Data integration from two microarray platforms identifies bi-allelic genetic inactivation of RIC8A in a breast cancer cell line

Background: Using array comparative genomic hybridization (aCGH), a large number of deleted genomic regions have been identified in human cancers. However, subsequent efforts to identify target genes selected for inactivation in these regions have often been challenging. Methods: We integrated here genome-wide copy number data with gene expression data and non-sense mediated mRNA decay rates in breast cancer cell lines to prioritize gene candidates that are likely to be tumour suppressor genes inactivated by bi-allelic genetic events. The candidates were sequenced to identify potential mutations. Results: This integrated genomic approach led to the identification of RIC8A at 11p15 as a putative candidate target gene for the genomic deletion in the ZR-75-1 breast cancer cell line. We identified a truncating mutation in this cell line, leading to loss of expression and rapid decay of the transcript. We screened 127 breast cancers for RIC8A mutations, but did not find any pathogenic mutations. No promoter hypermethylation in these tumours was detected either. However, analysis of gene expression data from breast tumours identified a small group of aggressive tumours that displayed low levels of RIC8A transcripts. qRT-PCR analysis of 38 breast tumours showed a strong association between low RIC8A expression and the presence of TP53 mutations (P = 0.006). Conclusion: We demonstrate a data integration strategy leading to the identification of RIC8A as a gene undergoing a classical double-hit genetic inactivation in a breast cancer cell line, as well as in vivo evidence of loss of RIC8A expression in a subgroup of aggressive TP53 mutant breast cancers.

Integrative functional genomics analysis of sustained polyploidy phenotypes in breast cancer cells identifies an oncogenic profile for GINS2

Aneuploidy is among the most obvious differences between normal and cancer cells. However, mechanisms contributing to development and maintenance of aneuploid cell growth are diverse and incompletely understood. Functional genomics analyses have shown that aneuploidy in cancer cells is correlated with diffuse gene expression signatures and that aneuploidy can arise by a variety of mechanisms, including cytokinesis failures, DNA endoreplication and possibly through polyploid intermediate states. Here, we used a novel cell spot microarray technique to identify genes with a loss-of-function effect inducing polyploidy and/or allowing maintenance of polyploid cell growth of breast cancer cells. Integrative genomics profiling of candidate genes highlighted GINS2 as a potential oncogene frequently overexpressed in clinical breast cancers as well as in several other cancer types. Multivariate analysis indicated GINS2 to be an independent prognostic factor for breast cancer outcome (p = 0.001). Suppression of GINS2 expression effectively inhibited breast cancer cell growth and induced polyploidy. In addition, protein level detection of nuclear GINS2 accurately distinguished actively proliferating cancer cells suggesting potential use as an operational biomarker.

Averting biodiversity collapse in tropical forest protected areas

The rapid disruption of tropical forests probably imperils global biodiversity more than any other contemporary phenomenon(1-3). With deforestation advancing quickly, protected areas are increasingly becoming final refuges for threatened species and natural ecosystem processes. However, many protected areas in the tropics are themselves vulnerable to human encroachment and other environmental stresses(4-9). As pressures mount, it is vital to know whether existing reserves can sustain their biodiversity. A critical constraint in addressing this question has been that data describing a broad array of biodiversity groups have been unavailable for a sufficiently large and representative sample of reserves. Here we present a uniquely comprehensive data set on changes over the past 20 to 30 years in 31 functional groups of species and 21 potential drivers of environmental change, for 60 protected areas stratified across the world's major tropical regions. Our analysis reveals great variation in reserve `health': about half of all reserves have been effective or performed passably, but the rest are experiencing an erosion of biodiversity that is often alarmingly widespread taxonomically and functionally. Habitat disruption, hunting and forest-product exploitation were the strongest predictors of declining reserve health. Crucially, environmental changes immediately outside reserves seemed nearly as important as those inside in determining their ecological fate, with changes inside reserves strongly mirroring those occurring around them. These findings suggest that tropical protected areas are often intimately linked ecologically to their surrounding habitats, and that a failure to stem broad-scale loss and degradation of such habitats could sharply increase the likelihood of serious biodiversity declines.

Status of the fisheries report - an update through 2006

(PDF contains 153 pages.)

