Novel Primate-Specific Genes, RMEL 1, 2 and 3, with Highly Restricted Expression in Melanoma, Assessed by New Data Mining Tool

Melanoma is a highly aggressive and therapy resistant tumor for which the identification of specific markers and therapeutic targets is highly desirable. We describe here the development and use of a bioinformatic pipeline tool, made publicly available under the name of EST2TSE, for the in silico detection of candidate genes with tissue-specific expression. Using this tool we mined the human EST (Expressed Sequence Tag) database for sequences derived exclusively from melanoma. We found 29 UniGene clusters of multiple ESTs with the potential to predict novel genes with melanoma-specific expression. Using a diverse panel of human tissues and cell lines, we validated the expression of a subset of three previously uncharacterized genes (clusters Hs.295012, Hs.518391, and Hs.559350) to be highly restricted to melanoma/melanocytes and named them RMEL1, 2 and 3, respectively. Expression analysis in nevi, primary melanomas, and metastatic melanomas revealed RMEL1 as a novel melanocytic lineage-specific gene up-regulated during melanoma development. RMEL2 expression was restricted to melanoma tissues and glioblastoma. RMEL3 showed strong up-regulation in nevi and was lost in metastatic tumors. Interestingly, we found correlations of RMEL2 and RMEL3 expression with improved patient outcome, suggesting tumor and/or metastasis suppressor functions for these genes. The three genes are composed of multiple exons and map to 2q12.2, 1q25.3, and 5q11.2, respectively. They are well conserved throughout primates, but not other genomes, and were predicted as having no coding potential, although primate-conserved and human-specific short ORFs could be found. Hairpin RNA secondary structures were also predicted. Concluding, this work offers new melanoma-specific genes for future validation as prognostic markers or as targets for the development of therapeutic strategies to treat melanoma.

A fieldbus simulator for training purposes

This article presents a fieldbus simulation platform and its remote access interface that enables a wide range of experiments, where users can configure operation sequences and procedures typical of Foundation Fieldbus systems. The simulation system was developed using LabVIEW, with requisites of deterministic execution, and a course management work frame web server called Moodle. The results were obtained through three different evaluations: schedule table execution, simulator functionality and finally, simulator productivity and achievement. The evaluation attests that this new tool is feasible, and can be applied for fieldbus automation systems training purposes, considering the robustness and stability in tests and the positive feedback from users. (C) 2008 ISA. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Gestão e monitorização de uma rede departamental: um caso de estudo

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

A remote engineering solution for automating a roller hearth kiln

Remote engineering (also known as online engineering) may be defined as a combination of control engineering and telematics. In this area, specific activities require computacional skills in order to develop projects where electrical devives are monitored and / or controlled, in an intercative way, through a distributed network (e.g. Intranet or Internet). In our specific case, we will be dealing with an industrial plant. Within the last few years, there has been an increase in the number of activities related to remote engineering, which may be connected to the phenomenon of the large extension experienced by the Internet (e.g. bandwith, number of users, development tools, etc.). This increase opens new and future possibilities to the implementation of advance teleworking (or e-working) positions. In this paper we present the architecture for a remote application, accessible through the Internet, able to monitor and control a roller hearth kiln, used in a ceramics industry for firing materials. The proposed architecture is based on a micro web server, whose main function is to monitor and control the firing process, by reading the data from a series of temperature sensors and by controlling a series of electronic valves and servo motors. This solution is also intended to be a low-cost alternative to other potential solutions. The temperature readings are obtained through K-type thermopairs and the gas flow is controlled through electrovalves. As the firing process should not be stopped before its complete end, the system is equipped with a safety device for that specific purpose. For better understanding the system to be automated and its operation we decided to develop a scale model (100:1) and experiment on it the devised solution, based on a Micro Web Server.

