Postnatal expression pattern of calcium-binding proteins in organotypic thalamic cultures and in the dorsal thalamus in vivo.

The present study describes the postnatal expression of calbindin, calretinin and parvalbumin and glutamic acid decarboxylase (GAD) and microtubule-associated protein 2 (MAP2) in organotypic monocultures of rat dorsal thalamus compared to the thalamus in vivo. Cultures were maintained for up to 7 weeks. Cortex-conditioned medium improved the survival of thalamic cultures. MAP2-immunoreactive material was present in somata and dendrites of small and large-sized neurons throughout the cultures. Parvalbumin immunoreactivity was present in larger multipolar or bitufted neurons along the edge of a culture. These neurons also displayed strong parvalbumin mRNA and GAD mRNA expression, and GABA immunoreactivity. They likely corresponded to cells of the nucleus reticularis thalami. Parvalbumin mRNA, but neither parvalbumin protein nor GAD mRNA, was expressed in neurons with large somata within the explant. They likely represented relay cells. GAD mRNA, but not parvalbumin mRNA, was expressed in small neurons within the explants. Small neurons also displayed calbindin- and calretinin-immunoreactivity. The small neurons likely represented local circuit neurons. The time course of expression of the calcium-binding proteins revealed that all were present at birth with the predicted molecular weights. A low, but constant parvalbumin expression was observed in vitro without the developmental increase seen in vivo, which most likely represented parvalbumin from afferent sources. In contrast, the explantation transiently downregulated the calretinin and calbindin expression, but the neurons recovered the expression after 14 and 21 days, respectively. In conclusion, thalamic monocultures older than three weeks represent a stable neuronal network containing well differentiated neurons of the nucleus reticularis thalami, relay cells and local circuit neurons.

The novel proteins Rng8 and Rng9 regulate the myosin-V Myo51 during fission yeast cytokinesis.

The myosin-V family of molecular motors is known to be under sophisticated regulation, but our knowledge of the roles and regulation of myosin-Vs in cytokinesis is limited. Here, we report that the myosin-V Myo51 affects contractile ring assembly and stability during fission yeast cytokinesis, and is regulated by two novel coiled-coil proteins, Rng8 and Rng9. Both rng8Δ and rng9Δ cells display similar defects as myo51Δ in cytokinesis. Rng8 and Rng9 are required for Myo51's localizations to cytoplasmic puncta, actin cables, and the contractile ring. Myo51 puncta contain multiple Myo51 molecules and walk continuously on actin filaments in rng8(+) cells, whereas Myo51 forms speckles containing only one dimer and does not move efficiently on actin tracks in rng8Δ. Consistently, Myo51 transports artificial cargos efficiently in vivo, and this activity is regulated by Rng8. Purified Rng8 and Rng9 form stable higher-order complexes. Collectively, we propose that Rng8 and Rng9 form oligomers and cluster multiple Myo51 dimers to regulate Myo51 localization and functions.

Adaptation of canine distemper virus to canine footpad keratinocytes modifies polymerase activity and fusogenicity through amino acid substitutions in the P/V/C and H proteins.

The wild-type canine distemper virus (CDV) strain A75/17 induces a non-cytocidal infection in cultures of canine footpad keratinocytes (CFKs) but produces very little progeny virus. After only three passages in CFKs, the virus produced 100-fold more progeny and induced a limited cytopathic effect. Sequence analysis of the CFK-adapted virus revealed only three amino acid differences, of which one was located in each the P/V/C, M and H proteins. In order to assess which amino acid changes were responsible for the increase of infectious virus production and altered phenotype of infection, we generated a series of recombinant viruses. Their analysis showed that the altered P/V/C proteins were responsible for the higher levels of virus progeny formation and that the amino acid change in the cytoplasmic tail of the H protein was the major determinant of cytopathogenicity.

Cooperation of breast cancer proteins PALB2 and piccolo BRCA2 in stimulating homologous recombination.

Inherited mutations in human PALB2 are associated with a predisposition to breast and pancreatic cancers. PALB2's tumor-suppressing effect is thought to be based on its ability to facilitate BRCA2's function in homologous recombination. However, the biochemical properties of PALB2 are unknown. Here we show that human PALB2 binds DNA, preferentially D-loop structures, and directly interacts with the RAD51 recombinase to stimulate strand invasion, a vital step of homologous recombination. This stimulation occurs through reinforcing biochemical mechanisms, as PALB2 alleviates inhibition by RPA and stabilizes the RAD51 filament. Moreover, PALB2 can function synergistically with a BRCA2 chimera (termed piccolo, or piBRCA2) to further promote strand invasion. Finally, we show that PALB2-deficient cells are sensitive to PARP inhibitors. Our studies provide the first biochemical insights into PALB2's function with piBRCA2 as a mediator of homologous recombination in DNA double-strand break repair.

