The ‘thinking’ in thinking-for-speaking: where is it?

According to the thinking-for-speaking (TFS) hypothesis, speakers of different languages think differently while in the process of mentally preparing content for speech. The aim of the present paper is to critically discuss the research carried out within the TFS paradigm, against the background of the basic tenets laid out by the proponents of this framework. We will show that despite substantial progress in the investigation of crosslinguistic differences in the organisation of information in discourse, the studies that actually examine the cognitive aspects of speech production are, to date, vanishingly few. This state of affairs creates a gap in our knowledge about the thought processes that co-occur with speech production during language use and acquisition. We will argue that in order to reach a more comprehensive picture of the cognitive processes and outcomes of speech production, methodologies additional to the analysis of information organisation must be used.

Fibroblast growth factor 2 maintains the neurogenic capacity of embryonic neural progenitor cells in vitro but changes their neuronal subtype specification

Many in vitro systems used to examine multipotential neural progenitor cells (NPCs) rely on mitogens including fibroblast growth factor 2 (FGF2) for their continued expansion. However, FGF2 has also been shown to alter the expression of transcription factors (TFs) that determine cell fate. Here, we report that NPCs from the embryonic telencephalon grown without FGF2 retain many of their in vivo characteristics, making them a good model for investigating molecular mechanisms involved in cell fate specification and differentiation. However, exposure of cortical NPCs to FGF2 results in a profound change in the types of neurons generated, switching them from a glutamatergic to a GABAergic phenotype. This change closely correlates with the dramatic upregulation of TFs more characteristic of ventral telencephalic NPCs. In addition, exposure of cortical NPCs to FGF2 maintains their neurogenic potential in vitro, and NPCs spontaneously undergo differentiation following FGF2 withdrawal. These results highlight the importance of TFs in determining the types of neurons generated by NPCs in vitro. In addition, they show that FGF2, as well as acting as a mitogen, changes the developmental capabilities of NPCs. These findings have implications for the cell fate specification of in vitro-expanded NPCs and their ability to generate specific cell types for therapeutic applications. Disclosure of potential conflicts of interest is found at the end of this article.

Taxonomic free sorting: a successful method with older consumers and a novel approach to preference mapping

Taxonomic free sorting (TFS) is a fast, reliable and new technique in sensory science. The method extends the typical free sorting task where stimuli are grouped according to similarities, by asking respondents to combine their groups two at a time to produce a hierarchy. Previously, TFS has been used for the visual assessment of packaging whereas this study extends the range of potential uses of the technique to incorporate full sensory analysis by the target consumer, which, when combined with hedonic liking scores, was used to generate a novel preference map. Furthermore, to fully evaluate the efficacy of using the sorting method, the technique was evaluated with a healthy older adult consumer group. Participants sorted eight products into groups and described their reason at each stage as they combined those groups, producing a consumer-specific vocabulary. This vocabulary was combined with hedonic data from a separate group of older adults, to give the external preference map. Taxonomic sorting is a simple, fast and effective method for use with older adults, and its combination with liking data can yield a preference map constructed entirely from target consumer data.

GRASSIUS: A Platform for Comparative Regulatory Genomics across the Grasses

Transcription factors (TFs) are major players in gene regulatory networks and interactions between TFs and their target genes furnish spatiotemporal patterns of gene expression. Establishing the architecture of regulatory networks requires gathering information on TFs, their targets in the genome, and the corresponding binding sites. We have developed GRASSIUS (Grass Regulatory Information Services) as a knowledge-based Web resource that integrates information on TFs and gene promoters across the grasses. In its initial implementation, GRASSIUS consists of two separate, yet linked, databases. GrassTFDB holds information on TFs from maize (Zea mays), sorghum (Sorghum bicolor), sugarcane (Saccharum spp.), and rice (Oryza sativa). TFs are classified into families and phylogenetic relationships begin to uncover orthologous relationships among the participating species. This database also provides a centralized clearinghouse for TF synonyms in the grasses. GrassTFDB is linked to the grass TFome collection, which provides clones in recombination-based vectors corresponding to full-length open reading frames for a growing number of grass TFs. GrassPROMDB contains promoter and cis-regulatory element information for those grass species and genes for which enough data are available. The integration of GrassTFDB and GrassPROMDB will be accomplished through GrassRegNet as a first step in representing the architecture of grass regulatory networks. GRASSIUS can be accessed from www.grassius.org.