Remote experimentation: integrating research, education, and industrial application

This paper presents a low-cost scaled model of a silo for drying and airing cereal grains. It allows the control and monitor of several parameters associated to the silo's operation, through a remote accessible infrastructure. The scaled model consists of a 2.50 m wide × 2.10 m long plant with all control and monitor capacities provided by micro-Web servers. An application running on the micro-Web servers enables storing all parameters in a data basis for later analysis. The implemented model aims to support a remote experimentation facility for technological education, research-oriented tutorials, and industrial applications. Given the low-cost requirement, this remote facility can be easily replicated in other institutions to support a network of remote labs, which encompasses the concurrent access of several users (e.g. students).

Interface IP-KNX para um sistema de controlo domótico

São vários os factores sociais e económicos que valorizam a aplicação de tecnologias de domótica em edifícios. No caso particular dos edifícios residenciais, a tendência dos seus utilizadores é a instalação de sistemas de controlo da segurança, do ambiente, de mecanismos de rega e de alarmes. Assim, seguindo a premissa do marketing, que identifica como uma boa prática a projecção de produtos / serviços que satisfaçam as necessidades inventariadas pelos seus utilizadores, este trabalho assenta na criação de um sistema domótico, controlado remotamente através de uma aplicação Android, que pretende, numa primeira instância, o controlo das lâmpadas de uma habitação. Neste trabalho é utilizado o protocolo KNX.TP para a comunicação dos dispositivos de domótica existentes no ISEP, que constituem o ambiente domótico deste trabalho. De forma a implementar o controlo remoto destes dispositivos via internet, este trabalho foca-se no desenvolvimento de uma interface IP-KNX, usando como hardware de controlo, um Arduino Mega 2560, uma placa de interface Ethernet para Arduino, a placa de integração KNX, e um servidor web com a linguagem PHP instalada. Para efeitos de demonstração, foi criada uma aplicação para o SO Android que controla as lâmpadas da rede KNX. Neste trabalho foram utilizadas várias linguagens de programação: C++ no firmware do Arduino, PHP no servidor web e JAVA + XML na aplicação Android.

Consumo inteligente de energia elétrica

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia de Redes de Comunicação e Multimédia

Protótipo Eurobolso

O projeto idealizado para a realização da presente tese de mestrado tem como finalidade o desenvolvimento de uma aplicação móvel para o sistema Android. Esta aplicação permitirá que, através da passagem do dispositivo móvel por um leitor NFC, seja possível realizar apostas no jogo Euromilhões da Santa Casa, onde os dados ficam gravados numa conta associada a cada jogador. Esta aplicação terá ainda muitas outras funcionalidades que permitirão criar chaves de jogo, gerir o cartão individual de cada jogador, consultar os prémios e outras informações do jogo. A realização deste projeto está dividida em três fases. A primeira fase consistiu na aquisição de todo o material necessário e estabelecimento da comunicação entre o dispositivo móvel e o desktop, por intermédio da tecnologia NFC. A segunda fase centrou-se no desenvolvimento da aplicação móvel e do servidor web, onde foram integradas as várias funcionalidades. Estabeleceu-se também a comunicação entre estes dois sistemas. Na terceira e última fase, foi realizada a criação da aplicação desktop, capaz de interagir por intermédio da tecnologia NFC, com a aplicação móvel, possibilitando a comunicação entre os dois sistemas.

Sistema de localização de veículos para smartphone android

Atualmente os sistemas Automatic Vehicle Location (AVL) fazem parte do dia-a-dia de muitas empresas. Esta tecnologia tem evoluído significativamente ao longo da última década, tornando-se mais acessível e fácil de utilizar. Este trabalho consiste no desenvolvimento de um sistema de localização de veículos para smartphone Android. Para tal, foram desenvolvidas duas aplicações: uma aplicação de localização para smarphone Android e uma aplicação WEB de monitorização. A aplicação de localização permite a recolha de dados de localização GPS e estabelecer uma rede piconet Bluetooth, admitindo assim a comunicação simultânea com a unidade de controlo de um veículo (ECU) através de um adaptador OBDII/Bluetooth e com até sete sensores/dispositivos Bluetooth que podem ser instalados no veículo. Os dados recolhidos pela aplicação Android são enviados periodicamente (intervalo de tempo definido pelo utilizador) para um servidor Web No que diz respeito à aplicação WEB desenvolvida, esta permite a um gestor de frota efetuar a monitorização dos veículos em circulação/registados no sistema, podendo visualizar a posição geográfica dos mesmos num mapa interativo (Google Maps), dados do veículo (OBDII) e sensores/dispositivos Bluetooth para cada localização enviada pela aplicação Android. O sistema desenvolvido funciona tal como esperado. A aplicação Android foi testada inúmeras vezes e a diferentes velocidades do veículo, podendo inclusive funcionar em dois modos distintos: data logger e data pusher, consoante o estado da ligação à Internet do smartphone. Os sistemas de localização baseados em smartphone possuem vantagens relativamente aos sistemas convencionais, nomeadamente a portabilidade, facilidade de instalação e baixo custo.

