Estudo do componente árboreo de mata Ribeirinha no rio Camaquã, Cristal, RS

As matas ribeirinhas no rio Camaquã constituem os maiores remanescentes da Floresta Estacional Semidecidual Ribeirinha no Estado, sendo muito pouco conhecidas florística e fitossociologicamente. Em um fragmento de mata ribeirinha na margem esquerda do baixo rio Camaquã, município de Cristal (31°01’01.7’’S e 51°56’42.0’’W, em torno de 14 m.n.m.) realizou-se um estudo do componente arbóreo, com o intuito de se determinar sua estrutura e relacionar os resultados obtidos com outras florestas no Estado. O clima da região é do tipo Cfa de Köppen, com médias anuais de temperatura de 18,9 °C, e de precipitação de 1.234 mm. Os solos são do tipo Planossolo Hidromórfico Eutrófico (Sge), de textura média/siltosa. O levantamento fitossociológico foi realizado em uma área de 1 ha, dividida em 100 parcelas de 10 x 10 m, onde foram amostradas todas as árvores com DAP maior ou igual a 5 cm. Foram calculados os parâmetros fitossociológicos empregados usualmente, além das estimativas de diversidade de Shannon (H’) e equabilidade de Pielou (J’). Relações florísticas com outras áreas foram feitas através da análise de coordenadas principais e de agrupamento, utilizando os índices de similaridade de Jaccard e Dice. No levantamento florístico foram encontradas 68 espécies arbóreas, a maioria características de ambientes ribeirinhos. Na fitossociologia foram amostrados 2.179 indivíduos, pertencentes a 29 espécies, 25 gêneros e 14 famílias. As famílias Myrtaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Sapindaceae e Salicaceae apresentaram as maiores riquezas. Os valores de importância mais elevados foram registrados para espécies típicas de sub-bosque, que apresentam grande densidade (Sebastiania commersoniana, Allophylus edulis e Eugenia schuechiana). As espécies ocupantes do dossel, com densidades baixas ou intermediárias (Luehea divaricata e Nectandra megapotamica) destacam-se pela dominância. O índice de diversidade foi estimado em 2,342 nats.ind.-1 (J’= 0,695), sendo intermediário entre os menores valores estimados para as matas de restingas e os maiores para Florestas Estacionais Semideciduais na região. O predomínio de espécies zoocóricas demonstra ser uma floresta madura, embora se tenha encontrado uma grande participação de indivíduos com síndrome de dispersão abióticas. Por sua localização na Planície Costeira Interna, a área apresentou, floristicamente, uma grande influência de espécies provenientes das matas de encosta da Serra do Sudeste, havendo uma maior similaridade com as matas do rio Piratini e outras Florestas Estacionais Semideciduais.

Distribution of stream macroalgae in three tropical drainage basins of southeastern Brazil

Three drainage basins belonging to different drainage systems, but in close proximity, were evaluated to compare the distribution of macroalgal communities in the northwest region of São Paulo State, southeastern Brazil. Monthly samplings were carried out from September 1992 through September 1993 in three sites along the main river of each basin. 10 m length cross segments were evaluated for species per cent cover and richness, on both the population and community levels. Selected stream variables were measured: specific conductance, temperature, turbidity, mean cross-sectional area of the reach, current velocity, pH, and oxygen saturation (%). Principal Coordinate Analysis (PCO), chi-square good-of-fitness, and Pearson Product-Moment correlation coefficient were applied to evaluate the distribution of the macroalgal species. The survey resulted in 36 taxa of macroalgae, of which Cyanophyta was the dominant group (17 taxa or 41.7% of the total), followed by Chlorophyta (15 taxa or 41.7%), Rhodophyta (3 taxa or 8.3%) and Chrysophyta (1 taxon or 2.8%). Stigeoclonium helveticum, 'Chantransia' stage of Batrachospermum spp., and B. delicatulum were the most widespread and frequent macroalgae throughout the basins. The analyses showed that conductance and current velocity were the factors most closely related to the distribution of the macroalgal species. Positive correlation between richness and percent cover was determined, which reinforces the patchiness of stream macroalgal distribution.