Characterization and monitoring of temperature, chlorophyll, and light availability patterns in National Marine Sanctuary waters: final report

This project provides a framework for developing the capabilities of using satellite and related oceanographic and climatological data to improve environmental monitoring and characterization of physical, biological, and water quality parameters in the National Marine Sanctuaries (NMS). The project sought to: 1) assemble satellite imagery datasets in order to extract spatially explicit time series information on temperature, chlorophyll, and light availability for the Cordell Bank, Gulf of the Farallones, and Monterey Bay National Marine Sanctuaries. 2) perform preliminary analyses with these data in order to identify seasonal, annual, inter-annual, and event-driven patterns.

Efficiency of bycatch reduction devices in small otter trawls used in the Florida shrimp fishery

Two bycatch reduction devices (BRDs)—the extended mesh funnel (EMF) and the Florida fisheye (FFE)—were evaluated in otter trawls with net mouth circumferences of 14 m, 17 m, and 20 m and total net areas of 45 m2. Each test net was towed 20 times in parallel with a control net that had the same dimensions and configuration but no BRD. Both BRDs were tested at night during fall 1996 and winter 1997 in Tampa Bay, Florida. Usually, the bycatch was composed principally of finfish (44 species were captured); horseshoe crabs and blue crabs seasonally predominated in some trawls. Ten finfish species composed 92% of the total finfish catch; commercially or recreationally valuable species accounted for 7% of the catch. Mean finfish size in the BRD-equipped nets was usually slightly smaller than that in the control nets. Compared with the corresponding control nets, both biomass and number of finfish were almost always less in the BRD-equipped nets but neither shrimp number nor biomass were significantly reduced. The differences in proportions of both shrimp and finfish catch between the BRD-equipped and control nets varied between seasons and among net sizes, and differences in finfish catch were specific for each BRD type and season. In winter, shrimp catch was highest and size range of shrimp was greater than in fall. Season-specific differences in shrimp catch among the BRD types occurred only in the 14-m, EMF nets. Finfish bycatch species composition was also highly seasonal; each species was captured mainly during only one season. However, regardless of the finfish composition, the shrimp catch was relatively constant. In part as a result of this study, the State of Florida now requires the use of BRDs in state waters.

Visual Disobedience: The Geopolitics of Experimental Art in Central America, 1990-Present

This dissertation centers on the relationship between art and politics in postwar Central America as materialized in the specific issues of racial and gendered violence that derive from the region's geopolitical location and history. It argues that the decade of the 1990s marks a moment of change in the region's cultural infrastructure, both institutionally and conceptually, in which artists seek a new visual language of experimental art practices to articulate and conceptualize a critical understanding of place, experience and knowledge. It posits that visual and conceptual manifestations of violence in Central American performance, conceptual art and installation extend beyond a critique of the state, and beyond the scope of political parties in perpetuating violent circumstances in these countries. It argues that instead artists use experimental practices in art to locate manifestations of racial violence in an historical system of domination and as a legacy of colonialism still witnessed, lived, and learned by multiple subjectivities in the region. In this postwar period artists move beyond the cold-war rhetoric of the previous decades and instead root the current social and political injustices in what Aníbal Quijano calls the `coloniality of power.' Through an engagement of decolonial methodologies, this dissertation challenges the label "political art" in Central America and offers what I call "visual disobedience" as a response to the coloniality of seeing. I posit that visual colonization is yet another aspect of the coloniality of power and indispensable to projects of decolonization. It offers an analysis of various works to show how visual disobedience responds specifically to racial and gender violence and the equally violent colonization of visuality in Mesoamerica. Such geopolitical critiques through art unmask themes specific to life and identity in contemporary Central America, from indigenous genocide, femicide, transnational gangs, to mass imprisonments and a new wave of social cleansing. I propose that Central American artists--beyond an anti-colonial stance--are engaging in visual disobedience so as to construct decolonial epistemologies in art, through art, and as art as decolonial gestures for healing.

The effects of cryopreservation on testicular sperm nuclear DNA fragmentation and its relationship with assisted conception outcome following intracytoplasmic sperm injection

M.E.M. Thompson-Cree, Neil McClure, Eilish T. Donnelly, Kristine E. Steele and Sheena E.M. Lewis

Jagged/Notch signalling is required for a subset of TGFβ1 responses in human kidney epithelial cells.

