The Bacillus subtilis bacteriophage SPP1 G39P delivers and activates the G40P DNA helicase upon interacting with the G38P-bound replication origin.

Initiation of Bacillus subtilis bacteriophage SPP1 replication requires the phage-encoded genes 38, 39 and 40 products (G38P, G39P and G40P). G39P, which does not bind DNA, interacts with the replisome organiser, G38P, in the absence of ATP and with the ATP-activated hexameric replication fork helicase, G40P. G38P, which specifically interacts with the phage replication origin (oriL) DNA, does not seem to form a stable complex with G40P in solution. G39P when complexed with G40P-ATP inactivates the single-stranded DNA binding, ATPase and unwinding activities of G40P, and such effects are reversed by increasing amounts of G38P. Unwinding of a forked substrate by G40P-ATP is increased about tenfold by the addition of G38P and G39P to the reaction mixture. The specific protein-protein interactions between oriL-bound G38P and the G39P-G40P-ATPgammaS complex are necessary for helicase delivery to the SPP1 replication origin. Formation of G38P-G39P heterodimers releases G40P-ATPgammaS from the unstable oriL-G38P-G39P-G40P-ATPgammaS intermediate. G40P-ATPgammaS binds to the origin region, the uncomplexed G38P fraction remains bound to oriL, and the G38P-G39P heterodimer is lost from the complex. We demonstrate that G39P is a component of an oligomeric nucleoprotein complex which plays an important role in the initiation of SPP1 replication.

Issue review : executive branch employees, January 2011 and August 2012.

This issue review examines the change in the number of executive branch employees, supervisors and payroll between January 2011 and August 2012. In recent years, a variety of factors have encouraged a reduction in the number of state employees, salary adjustment that pays for contract-related salary and benefits increases has not been funded, limited departments' ability to pay increasing personnel costs. Early retirement packages have been offered, encouraging higher-paid employees to retire. Beginning in January 2011, the Governor set a goal of reducing the cost of state government by 15 percent, which could impact the number of employees.

The branch-site test of positive selection is surprisingly robust but lacks power under synonymous substitution saturation and variation in GC

Positive selection is widely estimated from protein coding sequence alignments by the nonsynonymous-to-synonymous ratio omega. Increasingly elaborate codon models are used in a likelihood framework for this estimation. Although there is widespread concern about the robustness of the estimation of the omega ratio, more efforts are needed to estimate this robustness, especially in the context of complex models. Here, we focused on the branch-site codon model. We investigated its robustness on a large set of simulated data. First, we investigated the impact of sequence divergence. We found evidence of underestimation of the synonymous substitution rate for values as small as 0.5, with a slight increase in false positives for the branch-site test. When dS increases further, underestimation of dS is worse, but false positives decrease. Interestingly, the detection of true positives follows a similar distribution, with a maximum for intermediary values of dS. Thus, high dS is more of a concern for a loss of power (false negatives) than for false positives of the test. Second, we investigated the impact of GC content. We showed that there is no significant difference of false positives between high GC (up to similar to 80%) and low GC (similar to 30%) genes. Moreover, neither shifts of GC content on a specific branch nor major shifts in GC along the gene sequence generate many false positives. Our results confirm that the branch-site is a very conservative test.

Comparison of randomized branch sampling with and without replacement at the first stage

Abstract

The structure of human tRNALys3 anticodon bound to HIV genome is stabilized by modified nucleosides and adjacent mismatch base pairs

