Minimization of biosynthetic costs in adaptive gene expression responses of yeast to environmental changes

Yeast successfully adapts to an environmental stress by altering physiology and fine-tuning metabolism. This fine-tuning is achieved through regulation of both gene expression and protein activity, and it is shaped by various physiological requirements. Such requirements impose a sustained evolutionary pressure that ultimately selects a specific gene expression profile, generating a suitable adaptive response to each environmental change. Although some of the requirements are stress specific, it is likely that others are common to various situations. We hypothesize that an evolutionary pressure for minimizing biosynthetic costs might have left signatures in the physicochemical properties of proteins whose gene expression is fine-tuned during adaptive responses. To test this hypothesis we analyze existing yeast transcriptomic data for such responses and investigate how several properties of proteins correlate to changes in gene expression. Our results reveal signatures that are consistent with a selective pressure for economy in protein synthesis during adaptive response of yeast to various types of stress. These signatures differentiate two groups of adaptive responses with respect to how cells manage expenditure in protein biosynthesis. In one group, significant trends towards downregulation of large proteins and upregulation of small ones are observed. In the other group we find no such trends. These results are consistent with resource limitation being important in the evolution of the first group of stress responses.

Can we translate vitamin D immunomodulating effect on innate and adaptive immunity to vaccine response?

Vitamin D (VitD), which is well known for its classic role in the maintenance of bone mineral density, has now become increasingly studied for its extra-skeletal roles. It has an important influence on the body's immune system and modulates both innate and adaptive immunity and regulates the inflammatory cascade. In this review our aim was to describe how VitD might influence immune responsiveness and its potential modulating role in vaccine immunogenicity. In the first instance, we consider the literature that may provide molecular and genetic support to the idea that VitD status may be related to innate and/or adaptive immune response with a particular focus on vaccine immunogenicity and then discuss observational studies and controlled trials of VitD supplementation conducted in humans. Finally, we conclude with some knowledge gaps surrounding VitD and vaccine response, and that it is still premature to recommend "booster" of VitD at vaccination time to enhance vaccine response.

Hallitustyöskentely Corporate governance -viitekehyksessä

Tutkimukseni tavoitteena on selvittää miten Corporate governace eli hyvä hallinto- ja johtamistapa säätelee hallitustyöskentelyä aikaisempien tutkimusten perusteella. Tutkimusongelmaani ratkaisua etsin tutustumalla ensin Corporate governance käsit-teeseen perusteellisesti. Tämän jälkeen etenen tutkimuksessani käsittelemään hyvää hallituskokoonpanoa ja siihen vaikuttavia tekijöitä. Pyrin tuomaan esiin myös eri teki-jöiden ja yritysmuotojen sekä erilaisen omistuksen vaikutuksen hallituskokoonpanoon muodostumiseen ja hallitustyöskentelyyn. Tutkimukseni toteutin käyttäen laadullista tutkimusta, faktanäkökulmasta sekä kirjalli-sia aineistoja hyödyntäen. Tutkimusaineiston jaoin kolmeen osaan käsitellen Corpo-rate governancea yleisesti, hallitustyöskentelyä osana Corporate governancea sekä eri omistajuutta koskeviin kirjoituksiin. Keskeisin tutkimustulokseni on, että hallitustyöskentelyä osana Corporate governan-cea on tutkittu kansainvälisesti paljon ja aikaisemmat tutkimustulokset ovat joiltakin osin olleet keskenään ristiriitaisia. Yleisesti tutkimuksista voidaan todeta, että hyvä hallituskokoonpano syntyy riippumattomien ja sisäisten hallitusjäsenten muodosta-masta kokonaisuudesta. Hallitustyöskentelyn tehokkuuden kannalta pienemmät halli-tukset ovat myös suositeltavia. Eri omistajuudella kuten hajaantuneella ja keskitetyllä omistuksella sekä eri yritysmuodolla esim. osakeyhtiöllä ja osuuskunnalla on merki-tystä hallituskokoonpanoon ja sen muodostumiseen.