Técnicas multivariadas na determinação da diversidade genética em gergelim usando marcadores RAPD

O objetivo deste trabalho foi comparar diferentes técnicas multivariadas na caracterização de 35 genótipos de gergelim mediante 769 marcadores RAPD. As distâncias genéticas foram obtidas pelo complemento aritmético do coeficiente de Jaccard e agrupadas pelos métodos hierárquicos do vizinho mais próximo, do vizinho mais distante, das médias aritméticas não ponderadas (UPGMA), do método de otimização de Tocher e análises de coordenadas principais. O agrupamento dos genótipos foi alterado em função dos diferentes métodos usados. Adotando-se a mesma distância genética (0,36) como valor de corte, diferenciaram-se quatro grupos no método do vizinho mais próximo, 13 para o vizinho mais distante, 11 no UPGMA e quatro no Tocher. Entre os métodos hierárquicos, o UPGMA apresentou o melhor ajuste das distâncias originais e estimadas (CCC = 0,89). As análises das coordenadas principais confirmaram a baixa diversidade existente entre os genótipos. A maior divergência ocorreu entre as cultivares Seridó 1 e Arawaca 4, e a menor, entre os genótipos VCR-101 e GP-3314. As três primeiras coordenadas principais contabilizaram 35,13% do total da variabilidade, e 18 autovalores foram necessários para explicar 81% da variação genética. Os métodos UPGMA, de otimização de Tocher, e as análises de coordenadas principais são complementares na formação dos grupos.

HIERARCHICAL VERSUS NONHIERARCHICAL PATTERNS OF GENETIC DISTANCES AMONG POPULATIONS - A SIMULATION STUDY

A simulation study was made of the effects of mixing two evolutionary forces (natural selection and random genetic drift), combined in a single data matrix of gene frequencies, on the resulting genetic distances among populations. Twenty-one, kinds of simulated gene frequencies surfaces, for 15 populations linearly distributed over geographic space, were used to construct 21 data matrices, combining different proportions of two types of surfaces (gradients and random surfaces). These matrices were analysed by Unweighted Pair-Group Method - Arithmetic Averages (UPGMA), clustering and Principal Coordinate Analysis. The results obtained show that ordination is more accurate than UPGMA in revealing the spatial patterns in the genetic distances, in comparison with results obtained using the Mantel test comparing directly genetic and geographic distances.

Nonmodal energetics of resistive drift waves

The modal and nonmodal linear properties of the Hasegawa-Wakatani system are examined. This linear model for plasma drift waves is nonnormal in the sense of not having a complete set of orthogonal eigenvectors. A consequence of nonnormality is that finite-time nonmodal growth rates can be larger than modal growth rates. In this system, the nonmodal time-dependent behavior depends strongly on the adiabatic parameter and the time scale of interest. For small values of the adiabatic parameter and short time scales, the nonmodal growth rates, wave number, and phase shifts (between the density and potential fluctuations) are time dependent and differ from those obtained by normal mode analysis. On a given time scale, when the adiabatic parameter is less than a critical value, the drift waves are dominated by nonmodal effects while for values of the adiabatic parameter greater than the critical value, the behavior is that given by normal mode analysis. The critical adiabatic parameter decreases with time and modal behavior eventually dominates. The nonmodal linear properties of the Hasegawa-Wakatani system may help to explain features of the full system previously attributed to nonlinearity.

