable match between data and synthetics for frequencies up to ~0.5 Hz. We also obtained peak ground velocity maps, that provide valuable information for seismic hazard assessment. The remaining differences between data and synthetics led us to take advantage of SEM combined with an adjoint method to iteratively improve the available 3D structure model for central Italy. A total of 63 events and 52 stations in the region were considered. We performed five iterations of the tomographic inversion, by calculating the misfit function gradient - necessary for the model update - from adjoint sensitivity kernels, constructed using only two simulations for each event. Our last updated model features a reduced traveltime misfit function and improved agreement between data and synthetics, although further iterations, as well as refined source solutions, are necessary to obtain a new reference 3D model for central Italy tomography.

La Ricostruzione 3D di Bologna nel XVI Secolo

Il lavoro presentato ha come oggetto la ricostruzione tridimensionale della città di Bologna nella sua fase rinascimentale. Tale lavoro vuole fornire un modello 3D delle architetture e degli spazi urbani utilizzabile sia per scopi di ricerca nell’ambito della storia delle città sia per un uso didattico-divulgativo nel settore del turismo culturale. La base del lavoro è una fonte iconografica di grande importanza: l’affresco raffigurante Bologna risalente al 1575 e situato in Vaticano; questa è una veduta a volo d’uccello di grandi dimensioni dell’intero tessuto urbano bolognese all’interno della terza cerchia di mura. In esso sono rappresentate in maniera particolareggiata le architetture civili e ecclesiastiche, gli spazi ortivi e cortilivi interni agli isolati e alcune importanti strutture urbane presenti in città alla fine del Cinquecento, come l’area portuale e i canali interni alla città, oggi non più visibili. La ricostruzione tridimensionale è stata realizzata tramite Blender, software per la modellazione 3D opensource, attraverso le fasi di modellazione, texturing e creazione materiali (mediante campionamento delle principali cromie presenti nell’affresco), illuminazione e animazione. Una parte della modellazione è stata poi testata all’interno di un GIS per verificare l’utilizzo delle geometrie 3D come elementi collegabili ad altre fonti storiche relative allo sviluppo urbano e quindi sfruttabili per la ricerca storica. Grande attenzione infine è stata data all’uso dei modelli virtuali a scopo didattico-divulgativo e per il turismo culturale. La modellazione è stata utilizzata all’interno di un motore grafico 3D per costruire un ambiente virtuale interattivo nel quale un utente anche non esperto possa muoversi per esplorare gli spazi urbani della Bologna del Cinquecento. In ultimo è stato impostato lo sviluppo di un’applicazione per sistemi mobile (Iphone e Ipad) al fine di fornire uno strumento per la conoscenza della città storica in mobilità, attraverso la comparazione dello stato attuale con quello ricostruito virtualmente.

3D-Cryo-Elektronenmikroskopie des 4x6-Hämocyanins der Vogelspinne Eurypelma californicum unter Oxy- und Deoxybedingungen