A high-mobility, low-cost phenotype defines human effector-memory CD8+ T cells.

T cells move randomly ("random-walk"), a characteristic thought to be integral to their function. Using migration assays and time-lapse microscopy, we found that CD8+ T cells lacking the lymph node homing receptors CCR7 and CD62L migrate more efficiently in transwell assays, and that these same cells are characterized by a high frequency of cells exhibiting random crawling activity under culture conditions mimicking the interstitial/extravascular milieu, but not when examined on endothelial cells. To assess the energy efficiency of cells crawling at a high frequency, we measured mRNA expression of genes key to mitochondrial energy metabolism (peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1beta [PGC-1beta], estrogen-related receptor alpha [ERRalpha], cytochrome C, ATP synthase, and the uncoupling proteins [UCPs] UCP-2 and -3), quantified ATP contents, and performed calorimetric analyses. Together these assays indicated a high energy efficiency of the high crawling frequency CD8+ T-cell population, and identified differentially regulated heat production among nonlymphoid versus lymphoid homing CD8+ T cells.

The Munc13 proteins differentially regulate readily releasable pool dynamics and calcium-dependent recovery at a central synapse.

The Munc13 gene family encodes molecules located at the synaptic active zone that regulate the reliability of synapses to encode information over a wide range of frequencies in response to action potentials. In the CNS, proteins of the Munc13 family are critical in regulating neurotransmitter release and synaptic plasticity. Although Munc13-1 is essential for synaptic transmission, it is paradoxical that Munc13-2 and Munc13-3 are functionally dispensable at some synapses, although their loss in other synapses leads to increases in frequency-dependent facilitation. We addressed this issue at the calyx of Held synapse, a giant glutamatergic synapse that we found to express all these Munc13 isoforms. We studied their roles in the regulation of synaptic transmission and their impact on the reliability of information transfer. Through detailed electrophysiological analyses of Munc13-2, Munc13-3, and Munc13-2-3 knock-out and wild-type mice, we report that the combined loss of Munc13-2 and Munc13-3 led to an increase in the rate of calcium-dependent recovery and a change in kinetics of release of the readily releasable pool. Furthermore, viral-mediated overexpression of a dominant-negative form of Munc13-1 at the calyx demonstrated that these effects are Munc13-1 dependent. Quantitative immunohistochemistry using Munc13-fluorescent protein knock-in mice revealed that Munc13-1 is the most highly expressed Munc13 isoform at the calyx and the only one highly colocalized with Bassoon at the active zone. Based on these data, we conclude that Munc13-2 and Munc13-3 isoforms limit the ability of Munc13-1 to regulate calcium-dependent replenishment of readily releasable pool and slow pool to fast pool conversion in central synapses.

Antifungal activity of compounds targeting the Hsp90-calcineurin pathway against various mould species.

OBJECTIVES: Invasive mould infections are associated with a high mortality rate and the emergence of MDR moulds is of particular concern. Calcineurin and its chaperone, the heat shock protein 90 (Hsp90), represent an important pathway for fungal virulence that can be targeted at different levels. We investigated the antifungal activity of compounds directly or indirectly targeting the Hsp90-calcineurin axis against different mould species. METHODS: The in vitro antifungal activity of the anticalcineurin drug FK506 (tacrolimus), the Hsp90 inhibitor geldanamycin, the lysine deacetylase inhibitor trichostatin A and the Hsp70 inhibitor pifithrin-μ was assessed by the standard broth dilution method against 62 clinical isolates of Aspergillus spp. and non-Aspergillus moulds (Mucoromycotina, Fusarium spp., Scedosporium spp., Purpureocillium/Paecilomyces spp. and Scopulariopsis spp.) RESULTS: FK506 had variable antifungal activity against different Aspergillus spp. and was particularly active against Mucor spp. Geldanamycin had moderate antifungal activity against Fusarium spp. and Paecilomyces variotii. Importantly, trichostatin A had good activity against the triazole-resistant Aspergillus ustus and the amphotericin B-resistant Aspergillus terreus as well as the MDR Scedosporium prolificans. Moreover, trichostatin A exhibited synergistic interactions with caspofungin against A. ustus and with geldanamycin against Rhizopus spp. for which none of the other agents showed activity. Pifithrin-μ exhibited little antifungal activity. CONCLUSIONS: Targeting the Hsp90-calcineurin axis at different levels resulted in distinct patterns of susceptibility among different fungal species. Lysine deacetylase inhibition may represent a promising novel antifungal strategy against emerging resistant moulds.

