Degree of multicollinearity and variables involved in linear dependence in additive-dominant models

The objective of this work was to assess the degree of multicollinearity and to identify the variables involved in linear dependence relations in additive-dominant models. Data of birth weight (n=141,567), yearling weight (n=58,124), and scrotal circumference (n=20,371) of Montana Tropical composite cattle were used. Diagnosis of multicollinearity was based on the variance inflation factor (VIF) and on the evaluation of the condition indexes and eigenvalues from the correlation matrix among explanatory variables. The first model studied (RM) included the fixed effect of dam age class at calving and the covariates associated to the direct and maternal additive and non-additive effects. The second model (R) included all the effects of the RM model except the maternal additive effects. Multicollinearity was detected in both models for all traits considered, with VIF values of 1.03 - 70.20 for RM and 1.03 - 60.70 for R. Collinearity increased with the increase of variables in the model and the decrease in the number of observations, and it was classified as weak, with condition index values between 10.00 and 26.77. In general, the variables associated with additive and non-additive effects were involved in multicollinearity, partially due to the natural connection between these covariables as fractions of the biological types in breed composition.

Viticultura de precisión: predicción de cosecha a partir de variables del cultivo e índices de vegetación

El presente trabajo muestra los resultados provisionales de un proyecto de viticultura de precisión, llevado a cabo entre la Universidad de Lleida y la empresa Codorníu, S.A., con el objeto de predecir el rendimiento, de forma localizada, de diferentes variedades de viña para la producción de vinos y cavas de calidad. Las variables de cultivo muestreadas de forma detallada han sido: número de yemas, número de brotes, número de racimos, peso de la poda, vigor del cultivo y cosecha del año anterior (2003). El vigor del cultivo se ha extraído de una imagen multiespectral Quickbird 2. Estas variables se han analizado en un modelo de regresión múltiple con la cosecha del año 2004 (variable dependiente), ofreciendo diferentes ajustes según la variedad considerada y variables incorporadas en el análisis.

Classification models for neurocognitive impairment in HIV infection based on demographic and clinical variables

Objective: We used demographic and clinical data to design practical classification models for prediction of neurocognitive impairment (NCI) in people with HIV infection. Methods: The study population comprised 331 HIV-infected patients with available demographic, clinical, and neurocognitive data collected using a comprehensive battery of neuropsychological tests. Classification and regression trees (CART) were developed to btain detailed and reliable models to predict NCI. Following a practical clinical approach, NCI was considered the main variable for study outcomes, and analyses were performed separately in treatment-naïve and treatment-experienced patients. Results: The study sample comprised 52 treatment-naïve and 279 experienced patients. In the first group, the variables identified as better predictors of NCI were CD4 cell count and age (correct classification [CC]: 79.6%, 3 final nodes). In treatment-experienced patients, the variables most closely related to NCI were years of education, nadir CD4 cell count, central nervous system penetration-effectiveness score, age, employment status, and confounding comorbidities (CC: 82.1%, 7 final nodes). In patients with an undetectable viral load and no comorbidities, we obtained a fairly accurate model in which the main variables were nadir CD4 cell count, current CD4 cell count, time on current treatment, and past highest viral load (CC: 88%, 6 final nodes). Conclusion: Practical classification models to predict NCI in HIV infection can be obtained using demographic and clinical variables. An approach based on CART analyses may facilitate screening for HIV-associated neurocognitive disorders and complement clinical information about risk and protective factors for NCI in HIV-infected patients.

