Optimisation d'une approche pour l'analyse de l'expression de gènes au niveau unicellulaire chez des sous-populations spécialisées de lymphocytes T CD4+ humaines

Chez les patients cancéreux, les cellules malignes sont souvent reconnues et détruites par les cellules T cytotoxiques du patient. C'est pourquoi, depuis plusieurs années, des recherches visent à produire des vaccins sensibilisant les cellules de l'immunité adaptative, afin de prévenir certains cancers. Bien que les vaccins ciblant les cellules T CD8+ (cytotoxiques) ont une efficacité in-vitro élevée, un vaccin pouvant cibler les cellules T CD8+ et CD4+ aurait une plus grande efficacité (1-3). En effet, les cellules T helper (CD4+) favorisent la production et la maintenance des cellules T CD8+ mémoires à longue durée de vie. Il existe un grand nombre de sous-types de cellules T CD4+ et leur action envers les cellules cancéreuses est différente. Par exemple, les lymphocytes Treg ont une activité pro-tumorale importante (4) et les lymphocytes Th1 ont une activité anti-tumorale (5). Cependant, le taux naturel des différents sous-types de cellules T CD4+ spécifiques aux antigènes tumoraux est variable. De plus, une certaine flexibilité des différents sous-types de cellules T CD4+ a été récemment démontrée (6). Celle-ci pourrait être ciblée par des protocoles de vaccination avec des antigènes tumoraux administrés conjointement à des adjuvants définis. Pour cela, il faut approfondir les connaissances sur le rôle des cellules T CD4+ spécifiques aux antigènes dans l'immunité anti-tumorale et connaître précisément la proportion des sous-types de cellules T CD4+ activées avant et après la vaccination. L'analyse des cellules T, par la cytométrie de flux, est très souvent limité par le besoin d'un nombre très élevé de cellules pour l'analyse de l'expression protéique. Or dans l'analyse des cellules T CD4+ spécifiques aux antigènes tumoraux cette technique n'est souvent pas applicable, car ces cellules sont présentes en très faible quantité dans le sang et dans les tissus tumoraux. C'est pourquoi, une approche basée sur l'analyse de la cellule T individuelle a été mise en place afin d'étudier l'expression du profil génétique des cellules T CD8+ et CD4+. (7,8) Méthode : Ce nouveau protocole (« single cell ») a été élaboré à partir d'une modification du protocole PCR-RT, qui permet la détection spécifique de l'ADN complémentaire (ADNc) après la transcription globale de l'ARN messager (ARNm) exprimé par une cellule T individuelle. Dans ce travail, nous optimisons cette nouvelle technique d'analyse pour les cellules T CD4+, en sélectionnant les meilleures amorces. Tout d'abord, des clones à profils fonctionnels connus sont générés par cytométrie de flux à partir de cellules T CD4+ d'un donneur sain. Pour cette étape d'optimisation des amorces, la spécificité des cellules T CD4+ n'est pas prise en considération. Il est, donc, possible d'étudier et de trier ces clones par cytométrie de flux. Ensuite, grâce au protocole « single cell », nous testons par PCR les amorces des différents facteurs spécifiques de chaque sous-type des T CD4+ sur des aliquotes issus d'une cellule provenant des clones générés. Nous sélectionnons les amorces dont la sensibilité, la spécificité ainsi que les valeurs prédictives positives et négatives des tests sont les meilleures. (9) Conclusion : Durant ce travail nous avons généré de l'ADNc de cellules T individuelles et sélectionné douze paires d'amorces pour l'identification des sous-types de cellules T CD4+ par la technique d'analyse PCR « single cell ». Les facteurs spécifiques aux cellules Th2 : IL-4, IL-5, IL-13, CRTh2, GATA3 ; les facteurs spécifiques aux cellules Th1 : TNFα, IL-2 ; les facteurs spécifiques aux cellules Treg : FOXP3, IL-2RA ; les facteurs spécifiques aux cellules Th17 : RORC, CCR6 et un facteur spécifique aux cellules naïves : CCR7. Ces amorces peuvent être utilisées dans le futur en combinaison avec des cellules antigènes-spécifiques triées par marquage des multimères pMHCII. Cette méthode permettra de comprendre le rôle ainsi que l'amplitude et la diversité fonctionnelle de la réponse de la cellule T CD4+ antigène-spécifique dans les cancers et dans d'autres maladies. Cela afin d'affiner les recherches en immunothérapie oncologique. (8)