Replication of human immunodeficiency virus (HIV) requires base pairing of the reverse transcriptase primer, human tRNA(Lys3), to the viral RNA. Although the major complementary base pairing occurs between the HIV primer binding sequence (PBS) and the tRNA's 3'-terminus, an important discriminatory, secondary contact occurs between the viral A-rich Loop I, 5'-adjacent to the PBS, and the modified, U-rich anticodon domain of tRNA(Lys3). The importance of individual and combined anticodon modifications to the tRNA/HIV-1 Loop I RNA's interaction was determined. The thermal stabilities of variously modified tRNA anticodon region sequences bound to the Loop I of viral sub(sero)types G and B were analyzed and the structure of one duplex containing two modified nucleosides was determined using NMR spectroscopy and restrained molecular dynamics. The modifications 2-thiouridine, s(2)U(34), and pseudouridine, Psi(39), appreciably stabilized the interaction of the anticodon region with the viral subtype G and B RNAs. The structure of the duplex results in two coaxially stacked A-form RNA stems separated by two mismatched base pairs, U(162)*Psi(39) and G(163)*A(38), that maintained a reasonable A-form helix diameter. The tRNA's s(2)U(34) stabilized the interaction between the A-rich HIV Loop I sequence and the U-rich anticodon, whereas the tRNA's Psi(39) stabilized the adjacent mismatched pairs.

Stellar population synthesis: the effect of improved Asymptotic Giant Branch models and of interstellar dust on mass-to-light–color relations

Teoreettisen populaatiosynteesin avulla voidaan mallintaa tähtijoukkojen ja galaksien fotometrisiä ominaisuuksia yhdistämällä yksittäisten tähtien tuottama säteily, joka saadaan teoreettisista tähtien kehitysmalleista. Valitsemalla sopiva massajakauma syntyville tähdille voidaan muodostaa yksinkertainen tähtipopulaatio, joka koostuu saman ikäisistä ja kemialliselta koostumukseltaan yhtenäisistä tähdistä. Monimutkaisempia tähtipopulaatioita voidaan muodostaa konvoloimalla yksinkertaisten tähtipopulaatioiden luminositeetti jonkin valitun tähtienmuodostushistorian kanssa sekä yhdistämällä näin muodostettuja populaatioita. Tässä työssä tarkastellaan asymptoottisen jättiläishaaran (AGB) tähtien uusien, tarkentuneiden evoluutiomallien vaikutusta populaatiosynteesin tuloksiin niin yksinkertaisten tähtipopulaatioiden kuin galaksien mallinnukseen soveltuvien monimutkaisempien tähtipopulaatioiden kohdalla. Työn päätarkoitus on tuottaa uudistuneisiin malleihin perustuvat populaation massa-luminositeetti -suhteen ja värin väliset relaatiot (MLC-relaatiot). MLC-relaatioita voidaan käyttää populaation massan määrittämiseen sen fotometristen ominaisuuksien (väri, luminositeetti) perusteella. Lisäksi tutkitaan tähtienvälisen pölyn vaikutusta yksinkertaisen spiraaligalaksimallin MLC-relaatioihin. Työssä käytetyt tähtien kehitysmallit perustuvat julkaisuun Marigo et al. (Astronomy & Astrophysics 482, 2008). Havaitaan, että AGB-tähtien vaikutus populaation integroituun luminositeettiin on pieni näkyvillä aallonpituuksilla, mutta merkittävä lähi-infrapuna-alueella. Vaikutus MLC-relaatioihin on vastaavasti merkittävä tarkkailtaessa luminositeettia lähi-infrapunassa sekä käytettäessä värejä, joissa yhdistetään optisia ja lähi-infrapunan kaistoja. Todetaan, että MLC-relaatioiden käyttö lähi-infrapunassa edellyttää tarkentuneen AGB-vaiheen sisällyttämistä populaatiosynteesin malleihin. Tähtienvälisen pölyn vaikutus MLC-relaatioihin todetaan riippuvan käytetystä kaistasta ja väristä, mutta vaikutuksen havaitaan olevan suurin optisen ja lähi-infrapunan väriyhdistelmillä.