Influência da Fronteira em um Método Implícito para a Equação de Stokes

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Previsão estocástica de nível fluviométrico para cidade de Marabá-PA: método de Box-Jenkins

O Município de Marabá- PA, situado na região Amazônica, sudeste do Estado do Pará, sofre anualmente com eventos de enchentes, ocasionados pelo aumento periódico do rio Tocantins e pela situação de vulnerabilidade da população que reside em áreas de risco. A defesa civil estadual e municipal anualmente planeja e prepara equipes para ações de defesa no município. Nesta fase o monitoramento e previsão de eventos de enchentes são importantes. Portanto, com o objetivo de diminuir erros nas previsões hidrológicas para o Município de Marabá, desenvolveu-se um modelo estocástico para previsão de nível do rio Tocantins, baseado na metodologia de Box e Jenkins. Utilizou os dados de níveis diários observados nas estações hidrológicas de Marabá e Carolina e Conceição do Araguaia da Agência Nacional de Águas (ANA), do período de 01/12/ 2008 a 31/03/2011. Efetuou-se o ajustamento de três modelos (M_t, N_t e Y_t), através de diferentes aplicativos estatísticos: o SAS e o Gretl, usando diferentes interpretações do comportamento das séries para gerar as equações dos modelos. A principal diferença entre os aplicativos é que no SAS usa o modelo de função de transferência na modelagem. Realizou-se uma classificação da variabilidade do nível do rio, através da técnica dos Quantis para o período de 1972 a 2011, examinando-se apenas as categorizações de níveis ACIMA e MUITO ACIMA do normal. Para análise de impactos socioeconômicos foram usados os dados das ações da Defesa Civil Estado do Pará nas cheias de 2009 e 2011. Os resultados mostraram que o número de eventos de cheias com níveis MUITO ACIMA do normal, geralmente, podem estar associados a eventos de La Niña. Outro resultado importante: os modelos gerados simularam muito bem o nível do rio para o período de sete dias (01/04/2011 a 07/04/2011). O modelo multivariado N_t (com pequenos erros) representou o comportamento da série original, subestimando os valores reais nos dias 3, 4 e 5 de abril de 2011, com erro máximo de 0,28 no dia 4. O modelo univariado (Y_t) teve bons resultados nas simulações com erros absolutos em torno de 0,12 m. O modelo com menor erro absoluto (0,08m) para o mesmo período foi o modelo M_t, desenvolvido pelo aplicativo SAS, que interpreta a série original como sendo não linear e não estacionária. A análise quantitativa dos impactos fluviométricos, ocorridos nas enchentes de 2009 e 2011 na cidade de Marabá, revelou em média que mais de 4 mil famílias sofrem com estes eventos, implicado em gastos financeiros elevados. Logo, conclui-se que os modelos de previsão de níveis são importantes ferramentas que a Defesa Civil, utiliza no planejamento e preparo de ações preventivas para o município de Marabá.

Comunidades de fungos em jardins de formigas cortadeiras com diferentes hábitos de forrageamento

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Inferring a weighted elastic network from partial unfolding with coarse-grained simulations

A number of studies have demonstrated that simple elastic network models can reproduce experimental B-factors, providing insights into the structure-function properties of proteins. Here, we report a study on how to improve an elastic network model and explore its performance by predicting the experimental B-factors. Elastic network models are built on the experimental C coordinates, and they only take the pairs of C atoms within a given cutoff distance r(c) into account. These models describe the interactions by elastic springs with the same force constant. We have developed a method based on numerical simulations with a simple coarse-grained force field, to attribute weights to these spring constants. This method considers the time that two C atoms remain connected in the network during partial unfolding, establishing a means of measuring the strength of each link. We examined two different coarse-grained force fields and explored the computation of these weights by unfolding the native structures. Proteins 2014; 82:119-129. (c) 2013 Wiley Periodicals, Inc.

Alcohol levels in cerebrospinal fluid and blood samples from patients under pathological conditions

We measured alcohol levels by the Cordebard method in 148 CSF samples from individuals who had abstained from alcohol for at least 7 days prior to the beginning of the study. Each blood sample was accompanied by a CSF sample from the same patient. CSF samples found to be normal after analysis were used as controls. Mean alcohol concentration in blood did not differ significantly between the control group and the groups with altered CSF. The group with altered CSF had statistically higher alcohol levels in CSF than in blood. CSF lactate, glucose and protein levels were not correlated with alcohol level. The results suggest the presence of endogenous alcohol in the CSF, with levels increasing in the presence of pathological processes involving the nervous system.

