New vineyard cultivation practices create patchy ground vegetation, favouring Woodlarks

Intensive agriculture, in which detrimental farming practices lessen food abundance and/or reduce food accessibility for many animal species, has led to a widespread collapse of farmland biodiversity. Vineyards in central and southern Europe are intensively cultivated; though they may still harbour several rare plant and animal species, they remain little studied. Over the past decades, there has been a considerable reduction in the application of insecticides in wine production, with a progressive shift to biological control (integrated production) and, to a lesser extent, organic production. Spraying of herbicides has also diminished, which has led to more vegetation cover on the ground, although most vineyards remain bare, especially in southern Europe. The effects of these potentially positive environmental trends upon biodiversity remain mostly unknown as regards vertebrates. The Woodlark (Lullula arborea) is an endangered, short-distance migratory bird that forages and breeds on the ground. In southern Switzerland (Valais), it occurs mostly in vineyards. We used radiotracking and mixed effects logistic regression models to assess Woodlark response to modern vineyard farming practices, study factors driving foraging micro-habitat selection, and determine optimal habitat profile to inform management. The presence of ground vegetation cover was the main factor dictating the selection of foraging locations, with an optimum around 55% at the foraging patch scale. These conditions are met in integrated production vineyards, but only when grass is tolerated on part of the ground surface, which is the case on ca. 5% of the total Valais vineyard area. In contrast, conventionally managed vineyards covering a parts per thousand yen95% of the vineyard area are too bare because of systematic application of herbicides all over the ground, whilst the rare organic vineyards usually have a too-dense sward. The optimal mosaic with ca. 50% ground vegetation cover is currently achieved in integrated production vineyards where herbicide is applied every second row. In organic production, ca. 50% ground vegetation cover should be promoted, which requires regular mechanical removal of ground vegetation. These measures are likely to benefit general biodiversity in vineyards.

Cheminformatic studies of molecular properties and their influence on bioactivity in the context of drug discovery

