Models and tools for value systems analysis in collaborative environments

Dissertation to obtain the degree of Doctor in Electrical and Computer Engineering, specialization of Collaborative Networks

Determination of microalgae cellular composition after phycoremediation of swine wastewaters.

Phycoremediation of swine wastewaters has been widely reported as an attractive tertiary treatment system, that effectively removes the excessive nutrient loadswhilst offering a valuable source of feedstock biomass. Digestate from an upflow anaerobic sludge blanket (UASB, 6%v/v) and a nitrification reactor (NR; 50% v/v) were used as culturing media to microalgae. Experiments were carried out in lab scale photobioreactors (PBRs) using a consortia of Chlorella and Scenedesmus. Ammonia (44 to 90%) and phosphorus (77%) were efficiently removed from both effluents tested after 4 days. Microalgae biomass harvested from the UASB effluent showed 57, 34 and 1% of proteins, carbohydrates and lipids, respectively. Comparatively, the cellular composition of microalgae grown on NR effluent had lower protein (43%) but higher carbohydrate (42%) contents. Negligible difference in lipid fraction was observed independently of the effluents tested. The results suggest that the biomass harvested from phycoremediation of swine wastewaters can offer a valuable protein and carbohydrate feedstock for nutritional and biotechnological applications.

Engineering modular viral scaffolds for targeted bacterial population editing

Bacteria are central to human health and disease, but existing tools to edit microbial consortia are limited. For example, broad-spectrum antibiotics are unable to precisely manipulate bacterial communities. Bacteriophages can provide highly specific targeting of bacteria, but assembling well-defined phage cocktails solely with natural phages can be a time-, labor- and cost-intensive process. Here, we present a synthetic biology strategy to modulate phage host ranges by engineering phage genomes in Saccharomyces cerevisiae. We used this technology to redirect Escherichia coli phage scaffolds to target pathogenic Yersinia and Klebsiella bacteria, and conversely, Klebsiella phage scaffolds to target E. coli by modular swapping of phage tail components. The synthetic phages achieved efficient killing of their new target bacteria and were used to selectively remove bacteria from multi-species bacterial communities with cocktails based on common viral scaffolds. We envision this approach accelerating phage biology studies and enabling new technologies for bacterial population editing.

Polymicrobial interactions in infections: the case Pseudomonas aeruginosa and Candida albicans in ventilator-associated pneumonia

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Biomédica (área de especialização em Engenharia Clinica)

Impact of Delftia tsuruhatensis and Achromobacter xylosoxidans on Escherichia coli dual-species biofilms treated with antibiotic agents

Recently it was demonstrated that for urinary tract infections species with a lower or unproven pathogenic potential, such as Delftia tsuruhatensis and Achromobacter xylosoxidans, might interact with conventional pathogenic agents such as Escherichia coli. Here, single- and dual-species biofilms of these microorganisms were characterized in terms of microbial composition over time, the average fitness of E. coli, the spatial organization and the biofilm antimicrobial profile. The results revealed a positive impact of these species on the fitness of E. coli and a greater tolerance to the antibiotic agents. In dual-species biofilms exposed to antibiotics, E. coli was able to dominate the microbial consortia in spite of being the most sensitive strain. This is the first study demonstrating the protective effect of less common species over E. coli under adverse conditions imposed by the use of antibiotic agents.

Influence of oxygen conditions on bacterial interactions within biofilms related with cystic fibrosis

Dissertação de mestrado em Bioengineering

From perfect strangers to research partners: a study of relationships, resource sharing and perceived benefits within R&D cooperation networks

Doctoral thesis in Marketing and Strategy.

Quality control and conduct of genome-wide association meta-analyses.

Rigorous organization and quality control (QC) are necessary to facilitate successful genome-wide association meta-analyses (GWAMAs) of statistics aggregated across multiple genome-wide association studies. This protocol provides guidelines for (i) organizational aspects of GWAMAs, and for (ii) QC at the study file level, the meta-level across studies and the meta-analysis output level. Real-world examples highlight issues experienced and solutions developed by the GIANT Consortium that has conducted meta-analyses including data from 125 studies comprising more than 330,000 individuals. We provide a general protocol for conducting GWAMAs and carrying out QC to minimize errors and to guarantee maximum use of the data. We also include details for the use of a powerful and flexible software package called EasyQC. Precise timings will be greatly influenced by consortium size. For consortia of comparable size to the GIANT Consortium, this protocol takes a minimum of about 10 months to complete.

Declaració sobre la crisi econòmica global i el seu impacte en les compres consorciades (19 de gener de 2009)

Redactada en nom dels molts consorcis de biblioteques de tot el món que participen a l'ICOLC, aquesta declaració té dos propòsits. Té la intenció d'ajudar als editors i altres proveïdors de contingut amb els quals tenim accés als recursos d'informació electrònica (d'ara en endavant simplement anomenats editors) a entendre millor com l'actual crisi econòmica única afecta a la comunitat de la informació de tot el món. El segon propòsit és suggerir un ventall de propostes que creiem són de benefici comú per a les biblioteques i els proveïdors de serveis d'informació.

