Identification de nouvelles cibles transcriptionnelles d’ETV6, un facteur de transcription fréquemment altéré dans la leucémie aiguë lymphoblastique

La leucémie aiguë lymphoblastique (LAL) est le cancer pédiatrique le plus fréquent. Plusieurs réarrangements chromosomiques ont été associés à cette maladie, dont la translocation t(12;21), qui est observée dans 25% des cas de LAL de type pré-B. Cette translocation engendre l’expression de la protéine de fusion ETV6-AML1. Toutefois, celle-ci n’est pas suffisante pour initier seule une leucémie, ce qui suggère que des mutations additionnelles sont nécessaires à la transformation oncogénique. Or, on observe que l’allèle non-réarrangé d’ETV6 est perdu dans 75% des cas de t(12;21). Cette délétion entraîne l’inactivation complète du facteur de transcription ETV6 et l’abolition de sa fonction biologique. Puisqu’ETV6 semble jouer un rôle de suppresseur de tumeurs, nous croyons que son inactivation favoriserait le développement de la leucémie via la dérégulation de ses gènes cibles. Ce projet visait donc à identifier de nouvelles cibles transcriptionnelles d’ETV6, afin d’élucider son implication dans la leucémie. Une expérience de RNA-Seq a permis d’identifier plus de 200 gènes dont l’expression est corrélée avec celle d’ETV6 dans des cellules souches hématopoïétiques CD34+. Parmi ceux-ci, plusieurs gènes sont impliqués dans la réponse immunitaire et inflammatoire, la migration cellulaire, l’homéostasie ionique et la signalisation intracellulaire. Nous avons également mis en place une approche d’immunoprécipitation de la chromatine afin d’identifier les régions auxquelles le facteur de transcription ETV6 peut se lier. À l’aide de cette méthode, nous avons démontré une interaction entre ETV6 et SLCO2B1, un gène dont l’expression est également co-régulée avec ETV6. Finalement, notre étude suggère qu’ETV6 contribuerait à la leucémogenèse en dérégulant l’expression de certains gènes ayant des propriétés oncogéniques.

Cell lines and animal model in the analysis of pharmacogenomics markers in childhood acute lymphoblastic leukemia

La leucémie aiguë lymphoblastique (LAL) est le cancer pédiatrique le plus fréquent. Elle est la cause principale de mortalité liée au cancer chez les enfants due à un groupe de patient ne répondant pas au traitement. Les patients peuvent aussi souffrir de plusieurs toxicités associées à un traitement intensif de chimiothérapie. Les études en pharmacogénétique de notre groupe ont montré une corrélation tant individuelle que combinée entre les variants génétiques particuliers d’enzymes dépendantes du folate, particulièrement la dihydrofolate réductase (DHFR) ainsi que la thymidylate synthase (TS), principales cibles du méthotrexate (MTX) et le risque élevé de rechute chez les patients atteints de la LAL. En outre, des variations dans le gène ATF5 impliqué dans la régulation de l’asparagine synthetase (ASNS) sont associées à un risque plus élevé de rechute ou à une toxicité ASNase dépendante chez les patients ayant reçu de l’asparaginase d’E.coli (ASNase). Le but principal de mon projet de thèse est de comprendre davantage d’un point de vue fonctionnel, le rôle de variations génétiques dans la réponse thérapeutique chez les patients atteints de la LAL, en se concentrant sur deux composants majeurs du traitement de la LAL soit le MTX ainsi que l’ASNase. Mon objectif spécifique était d’analyser une association trouvée dans des paramètres cliniques par le biais d’essais de prolifération cellulaire de lignées cellulaires lymphoblastoïdes (LCLs, n=93) et d’un modèle murin de xénogreffe de la LAL. Une variation génétique dans le polymorphisme TS (homozygosité de l’allèle de la répétition triple 3R) ainsi que l’haplotype *1b de DHFR (défini par une combinaison particulière d’allèle dérivé de six sites polymorphiques dans le promoteur majeur et mineur de DHFR) et de leurs effets sur la sensibilité au MTX ont été évalués par le biais d’essais de prolifération cellulaire. Des essais in vitro similaires sur la réponse à l’ASNase de E. Coli ont permis d’évaluer l’effet de la variation T1562C de la région 5’UTR de ATF5 ainsi que des haplotypes particuliers du gène ASNS (définis par deux variations génétiques et arbitrairement appelés haplotype *1). Le modèle murin de xénogreffe ont été utilisé pour évaluer l’effet du génotype 3R3R du gène TS. L’analyse de polymorphismes additionnels dans le gène ASNS a révélé une diversification de l’haplotype *1 en 5 sous-types définis par deux polymorphismes (rs10486009 et rs6971012,) et corrélé avec la sensibilité in vitro à l’ASNase et l’un d’eux (rs10486009) semble particulièrement important dans la réduction de la sensibilité in vitro à l’ASNase, pouvant expliquer une sensibilité réduite de l’haplotype *1 dans des paramètres cliniques. Aucune association entre ATF5 T1562C et des essais de prolifération cellulaire en réponse à ASNase de E.Coli n’a été détectée. Nous n’avons pas détecté une association liée au génotype lors d’analyse in vitro de sensibilité au MTX. Par contre, des résultats in vivo issus de modèle murin de xénogreffe ont montré une relation entre le génotype TS 3R/3R et la résistance de manière dose-dépendante au traitement par MTX. Les résultats obtenus ont permis de fournir une explication concernant un haut risque significatif de rechute rencontré chez les patients au génotype TS 3R/3R et suggèrent que ces patients pourraient recevoir une augmentation de leur dose de MTX. À travers ces expériences, nous avons aussi démontré que les modèles murins de xénogreffe peuvent servir comme outil préclinique afin d’explorer l’option d’un traitement individualisé. En conclusion, la connaissance acquise à travers mon projet de thèse a permis de confirmer et/ou d’identifier quelques variants dans la voix d’action du MTX et de l’ASNase qui pourraient faciliter la mise en place de stratégies d’individualisation de la dose, permettant la sélection d’un traitement optimum ou moduler la thérapie basé sur la génétique individuelle.

