Recueil de lettres et de pièces originales, et de copies de pièces indiquées comme telles dans le dépouillement qui suit.

Contient : 1 Lettre de « HENRY [duc D'ANJOU]... à mon cousin monseigneur le duc de Nemoux,... Escript au camp à St Mesmyn, ce VIIe jour de fevrier » ; 2 Lettre de « HENRY [duc D'ANJOU]... à mon cousin monseigneur de Nemoux,... Escript au camp à Pons sur Senne, ce VIIe jour de fevrier » ; 3 Lettre de « HENRY [duc D'ANJOU]... à mon cousin monseigneur le duc de Nemoux,... Escript au camp à Nogen sur Senne, ce Xme jour de fevrier » ; 4 Lettre de « HENRY [duc D'ANJOU]... à mon cousin monseigneur le duc de Nemoux,... Escript au camp à Nogen sur Senne, ce VIIIme jour de fevrier » ; 5 Lettre de « JEHANNE » D'ALBRET, reine de Navarre ; 6 Lettre de « MARGUERITE [reine de Navarre]... à mon cousin monsieur le duc de Nevers,... Du 16 may 1573 » ; 7 Lettre d'ARMAND DE GONTAUT, baron DE « BIRON,... à monsieur... de Cossé, conte de Segondiny et mareschal de France... De La Rochelle, se dimanche matin » ; 8 Lettre du roi « CHARLES [IX]... à mon cousin le duc de Montpansier, gouverneur... en Bretaigne... Escript à St Leger, le IIIIe jour de mars 1573 » ; 9 Lettre de « CATERINE [DE MEDICIS]... à mon cousin monseigneur le duc de Montpensier,... gouverneur et lieutenant general du roy... en son pays et duché de Bretaigne... Escript à Paris, le XIIe jour de fevrier 1573 » ; 10 Lettre de « HENRY [duc D'ANJOU]... à mon cousin monseigneur le duc de Montpensier,... gouverneur... en Bretaigne... Escrit au camp de Nyeul, ce VIIIe may 1573 » ; 11 Lettre du roi « CHARLES [IX]... à mon cousin le duc de Montpensier,... gouverneur... en Bretaigne... Escript à St Liger, le IIe jour de mars 1573 » ; 12 Lettre du roi « CHARLES [IX]... à mon cousin le duc de Montpensier,... gouverneur... en mon pays et duché de Bretaigne... Escript à Fontainebleau, ce XXVe jour d'avril 1573 » ; 13 Lettre de « CATERINE [DE MEDICIS]... à mon cousin monseigneur le duc de Montpensier,... gouverneur... en Bretaigne... Escript à Fontainebleau, le dernier jour de may 1573 » ; 14 Lettre du roi « CHARLES [IX]... à mon cousin le duc de Montpensier,... gouverneur... en Bretaigne... Escrit à Fontainebleau,... le IIe jour de may 1573 » ; 15 Lettre de « CATERINE [DE MEDICIS]... à mon cousin le duc de Montpensier,... gouverneur... en Bretaigne... Escrit à Paris, le XVIe jour de fevrier 1573 » ; 16 Lettre de « CATERINE [DE MEDICIS]... à mon cousin monseigneur le duc de Montpensier,... gouverneur... en Bretaigne... Escript à St Liger, le IIe jour de mars 1573 » ; 17 Lettre du roi « CHARLES [IX]... à mon cousin le duc de Montpensier,... gouverneur... en mon pays et duché de Bretaigne... Escript à Paris, ce XVIIe jour de janvier 1573 » ; 18 Lettre de « HENRY [duc D'ANJOU]... à mon cousin le duc de Montpensier,... gouverneur et lieutenant general du roy monseigneur et frere en son pays et duché de Bretaigne... Escript au camp devant La Rochelle, le VIIe jour de juing 1573 » ; 19 Lettre de « HENRY [duc D'ANJOU]... à mon cousin monseigneur le duc de Montpensier,... gouverneur... en Bretaigne... Escript au camp devant La Rochelle, le XXIXme jour de may 1573 » ; 20 Lettre de GASPARD DE COLIGNY, Sr DE « CHASTILLON,... à madame... la duchesse de Ferrare,... De Chastillon, ce XIIIme de septembre 1566 » ; 21 Lettre de GASPARD DE COLIGNY, Sr DE « CHASTILLON », et de FRANÇOIS DE COLIGNY, Sr D'« ANDELOT,... à madame... la duchesse de Ferrare,... De Chastillon sur Loing, ce XXVIIIe de may 1563 » ; 22 Lettre d'ODET DE COLIGNY, « cardinal DE CHASTILLON,... à madame... la duchesse de Ferrare,... De Moulins, ce XXIIIIe jour de janvier 1566 » ; 23 « Memoriale ad S. R. Majestatem per dominum episcopum Valentinum ». En latin. Copie ; 24 « Comitive millitum in terris Podoliae equestres et pedestres quibus ex senatusconsulto Varschoviae in ellectione habito conscriptio designata erat per magnificum Do. Georgium Iazlowieczky de Buczacz, pallatinum Russiaeet exercituum regni capitaneum, a die 4 septembris 1573... ad diem 19 february 1574 », etc. En latin ; 25 Promesse du roi de Pologne de ne pas établir de nouvelles constitutions sans l'assentiment du pays. En latin. Copie ; 26 Mémoire en latin sur le couronnement du roi de Pologne et sur l'assemblée générale tenue à cette occasion. Copie ; 27 « Roole des soldats à cheval entretenus en la Podolie vers les Tartares ; aussy somaire d'aulcuns soldats tant à cheval que à pied entretenus aux frontieres de Silesie, Ongarie et duché de Cracovie et Lictuanye ». En latin ; 28 Discours de JACQUES LASKOWSKI sur les différentes parties de l'administration du royaume de Pologne. En latin ; 29 Copie d'un decret des ordres du royaume de Pologne en faveur de Jean Saborowski. « Datum in comitiis generalibus electionis novi regis sub Warschovia, ad villam Kamieci, die 14 maii, anno 1573 ». En latin ; 30 « Coppie de l'acte delivré de la protestation faicte par l'evesque de Posnanie » contre la formule du serment prêté à Paris par Henri, élu roi de Pologne. « Actum et datum Parisiis, die Jovis decima mensis septembris, anno... millesimo quingentesimo septuagesimo tertio ». En latin ; 31 Ordonnance faicte par le duc DE NEVERS pour la discipline des gens de guerre ; 32 Copie du serment d'obéissance prêté par les soldats suisses au roi Henri II et à son capitaine général ; 33 Requête adressée au roi par GILBERT DE LEVIS, duc DE « VANTADOUR » ; 34 « Estimation des chesnes faictes par Jacques Fournier, Me orphevre, à Paris », données par le roy Charles IX au « roy de Pologne », son frère; suivie d'une décharge donnée par « René de Villequier,... grant chambellan... du roy de Poloigne... à Evry, le VIIIme jour de novembre M.V.C. soixante treize » ; 35 « Registro di tutti li castelli delli confini di quanti soldati li sono hora et quanti li era inanti la tregua fatta... 