En analys av testprocesser med TMap som testmetod

Today there are many system development projects that break both budget and time plan. Often this depends on defects in the information systems that could have been prevented. The cost of test can in some cases be as high as 50 % of the projects total cost and it's at the same time an important part of development. Test as such has moved its focus from the software it self and its faults to a wider perspective on whole infrastructures of information systems where assure a good quality is important. Sogeti in the Netherlands have developed a test method called TMap (Test Management approach) that can be used for structured testing of information systems. TMap haven't been used as much as desired in the office in Borlänge. Because Microsoft is releasing a new version of their platform Visual Studio Team System (VSTS 2010) some colleges at Sogeti in the Netherlands are about to develop a template that can support the use of TMap in VSTS 2010. When we write this the template is still in development. The goal for Sogeti was to find out the differences between the test functionality in VSTS 2008 and 2010. By using the purpose with this essay, which was to analyze the test process in VSTS 2008 with TMap against the test process in VSTS 2010 together with the template we got much help to achieve the goal. The analysis was done with four different aspects: The TPI and TMMi models, problem and strength analyses and a few question formulations. The TPI and TMMi models where used to analyses and evaluate the test process. The analysis showed that there were differences between the both test processes. VSTS 2010 together with the template gave a better support to use TMap and perform test. In VSTS 2010 the test tool Camano is connected to TFS and the tool is also to make the execution and logging of tests easier. This leads to a test process that is easier to handle and has a better support for TMap.

Tipos funcionais em vegetação campestre: efeitos de pastejo e adubação nitrogenada

Este estudo objetiva identificar na vegetação campestre, descrita por espécies e tipos funcionais de planta (TFs), respostas a diferentes intensidades de pastejo e níveis de adubação nitrogenada. O experimento, conduzido em Eldorado do Sul, RS, Brasil, avaliou efeitos de adubação nitrogenada (0, 30, 100, 170 e 200 kg N/ha) e de oferta de forragem (4,0; 5,5; 9,0; 12,5 e 14,0 kg de matéria seca de forragem verde por 100 kg de peso vivo de bovinos por dia). As 14 parcelas experimentais foram pastejadas em ciclo de pastejo de 3 dias com 35 dias de intervalo. O levantamento da vegetação, usando quadros de 0,25m2, foi realizado em dois períodos: Na primavera (novembro de 1999) e no verão (janeiro de 2000), foram descritos três quadros e dois quadros por parcela, respectivamente. A descrição da estrutura da vegetação envolveu a identificação de todas as espécies presentes em cada quadro e estimativa de sua abundância-cobertura. Cada espécie identificada no quadro foi então descrita considerando 21 atributos macromorfológicos qualitativos e quantitativos. A análise dos dados, através do aplicativo SYNCSA, objetivou encontrar um subconjunto ótimo de atributos de forma a maximizar a congruência ρ(D;∆), que é uma medida de correlação matricial entre a variação da vegetação (matriz de distâncias D) e do fator considerado (matriz ∆). Na análise, foram consideradas diferentes seqüências de transformação dos dados e escalas de observação. TFs foram identificados como sendo populações de plantas idênticas quanto aos atributos do subconjunto ótimo. A congruência máxima para o fator adubação nitrogenada foi de 0,66 quando os quadros em cada parcela experimental foram agregados e a vegetação foi descrita por TFs definidos pelos seguintes atributos: formato da lâmina, altura da biomassa, persistência, propagação vegetativa, largura da lâmina e resistência da lâmina à tração. Para o fator oferta de forragem, a congruência máxima foi de 0,57, com os quadros também agregados, e os TFs definidos por comprimento da lâmina, altura da biomassa, formato da lâmina, comprimento da bainha, resistência da lâmina a tração, largura da lâmina, tipo de tecido dos caules aéreos e indumento da lâmina. A análise de ordenação permitiu a identificação de TFs que apresentaram respostas, em termos de abundância-cobertura, mais evidentes para cada fator. A composição da vegetação, descrita pelos TFs definidos pelo subconjunto ótimo de atributos, foi comparada entre níveis de cada fator, por análise de variância multivariada com testes de aleatorização. Foram detectadas diferenças significativas para o efeito de adubação nitrogenada (P = 0,025), sendo significativos (α = 0,05) os contrastes entre 0 e 170, 0 e 200, e 30 e 200 kg N/ha. Também foram detectadas diferenças significativas para o efeito de oferta de forragem (P = 0,002), sendo significativos (α = 0,05) os contrastes entre 4,0 e 12,5; 5,5 e 12,5; 4,0 e 9,0 % PV. Não foram significativas as diferenças entre tratamentos, para os dois fatores, quando a composição da vegetação foi descrita por espécies. Conclui-se que os atributos que são ótimos para definição de TFs para um dado fator não necessariamente o serão para outro fator, provavelmente não existindo, portanto, uma classificação de plantas em TFs que seja ótima para qualquer fator ambiental considerado.