Étude de la régulation de l'activité du ligand Delta dans le cadre de la signalisation Notch

La voie de signalisation Notch est conservée au cours de l'évolution. Elle joue un rôle clé dans le développement, et elle est impliquée dans de nombreuses décisions de destin cellulaire, dans le maintien des cellules souches, et dans le contrôle de la prolifération et de la différenciation cellulaires. Une dérégulation de la signalisation Notch est impliquée dans diverses maladies et cancers, y compris les tumeurs solides, comme les cancers du sein et du col de l'utérus, et les leucémies, comme la Leucémie Aiguë Lymphoblastique des cellules T (LAL-T). Notch est un récepteur transmembranaire activé par des ligands transmembranaires de la famille DSL (Delta/Serrate/Lag-2). Bien que plusieurs mutations oncogéniques ont été identifiées au niveau du récepteur Notch, de nombreux cancers modulés par Notch demeurent ligand-dépendants. Étonnamment, les mécanismes moléculaires régulant l'activation du ligand sont encore relativement peu caractérisés par rapport à ceux qui régissent le récepteur Notch lui-même. Utilisant un essai de co-culture avec un rapporteur luciférase de Notch, nous avons effectué le premier crible d'ARNi pan-génomique visant spécifiquement à identifier des régulateurs des ligands de Notch dans la cellule émettrice du signal. Nous avons ainsi pu découvrir de nouvelles classes de régulateurs communs pour les ligands Delta-like1 et 4. Ces régulateurs comprennent des inhibiteurs de protéases, des facteurs de transcription, et des gènes divers à fonction inconnue, tels que Tmem128 « Transmembrane protein 128 », ou à fonction préalablement caractérisée tels que la co-chaperonne moléculaire Cdc37 « Cell division cycle 37 homolog ». Par la suite, nous avons développé des cribles secondaires fonctionnels où nous avons démontré l'importance de ces régulateurs pour des événements Notch-dépendants, comme la différenciation des cellules T normales, et la survie des cellules souches pré-leucémiques isolées à partir d'un modèle murin de LAL-T. En outre, nous avons prouvé que les régulateurs les plus forts du crible de survie sont également nécessaires pour l'activité d'auto-renouvellement des cellules souches pré-leucémiques. Finalement, nous avons entamé une caractérisation moléculaire préliminaire de deux régulateurs nouvellement identifiés; Tmem128 et Cdc37 afin d'étudier leur mécanisme d'action sur les ligands. En conclusion, cette étude nous a permis d'identifier de nouveaux régulateurs de la voie Notch qui pourraient servir de cibles thérapeutiques potentielles dans les cancers; tel qu'illustré par le modèle LAL-T. La compréhension des détails moléculaires sous-jacents aux fonctions de ces régulateurs sera essentielle afin de développer des inhibiteurs pharmacologiques pour bloquer leur action et entraver la signalisation Notch dans le cancer.

Volvulus de l'intestin grêle comme cause primaire d'abdomen aigu [Volvulus of the small intestine as a cause of primary acute abdomen].

