Utilização de bactérias ácido-lácticas isoladas do trato intestinal de tilápia-do-nilo como probiótico

O objetivo deste trabalho foi isolar bactérias ácido-lácticas do intestino de tilápias-do-nilo, e avaliar seu potencial probiótico. Foram isoladas cepas de bactérias ácido-lácticas, e foi avaliada a inibição aos patógenos in vitro. As cepas com os melhores resultados foram identificadas e utilizadas no experimento de colonização do trato intestinal de tilápias-do-nilo, via suplementação na dieta, em delineamento inteiramente ao acaso, com três tratamentos e quatro repetições. Foram avaliados: o total de bactérias, as bactérias ácido-lácticas, Vibrio ssp. e Pseudomonas ssp. A cepa com melhor resultado foi utilizada na infecção experimental, em delineamento inteiramente ao acaso, em esquema fatorial 2x3: dieta suplementada com a cepa e dieta-controle; e os peixes não submetidos à injeção, peixes submetidos à injeção de solução salina e à injeção de Enterococcus durans, com três repetições. Foram avaliados os parâmetros hematológicos. As duas cepas identificadas foram: Lactobacillus plantarum e Lactobacillus brevis, que colonizaram o trato intestinal de tilápias, contudo L. plantarum teve menor número total de bactérias e de Pseudomonas ssp. Foi observado maior número total de eritrócitos, trombócitos, leucócitos, linfócitos, neutrófilos e monócitos, em peixes alimentados com L. plantarum e submetidos à injeção de E. durans. O L. plantarum tem efeito probiótico e melhora o sistema imune das tilápias.

Comparative transcriptomics of early dipteran development

BACKGROUND: Modern sequencing technologies have massively increased the amount of data available for comparative genomics. Whole-transcriptome shotgun sequencing (RNA-seq) provides a powerful basis for comparative studies. In particular, this approach holds great promise for emerging model species in fields such as evolutionary developmental biology (evo-devo). RESULTS: We have sequenced early embryonic transcriptomes of two non-drosophilid dipteran species: the moth midge Clogmia albipunctata, and the scuttle fly Megaselia abdita. Our analysis includes a third, published, transcriptome for the hoverfly Episyrphus balteatus. These emerging models for comparative developmental studies close an important phylogenetic gap between Drosophila melanogaster and other insect model systems. In this paper, we provide a comparative analysis of early embryonic transcriptomes across species, and use our data for a phylogenomic re-evaluation of dipteran phylogenetic relationships. CONCLUSIONS: We show how comparative transcriptomics can be used to create useful resources for evo-devo, and to investigate phylogenetic relationships. Our results demonstrate that de novo assembly of short (Illumina) reads yields high-quality, high-coverage transcriptomic data sets. We use these data to investigate deep dipteran phylogenetic relationships. Our results, based on a concatenation of 160 orthologous genes, provide support for the traditional view of Clogmia being the sister group of Brachycera (Megaselia, Episyrphus, Drosophila), rather than that of Culicomorpha (which includes mosquitoes and blackflies).

PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome

Phylogenetic trees representing the evolutionary relationships of homologous genes are the entry point for many evolutionary analyses. For instance, the use of a phylogenetic tree can aid in the inference of orthology and paralogy relationships, and in the detection of relevant evolutionary events such as gene family expansions and contractions, horizontal gene transfer, recombination or incomplete lineage sorting. Similarly, given the plurality of evolutionary histories among genes encoded in a given genome, there is a need for the combined analysis of genome-wide collections of phylogenetic trees (phylomes). Here, we introduce a new release of PhylomeDB (http://phylomedb.org), a public repository of phylomes. Currently, PhylomeDB hosts 120 public phylomes, comprising >1.5 million maximum likelihood trees and multiple sequence alignments. In the current release, phylogenetic trees are annotated with taxonomic, protein-domain arrangement, functional and evolutionary information. PhylomeDB is also a major source for phylogeny-based predictions of orthology and paralogy, covering >10 million proteins across 1059 sequenced species. Here we describe newly implemented PhylomeDB features, and discuss a benchmark of the orthology predictions provided by the database, the impact of proteome updates and the use of the phylome approach in the analysis of newly sequenced genomes and transcriptomes.

eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

Incidencia, etiología y epidemiología de la brucelosis en una área rural de la província de Lleida