RELATIONSHIP BETWEEN CLIMATE VARIABLES, TRUNK GROWTH RATE AND WOOD DENSITY OF Eucalyptus grandis W. Mill ex Maiden TREES

ABSTRACT Climatic conditions stimulates the cambial activity of plants, and cause significant changes in trunk diameter growth and wood characteristics. The objective of this study was to evaluate the influence of climate variables in the diameter growth rate of the stem and the wood density of Eucalyptus grandis trees in different classes of the basal area. A total of 25 Eucalyptus trees at 22 months of age were selected according to the basal area distribution. Dendrometer bands were installed at the height of 1.30 meters (DBH) to monitor the diameter growth every 14 days, for 26 months. After measuring growth, the trees were felled and wood discs were removed at the DBH level to determine the radial density profile through x-ray microdensitometry and then re-scale the average values every 14 days. Climatic variables for the monitoring period were obtained and grouped every 14 days. The effect of the climate variables was determined by maximum and minimum growth periods in assessing trunk growth. These growth periods were related with precipitation, average temperature and relative air humidity. The re-scaled wood density values, calculated using the radial growth of the tree trunks measured accurately with steel dendrometers, enabled the determination of the relationship of small changes in wood density and the effect of the climatic variations and growth rate of eucalyptus tree trunks. A high sensitivity of the wood density to variation in precipitation levels was found.

Weather variables, water balance, growth, and agro industrial yield of sugarcane

The objective of this study was to evaluate the meteorological variables, water deficiency, growth, and agro-industrial yield of sugarcane varieties: RB72454, RB863129, RB867515, RB92579, RB93509, RB931003, RB951541, and RB971755, in rainfed crop in two harvests in the Rio Largo-AL region. The meteorological variables were obtained in an automatic station and water balance was done by Thornthwaite & Mather method. During the study period, the air temperature ranged from 16.6 to 35.9 ºC. In the first production cycle rained 1,806 mm and the crop evapotranspiration was 1,775 mm. In the second cycle, the rainfall totaled 1,632 mm and the crop evapotranspiration was 1,290 mm. The average water excess of two production cycles was 689 mm and the water deficit totaled 665 mm. The average agricultural productivity in the plant was 86.8 t ha-1, in the first ratoon was 75.2 t ha-1 and the agro-industrial yield average was 12.9 and 10.9 tons of sugar per hectare in the plant and first ratoon, respectively. The air temperature was not limiting to the growth of sugarcane and the rainfall was higher than the crop evapotranspiration, but due to poor distribution of the rains there was water deficit. The most productive varieties were RB93509, RB92579, and RB863129.

Redundant variables and the quality of management zones

ABSTRACT Precision agriculture (PA) allows farmers to identify and address variations in an agriculture field. Management zones (MZs) make PA more feasible and economical. The most important method for defining MZs is a fuzzy C-means algorithm, but selecting the variable for use as the input layer in the fuzzy process is problematic. BAZZI et al. (2013) used Moran’s bivariate spatial autocorrelation statistic to identify variables that are spatially correlated with yield while employing spatial autocorrelation. BAZZI et al. (2013) proposed that all redundant variables be eliminated and that the remaining variables would be considered appropriate on the MZ generation process. Thus, the objective of this work, a study case, was to test the hypothesis that redundant variables can harm the MZ delineation process. BAZZI This work was conducted in a 19.6-ha commercial field, and 15 MZ designs were generated by a fuzzy C-means algorithm and divided into two to five classes. Each design used a different composition of variables, including copper, silt, clay, and altitude. Some combinations of these variables produced superior MZs. None of the variable combinations produced statistically better performance that the MZ generated with no redundant variables. Thus, the other redundant variables can be discredited. The design with all variables did not provide a greater separation and organization of data among MZ classes and was not recommended.

Effect of process variables on the osmotic dehydration of star-fruit slices

The objective of this work was to study the effect of blanching and the influence of temperature, solution concentration, and the initial fruit:solution ratio on the osmotic dehydration of star-fruit slices. For blanching, different concentrations of citric and ascorbic acids were studied. The samples immersed in 0.75% citric acid presented little variation in color in relation to the fresh star-fruit. Osmotic dehydration was carried out in an incubator with orbital shaking, controlled temperature, and constant shaking at 120 rpm. The influence of process variables was studied in trials defined by a complete 23 central composite design. In general, water loss and solids gain were positively influenced by temperature and by solution concentration. Nevertheless, lower temperatures reduced water loss throughout the osmotic dehydration process. An increase in the amount of dehydrating solution (initial fruit:solution ratio) slightly influenced the evaluated responses. The process carried out at 50 ºC with a solution concentration of 50% resulted in a product with lower solids gain and greater water loss. Under these conditions, blanching minimized the effect of the osmotic treatment on star-fruit browning, and therefore the blanched fruits showed little variation in color in relation to the fresh fruit.