1573 ». En italien ; 36 « Registro di tutti li castelli di Russia et quanti soldati gli e per ogni castello et quanti fiorini li va ogni doi quartalli ». En italien ; 37 « Registro di vile che tengono molti de le quale S. M. non ne a utile alcuno, e pol contentar tutti li capitani di Lithuania ». En italien ; 38 Mémoire, en italien, relatif à une entreprise contre les Turcs ; suivi d'une énumération des forces militaires de l'expédition ; 39 Lettre d'« ADAMO CONARSKI, vescovo di Posnania... a l'excellentissimo signor duca di Nivers,... Di Pszczcw, a li 25 di gennaro 1574 ». En italien ; 40 Lettre d' « il vescovo di Ploscha... all... signor duca di Nevers,... Da Pultovia, alli 29 di settembre 1574 ». En italien ; 41 Noms des palatinats de Pologne et de Lithuanie. En latin ; 42 « Certificat de mons. de Valance [JEAN DE MONTLUC, envoyé des rois de France et de Pologne], pour Jo. Zaborouski [prévôt de Sandomir]... Datum Warssoviae, 26 mensis maii, anno Domini M.D.LXXIII ». En latin ; 43 Mémoire sur le sel de Pologne. En latin ; 44 Observations sur un mémoire relatif à la conduite du roi de Pologne dans son gouvernement. En latin ; 45 Mémoire adressé au roi de Pologne sur la conduite à tenir dans son gouvernement. En latin ; 46 Formulaire pour les lettres à envoyer à l'archevêque de Gnesne et autres personnages de Pologne. En latin ; 47 Lettre du duc DE NEVERS au comte Tenchini. « Datum Lutetiae, 27a die martii 1575 ». En latin ; 48 Lettre de « HIERAUSME, conte DE ROSDRAZOW, prowost de Wratislawie... à monsieur... le duc de Nevers,... Donné le 17 de febvrier 1574 » ; 49 « Brevis descriptio status et dispositionis... Nyvernensium ducis ab anno 1573 ad 87 ». En latin ; 50 Copie inachevée d'un mémoire justificatif de la conduite de monsieur DE NEVERS au retour de Henri, roi de Pologne ; 51 « Machines, ustilz et choses necessaires pour les entreprises » de guerre ; 52 « Memoire pour les oultilz qu'il faut pour les mines et sappes » ; 53 Mémoire sur les « estoffes pour fondre le canon » ; 54 « Avis du duc DE ZEBARAZ » sur l'« adsistance des Polonoys et des Kosaques » dans la guerre contre les Turcs ; 55 Lettre d'ADAMO CONARSKI, « vescovo di Posnania... al... signor Ludovico Gonzaga, principe di Mantoa e ducca di Nivers,... Di Isbiza, XVIII settembre 1574 ». En italien ; 56 Lettre d'ADAMO CONARSKI, « vescovo di Posnania... al... signor Ludovico Gonzaga, principe di Mantoa, duca di Nivers,... Di Isbiza, XXIIII settembre 1574 ». En italien ; 57 Mémoire sur les comices de Varsovie. En latin ; 58 Lettre de « JOANNES BORNKOWSKI » et « JOANNES DEMETRIUS SOLIKOWSKI,... domino Ludovico Gonzaga, Nivernensium duci, Manthuae et Registensi principi... Cracovie, 21 aprilis 1574 ». En latin ; 59 Lettre de « JOANNES BORNKOWSKI » et « JOANNES DEMETRIUS SOLIKOWSKI,... domino Martino Masparaultio,... Cracovie, ex arce, 17 maii 1574 ». En latin ; 60 Lettre de « JOANNES ZABOROWSKI,... domino Ludowico, duci Nivernensium... Datum Cracoviae, octava maii, anno 1574 ». En latin ; 61 Lettre d'« OSVALDUS REDLING, rector... Datum Fuldae, quinto calendas januarii anno 1573 ». En latin ; 62 Lettre d'« HIERONIMUS ROZORAZOROSKII,... praepositus Plocensis... duci Nivernensi... Divioni, 8 februarii 1575 ». En latin ; 63 Lettre de « STANISLAUS CARXCOVIUS, episcopus Cujavie et Pomeranie... domino duci Ninvernensi,... Datum Volborio, VI die mensis decembris anno 1574 ». En latin ; 64 Lettre de « JOANNES BORNKOWSKI » et « JOANNES DEMETRIUS SOLIKOWSKI,... domino Ludovico Gonzaga, Nivernensium duci, Mantuae et Registensi principi... Datum Cracoviae, 18a maii 1574 ». En latin ; 65 Lettre d'ADAMO CONARSKI, « vescovo di Posnania ». En italien ; 66 Extrait des constitutions du palatinat de Lublin, de l'an 1569, sur la tenue des comices généraux du royaume de Pologne. En latin ; 67 « Copie de la negotiation faitte par LE BOURG en Constantinople pres le Grand Seigneur, l'an passé 1569 » ; 68 Capitulation proposée par le « sultam SELIN, filz de sultam SOLIMAN, roy », au roi Charles IX. « Escript en la ville et cité de Constantinople... l'an neuf cens soixante dix sept et de Christ mil V.C. soixante neuf au mois d'octobre. Traduction faicte à l'original... en langue arabique... par DOMINICO OLIVIERI,... truchement et interprette du roy en ladicte langue ». Copie ; 69 Lettre de « CARLO SODERINI,... al... signor duca di Nevers,... Di Lione, l'ultimo del anno [15]74 ». En italien