Effect of sigma factor S (sigmaS) on the stability of penicillin-binding protein 3 (PBP3) of Escherichia colt K12

The stability of penicillin-binding protein 3 (PBP3), a cell septum synthesizing protein, was analyzed at different incubation temperatures in three Escherichia coli K12 strains carrying a PBP3-overproducing plasmid. The stability of PBP3 was significantly reduced in stationary phase cells shifted to 42°C for 4 h, compared to samples incubated at 28 or 37°C. The half-life of PBP3 in the C600 strain was 60 min at 42°C, while samples incubated at 28 or 37°C had PBP3 half-lives greater than 4 h. Analysis of the PBP3 content in mutants deficient in rpoS (coding for the stationary phase sigma factor, sigmaS) and rpoH (coding for the heat shock sigma factor, sigma32) genes after shift to 42°C showed that stability of the protein was controlled by sigmaS but not by sigma32. These results suggest that control of the PBP3 levels in E. coli K12 is through a post-transcriptional mechanism regulated by the stationary phase regulon. We demonstrated that stability of PBP3 in E. coli K12 involves degradation of the protein. Moreover, we observed that incubation of cells at 42°C significantly reduces the stability of PBP3 in early stationary phase cells in a process controlled by sigmaS.

Sec61alpha synthesis is enhanced during translocation of nascent chains of collagen type IV in F9 teratocarcinoma cells after retinoic acid treatment

Nascent procollagen peptides and other secretory proteins are transported across the endoplasmic reticulum (ER) membrane through a protein-conducting channel called translocon. Sec61alpha, a multispanning membrane translocon protein, has been implicated as being essential for translocation of polypeptide chains into the cisterns of the ER. Sec61alpha forms a protein complex with collagen and Hsp47, an ER-resident heat shock protein that binds specifically to collagen. However, it is not known whether Sec61alpha is ubiquitously produced in collagen-producing F9 teratocarcinoma cells or under heat shock treatment. Furthermore, the production and utilization of Sec61alpha may depend on the stage of cell differentiation. Cultured F9 teratocarcinoma cells are capable of differentiation in response to low concentrations of retinoic acid. This differentiation results in loss of tumorigenicity. Mouse F9 cells were grown in culture medium at 37ºC and 43ºC (heat shock treatment) treated or not with retinoic acid, and labeled in certain instances with 35S-methionine. Membrane-bound polysomes of procollagen IV were then isolated. Immunoprecipitation and Western blot analysis were performed using polyclonal antibodies against collagen IV, Hsp47 and Sec61alpha. Under retinoic acid-untreated conditions, F9 cells produced undetectable amounts of Sec61alpha. Sec61alpha, Hsp47 and type IV collagen levels were increased after retinoic acid treatment. Heat shock treatment did not alter Sec61alpha levels, suggesting that Sec61alpha production is probably not affected by heat shock. These data indicate that the enhanced production of Sec61alpha in retinoic acid-induced F9 teratocarcinoma cells parallels the increased synthesis of Hsp47 and collagen type IV.

An exploratory study for the discovery of non-invasive hepatocellular carcinoma biomarkers among high-risk hepatitis C virus infected patients