A Scalability Study and New Algorithms for Large-Scale Many-Objective Optimization

Many real-world optimization problems contain multiple (often conflicting) goals to be optimized concurrently, commonly referred to as multi-objective problems (MOPs). Over the past few decades, a plethora of multi-objective algorithms have been proposed, often tested on MOPs possessing two or three objectives. Unfortunately, when tasked with solving MOPs with four or more objectives, referred to as many-objective problems (MaOPs), a large majority of optimizers experience significant performance degradation. The downfall of these optimizers is that simultaneously maintaining a well-spread set of solutions along with appropriate selection pressure to converge becomes difficult as the number of objectives increase. This difficulty is further compounded for large-scale MaOPs, i.e., MaOPs possessing large amounts of decision variables. In this thesis, we explore the challenges of many-objective optimization and propose three new promising algorithms designed to efficiently solve MaOPs. Experimental results demonstrate the proposed optimizers to perform very well, often outperforming state-of-the-art many-objective algorithms.

Développement et validation d’un index de prédiction des risques d’institutionnalisation et de décès pour le contrôle des variables confondantes non-mesurées dans la population âgée

Le biais de confusion est un défi majeur des études observationnelles, surtout s'ils sont induits par des caractéristiques difficiles, voire impossibles, à mesurer dans les banques de données administratives de soins de santé. Un des biais de confusion souvent présents dans les études pharmacoépidémiologiques est la prescription sélective (en anglais « prescription channeling »), qui se manifeste lorsque le choix du traitement dépend de l'état de santé du patient et/ou de son expérience antérieure avec diverses options thérapeutiques. Parmi les méthodes de contrôle de ce biais, on retrouve le score de comorbidité, qui caractérise l'état de santé d'un patient à partir de médicaments délivrés ou de diagnostics médicaux rapportés dans les données de facturations des médecins. La performance des scores de comorbidité fait cependant l'objet de controverses car elle semble varier de façon importante selon la population d'intérêt. Les objectifs de cette thèse étaient de développer, valider, et comparer les performances de deux scores de comorbidité (un qui prédit le décès et l’autre qui prédit l’institutionnalisation), développés à partir des banques de services pharmaceutiques de la Régie de l'assurance-maladie du Québec (RAMQ) pour leur utilisation dans la population âgée. Cette thèse vise également à déterminer si l'inclusion de caractéristiques non rapportées ou peu valides dans les banques de données administratives (caractéristiques socio-démographiques, troubles mentaux ou du sommeil), améliore la performance des scores de comorbidité dans la population âgée. Une étude cas-témoins intra-cohorte fut réalisée. La cohorte source consistait en un échantillon aléatoire de 87 389 personnes âgées vivant à domicile, répartie en une cohorte de développement (n=61 172; 70%) et une cohorte de validation (n=26 217; 30%). Les données ont été obtenues à partir des banques de données de la RAMQ. Pour être inclus dans l’étude, les sujets devaient être âgés de 66 ans et plus, et être membres du régime public d'assurance-médicaments du Québec entre le 1er janvier 2000 et le 31 décembre 2009. Les scores ont été développés à partir de la méthode du Framingham Heart Study, et leur performance évaluée par la c-statistique et l’aire sous les courbes « Receiver Operating Curves ». Pour le dernier objectif qui est de documenter l’impact de l’ajout de variables non-mesurées ou peu valides dans les banques de données au score de comorbidité développé, une étude de cohorte prospective (2005-2008) a été réalisée. La population à l'étude, de même que les données, sont issues de l'Étude sur la Santé des Aînés (n=1 494). Les variables d'intérêt incluaient statut marital, soutien social, présence de troubles de santé mentale ainsi que troubles du sommeil. Tel que décrit dans l'article 1, le Geriatric Comorbidity Score (GCS) basé sur le décès, a été développé et a présenté une bonne performance (c-statistique=0.75; IC95% 0.73-0.78). Cette performance s'est avérée supérieure à celle du Chronic Disease Score (CDS) lorsqu'appliqué dans la population à l'étude (c-statistique du CDS : 0.47; IC 95%: 0.45-0.49). Une revue de littérature exhaustive a montré que les facteurs associés au décès étaient très différents de ceux associés à l’institutionnalisation, justifiant ainsi le développement d'un score spécifique pour prédire le risque d'institutionnalisation. La performance de ce dernier s'est avérée non statistiquement différente de celle du score de décès (c-statistique institutionnalisation : 0.79 IC95% 0.77-0.81). L'inclusion de variables non rapportées dans les banques de données administratives n'a amélioré que de 11% la performance du score de décès; le statut marital et le soutien social ayant le plus contribué à l'amélioration observée. En conclusion, de cette thèse, sont issues trois contributions majeures. D'une part, il a été démontré que la performance des scores de comorbidité basés sur le décès dépend de la population cible, d'où l'intérêt du Geriatric Comorbidity Score, qui fut développé pour la population âgée vivant à domicile. D'autre part, les médicaments associés au risque d'institutionnalisation diffèrent de ceux associés au risque de décès dans la population âgé, justifiant ainsi le développement de deux scores distincts. Cependant, les performances des deux scores sont semblables. Enfin, les résultats indiquent que, dans la population âgée, l'absence de certaines caractéristiques ne compromet pas de façon importante la performance des scores de comorbidité déterminés à partir de banques de données d'ordonnances. Par conséquent, les scores de comorbidité demeurent un outil de recherche important pour les études observationnelles.