Computation and Analysis of Multiple Structural-Change Models

In a recent paper, Bai and Perron (1998) considered theoretical issues related to the limiting distribution of estimators and test statistics in the linear model with multiple structural changes. In this companion paper, we consider practical issues for the empirical applications of the procedures. We first address the problem of estimation of the break dates and present an efficient algorithm to obtain global minimizers of the sum of squared residuals. This algorithm is based on the principle of dynamic programming and requires at most least-squares operations of order O(T 2) for any number of breaks. Our method can be applied to both pure and partial structural-change models. Secondly, we consider the problem of forming confidence intervals for the break dates under various hypotheses about the structure of the data and the errors across segments. Third, we address the issue of testing for structural changes under very general conditions on the data and the errors. Fourth, we address the issue of estimating the number of breaks. We present simulation results pertaining to the behavior of the estimators and tests in finite samples. Finally, a few empirical applications are presented to illustrate the usefulness of the procedures. All methods discussed are implemented in a GAUSS program available upon request for non-profit academic use.

Methods to Estimate Dynamic Stochastic General Equilibrium Models

This paper employs the one-sector Real Business Cycle model as a testing ground for four different procedures to estimate Dynamic Stochastic General Equilibrium (DSGE) models. The procedures are: 1 ) Maximum Likelihood, with and without measurement errors and incorporating Bayesian priors, 2) Generalized Method of Moments, 3) Simulated Method of Moments, and 4) Indirect Inference. Monte Carlo analysis indicates that all procedures deliver reasonably good estimates under the null hypothesis. However, there are substantial differences in statistical and computational efficiency in the small samples currently available to estimate DSGE models. GMM and SMM appear to be more robust to misspecification than the alternative procedures. The implications of the stochastic singularity of DSGE models for each estimation method are fully discussed.

Developmental trajectories of body mass index in early childhood : an 8-year longitudinal study

Trajectoires développementales de l’IMC durant l’enfance: Une étude longitudinale sur 8 ans. Introduction : L’obésité infantile, origine de nombreux problèmes de santé, représente un grand défi en santé publique. Récemment, l’importance d’étudier l’évolution du surpoids durant l’enfance ainsi que les facteurs de risques précoces pour l’obésité a été reconnue. Les trajectoires développementales d’indice de masse corporelle (IMC) chez les jeunes représentent une approche innovatrice qui nous permet de mieux comprendre cette problématique importante. Objectifs: 1) Identifier des trajectoires développementales distinctes de groupes d’enfants selon leur IMC durant l’enfance, et 2) Explorer les facteurs de risques précoces qui prédisent l’appartenance de l’enfant à la trajectoire d’IMC le plus élevé Hypothèses: 1) On s’attend à retrouver un groupe d’enfants qui suit une trajectoire d’IMC élevée durant l’enfance. 2) On s’attend à ce que certaines caractéristiques de la mère (ex : tabac pendant la grossesse et IMC élevé), soient associées à l’appartenance de l’enfant au groupe ayant la trajectoire «IMC élevé ». Méthodes: Estimation des trajectoires développementales d’IMC d’enfants, dans un échantillon populationnel (n=1957) au Québec (ELDEQ). Les IMC ont été calculés à partir de données fournies par les mères des enfants et recueillis chaque année sur une durée de 8 ans. Des données propres à l’enfant sa mère, ainsi que socioéconomiques, ont étés recueillies. Une régression logistique multinomiale a été utilisée pour distinguer les enfants avec un IMC élevé des autres enfants, selon les facteurs de risques précoces. Les programmes PROC TRAJ (extension de SAS), SPSS (version 16), et SAS (version 9.1.3) ont été utilisés pour ces analyses. Résultats: Trois trajectoires d’IMC ont étés identifiées : IMC « bas-stable » (54,5%), IMC « modéré » (41,0%) et IMC « élevé et en hausse » (4,5%). Le groupe « élevé et en hausse » incluait des enfants pour qui l’IMC à 8 ans dépassait la valeur limite pour l’obésité. Les analyses de régression logistique ont révélé que deux facteurs de risques maternels étaient significativement associés avec la trajectoire “en hausse” par rapport aux deux autres groupes : le tabac durant la grossesse et le surpoids maternel. Conclusions: Des risques d’obésité infantile peuvent êtres identifiés dès la grossesse. Des études d’intervention sont requises pour identifier la possibilité de réduire le risque d’obésité chez l’enfant en ciblant le tabac et le surpoids maternelle durant la grossesse. Mots clés: Indice de masse corporelle (IMC), obésité infantile, trajectoires développementales de groupe, facteurs de risque précoce, étude populationnelle, tabac pendant la grossesse, obésité maternelle.