Extração em fase sólida (SPE) e micro extração em fase sólida (SPME) de piretróides em água

The pyrethroids bifenthrin, permethrin, cypermethrin and deltamethrin were extracted by solid phase extraction (SPE) and solid phase microextraction (SPME). The analysis were performed on a gas chromatograph with electron capture detection (GC-ECD). Octadecil Silano-C18, Florisil and Silica stationary phases were studied for SPE. Better results were obtained for Florisil which gave recoveries from 80% to 108%. Pyrethroids extraction by SPME showed a linear response and a detection limit of 10 pg ml-1. Although the data showed that the two extraction methods were able to isolate the pesticide residues from water samples, the best results were obtained by using SPME which is more sensitive, faster, cheeper, being a more useful technique for the analysis of pyrethroids in drinking water.

Análise de praguicidas organofosforados em água por extração em fase sólida (SPE) utilizando discos C18 e cromatografia em fase gasosa: avaliação da contaminação do reservatório de Furnas (MG-Brasil)

Solid phase extraction (SPE) in C18 disks has been optimized and validated for extraction of 5 organophosphorus (OP) pesticides in water. Extraction has been followed by separation and detection by gas chromatography/flame photometry. Excellent linearity was obtained for all compounds (r greater than 0.99), with CVs between 1.0-6.9%, recoveries between 73-95% and quantification limits between 2.5-5.0 µg L-1. Samples from Furnas dam were analyzed monthly during one year and 10% showed OP pesticide residues.

Utilização da extração em fase sólida (SPE) na determinação de hidrocarbonetos policíclicos aromáticos em matrizes aquosas ambientais

Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are a great environmental concern mainly because of their toxic, mutagenic and carcinogenic potential. This paper reports utilization of the solid-phase extraction (SPE) technique to determine PAHs in environmental aqueous matrices. The recovery from environmental aqueous matrices fortified with PAHs varied from 63.7 to 93.1% for atmospheric liquid precipitation, from 38.3 to 95.1% for superficial river water, and from 71.0 to 95.5% for marine water. No negative matrix effect was observed for the recovery of PAHs from atmospheric liquid precipitation and marine water, but was observed for superficial river water, particularly for PAHs possessing 5 and 6 aromatic rings.

Análise de fármacos em águas por SPE-UPLC-ESI-MS/MS

A method was developed for the analysis of 31 pharmaceutical compounds in Lisbon's drinking water system, using solid-phase extraction (SPE) and ultra-performance liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry (UPLC-MS/MS). The method was validated through estimation of the linearity range, method detection and quantification limits, matrix effects, precision and accuracy. The method detection and quantification limit ranges were 0.009-10 and 0.03-33 ng/L, respectively. Analytes were quantified in water samples collected from the EPAL (Empresa Portuguesa das Águas Livres S.A.) supply system. Carbamazepine, atenolol, sulfadiazine, sulfamethazine, sulfapyridine, sulfamethoxazole, acetaminophen, caffeine and erythromycin were quantified in the analysed samples.

Carte géographique representant le cours entier du Rhin, de la Moselle, de la Meuse et de l'Escaut avec les pays confins spécialement l'état actuel de toutes les possessions de la Maison de l'Autriche dans les Pays Bas et une grande partie de la France = Cabinetskarte welche den ganzen Lauff des Rheins, der Mosel, der Maas und Schelde nebst den angraenzenden Laendern vorzüglich alle gegenwaertige Besi[t]zungen des Hauses Oesterreich in den Niederlanden und einen grossen Theil von Frankreich vorstellt

Kartta kuuluu A. E. Nordenskiöldin kokoelmaan

Carte spéciale des colonies où se porte actuellement l'action française: publiée sous les auspices de la Société de Géographie de l'Est

Kartta kuuluu A. E. Nordenskiöldin kokoelmaan

Analyse des agents de chimiothérapie par extraction sur phase solide automatisée couplée à la chromatographie liquide et la spectrométrie de masse en tandem (SPE-LC-ESI-MS/MS)