Fundamentos: Este estudio investiga, de forma prospectiva, la incidencia, la etiología y el perfil epidemiológico de la brucelosis humana en las comarcas del Pallars Jussà y Sobirà (Lleida), durante el período 1995-1998. Métodos: Fueron estudiados 55 pacientes diagnosticados de brucelosis. Se registró información sobre el sexo, edad, municipio de residencia, riesgo ocupacional, contacto con animales y consumo de productos lácticos no higienizados, y se obtuvieron muestras de sangre para hemocultivo. Resultados: Se registraron 10, 14, 15 y 16 casos para los años 1995, 1996, 1997 y 1998 respectivamente, y las tasas medias acumuladas fueron de 52 en el Pallars Jussà y de 129 en el Pallars Sobirà. El número de casos fue cuatro veces superior en hombres (81,8%) que en mujeres (18,2%) (RR: 4,4; IC95% 2,2-8,7). La incidencia máxima se produjo en los meses de Marzo-Abril y la mínima en los meses de verano. El 71% de los pacientes desarrollaba una actividad profesional de riesgo y hubo un claro predominio del mecanismo de contagio directo (71%). La especie animal más frecuentemente considerada fuente de infección fue la ovina (65%), seguida de la bovina (47%) y de la caprina (25%). En el Pallars Jussà hubo predominio ovino (OR: 0,3; IC95% 0,1 - 0,9) y en el Pallars Sobirà de bovino (OR: 6,6; IC95% 1,8 - 26,2). Se aislaron 27 cepas de Brucella sp, correspondiendo todas ellas a la especie melitensis. Conclusiones: La incidencia de la zoonosis en las comarcas estudiadas ha aumentado durante el período 1995-1998. Los resultados del estudio configuran un perfil epidemiológico característico de enfermedad profesional. El agente etiológico ha sido Brucella melitensis con claro predominio de la biovariedad 1.

Dinámica de poblaciones de vectores y transmisión del virus Y de la patata en cultivos de pimiento

En 1990 se colocaron 7 trampas horizontales de baldosa verde del tipo utilizado por IRWIN (1980), situadas a la misma altura que el cultivo, en diferentes zonas productoras de pimiento en España: Aranjuez (Madrid), Balboa (Badajoz), Cadreita (Navarra), Mendavia (La Rioja), Torrepacheco (Murcia) y Montañana (Zaragoza). El muestreo abarcó de 18 a 19 semanas en cada localidad. El total de pulgones recolectados durante el período que duró el muestreo fue de 3.186 que corresponden a 29 especies distintas, de los que 1.019 individuos corresponden a la especie Aphis fabae Scopoli (31,98 % del total) y 500 a Aphis gossypii Glover (15,69 %). Otras especies capturadas en menor proporción han sido: Aphis craccivora Koch, Aphis nasturtii Kaltenbach, Diuraphis noxia (Mordvilko) y Brachycaudus spp., entre otras. Se realizaron ensayos de transmisión en laboratorio con el virus Y de la patata (PVY) utilizando las especies más importantes desde el punto de vista del número de capturas realizadas. Se emplearon dos aislados de este virus: uno de ellos obtenido en campo infectando pimiento y que pertenece al patotipo 0 (infecta a «Yolo Wonder» pero no a «Yolo Y») y otro obtenido de patata y perteneciente al grupo N de PVY (patata). Los resultados indican que ambas cepas son transmisibles por Myzus persicae (Sulzer) a pimiento «Yolo Wonder», aunque PVYN se transmite con mucha menor eficiencia. En ensayos de comparación entre distintas especies de vectores en cuanto a la capacidad de transmisión de PVY*, se observa que M. persicae es el más eficaz, seguido de A. gossypii que es el segundo en importancia. Acyrthosiphon pisum Harris fue también capaz de transmitir PVY0, pero con mucha menor eficacia. A la vista de los resultados obtenidos, y a pesar de su gran eficacia de transmisión en condiciones controladas, M. persicae parece tener escasa importancia en cuanto a su capacidad de transmisión de PVY en campo, ya que presenta una baja actividad de vuelo en cultivo de pimiento en todas las localidades muestreadas.