Hepatocellular Carcinoma (HCC) is a major healthcare problem, representing the third most common cause of cancer-related mortality worldwide. Chronic infections with Hepatitis B virus (HBV) and/or Hepatitis C virus (HCV) are the major risk factors for the development of HCC. The incidence of HBV -associated HCC is in decline as a result of an effective HBV vaccine; however, since an equally effective HCV vaccine has not yet been developed, there are 130 million HCV infected patients worldwide who are at a high-risk for developing HCC. Because reliable parameters and/or tools for the early detection of HCC among high-risk individuals are severely lacking, HCC patients are always diagnosed at a late stage where surgical solutions or effective treatment are not possible. Using urine as a non-invasive sample source, two different approaches (proteomic-based and genomic-based approaches) were pursued with the common goal of discovering potential biomarker candidates for the early detection of HCC among high-risk chronic HCV infected patients. Urine was collected from 106 HCV infected Egyptian patients, 32 of whom had already developed HCC and 74 patients who were diagnosed as HCC-free at the time of initial sample collection. In addition to these patients, urine samples were also collected from 12 healthy control individuals. Total urinary proteins, Trans-renal nucleic acid (Tr-NA) and microRNA (miRNA) were isolated from urine using novel methodologies and silicon carbide-loaded spin columns. In the first, "proteomic-based", approach, liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) was used to identify potential candidates from pooled urine samples. This was followed by validating relative expression levels of proteins present in urine among all the patients using quantitative real time-PCR (qRT-PCR). This approach revealed that significant over-expression of three proteins: DJ-1, Chromatin Assembly Factor-1 (CAF-1) and 11 Moemen Abdalla HCC Biomarkers Heat Shock Protein 60 (HSP60), were characteristic events among HCC-post HCV infected patients. As a single-based HCC biomarker, CAF-1 over-expression identified HCC among HCV infected patients with a specificity of 90%, sensitivity of 66% and with an overall diagnostic accuracy of 78%. Moreover, the CAF-lIHSP60 tandem identified HCC among HCV infected patients with a specificity of 92%, sensitivity of 61 % and with an overall diagnostic accuracy of 77%. In the second genomic-based approach, two different approaches were processed. The first approach was the miRNA-based approach. The expression levels of miRNAs isolated from urine were studied using the Illumina MicroRNA Expression Profiling Assay. This was followed by qRT-PCR-based validation of deregulated expression of identified miRNA candidates among all the patients. This approach shed the light on the deregulated expression of a number of miRNAs, which may have a role in either the development of HCC among HCV infected patients (i.e. miR-640, miR-765, miR-200a, miR-521 and miR-520) or may allow for a better understanding of the viral-host interaction (miR-152, miR-486, miR-219, miR452, miR-425, miR-154 and miR-31). Moreover, the deregulated expression of both miR-618 and miR-650 appeared to be a common event among HCC-post HCV infected patients. The results of the search for putative targets of these two miRNA suggested that miR-618 may be a potent oncogene, as it targets the tumor-suppressor gene Low density lipoprotein-related protein 12 (LPR12), while miR-650 may be a potent tumor-suppressor gene, as it is supposed to downregulate the TNF receptor-associated factor-4 (TRAF4) oncogene. The specificity of miR-618 and miR-650 deregulated expression patterns for the early detection of HCC among HCV infected patients was 68% and 58%, respectively, whereas the sensitivity was 64% and 72%, respectively. When the deregulated expression of both miRNAs was combined as a tandem biomarker, the specificity and the sensitivity were 75% and 58% respectively. 111 Moemen Abdalla HCC Biomarkers In the second, "Trans-renal nucleic acid-based", approach, the urinary apoptotic nucleic acid (uaNA) levels of 70ng/mL or more were found to be a good predictor of HCC among chronic HCV infected patients. The specificity and the sensitivity of this diagnostic approach were 76% and 86%, respectively, with an overall diagnostic value of 81 %. The uaNA levels positively correlated to HCC disease progression as monitored by epigenetic changes of a panel of eight tumor-suppressor genes (TSGs) using methylation-sensitive PCR. Moreover, the pairing of high uaNA levels (:::: 70 ng/mL) and CAF-1 over-expreSSIOn produced a highly specific (l 00%) multiple-based HCC biomarker with an acceptable sensitivity of 64%, and with a diagnostic accuracy of 82%. In comparison to the previous pairing, the uaNA levels (:::: 70 ng/mL) in tandem with HSP60 over-expression was less specific (89%) but highly sensitive (72%), resulting in a diagnostic accuracy of 64%. The specificities of miR-650 deregulated expression in combination with either high uaNA content or HSP 60 over-expression were 82% and 79%, respectively, whereas, the sensitivities of these combinations were 64% and 58%, respectively. The potential biomarkers identified in this study compare favorably with the diagnostic accuracy of the a-fetoprotein levels test, which has a specificity of 75%, sensitivity of 68% and an overall diagnostic accuracy of 70%. Here we present an intriguing study which shows the significance of using urine as a noninvasive sample source for the identification of promising HCC biomarkers. We have also introduced new techniques for the isolation of different urinary macromolecules, especially miRNA, from urine. Furthermore, we strongly recommend the potential biomarkers indentified in this study as focal points of any future research on HCC diagnosis. A larger testing pool will determine if their use is practical for mass population screening. This explorative study identified potential targets that merit further investigation for the development of diagnostically accurate biomarkers isolated from 1-2 mL urine samples that were acquired in a non-invasive manner.