Exposition à la violence conjugale et adaptation de l’enfant : analyse des variables médiatrices et examen des profils individuels

L’exposition à la violence conjugale est une forme répandue de mauvais traitement psychologique envers l’enfant dont les conséquences néfastes sont maintenant bien connues. Les enfants ne sont pas tous affectés de la même manière par la violence conjugale et peuvent présenter différents profils d’adaptation. Des recherches de plus en plus nombreuses suggèrent l’importance de variables médiatrices qui permettent d’établir le lien entre l’exposition à la violence conjugale et l’adaptation de l’enfant. Toutefois, peu d’études permettent encore de préciser les relations entre ces variables, ni de connaître la pertinence de ces variables pour un profil d’adaptation particulier. Cette thèse, comprenant deux études empiriques, visait deux objectifs principaux. La première étude avait pour objectif d’examiner les liens entre le point de vue de l’enfant sur la violence conjugale et sur ses relations familiales, deux facteurs reconnus comme des médiateurs entre la violence conjugale et l’adaptation de l’enfant. Il était prévu que le point de vue de l’enfant sur la violence, pouvant se refléter par le blâme que l’enfant s’attribue pour la violence, sa perception de menace et sa peur d’être abandonné par ses parents, prédit son point de vue sur ses relations familiales, étudié sous l’angle de la parentification et des conflits de loyauté de l’enfant. Cette étude a été menée auprès de 79 enfants âgés de 8 à 12 ans et vivant avec leur mère dans un refuge pour femmes violentées. Les résultats révèlent que le blâme et la peur d’abandon prédisent la parentification et que la peur d’abandon prédit aussi les conflits de loyauté. L’objectif de la deuxième étude était de dégager des profils d’adaptation parmi les enfants exposés à la violence conjugale et d’identifier les facteurs qui leur sont associés. Ces facteurs renvoient à l’expérience de violence de l’enfant, à son point de vue sur la violence, à la qualité de la relation mère-enfant et à la parentification. Cette étude a été menée auprès de 116 enfants âgés entre 8 et 12 ans vivant en maison d’hébergement pour femmes victimes de violence conjugale ou fréquentant d’autres organismes offrant des services aux familles confrontées à la violence conjugale. Les résultats révèlent la présence de quatre profils d’adaptation : troubles extériorisés seulement, troubles intériorisés seulement, troubles à la fois extériorisés et intériorisés et absence de problème apparent. Ces quatre profils se distinguent selon la présence d’abus physique envers l’enfant, la qualité de la relation mère-enfant, le point de vue de l’enfant sur la violence et le degré de parentification de l’enfant. Les résultats sont discutés en fonction de l’apport respectif des parents et de l’enfant dans le développement de la parentification et des conflits de loyauté chez l’enfant exposé à la violence conjugale. La discussion souligne également la variabilité des manifestations de la détresse des enfants exposés à la violence conjugale. Les facteurs associés aux différents profils d’adaptation laissent entrevoir les besoins des enfants appartenant à un profil particulier et permettent de suggérer des liens entre ces facteurs.