The Jagged/Notch pathway has been implicated in TGFß1 responses in epithelial cells in diabetic nephropathy and other fibrotic conditions in vivo. Here, we identify that Jagged/Notch signalling is required for a subset of TGFß1-stimulated gene responses in human kidney epithelial cells in vitro. TGFß1 treatment of HK-2 and RPTEC cells for 24 h increased Jagged1 (a Notch ligand) and Hes1 (a Notch target) mRNA. This response was inhibited by co-incubation with Compound E, an inhibitor of ?-secretase (GSI), an enzyme required for Notch receptor cleavage and transcription regulation. In both cell types, TGFß1-responsive genes associated with epithelial–mesenchymal transition such as E-cadherin and vimentin were also affected by ?-secretase inhibition, but other TGFß1 targets such as connective tissue growth factor (CTGF) and thrombospondin-1 (THBS1) were not. TGFß1-induced changes in Jagged1 expression preceded EMT-associated gene changes, and co-incubation with GSI altered TGFß1-induced changes in cell shape and cytoskeleton. Transfection of cells with the activated, cleaved form of Notch (NICD) triggered decreased expression of E-cadherin in the absence of TGFß1, but did not affect a-smooth muscle actin expression, suggesting differential requirements for Notch signalling within the TGFß1-responsive gene subset. Increased Jagged1 expression upon TGFß1 exposure required Smad3 signalling, and was also regulated by PI3K and ERK. These data suggest that Jagged/Notch signalling is required for a subset of TGFß1-responsive genes, and that complex signalling pathways are involved in the crosstalk between TGFß1 and Notch cascades in kidney epithelia.


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Seven new loci associated with age-related macular degeneration

Age-related macular degeneration (AMD) is a common cause of blindness in older individuals. To accelerate the understanding of AMD biology and help design new therapies, we executed a collaborative genome-wide association study, including >17,100 advanced AMD cases and >60,000 controls of European and Asian ancestry. We identified 19 loci associated at P <5 × 10(-8). These loci show enrichment for genes involved in the regulation of complement activity, lipid metabolism, extracellular matrix remodeling and angiogenesis. Our results include seven loci with associations reaching P <5 × 10(-8) for the first time, near the genes COL8A1-FILIP1L, IER3-DDR1, SLC16A8, TGFBR1, RAD51B, ADAMTS9 and B3GALTL. A genetic risk score combining SNP genotypes from all loci showed similar ability to distinguish cases and controls in all samples examined. Our findings provide new directions for biological, genetic and therapeutic studies of AMD.

The lipopolysaccharide core of Brucella abortus acts as a shield against innate immunity recognition

Innate immunity recognizes bacterial molecules bearing pathogen-associated molecular patterns to launch inflammatory responses leading to the activation of adaptive immunity. However, the lipopolysaccharide (LPS) of the gram-negative bacterium Brucella lacks a marked pathogen-associated molecular pattern, and it has been postulated that this delays the development of immunity, creating a gap that is critical for the bacterium to reach the intracellular replicative niche. We found that a B. abortus mutant in the wadC gene displayed a disrupted LPS core while keeping both the LPS O-polysaccharide and lipid A. In mice, the wadC mutant induced proinflammatory responses and was attenuated. In addition, it was sensitive to killing by non-immune serum and bactericidal peptides and did not multiply in dendritic cells being targeted to lysosomal compartments. In contrast to wild type B. abortus, the wadC mutant induced dendritic cell maturation and secretion of pro-inflammatory cytokines. All these properties were reproduced by the wadC mutant purified LPS in a TLR4-dependent manner. Moreover, the core-mutated LPS displayed an increased binding to MD-2, the TLR4 co-receptor leading to subsequent increase in intracellular signaling. Here we show that Brucella escapes recognition in early stages of infection by expressing a shield against recognition by innate immunity in its LPS core and identify a novel virulence mechanism in intracellular pathogenic gram-negative bacteria. These results also encourage for an improvement in the generation of novel bacterial vaccines.

GWAS identifies an NAT2 acetylator status tag single nucleotide polymorphism to be a major locus for skin fluorescence

Skin fluorescence (SF) is a non-invasive marker of AGEs and is associated with the long-term complications of diabetes. SF increases with age and is also greater among individuals with diabetes. A familial correlation of SF suggests that genetics may play a role. We therefore performed parallel genome-wide association studies of SF in two cohorts.