Mode of action of FMRFamide-like peptide on drosophila body wall muscle conractions

Neuropeptides are the largest group of signalling chemicals that can convey the information from the brain to the cells of all tissues. DPKQDFMRFamide, a member of one of the largest families of neuropeptides, FMRFamide-like peptides, has modulatory effects on nerve-evoked contractions of Drosophila body wall muscles (Hewes et aI.,1998) which are at least in part mediated by the ability of the peptide to enhance neurotransmitter release from the presynaptic terminal (Hewes et aI., 1998, Dunn & Mercier., 2005). However, DPKQDFMRFamide is also able to act directly on Drosophila body wall muscles by inducing contractions which require the influx of extracellular Ca 2+ (Clark et aI., 2008). The present study was aimed at identifying which proteins, including the membrane-bound receptor and second messenger molecules, are involved in mechanisms mediating this myotropic effect of the peptide. DPKQDFMRFamide induced contractions were reduced by 70% and 90%, respectively, in larvae in which FMRFamide G-protein coupled receptor gene (CG2114) was silenced either ubiquitously or specifically in muscle tissue, when compared to the response of the control larvae in which the expression of the same gene was not manipulated. Using an enzyme immunoassay (EIA) method, it was determined that at concentrations of 1 ~M- 0.01 ~M, the peptide failed to increase cAMP and cGMP levels in Drosophila body wall muscles. In addition, the physiological effect of DPKQDFMRFamide at a threshold dose was not potentiated by 3-lsobutyl-1-methylxanthine, a phosphodiesterase inhibitor, nor was the response to 1 ~M peptide blocked or reduced by inhibitors of cAMP-dependent or cGMP-dependent protein kinases. The response to DPKQDFMRFamide was not affected in the mutants of the phosholipase C-~ (PLC~) gene (norpA larvae) or IP3 receptor mutants, which suggested that the PLC-IP3 pathway is not involved in mediat ing the peptide's effects. Alatransgenic flies lacking activity of calcium/calmodul in-dependent protein kinase (CamKII showed an increase in muscle tonus following the application of 1 JlM DPKQDFMRFamide similar to the control larvae. Heat shock treatment potentiated the response to DPKQDFMRFamide in both ala1 and control flies by approximately 150 and 100 % from a non heat-shocked larvae, respectively. Furthermore, a CaMKII inhibitor, KN-93, did not affect the ability of peptide to increase muscle tonus. Thus, al though DPKQDFMRFamide acts through a G-protein coupled FMRFamide receptor, it does not appear to act via cAMP, cGMP, IP3, PLC or CaMKl1. The mechanism through which the FMRFamide receptor acts remains to be determined.

Évaluation neurobiologique des souris spontanément hypertendues : Du vieillissement à la génomique comparative

