Entorn de suport a la inserció de pròtesis

L’objectiu d’aquest projecte és integrar a la plataforma Starviewer ( plataforma informàtica de processament i visualització d’imatges mèdiques creada fruit de la col•laboració del Laboratori de Gràfics i Imatge (GILab) de la Universitat de Girona i l’Institut de Diagnòstic per la Imatge (IDI) de l’hospital Dr. Josep Trueta de Girona) per donar suport al diagnòstic un entorn de suport a la inserció de pròtesis, que permeti automatitzar al màxim les operacions que actualment es realitzen de forma manual. Hem de tenir en compte que, tot i que, la imatge més usada pel radiòleg es la radiografia (Rx) també treballa amb tomografia computada (TAC). El TAC dona una visió 3D de l’organisme, mentre que la Rx és 2D

Reconeixement d’escenes de la ciutat de Girona a partir del contingut d’imatges

Desenvolupament una aplicació informàtica basada en un sistema de visió per computador, la qual permeti donar una resposta en forma d'informació a partir d'una query d'una imatge que conté una escena o objecte en concret de manera que permeti reconèixer els objectes que apareixen en una imatge per llavors donar informació referent al contingut de la imatge a l’usuari que ha fet la consulta. Resumint, es tracta d’analitzar, dissenyar i construir un sistemade visió per computador capaç de reconèixer objectes d’interès en imatges

Entorn de suport al diagnòstic dels aneurismes

L’objectiu d’aquest projecte es dissenyar i implementar un entorn de suport al diagnòstic dels aneurismes. Aquest entorn s’haurà d’integrar en la plataforma Starviewer. La plataforma Starviewer és un entorn de processament i visualització de dades mèdiques desenvolupat conjuntament entre el Laboratori de Gràfics i Imatge de la UdG i l’ Institut de Diagnòstic per la Imatge de l’Hospital Josep Trueta de Girona. Aquesta plataforma ofereix les funcionalitats bàsiques per diagnosticar a partir d’imatges. Tot i les funcionalitats de la plataforma, en la versió actual no es suporta el processament avançat d’imatge d’angiografia. En aquest projecte ens proposem ampliar aquesta plataforma integrant els mòduls necessaris que permetin el processament d’angiografies usades en el diagnòstic dels aneurismes

Sistema informàtic de gestió, processament i anàlisi d'imatges confocals per a l'ajuda en la diagnosi del càncer de pell

El càncer de pell es considera un dels tipus de càncer més freqüents actualment, entre d'altres factors degut a l'augment en l'exposició a la radiació ultraviolada (UV). Recentment la utilització de la Microscòpia Confocal (MCF) per a l'avaluació i diagnosi del càncer de pell ha rebut un important interès. El principal avantatge és la capacitat de visualitzar en temps real la regió d'interès a nivell cel·lular, similar a la informació obtinguda en una biòpsia, sense el patiment que suposa per al pacient. El principal inconvenient però, és que les imatges obtingudes amb MCF són difícils d'interpretar per als metges en el format actual (conjunt de talls 2D a diferents profunditats de la pell).El microscopi confocal és una de les tècniques més actuals de diagnòstic, i s'ha establert com a una eina per obtenir imatges d'alta resolució i reconstruccions 3-D d'una gran varietat de mostres biològiques. És capaç d'escombrar diferents plans en l'eix Z, obtenint imatges 2D de diferent profunditat juntament amb la informació dels paràmetres de captura (com ara la profunditat, potència del làser, posicionament en x,y,z, etc). Mitjançant eines informàtiques es pot integrar aquesta informació en un model 3D de la regió d'interès. L'objectiu principal d'aquest projecte és el desenvolupament d'una eina per a l'ajuda en la interpretació de les imatges MCF i així poder millorar el diagnosi del càncer de pell

Desenvolupament d'una plataforma informàtica per al tractament, manipulació i visualització de dades cardíaques

El processament de dades cardíaques és, sinó el que més, un dels més complexes de tractar.El problema principal és que a diferència d’altres parts de l’organisme, el cor del pacientestà en moviment continu. Aquest moviment queda representat en les imatges generadespels aparells de captació en forma de soroll. Aquest soroll no només dificulta la detecció deles patologies per part dels cardiòlegs i els especialistes sinó que també en moltes ocasionslimita l’aplicació de certes tècniques i mètodes. Així per exemple, l’aplicació de mètodes devisualització 3D (mètodes que permeten generar una representació 3D d’un òrgan) quepoden aplicar-se fàcilment en visualització de dades del cervell no són aplicables sobredades de cor. El Grup d’Informàtica Gràfica de la Universitat de Girona, juntament amb l’Institut deDiagnòstic per la Imatge (IDI) de l'hospital Dr. Josep Trueta, està col·laborant en eldesenvolupament de noves eines informàtiques que donin suport al diagnòstic. Una de lesprioritats actuals de l'IDI és el tractament de malalties cardíaques. Es disposa d’unaplataforma anomenada Starviewer que integra les operacions bàsiques de manipulació ivisualització de dades mèdiques. L’objectiu d’aquest projecte és el de desenvolupar i integrar en la plataforma Starviewer elsmòduls necessaris per poder tractar, manipular i visualitzar dades cardíaques provinents deressònancies magnètiques