Analysis of vineyard differential management zones and relation to vine development, grape maturity and quality

The objective of research was to analyse the potential of Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) maps from satellite images, yield maps and grapevine fertility and load variables to delineate zones with different wine grape properties for selective harvesting. Two vineyard blocks located in NE Spain (Cabernet Sauvignon and Syrah) were analysed. The NDVI was computed from a Quickbird-2 multi-spectral image at veraison (July 2005). Yield data was acquired by means of a yield monitor during September 2005. Other variables, such as the number of buds, number of shoots, number of wine grape clusters and weight of 100 berries were sampled in a 10 rows × 5 vines pattern and used as input variables, in combination with the NDVI, to define the clusters as alternative to yield maps. Two days prior to the harvesting, grape samples were taken. The analysed variables were probable alcoholic degree, pH of the juice, total acidity, total phenolics, colour, anthocyanins and tannins. The input variables, alone or in combination, were clustered (2 and 3 Clusters) by using the ISODATA algorithm, and an analysis of variance and a multiple rang test were performed. The results show that the zones derived from the NDVI maps are more effective to differentiate grape maturity and quality variables than the zones derived from the yield maps. The inclusion of other grapevine fertility and load variables did not improve the results.

Protocolo para la zonificación intraparcelaria de la viña para vendimia selectiva a partir de imágenes multiespectratrales

En este trabajo se presenta un protocolo para la zonificación intraparcelaria de la viña con la finalidad de vendimia selectiva. Se basa en la adquisición de una imagen multiespectral detallada en el momento del envero, a partir de la cual se obtiene el índice de vegetación de la diferencia normalizada (NDVI). Este índice se clasifica en áreas de vigor alto y bajo mediante un proceso de clasificación no supervisada (algoritmo ISODATA). Las zonas resultantes se generalizan y se transfieren al monitor de cosecha de una máquina vendimiadora para realizar la recolección selectiva. La uva recolectada según este protocolo en parcelas control ha mostrado diferenciación en cuanto a parámetros de calidad como el pH, la acidez total, el contenido de polifenoles y el color. La imagen multiespectral utilizada fue adquirida por el satélite Quickbird-2. Los datos de calidad de la uva fueron muestreados según una malla regular de 5 filas por 10 cepas, procediendo a un test estadístico de rangos múltiples para analizar la separación de medias de las variables analizadas en cada zona de NDVI.

Quest for Orthologs Entails Quest for Tree of Life: In Search of the Gene Stream.

Quest for Orthologs (QfO) is a community effort with the goal to improve and benchmark orthology predictions. As quality assessment assumes prior knowledge on species phylogenies, we investigated the congruency between existing species trees by comparing the relationships of 147 QfO reference organisms from six Tree of Life (ToL)/species tree projects: The National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy, Opentree of Life, the sequenced species/species ToL, the 16S ribosomal RNA (rRNA) database, and trees published by Ciccarelli et al. (Ciccarelli FD, et al. 2006. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science 311:1283-1287) and by Huerta-Cepas et al. (Huerta-Cepas J, Marcet-Houben M, Gabaldon T. 2014. A nested phylogenetic reconstruction approach provides scalable resolution in the eukaryotic Tree Of Life. PeerJ PrePrints 2:223) Our study reveals that each species tree suggests a different phylogeny: 87 of the 146 (60%) possible splits of a dichotomous and rooted tree are congruent, while all other splits are incongruent in at least one of the species trees. Topological differences are observed not only at deep speciation events, but also within younger clades, such as Hominidae, Rodentia, Laurasiatheria, or rosids. The evolutionary relationships of 27 archaea and bacteria are highly inconsistent. By assessing 458,108 gene trees from 65 genomes, we show that consistent species topologies are more often supported by gene phylogenies than contradicting ones. The largest concordant species tree includes 77 of the QfO reference organisms at the most. Results are summarized in the form of a consensus ToL (http://swisstree.vital-it.ch/species_tree) that can serve different benchmarking purposes.

Atividade antioxidante e antimicrobiana de extratos de atemoia (Annona cherimola Mill. x A. squamosa L.)