Le but de cette thèse est premièrement d’évaluer l’effet du vieillissement sur les fonctions psychomotrices des souches de souris sélectionnées génétiquement en fonction de leur tension artérielle (TA); deuxièmement, de localiser les déterminants génétiques des phénotypes psychophysiologiques à partir de souches recombinantes congéniques (RCS). Ces travaux ont mené à la publication de 4 articles. Le premier article décrit l’évaluation des fonctions psychomotrices des souches avec une tension artérielle élevée (HBP), basse (LBP) et normale (NBP). La performance aux épreuves d’exploration, d’habiletés motrices et d’apprentissage spatial, a été mesurée sur deux cohortes âgées respectivement de 12 mois et de trois mois. Indépendamment de l’âge, les HBPs sont hyperactives dans l’open-field (OF), mais pas dans le test d’exploration de trous. Inversement, les LBP explorent moins d’espaces que les NBP et, à trois mois seulement, sont hypoactives dans l’OF. Par ailleurs, les HBPs et les LBP présentent des déficits précoces de coordination motrice et des fonctions visuo-motrices. Le second article concerne l’évaluation longitudinale de la coordination motrice, de l’anxiété et de l’apprentissage spatial des souches HBP, LBP et NBP, à l’âge de deux mois et de 12 mois. Le vieillissement accentue l’hyperactivité des HBPs dans l’OF. Par contre, l’hypoactivité des souris LBP est détectable seulement à l’âge de deux mois. Indépendamment de l’âge, les souris HBP et LBP montrent une perception réduite du danger dans l’épreuve d’anxiété et des dysfonctions visuo-motrices au labyrinthe aquatique. Enfin, des déficits précoces de coordination motrice se manifestent seulement chez les HBPs. Il reste à déterminer si les déficits observés sont liés à des déterminants génétiques indépendants ou secondaires aux altérations de la tension artérielle. Le troisième article présente la comparaison entre les souches consanguines A/J et C57Bl/6J (B6) aux épreuves de l’OF, de la planche à trous, du labyrinthe aquatique et du cintre (coordination motrice). Les B6 explore d’avantage l’OF et la planche à trous. Les B6 sont moins rapides sur le cintre, mais supérieurs aux A/J dans le labyrinthe aquatique, avec une plate-forme invisible ou visible. Ces résultats démontrent l’implication de déterminants génétiques. Cette thèse se termine par un quatrième article sur la localisation des déterminants génétiques de la susceptibilité au stress dans les RCS, dérivées de A/J et B6, et présentant un agencement spécifique de 12.5% du génome. La réactivité émotionnelle est évaluée dans l’OF et le plus-maze; la réponse de stress est mesurée par radio télémétrie de la température interne pendant le stress d’immobilisation (SI) sous diète régulière et riche en sel; l’excrétion des électrolytes urinaires est dosée après 24 heures de diète salée. Les loci les plus significatifs sont situés dans les régions suivantes: de l’émotionalité dans l’OF (Emo1) sur le chr. 1 (LOD=4.6) correspondant à la région homologue impliquée dans la cohorte d’hypertension familiale du Saguenay; de la dopa décarboxylase (ddc) sur le chr. 11 pour l’émergence du plus-maze (LOD=4.7); de la protéine liant l’endotoxine (lbp) sur le chr. 2 pour l’hypothermie initiale en réponse au SI (LOD=4); et de HSP90 sur le chr. 12 pour l’excrétion de Ca++ (LOD=4.6). Des banques de données sont ensuite interrogées pour recenser les polymorphismes des régions régulatrices ou codantes des gènes candidats chez les souches ancestrales A/J et B6, dont les séquences sont disponibles pour le génome entier. Des utilitaires web permettent de dévoiler les changements dans la structure secondaire de l’ARNm, l’interférence avec des microARN ou avec d’autres motifs de liaison. Plusieurs SNPs fonctionnels ont été identifiés pour le QTL du chr. 1, particulièrement dans les éléments de régulation; ceux-ci impliquant des gènes reliés avec les réponses inflammatoire/immunitaire ou avec le système cardiovasculaire. La quantification par la PCR confirme une régulation à la baisse d’atp1a2 dans le cœur et le cerveau des souches susceptibles à l’anxiété. Ces résultats confirment l’intrication des altérations de la susceptibilité au stress et de la régulation de la TA.

Étude du rôle des gènes TGF-β1 et HSP-70 lors du processus de régénération du membre chez l’axolotl

Les urodèles amphibiens, dont fait partie l’axolotl (Ambystoma mexicanum), ont la capacité de régénérer leurs organes et membres suite à une amputation, tout au long de leur vie. La patte est l’organe dont le processus de régénération est le mieux caractérisé et ce dernier est divisé en deux phases principales. La première est la phase de préparation et commence immédiatement suite à l’amputation. Elle renferme des étapes essentielles au processus de régénération comme la guérison de la plaie et la formation d’une coiffe apicale ectodermique. Par la suite, les fibroblastes du derme et certaines cellules musculaires vont revenir à un état pluripotent via un processus appelé dédifférenciation cellulaire. Une fois dédifférenciées, ces cellules migrent et s’accumulent sous la coiffe apicale pour former le blastème. Lors de la phase de redéveloppement, les cellules du blastème se divisent puis se redifférencient pour régénérer la partie amputée. Fait intéressant, la régénération d’un membre ou la guérison d’une plaie chez l’axolotl ne mène jamais à la formation d’une cicatrice. Afin d’en apprendre plus sur le contrôle moléculaire de la régénération, les gènes Heat-shock protein-70 (Hsp-70) et Transforming growth factor-β1 (Tgf-β1) ont été sélectionnés. Ces gènes jouent un rôle important dans la réponse au stress et lors de la guérison des plaies chez les mammifères. HSP-70 est une chaperonne moléculaire qui est produite pour maintenir l’intégrité des protéines cellulaires lorsqu’un stress se présente. TGF-β1 est une cytokine produite suite à une blessure qui active la réponse inflammatoire et qui stimule la fermeture de la plaie chez les amniotes. Les résultats présentés dans cette thèse démontrent que Hsp-70 est exprimé et régulé lors du développement et de la régénération du membre chez l’axolotl. D’autre part, nos expériences ont mené à l’isolation de la séquence codante pour Tgf-β1 chez l’axolotl. Nos résultats montrent que Tgf-β1 est exprimé spécifiquement lors de la phase de préparation dans le membre en régénération. De plus, le blocage de la voie des Tgf-β avec l’inhibiteur pharmacologique SB-431542, lors de la régénération, mène à l’inhibition du processus. Ceci démontre que la signalisation via la voie des Tgf-β est essentielle à la régénération du membre chez l’axolotl.