Entorn de treball per a visualitzar escenes tridimensionals

Creació d'un entorn de treball per tal de visualitzar models tridimensionals en temps real amb dos objectius: proporcionar una interfície gràfica per poder visualitzar interactivament una escena, modificant-ne els seus elements i aconseguir un disseny que faci el projecte altament revisable i reutilitzable en elfutur, i serveixi per tant de plataforma per provar altres projectes

Integració a la plataforma webDTI de tècniques de clustering de fibres i visualització de clústers

Estudi, disseny i implementació de diferents tècniques d’agrupament defibres (clustering) per tal d’integrar a la plataforma DTIWeb diferentsalgorismes de clustering i tècniques de visualització de clústers de fibres de forma quefaciliti la interpretació de dades de DTI als especialistes

Automated quantitative histology reveals vascular morphodynamics during Arabidopsis hypocotyl secondary growth.

Among various advantages, their small size makes model organisms preferred subjects of investigation. Yet, even in model systems detailed analysis of numerous developmental processes at cellular level is severely hampered by their scale. For instance, secondary growth of Arabidopsis hypocotyls creates a radial pattern of highly specialized tissues that comprises several thousand cells starting from a few dozen. This dynamic process is difficult to follow because of its scale and because it can only be investigated invasively, precluding comprehensive understanding of the cell proliferation, differentiation, and patterning events involved. To overcome such limitation, we established an automated quantitative histology approach. We acquired hypocotyl cross-sections from tiled high-resolution images and extracted their information content using custom high-throughput image processing and segmentation. Coupled with automated cell type recognition through machine learning, we could establish a cellular resolution atlas that reveals vascular morphodynamics during secondary growth, for example equidistant phloem pole formation. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.01567.001.

Multispectral brain morphometry in Tourette syndrome persisting into adulthood.

Tourette syndrome is a childhood-onset neuropsychiatric disorder with a high prevalence of attention deficit hyperactivity and obsessive-compulsive disorder co-morbidities. Structural changes have been found in frontal cortex and striatum in children and adolescents. A limited number of morphometric studies in Tourette syndrome persisting into adulthood suggest ongoing structural alterations affecting frontostriatal circuits. Using cortical thickness estimation and voxel-based analysis of T1- and diffusion-weighted structural magnetic resonance images, we examined 40 adults with Tourette syndrome in comparison with 40 age- and gender-matched healthy controls. Patients with Tourette syndrome showed relative grey matter volume reduction in orbitofrontal, anterior cingulate and ventrolateral prefrontal cortices bilaterally. Cortical thinning extended into the limbic mesial temporal lobe. The grey matter changes were modulated additionally by the presence of co-morbidities and symptom severity. Prefrontal cortical thickness reduction correlated negatively with tic severity, while volume increase in primary somatosensory cortex depended on the intensity of premonitory sensations. Orbitofrontal cortex volume changes were further associated with abnormal water diffusivity within grey matter. White matter analysis revealed changes in fibre coherence in patients with Tourette syndrome within anterior parts of the corpus callosum. The severity of motor tics and premonitory urges had an impact on the integrity of tracts corresponding to cortico-cortical and cortico-subcortical connections. Our results provide empirical support for a patho-aetiological model of Tourette syndrome based on developmental abnormalities, with perturbation of compensatory systems marking persistence of symptoms into adulthood. We interpret the symptom severity related grey matter volume increase in distinct functional brain areas as evidence of ongoing structural plasticity. The convergence of evidence from volume and water diffusivity imaging strengthens the validity of our findings and attests to the value of a novel multimodal combination of volume and cortical thickness estimations that provides unique and complementary information by exploiting their differential sensitivity to structural change.

Comparison of three commercially available radio frequency coils for human brain imaging at 3 Tesla.