Comunicação Android com câmaras ONVIF e gestão de Perfis de Media

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia de Telecomunicações e Informática

MyHits: a new interactive resource for protein annotation and domain identification.

The MyHits web server (http://myhits.isb-sib.ch) is a new integrated service dedicated to the annotation of protein sequences and to the analysis of their domains and signatures. Guest users can use the system anonymously, with full access to (i) standard bioinformatics programs (e.g. PSI-BLAST, ClustalW, T-Coffee, Jalview); (ii) a large number of protein sequence databases, including standard (Swiss-Prot, TrEMBL) and locally developed databases (splice variants); (iii) databases of protein motifs (Prosite, Interpro); (iv) a precomputed list of matches ('hits') between the sequence and motif databases. All databases are updated on a weekly basis and the hit list is kept up to date incrementally. The MyHits server also includes a new collection of tools to generate graphical representations of pairwise and multiple sequence alignments including their annotated features. Free registration enables users to upload their own sequences and motifs to private databases. These are then made available through the same web interface and the same set of analytical tools. Registered users can manage their own sequences and annotations using only web tools and freeze their data in their private database for publication purposes.

WebServer 2.0 : motor de integración

En la empresa Unit4 se dispone de un Web Server codificado en Visual Basic que ha quedado desfasado y obsoleto de forma que lo que se desea es migrarlo a un lenguaje de programación actual y potente y eliminar restricciones de software que tiene ahora, además de mejorar el rendimiento. Este proyecto se refiere al desarrollo de este nuevo servidor.

Fifteen years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: life science databases, tools and support.

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics (www.isb-sib.ch) was created in 1998 as an institution to foster excellence in bioinformatics. It is renowned worldwide for its databases and software tools, such as UniProtKB/Swiss-Prot, PROSITE, SWISS-MODEL, STRING, etc, that are all accessible on ExPASy.org, SIB's Bioinformatics Resource Portal. This article provides an overview of the scientific and training resources SIB has consistently been offering to the life science community for more than 15 years.

Bioinformàtica : comparació de genomes d'eucariota

La cerca de similituds als codis genètics de dos espècies, ens permet obtenir molta informació de la evolució dels seus genomes. Aquesta informació afavoreix el descobriment de gens que es conserven amb la mateixa funcionalitat a diferents espècies. També té importants aplicacions mèdiques i ens permet entendre els processos evolutius que han portat a la diversitat d'espècies de l'actualitat. El present treball té l'objectiu d'automatitzar una sèrie de processos d'un servidor d'aplicacions web: http://platypus.uab.cat, que realitzin de forma òptima i eficient, la comparació dels genomes eucariotes, tots amb tots, conforme aquests genomes siguin seqüenciats. Així aquestes comparacions entre genomes de organismes superiors podran ser consultades via web.

Disseny i implementació d'un sistema per a gestionar la postvenda d'electrodomèstics

Treball centrat en el disseny i implementació d'una base de dades relacional (BD) per a la gestió d'incidències d'electrodomèstics, atenent als requeriments inicialment establerts. Inclou els procediments emmagatzemats, els sistema de diari (log). També es crea un magatzem de dades (DWH) i el procés d'extracció, transformació i càrrega (ETL) entre la BD i el DWH. Finalment es creen unes consultes específiques del DWH i una interfície HTML per a realitzar-les des d'un navegador i un servidor web.