Identifying the semantics of eligibility criteria of clinical trials based on relevant medical ontologies

An important objective of the INTEGRATE project1 is to build tools that support the efficient execution of post-genomic multi-centric clinical trials in breast cancer, which includes the automatic assessment of the eligibility of patients for available trials. The population suited to be enrolled in a trial is described by a set of free-text eligibility criteria that are both syntactically and semantically complex. At the same time, the assessment of the eligibility of a patient for a trial requires the (machineprocessable) understanding of the semantics of the eligibility criteria in order to further evaluate if the patient data available for example in the hospital EHR satisfies these criteria. This paper presents an analysis of the semantics of the clinical trial eligibility criteria based on relevant medical ontologies in the clinical research domain: SNOMED-CT, LOINC, MedDRA. We detect subsets of these widely-adopted ontologies that characterize the semantics of the eligibility criteria of trials in various clinical domains and compare these sets. Next, we evaluate the occurrence frequency of the concepts in the concrete case of breast cancer (which is our first application domain) in order to provide meaningful priorities for the task of binding/mapping these ontology concepts to the actual patient data. We further assess the effort required to extend our approach to new domains in terms of additional semantic mappings that need to be developed.

Canberra's Afterlife. Highpressure Crystals and the Bush Capital Dream

Canberra, the ?Bush Capital? of Australia, was a project torn between ambition and avoidance. For fear of upsetting Sydney or Melbourne, its location avoided larger territorial aspirations but its crystalline winning scheme was bold, and contained the promise of enlightened irradiation. Postwar Canberra, like so many other cities at the time, let its future be designed by Cold-War traffic engineers, who confidently turned dream into sprawl and highways. Although Canberra s mix of ambition and banality, of symbolic desire and structural normalcy, may be precisely what a good city is all about, it probably contains these in defective proportions. What Canberra needs is just a little more of itself, in different amounts, to a higher pressure from the inside. We can easily imagine the multiplying of the original Griffin plan, adding the city onto itself, organizing the recent sprawl with new nodes and public transport with more urban streets between them. With this reclaimed space for higher density, Canberra can then grow from the inside instead of sprawling away, lowering its expenditure on transport and its carbon and sustainability footprint. The new nodes will be denser and allow for variety and change in its programmatic design. Minor but detailed changes in street and public space design will also allow for easier multi-species (people, animals?) access to urban and natural resources. Video brief of the project: http://vimeo.com/45799435

Supporting patient screening to identify suitable clinical trials.

To support the efficient execution of post-genomic multi-centric clinical trials in breast cancer we propose a solution that streamlines the assessment of the eligibility of patients for available trials. The assessment of the eligibility of a patient for a trial requires evaluating whether each eligibility criterion is satisfied and is often a time consuming and manual task. The main focus in the literature has been on proposing different methods for modelling and formalizing the eligibility criteria. However the current adoption of these approaches in clinical care is limited. Less effort has been dedicated to the automatic matching of criteria to the patient data managed in clinical care. We address both aspects and propose a scalable, efficient and pragmatic patient screening solution enabling automatic evaluation of eligibility of patients for a relevant set of trials. This covers the flexible formalization of criteria and of other relevant trial metadata and the efficient management of these representations.

A INFLUÊNCIA DAS PRÁTICAS PEDAGÓGICAS DOCENTES E DAS BARREIRAS DISCENTES SOBRE O DESENVOLVIMENTO DA CRIATIVIDADE DO FUTURO ADMINISTRADOR

As empresas que almejam garantir e melhorar sua posição dentro de em um mercado cada vez mais competitivo precisam estar sempre atualizadas e em constante evolução. Na busca contínua por essa evolução, investem em projetos de Pesquisa & Desenvolvimento (P&D) e em seu capital humano para promover a criatividade e a inovação organizacional. As pessoas têm papel fundamental no desenvolvimento da inovação, mas para que isso possa florescer de forma constante é preciso comprometimento e criatividade para a geração de ideias. Criatividade é pensar o novo; inovação é fazer acontecer. Porém, encontrar pessoas com essas qualidades nem sempre é tarefa fácil e muitas vezes é preciso estimular essas habilidades e características para que se tornem efetivamente criativas. Os cursos de graduação podem ser uma importante ferramenta para trabalhar esses aspectos, características e habilidades, usando métodos e práticas de ensino que auxiliem no desenvolvimento da criatividade, pois o ambiente ensino-aprendizagem pesa significativamente na formação das pessoas. O objetivo deste estudo é de identificar quais fatores têm maior influência sobre o desenvolvimento da criatividade em um curso de graduação em administração, analisando a influência das práticas pedagógicas dos docentes e as barreiras internas dos discentes. O referencial teórico se baseia principalmente nos trabalhos de Alencar, Fleith, Torrance e Wechsler. A pesquisa transversal de abordagem quantitativa teve como público-alvo os alunos do curso de Administração de uma universidade confessional da Grande São Paulo, que responderam 465 questionários compostos de três escalas. Para as práticas docentes foi adaptada a escala de Práticas Docentes em relação à Criatividade. Para as barreiras internas foi adaptada a escala de Barreiras da Criatividade Pessoal. Para a análise da percepção do desenvolvimento da criatividade foi construída e validada uma escala baseada no referencial de características de uma pessoa criativa. As análises estatísticas descritivas e fatoriais exploratórias foram realizadas no software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS), enquanto as análises fatoriais confirmatórias e a mensuração da influência das práticas pedagógicas e das barreiras internas sobre a percepção do desenvolvimento da criatividade foram realizadas por modelagem de equação estrutural utilizando o algoritmo Partial Least Squares (PLS), no software Smart PLS 2.0. Os resultados apontaram que as práticas pedagógicas e as barreiras internas dos discentes explicam 40% da percepção de desenvolvimento da criatividade, sendo as práticas pedagógicas que exercem maior influencia. A pesquisa também apontou que o tipo de temática e o período em que o aluno está cursando não têm influência sobre nenhum dos três construtos, somente o professor influencia as práticas pedagógicas.