Molecular shape has long been known to be an important property for the process of molecular recognition. Previous studies postulated the existence of a drug-like shape space that could be used to artificially bias the composition of screening libraries, with the aim to increase the chance of success in Hit Identification. In this work, it was analysed to which extend this assumption holds true. Normalized Principal Moments of Inertia Ratios (NPRs) have been used to describe the molecular shape of small molecules. It was investigated, whether active molecules of diverse targets are located in preferred subspaces of the NPR shape space. Results illustrated a significantly stronger clustering than could be expected by chance, with parts of the space unlikely to be occupied by active compounds. Furthermore, a strong enrichment of elongated, rather flat shapes could be observed, while globular compounds were highly underrepresented. This was confirmed for a wide range of small molecule datasets from different origins. Active compounds exhibited a high overlap in their shape distributions across different targets, making a purely shape­ based discrimination very difficult. An additional perspective was provided by comparing the shapes of protein binding pockets with those of their respective ligands. Although more globular than their ligands, it was observed that binding sites shapes exhibited a similarly skewed distribution in shape space: spherical shapes were highly underrepresented. This was different for unoccupied binding pockets of smaller size. These were on the contrary identified to possess a more globular shape. The relation between shape complementarity and exhibited bioactivity was analysed; a moderate correlation between bioactivity and parameters including pocket coverage, distance in shape space, and others could be identified, which reflects the importance of shape complementarity. However, this also suggests that other aspects are of relevance for molecular recognition. A subsequent analysis assessed if and how shape and volume information retrieved from pocket or respective reference ligands could be used as a pre-filter in a virtual screening approach. ln Lead Optimization compounds need to get optimized with respect to a variety of pararneters. Here, the availability of past success stories is very valuable, as they can guide medicinal chemists during their analogue synthesis plans. However, although of tremendous interest for the public domain, so far only large corporations had the ability to mine historical knowledge in their proprietary databases. With the aim to provide such information, the SwissBioisostere database was developed and released during this thesis. This database contains information on 21,293,355 performed substructural exchanges, corresponding to 5,586,462 unique replacements that have been measured in 35,039 assays against 1,948 molecular targets representing 30 target classes, and on their impact on bioactivity . A user-friendly interface was developed that provides facile access to these data and is accessible at http//www.swissbioisostere.ch. The ChEMBL database was used as primary data source of bioactivity information. Matched molecular pairs have been identified in the extracted and cleaned data. Success-based scores were developed and integrated into the database to allow re-ranking of proposed replacements by their past outcomes. It was analysed to which degree these scores correlate with chemical similarity of the underlying fragments. An unexpectedly weak relationship was detected and further investigated. Use cases of this database were envisioned, and functionalities implemented accordingly: replacement outcomes are aggregatable at the assay level, and it was shawn that an aggregation at the target or target class level could also be performed, but should be accompanied by a careful case-by-case assessment. It was furthermore observed that replacement success depends on the activity of the starting compound A within a matched molecular pair A-B. With increasing potency the probability to lose bioactivity through any substructural exchange was significantly higher than in low affine binders. A potential existence of a publication bias could be refuted. Furthermore, often performed medicinal chemistry strategies for structure-activity-relationship exploration were analysed using the acquired data. Finally, data originating from pharmaceutical companies were compared with those reported in the literature. It could be seen that industrial medicinal chemistry can access replacement information not available in the public domain. In contrast, a large amount of often-performed replacements within companies could also be identified in literature data. Preferences for particular replacements differed between these two sources. The value of combining different endpoints in an evaluation of molecular replacements was investigated. The performed studies highlighted furthermore that there seem to exist no universal substructural replacement that always retains bioactivity irrespective of the biological environment. A generalization of bioisosteric replacements seems therefore not possible. - La forme tridimensionnelle des molécules a depuis longtemps été reconnue comme une propriété importante pour le processus de reconnaissance moléculaire. Des études antérieures ont postulé que les médicaments occupent préférentiellement un sous-ensemble de l'espace des formes des molécules. Ce sous-ensemble pourrait être utilisé pour biaiser la composition de chimiothèques à cribler, dans le but d'augmenter les chances d'identifier des Hits. L'analyse et la validation de cette assertion fait l'objet de cette première partie. Les Ratios de Moments Principaux d'Inertie Normalisés (RPN) ont été utilisés pour décrire la forme tridimensionnelle de petites molécules de type médicament. Il a été étudié si les molécules actives sur des cibles différentes se co-localisaient dans des sous-espaces privilégiés de l'espace des formes. Les résultats montrent des regroupements de molécules incompatibles avec une répartition aléatoire, avec certaines parties de l'espace peu susceptibles d'être occupées par des composés actifs. Par ailleurs, un fort enrichissement en formes allongées et plutôt plates a pu être observé, tandis que les composés globulaires étaient fortement sous-représentés. Cela a été confirmé pour un large ensemble de compilations de molécules d'origines différentes. Les distributions de forme des molécules actives sur des cibles différentes se recoupent largement, rendant une discrimination fondée uniquement sur la forme très difficile. Une perspective supplémentaire a été ajoutée par la comparaison des formes des ligands avec celles de leurs sites de liaison (poches) dans leurs protéines respectives. Bien que plus globulaires que leurs ligands, il a été observé que les formes des poches présentent une distribution dans l'espace des formes avec le même type d'asymétrie que celle observée pour les ligands: les formes sphériques sont fortement sous­ représentées. Un résultat différent a été obtenu pour les poches de plus petite taille et cristallisées sans ligand: elles possédaient une forme plus globulaire. La relation entre complémentarité de forme et bioactivité a été également analysée; une corrélation modérée entre bioactivité et des paramètres tels que remplissage de poche, distance dans l'espace des formes, ainsi que d'autres, a pu être identifiée. Ceci reflète l'importance de la complémentarité des formes, mais aussi l'implication d'autres facteurs. Une analyse ultérieure a évalué si et comment la forme et le volume d'une poche ou de ses ligands de référence pouvaient être utilisés comme un pré-filtre dans une approche de criblage virtuel. Durant l'optimisation d'un Lead, de nombreux paramètres doivent être optimisés simultanément. Dans ce contexte, la disponibilité d'exemples d'optimisations réussies est précieuse, car ils peuvent orienter les chimistes médicinaux dans leurs plans de synthèse par analogie. Cependant, bien que d'un extrême intérêt pour les chercheurs dans le domaine public, seules les grandes sociétés pharmaceutiques avaient jusqu'à présent la capacité d'exploiter de telles connaissances au sein de leurs bases de données internes. Dans le but de remédier à cette limitation, la base de données SwissBioisostere a été élaborée et publiée dans le domaine public au cours de cette thèse. Cette base de données contient des informations sur 21 293 355 échanges sous-structuraux observés, correspondant à 5 586 462 remplacements uniques mesurés dans 35 039 tests contre 1948 cibles représentant 30 familles, ainsi que sur leur impact sur la bioactivité. Une interface a été développée pour permettre un accès facile à ces données, accessible à http:/ /www.swissbioisostere.ch. La base de données ChEMBL a été utilisée comme source de données de bioactivité. Une version modifiée de l'algorithme de Hussain et Rea a été implémentée pour identifier les Matched Molecular Pairs (MMP) dans les données préparées au préalable. Des scores de succès ont été développés et intégrés dans la base de données pour permettre un reclassement des remplacements proposés selon leurs résultats précédemment observés. La corrélation entre ces scores et la similarité chimique des fragments correspondants a été étudiée. Une corrélation plus faible qu'attendue a été détectée et analysée. Différents cas d'utilisation de cette base de données ont été envisagés, et les fonctionnalités correspondantes implémentées: l'agrégation des résultats de remplacement est effectuée au niveau de chaque test, et il a été montré qu'elle pourrait également être effectuée au niveau de la cible ou de la classe de cible, sous réserve d'une analyse au cas par cas. Il a en outre été constaté que le succès d'un remplacement dépend de l'activité du composé A au sein d'une paire A-B. Il a été montré que la probabilité de perdre la bioactivité à la suite d'un remplacement moléculaire quelconque est plus importante au sein des molécules les plus actives que chez les molécules de plus faible activité. L'existence potentielle d'un biais lié au processus de publication par articles a pu être réfutée. En outre, les stratégies fréquentes de chimie médicinale pour l'exploration des relations structure-activité ont été analysées à l'aide des données acquises. Enfin, les données provenant des compagnies pharmaceutiques ont été comparées à celles reportées dans la littérature. Il a pu être constaté que les chimistes médicinaux dans l'industrie peuvent accéder à des remplacements qui ne sont pas disponibles dans le domaine public. Par contre, un grand nombre de remplacements fréquemment observés dans les données de l'industrie ont également pu être identifiés dans les données de la littérature. Les préférences pour certains remplacements particuliers diffèrent entre ces deux sources. L'intérêt d'évaluer les remplacements moléculaires simultanément selon plusieurs paramètres (bioactivité et stabilité métabolique par ex.) a aussi été étudié. Les études réalisées ont souligné qu'il semble n'exister aucun remplacement sous-structural universel qui conserve toujours la bioactivité quel que soit le contexte biologique. Une généralisation des remplacements bioisostériques ne semble donc pas possible.