La Quatrième Croisade : analyse du traité de Venise

Ce mémoire porte sur le traité de Venise de 1201, passé entre les barons de la Quatrième Croisade et la république de Venise, pour l’affrètement d’une flotte incluant transport et vivres. L’étude du Traité est d’autant plus importante que, les croisés manquant à leurs obligations, cet accord eut un impact déterminant sur la suite de la Croisade, se plaçant ainsi au cœur de sa déviation vers Constantinople. Le mémoire analyse d’abord la nature et l’ampleur des engagements pris par Venise, en essayant de quantifier et de mesurer en termes économiques le nombre de bateaux et de croisés transportés, ainsi que le poids et le coût des provisions pour hommes et chevaux. Cette analyse, basée sur la comparaison avec des contrats analogues, prouve que la somme de 85 000 marcs d’argent convenue avec les barons n’était en rien exagérée. Parallèlement, le mémoire évalue ce que pouvait signifier, dans le contexte économique de l’époque, une telle somme, et tente d’identifier les raisons pour lesquelles les croisés furent dans l’impossibilité d’honorer leur part du contrat. Cette analyse montre que, contrairement à une certaine historiographie traditionnelle, il serait faux d’imputer aux Vénitiens la responsabilité du détournement de la Croisade ou de les taxer d’intransigeance, de cupidité, voire de duplicité. L’effort fourni par la République indique qu’elle mit tout en œuvre pour que l’entreprise fût une réussite. L’interruption du commerce, la construction de nombreux navires, la réquisition de milliers de marins pour manœuvrer la flotte et la logistique pour approvisionner des dizaines de milliers d’hommes témoignent toutes de l’ampleur de l’implication vénitienne. C’est le défaut de paiement des croisés, qui força le doge Henri Dandolo à se commettre plus avant encore, joignant irrémédiablement la fortune de la ville marchande à celle de l’expédition.

Évaluation et contrôle de l'irrégularité de la prise médicamenteuse : proposition et développement de stratégies rationnelles fondées sur une démarche de modélisations pharmacocinétiques et pharmacodynamiques

L'hétérogénéité de réponses dans un groupe de patients soumis à un même régime thérapeutique doit être réduite au cours d'un traitement ou d'un essai clinique. Deux approches sont habituellement utilisées pour atteindre cet objectif. L'une vise essentiellement à construire une observance active. Cette approche se veut interactive et fondée sur l'échange ``médecin-patient '', ``pharmacien-patient'' ou ``vétérinaire-éleveurs''. L'autre plutôt passive et basée sur les caractéristiques du médicament, vise à contrôler en amont cette irrégularité. L'objectif principal de cette thèse était de développer de nouvelles stratégies d'évaluation et de contrôle de l'impact de l'irrégularité de la prise du médicament sur l'issue thérapeutique. Plus spécifiquement, le premier volet de cette recherche consistait à proposer des algorithmes mathématiques permettant d'estimer efficacement l'effet des médicaments dans un contexte de variabilité interindividuelle de profils pharmacocinétiques (PK). Cette nouvelle méthode est fondée sur l'utilisation concommitante de données \textit{in vitro} et \textit{in vivo}. Il s'agit de quantifier l'efficience ( c-à-dire efficacité plus fluctuation de concentrations \textit{in vivo}) de chaque profil PK en incorporant dans les modèles actuels d'estimation de l'efficacité \textit{in vivo}, la fonction qui relie la concentration du médicament de façon \textit{in vitro} à l'effet pharmacodynamique. Comparativement aux approches traditionnelles, cette combinaison de fonction capte de manière explicite la fluctuation des concentrations plasmatiques \textit{in vivo} due à la fonction dynamique de prise médicamenteuse. De plus, elle soulève, à travers quelques exemples, des questions sur la pertinence de l'utilisation des indices statiques traditionnels ($C_{max}$, $AUC$, etc.) d'efficacité comme outil de contrôle de l'antibiorésistance. Le deuxième volet de ce travail de doctorat était d'estimer les meilleurs temps d'échantillonnage sanguin dans une thérapie collective initiée chez les porcs. Pour ce faire, nous avons développé un modèle du comportement alimentaire collectif qui a été par la suite couplé à un modèle classique PK. À l'aide de ce modèle combiné, il a été possible de générer un profil PK typique à chaque stratégie alimentaire particulière. Les données ainsi générées, ont été utilisées pour estimer les temps d'échantillonnage appropriés afin de réduire les incertitudes dues à l'irrégularité de la prise médicamenteuse dans l'estimation des paramètres PK et PD . Parmi les algorithmes proposés à cet effet, la méthode des médianes semble donner des temps d'échantillonnage convenables à la fois pour l'employé et pour les animaux. Enfin, le dernier volet du projet de recherche a consisté à proposer une approche rationnelle de caractérisation et de classification des médicaments selon leur capacité à tolérer des oublis sporadiques. Méthodologiquement, nous avons, à travers une analyse globale de sensibilité, quantifié la corrélation entre les paramètres PK/PD d'un médicament et l'effet d'irrégularité de la prise médicamenteuse. Cette approche a consisté à évaluer de façon concomitante l'influence de tous les paramètres PK/PD et à prendre en compte, par la même occasion, les relations complexes pouvant exister entre ces différents paramètres. Cette étude a été réalisée pour les inhibiteurs calciques qui sont des antihypertenseurs agissant selon un modèle indirect d'effet. En prenant en compte les valeurs des corrélations ainsi calculées, nous avons estimé et proposé un indice comparatif propre à chaque médicament. Cet indice est apte à caractériser et à classer les médicaments agissant par un même mécanisme pharmacodynamique en terme d'indulgence à des oublis de prises médicamenteuses. Il a été appliqué à quatre inhibiteurs calciques. Les résultats obtenus étaient en accord avec les données expérimentales, traduisant ainsi la pertinence et la robustesse de cette nouvelle approche. Les stratégies développées dans ce projet de doctorat sont essentiellement fondées sur l'analyse des relations complexes entre l'histoire de la prise médicamenteuse, la pharmacocinétique et la pharmacodynamique. De cette analyse, elles sont capables d'évaluer et de contrôler l'impact de l'irrégularité de la prise médicamenteuse avec une précision acceptable. De façon générale, les algorithmes qui sous-tendent ces démarches constitueront sans aucun doute, des outils efficients dans le suivi et le traitement des patients. En outre, ils contribueront à contrôler les effets néfastes de la non-observance au traitement par la mise au point de médicaments indulgents aux oublis

Approximation de la distribution a posteriori d'un modèle Gamma-Poisson hiérarchique à effets mixtes