Adaptive Protocol Stacks for Mobile Devices

Tulevaisuudessa siirrettävät laitteet, kuten matkapuhelimet ja kämmenmikrot, pystyvät muodostamaan verkkoyhteyden käyttäen erilaisia yhteysmenetelmiä eri tilanteissa. Yhteysmenetelmillä on toisistaan poikkeavat viestintäominaisuudet mm. latenssin, kaistanleveyden, virhemäärän yms. suhteen. Langattomille yhteysmenetelmille on myös ominaista tietoliikenneyhteyden ominaisuuksien voimakas muuttuminen ympäristön suhteen. Parhaan suorituskyvyn ja käytettävyyden saavuttamiseksi, on siirrettävän laitteen pystyttävä mukautumaan käytettyyn viestintämenetelmään ja viestintäympäristössä tapahtuviin muutoksiin. Olennainen osa tietoliikenteessä ovat protokollapinot, jotka mahdollistavat tietoliikenneyhteyden järjestelmien välillä tarjoten verkkopalveluita päätelaitteen käyttäjäsovelluksille. Jotta protokollapinot pystyisivät mukautumaan tietyn viestintäympäristön ominaisuuksiin, on protokollapinon käyttäytymistä pystyttävä muuttamaan ajonaikaisesti. Perinteisesti protokollapinot ovat kuitenkin rakennettu muuttumattomiksi niin, että mukautuminen tässä laajuudessa on erittäin vaikeaa toteuttaa, ellei jopa mahdotonta. Tämä diplomityö käsittelee mukautuvien protokollapinojen rakentamista käyttäen komponenttipohjaista ohjelmistokehystä joka mahdollistaa protokollapinojen ajonaikaisen muuttamisen. Toteuttamalla esimerkkijärjestelmän, ja mittaamalla sen suorituskykyä vaihtelevassa tietoliikenneympäristössä, osoitamme, että mukautuvat protokollapinot ovat mahdollisia rakentaa ja ne tarjoavat merkittäviä etuja erityisesti tulevaisuuden siirrettävissä laitteissa.

Governance by Contract? The impact of the International Finance Corporation's Social Conditionality on Worker Organization and Social Dialogue

This study considers the question of the relationship between private labour regulation and workers' capacity to take collective action through the lens of an empirical study of the International Finance Corporation's (IFC) 'performance standards' system of social and environmental conditionality. The study covered some 150 IFC client businesses in four world regions, drawing on data made public by the IFC as well as the results of a dedicated field survey that gathered information directly from workers, managers and union representatives. The study found that the application of the performance standards system has had remarkably little impact on union membership and social dialogue. In those few cases where change could be causally linked to the standards, the effect depended on the presence of workers' organizations that already had the capacity to take effective action on behalf of their members. The study also uncovered some prima facie evidence of breaches of freedom of association rights occurring with no reaction from IFC. The study concludes that the lack of impact is largely due to the private contractual structure that supposedly guarantees standards compliance.

The Impact of EU Membership on the Economic Governance of Spain

[spa] España no fue admitida en la Comunidad Económica Europea durante el régimen de Franco por razones políticas. Integrarse a la Comunidad Europea en enero de 1986 fue el último peldaño hacia la consolidación definitiva de la democracia en España y de la apertura de su economía.. Los resultados de los veinticinco años como miembro de la UE se han traducido en un impulso sin precedentes de modernización y progreso. España adoptó el “Acervo Comunitario” y recibió considerables beneficios de su integración a la Comunidad, eliminando barreras, siguiendo las políticas comunes, recibiendo fondos europeos y adoptando la moneda europea común. A partir de un nivel del 60% del promedio europeo de renta per capita en 1986, el nivel actual –incluso con la crisis que estalló en 2008- se sitúa en torno al 105 por ciento. Los últimos tres años han sido diferentes y difíciles como consecuencia de la severa crisis económica y financiera.En este contexto este trabajo analiza como los sucesivos gobiernos de España han organizado la gobernanza económica para adaptarla a los cambios cuantitativos y cualitativos que se han ido produciendo en la integración europea.

The Impact of EU Membership on the Economic Governance of Spain

[spa] España no fue admitida en la Comunidad Económica Europea durante el régimen de Franco por razones políticas. Integrarse a la Comunidad Europea en enero de 1986 fue el último peldaño hacia la consolidación definitiva de la democracia en España y de la apertura de su economía.. Los resultados de los veinticinco años como miembro de la UE se han traducido en un impulso sin precedentes de modernización y progreso. España adoptó el “Acervo Comunitario” y recibió considerables beneficios de su integración a la Comunidad, eliminando barreras, siguiendo las políticas comunes, recibiendo fondos europeos y adoptando la moneda europea común. A partir de un nivel del 60% del promedio europeo de renta per capita en 1986, el nivel actual –incluso con la crisis que estalló en 2008- se sitúa en torno al 105 por ciento. Los últimos tres años han sido diferentes y difíciles como consecuencia de la severa crisis económica y financiera.En este contexto este trabajo analiza como los sucesivos gobiernos de España han organizado la gobernanza económica para adaptarla a los cambios cuantitativos y cualitativos que se han ido produciendo en la integración europea.