Leaf-Targeted Ferredoxin-NADP+-Oxidoreductase (FNR): Electron Transfer Properties and Thylakoid Association in Arabidopsis thaliana

Photosynthetic reactions are divided in two parts: light-driven electron transfer reactions and carbon fixation reactions. Electron transfer reactions capture solar energy and split water molecules to form reducing energy (NADPH) and energy-carrying molecules (ATP). These end-products are used for fixation of inorganic carbon dioxide into organic sugar molecules. Ferredoxin-NADP⁺ oxidoreductase (FNR) is an enzyme that acts at the branch point between the electron transfer reactions and reductive metabolism by catalyzing reduction of NADP+ at the last step of the electron transfer chain. In this thesis, two isoforms of FNR from A rabidopsis thaliana, FNR1 and FNR2, were characterized using the reverse genetics approach. The fnr1 and fnr2 mutant plants resembled each other in many respects. Downregulation of photosynthesis protected the single fnr mutant plants from excess formation of reactive oxygen species (ROS), even without significant upregulation of antioxidative mechanisms. Adverse growth conditions, however, resulted in phenotypic differences between fnr1 and fnr2. While fnr2 plants showed downregulation of photosynthetic complexes and upregulation of antioxidative mechanisms under low-temperature growth conditions, fnr1 plants had the wild-type phenotype, indicating that FNR2 may have a specific role in redistribution of electrons under unfavorable conditions. The heterozygotic double mutant (fnr1xfnr2) was severely devoid of chloroplastic FNR, which clearly restricted photosynthesis. The fnr1xfnr2 plants used several photoprotective mechanisms to avoid oxidative stress. In wild-type chloroplasts, both FNR isoforms were found from the stroma, the thylakoid membrane, and the inner envelope membrane. In the absence of the FNR1 isoform, FNR2 was found only in the stroma, suggesting that FNR1 and FNR2 form a dimer, by which FNR1 anchors FNR2 to the thylakoid membrane. Structural modeling predicted formation of an FNR dimer in complex with ferredoxin. In this thesis work, Tic62 was found to be the main protein that binds FNR to the thylakoid membrane, where Tic62 and FNR formed high molecular weight complexes. The formation of such complexes was shown to be regulated by the redox state of the chloroplast. The accumulation of Tic62-FNR complexes in darkness and dissociation of complexes from the membranes in light provide evidence that the complexes may have roles unrelated to photosynthesis. This and the high viability of fnr1 mutant plants lacking thylakoid-bound FNR indicate that the stromal pool of FNR is photosynthetically active.