La méthode que nous présentons pour modéliser des données dites de "comptage" ou données de Poisson est basée sur la procédure nommée Modélisation multi-niveau et interactive de la régression de Poisson (PRIMM) développée par Christiansen et Morris (1997). Dans la méthode PRIMM, la régression de Poisson ne comprend que des effets fixes tandis que notre modèle intègre en plus des effets aléatoires. De même que Christiansen et Morris (1997), le modèle étudié consiste à faire de l'inférence basée sur des approximations analytiques des distributions a posteriori des paramètres, évitant ainsi d'utiliser des méthodes computationnelles comme les méthodes de Monte Carlo par chaînes de Markov (MCMC). Les approximations sont basées sur la méthode de Laplace et la théorie asymptotique liée à l'approximation normale pour les lois a posteriori. L'estimation des paramètres de la régression de Poisson est faite par la maximisation de leur densité a posteriori via l'algorithme de Newton-Raphson. Cette étude détermine également les deux premiers moments a posteriori des paramètres de la loi de Poisson dont la distribution a posteriori de chacun d'eux est approximativement une loi gamma. Des applications sur deux exemples de données ont permis de vérifier que ce modèle peut être considéré dans une certaine mesure comme une généralisation de la méthode PRIMM. En effet, le modèle s'applique aussi bien aux données de Poisson non stratifiées qu'aux données stratifiées; et dans ce dernier cas, il comporte non seulement des effets fixes mais aussi des effets aléatoires liés aux strates. Enfin, le modèle est appliqué aux données relatives à plusieurs types d'effets indésirables observés chez les participants d'un essai clinique impliquant un vaccin quadrivalent contre la rougeole, les oreillons, la rub\'eole et la varicelle. La régression de Poisson comprend l'effet fixe correspondant à la variable traitement/contrôle, ainsi que des effets aléatoires liés aux systèmes biologiques du corps humain auxquels sont attribués les effets indésirables considérés.

Essays on numerically efficient inference in nonlinear and non-Gaussian state space models, and commodity market analysis.

The first two articles build procedures to simulate vector of univariate states and estimate parameters in nonlinear and non Gaussian state space models. We propose state space speci fications that offer more flexibility in modeling dynamic relationship with latent variables. Our procedures are extension of the HESSIAN method of McCausland[2012]. Thus, they use approximation of the posterior density of the vector of states that allow to : simulate directly from the state vector posterior distribution, to simulate the states vector in one bloc and jointly with the vector of parameters, and to not allow data augmentation. These properties allow to build posterior simulators with very high relative numerical efficiency. Generic, they open a new path in nonlinear and non Gaussian state space analysis with limited contribution of the modeler. The third article is an essay in commodity market analysis. Private firms coexist with farmers' cooperatives in commodity markets in subsaharan african countries. The private firms have the biggest market share while some theoretical models predict they disappearance once confronted to farmers cooperatives. Elsewhere, some empirical studies and observations link cooperative incidence in a region with interpersonal trust, and thus to farmers trust toward cooperatives. We propose a model that sustain these empirical facts. A model where the cooperative reputation is a leading factor determining the market equilibrium of a price competition between a cooperative and a private firm

Les modèles vectoriels et multiplicatifs avec erreurs non-négatives de séries chronologiques.

L'objectif du présent mémoire vise à présenter des modèles de séries chronologiques multivariés impliquant des vecteurs aléatoires dont chaque composante est non-négative. Nous considérons les modèles vMEM (modèles vectoriels et multiplicatifs avec erreurs non-négatives) présentés par Cipollini, Engle et Gallo (2006) et Cipollini et Gallo (2010). Ces modèles représentent une généralisation au cas multivarié des modèles MEM introduits par Engle (2002). Ces modèles trouvent notamment des applications avec les séries chronologiques financières. Les modèles vMEM permettent de modéliser des séries chronologiques impliquant des volumes d'actif, des durées, des variances conditionnelles, pour ne citer que ces applications. Il est également possible de faire une modélisation conjointe et d'étudier les dynamiques présentes entre les séries chronologiques formant le système étudié. Afin de modéliser des séries chronologiques multivariées à composantes non-négatives, plusieurs spécifications du terme d'erreur vectoriel ont été proposées dans la littérature. Une première approche consiste à considérer l'utilisation de vecteurs aléatoires dont la distribution du terme d'erreur est telle que chaque composante est non-négative. Cependant, trouver une distribution multivariée suffisamment souple définie sur le support positif est plutôt difficile, au moins avec les applications citées précédemment. Comme indiqué par Cipollini, Engle et Gallo (2006), un candidat possible est une distribution gamma multivariée, qui impose cependant des restrictions sévères sur les corrélations contemporaines entre les variables. Compte tenu que les possibilités sont limitées, une approche possible est d'utiliser la théorie des copules. Ainsi, selon cette approche, des distributions marginales (ou marges) peuvent être spécifiées, dont les distributions en cause ont des supports non-négatifs, et une fonction de copule permet de tenir compte de la dépendance entre les composantes. Une technique d'estimation possible est la méthode du maximum de vraisemblance. Une approche alternative est la méthode des moments généralisés (GMM). Cette dernière méthode présente l'avantage d'être semi-paramétrique dans le sens que contrairement à l'approche imposant une loi multivariée, il n'est pas nécessaire de spécifier une distribution multivariée pour le terme d'erreur. De manière générale, l'estimation des modèles vMEM est compliquée. Les algorithmes existants doivent tenir compte du grand nombre de paramètres et de la nature élaborée de la fonction de vraisemblance. Dans le cas de l'estimation par la méthode GMM, le système à résoudre nécessite également l'utilisation de solveurs pour systèmes non-linéaires. Dans ce mémoire, beaucoup d'énergies ont été consacrées à l'élaboration de code informatique (dans le langage R) pour estimer les différents paramètres du modèle. Dans le premier chapitre, nous définissons les processus stationnaires, les processus autorégressifs, les processus autorégressifs conditionnellement hétéroscédastiques (ARCH) et les processus ARCH généralisés (GARCH). Nous présentons aussi les modèles de durées ACD et les modèles MEM. Dans le deuxième chapitre, nous présentons la théorie des copules nécessaire pour notre travail, dans le cadre des modèles vectoriels et multiplicatifs avec erreurs non-négatives vMEM. Nous discutons également des méthodes possibles d'estimation. Dans le troisième chapitre, nous discutons les résultats des simulations pour plusieurs méthodes d'estimation. Dans le dernier chapitre, des applications sur des séries financières sont présentées. Le code R est fourni dans une annexe. Une conclusion complète ce mémoire.