Protoglossus koehleri (Mémichorés, Enteropneustes) dans l'Aber de Roscoff

Protoglossus koehleri has been found in March 1983/84/85 and 1986 in the Aber of Roscoff (France). This species is generally considered as the most primitive species of Enteropneustes, which take themselves a disputed position in the hypothesis on Chordate evolution

Stimulated-echo acquisition mode (STEAM) MRI for black-blood delayed hyperenhanced myocardial imaging.

PURPOSE: To develop a breathhold method for black-blood viability imaging of the heart that may facilitate identifying the endocardial border. MATERIALS AND METHODS: Three stimulated-echo acquisition mode (STEAM) images were obtained almost simultaneously during the same acquisition using three different demodulation values. Two of the three images were used to construct a black-blood image of the heart. The third image was a T(1)-weighted viability image that enabled detection of hyperintense infarcted myocardium after contrast agent administration. The three STEAM images were combined into one composite black-blood viability image of the heart. The composite STEAM images were compared to conventional inversion-recovery (IR) delayed hyperenhanced (DHE) images in nine human subjects studied on a 3T MRI scanner. RESULTS: STEAM images showed black-blood characteristics and a significant improvement in the blood-infarct signal-difference to noise ratio (SDNR) when compared to the IR-DHE images (34 +/- 4.1 vs. 10 +/- 2.9, mean +/- standard deviation (SD), P < 0.002). There was sufficient myocardium-infarct SDNR in the STEAM images to accurately delineate infarcted regions. The extracted infarcts demonstrated good agreement with the IR-DHE images. CONCLUSION: The STEAM black-blood property allows for better delineation of the blood-infarct border, which would enhance the fast and accurate measurement of infarct size.

Prise en charge du traumatisme cranio-cérébral sévère [Update on the management of severe traumatic brain injury]

Prognosis after severe traumatic brain injury (TBI) is determined by the severity of initial injury and secondary cerebral damage. The main determinants of secondary cerebral damage are brain ischemia and oedema. Traumatic brain injury is a heterogeneous disease. Head CT-scan is essential in evaluating initial type of injury and severity of brain oedema. A standardised approach based on prevention and treatment of secondary cerebral damage is the only effective therapeutic strategy of severe TBI. We review the classification, pathophysiology and treatment of secondary cerebral damage after severe TBI and discuss the management of intracranial hypertension, cerebral perfusion pressure and brain ischemia.

Antihel·lenisme i anticlassicisme en l'obra d'Oscar Wilde. L'altre pol d'una ment paradoxal.