Les R-loops et leurs conséquences sur l'expression génique chez Escherichia coli.

Des variations importantes du surenroulement de l’ADN peuvent être générées durant la phase d’élongation de la transcription selon le modèle du « twin supercoiled domain ». Selon ce modèle, le déplacement du complexe de transcription génère du surenroulement positif à l’avant, et du surenroulement négatif à l’arrière de l’ARN polymérase. Le rôle essentiel de la topoisomérase I chez Escherichia coli est de prévenir l’accumulation de ce surenroulement négatif générée durant la transcription. En absence de topoisomérase I, l’accumulation de ce surenroulement négatif favorise la formation de R-loops qui ont pour conséquence d’inhiber la croissance bactérienne. Les R-loops sont des hybrides ARN-ADN qui se forment entre l’ARN nouvellement synthétisé et le simple brin d’ADN complémentaire. Dans les cellules déficientes en topoisomérase I, des mutations compensatoires s’accumulent dans les gènes qui codent pour la gyrase, réduisant le niveau de surenroulement négatif du chromosome et favorisant la croissance. Une des ces mutations est une gyrase thermosensible qui s’exprime à 37 °C. La RNase HI, une enzyme qui dégrade la partie ARN d’un R-loop, peut aussi restaurer la croissance en absence de topoisomérase I lorsqu’elle est produite en très grande quantité par rapport à sa concentration physiologique. En présence de topoisomérase I, des R-loops peuvent aussi se former lorsque la RNase HI est inactive. Dans ces souches mutantes, les R-loops induisent la réponse SOS et la réplication constitutive de l’ADN (cSDR). Dans notre étude, nous montrons comment les R-loops formés en absence de topoisomérase I ou RNase HI peuvent affecter négativement la croissance des cellules. Lorsque la topoisomérase I est inactivée, l’accumulation d’hypersurenroulement négatif conduit à la formation de nombreux R-loops, ce qui déclenche la dégradation de l’ARN synthétisé. Issus de la dégradation de l’ARNm de pleine longueur, des ARNm incomplets et traductibles s’accumulent et causent l’inhibition de la synthèse protéique et de la croissance. Le processus par lequel l’ARN est dégradé n’est pas encore complètement élucidé, mais nos résultats soutiennent fortement que la RNase HI présente en concentration physiologique est responsable de ce phénotype. Chose importante, la RNase E qui est l’endoribonuclease majeure de la cellule n’est pas impliquée dans ce processus, et la dégradation de l’ARN survient avant son action. Nous montrons aussi qu’une corrélation parfaite existe entre la concentration de RNase HI, l’accumulation d’hypersurenroulement négatif et l’inhibition de la croissance bactérienne. Lorsque la RNase HI est en excès, l’accumulation de surenroulement négatif est inhibée et la croissance n’est pas affectée. L’inverse se produit Lorsque la RNase HI est en concentration physiologique. En limitant l’accumulation d’hypersurenroulement négatif, la surproduction de la RNase HI prévient alors la dégradation de l’ARN et permet la croissance. Quand la RNase HI est inactivée en présence de topoisomérase I, les R-loops réduisent le niveau d’expression de nombreux gènes, incluant des gènes de résistance aux stress comme rpoH et grpE. Cette inhibition de l’expression génique n’est pas accompagnée de la dégradation de l’ARN contrairement à ce qui se produit en absence de topoisomérase I. Dans le mutant déficient en RNase HI, la diminution de l’expression génique réduit la concentration cellulaire de différentes protéines, ce qui altère négativement le taux de croissance et affecte dramatiquement la survie des cellules exposées aux stress de hautes températures et oxydatifs. Une inactivation de RecA, le facteur essentiel qui déclenche la réponse SOS et le cSDR, ne restaure pas l’expression génique. Ceci démontre que la réponse SOS et le cSDR ne sont pas impliqués dans l’inhibition de l’expression génique en absence de RNase HI. La croissance bactérienne qui est inhibée en absence de topoisomérase I, reprend lorsque l’excès de surenroulement négatif est éliminé. En absence de RNase HI et de topoisomérase I, le surenroulement négatif est très relaxé. Il semble que la réponse cellulaire suite à la formation de R-loops, soit la relaxation du surenroulement négatif. Selon le même principe, des mutations compensatoires dans la gyrase apparaissent en absence de topoisomérase I et réduisent l’accumulation de surenroulement négatif. Ceci supporte fortement l’idée que le surenroulement négatif joue un rôle primordial dans la formation de R-loop. La régulation du surenroulement négatif de l’ADN est donc une tâche essentielle pour la cellule. Elle favorise notamment l’expression génique optimale durant la croissance et l’exposition aux stress, en limitant la formation de R-loops. La topoisomérase I et la RNase HI jouent un rôle important et complémentaire dans ce processus.