Les dernières décennies ont été marquées par une augmentation du nombre des cas de cancers, ce qui a subséquemment conduit à une augmentation dans la consommation des agents de chimiothérapie. La toxicité et le caractère cancérogène de ces molécules justifient l’intérêt crucial porté à leur égard. Quelques études ont fait l’objet de détection et de quantification des agents de chimiothérapie dans des matrices environnementales. Dans ce projet, une méthode utilisant la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS) précédée d’une extraction sur phase solide (SPE) automatisée ou en ligne a été développée pour la détection et la quantification d’un groupe de six agents de chimiothérapie. Parmi ceux-ci figurent les plus utilisés au Québec (gemcitabine, méthotrexate, cyclophosphamide, ifosfamide, irinotécan, épirubicine) et présentant des propriétés physico-chimiques et des structures chimiques différentes. La méthode développée a été validée dans une matrice réelle représentant l’affluent d’une station d’épuration dans la région de Montréal. Deux des six composés cytotoxiques étudiés en l’occurrence (cyclophosphamide et méthotrexate) ont été détectés dans huit échantillons sur les neuf qui ont été recensés, essentiellement au niveau de l’affluent et l’effluent de quelques stations d’épuration de la région de Montréal. Les résultats des analyses effectuées sur les échantillons réels ont montré qu’il n’y avait pas de différence significative dans la concentration entre l’affluent et l’effluent, et donc que les systèmes d’épuration semblent inefficaces pour la dégradation de ces molécules.

Développement d’une méthode de transfert de protéines présentes dans des sections tissulaires minces sur des cibles fonctionnalisées pour augmenter la spécificité de l’imagerie MS du protéome

L’imagerie par spectrométrie de masse (IMS) est une technique en pleine expansion et utilisée dans beaucoup d’études effectuées sur des systèmes biologiques tels que la corrélation entre l’expression moléculaire et l’état de santé d’un tissu et pour étudier la biologie du développement. Cependant, plus particulièrement lors de l’analyse de protéines, seulement les molécules les plus abondantes et/ou les plus facilement ionisables seront détectées. L’une des approches utilisées pour éviter cette limitation est de transférer les protéines de manière sélective à partir d’une section tissulaire mince vers une surface fonctionnalisée tout en maintenant leur organisation spatiale. Dans ce cas, seulement les protéines possédant une affinité pour la surface seront alors retenues alors que les autres seront éliminées. Donc, la nature chimique de cette surface est critique. Les travaux de recherches présentés dans ce mémoire portent sur le développement d’une méthode de transfert des protéines d’une section tissulaire vers une surface composée de nitrocellulose. Cette méthode utilise un système permettant d’effectuer le transfert sans contact physique direct entre les surfaces. De plus, lors du transfert, une pression physique est appliquée. Dans une première approche, la méthode développée a été appliquée en utilisant une section de rein de souris comme échantillon modèle. Des sections sérielles ont été collectées, soit pour être colorées à l’aide d’hématoxyline et d’éosine (H&E) afin de démontrer la régiospécificité du transfert, soit pour être analysées directement par IMS afin de déterminer si les protéines détectées après transfert sont également détecter dans les sections analysées directement. Les résultats obtenus ont démontré qu’un sous-ensemble de protéines a été transféré tout en conservant leur position spatiale initiale dans les sections. Certains signaux observés pour les protéines transférées sont uniques et/ou sont nettement mieux détectés que lors de l’analyse directe d’une section.

Evolution in software systems: foundations of the SPE classification scheme

The SPE taxonomy of evolving software systems, first proposed by Lehman in 1980, is re-examined in this work. The primary concepts of software evolution are related to generic theories of evolution, particularly Dawkins' concept of a replicator, to the hermeneutic tradition in philosophy and to Kuhn's concept of paradigm. These concepts provide the foundations that are needed for understanding the phenomenon of software evolution and for refining the definitions of the SPE categories. In particular, this work argues that a software system should be defined as of type P if its controlling stakeholders have made a strategic decision that the system must comply with a single paradigm in its representation of domain knowledge. The proposed refinement of SPE is expected to provide a more productive basis for developing testable hypotheses and models about possible differences in the evolution of E- and P-type systems than is provided by the original scheme. Copyright (C) 2005 John Wiley & Sons, Ltd.