Arthropodenhämocyanine und Molluskenhämocyanine, die extrazellulären Atmungsproteine der Arthropoden und Mollusken, unterscheiden sich grundsätzlich im Aufbau, besitzen aber ähnliche aktive Zentren, welche in ihrer oxydierten Form für die Blaufärbung der Hämocyanine verantwortlich sind. Sauerstoff wird im Bindungszentrum zwischen zwei, von sechs Histidinen ligandierten, Kupfer(I)Ionen gebunden. Arthropodenhämocyanine bauen sich artspezifisch aus 1, 2, 4, 6, oder 8 Hexameren mit D3-Symmetrie auf. Die Untereinheiten von je ca. 75 kDa falten sich in drei Domänen unterschiedlicher Funktionen. Der komplexe, hierarchische Zusammenbau der Arthropodenhämocyanine hängt von der Heterogenität der Untereinheiten ab. Die 7 verschieden Sequenzen des 4x6-Hämocyanins von Eurypelma californicum (EcHc) sind biochemisch in der Quartärstruktur lokalisiert. Bislang fehlte noch ein unabhängig erstelltes 3D-Modell der geometrischen Gesamtstruktur welche die hexamere und monomere Topographie eindeutig zeigt. Dessen Erstellung war Gegenstand dieser Arbeit, in Verbindung mit der Zielsetzung, die 3D-Rekonstruktion in den beiden extremen physiologischen Zuständen, mit und ohne gebundenen Sauerstoff, zu erzeugen. Dazu wurden in einer eigens entwickelten Atmosphären-Präparationskammer die Proteine in Lösung schockgefrorenen und mittels Cryo-3D-Elektronenmikroskopie gemessen. Aus den daraus gewonnen Projektionsbildern ließen sich mit der ”Single Particle Analyse“ die 3D-Informationen zurückberechnen. Die 3D-Rekonstruktionen wurden mit der publizierten Röntgenkristallstruktur des hexameren Referenz-Hämocyanins der Languste Panulirus interruptus verifiziert. Die Rekonstruktionen erlaubten die eindeutige Messung diverser in der Literatur diskutierter Parameter der Architektur des 4x6-EcHc und darüber hinaus weiterer geometrischer Parameter, welche hier erstmals veröffentlicht werden. SAXS-Daten sagen extreme Translationen und Rotationen von Teilquartärstrukturen zwischen oxy- und deoxy-EcHc voraus, was von den 3D-Rekonstruktionen der beiden Zustände nicht bestätigt werden konnte: Die 16 Å Rekonstruktion der Deoxyform weicht geometrisch nicht von der 21 Å Rekonstruktion der Oxyform ab. Die Einpassung der publizierten Röntgenstruktur der Untereinheit II des Hämocyanin des Pfeilschwanzkrebses Limulus polyphemus in die Rekonstruktionen unterstützt eine auf der hexameren Hierarchieebene lokalisierte Dynamik der Oxygenierung. Mittels Einpassung modellierter molekularer Strukturen der EcHc-Sequenzen konnte eine erste Vermutung zur Lokalisation der beiden zentralen Linker-Untereinheiten b und c des 4x6-Moleküls gemacht werden: Demnach würde Untereinheit b in den exponierten Hexameren des Moleküls liegen. Aussagen über die Quartärstrukturbindungen auf molekularer Ebene aufgrund der Einpassung modellierter molekularer Daten in die Rekonstruktionen sind als spekulativ einzustufen: a) Die Auflösung der Rekonstruktion ist verbesserungswürdig. b) Es gibt keine adäquate Vorlage für eine verlässliche Strukturvorhersage; die verschiedenen EcHc-Sequenzen liegen nur als Modellierung vor. c) Es wäre eine flexible Einpassung notwendig, um Ungenauigkeiten in den modellierten Strukturen durch Sekundärstrukturanpassung zu minimieren.

Anwendung der geoelektrischen 3D-Tomographie für die Analyse thermisch induzierter Strömungen im Labor

Sowohl in der Natur als auch in der Industrie existieren thermisch induzierte Strömungen. Von Interesse für diese Forschungsarbeit sind dabei die Konvektionen im Erdmantel sowie in den Glasschmelzwannen. Der dort stattfindende Materialtransport resultiert aus Unterschieden in der Dichte, der Temperatur und der chemischen Konzentration innerhalb des konvektierenden Materials. Um das Verständnis für die ablaufenden Prozesse zu verbessern, werden von zahlreichen Forschergruppen numerische Modellierungen durchgeführt. Die Verifikation der dafür verwendeten Algorithmen erfolgt meist über die Analyse von Laborexperimenten. Im Vordergrund dieser Forschungsarbeit steht die Entwicklung einer Methode zur Bestimmung der dreidimensionalen Temperaturverteilung für die Untersuchung von thermisch induzierten Strömungen in einem Versuchsbecken. Eine direkte Temperaturmessung im Inneren des Versuchsmaterials bzw. der Glasschmelze beeinflusst allerdings das Strömungsverhalten. Deshalb wird die geodynamisch störungsfrei arbeitende Impedanztomographie verwendet. Die Grundlage dieser Methode bildet der erweiterte Arrhenius-Zusammenhang zwischen Temperatur und spezifischer elektrischer Leitfähigkeit. Während der Laborexperimente wird ein zähflüssiges Polyethylenglykol-Wasser-Gemisch in einem Becken von unten her erhitzt. Die auf diese Weise generierten Strömungen stellen unter Berücksichtigung der Skalierung ein Analogon sowohl zu dem Erdmantel als auch zu den Schmelzwannen dar. Über mehrere Elektroden, die an den Beckenwänden installiert sind, erfolgen die geoelektrischen Messungen. Nach der sich anschließenden dreidimensionalen Inversion der elektrischen Widerstände liegt das Modell mit der Verteilung der spezifischen elektrischen Leitfähigkeit im Inneren des Versuchsbeckens vor. Diese wird mittels der erweiterten Arrhenius-Formel in eine Temperaturverteilung umgerechnet. Zum Nachweis der Eignung dieser Methode für die nichtinvasive Bestimmung der dreidimensionalen Temperaturverteilung wurden mittels mehrerer Thermoelemente an den Beckenwänden zusätzlich direkte Temperaturmessungen durchgeführt und die Werte miteinander verglichen. Im Wesentlichen sind die Innentemperaturen gut rekonstruierbar, wobei die erreichte Messgenauigkeit von der räumlichen und zeitlichen Auflösung der Gleichstromgeoelektrik abhängt.