Les sHsps en surera: Estudis de funcionalitat

Aquesta tesi es centra en la caracterització funcional d'una proteïna de xoc de calor de baix pes molecular (Small Heat Shock Protein - sHSP) de classe I de surera pel que fa a la seva capacitat per protegir les cèl·lules de l'estrès i per estabilitzar les membranes. Les sHsps són proteïnes que s'expressen en condicions d'estrès cel·lular. Encara que certs aspectes funcionals de les sHsps són ben coneguts, el nostre treball aporta informacions noves sobre el paper de les diferents regions de la proteïna, especialment de la regió N-terminal. L'objectiu concret d'aquest treball és determinar la funció termoprotectora de QsHsp17.4-CI, una sHsp de classe I oobtinguda a partir de les cèl·lules de fel·lema d'alzina surera, en un model bacterià i analitzar la importància de les diferents regions de la proteïna en aquesta funció. Amb aquesta finalitat s'han dissenyat dues proteïnes parcials derivades de QsHsp17.4-CI: una a la que li falta la regió N-terminal (C105) i una altra amb pràcticament tot el domini -cristal·lí deleccionat (N61), i una tercera, derivada de QsHs10-CI, a la que li falta la meitat del domini -cristal·lí (Hsp10). També s'estudia la possible capacitat estabilitzadora de membranes i la capacitat de modificar l'expressió d'altres Hsps quan s'expressa de forma heteròloga. Els nostres resultats demostren que l'expressió de QsHsp17.4-CI protegeix a les cèl·lules d'E.coli de l'estrès tèrmic alhora que la regió N-terminal i la regió consens II del domini -cristal·lí són imprescindibles per aquesta funció de protecció. En relació a un possible paper en les membranes, els estudis de localització subcel·lular mostren que QsHsp17.4-CI colocalitza amb la fracció membranes i que la regió N-terminal de la proteïna és responsable d'aquesta colocalització. No s'ha pogut demostrar, però, que la localització amb la membrana estigui associada a un efecte protector d'aquesta: en cap cas la sobrexpressió de les proteïnes modifica la composició d'àcids grassos i només N61, que no té acció termoprotectora, altera l'estat fisico-químic de la membrana. En estudis d'expressió de novo en E.coli s'ha observat que, a diferència de les altres proteïnes heteròlogues, N61 activa l'expressió de la majoria de Hsps d'E.coli fent pensar en una possible relació entre l'estat físic de la membrana i l'activació de la resposta a l'estrès. En resum, en aquest treball hem provat la capacitat protectora de QsHsp17.4 i aportem noves dades sobre la importància de la regió N-terminal i la regió consens II del domini -cristal·lí en aquesta funció. Per altra banda, es suggereix que QsHsp17.4 podria interaccionar amb la membrana d'E.coli i que la regió N-terminal seria imprescindible per aquesta interacció. Finalment hem determinat que les proteïnes que provoquen variacions en l'estat de fluïdesa de la membrana poden activar la resposta al xoc de calor per part de la cèl·lula bacteriana.