OBJECTIVE: To evaluate a transverse electromagnetic (TEM), a circularly polarized (CP) (birdcage), and a 12-channel phased array head coil at the clinical field strength of B0 = 3T in terms of signal-to-noise ratio (SNR), signal homogeneity, and maps of the effective flip angle alpha. MATERIALS AND METHODS: SNR measurements were performed on low flip angle gradient echo images. In addition, flip angle maps were generated for alpha(nominal) = 30 degrees using the double angle method. These evaluation steps were performed on phantom and human brain data acquired with each coil. Moreover, the signal intensity variation was computed for phantom data using five different regions of interest. RESULTS: In terms of SNR, the TEM coil performs slightly better than the CP coil, but is second to the smaller 12-channel coil for human data. As expected, both the TEM and the CP coils show superior image intensity homogeneity than the 12-channel coil, and achieve larger mean effective flip angles than the combination of body and 12-channel coil with reduced radio frequency power deposition. CONCLUSION: At 3T the benefits of TEM coil design over conventional lumped element(s) coil design start to emerge, though the phased array coil retains an advantage with respect to SNR performance.

Navigator-gated coronary magnetic resonance angiography using steady-state-free-precession: comparison to standard T2-prepared gradient-echo and spiral imaging.

RATIONALE AND OBJECTIVES: Recent developments of magnetic resonance imaging enabled free-breathing coronary MRA (cMRA) using steady-state-free-precession (SSFP) for endogenous contrast. The purpose of this study was a systematic comparison of SSFP cMRA with standard T2-prepared gradient-echo and spiral cMRA. METHODS: Navigator-gated free-breathing T2-prepared SSFP-, T2-prepared gradient-echo- and T2-prepared spiral cMRA was performed in 18 healthy swine (45-68 kg body-weight). Image quality was investigated subjectively and signal-to-noise ratio (SNR), contrast-to-noise ratio (CNR) and vessel sharpness were compared. RESULTS: SSFP cMRA allowed for high quality cMRA during free breathing with substantial improvements in SNR, CNR and vessel sharpness when compared with standard T2-prepared gradient-echo imaging. Spiral imaging demonstrated the highest SNR while image quality score and vessel definition was best for SSFP imaging. CONCLUSION: Navigator-gated free-breathing T2-prepared SSFP cMRA is a promising new imaging approach for high signal and high contrast imaging of the coronary arteries with improved vessel border definition.

Sistema d'estereovisió amb una càmera

Els sistemes de visió estèreo es basen en la reconstrucció per triangulació a partir de dues càmeres, permetent la representació d’objectes del món real en tres dimensions. L’objectiu d’aquest projecte consisteix a dissenyar i implementar un sistema estèreo amb una sola càmera amb dos petits vidres d’alta transmissivitat davant de la lent, utilitzant la teoria clàssica desenvolupada a partir de dues càmeres. D’aquesta forma obtindrem un sistema molt més compacte que en el cas de tenir dues càmeres, que serà apte per entorns molt reduïts i per escenes molt properes

JULIDE: a software tool for 3D reconstruction and statistical analysis of autoradiographic mouse brain sections.

In this article we introduce JULIDE, a software toolkit developed to perform the 3D reconstruction, intensity normalization, volume standardization by 3D image registration and voxel-wise statistical analysis of autoradiographs of mouse brain sections. This software tool has been developed in the open-source ITK software framework and is freely available under a GPL license. The article presents the complete image processing chain from raw data acquisition to 3D statistical group analysis. Results of the group comparison in the context of a study on spatial learning are shown as an illustration of the data that can be obtained with this tool.

SLAM using an Imaging Sonar for Partially Structured Underwater Environments

In this paper we describe a system for underwater navigation with AUVs in partially structured environments, such as dams, ports or marine platforms. An imaging sonar is used to obtain information about the location of planar structures present in such environments. This information is incorporated into a feature-based SLAM algorithm in a two step process: (I) the full 360deg sonar scan is undistorted (to compensate for vehicle motion), thresholded and segmented to determine which measurements correspond to planar environment features and which should be ignored; and (2) SLAM proceeds once the data association is obtained: both the vehicle motion and the measurements whose correct association has been previously determined are incorporated in the SLAM algorithm. This two step delayed SLAM process allows to robustly determine the feature and vehicle locations in the presence of large amounts of spurious or unrelated measurements that might correspond to boats, rocks, etc. Preliminary experiments show the viability of the proposed approach

Underwater SLAM in a marina environment

This paper describes a navigation system for autonomous underwater vehicles (AUVs) in partially structured environments, such as dams, harbors, marinas or marine platforms. A mechanical scanning imaging sonar is used to obtain information about the location of planar structures present in such environments. A modified version of the Hough transform has been developed to extract line features, together with their uncertainty, from the continuous sonar dataflow. The information obtained is incorporated into a feature-based SLAM algorithm running an Extended Kalman Filter (EKF). Simultaneously, the AUV's position estimate is provided to the feature extraction algorithm to correct the distortions that the vehicle motion produces in the acoustic images. Experiments carried out in a marina located in the Costa Brava (Spain) with the Ictineu AUV show the viability of the proposed approach