L'agencement des relations père-enfant et mère-enfant : liens avec le développement social d'enfants d'âge préscolaire de familles nucléaires

Ce mémoire s'intéresse à l'agencement des relations qu'un enfant maintient avec ses deux parents et à leurs effets sur le développement social de l'enfant. Plus spécifiquement, ce mémoire explore les relations d'attachement et d'activation. Si le premier terme ferait traditionnellement référence à la relation spécifique entre une mère et son enfant, l'activation concernerait plutôt, selon certains auteurs, la relation entre un père et son enfant. Les psychoéducatrices et psychoéducateurs sont très souvent appelés à soutenir les personnes sur le plan de leur développement social. L'une des fondations cruciales du développement de la socialité serait la première relation créée et maintenue entre un enfant et son premier donneur de soins : la relation d'attachement. En effet, la relation d'attachement, selon la définition classique, référerait davantage à la relation spécifique que les enfants maintiendraient généralement avec leur mère. La façon dont l'enfant entrera ultérieurement en contact avec les personnes de son environnement pourrait être calquée sur cette première relation. Si, au départ, on s'intéressait davantage à l'attachement mère-enfant, plusieurs études ont tenté d'intégrer le père au modèle classique de l'attachement. Il semble que les pères s'intégreraient plus difficilement à ce modèle classique. Certains l'expliquent en faisant valoir que les prémisses théoriques de l'attachement se seraient plutôt concentrées sur la dimension simplement sécuritaire qui serait plus adaptée pour les mères. Les pères auraient un mode d'entrée en relation avec leurs enfants qui serait beaucoup plus dynamique, caractérisé par des jeux physiques chaleureux, mais où les limites seraient clairement définies par l'autorité du parent. Ce type de relation s'appelle la relation d'activation. La relation d'activation favoriserait chez l'enfant la persévérance et l'autorégulation face à l'exploration sécuritaire de son environnement, et par le fait même, constituerait le pendant exploratoire de la relation d'attachement. Des études ont déjà montré les liens de la relation d'activation avec le développement social de l'enfant. Si le cadre théorique de l'activation a été pensé en fonction du père, il reste encore à savoir si la mère peut aussi prendre sa place dans cette relation dynamisante. Alors qu'au Québec, l'organisation des rôles familiaux est en constante évolution, il convient de bien comprendre d'abord les agencements relationnels de la famille nucléaire afin d'éventuellement outiller les parents de familles d'autres types. Pour explorer les mécanismes relationnels, une recension des écrits systématique a été réalisée. L'un des constats les plus intéressants de cette recension est l'absence d'études ayant étudié l'activation et le développement social auprès des enfants de plus de 36 mois. De plus, les deux types de relations (attachement et activation) n'ont pas été vérifiés chez les deux parents d'une famille nucléaire. Un dernier constat concerne enfin les instruments utiliser pour mesurer le construit de la sécurité d'attachement : il semble que, selon l'outil choisi et le type de variable utilisé, les constats réalisés sur la sécurité d'attachement diffèrent. Afin de répondre à cette lacune, le présent projet propose une avenue novatrice, à titre exploratoire : vérifier l'agencement des relations d'activation et d'attachement dans une triade familiale (un enfant et ses deux parents biologiques), et son lien avec le développement social de l'enfant. Étant donné les ressources limitées, seulement cinq cas ont été recrutés. Des données ont été collectées par observation directe et indirecte, selon un devis transversal. Puis les données ont été analysées d'abord de façon descriptive. Quelques analyses corrélationnelles ont toutefois été réalisées à titre exploratoire. Malgré l'impossibilité de généraliser les résultats de cette étude, ces derniers présentent plusieurs points similaires à la littérature scientifique. Le constat le plus évident est le lien entre les problèmes d'activation et les difficultés de comportements internalisés qui ont aussi été documentés dans la littérature scientifique. Ce projet consolide l'intérêt de s'intéresser aux deux dimensions de la relation parent-enfant, tant en recherche que sur le plan de l'évaluation psychosociale de l'enfant.