Reconstrução da dinâmica de curta duração em vegetação campestre sob pastejo, com base em tipo funcionais

Comunidades campestres foram descritas por Tipos Funcionais de Plantas (TFs). Utilizou-se um método politético de identificação de atributos macromorfológicos da vegetação e TFs com máxima correlação com as variáveis ambientais consideradas. Avaliaram-se os padrões de resposta da vegetação à herbivoria por rebanho bovino (Tipos Funcionais de Resposta: TFRs), e o efeito da estrutura das comunidades de TFs no processo seletivo do pastejo (Tipos Funcionais de Efeito: TFEs), bem como o grau de sobreposição dos tipos identificados. A alternância entre condições de exposição ao distúrbio ou exclusão do mesmo permitiu observar variações em padrões espaciais e temporais da composição da vegetação assim descrita. Buscou-se a reconstrução de uma série temporal única através de um método determinístico baseado na sobreposição espaço-temporal desses padrões. O experimento foi realizado num período de nove meses, tendo sido a estrutura da vegetação avaliada em função de dois períodos de pastejo. Observou-se uma diferença mais nítida na composição de TFRs entre as comunidades protegidas do pastejo e aquelas mais freqüentemente pastejadas. Comunidades protegidas apresentaram TFRs de maior porte, biomassa uniformemente distribuída e maiores proporções de caules lignificados, enquanto que uma tendência mais nítida em direção a uma concentração de biomassa aérea próxima do solo foi verificada com o aumento da frequência do distúrbio. A relação com um índice de intensidade de desfolha indicou a preferência por TFEs com pouca proporção de lâminas foliares senescentes, porte intermediário, e uma mínima proporção de biomassa aérea alocada a caules lignificados. Embora tenha sido verificada uma correspondência entre os atributos que descreveram os TFRs e TFEs, a correlação obtida entre as duas abordagens mostrou-se pouco satisfatória A série temporal obtida pelo método determinístico não apresentou padrões estáveis, possivelmente devido ao número insuficiente de séries parciais observadas, bem como ao curto período de avaliação das mesmas.

Participação do sistema colinérgico muscarínico hipocampal no processo de evocação da memória em ratos

Introdução: O sistema colinérgico muscarínico apresenta uma função essencialmente modulatória, agindo, principalmente, sobre neurônios inibitórios e excitatórios. As aferências colinérgicas que atingem o sistema límbico, principalmente na formação hipocampal e na amígdala, evidenciam a participação desse sistema nos mecanismos de aprendizagem e memória. Agentes farmacológicos convencionais não são seletivos entre os diferentes subtipos de receptores colinérgicos muscarínicos (M1 – M5). As toxinas muscarínicas extraídas da peçonha da serpente mamba verde africana, têm-se mostrado ferramentas úteis na investigação do papel específico de cada tipo de receptor na memória. Os mecanismos modulatórios do sistema colinérgico muscarínico nos processos de aquisição e consolidação já foram extensivamente estudados, porém ainda são restritos dados referentes à participação desse sistema no processo de evocação. Objetivos: estudar a participação dos receptores colinérgicos muscarínicos na evocação da memória através da utilização pré-teste de fármacos pouco seletivos, como a escopolamina, pirenzepina (antagonistas) e oxotremorina (agonista); comparando com fármacos seletivos, como as toxinas muscarínicas MT3 (antagonista seletivo para o receptor M4) e MT2 (agonista seletivo para receptor M1 com atividade menos seletiva de antagonista M4) nas tarefas comportamentais de Esquiva Inibitória e Habituação ao Campo Aberto. Material e Métodos: ratos Wistar machos foram canulados bilateralmente no hipocampo dorsal. Após a recuperação da cirurgia, foram treinados na tarefa de Esquiva Inibitória (EI), com choque de 0,5 mA (3 s). Após 24 horas, receberam uma infusão intra-hipocamapal de escopolamina (0,5, 2,0 e 8,0 μg por lado), de oxotremorina (2,5 e 5 ng por lado), de pirenzepina (0,5 μg por lado), de MT3 (0,5, 1,0 e 2,0 μg por lado), de MT2 (0,75, 1,0 e 6,0 μg por lado) ou de TFS (grupo controle de todos os fármacos). Dez minutos após a infusão, os animais foram testados na EI. A latência de descida da plataforma no teste é o índice de memória da tarefa. Um procedimento semelhante foi aplicado no experimento com a tarefa comportamental de habituação ao campo aberto (menos aversiva que a esquiva inibitória), porém apenas foi utilizado a escopolamina e a MT3 (ambas 2,0 μg por lado); essa tarefa sérvio como um “controle motor” para a tarefa de esquiva inibitória Resultados: Os antagonistas colinérgicos muscarínicos escopolamina, pirenzepina e MT3 (doses, respectivamente, de 2,0 μg por lado, 0,5 μg por lado e 2,0 μg por lado), juntamente com a MT2 (agonista M1-seletivo, dose de 0,75 μg por lado) apresentaram um efeito facilitatório sobre a evocação da tarefa de Esquiva Inibitória. Além disso, o agonista pouco seletivo oxotremorina teve um efeito amnésico parcial nessa tarefa. A escopolamina e MT3 não tiveram qualquer efeito na evocação da tarefa de habituação ao campo aberto. Discussão: nossos resultados, obtidos com antagonistas, sugerem uma participação inibitória do sistema colinérgico muscarínico sobre o processo de evocação da memória aversiva da esquiva inibitória, porém, analisando a seletividade da MT3, podemos inferir uma atividade inibitória exclusiva do receptor M4. Esse resultado, entretanto, é contrário ao encontrado com a administração desses mesmos antagonistas no período pós-treino, demonstrando um papel oposto desse sistema entre os processos de consolidação e evocação. Além disso, o receptor M1 excitatório modula positivamente a evocação. A ausência de efeito dos fármacos na habituação ao campo aberto indica que o efeito na esquiva inibitória é cognitivo, e não motor ou exploratório.

HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Increased Levels of NOTCH1, NF-kappa B, and Other Interconnected Transcription Factors Characterize Primitive Sets of Hematopoietic Stem Cells

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Produtos naturais no comportamento defensivo de Apis mellifera L.

The goal was to investigate the influence of natural products such as lemongrass (Cymbopogon citratus), dried avocado leaves (Persea americana), coffee husk (Coffea arabica) and castor bean (Ricinus communis) in the defense of Apis mellifera, as well the effect of these products on the population development of the beehive. Defensive behavior was evaluated by time of first sting (TFS) and number of stingers (NS), and population development, by open brood area and operculated brood. It was observed that the treatment with smoke + seven castor beans presented significant increase in the TFS, for treatment without and with smoke. Regarding NS, it was verified that the treatments with smoke + seven castor bean and smoke + 20% coffee husk were different from the treatment without and with smoke. The other treatments did not differ significantly with respect to the use of smoke or its absence. The application of coffee husk and castor bean did not interfere in the development of the population, suggesting that these compounds were not toxic. It can be concluded that the use of castor bean and coffee husk in smoke may represent an important tool for the reduction of defensiveness, without promoting toxicity for A. mellifera.

Expressão gênica diferencial em palmitos de cana-de-açúcar submetida a diferentes períodos de estresse hídrico

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise da variabilidade genética e expressão de HPV em papilomatose de laringe

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Differences in transcriptional activity of human papillomavirus type 6 molecular variants in recurrent respiratory papillomatosis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Identification of Novel Cellular Transcription Factors that Regulate Early Promoters of Human Papillomavirus Types 18 and 16

Background. The long control region (LCR) of human papillomavirus (HPV) regulates early gene transcription by interaction with several viral and cellular transcription factors (TFs). Methods. To identify novel TFs that could influence early expression of HPV type 18 (HPV-18) and HPV type 16 (HPV-16), a high-throughput transfection array was used. Results. Among the 704 TFs tested, 28 activated and 36 inhibited the LCR of HPV-18 by more than 2-fold. For validation, C33 cells were cotransfected with increasing amounts of selected TF expression plasmids in addition to LCR-luciferase vectors of different molecular variants of HPV-18 and HPV-16. Among the TFs identified, only GATA3, FOXA1, and MYC have putative binding sites within the LCR sequence, as indicated using the TRANSFAC database. Furthermore, we demonstrated FOXA1 and MYC in vivo binding to the LCR of both HPV types using chromatin immunoprecipitation assay. Conclusions. We identified new TFs implicated in the regulation of the LCR of HPV-18 and HPV-16. Many of these factors are mutated in cancer or are putative cancer biomarkers and could potentially be involved in the regulation of HPV early gene expression.