Fate of fuel-bound nitrogen and sulfur in biomass-fired Industrial boilers

Användning av biomassa som energikälla för produktion av el och värme är ett sätt att minska beroendet av fossila bränslen och höja självförsörjningen av energi. Fossila bränslen är den främsta källan till koldioxid utsläpp förorsakad av människan. Biomassa, å andra sidan, betraktas som en koldioxidneutral energikälla. Svavlet och kvävet i biomassan bildar dock föroreningar såsom kväveoxider (NOX) och svaveldioxid (SO2), som bidrar till försurning av mark och sjöar. Svavlet i bränslet kan även både förorsaka och förhindra korrosion i en förbränningsanläggning, beroende på förbränningen och bränslet. Huvudsyftet med detta arbete var att få en bättre förståelse om hur utsläppen av NOX och SO2 bildas från bränslebundet kväve och svavel vid förbränning av olika biobränslen. Mätkampanjer i fullskaliga förbränningsanläggningar utfördes, där gassammansättningen mättes i eldstaden och rökgasen. Förståelsen om gaskemin i eldstaden är viktig, för att möjliggöra utvecklandet av renare och effektivare förbränningsanläggningar. Ett annat syfte med arbetet var att klargöra om sulfatering av askkomponenter vid förbränning av biobränslen med olika askegenskaper. Alkaliklorider som bildas vid biomassaförbränning kan orsaka korrosion av värmeöverföringsytor. Svavlet i bränslet visade sig ha en viktig roll i att sulfatera alkaliklorider till mindre korrosiva alkalisulfater. Närvaron av gasformig svavelsyra i rökgaskanalen av förbränningsanläggningar studerades även. Kondensering av svavelsyra leder till korrosion av rökgaskanalen och dess delar. Om svavelsyrakoncentrationen i rökgasen är känd, kan daggpunktstemperaturen beräknas och kondensering av svavelsyra förhindras. I arbetet utvecklades en mätmetod för att mäta låga koncentrationer av gasformig svavelsyra i rökgaser. Denna metod användes för att undersöka risken av lågtemperaturkorrosion orsakad av svavelsyra i förbränningsanläggningar. ------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Käyttämällä biomassaa energianlähteenä voidaan vähentää sähkön- ja lämmöntuotannon riippuvuutta fossiilisiin polttoaineisiin. Biomassan käytöllä voidaan myös lisätä energiantuotannon omavaraisuutta. Fossiiliset polttoaineet ovat pääasiallinen syy ihmisen aiheuttamiin hiilidioksidipäästöihin. Biomassa sen sijaan luetaan hiilidioksidineutraaleihin energianlähteisiin. Biopolttoaineiden käytössä tosin vapautuu typpi- ja rikkioksideja, jotka edesauttavat maaperän ja merien happamoitumista. Lisäksi biopolttoaineen rikki voi sekä vähentää että aiheuttaa laitteiden korroosiota energiantuotannossa riippuen biopolttoaineesta ja palamisesta. Tämän työn päätavoitteena oli selvittää mitä biopolttoaineeseen sitoutuneelle typelle ja rikille tapahtuu teollisissa polttolaitoksissa. Kyseisten oksidien muodostumista tutkittiin polttamalla eri biomassoja polttolaitoksissa. Tutkimukset toteutettiin mittauskampanjoilla useissa polttolaitoksissa. Kaasujen koostumusta mitattiin sekä tulipesässä, että savukaasuista. Kaasujen koostumus varsinkin tulipesässä on tärkeää, jotta tulevaisuudessa voidaan rakentaa puhtaampia ja tehokkaampia polttolaitoksia. Työn toisena tavoitteena oli selvittää biomassan polton yhteydessä tapahtuvaa tuhkan sulfatoitumista. Alkalikloridit, joita muodostuu biomassan poltossa, voivat aiheuttaa lämmönsiirtopintojen korroosiota. Rikki osoittautui tärkeäksi osaksi prosessia, jossa korroosiota aiheuttavat alkalikloridit sulfatoituivat vähemmän korrosoiviksi alkalisulfaateiksi. Myös kaasumaisen rikkihapon läsnäoloa savukaasuissa tutkittiin. On todettu, että kaasumuotoinen rikkihappo johtaa korroosioon savukaasukanavan kylmässä päässä ja sen eri osissa rikkihapon tiivistyessä lämpötilan laskiessa. Mikäli rikkihapon pitoisuus savukaasussa tiedetään, sen kastepiste voidaan laskea ja tiivistyminen estää. Tässä työssä kehitettiin mittausmenetelmä rikkihapon alhaisten pitoisuuksien mittaamiseen. Menetelmää hyödynnettiin polttolaitoksissa, joissa tutkittiin rikkihapon tiivistymisestä johtuvaa korroosiota.

Screening of iron-enriched fungus from natural environment and evaluation of organically bound iron bioavailability in rats

Iron is an essential element for nearly all living organisms, and its deficiency is the most common form of malnutrition in the world. The organic forms of trace elements are considered more bioavailable than the inorganic forms. Although Saccharomyces cerevisiae can enrich metal elements and convert inorganic iron to organic species, its tolerability and transforming capacity are limited. The aim of this study was to screen higher biomass and other iron-enriched fungi strains besides Saccharomyces cerevisiae from the natural environment. A PDA medium containing 800 μg/mL iron was used for initial screening. Fifty strains that tolerated high iron concentration were isolated from the natural environment, and only one strain, No.BY1109, grew well at Fe (II) concentration of 10,000μg/ml. According to morphological characterization, 18S rDNA sequence analysis, and biophysical and biochemical characterization, the strain No.BY1109 was identified as Rhodotorula. The iron content of No.BY1109 (10 mg Fe/g dry cell) was determined using atomic absorption spectrometry. The results of distribution of iron in the cells showed that iron ion was mainly chelated in the cell walls and vacuoles. The bioavailability in rats confirmed that strain No.BY1109 had higher absorption efficiency than that of ferrous sulfate after single dose oral administration. The present study introduces new iron supplements, and it is a basis for finding new iron supplements from natural environment.