The Double Pareto-Lognormal Distribution and its applications in actuarial science and finance

Le but de ce mémoire de maîtrise est de décrire les propriétés de la loi double Pareto-lognormale, de montrer comment on peut introduire des variables explicatives dans le modèle et de présenter son large potentiel d'applications dans le domaine de la science actuarielle et de la finance. Tout d'abord, nous donnons la définition de la loi double Pareto-lognormale et présentons certaines de ses propriétés basées sur les travaux de Reed et Jorgensen (2004). Les paramètres peuvent être estimés en utilisant la méthode des moments ou le maximum de vraisemblance. Ensuite, nous ajoutons une variable explicative à notre modèle. La procédure d'estimation des paramètres de ce mo-\\dèle est également discutée. Troisièmement, des applications numériques de notre modèle sont illustrées et quelques tests statistiques utiles sont effectués.

La production de thiols biogéniques par les microorganismes aquatiques

Les thiols à faible masse moléculaire (FMM) peuvent affecter la biodisponibilité du mercure et mener à une plus grande production de méthylmercure par les microorganismes méthylants. Les résultats d’une étude réalisée au sein de la matrice extracellulaire du périphyton de la zone littorale d’un lac des Laurentides ont démontré que les concentrations en thiols à FMM retrouvées dans cette matrice sont jusqu’à 1000 fois supérieures à celles de la colonne d’eau avoisinante. Ces thiols sont significativement corrélés à la chlorophylle a du périphyton, suggérant une production par les algues. Le mercure de la matrice extracellulaire, plus spécifiquement dans la fraction colloïdale mobile, est aussi corrélé aux thiols d’origine algale. Ces résultats suggèrent qu’une accumulation de thiols s’opère dans l’espace extracellulaire du périphyton et qu’ils peuvent favoriser le transfert du mercure vers les microorganismes produisant le méthylmercure. Les résultats d’une seconde étude menée sur les méthodes de préservation d’échantillons d’eau pour la conservation des thiols à FMM ont démontré que la température optimale d’entreposage était de -80 °C et que la lyophilisation menait à une sous-estimation des concentrations mesurées. Les taux de dégradation étaient plus rapides lors de la conservation à -20 °C et variables selon la chimie de l’eau utilisée et les espèces de thiols observées. Suivant ces résultats, nous proposons un cadre de recherche pour de futures études sur la spéciation du mercure dans le périphyton et nous suggérons des précautions lors de la manipulation et de la conservation des thiols à FMM d’échantillons naturels.

Développement d'une nouvelle méthode de caractérisation tissulaire basée sur l'élastographie ultrasonore : application pour le dépistage précoce du cancer du sein

Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez la femme. Il demeure la cause de mortalité la plus importante chez les femmes âgées entre 35 et 55 ans. Au Canada, plus de 20 000 nouveaux cas sont diagnostiqués chaque année. Les études scientifiques démontrent que l'espérance de vie est étroitement liée à la précocité du diagnostic. Les moyens de diagnostic actuels comme la mammographie, l'échographie et la biopsie comportent certaines limitations. Par exemple, la mammographie permet de diagnostiquer la présence d’une masse suspecte dans le sein, mais ne peut en déterminer la nature (bénigne ou maligne). Les techniques d’imagerie complémentaires comme l'échographie ou l'imagerie par résonance magnétique (IRM) sont alors utilisées en complément, mais elles sont limitées quant à la sensibilité et la spécificité de leur diagnostic, principalement chez les jeunes femmes (< 50 ans) ou celles ayant un parenchyme dense. Par conséquent, nombreuses sont celles qui doivent subir une biopsie alors que leur lésions sont bénignes. Quelques voies de recherche sont privilégiées depuis peu pour réduire l`incertitude du diagnostic par imagerie ultrasonore. Dans ce contexte, l’élastographie dynamique est prometteuse. Cette technique est inspirée du geste médical de palpation et est basée sur la détermination de la rigidité des tissus, sachant que les lésions en général sont plus rigides que le tissu sain environnant. Le principe de cette technique est de générer des ondes de cisaillement et d'en étudier la propagation de ces ondes afin de remonter aux propriétés mécaniques du milieu via un problème inverse préétabli. Cette thèse vise le développement d'une nouvelle méthode d'élastographie dynamique pour le dépistage précoce des lésions mammaires. L'un des principaux problèmes des techniques d'élastographie dynamiques en utilisant la force de radiation est la forte atténuation des ondes de cisaillement. Après quelques longueurs d'onde de propagation, les amplitudes de déplacement diminuent considérablement et leur suivi devient difficile voir impossible. Ce problème affecte grandement la caractérisation des tissus biologiques. En outre, ces techniques ne donnent que l'information sur l'élasticité tandis que des études récentes montrent que certaines lésions bénignes ont les mêmes élasticités que des lésions malignes ce qui affecte la spécificité de ces techniques et motive la quantification de d'autres paramètres mécaniques (e.g.la viscosité). Le premier objectif de cette thèse consiste à optimiser la pression de radiation acoustique afin de rehausser l'amplitude des déplacements générés. Pour ce faire, un modèle analytique de prédiction de la fréquence de génération de la force de radiation a été développé. Une fois validé in vitro, ce modèle a servi pour la prédiction des fréquences optimales pour la génération de la force de radiation dans d'autres expérimentations in vitro et ex vivo sur des échantillons de tissu mammaire obtenus après mastectomie totale. Dans la continuité de ces travaux, un prototype de sonde ultrasonore conçu pour la génération d'un type spécifique d'ondes de cisaillement appelé ''onde de torsion'' a été développé. Le but est d'utiliser la force de radiation optimisée afin de générer des ondes de cisaillement adaptatives, et de monter leur utilité dans l'amélioration de l'amplitude des déplacements. Contrairement aux techniques élastographiques classiques, ce prototype permet la génération des ondes de cisaillement selon des parcours adaptatifs (e.g. circulaire, elliptique,…etc.) dépendamment de la forme de la lésion. L’optimisation des dépôts énergétiques induit une meilleure réponse mécanique du tissu et améliore le rapport signal sur bruit pour une meilleure quantification des paramètres viscoélastiques. Il est aussi question de consolider davantage les travaux de recherches antérieurs par un appui expérimental, et de prouver que ce type particulier d'onde de torsion peut mettre en résonance des structures. Ce phénomène de résonance des structures permet de rehausser davantage le contraste de déplacement entre les masses suspectes et le milieu environnant pour une meilleure détection. Enfin, dans le cadre de la quantification des paramètres viscoélastiques des tissus, la dernière étape consiste à développer un modèle inverse basé sur la propagation des ondes de cisaillement adaptatives pour l'estimation des paramètres viscoélastiques. L'estimation des paramètres viscoélastiques se fait via la résolution d'un problème inverse intégré dans un modèle numérique éléments finis. La robustesse de ce modèle a été étudiée afin de déterminer ces limites d'utilisation. Les résultats obtenus par ce modèle sont comparés à d'autres résultats (mêmes échantillons) obtenus par des méthodes de référence (e.g. Rheospectris) afin d'estimer la précision de la méthode développée. La quantification des paramètres mécaniques des lésions permet d'améliorer la sensibilité et la spécificité du diagnostic. La caractérisation tissulaire permet aussi une meilleure identification du type de lésion (malin ou bénin) ainsi que son évolution. Cette technique aide grandement les cliniciens dans le choix et la planification d'une prise en charge adaptée.