As a cause of small intestine occlusion, volvulus is often a consequence of a band or adhesions. Except in infants, it is rarely the primary cause of symptomatology. Between January 1976 and December 1992, 13 patients (7 women and 6 men, mean age of 56.8 years) were admitted in our department for an acute abdomen due to a spontaneous primary volvulus of the small bowel. Clinical examination and laboratory tests did not help in preoperative diagnosis. All patients underwent an explorative laparotomy. Six patients had had prior abdominal surgery but none of them presented adhesion or band. In 8 patients (62%), detorsion was sufficient. Resection of a segment of small bowel was necessary in 4 patients. Gangrenous of the entire bowel was observed in one patient who rapidly died. Two patients presented minor complications. One patient with Down syndrome died of bronchoaspiration. One patient has been reoperated on one year later for recurrence of the volvulus, and underwent a Noble procedure. We conclude that volvulus of the small bowel is a rare cause of acute abdomen that must be remembered. Early surgery is mandatory to reduce the risk of gangrene, which is known to double the mortality. Laparoscopy will be helpful in early diagnosis and therapy.

Embolie pulmonaire aiguë en 2012 (développements technologiques en scanner, angio-IRM).

Objectifs: Connaître les derniers développements techniques dans l'exploration de l'embolie pulmonaire aigue en imagerie (scanner et IRM). Connaître l'intérêt de la probabilité clinique pré-test dans l'indication de l'imagerie. Savoir faire une interprétation intégrée du scanner dans de l'embolie pulmonaire aiguë. Connaître chez les particularités de réalisation d'un examen chez la femme enceinte. Messages à retenir: Le scanner reste indiqué si les D-dimers sont négatifs et la probabilité clinique pré-test d'une embolie pulmonaire aiguë est élevée. Le scanner a une valeur diagnostique mais aussi une valeur pronostique dans la stratification du risque d'événement fatal chez les patients porteurs d'une embolie pulmonaire aiguë. Résumé: Durant la dernière décennie, l'imagerie en coupe s'est imposée comme moyen diagnostique incontournable dans l'embolie pulmonaire aiguë (EPA). Les nouveaux développements techniques ainsi que les récentes études ont contribué à mieux définir la valeur diagnostique du scanner et de l'IRM. En particulier, trois questions méritent d'être discutées : La probabilité clinique pré-test a-t-elle une importance dans l'indication de l'imagerie? ; (2) Faut-il synchroniser le scanner au rythme cardiaque devant une suspicion d'EPA ? ; (3) Quelles précautions faut-il prendre chez la femme enceinte ? Par ailleurs, La valeur pronostique du scanner mérite d'être connue et utilisée à bon escient.

Thrombolyse de l'accident vasculaire cérébral ischémique aigu: rôles du praticien et de l'hôpital périphérique [Thrombolysis of acute ischemic cerebral vascular accident: roles of the physician and the peripheral hospital]

Thrombolysis administered intravenously within 3 hours (or within 6 hours intra-arterially) after symptoms onset improves the functional outcome of acute ischemic stroke patients. In Switzerland this treatment is only performed by specialized centers. At the level of a community hospital or a general practitioner, the management is based on the appropriate selection of patients in whom thrombolysis could be indicated, followed by their immediate transfer to a reference medical center. Because of the very short therapeutic window, specific criteria have to be used. We present the guidelines of Les Cadolles Hospital in Neuchâtel established in collaboration with the Department of Neurology of the University Hospital of Lausanne and a retrospective analysis of emergency admissions for suspected stroke at Les Cadolles between January 1st 2001 and December 31st 2002.