3D-electron microscopy of different conformations of cephalopod hemocyanins

Die Hämocyanine der Cephalopoden Nautilus pompilius und Sepia officinalis sorgen für den Sauerstofftransport zwischen den Kiemen und den Geweben. Sie bestehen aus einem zylindrischen Dekamer mit interner Kragenstruktur. Während eine Untereinheit (also eine Polypeptidkette) bei NpH aus sieben paralogen funktionellen Domänen (FU-a bis FU-g) besteht, führte ein Genduplikationsereignis der FU-d zu acht FUs in SoH (a, b, c, d, d´, e, f, g). In allen Mollusken Hämocyaninen bilden sechs dieser FUs den äußeren Ring und die restlichen die interne Kragenstruktur. rnrnIn dieser Arbeit wurde ein dreidimensionales Modell des Hämocyanins von Sepia officinalis (SoH) erstellt. Die Rekonstruktion, mit einer Auflösung von 8,8Å (FSC=0,5), erlaubt das Einpassen von Homolologiemodellen und somit das Erstellen eines molekularen Modells mit pseudo atomarer Auflösung. Des Weiteren wurden zwei Rekonstruktionen des Hämocyanins von Nautilus pompilius (NpH) in verschiedenen Oxygenierungszuständen erstellt. Die auf 10 und 8,1Å aufgelösten Modelle zeigen zwei verschiedene Konformationen des Proteins. Daraus ließ sich eine Modellvorstellung über die allosterische Funktionsweise ableiten. Die hier erreichte Auflösung von 8Å ist die momentan höchste eines Molluskenhämocyanins. rnAuf Grundlage des molekularen Modells von SoH konnte die Topologie des Proteins aufgeklärt werden. Es wurde gezeigt, dass die zusätzliche FU-d´ in den Kragen integriert ist und somit die prinzipielle Wandarchitektur aller Mollusken Hämocyanine identisch ist. Wie die Analyse des erstellten molekularen Modells zeigt werden sind die beiden Isoformen (SoH1 und SoH2) in den Bereichen der Interfaces nahezu identisch; auch der Vergleich mit NpH zeigt grosse Übereinstimmungen. Des weiteren konnte eine Fülle von Informationen bezüglich der allosterischen Signalübertragung innerhalb des Moleküls gewonnen werden. rnDer Versuch, NpH in verschiedenen Oxygenierungszuständen zu zeigen, war erfolgreich. Die Datensätze, die unter zwei atmosphärischen Bedingungen präpariert wurden, führten reproduzierbar zu zwei unterschiedlichen Rekonstruktionen. Dies zeigt, daß der hier entwickelte experimentelle Ansatz funktioniert. Er kann nun routinemäßig auf andere Proteine angewandt werden. Wie der strukturelle Vergleich zeigte, verändert sich die Orientierung der FUs durch die Oxygenierung leicht. Dies wiederum beeinflusst die Anordnung innerhalb der Interfaces sowie die Abstände zwischen den beteiligten Aminosäuren. Aus dieser Analyse konnte eine Modellvorstellung zum allosterischen Signaltransfer innerhalb des Moleküls abgeleitet werden, die auf einer Umordnung von Salzbrücken basiert.

Reverse Engineering tools: development and experimentation of innovative methods for physical and geometrical data integration and post-processing

In recent years, the use of Reverse Engineering systems has got a considerable interest for a wide number of applications. Therefore, many research activities are focused on accuracy and precision of the acquired data and post processing phase improvements. In this context, this PhD Thesis deals with the definition of two novel methods for data post processing and data fusion between physical and geometrical information. In particular a technique has been defined for error definition in 3D points’ coordinates acquired by an optical triangulation laser scanner, with the aim to identify adequate correction arrays to apply under different acquisition parameters and operative conditions. Systematic error in data acquired is thus compensated, in order to increase accuracy value. Moreover, the definition of a 3D thermogram is examined. Object geometrical information and its thermal properties, coming from a thermographic inspection, are combined in order to have a temperature value for each recognizable point. Data acquired by an optical triangulation laser scanner are also used to normalize temperature values and make thermal data independent from thermal-camera point of view.