Trois essais en macroéconomie

Les fluctuations économiques représentent les mouvements de la croissance économique. Celle-ci peut connaître des phases d'accélération (expansion) ou de ralentissement (récession), voire même de dépression si la baisse de production est persistente. Les fluctuations économiques sont liées aux écarts entre croissance effective et croissance potentielle. Elles peuvent s'expliquer par des chocs d'offre et demande, ainsi que par le cycle du crédit. Dans le premier cas, les conditions de la production se trouvent modifiées. C'est le cas lorsque le prix des facteurs de production (salaires, prix des matières premières) ou que des facteurs externes influençant le prix des produits (taux de change) évolue. Ainsi, une hausse du prix des facteurs de production provoque un choc négatif et ralentit la croissance. Ce ralentissement peut être également dû à un choc de demande négatif provoqué par une hausse du prix des produits causée par une appréciation de la devise, engendrant une diminution des exportations. Le deuxième cas concerne les variables financières et les actifs financiers. Ainsi, en période d'expansion, les agents économiques s'endettent et ont des comportements spéculatifs en réaction à des chocs d'offre ou demande anticipés. La valeur des titres et actifs financiers augmente, provoquant une bulle qui finit par éclater et provoquer un effondrement de la valeur des biens. Dès lors, l'activité économique ne peut plus être financée. C'est ce qui génère une récession, parfois profonde, comme lors de la récente crise financière. Cette thèse inclut trois essais sur les fluctuations macroéconomiques et les cycles économiques, plus précisément sur les thèmes décrit ci-dessus. Le premier chapitre s'intéresse aux anticipations sur la politique monétaire et sur la réaction des agents écononomiques face à ces anticipations. Une emphase particulière est mise sur la consommation de biens durables et l'endettement relié à ce type de consommation. Le deuxième chapitre aborde la question de l'influence des variations du taux de change sur la demande de travail dans le secteur manufacturier canadien. Finalement, le troisième chapitre s'intéresse aux retombées économiques, parfois négatives, du marché immobilier sur la consommation des ménages et aux répercussions sur le prix des actifs immobiliers et sur l'endettement des ménages d'anticipations infondées sur la demande dans le marché immobilier. Le premier chapitre, intitulé ``Monetary Policy News Shocks and Durable Consumption'', fournit une étude sur le lien entre les dépenses en biens durables et les chocs monétaires anticipés. Nous proposons et mettons en oeuvre une nouvelle approche pour identifier les chocs anticipés (nouvelles) de politique monétaire, en les identifiant de manière récursive à partir des résidus d’une règle de Taylor estimée à l’aide de données de sondage multi-horizon. Nous utilisons ensuite les chocs anticipés inférer dans un modèle autorégressif vectoriel structurel (ARVS). L’anticipation d’une politique de resserrement monétaire mène à une augmentation de la production, de la consommation de biens non-durables et durables, ainsi qu’à une augmentation du prix réel des biens durables. Bien que les chocs anticipés expliquent une part significative des variations de la production et de la consommation, leur impact est moindre que celui des chocs non-anticipés sur les fluctuations économiques. Finalement, nous menons une analyse théorique avec un modèle d’équilibre général dynamique stochastique (EGDS) avec biens durables et rigidités nominales. Les résultats indiquent que le modèle avec les prix des biens durables rigides peut reproduire la corrélation positive entre les fonctions de réponse de la consommation de biens non-durables et durables à un choc anticipé de politique monétaire trouvées à l’aide du ARVS. Le second chapitre s'intitule ``Exchange Rate Fluctuations and Labour Market Adjustments in Canadian Manufacturing Industries''. Dans ce chapitre, nous évaluons la sensibilité de l'emploi et des heures travaillées dans les industries manufacturières canadiennes aux variations du taux de change. L’analyse est basée sur un modèle dynamique de demande de travail et utilise l’approche en deux étapes pour l'estimation des relations de cointégration en données de panel. Nos données sont prises d’un panel de 20 industries manufacturières, provenant de la base de données KLEMS de Statistique Canada, et couvrent une longue période qui inclut deux cycles complets d’appréciation-dépréciation de la valeur du dollar canadien. Les effets nets de l'appréciation du dollar canadien se sont avérés statistiquement et économiquement significatifs et négatifs pour l'emploi et les heures travaillées, et ses effets sont plus prononcés dans les industries davantage exposées au commerce international. Finalement, le dernier chapitre s'intitule ``Housing Market Dynamics and Macroprudential Policy'', dans lequel nous étudions la relation statistique suggérant un lien collatéral entre le marché immobilier and le reste de l'économique et si ce lien est davantage entraîné par des facteurs de demandes ou d'offres. Nous suivons également la littérature sur les chocs anticipés et examinons un cyle d'expansion-récession peut survenir de façon endogène la suite d'anticipations non-réalisées d'une hausse de la demande de logements. À cette fin, nous construisons un modèle néo-Keynésien au sein duquel le pouvoir d’emprunt du partie des consommateurs est limité par la valeur de leur patrimoine immobilier. Nous estimons le modèle en utilisant une méthode Bayésienne avec des données canadiennes. Nous évaluons la capacité du modèle à capter les caractéristiques principales de la consommation et du prix des maisons. Finalement, nous effectuons une analyse pour déterminer dans quelle mesure l'introduction d'un ratio prêt-à-la-valeur contracyclique peut réduire l'endettement des ménages et les fluctuations du prix des maisons comparativement à une règle de politique monétaire répondant à l'inflation du prix des maisons. Nous trouvons une relation statistique suggérant un important lien collatéral entre le marché immobilier et le reste de l'économie, et ce lien s'explique principalement par des facteurs de demande. Nous constatons également que l'introduction de chocs anticipés peut générer un cycle d'expansion-récession du marché immobilier, la récession faisant suite aux attentes non-réalisées par rapport à la demande de logements. Enfin, notre étude suggère également qu'un ratio contracyclique de prêt-à-la-valeur est une politique utile pour réduire les retombées du marché du logement sur la consommation par l'intermédiaire de la valeur garantie.