Méthode de simulation avec les variables antithétiques

Les fichiers qui accompagnent mon document ont été réalisés avec le logiciel Latex et les simulations ont été réalisés par Splus(R).

Objective neuropsychological deficits in post-traumatic stress disorder and mild traumatic brain injury: what remains beyond symptom similarity?

This exploratory study intends to characterize the neuropsychological profile in persons with post-traumatic stress disorder (PTSD) and mild traumatic brain injury (mTBI) using objective measures of cognitive performance. A neuropsychological battery of tests for attention, memory and executive functions was administered to four groups: PTSD (n = 25), mTBI (n = 19), subjects with two formal diagnoses: Post-traumatic Stress Disorder and Mild Traumatic Brain Injury (mTBI/PTSD) (n = 6) and controls (n = 25). Confounding variables, such as medical, developmental or neurological antecedents, were controlled and measures of co-morbid conditions, such as depression and anxiety, were considered. The PTSD and mTBI/PTSD groups reported more anxiety and depressive symptoms. They also presented more cognitive deficits than the mTBI group. Since the two PTSD groups differ in severity of PTSD symptoms but not in severity of depression and anxiety symptoms, the PTSD condition could not be considered as the unique factor affecting the results. The findings underline the importance of controlling for confounding medical and psychological co-morbidities in the evaluation and treatment of PTSD populations, especially when a concomitant mTBI is also suspected.

Inteligencia emocional en adolescentes de dos colegios de Bogotá y variables asociadas

En 1990 Mayer y Salovey acuñan el término Inteligencia Emocional. La Trait Meta-Mood Scale 24 (TMMS-24) es la versión española de la primera medida de autoinforme de la IE basada en el modelo de Mayer y Salovey. Objetivo: Explorar las diferencias en el grado de desarrollo de la IE asociadas a género, edad y escolaridad. Método: Diseño observacional de corte transversal, comparativo entre dos grupos de adolescentes escolarizados en educación oficial, uno en colegio femenino y el otro en colegio masculino. Resultados: Se incluyó un total de 451 adolescentes, 224 mujeres con una edad de 14,04 ±1,58 años y 227 hombres con una edad de 14,25 ±1,68 años. Los alfas de Cronbach de la TMMS-24 para esta investigación fueron de 0,802 en Percepción, 0,756 en Comprensión y 0,748 en Regulación. Las mujeres puntuaron mejor que los hombres en Percepción (p=0,007). Se encontró mayor puntuación en Regulación en los grados 6º, 7º y 11º en las mujeres (p=0,005). No hubo evidencia de relación entre la edad y la IE. Conclusiones: La TMMS-24 es una medida de la IE con una adecuada consistencia interna al ser empleada en adolescentes entre los 12 y 17 años de edad de colegios de la ciudad de Bogotá. Este estudio muestra la importancia de combinar métodos de evaluación de la IE con el fin de mejorar su valoración, así como la necesidad de realizar más investigación acerca de IE en nuestro medio.