O objetivo deste trabalho foi quantificar os teores de fenóis e flavonoides totais, bem como avaliar as atividades antioxidante e antimicrobiana de extratos obtidos dos talos e folhas de atemoia (A. cherimola Mill. x A. squamosa L.), que pertence à família Annonaceae. A atividade antioxidante foi avaliada pelos métodos de sequestro dos radicais 2,2-difenil-1-picrilhidrazil (DPPH) e 2,2'-azinobis-3-etilbenzotiazolina-6-ácido sulfônico (ABTS), bem como pelo método da cooxidação do β-caroteno/ácido linoleico. A avaliação da atividade antimicrobiana dos extratos foi analisada contra 10 cepas de bactérias. Os resultados da atividade antioxidante dos extratos mostraram que o extrato etanólico dos talos (EEt) foi o antioxidante mais efetivo (IC50 = 10,44 ± 1,25 µg/mL) no método do sequestro do DPPH, bem como no sequestro do radical ABTS (24,81 ± 0,49%). O extrato hexânico das folhas apresentou o melhor percentual de atividade antioxidante no ensaio do β-caroteno/ácido linoleico (41,12 ± 4,35%). Os extratos etanólico dos talos e metanólico das folhas mostraram-se ativos contra cepas de Bacillus cereus, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA), Staphylococcus aureus e Staphylococcus epidermidis.

Susceptibilidad antibiótica de las bacterias causantes de infecciones odontogénicas

Objetivos: Identificar la flora bacteriana y su susceptibilidad a varios antibióticos utilizados en infecciones odontogénicas de localización periapical y en las pericoronaritis del tercer molar inferior, para poder adaptar convenientemente el tratamiento antibiótico a las exigencias de tales infecciones, y evitar así los efectos secundarios y los sobretratamientos con antibióticos. Material y métodos: Se han seleccionado con unos criterios de inclusión y de exclusión a 64 pacientes que presentaban una infección odontogénica. Se recogieron muestras de las lesiones en condiciones de máxima asepsia, evitando la contaminación por flora saprófita bucal. Las muestras se sembraron en medios de cultivo apropiados y se incubaron en condiciones aeróbicas y anaeróbicas; finalmente se procedió a la identificación de los microorganismos aislados y a la determinación de su susceptibilidad antibiótica, los resultados se analizaron estadísticamente mediante la prueba t-Student (para muestras aparejadas y para una muestra). Resultados: Se aislaron un total de 184 cepas bacterianas, incluyendo cocos Gram positivo anaerobios facultativos (68%), bacilos Gram negativo anaerobios estrictos (30%), y bacilos Gram positivo anaerobios facultativos (2%). Independientemente del origen de la infección odontogénica los antibióticos que obtuvieron los mejores resultados en cuanto a mayor sensibilidad y menor resistencia estadísticamente significativos fueron respectivamente la amoxicilina/clavulánico y la amoxicilina (p<0,05). Discusión: Cada vez hay más estudios que indican el alto índice de resistencias a antibióticos en poblaciones bacterianas patógenas que producen infecciones en territorios no bucodentales. A pesar de ello, los niveles de resistencia a los antibióticos en las infecciones odontogénicas no han seguido la misma tendencia, aunque se ha detectado para ciertos antibióticos un alto índice de resistencia. En nuestro trabajo hemos encontrado que los antibióticos de uso común que han obtenido mayor sensibilidad y menor resistencia han sido la amoxicilina en combinación con ácido clavulánico seguido de la amoxicilina.

Síntese e avaliação da atividade antimalárica de novos ozonídeos

A reação de cicloadição [3+4] entre diferentes dienos (ciclopentadieno, 2-metilfurano e furano) e halocetonas levou aos cicloadutos correspondentes, cuja reação de ozonólise forneceu os ozonídeos 3alfa,5alfa-Dimetil-8,9,10-trioxatriciclo[5.2.1.1(2,6)]undecan-4-ona (6), 2,3alfa,5alfa-Trimetil-8,9,10,11-tetraoxatriciclo[5.2.1.1(2,6)]undecan-4-ona (9), 2,3beta,5beta-Trimetil-8,9,10,11-tetraoxatriciclo[5.2.1.1(2,6)]undecan-4-ona (10, isômero exo), 2,3beta,5beta-Trimetil-8,9,10,11-tetraoxatriciclo [5.2.1.1(2,6)]undecan-4-ona (11, isômero endo), 3alfa-Isopropil-8,9,10,11-tetraoxatriciclo[5.2.1.1(2,6)]undecan-4-ona (14). A atividade antimalárica dos ozonídeos foi avaliada em testes "in vitro" contra cepas de Plasmodium falciparum, oriundos da Tailândia.