World distribution of land cover changes, model in NetCDF format

The role of Pre- and Protohistoric anthropogenic land cover changes needs to be quantified i) to establish a baseline for comparison with current human impact on the environment and ii) to separate it from naturally occurring changes in our environment. Results are presented from the simple, adaptation-driven, spatially explicit Global Land Use and technological Evolution Simulator (GLUES) for pre-Bronze age demographic, technological and economic change. Using scaling parameters from the History Database of the Global Environment as well as GLUES-simulated population density and subsistence style, the land requirement for growing crops is estimated. The intrusion of cropland into potentially forested areas is translated into carbon loss due to deforestation with the dynamic global vegetation model VECODE. The land demand in important Prehistoric growth areas - converted from mostly forested areas - led to large-scale regional (country size) deforestation of up to 11% of the potential forest. In total, 29 Gt carbon were lost from global forests between 10 000 BC and 2000 BC and were replaced by crops; this value is consistent with other estimates of Prehistoric deforestation. The generation of realistic (agri-)cultural development trajectories at a regional resolution is a major strength of GLUES. Most of the pre-Bronze age deforestation is simulated in a broad farming belt from Central Europe via India to China. Regional carbon loss is, e.g., 5 Gt in Europe and the Mediterranean, 6 Gt on the Indian subcontinent, 18 Gt in East and Southeast Asia, or 2.3 Gt in subsaharan Africa.

Une évaluation de différentes techniques de cueillette de données relatives au modèle Callplan

Les gestionnaires des ventes peuvent se servir de modèles de décision pour répartir de façon optimale les ressources marketing entre les produits et territoires. Ces modèles sont des équations mathématiques qui représentent la façon dont les ventes réagissent aux efforts marketing et peuvent être calibrés à partir de données objectives ou subjectives. Little (1971) affirme que les données subjectives sont plus efficaces parce qu'elles contiennent toute l'expérience des gestionnaires. À partir des recommandations de Little, Lodish (1971) a développé le modèle CALLPLAN afin d'aider les gestionnaires à répartir le temps de visites des représentants entre les clients ou les produits, de façon à maximiser les profits de l'entreprise. Pour calibrer ce modèle, les utilisateurs doivent utiliser les cinq données suivantes : les ventes prévues si aucune visite n'est effectuée, les ventes prévues avec une réduction de 50% des visites actuellement effectuées, les ventes actuelles, les ventes prévues si le nombre de visites est augmenté de 50% et les ventes prévues en effectuant un nombre infiniment grand de visites. Nous avons constaté que les modèles de répartition se basent tous sur les mêmes données pour estimer les paramètres des fonctions de réponse des ventes et que la valeur de ces données n'a jamais été évaluée empiriquement. Cette étude visait donc à évaluer la valeur des données subjectives utilisées dans la procédure d'estimation des paramètres du modèle CALLPLAN. À l'aide de simulations de jugements sur ordinateur, nous avons vérifié si la procédure d'estimation, telle que proposée par Lodish, peut être améliorée. Nous avons trouvé en essayant différentes combinaisons de cinq points, qu'effectivement la combinaison de Lodish n'est pas la meilleure pour estimer adéquatement les paramètres du modèle CALLPLAN. Quand la fonction de réponse des ventes est à priori en forme de S, les points utilisés devraient être les suivants ; les ventes prévues si aucune visite n'est effectuée (min), les ventes actuelles, les ventes prévues si un nombre infiniment grand de visites est effectué (max), les ventes prévues avec le nombre de visites qui correspond au point d'inflexion (P.l.) de la fonction de réponse et les ventes prévues avec le nombre de visites qui correspond à la mi-distance du point d'inflexion et du niveau de ressource min. Quand la fonction de réponse est à priori concave, la combinaison de points utilisée devrait être ; les ventes prévues si aucune visite n'est effectuée, les ventes actuelles, les ventes prévues si un nombre infiniment grand de visites est effectué, les ventes prévues en réduisant au quart le nombre de visites actuellement effectué et les ventes prévues en diminuant de 50% le nombre de visite actuellement utilisé. Nous avons également observé que les jugements concernant les ventes minimales et les ventes maximales influencent grandement les estimés. Nous avons donc trouvé un moyen d'atténuer leur impact en calculant des estimés moyens générés par les jugements individuels d'un groupe déjugés.