Rapid determination of furanocoumarins in creams and pomades using SPE and GC

A solid-phase extraction and chromatography-flame ionization detection (GC-FID) method has been developed for the routine analysis of psoralen, bergapten, isopimpinellin and pimpinellin in creams and pomades employed in Brazil for the treatment of vitiligo. The calibration curve for psoralen was linear in the range 10-100 mu g ml(-1), for bergapten 5-90 mu g ml(-1), for pimpinellin 10-90 mu g ml(-1) and for isopimpinellin 5-100 mu g ml(-1). The best recoveries of the furanocoumarins in the creams analysed were 94-97%, whereas in the pomades, recoveries were 94-96%. The R.S.D. of the quantitative analysis of the furanocoumarins in the products analyses were within 5%. (C) 2000 Elsevier B.V. B.V. All rights reserved.

Multiresidue determination of herbicides in environmental waters from Primavera do Leste region (Middle West of Brazil) by SPE-GC-NPD

A study on the presence of herbicides, namely simazine, metribuzin, metolachlor, trifluralin, atrazine and two metabolites, deisopropylatrazine (DIA) and deethylatrazine (DEA), was performed in ground and surface waters from Primavera do Leste region, Mato Grosso state (Middle West of Brazil). The analytical procedure was based on solid-phase extraction (SPE) with Sep-Pak C18 disposable cartridges and ethyl acetate for elution solvent. Residue levels were determined by gas chromatography with nitrogen-phosphorus detection. For most of the pesticides average recoveries at different fortification levels were >with relative standard deviation < The recoveries of DIA and trifluralin in water were 25% and 56%, respectively, which were attributed to the incomplete retention of DIA and strong retention on the sorbing material and high volatility of trifluralin. Detection limits ranged from 0.023 to 0.088 μg L-1. This method was applied for the analysis of 5 superficial water samples and 28 groundwater samples, in places used for human consumption without previous treatment, collected in Primavera do Leste, Mato Grosso, Brazil. Results indicated that the highest level of contamination in a water sample was 1.732 μg L-1 for metolachlor, while metribuzin was the most frequently detected herbicide with maximum concentration of 0.351 μg L-1. ©2006 Sociedade Brasileira de Química.

UV filters in water samples: Experimental design on the SPE optimization followed by GC-MS/MS analysis

Esse estudo descreve o desenvolvimento e otimização de um método de extração em fase solida (SPE) para análise dos filtros ultravioletas (UV): benzofenona-3 (BP-3), etilhexil salicilato (ES), etilhexil metoxinamato (EHMC) e octocrileno (OC) em matrizes ambientais. Um planejamento fatorial fracionário (PFF) 25-1 foi empregado na avaliação das variáveis significativas do método de extração. As condições experimentais otimizadas da avaliação estatística foram: capacidade do cartucho de 500 mL, eluente acetato de etila, metanol como solvente de lavagem (10% em água, v/v) and volume do eluente de 3 × 2 mL e pH 3. Os parâmetros analíticos avaliados foram satisfatõrios, apresentando linearidade de 100 a 4000 ng L -1, recuperaç ões para os quatro níveis de fortificação (Limite de Quantificação do Método, 200, 1000 e 2000 ng L-1) entre 62 e 107% com desvio padrão relativo menor que 14%. Os limites de quantificação foram encontrados na faixa de ng L-1, variando entre 10 e 100 ng L-1. O método proposto foi aplicado para a determinação dos quatro filtros UV em amostras de águas naturais. This study describes the development and optimization of a solid-phase extraction (SPE) method for analysis of ultraviolet (UV) filters, benzophenone-3 (BP-3), ethylhexyl methoxycinnamate (EHMC), ethylhexyl salicylate (ES) and octocrylene (OC), in environmental matrices. A 25-1 fractional factorial design (FFD) was used to evaluate the significant variables for the extraction method. The optimized experimental conditions determined from the statistical evaluation were: breakthrough volume of 500 mL, eluent of ethyl acetate, wash solvent of methanol (10% in water, v/v), eluent volume of 3 × 2 mL and pH 3. The evaluated analytical parameters were satisfactory for the analytes and showed linearity between 100 and 4000 ng L-1, recoveries for four fortification levels (Method Quantification Limit, 200, 1000 and 2000 ng L-1) were between 62 and 107% with relative standard deviations less than 14%. Limits of quantification were in the ng L-1 range and were between 10 and 100 ng L-1. The proposed method was used to analyze four UV filters in natural water samples. ©2013 Sociedade Brasileira de Química.