Estudo da presença da toxina microcistina-LR em água utilizada em clínica de hemodiálise e validação de um método análítico

Algumas cepas de algas, em especial as cianobactérias, podem produzir toxinas como as microcistinas, as quais podem ocasionar intoxicação e morte de seres humanos e de animais. A literatura reporta a ocorrência de um acidente em uma clínica de hemodiálise de Caruaru, Pernambuco, aonde vieram a falecer 60 pacientes que faziam hemodiálise, devido à presença da toxina microcistina-LR na água. Nesse estudo foi desenvolvido e validado um método analítico, para a determinação e quantificação da microcistina-LR. A cromatografia líquida de alta performance com detector de UV foi empregada como técnica analítica para a determinação de microcistina-LR. Os parâmetros selecionados para a validação do método foram: linearidade, curva analítica, precisão, sensibilidade e ensaios de recuperação. A curva analítica foi construída com sete pontos a partir do padrão. O método apresentou uma linearidade no intervalo de 0,05 a 5 µg L-1, e o coeficiente de correlação foi superior a 0,99. Com base nestes resultados conclui-se que o método é eficiente e pode ser empregado, em futuras análises, para o monitoramento da microcistina-LR em água utilizada em clínicas de hemodiálise.

Óleos essenciais de uvaia (Eugenia pyriformis Cambess): avaliação das atividades microbiana e antioxidante

A geração de radicais livres, resultado dos processos metabólicos necessários para a produção de energia, causam um grande número de doenças, o que aumenta o interesse pelos compostos antioxidantes presentes em frutos e vegetais e que são responsáveis pela captura destes radicais. Além disso, a aplicação de óleos e extratos de frutos no controle microbiológico justifica o crescimento dos estudos científicos dessas matérias-primas. Nesse contexto o presente trabalho analisou o óleo essencial de diferentes partes do fruto de uvaia (Eugenia pyriformis) em relação à atividade microbiológica, fenóis totais e antioxidantes. O óleo essencial apresentou rendimento maior na casca (1,23 %), seguido pela fração casca com polpa, a fração com menor rendimento foi à semente, sendo quantificados a partir do fruto refrigerado. Os resultados obtidos na microbiologia frente as cepas de Scherichia coli ATCC25922, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Pseudomonas aeruginosas ATCC 27 853 e Enterococcus faecalis ATCC99212 foram de ação bacteriostática em todas as cepas testadas, exceto a bactéria P. aeruginosas. Intervalo de inibição superior a 24 h foi observado para o óleo essencial da casca frente a bactéria P. aeruginosas. A quantificação de fenóis totais não foi possível pois os valores médios encontrados foram inferiores ao LQ (5 μg/mL), por espectrofotometria a 760 nm e as atividade antioxidante mostraram-se não significativas nas concentrações analisadas, em todas as frações.

Produção e estado nutricional de povoamentos de Eucalyptus grandis, em segunda rotação, em resposta à adubação potássica

A condução de brotação de cepas é uma técnica corriqueira nas plantações de eucalipto no Brasil. Contudo, a queda de produtividade da primeira para a segunda rotação tem sido freqüentemente observada, e a deficiência de nutrientes minerais é uma das possíveis causas deste fato. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito residual de doses de K sobre o estado nutricional, o balanço de K e a produção de Eucalyptus grandis, em segunda rotação, assim como as quantidades de N, P, K, Ca e Mg acumuladas na copa e no tronco. Doses de 30, 60, 120 e 240 kg/ha de K2O, na forma de KCl, foram aplicadas a lanço em toda a área e incorporadas ao solo antes do plantio. Incluiu-se, ainda, a parcela sem aplicação de K. Na primeira rotação as árvores foram cortadas aos 78 meses. Em seguida, fez-se a condução de um broto por cepa. Aos 80 meses após o primeiro corte, ou seja, já na segunda rotação, foram avaliados o volume do tronco, a produção de matéria seca e o conteúdo de nutrientes na árvore e na manta orgânica e os teores de nutrientes no solo. A maior dose de K, aplicada na implantação do povoamento, causou aumento da ordem de 54% no volume e na matéria seca dos troncos das árvores na segunda rotação, em comparação com o tratamento sem adubação. Nessas condições, a diferença no acúmulo de N, P, Ca e Mg nas árvores foi, em média, de 69%. Da primeira para a segunda rotação houve decréscimo médio de 52% na produtividade, atribuído à exportação de nutrientes, em especial de K, na rotação anterior, ocasionando a redução na fertilidade do solo.