A SENSIBILIDADE CULTURAL DO ADVENTISMO COMO MODELO MISSIOLÓGICO EM GRANDES CENTROS URBANOS: UMA ANÁLISE DE IGREJAS ADVENTISTAS ÉTNICAS NA CIDADE DE SÃO PAULO

Esta pesquisa objetiva analisar o desenvolvimento da missão adventista na cidade de São Paulo em busca de um modelo missiológico para centros urbanos. São Paulo, uma das maiores metrópoles do mundo tem uma formação cultural plural, não apenas pelas forças atuantes da modernização, secularização, globalização e pós-modernidade. A composição da população da cidade possui uma gênese étnica plural. Além da matriz autóctone indígena, do colonizador branco europeu e dos escravos africanos, desde o início do século XIX chegaram outros imigrantes, europeus e asiáticos. Nas primeiras décadas do século XX, o Brasil foi o país que mais recebeu imigrantes em todo o mundo. Estima-se que nos anos de 1920, apenas um terço da população na cidade de São Paulo fosse de brasileiros, o restante era composto por imigrantes. A inserção do adventismo em São Paulo se deu por missionários imigrantes que trabalharam primeiro com outros imigrantes antes de evangelizar e desenvolver a missão adventista com os brasileiros nacionais. De alguma forma, esse início deixou marcas na missão adventista paulistana. São Paulo é hoje a cidade com o maior número total de adventistas no mundo e a única com Igrejas Adventistas étnicas que atendem cinco grupos étnicos distintos: japoneses, coreanos, judeus, árabes e bolivianos/peruanos. Esta pesquisa busca investigar a formação de uma sensibilidade cultural no adventismo paulistano que lhe permitiu dialogar com a pluralidade cultural da metrópole paulistana.

CLIMA ORGANIZACIONAL E BURNOUT: UM ESTUDO COM SERVIDORES PÚBLICOS FEDERAIS

As condições inadequadas vivenciadas nas organizações afligem não só os trabalhadores da iniciativa privada, pois são igualmente encontradas no segmento estatal, contrariando a expectativa de que o aparato governamental eliminaria as condições insalubres e criaria outras melhores nas quais prevalecesse à promoção de saúde. Diante desse panorama questionou-se porque, uma vez que, pelo menos do ponto de vista da sociedade leiga, esses servidores estão submetidos a condições privilegiadas de trabalho. O presente estudo objetivou identificar e descrever possíveis relações entre o clima organizacional e o burnout em servidores públicos de uma instituição federal de ensino. Objetivou-se ainda descrever o clima organizacional predominante. A pesquisa realizada teve cunho quantitativo, tipo estudo de caso e exploratória. A coleta de dados deu-se por meio das escalas ECO (escala de clima organizacional), ECB (escala de caracterização do burnout) e um questionário sociodemográfico, todos os instrumentos autoaplicáveis eletronicamente disponíveis à instituição. Participaram do estudo 201 servidores públicos federais, com idade média de 37 anos, majoritariamente de nível superior e casados. Os resultados revelaram que cerca de um quarto dos participantes raramente experimentaram burnout, no entanto outra quarta parte deles frequentemente experimentaram altos níveis de burnout, resultado bastante expressivo. Os servidores perceberam clima organizacional mediano, destacando-se a boa coesão entre os colegas de trabalho e a percepção de baixa recompensa. Merece destaque a grande dispersão entre as percepções de clima, o que permite inferir haver subclimas não identificados nesta investigação, possivelmente ocasionados por uma força de clima fraca e pela participação dos servidores de unidades de ensino geograficamente distintas, geridas por gestores locais com relativa autonomia. Os resultados dos cálculos de correlação revelaram que, quanto menos os participantes percebem apoio da chefia e da organização, coesão entre colegas, e mais controle/pressão, mais exaustos se sentem, mais desumanizam as pessoas com quem tratam e mais se decepcionam no trabalho e vice-versa. Conforto físico menor está associado a maior desumanização e a mais decepção no trabalho e vice-versa; e que controle/pressão, relaciona-se positiva e fracamente com desumanização e vice-versa. Desta forma, a hipótese de que existe associação entre burnout e clima organizacional foi confirmada. Os resultados também revelaram que os servidores com burnout, perceberam pior clima organizacional que os seus pares sem burnout, confirmando a segunda hipótese. Esses servidores também se mostraram neutros quanto à percepção de apoio da chefia e conforto físico; não percebem controle pressão, nem recompensa; todavia percebem coesão entre os colegas. Esses resultados sugerem que os participantes têm se apoiado nessas relações para suportar a indiferença e ausência de estímulos experimentados no trabalho. Os resultados obtidos nesse estudo permitiram concluir que o clima organizacional é fraco, provavelmente influenciado por uma cultura organizacional fraca, explicando a heterogeneidade da percepção do clima organizacional pelos servidores. Além disso, embora haja burnout entre poucos participantes, há que se atentar que cerca de um quarto deles, encontra-se acometido desta síndrome e isto poderá contagiar os demais.