Gràcies a una poderosa arma intel·lectual, la paradoxa, Oscar Wilde descobreix tambè els dèficits del Classicisme i l'Hel·lenisme. Una anàlisi acurada del conjunt de les seves obres des de la perspectiva de la Tradició Clàssica, ens revela també un Oscar Wilde diferent de l'usual Wilde filohel·lènic i, sobretot, platònic. L'objectiu d'aquest article és abordar un tema molt poc estudiat pels filòlegs clàssics, l'anticlassicisme i l'antihel·lenisme com a necessitats intel·lectuals

[Illustrations de Le Père Goriot; scènes de la vie parisienne] / Lynch, dess. ; E. Abot, grav. ; Honoré de Balzac, aut. du texte

Comprend : [Pl. en reg. p.46 :] Goriot mangeait machinalement. Jamais il n'avait semblé plus absorbé. [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341] ; [Pl. en reg. p.78 :] "Madame, je ne suis encore qu'un pauvre diable d'étudiant..." dit Eugène à la duchesse. [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341] ; [Pl. en reg. p.107 :] "Expliquons-nous..." dit Vautrin en prenant Eugène par le bras. [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341] ; [Pl. en reg. p.133 :] Le marquis présenta l'étudiant à Mme Nucingen... [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341] ; [Pl. en reg. p.146 :] En sortant du cours Cuvier, Bianchon aperçut Mlle Michonneau et Poiret causant avec un monsieur qu'il sembla reconaître... [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341] ; [Pl. en reg. p.151 :] "Suis-je à votre goût?..." dit Mme de Nucingen en se levant et montrant sa robe de cachemire blanc à dessins. [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341] ; [Pl. en reg. p.229 :] Mme de Nucingen se jeta dans les bras de son père, et couvrit de baisers son visage épanoui... [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341] ; [Pl. en reg. p.254 :] Le Père Goriot s'élança entre ses deux filles pour les embpêcher de continuer cet échange de reproches. [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341] ; [Pl. en reg. p.272 :] "Je tremblais que vous ne vinssiez pas..." dit Mme de Beauséant à Rastignac. [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341] ; [Pl. en reg. p.300 :] "Mon père est mort!... " cria la comtesse en tombant évanouie. [Cote : Res p Y2 159/Microfilm R 122341]

Epibulbar osseous choristoma: a clinicopathological case series and review of the literature [Epibulbäre knöcherne Choristome: eine klinisch-pathologische Fallserie und Überblick der Literatur]

BACKGROUND: Choristomas are benign, congenital tumours composed of normal tissue in an abnormal location. Osseous choristomas represent the rarest form of epibulbar choristomas, with now 65 cases reported in the literature. We did a retrospective clinicopathological study of all patients with epibulbar osseous choristoma observed at our institution since 1982 and updated the last review of the literature. HISTORY AND SIGNS: Three Caucasian male patients, aged between 3 months and 11 years, were identified. All osseous choristomas were located under the superotemporal bulbar conjunctiva of the right eye. THERAPY AND OUTCOME: All lesions were managed with surgical excision. Histopathology revealed the presence of lamellar bone in all cases, one of which was associated with a dermolipoma. CONCLUSIONS: We report a small rare case series of 3 epibulbar osseous choristomas and did a review of the literature. In one patient, the osteoma was associated with a dermolipoma, corresponding to the fourth reported complex choristoma of this type, in an otherwise normal eye, in the literature.

Follow-up care amongst long-term childhood cancer survivors: a report from the Swiss Childhood Cancer Survivor Study.

In the Swiss Childhood Cancer Survivor Study, we aimed to assess the proportion of long-term survivors attending follow-up care, to characterise attendees and to describe the health professionals involved. We sent a questionnaire to 1252 patients, of whom 985 (79%) responded, aged in average 27 years (range 20-49). Overall, 183 (19%) reported regular, 405 (41%) irregular and 394 (40%) no follow-up. For 344, severity of late effects had been classified in a previous medical examination. Only 17% and 32% of survivors with moderate and severe late effects respectively had made regular visits a decade later. Female gender, after a shorter time since diagnosis, had radiotherapy, and having suffered a relapse predicted follow-up. In the past year, 8% had seen a general practitioner only, 10% a paediatric or adult oncologist and 16% other health specialists for a cancer related problem. These findings underline the necessity to implement tailored national follow-up programmes.

Mesure des plis cutanés et masse adipeuse corporelle: une précision de l'excès de poids dans l'enquête épidémiologique

By definition, obesity corresponds to the presence of a mass of fatty tissue that is excessive with respect to the body mass. Body fat can be calculated in terms of age and sex by measuring the skinfold thickness in several different places. During the MONICA project, the survey of cardiovascular risk factor prevalence enabled us to measure the thickness of four skinfolds (biceps, triceps, subscapular, suprailiac) in 263 inhabitants of Lausanne (125 men, 138 women). In men aged 25-34, 21 +/- 5% of the body mass was composed of fat, in women 29 +/- 4%. The proportion of fat increases to 31 +/- 7% in men and 41 +/- 6% in women aged 55-64. A robust regression allows body fat to be simply expressed in terms of the body mass index. This allows us to confirm the validity of this index for evaluating the degree of obesity during an epidemiological study.