Selectin ligands on leukemic cells

RESUME L'infiltration tissulaire par les cellules leucémiques, responsable de leucostase, est une complication grave de la leucémie aiguë hyperleucocytaire. Elle peut entraîner une détresse respiratoire et des troubles neurologiques de mauvais pronostic. Pendant longtemps, la prolifération intravasculaire des cellules leucémiques et l'augmentation de la viscosité étaient considérées comme en étant responsables, et le traitement reposait sur une cytoréduction rapide par leucaphérèse. Actuellement, l'interaction entre les cellules leucémiques et l'endothélium vasculaire est plutôt considérée comme la cause de ce phénomène. En effet, les cellules leucémiques peuvent induire l'expression des sélectives endothéliales. Les sélectives initient le roulement des leucocytes avant leur adhésion ferme et leur migration dans les tissus. Elles reconnaissent des ligands spécifiques exprimés à la surface des leucocytes, comme PSGL-1 qui est un ligand commun des sélectives. Cependant, plusieurs études suggèrent que d'autres ligands de la E-sélective soient exprimés par les leucocytes. L'interaction des cellules leucémiques avec la E- et la P- sélective est corrélée avec l'expression de la molécule CLA, reconnue par l'anticorps HECA-452. L'immunopurification des ligands de la E-sélective avec cet anticorps a permis d'isoler, des cellules THP1 et U937, une protéine de 170 kDa, ainsi qu'une autre protéine de 250 kDa des cellules U937, en plus de PSGL-1. Ces protéines ont également été purifiées avec la protéine de fusion Esélective/IgM. CD43 et CD44 semblent être des ligands de la E-sélective sur certaines lignées, mais leur interaction avec la E-sélective n'est pas toujours retrouvée. De plus, cette étude a permis de montrer que ces ligands de la E-sélectiné sont exprimés dans les rafts lipidiques, comme PSGL-1 et la L-sélective des neutrophiles. Ces deux nouveaux ligands sont en cours d'identification. Ils pourraient représenter une nouvelle cible dans le traitement de la leucostase, mais aussi lors d'inflammation chronique ou de métastases. ABSTRACT Leukostasis is alife-threatening complication of acute leukemia, that results from tissue infiltration of leukemic blasts that migrate out of blood flow and interfere with normal tissue functions. The process leading to these complications has been attributed to the overcrowding of leukemic cells in the microcirculation. However, leukostasis more likely results from the adhesive interactions between leukemic blasts and the endothelium. Activated endothelium express adhesion molecules like P- and E-selectin, and leukemic cells themselves can induce the expression of E-selectin on endothelial cells. Selectins are essential in initiating the rolling of intravascular cells on endothelium before firm adhesion and transmigration outside of blood vessels. They interact with specific ligands on leukocyte cell surface. P-selectin glycoprotein ligand-1 (PSGL-1) is common ligand for E-, P- and L-selectin. Recently, CD44, ESL-1 and CD44 were shown to cooperate. ìn supporting mouse neutrophil adhesion to E-selectin. Other E-selectin ligands remain to be identified in humans. Leukemic cells were screened in order to characterize human E-selectin ligands. The interactions of E- and P-selectin correlate with the expression of CLA epitope. Therefore, HECA-452 mAb that recognizes CLA was used for immunopurification. Aglycoprotein of 170 kDa was purified from THP1 and U937 cells, and a protein of 250 kDa from U937 cells. These proteins were also purified by affinity binding to E-selectin/IgM chimera. PSGL-1 bound to E-selectin as expected, but CD43 and CD44 were not always adsorbed on E-selectin chimera, depending on cell types. E-selectin ligands were also shown to be in lipid rafts in leukemic cells, like PSGL-1 and L-selectin in human neutrophils. The 170 kDa protein has been sequenced, and three interesting ligands were among the candidates: ESL-1, CD44 and podocalyxin. These ligands are under investigation, and may represent a new therapeutic target in leukostasis, inflammation or cancer metastasis.

Asthme aigu sévère [Severe acute asthma]

Acute severe asthma is defined by the occurrence of an acute exacerbation resistant to the initial medical treatment, complicated by life-threatening respiratory distress due to severe lung hyperinflation. The conventional therapeutic approach is based on oxygen therapy and on the combined treatment of inhaled beta2-agonists at repeated doses and systemic corticosteroids. Inhaled or systemic magnesium sulfate is also recommended. The unresponsiveness to the initial bronchodilating therapy and the development of respiratory distress requiring intubation significantly increases mortality, due to the complications induced by mechanical ventilation. In these situations, a ventilatory strategy, including controlled hypoventilation with permissive hypercapnia, aiming at preventing lung hyperinflation, is indicated. Non-invasive ventilation may be successful in certain patients and represents an effective alternative to intubation. In ventilated patients, helium-oxygen mixtures can be considered as adjunctive therapies. After having reviewed the basic pathophysiological principles, this article will focus on the current medical treatment and of the modalities of mechanical ventilation in acute severe asthma.

Hémorragie digestive aiguë [Acute gastrointestinal bleeding]

Gastrointestinal bleeding is among the major clinical challenges for the gastroenterologists and the initial approach is very complex. For a big part of bleeding lesions, it is important to perform an endoscopic hemostatis after the introduction of an intravenous treatment (that has to be started as soon as there is a clinical suspicion of an upper gastrointestinal bleeding). The significant progresses made during the last years have allowed firstly to see the entire small bowel mucosa (video capsule) and secondly new treatments have successfully replaced surgical interventions.