Estrutura da população e epidemiologia de Moniliophthora roreri no Magdalena Medio Colombiano

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Diversidade genética em populações de Candidatus Liberibacter asiaticus determinada por marcadores SSR

Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV

Estudos experimentais e teórico-computacionais de novos complexos nanozeólitas-enzimas empregados na produção de biocombustíveis

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Computational strategies to include protein flexibility in Ligand Docking and Virtual Screening

The dynamic character of proteins strongly influences biomolecular recognition mechanisms. With the development of the main models of ligand recognition (lock-and-key, induced fit, conformational selection theories), the role of protein plasticity has become increasingly relevant. In particular, major structural changes concerning large deviations of protein backbones, and slight movements such as side chain rotations are now carefully considered in drug discovery and development. It is of great interest to identify multiple protein conformations as preliminary step in a screening campaign. Protein flexibility has been widely investigated, in terms of both local and global motions, in two diverse biological systems. On one side, Replica Exchange Molecular Dynamics has been exploited as enhanced sampling method to collect multiple conformations of Lactate Dehydrogenase A (LDHA), an emerging anticancer target. The aim of this project was the development of an Ensemble-based Virtual Screening protocol, in order to find novel potent inhibitors. On the other side, a preliminary study concerning the local flexibility of Opioid Receptors has been carried out through ALiBERO approach, an iterative method based on Elastic Network-Normal Mode Analysis and Monte Carlo sampling. Comparison of the Virtual Screening performances by using single or multiple conformations confirmed that the inclusion of protein flexibility in screening protocols has a positive effect on the probability to early recognize novel or known active compounds.

Serine residues 1177/78/82 of the insulin receptor are required for substrate phosphorylation but not autophosphorylation

Serine residues of the human insulin receptor (HIR) may be phosphorylated and negatively regulate the insulin signal. We studied the impact of 16 serine residues in HIR by mutation to alanine and co-overexpression in human embryonic kidney (HEK) 293 cells together with the docking proteins insulin receptor substrate (IRS)-1, IRS-2, or (SHC) Src homologous and collagen-like. As a control, IRS-1 was also cotransfected with an HIR with a juxtamembrane deletion (HIR delta JM) and therefore not containing the domain required for interaction with IRS-1. Coexpression of HIR with IRS-1, IRS-2, and SHC strongly enhanced tyrosine phosphorylation of these proteins. A similar increase in tyrosine phosphorylation was observed in cells overexpressing IRS-1, IRS-2, or SHC together with all HIR mutants except HIR delta JM and a mutant carrying exchanges of serines 1177, 1178, and 1182 to alanine (HIR1177/78/82), although this mutant showed normal autophosphorylation. Analysis of total cell lysates with anti-phosphotyrosine antibodies showed that in addition to the overexpressed substrates, other cellular proteins displayed reduced levels of tyrosine phosphorylation in these cells. To study consequences for phosphatidylinositol 3-kinase (PI 3-kinase) activation, we established stable NIH3T3 fibroblast cell lines overexpressing wild-type HIR, HIR1177/78/82, and other HIR mutants as the control. Again, HIR1177/78/82 showed normal autophosphorylation but showed a clear decrease in tyrosine phosphorylation of endogenous IRS-1 and activation of PI 3-kinase. This decrease in kinase activity also occurred in an in vitro kinase assay towards recombinant IRS-1. Finally, we performed a separation of the phosphopeptides by high-performance liquid chromatography and could not detect any differences in the profiles of HIR and HIR1177/78/82. In conclusion, we have defined a region in HIR that is important for substrate phosphorylation but not autophosphorylation. Therefore, this mutant may provide new insights into the mechanism of kinase activation and substrate phosphorylation.