Pautes revisades per mesurar estadísticament l'ús de recursos d'informació basats en web

L'ús de recursos d'informació electrònics de pagament continuarà creixent i en alguns casos es convertiran en els instruments principals o exclusius d’accés al contingut. L'entorn electrònic, com es posa de manifest a través del World Wide Web, ofereix una oportunitat de millorar la mesura de l'ús d'aquests recursos. En el terreny electrònic podem determinar acuradament a quina informació s'està accedint i quina informació s'utilitza. Sense infringir cap norma de privacitat o confidencialitat podem reforçar la nostra comprensió sobre l'ús de la informació de manera espectacular.

Pautes de privacitat pels proveïdors de recursos electrònics

Les biblioteques llicencien la informació electrònica en nom dels seus clients i administradors. L'accés a la majoria dels recursos electrònics disponibles a les biblioteques es proporciona a través del world wide web per mitjà de les interfícies dels navegadors. La ràpida evolució del world wide web, com el mecanisme més gran de distribució d'informació, ha fet del web una rica font d'informació per als proveïdors sobre els interessos, comportaments i hàbits dels usuaris. De vegades es dóna el cas de que aquest tipus d'informació és recollida durant la utilització d'un producte web sense el coneixement o permís de l'individu que està utilitzant el producte.

Declaració sobre la perspectiva actual i els usos preferits per a la selecció i adquisició de la informació electrònica. Actualització núm. 1: Nous desenvolupaments en la subscripció de revistes electròniques

Aquesta Declaració afegeix noves perspectives a la primera "Declaració sobre la perspectiva actual i els usos preferits per a la selecció i adquisició de la informació electrònica" de l'ICOLC ("Statement of Current Perspective and Preferred Practices for the Selection and Purchase of Electronic Information") http://www.library.yale.edu/consortiastatement.html. La declaració original ha influït en les polítiques adoptades per consorcis de biblioteques de tot el món, i encara és considerada com una expressió vàlida dels temes importants sobre el desenvolupament de l'accés a la immensa col· lecció de bases de dades electròniques, llibres i revistes disponibles actualment. Des de que la Declaració original va ser redactada el 1998, han sorgit nous desenvolupaments –particularment les que fan referència a revistes electròniques- que tenen el potencial d'estimular o bé de dificultar el creixement de l'accés. Aquesta actualització conté recomanacions en algunes de les àrees més importants d'aquests nous desenvolupaments.

Declaració sobre la perspectiva actual i els usos preferits per a la selecció i adquisició de la informació electrònica. Actualització núm. 2: Política de preus i economia

Cada cop més, els editors d'avui dia actuen a nivell global per proveïr informació electrònica, i és responsabilitat de les biblioteques actuar a nivell global per expressar les seves posicions al mercat pel que fa a les polítiques de preus i altres requisits i condicions relatius a l'adquisició d'informació publicada. Aquest document actualitza les declaracions anteriors de l'ICOLC sobre el context actual de la informació electrònica, el context que desitjem per al futur, i els usos preferits per tal que els consorcis de biblioteques i les seves biblioteques membre puguin assolir els resultats desitjats. En aquesta actualització general, emfatitzem els aspectes referents a l'economia i les polítiques de preus, que han estat una preocupació destacada des de les primeres trobades de l'ICOLC el 1996 i al llarg de les Declaracions que hem fet fins ara.

Declaración sobre la crisis económica global y su impacto en las compras consorciadas (19 de enero de 2009)

Redactada en nombre de los muchos consorcios de bibliotecas de todo el mundo que participan en ICOLC, esta declaración tiene dos propósitos. Tiene la intención de ayudar a los editores y otros proveedores de contenido con los cuales tenemos acceso a los recursos de información electrónica (de ahora en adelante simplemente llamados editores) a entender mejor cómo la actual crisis económica única afecta a la comunidad de la información de todo el mundo. El segundo propósito es sugerir un abanico de propuestas que creemos son de beneficio común para las bibliotecas y los proveedores de servicios de información.

Declaració sobre la crisi econòmica global i el seu impacte en les compres consorciades (14 de juny de 2010)

Redactada en nom dels molts consorcis de biblioteques de tot el món que participen a l'ICOLC, aquesta declaració té dos propòsits. Té la intenció d'ajudar als editors i altres proveïdors de contingut amb els quals tenim accés als recursos d'informació electrònica (d'ara en endavant simplement anomenats editors) a entendre millor com l'actual crisi econòmica única afecta a la comunitat de la informació de tot el món. El segon propòsit és suggerir un ventall de propostes que creiem són de benefici comú per a les biblioteques i els proveïdors de serveis d'informació.