Pronostic du coma après lésion cérébrale aiguë chez l'homme

Contexte: L'ensemble des phénomènes aigus suivant un arrêt cardio-respiratoire (ACR) est décrit sous le nom de maladie de post-réanimation (MPR) (post-resuscitation disease). Celle- ci est la conséquence du syndrome de reperfusion et est caractérisée par une réponse inflammatoire systémique intense, d'allure septique. La procalcitonine (PCT) est un marqueur aigu de la réponse inflammatoire systémique, qui a été beaucoup étudiée aux soins intensifs (SI) dans le contexte du sepsis, et constitue un outil diagnostic et pronostique important. Toutefois la PCT n'est pas un marqueur spécifique pour le sepsis mais peut également augmenter lors de réponse inflammatoire systémique d'origine non infectieuse. Objectifs: 1) Evaluer s'il existe une corrélation entre la valeur plasmatique de PCT et la MPR ; 2) examiner la relation entre le taux au pic de PCT et le pronostic des patients avec coma post-ACR ; 3) comparer la valeur pronostique de la PCT à celle d'un marqueur pronostic connu du coma post-anoxique tel que la neuron specific enolase (NSE). Méthodologie: Analyse d'une base de données prospective comprenant des patients admis aux SI du centre hospitalier universitaire vaudoise (CHUV) entre décembre 2009 et juillet 2011 en raison d'un ACR et traités par hypothermie thérapeutique (33 - 34 °C pendant 24h), selon notre protocole standard de prise en charge. La concentration plasmatique de PCT est mesurée à 24-72h après ACR, la valeur maximale (PCTmax) étant incluse dans l'analyse. La durée de l'arrêt circulatoire et le score de SOFA (Sequential Organ Failure Assessment) sont utilisés pour quantifier la sévérité de la MPR. Le pronostic est composé de la mortalité hospitalière, ainsi que la mortalité et la récupération neurologique à trois mois, mesurée avec le score de « Cerebral Performance Categories » (CPC), dichotomisé en bonne récupération (CPC 1 = pas de handicap ; CPC 2 = handicap modéré) et mauvaise récupération (CPC 3 = handicap sévère ; CPC 4 = état végétatif ; CPC 5 = décès). Résultats: 68 patients consécutifs (âge médian 65 ans, durée médiane totale de l'arrêt circulatoire [time to ROSC] 20.5 min) ont été étudiés. La PCTmax corrélait avec la durée de l'arrêt circulatoire (p = 0.001) ainsi qu'avec les scores de SOFA à l'admission et aux jours 1 et 2 (p<0.001 pour les trois associations). Une association significative a été observée entre la PCTmax et la survie hospitalière (médiane 3.9 [écart interquartile (EI) 1.0 - 16.8] chez les non-survivants vs. 1.4 [EI 0.6 - 6.2] ng/ml chez les survivants, p=0.032) et à trois mois (médiane 3.8 ([EI 1.0 - 15.6] vs. 1.4 [EI 0.5 - 6.0] ng/ml, p=0.034). La PCTmax était aussi plus basse chez les patients avec bonne récupération neurologique à trois mois (p=0.064). En comparaison avec la NSEmax, la PCTmax avait une valeur prédictive supérieure pour la sévérité de la maladie de post-réanimation et inférieure pour le pronostic. Conclusions: La valeur plasmatique maximale de PCT corrèle avec la sévérité de la MPR et est associé à la mortalité et à l'état neurologique à trois mois après coma post-anoxique. Ces données suggèrent que la PCT peut être un marqueur utile dans la prise en charge des patients comateux après ACR et hypothermie thérapeutique. Des études à plus large échelle sont en cours pour confirmer ces résultats.

Sinusite aiguë: prise en charge en médecine de premier recours [Acute sinusitis]

Les infections des voies aériennes supérieures sont parmi les motifs de consultation les plus fréquents en médecine de premier recours. Lorsque la localisation est principalement rhinosinusienne, la cause est en général virale. Nous passons en revue dans cet article les conditions permettant de suspecter une origine bactérienne avec comme question centrale les critères pour l'instauration d'un traitement antibiotique. La place des examens paracliniques dans la stratégie diagnostique est discutée et en particulier celle de la radiographie standard. Rhino-sinusitis is one of the most complaint in ambulatory clinic sitting and nasal obstruction. This diagnosis is however difficult and general practitioners might overdiagnose acute bacterial sinusitis. Most imaging is not useful in determining sinusitis. Acute sinusitis is very often a self-limiting disease. Antibiotics should be prescribed only after one week of symptoms' duration and in case of the presence of two additional criteria: pain and purulent nasal discharge with nasal obstruction