Tn552 transposase catalyzes concerted strand transfer in vitro

The Tn552 transposase, a member of the DDE superfamily of transposase and retroviral integrase proteins, has been expressed in soluble form. The purified protein performs concerted strand transfer in vitro, efficiently pairing two preprocessed transposon ends and inserting them into target DNA. For maximum efficiency, both participating DNA ends must contain the two adjacent transposase-binding sites that are the normal constituents of the Tn552 termini. As is the case with transposition in vivo, the insertions recovered from the reaction in vitro are flanked by repeats of a short target sequence, most frequently 6 bp. The reaction has stringent requirements for a divalent metal ion. Concerted strand transfer is most efficient with Mg2+. Although it stimulates strand transfer overall, Mn2+ promotes uncoupled, single-ended events at the expense of concerted insertions. The simplicity and efficiency of the Tn552 transposition system make it an attractive subject for structural and biochemical studies and a potentially useful genetic tool.

Yeast HOS3 forms a novel trichostatin A-insensitive homodimer with intrinsic histone deacetylase activity

Histone deacetylases such as human HDAC1 and yeast RPD3 are trichostatin A (TSA)-sensitive enzymes that are members of large, multiprotein complexes. These contain specialized subunits that help target the catalytic protein to histones at the appropriate DNA regulatory element, where the enzyme represses transcription. To date, no deacetylase catalytic subunits have been shown to have intrinsic activity, suggesting that noncatalytic subunits of the deacetylase complex are required for their enzymatic function. In this paper we describe a novel yeast histone deacetylase HOS3 that is relatively insensitive to the histone deacetylase inhibitor TSA, forms a homodimer when expressed ectopically both in yeast and Escherichia coli, and has intrinsic activity when produced in the bacterium. Most HOS3 protein can be found associated with a larger complex in partially purified yeast nuclear extracts, arguing that the HOS3 homodimer may be dissociated from a very large nuclear structure during purification. We also demonstrate, using a combination of mass spectrometry, tandem mass spectrometry, and proteolytic digestion, that recombinant HOS3 has a distinct specificity in vitro for histone H4 sites K5 and K8, H3 sites K14 and K23, H2A site K7, and H2B site K11. We propose that while factors that interact with HOS3 may sequester the catalytic subunit at specific cellular sites, they are not required for HOS3 histone deacetylase activity.

Substrate specificity determinants in the farnesyltransferase β-subunit

Protein prenyltransferases catalyze the covalent attachment of isoprenoid lipids (farnesyl or geranylgeranyl) to a cysteine near the C terminus of their substrates. This study explored the specificity determinants for interactions between the farnesyltransferase of Saccharomyces cerevisiae and its protein substrates. A series of substitutions at amino acid 149 of the farnesyltransferase β-subunit were tested in combination with a series of substitutions at the C-terminal amino acid of CaaX protein substrates Ras2p and a-factor. Efficient prenylation was observed when oppositely charged amino acids were present at amino acid 149 of the yeast farnesyltransferase β-subunit and the C-terminal amino acid of the CaaX protein substrate, but not when like charges were present at these positions. This evidence for electrostatic interaction between amino acid 149 and the C-terminal amino acid of CaaX protein substrates leads to the prediction that the C-terminal amino acid of the protein substrate binds near amino acid 149 of the yeast farnesyltransferase β-subunit.

Protein S is inducible by interleukin 4 in T cells and inhibits lymphoid cell procoagulant activity

Extravascular procoagulant activity often accompanies cell-mediated immune responses and systemic administration of pharmacologic anticoagulants prevents cell-mediated delayed-type hypersensitivity reactions. These observations suggest a direct association between coagulation and cell-mediated immunity. The cytokine interleukin (IL)-4 potently suppresses cell-mediated immune responses, but its mechanism of action remains to be determined. Herein we demonstrate that the physiologic anticoagulant protein S is IL-4-inducible in primary T cells. Although protein S was known to inhibit the classic factor Va-dependent prothrombinase assembled by endothelial cells and platelets, we found that protein S also inhibits the factor Va-independent prothrombinase assembled by lymphoid cells. Thus, protein S-mediated down-regulation of lymphoid cell procoagulant activity may be one mechanism by which IL-4 antagonizes cell-mediated immunity.