Hipsuvarpaasta kriittiseen tieteelliseen realismiin : kansleri Ilkka Niiniluodon kotikirjasto

Helsingin yliopiston kansleri ja teoreettisen filosofian professori Ilkka Niiniluoto esitteli 230 hyllymetriä kirjoja sisältävää kotikirjastoaan.

Détection de protéines par diffusion Raman exaltée par effet de pointe (TERS)

La concentration locale des messagers chimiques sécrétés par les cellules peut être mesurée afin de mieux comprendre les mécanismes moléculaires liés à diverses maladies, dont les métastases du cancer. De nouvelles techniques analytiques sont requises pour effectuer ces mesures locales de marqueurs biologiques à proximité des cellules. Ce mémoire présentera le développement d’une nouvelle technique basée sur la réponse plasmonique sur des leviers AFM, permettant d’étudier les réactions chimiques et biologiques à la surface des leviers grâce au phénomène de résonance des plasmons de surface (SPR), ainsi qu’à la diffusion Raman exaltée par effet de pointe (TERS). En effet, il est possible de localiser l’amplification du signal Raman à la pointe d’un levier AFM, tout comme le principe de la diffusion Raman exaltée par effet de surface (SERS) basée sur la diffusion de la lumière par des nanoparticules métalliques, et permettant une large amplification du signal Raman. La surface du levier est recouverte d’une nano-couche métallique d’or, suivi par des réactions biologiques pour l’immobilisation d’un récepteur moléculaire, créant ainsi un biocapteur sur la pointe du levier. Une détection secondaire utilisant des nanoparticules d’or conjuguées à un anticorps secondaire permet également une amplification du signal SPR et Raman lors de la détection d’antigène. Ce mémoire démontrera le développement et la validation de la détection de l’immunoglobuline G (IgG) sur la pointe du levier AFM.Dans des projets futurs, cette nouvelle technique d’instrumentation et d’imagerie sera optimisée grâce à la création d’un micro-détecteur protéique généralement adapté pour l’étude de la communication cellulaire. En intégrant le signal SPR à la microscopie AFM, il sera alors possible de développer des biocapteurs SPR couplés à une sonde à balayage, ce qui permettra d’effectuer une analyse topographique et de l’environnement chimique d’échantillons cellulaires en temps réel, pour la mesure des messagers moléculaires sécrétés dans la matrice extracellulaire, lors de la communication cellulaire.

Case study part 1: how to calculate appropriate deterministic long-term toxicity to exposure rates (TERs) for birds and mammals

In the European Union, first-tier assessment of the long-term risk to birds and mammals from pesticides is based on calculation of a deterministic long-term toxicity/exposure ratio(TERlt). The ratio is developed from generic herbivores and insectivores and applied to all species. This paper describes two case studies that implement proposed improvements to the way long-term risk is assessed. These refined methods require calculation of a TER for each of five identified phases of reproduction (phase-specific TERs) and use of adjusted No Observed Effect Levels (NOELs)to incorporate variation in species sensitivity to pesticides. They also involve progressive refinement of the exposure estimate so that it applies to particular species, rather than generic indicators, and relates spraying date to onset of reproduction. The effect of using these new methods on the assessment of risk is described. Each refinement did not necessarily alter the calculated TER value in a way that was either predictable or consistent across both case studies. However, use of adjusted NOELs always reduced TERs, and relating spraying date to onset of reproduction increased most phase-specific TERs. The case studies suggested that the current first-tier TERlt assessment may underestimate risk in some circumstances and that phase-specific assessments can help identify appropriate risk-reduction measures. The way in which deterministic phase-specific assessments can currently be implemented to enhance first-tier assessment is outlined.

The Putative Leishmania Telomerase Rna (leishter) Undergoes Trans-splicing And Contains A Conserved Template Sequence.

Telomerase RNAs (TERs) are highly divergent between species, varying in size and sequence composition. Here, we identify a candidate for the telomerase RNA component of Leishmania genus, which includes species that cause leishmaniasis, a neglected tropical disease. Merging a thorough computational screening combined with RNA-seq evidence, we mapped a non-coding RNA gene localized in a syntenic locus on chromosome 25 of five Leishmania species that shares partial synteny with both Trypanosoma brucei TER locus and a putative TER candidate-containing locus of Crithidia fasciculata. Using target-driven molecular biology approaches, we detected a ∼2,100 nt transcript (LeishTER) that contains a 5' spliced leader (SL) cap, a putative 3' polyA tail and a predicted C/D box snoRNA domain. LeishTER is expressed at similar levels in the logarithmic and stationary growth phases of promastigote forms. A 5'SL capped LeishTER co-immunoprecipitated and co-localized with the telomerase protein component (TERT) in a cell cycle-dependent manner. Prediction of its secondary structure strongly suggests the existence of a bona fide single-stranded template sequence and a conserved C[U/C]GUCA motif-containing helix II, representing the template boundary element. This study paves the way for further investigations on the biogenesis of parasite TERT ribonucleoproteins (RNPs) and its role in parasite telomere biology.