Corporate governance keskustelun vaikutus yritysten hallintoon ja päätöksentekoon - Case Finnvera Oyj, omistajan antamien corporate governance suosistusten toteutuminen

Tutkielman tavoitteena oli antaa yleiskuva corporate governance -aiheen ympärillä käydystä kansallisesta ja kansainvälisestä keskustelusta ja siitä syntyneistä normistoista. Tavoitteena oli myös esimerkkiyrityksen kautta tarkastella suomalaisen keskustelun perusteella syntyneen normiston kolmea suositusta (liittyen hallintoneuvoston, hallituksen ja toimitusjohtajan päätöksenteolliseen asemaan). Mainittujen aihepiirien suosituksia on tutkimuksessa selvitetty laajemmin ja mukaan tarkasteluun on otettu kansallisella tasolla asioihin merkittävästi vaikuttava lainsäädäntö. Tutkimuksen case osuudessa tarkasteltiin valtio-omistajan antamia corporate governance suosituksia ja niiden toteutumista esimerkkiyrityksessä, Finnvera Oyj:ssa. Tutkielman yhteenvetona voidaan todeta, että kansainvälinen keskustelu eroaa aihepiireiltään jonkin verran suomalaisen keskustelun mielenkiinnon kohteista, joskin yhtymäkohtiakin on. Eroavaisuuteen vaikuttaa ainakin historialliset, kulttuurilliset ja institutionaaliset erot eri maiden kesken. Suomessa olemassa oleva yhtiölainsäädäntö on huomattavan kattava ja se osaltaan hoitaa sääntelyä ja siten poistaa tarvetta erillisille suosituksille ja pelisäännöille. Tutkimuksen case-yrityksessä Finnvera Oyj:ssa omistajan antamat toimenpidesuositukset corporate governance kysymysten käsittelystä on hoidettu asianmukaisesti, ja sillä tavoin kuin ne sovellettavuutensa perusteella on ollut tarkoituksenmukaista hoitaa.

Phase mask selection in wavefront coding systems: an adaptive approach

A method for optimizing the strength of a parametric phase mask for a wavefront coding imaging system is presented. The method is based on an optimization process that minimizes a proposed merit function. The goal is to achieve modulation transfer function invariance while quantitatively maintaining nal image delity. A parametric lter that copes with the noise present in the captured images is used to obtain the nal images, and this lter is optimized. The whole process results in optimum phase mask strength and optimal parameters for the restoration lter. The results for a particular optical system are presented and tested experimentally in the labo- ratory. The experimental results show good agreement with the simulations, indicating that the procedure is useful.

Innate and Adaptive Immunity in Orolabial Herpes Simplex

Oral mucosa is a frequent site of primary herpes simplex virus type 1 (HSV-1) infection, whereas intraoral recurrent disease is very rare. Instead, reactivation from latency predominantly results in asymptomatic HSV shedding to saliva or recurrent labial herpes (RLH) with highly individual frequency. The current study aimed to elucidate the role of human oral innate and acquired immune mechanisms in modulation of HSV infection in orolabial region. Saliva was found to neutralize HSV-1, and to protect cells from infection independently of salivary antibodies. Neutralization capacity was higher in saliva from asymptomatic HSV-seropositive individuals compared to subjects with history of RLH or seronegative controls. Neutralization was at least partially associated with salivary lactoferrin content. Further, lactoferrin and peroxidase-generated hypothiocyanite were found to either neutralize HSV-1 or interfere with HSV-1 replication, whereas lysozyme displayed no anti-HSV-1 activity. Lactoferrin was also shown to modulate HSV-1 infection by inhibiting keratinocyte proliferation. RLH susceptibility was further found to be associated with Th2 biased cytokine responses against HSV, and a higher level of anti- HSV-IgG with Th2 polarization, indicating lack of efficiency of humoral response in the control of HSV disease. In a three-dimensional cell culture, keratinocytes were found to support both lytic and nonproductive infection, suggesting HSV persistence in epithelial cells, and further emphasizing the importance of peripheral immune control of HSV. These results suggest that certain innate salivary antimicrobial compounds and Th1 type cellular responses are critically important in protecting the host against HSV disease, implying possible applications in drug, vaccine and gene therapy design.