Variables relacionadas con respuestas inconsistentes en una encuesta sobre relaciones sexuales realizada a estudiantes de Santa Marta, Colombia

Antecedentes: la encuesta autoadministrada es la forma más usada y confiable para investigar comportamientos relacionados con la salud en adolescentes. Por lo general, un grupo significativo de participantes responde de forma inconsistente a algunos puntos de tópicos relacionados,particularmente con temas sensibles; en consecuencia, dichos puntos deben ser eliminados del análisis. Hasta la fecha, no se han comparado extensamente las características demográficas de los estudiantes que responden y los que no responden consistentemente una encuesta. Objetivo: comparar algunas variables demográficas relacionadas con respuestas inconsistentes sobre comportamiento sexual en estudiantes de secundaria de Santa Marta, Colombia. Método: una muestra probabilística por conglomerados de estudiantes diligenció una encuesta anónima sobre relaciones sexuales. Se usó regresión logística para ajustar las variables de la encuesta en las cuales se respondió de forma inconsistente. Resultados: un total de 3813 estudiantes completó la encuesta. Un grupo de 3 575 estudiantes (93,8%) respondió de forma consistente a los puntos sobre comportamiento sexual y uno de 238 (6,2%) respondió de forma inconsistente. Después de ajustar por estrato socioeconómico se evidenció que los estudiantes que con mayor frecuencia respondieron inconsistentemente eran varones (OR=2,1; IC95% 1,6-2,8) y pertenecían a colegios privados (OR=3,5; IC95% 2,6-4,8). Conclusiones: aproximadamente uno de cada veinte estudiantes responde de forma inconsistente las preguntas sobre comportamiento sexual. Las respuestas inconsistentes están relacionadas con estudiantes de colegios privados y sexo masculino. Se necesitan más investigaciones.

Variables asociadas a abuso físico y psicológico a la pareja

ResumenEl abuso físico y el abuso psicológico representan un problema de salud pública frecuente en mujeres colombianas. No obstante, pocas investigaciones exploran las variables asociadas en mujeres adultas. Objetivo: establecer variables psicosociales asociadas a abuso físico y psicológico en mujeres de Bogotá (Colombia). Materiales y métodos: se diseñó un estudio analítico transversal. Se solicitó la participación de mujeres adultas con pareja de estrato socioeconómico bajo. Se aplicaron las escalas: Apgar familiar (disfunción familiar), Escala de Rosenberg (autoestima), Cuestionario General de Salud (GHQ-12, trastornos mentales comunes) e Índice de Abuso a la Pareja (Index of Spouse Abuse, ISA-8, ISA-F e ISA-P). Mediante regresión logística se ajustaron la variables psicosociales asociadas al abuso físico y al abuso psicológico. Resultados: participaron 292 mujeres. La media para la edad fue 33,0 años (DE = 9,23). La prevalencia de baja autoestima fue del 29,1%; de disfunción familiar, del 82,5%; de trastornos mentales comunes, del 73,6%; de abuso psicológico, del 68,5% y de abuso físico, del 70,2%. Los trastornos mentales comunes (OR = 4,0; IC 95% 2,2-7,5), baja autoestima (OR = 2,4; IC 95% 1,2-4,7) y disfunción familiar (OR = 2,3; IC 95% 1,1-4,8) se asociaron a abuso psicológico; y baja autoestima (OR = 2,6; IC 95% 1,4-5,0) y trastornos mentales comunes (OR = 2,4; IC 95% 1,4-4,3) a abuso físico. Conclusiones: es alta la frecuencia de maltrato conyugal en mujeres de estrato socioeconómico bajo de Bogotá. El trastorno mental común y la baja autoestima se asocian a abuso psicológico y a abuso físico.