Twelfth Annual Concerto Competition, November 18, 2002

Concert program for Twelfth Annual Concerto Competition, November 18, 2002

L'effet de l'allongement de la durée des conventions collectives sur les relations du travail locales en entreprise

Cette recherche s’intéresse au phénomène qu’est l’allongement de la durée des conventions collectives. Avant juin 1994, la durée maximale d’une convention collective était fixée à trois ans. La venue de la mondialisation a chamboulé les entreprises qui, elles, pour s’adapter et survivre à cette nouvelle réalité et demeurer compétitives, ont dû procéder à des investissements majeurs, des restructurations, miser sur des relations de partenariat avec les syndicats, etc. (Boivin, 1998). Pour ce faire, elles devaient s’assurer d’obtenir une stabilité et une paix industrielle (Grant et Paquet, 1998). C’est à ce moment que nous avons vu l’apparition d’ententes qui visaient à prolonger la durée maximale des conventions collectives, fixées à trois ans, sans contrevenir aux différentes dispositions du Code du travail (L.R.Q. c.C-27). Ces « contrats sociaux » devaient compter différentes caractéristiques particulières. C’est le 10 mai 1994 que le législateur québécois a déplafonné la durée des conventions collectives (Mayer, 1999). Tel qu’établi, les transformations au niveau de l’environnement ont poussé les acteurs à revoir leurs façons de faire. Cela a mené à une déconflictualisation des relations du travail (Jalette, Bourque et Laroche, 2008). Les acteurs ont adopté des stratégies de négociation de plus en plus coopératives, ils ont eu un recours accru à la concertation, et ont développé une relation de partenariat (Maschino et coll., 2001). Nous observons en parallèle à une tendance à l’allongement de la durée des conventions collectives. Nous nous questionnons à savoir ce qui a principalement motivé autant les syndicats à négocier ce type d’entente et ainsi, renoncer à leur droit de grève, et aussi quels sont les avantages ou inconvénients pour les employeurs de négocier de telles ententes. De manière plus spécifique, notre question de recherche est la suivante : Quels sont les effets de l’allongement de la durée des conventions collectives sur les relations du travail locales en entreprise? Notre analyse vise à vérifier six propositions de recherche : 1- Les relations du travail sont transformées par la durée d’une convention collective de travail, laquelle est influencée par l’environnement. 2- L’allongement de la durée des conventions collectives de travail amène les parties à davantage recourir à des stratégies de négociation intégrative. 3- L’allongement de la durée des conventions collectives de travail contribue à diminuer le nombre de conflits de travail 4- L’allongement de la durée des conventions collectives de travail change la nature des manifestations du conflit sur le marché du travail. 5- L’allongement de la durée des conventions collectives transforme le contenu des conventions collectives de travail par l’intégration de clauses nouvelles. 6- L’allongement de la durée des CCT diminue le rapport de force du syndicat. Dans le but de répondre à ces différents questionnements, nous avons utilisé une méthodologie qualitative de recherche et plus précisément, l’étude de cas. Cette dernière fut conduite en trois étapes : la préparation, la collecte de données et l’interprétation (Merriam, 1998). Les données de notre étude ont été colligées durant l’été et l’automne 2010. Tout d’abord, nous avons effectué des entretiens semi structuré à l’aide d’une grille d’entrevue. Cette grille d’entrevue fut adaptée en fonction des acteurs rencontrés, et surtout de la partie qu’ils représentent. Nous avons interrogé les acteurs tant patronaux que syndicaux, c’est-à-dire : du côté patronal, nous avons rencontré les responsables des relations du travail oeuvrant au siège social ainsi que les conseillers en relations du travail en charge de négocier ou d’appliquer la convention collective des différents établissements couverts par l’étude. Du côté syndical, nous avons rencontré les conseillers syndicaux en charge également de négocier la convention collective et de veiller à son application. Au total, nous avons mené onze entretiens. En guise de comparaison, nous avons aussi procédé à une analyse de contenu de 139 conventions collectives du secteur de l’alimentation. Nous cherchions à savoir si les conventions collectives de longue durée avaient tendance à comporter majoritairement une plus grande présence de clauses en lien avec les 7 caractéristiques des « contrats sociaux » mentionnées par Mayer (1999). Ces caractéristiques sont les suivantes : transparence économique et de gestion, participation à la gestion, programme de qualité totale, formation, flexibilité dans l’organisation du travail, stabilité de l’emploi et mécanismes de gestion de l’entente. Mots clés : allongement, durée, conventions collectives, relations du travail, loi 116, déplafonnement des conventions collectives, NBI et concertation.