An efficient total variation algorithm for super-resolution in fetal brain MRI with adaptive regularization.

Although fetal anatomy can be adequately viewed in new multi-slice MR images, many critical limitations remain for quantitative data analysis. To this end, several research groups have recently developed advanced image processing methods, often denoted by super-resolution (SR) techniques, to reconstruct from a set of clinical low-resolution (LR) images, a high-resolution (HR) motion-free volume. It is usually modeled as an inverse problem where the regularization term plays a central role in the reconstruction quality. Literature has been quite attracted by Total Variation energies because of their ability in edge preserving but only standard explicit steepest gradient techniques have been applied for optimization. In a preliminary work, it has been shown that novel fast convex optimization techniques could be successfully applied to design an efficient Total Variation optimization algorithm for the super-resolution problem. In this work, two major contributions are presented. Firstly, we will briefly review the Bayesian and Variational dual formulations of current state-of-the-art methods dedicated to fetal MRI reconstruction. Secondly, we present an extensive quantitative evaluation of our SR algorithm previously introduced on both simulated fetal and real clinical data (with both normal and pathological subjects). Specifically, we study the robustness of regularization terms in front of residual registration errors and we also present a novel strategy for automatically select the weight of the regularization as regards the data fidelity term. Our results show that our TV implementation is highly robust in front of motion artifacts and that it offers the best trade-off between speed and accuracy for fetal MRI recovery as in comparison with state-of-the art methods.

Adaptive MCMC methods with applications in environmental and geophysical models

This work presents new, efficient Markov chain Monte Carlo (MCMC) simulation methods for statistical analysis in various modelling applications. When using MCMC methods, the model is simulated repeatedly to explore the probability distribution describing the uncertainties in model parameters and predictions. In adaptive MCMC methods based on the Metropolis-Hastings algorithm, the proposal distribution needed by the algorithm learns from the target distribution as the simulation proceeds. Adaptive MCMC methods have been subject of intensive research lately, as they open a way for essentially easier use of the methodology. The lack of user-friendly computer programs has been a main obstacle for wider acceptance of the methods. This work provides two new adaptive MCMC methods: DRAM and AARJ. The DRAM method has been built especially to work in high dimensional and non-linear problems. The AARJ method is an extension to DRAM for model selection problems, where the mathematical formulation of the model is uncertain and we want simultaneously to fit several different models to the same observations. The methods were developed while keeping in mind the needs of modelling applications typical in environmental sciences. The development work has been pursued while working with several application projects. The applications presented in this work are: a winter time oxygen concentration model for Lake Tuusulanjärvi and adaptive control of the aerator; a nutrition model for Lake Pyhäjärvi and lake management planning; validation of the algorithms of the GOMOS ozone remote sensing instrument on board the Envisat satellite of European Space Agency and the study of the effects of aerosol model selection on the GOMOS algorithm.

A Feedfordward Adaptive Controller to Reduce the Imaging Time of Large-Sized Biological Samples with a SPM-Based Multiprobe Station

The time required to image large samples is an important limiting factor in SPM-based systems. In multiprobe setups, especially when working with biological samples, this drawback can make impossible to conduct certain experiments. In this work, we present a feedfordward controller based on bang-bang and adaptive controls. The controls are based in the difference between the maximum speeds that can be used for imaging depending on the flatness of the sample zone. Topographic images of Escherichia coli bacteria samples were acquired using the implemented controllers. Results show that to go faster in the flat zones, rather than using a constant scanning speed for the whole image, speeds up the imaging process of large samples by up to a 4x factor.

Minun, sinun vai meidän? Corporate governance osuustoiminnallisissa pankeissa

Omistajalähtöisen kulttuurin voimistumisen myötä yritysten corporate governance -järjestelmät ovat nousseet keskeiseen asemaan yritysten toiminnassa. Osuustoiminnallisissa yrityksissä demokraattinen hallintotapa ja jäsenten tarpeista nouseva yrityksen tarkoitus luo corporate governance -järjestelmiin haasteita. Tutkielmassa tarkastellaan näitä haasteita osuustoiminnallisissa pankeissa. Keskeinen tutkimustulos oli, että osuustoiminnallisten pankkien corporate governance -järjestelmät eivät täysin huomioi osuuspankkien tarkoitusta.